3NXEA

X-ray structure of ester chemical analogue 'covalent dimer' [ile50,o-ile50']hiv-1 protease complexed with mvt-101 inhibitor
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease covalent dimer
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 42
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2010-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nxeA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nxeA02
4FIVA 4Y45A 7UPJA 2F3FA 5P04A 5HCTA 3SABA 1GKTA 4APEA 1E5OE 4RVJA 2O4SA 2AZBA 1LYBA 4K4PA 3LIYA 5OYVA 1HTGA 4Y5MA 1IDBA 1HSHA 2QHZA 3PGIA 4AA9A 3OWNA 1CPIA 1BWAA 4Y3XA 5P39A 3RTHA 2NXDA 5P3IA 5P2BA 3RU1A 3QVCA 4ZSMA 4Y47A 2FNSA 3K4VC 3HVPA 3APRE 5HE7A 3PVKA 5OZ7A 3EM6A 2PWCA 5P3ZA 5P7FA 1W51A 4Y36A 4F76A 4Y48A 5P4BA 2NMZA 5P28A 4APRE 4Y4GA 2VIJA 2G1SA 3UDNA 2WF3A 3FNTA 2ZDZA 2VJ7A 4LXAA 1TZSA 3D1XA 1A94A 1C6YA 5DR8A 5P10A 2ZGAA 3WZ6A 5COOA 1BVGA 1ZSRA 4RCEA 4GJDA 2IEOA 2XFIA 4JPEA 3Q3TA 1RV7A 3OUCA 1FGCC 4Y4DA 2FS4A 3TKWA 5P0YA 1XL2A 5P1ZA 2ZJNA 1D4LA 3VUCA 3VYEA 5P5LA 4Z4XA 1D4HA 3HLOA 1D4YA 3QRSA 3VYFA 2ASIA 5ENKA 4OC6B 3D1ZA 1RPIA 5P6CA 1T6GA 3S53A 3FNUA 5P7VA 1A8KA 1HTEA 5IVRA 4D88A 4XX4A 1FF0C 4OBZB 5KR1A 5OZ6A 4LHHA 4RRSA 4I0GA 4EQJA 1WBMA 3D1YA 5P3CA 5P6KA 2QI0A 2EWYA 4I0FA 2BKTA 3O9GA 4ER4E 4K9HA 4Y3JA 5P2NA 2NNPA 1MT7A 3KDBA 1SDTA 3O9FA 5P5JA 3S56A 2RENA 3IN4A 2O4LA 1FMBA 4PZXA 5P6FA 4B77A 1XL5A 5DR1A 5DR7A 4Y3PA 3IGBA 4I12A 3K5GA 4YOBA 5P5OA 3OGQA 5P1BA 2V13A 1RQ9A 4Q1YA 5P5QA 1SDUA 4Q5MA 3QI1A 5P8FA 5OZ5A 5P1LA 4KE0A 3S7LA 5OZIA 1FG8C 5P36A 2HPFA 2AOHA 5P41A 3D20A 1BV7A 3OXXA 3IA9A 2QZXA 2QD6A 4K4QA 4AZYA 4TVHA 4GZFA 4RCFA 1SH9A 2R3TA 3UDYA 1Z8CA 5DR3A 1K2BA 2WF1A 1HVJA 3I8WA 4LL3A 3VF7A 4NPUA 2V11C 4ER1E 2VA7A 3LPIA 3BXRA 3L5CA 3KA2A 1G35A 4Y5LA 