5HDVA

Bace-1 incomplex with (7ar)-7a-(5-cyanothiophen-2-yl)-6-(5-fluoro-4-methoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-2h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2-iminium
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
384
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 384
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hdvA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hdvA02
4RCFA 2RKGA 3IVIA 2WECA 5OZPA 3RTNA 2OHNA 3QROA 5P1OA 3SABA 2J9JA 4GB2A 3UDYA 5HDVA 2PSUA 4J1EA 5P7IA 3G6ZA 3O9LA 3TPLA 5P5FA 3Q4BA 2AVSA 1T6GA 3KDDA 4U7VA 2A1EA 5JG1A 3EM3A 5P2DA 1YTJA 4Y4GA 2V00A 3LHGA 2AVMA 1SDTA 3OU3A 4PZWA 3CKTA 5P6WA 5P0OA 3G72A 3BVAA 5P2GA 2QZKA 5P6TA 3TPPA 5I3WA 4R92A 4NJVA 4Y3EA 5TOLA 5P0RA 4A6BA 4Y37A 4YDGA 5OZ8A 1GVTA 3PLDA 4CP7A 1NH0A 1B11A 2OHUA 5P8NA 4WTUA 5P8RA 4EJDA 2IKOA 2ZDZA 2EWYA 5P0MA 4I0JA 5P7DA 1ODWA 5P2SA 2R3WA 3PBDA 3CYXA 4GIDA 4KE1A 5DQ4A 2QP8A 2FNSA 5BRYA 5APRE 5P5GA 3B7VA 2QD8A 1UH8A 3VF5A 2B60A 1GNMA 2FLEA 5SXNA 4QLHA 5P2XA 5P5CA 5HU1A 1MSNA 2ER6E 5ENKA 5AH9A 5P7YA 5P5LA 3RTHA 5P26A 1QBUA 2I4WA 2QHYA 4GYEA 5P7XA 2BPXA 4QJ7A 4F75A 3VV8A 4J54A 3FIVA 1FGCC 2Z54A 5P3UA 2FGVA 1ZTZA 5P0CA 4R8YA 5KQZA 5P0SA 4EYRA 3NXNA 3M9FA 4F74A 4GJBA 1W5YA 1KJGA 5P6RA 3KYRA 2NXMA 5ENMA 2QI6A 4RYCA 3OK9A 2NNKA 1EBYA 2AZCA 2ZHRA 3SA3A 5AH7A 2XYFA 2WEBA 1ZPKA 5P4SA 3I6OA 5P7RA 3UQUA 5P01A 1E80E 1HRNA 5P2VA 4Y41A 2XFJA 5HE7A 5P09A 2QAKA 4AA9A 5P47A 3OOTA 1IVPA 4EWOA 5HCOA 3MWSA 1QBSA 4DPIA 3KDCA 5DR7A 1MERA 4Y3HA 1SBGA 3EC0A 5I70A 3CKRA 5P7JA 3TKWA 4FRJA 2AOEA 3L5DA 1MT9A 3KFSA 3PWMA 3R0YA 4Y3RA 3PBZA 1OEWA 1IDAA 5P76A 3DM6A 4Y3NA 5OZWA 2B8LA 3PGIA 4GJ9A 4WY6A 2I4DA 3OXVA 3NWXA 5P79A 1TZSA 4LXKA 4Y5LA 4ZSQA 4Y3WA 3OADA 4DQBA 4JPCA 1C6XA 5P6AA 3EL0A 2F81A 3WZ6A 2R43A 4FM7A 1BVGA 3IXJA 1W5WA 1FB7A 2QK5A 5P0GA 2XYEA 5P6DA 3LITA 3K5FA 5P7BA 3FKTA 1BDQA 4EHCA 3FX5A 3NDXA 5COOA 5P27A 1MIQA 3UDPA 2G21A 3PM4A 1FMXA 5P59A 4YD5A 5P1GA 4DQGA 4FLGA 5P33A 3Q5HA 1IZDA 1BWAA 4YHQA 5P6SA 2OHLA 5P7OA 4OC6B 4Y5AA 3NLSA 