5OZFA 1LF3A 5OZVA 2ZHVA 4RGHA 5P5FA 4FE6A 2R3WA 3ZKGA 5P0MA 2ANLA 2VNMA 3GGAA 2G26A 2HB4A 4I0HA 5P7PA 4OC6A 5CONA 4Y5NA 5P3QA 5KAOA 5HCOA 5P4LA 5OZQA 5P86A 1GVXA 1FQ8A 5P1AA 5P25A 4OBZA 1D4JA 5P4MA 1Z1HA 3EL0A 3DV5A 1ZP8A 3EKXA 5P6OA 3ZKIA 4DJUA 5P5WA 1QBRA 5ISJA 2FDDA 2AQUA 5P12A 4R8YA 3C9XA 5OZ8A 4DJWA 5OZ2A 1DPJA 1OHRA 4Y43A 5P7XA 3PI0A 5P7GA 5P8NA 4L6BA 5BWYA 4YE3A 2PWRA 4S1GA 4Y54A 3PMYA 2ER9E 1FMUA 2BPZA 2CEMA 2G22A 3HZCA 4Y5GA 2ZHTA 1YX9A 1PFZA 1T7KA 5P0UA 4YD3A 5P0RA 4Y51A 4DQGA 5P52A 4OBKA 3D3TA 3JVWA 1TSUA 1J71A 5HDUA 5P2LA 3LNKA 2QNQA 3IAWA 4FL8A 4QGIA 5P4SA 5OZJA 2QHCA 4Y4ZA 2B7FA 5OZ1A 3T7QA 2G1NA 4HE9A 1C6XA 1IIQA 2JYSA 4YBIA 4X2LA 2OF0A 5FIVA 5P5UA 1PPKE 4A6CA 5P1RA 4FM7A 2P3DA 3NU3A 5P6BA 1EAGA 4CPQA 4HA5A 5P3MA 1HXWA 5OZLA 2G1OA 3KYRA 2BPXA 5ER1E 5P5GA 5P1WA 2IS0A 5P1XA 1MSMA 2BPYA 5P5NA 2VIEA 4MC1A 1YTGA 5OZMA 5OYYA 3MSJA 3OHFA 5P7ZA 4EP2A 5P3LA 5P2XA 1EPPE 2IGYA 2B8VA 1G2KA 2R43A 4Y6MA 4QJ2A 4Y5KA 1DP5A 4ZPGA 4Y4BA 5P5AA 5P42A 5P6NA 1QBTA 5P1TA 4Y5CA 3SA4A 1GVVA 2QAKA 5P38A 1B6LA 5AH9A 5OYXA 4XX3A 3NWQA 1FLHA 5P2GA 1BDQA 3NU5A 4J55A 5P7TA 5P2FA 1F7AA 3B80A 4I8WA 3UDPA 2B60A 3T6IA 5OZOA 1HVKA 3TKGA 5P6MA 5P50A 5OZKA 5OZSA 1F34A 2FLEA 5P2WA 1KJFA 4BEKA 5I3WA 3MSKA 3IXJA 3SLZA 2AOGA 5I3XA 5P0AA 1VIKA 4F74A 3LPJA 4J1EA 5P27A 3U6AA 5P0GA 5P7YA 3PMUA 3ZKQA 5P7NA 5P3HA 1ZSFA 3DCKA 3OTSA 3MXEA 2WF0A 2QZLA 3HVGA 1G6LA 2HC0A 1JLDA 1APVE 2QMGA 4R92A 2NMYA 3GW5A 5DQ5A 1G0VA 3PRSA 4DPIA 3VCMA 3HD8A 4YOAA 1RL8A 2QMDA 3SA7A 4ZPEA 5T4SA 4BELA 4X7IA 3MXDA 5OYRA 1BAIA 5P8AA 1K1UA 2AOEA 3OUDB 4NJSA 2V10C 4Z2ZA 1QBSA 4Z50A 5COKA 1E80E 2F3KA 2BB9A 2WJOA 3I6OA 5P0TA 5P0PA 4TRZA 4FSLA 1XN2A 3GGUA 1HRNA 1HIIA 1HVHA 5ENMA 1RNEA 2NR6A 2R9BA 2WEZA 4MC6A 3UCBA 5P6WA 3TH9A 4LXMA 4GJ7A 5P00A 3B7VA 2NTRA 5OZBA 1EBWA 3INEA 5P0QA 4H3FA 4MC2A 5P0WA 1DW6C 4FGXA 1FG6C 2ZYEA 5P7LA 5P7WA 4FRIA 2PC0A 5P09A 1FQ5A 5KQYA 4HZTA 5P2DA 3OU4B 4I10A 5P5RA 4AMTA 4Y57A 5P5BA 5OZUA 2R5QA 1A30A 3PCZA 1LZQA 4R95A 5KQZA 1N49A 5SY2A 2R5PA 5KR2A 5SXNA 2AVSA 1FFIC 1OEWA 3QBHA 2Q63A 3M9FA 3LIVA 5P4ZA 5P2MA 5P4KA 2R8NA 3FV3A 5P8TA 4FS4A 4RYCA 3GGVA 4J1CA 4QJ9A 1AVFA 4J0VA 3BVAA 5P3OA 5DGWA 1KJ4A 4EYRA 1ME6A 2I4DA 3URLA 5P20A 3PEPA 5P18A 3EKQA 3OAGB 4FLGA 3ST5A 3EM4A 4TRYA 1EPME 4H3IA 3MWSA 5P43A 3UQXA 5P4QA 5P8LA 2QZKA 5P7SA 3WB5A 5P3JA 1SGUA 2I4XA 3CICA 2QHYA 5P2HA 3ZMGA 1QRPE 3S7MA 2B42A 4TRWA 5P7BA 2P4JA 5P1OA 3O9IA 5HTZA 1NSOA 2AIDA 3EMYA 4GJ9A 5P4DA 2AZ9A 3OOZA 5P6SA 1HHPA 5P59A 5P4HA 5P01A 4YA8A 2OAHA 6UPJA 3INFA 1GVUA 4CPWA 5P4EA 1FQ6A 5P4YA 5P66A 5KR8A 1TQFA 2QU2A 5JG1A 4D83A 5P3PA 1YM2A 1C6ZA 2F8GA 5KOSA 5P0LA 2HB3A 2HIZA 4H3GA 3ZPSA 5P6GA 2PQZA 2MIPA 2BBBA 4EWOA 1MERA 1UH7A 1SIVA 1ODYA 1MEUA 4LBTA 4DJVA 4Y3WA 4Y3ZA 5P56A 2AVOA 2FXDA 5P40A 1PSAA 4I11A 2QZWA 4PYVA 3PWMA 5P0SA 2QK5A 5P74A 3LPKA 4YD7A 2ZHSA 1YTHA 2QI7A 3OHHA 3HBOA 4I0ZA 5P0KA 1BIMA 5P2VA 3VLBA 2J9JB 1XDHA 2OHKA 3OAGA 4Y3YA 4J0YA 4ZSQA 3PBDA 3LIZA 5AH6A 3BUHA 5P1JA 3TNEA 1HVRA 5P4RA 2A4FA 3JW2A 5P30A 3L5DA 3TLHA 5OZTA 3L5BA 5P5IA 3OQDA 4Y3MA 2AOIA 3CKRA 4FM8A 5P6ZA 5HDVA 3UTLA 2OHMA 5P1UA 3NU6A 3NXNA 5P70A 5OYTA 4DUSA 5HU0A 3EXOA 3VF3A 3SKFA 4Y4EA 4Y56A 3L59A 4I0EA 3QROA 5F00A 3OGPA 5P45A 1HPSA 4YDFA 3ZKSA 3FNSA 2V00A 4PEPA 5AH7A 3SA5A 2P3BB 5P2AA 5P8IA 2PMAA 1IZEA 2WKZA 3DJKA 5OZZA 1APTE 2ER0E 5P7KA 1BILA 2R38A 5P0HA 3O9LB 1K1TA 4PPHA 5DQ4A 1PPLE 5P5ZA 4J5JA 4OBHA 5HVPA 2QMPA 4NJUA 2WEDA 4OBDA 4IVTA 5OZDA 3OU3A 1NH0A 1SDVA 1D4SA 4ZSRA 5P48A 4ZIPA 3LINA 2FMBA 1GVTA 2P3CA 3QS1A 3PWWA 3QRVA 3PSUA 2QCIA 2FIVA 3KDCA 5P2SA 2NXLA 1CMSA 