5ER2E 4GJDA 5P7FA 4MC9A 1PSOE 5OZ9A 3K1WA 4HE9A 5P1BA 5P39A 2O4PA 3SA4A 1CZIE 2VKMA 3UHLA 1TCWA 3SQFA 5OZUA 4I0GA 1K1TA 4Y5MA 1PPLE 4FRKA 3CIDA 3NDTA 2AOCA 5P60A 5DR0A 2G1OA 3NSHA 2H6SA 2AOFA 4U8WA 1W5XA 5P5AA 2BPVA 3WZ7A 5P7EA 2VA5A 5OYRA 4DJYA 1FMUA 5P1CA 4CPSA 5EZXA 5P4PA 5AHCA 1HPSA 9HVPA 4APRE 5P18A 5JODA 3EM4A 3GGXA 2Q64A 3SACA 2ZGAA 2PYMA 4Z50A 5P0WA 2QU2A 3S43B 5P86A 2AZ8A 4TVGA 1EC0A 3BGBA 1KJHA 4IVSA 5DR3A 2QZXA 2O4NA 4FRSA 2FDEA 1SH9A 5P1FA 5P5HA 2OHPA 1D4HA 2NXDA 1FG6C 5P6ZA 4L7JA 3Q70A 5OZQA 4GZFA 4H3GA 4K4RA 5P55A 4OBGA 2APRA 5BWYA 4OBHA 5AHBA 5HDZA 1HTRB 2B8VA 5P44A 4J0TA 3BRAA 5P7WA 4ACUA 2Q63A 2VIEA 1E82E 3OTYA 1EBKC 1SDVA 3IVHA 4I0HA 5P3PA 1ODYA 2QD6A 4K9HA 4ZSPA 5P5SA 1A9MA 4Y4TA 2ZJIA 3O9AA 3O99A 3TOGA 3SA5A 1BWBA 1W51A 2QI5A 1T6EX 5P2MA 4EP2A 1HTFA 5P4OA 3PSYA 5P35A 1YTIA 3OQ7A 5P10A 3UPJA 2PWCA 1YTGA 4DJXA 2G22A 3OU4B 3S7LA 5P4KA 2HC0A 5P8EA 3VF7A 5IVSA 5P70A 2V13A 5OZLA 1XS7D 4Y48A 1C6YA 1B5FB 1CMSA 4RZ1A 1HOSA 5P17A 5SY3A 5OZ4A 3BXRA 1EAGA 5P5KA 1WBMA 1W5VA 4BELA 4A6CA 1PFZA 2ZJMA 5P83A 4K8SA 4Y44A 1YTHA 4NPTA 3ZKMA 5B18A 4YD6A 5P3CA 5PEPA 2WF2A 5P1EA 5P4JA 3SLZA 4Q5MA 3BVBA 5E5JA 4EXHA 2B42A 3KM4A 3QP0A 2V12C 4MC2A 2NXLA 2QNNA 5DR4A 5OYXA 1G0VA 1QBRA 4B1CA 3HVGA 3OQKA 5OZ1A 4B72A 5P0HA 1AAQA 1APUE 3K4VC 5DR1A 3EXOA 3VLAA 3NWQA 4QJAA 4OBKA 1FQ8A 2P3AA 5P1PA 5P15A 5OYUA 1TW7A 2WJOA 4J0PA 1B6LA 5P6GA 3R4BA 5P3GA 4R5NA 1ZSFA 3BUGA 4KUPA 3R1GB 4I0DA 5P4DA 5P3OA 3SKGA 4Y4UA 3L3AA 4ZIPA 3U6AA 4Y4EA 2O4KA 3DOXA 4E43A 2G20A 2OHRA 4DQCA 4Y3YA 2G1RA 5P4TA 5P1SA 3IXKA 3PI5A 2V16C 4DH6A 4YOAA 1YX9A 5P4UA 5DQCA 4D85A 3INFA 3HD8A 3NU5A 3INDA 2CEMA 4R93A 4Y5BA 2AVVA 2ER0E 3BXSA 3HLOA 5OYSA 3ZKIA 4EQJA 5P3EA 3OY4A 1M4HA 4Y43A 2IS0A 3VG1A 3OU1B 3QN8A 4OC6A 5P2NA 5P0TA 5P3SA 1GVXA 3D91A 1MEUA 3TPRA 3ST5A 1DW6C 2AOJA 3O9GA 5P00A 1XE6A 5P2BA 4FE6A 4Y4DA 3O9CA 3TTPA 1A30A 1TSUA 3LIVA 5P51A 1W6IA 5P41A 2VNNA 1IZHA 3UDKA 2HIZA 3KN0A 2I4UA 1AJXA 4CMSA 2PK6A 4NKKA 4D89A 5P0KA 4D88A 5P5EA 3SPKA 3VFAA 3DJKA 1MRWA 4TRYA 2PQZA 5P6JA 1DPJA 2V10C 1BV9A 1EC3A 5P1VA 5AHAA 1ZP8A 5OZIA 3MSLA 5BS4A 5JFPA 5OZGA 4Y3MA 4I8WA 4JP9A 3CIBA 5P77A 1W6HA 2JYSA 3MXDA 3SKFA 1AJVA 5P1NA 4OD9B 3S7MA 2A4FA 2HM1A 1QBTA 2IEOA 3S43A 3PCWA 5P5XA 5OYTA 3TL9A 5P8OA 5P6LA 1AVFA 3QPJA 1YM4A 3VYDA 3OGQA 1IZIA 3UDNA 5P58A 1MTRA 1HXBA 2P3BB 3ER5E 5P1YA 4Q1YA 1AIDA 5P1ZA 2G1SA 3SM1A 2ER9E 3SA8A 4I12A 5P8UA 5OYZA 4MC6A 1K6TA 3SA7A 3IAWA 2G27A 3APPA 5P8VA 2P3DA 4HDPA 5P68A 3PI0A 5IE1A 5P3DA 4YE3A 3WB4A 5P4GA 1HSGA 5P72A 3UCBA 1NPAA 4CPRA 3WZ8A 3ZKNA 2IL2A 2VIJA 3I25A 4Y36A 5P36A 1EPQE 1PSAA 5P5RA 1CPIA 4PZXA 5HDUA 2BKSA 3D3TA 3KF0A 2HPEA 1XN3A 3OU4A 4RVIA 4CPWA 4GJ8A 5P7GA 2B7ZA 5P0AA 3OQAA 4L7HA 2WF4A 3PMUA 5P63A 1B5FA 4QJ8A 1YM2A 5OZOA 1SDUA 5P5PA 2F3EA 4J0ZA 3GW5A 4FL8A 4HZTA 5FIVA 3ZLQA 5P3BA 1IBQA 1A8KA 3GI5A 3D1YA 3O9DA 5OZYA 4I10A 2R9BA 2H6TA 3DCRA 3K5CA 3LPIA 5EZZA 5P6IA 5P3HA 5P74A 4YA8A 4H3JA 2PSVA 2FIVA 5KR0A 3RVIA 3LZYA 5OZCA 4DJQA 1G2KA 5P1KA 3LIYA 3OUAA 1HEGE 4RLDA 3VSXA 4EJLA 1PSNA 2B7FA 4LBTA 5E5KA 4Y3GA 2QI1A 2AQUA 5F01A 3HDKA 5P7VA 3KFRA 4RRSA 2QMFA 2I4VA 3LIXA 2VIYA 3D1XA 1D4SA 2PWRA 3D20A 2I1AA 5P6UA 3NU3A 5P29A 5P4HA 5P87A 2R5QA 3UDMA 3H0BA 4J1CA 4Y4JA 3NYGA 4I0IA 5P4MA 5P8IA 4I0ZA 4PPHA 4BEKA 5KR1A 1D4JA 3HBOA 3BC4A 1TQFA 1BVEA 5P8MA 1RV7A 3R0WA 4XXSA 1HIVA 4DVFA 4Y47A 5OYWA 5P4AA 2WF3A 4Y35A 1EPLE 3NU4A 2UPJA 5P14A 1HWRA 3VLBA 5P1XA 5P6KA 5IVQA 1LF4A 3BGCA 5P6BA 3EL5A 2ASIA 4RGHA 5P3AA 4Y3LA 4Y3JA 2JXRA 4K4PA 4LHHA 1AM5A 1LS5A 4Y38A 3ZPUA 4I11A 5P66A 1FLHA 2I4QA 3QI1A 1J71A 1F34A 2XFIA 5P13A 1M43A 5P4IA 3OU1A 4RYGA 5P7NA 5P80A 5OZVA 4QGIA 5P6XA 1HTGA 3DK1A 5P56A 1HSIA 2I4XA 2NMZA 4Y3QA 3LPJA 5P8FA 1E81E 1EBZA 2HB3A 5P2ZA 1ME6A 3BUFA 1HSHA 3PSUA 2WEZA 2ZJKA 4ZEAA 4HA5A 4J1FA 5P7UA 2PMAA 5AGZA 3OOZA 5P0IA 2G1NA 1RPIA 3DV1A 3S56A 5P0QA 5JFUA 3U71A 3UQRA 5HDXA 2IGYA 1KJFA 3CKPA 3ZL7A 3PB5A 4Y9WA 1PROA 1BXOA 3INHA 5P45A 4NJSA 5P3XA 3PRSA 2BPYA 2VJ7A 1NSOA 4OD9A 5P4VA 5P65A 5P1JA 5P2EA 3FNTA 1D4LA 5P6NA 5OZ3A 4L1AB 1HVRA 3VSWA 5OZFA 5P34A 5P7HA 2ANLA 2OHKA 5DGWA 5P7SA 3LIQA 2AIDA 5P7LA 1GVUA 2P83A 3OGPA 5KQYA 3O9EA 