3NU4A 1IZIA 1IZHA 5P5CA 3O9DA 1APWE 3EBZA 5I3VA 5P73A 2VIZA 2VIYA 3ZPUA 3GI6A 2HPEA 5IS4A 4DJOA 3VV8A 2J9JA 5P5MA 2I4VA 3ECGA 3G6ZA 5P8QA 5P1GA 5P1CA 4QJ7A 2VNNA 5P0JA 5P3DA 4RVXA 3VV6A 1LF4A 3SA9A 3JVYA 3NDXA 2RSPA 4Y3TA 3KM4A 4GMIA 4Y53A 3UQUA 3QN8A 4DQHA 3IN3A 3DM6A 5P6AA 4ZE6A 5P26A 5P4NA 3PHVA 3OUBA 5P05A 3T7XA 5P6VA 3QVIA 4J1FA 1XS7D 2CENA 3KFSA 3BHEA 5P6JA 4QLHA 4QJAA 2IGXA 2I4QA 2IKOA 5HE4A 4WY6A 5P8OA 1HIVA 3CMSA 3URIA 5P3YA 3CKPA 4Y4WA 1FMXA 2FGUA 1K2CA 4TVGA 4CKUA 5IVQA 4KE1A 2OHQA 3VSXA 1U8GA 3OTYA 5P60A 2OHSA 4J0ZA 2Q54A 2O4KA 5OZHA 5P6XA 3BC4A 2Q5KA 5CLMA 2HAHA 1FIVA 2AVQA 5P7QA 3ZOVA 2O4PA 1W5VA 5P2CA 2VS2A 4LXKA 3O9CA 4KB9A 3I2LA 3G70A 3BGBA 5P02A 4F75A 3BXSA 5P8BA 5P6PA 5P6TA 5OYZA 5P6EA 3O9AA 3UDHA 4ACUA 5P5DA 3O9HA 3EM3A 4Y3RA 4R93A 5P1SA 1B11A 4XXSA 3PM4A 1MTRA 2QI6A 3T11A 5P5TA 2NXMA 5P6DA 5P8PA 2APRA 5I70A 5EZXA 4U7QA 3UDKA 4PZWA 1LYWB 4FRKA 2VJ9A 4OBFA 1VIJA 5P8DA 5P22A 3TPLA 5P1YA 5P76A 5P3NA 4DVFA 4EJ8A 4CPTA 1ZPKA 2I4UA 2G94A 5P3EA 4B0QA 1LYAB 4GJ8A 3UQPA 2XFJA 4Y4TA 4GIDA 4CP7A 5P58A 5P49A 4E43A 5OZ0A 5P6LA 5P77A 3IVIA 3D91A 4HDPA 1LV1A 3OXWA 5ER2E 2UPJA 1HEFE 5P78A 3NUJA 1AXAA 5P0CA 4Y3NA 5KQXA 1UPJA 3R1GB 3CYXA 5P7HA 3KFRA 5P8VA 2IL2A 4M8YA 1UH8A 3L5EA 5I3YA 5P47A 1MTBA 3BGCA 3HAWA 4Y58A 1SBGA 1WBKA 1IVPA 2Q11A 2G27A 4Y5BA 1ZJ7A 5P55A 4GJCA 5P32A 4EP3A 3EL9A 1FQXA 3VSWA 5P4OA 4CPUA 1IDAA 4YCYA 1BDRA 3QPJA 1T7JA 3OY4A 2NPHA 3K5DA 5P7AA 2XYEA 3UDRA 3KN0A 1T3RA 1XE5A 1W5WA 5P4CA 1ENTE 3NUOA 1KJ7A 3LZUA 4NJVA 4D85A 1B5FB 2A1EA 2F3EA 2QI3A 5P0ZA 5P82A 1SGZA 5P8SA 3QRMA 4U7VA 3QP0A 4L7JA 5P1PA 1KZKA 2G20A 5HE5A 1BXOA 1SMRA 3QAAA 4Y3FA 1K6VA 2VJ6A 3SQFA 3EL5A 3N3IA 3OU1B 4L1AB 2WEAA 4JPCA 4Y3QA 1LYWA 1DAZC 3BUGA 3OOTA 4DJQA 5P4IA 5P34A 3RVIA 4YDGA 5P85A 3KDDA 3PLDA 5P1EA 3R0WA 2AOJA 3DK1A 5P2KA 5P63A 1YG9A 3NWXA 3TL9A 3VYDA 5P3TA 5P5YA 1A8GA 4OBGA 3G72A 3EC0A 1FB7A 6FIVA 5P35A 5P33A 4YHQA 4K4RA 3MSLA 5P69A 2I1AA 1BVEA 1NPWA 3UDQA 5E5KA 5P75A 5P62A 2OHNA 2UY0A 2O40A 1HTFA 1BDLA 5P1FA 2H6TA 2IQGA 3SAAA 3SFCA 3K4VA 4GB2A 3S45A 3OQFA 5P3VA 3UDJA 2VA6A 3WSJA 3KMYA 5P6RA 5JODA 3O99A 1HEGE 1HSGA 5AGZA 3URJA 3VV7A 4D89A 5P2TA 1MUIA 5HDZA 5P8CA 2QP8A 3OXVA 4B72A 4ACXA 4GJ5A 4DH6A 5P2OA 1ZLFA 4Y41A 5P1DA 3UF3A 5IE1A 1A9MA 1BWBA 2V0ZC 5P51A 2ZHRA 4Q1NA 2Q15A 3R0YA 4AUCA 1W6IA 3OQ7A 3NSHA 2ZHUA 4B00A 3QIHA 3NU9A 5OZAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FIV A;  4Y45 A;  7UPJ A;  2F3F A;  5P04 A;  5HCT A;  3SAB A;  1GKT A;  4APE A;  1E5O E;  4RVJ A;  2O4S A;  2AZB A;  1LYB A;  4K4P A;  3LIY A;  5OYV A;  1HTG A;  4Y5M A;  1IDB A;  1HSH A;  2QHZ A;  3PGI A;  4AA9 A;  3OWN A;  1CPI A;  1BWA A;  4Y3X A;  5P39 A;  3RTH A;  2NXD A;  5P3I A;  5P2B A;  3RU1 A;  3QVC A;  4ZSM A;  4Y47 A;  2FNS A;  3K4V C;  3HVP A;  3APR E;  5HE7 A;  3PVK A;  5OZ7 A;  3EM6 A;  2PWC A;  5P3Z A;  5P7F A;  1W51 A;  4Y36 A;  4F76 A;  4Y48 A;  5P4B A;  2NMZ A;  5P28 A;  4APR E;  4Y4G A;  2VIJ A;  2G1S A;  3UDN A;  2WF3 A;  3FNT A;  2ZDZ A;  2VJ7 A;  4LXA A;  1TZS A;  3D1X A;  1A94 A;  1C6Y A;  5DR8 A;  5P10 A;  2ZGA A;  3WZ6 A;  5COO A;  1BVG A;  1ZSR A;  4RCE A;  4GJD A;  2IEO A;  2XFI A;  4JPE A;  3Q3T A;  1RV7 A;  3OUC A;  1FGC C;  4Y4D A;  2FS4 A;  3TKW A;  5P0Y A;  1XL2 A;  5P1Z A;  2ZJN A;  1D4L A;  3VUC A;  3VYE A;  5P5L A;  4Z4X A;  1D4H A;  3HLO A;  1D4Y A;  3QRS A;  3VYF A;  2ASI A;  5ENK A;  4OC6 B;  3D1Z A;  1RPI A;  5P6C A;  1T6G A;  3S53 A;  3FNU A;  5P7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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