2P3BA 4FIVA 5HD0A 5P0XA 4Y4ZA 5P2HA 3C9XA 4Y57A 1HTEA 4Q1WA 5P8LA 4KB9A 5P23A 1DAZC 3T11A 5C9BA 5P0DA 4DJVA 2G1YA 4GJ7A 5OYYA 2SAMA 1BILA 3DUYA 5P5UA 2BJUA 2OHTA 3TOHA 5DQ2A 1F7AA 1GVWA 5OZ6A 4EJKA 2WL0A 1LV1A 4IVTA 4H3FA 5P5OA 4B78A 4ZPEA 3OQFA 3I8WA 5P73A 3EMYA 5OZEA 5P2JA 2Q11A 4ZSRA 5J25A 3VUCA 1LZQA 4FS4A 3KT5A 1SP5A 2VNMA 1K6CA 3K4VA 5SZ9A 2OF0A 5P8CA 4RVXA 3KFPA 1SGUA 5P3NA 5P53A 5OZZA 5P7CA 3LINA 5OZHA 2HAHA 1GNNA 3T7PA 1KJ7A 1Q9PA 3EL1A 5P5YA 2AOHA 5P88A 3SA6A 5P52A 5ER1E 3ZPTA 4Y50A 5OZNA 4Y5KA 2HB4A 2RKFA 5DQ5A 3ZKQA 3S85A 1MUIA 4Y4AA 5P50A 1B6MA 2AVOA 1FEJC 5P7KA 2FGUA 3INEA 1ZSRA 1N49A 5P2YA 4FAFA 1EC1A 1A94A 4Y45A 3AUPA 3JVYA 1LEEA 1IIQA 4OBFA 1QRPE 5P3IA 3QAAA 3UDQA 5P0EA 4YDFA 4Y4WA 4Y5GA 3EKPA 4ER2E 1SIPA 4J1KA 3QBFA 5P3JA 1ZAPA 2ZHSA 1LYAB 5P8TA 3EKVA 4FM8A 5P2WA 1ZPAA 4APEA 3HW1A 5P4FA 3GGVA 1QS8A 5P8JA 3KFNA 4EQ0A 4FM6A 2ER7E 1BDRA 5KR2A 3UFLA 5P0BA 3QRMA 1DP5A 3JVWA 2VA7A 3GI6A 1FQ6A 3LPKA 1HXWA 4J0YA 4AZYA 1SMRA 5P75A 3PCZA 5P8BA 5P02A 3MSJA 4LAPA 5P8GA 4B77A 1APVE 5P3KA 3RSXA 3SO9A 5I3XA 1C70A 2BQVA 3T7QA 5OYQA 1RQ9A 4FAEA 4J1HA 5P6MA 5COPA 4HVPA 2ZYEA 5OZMA 3IGBA 3PMYA 5P6VA 1KZKA 5OZRA 3ZKGA 5P64A 5P1RA 2IQGA 2IRZA 3O9IA 5P0YA 5P5ZA 1GKTA 1SGZA 3S2OA 2FNTA 2JJIA 2PC0A 1D4YA 4OBZB 3T3CA 2HB2A 4N00A 5HU0A 2UY0A 1MPPA 2NTRA 4EXGA 4GJ6A 4Y3FA 5P5VA 4L7GA 3DCKA 5P11A 3K5GA 4X2LA 4X7IA 4MC1A 2PSGA 1LYWB 3IA9A 3G70A 3L5BA 3GGAA 4L1AA 5I3YA 3PEPA 5P5WA 1XL2A 4XX4A 5P3VA 4M8XA 1B6JA 4I0EA 5P2QA 3TNEA 1MRXA 3KMXA 1HVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCF A;  2RKG A;  3IVI A;  2WEC A;  5OZP A;  3RTN A;  2OHN A;  3QRO A;  5P1O A;  3SAB A;  2J9J A;  4GB2 A;  3UDY A;  5HDV A;  2PSU A;  4J1E A;  5P7I A;  3G6Z A;  3O9L A;  3TPL A;  5P5F A;  3Q4B A;  2AVS A;  1T6G A;  3KDD A;  4U7V A;  2A1E A;  5JG1 A;  3EM3 A;  5P2D A;  1YTJ A;  4Y4G A;  2V00 A;  3LHG A;  2AVM A;  1SDT A;  3OU3 A;  4PZW A;  3CKT A;  5P6W A;  5P0O A;  3G72 A;  3BVA A;  5P2G A;  2QZK A;  5P6T A;  3TPP A;  5I3W A;  4R92 A;  4NJV A;  4Y3E A;  5TOL A;  5P0R A;  4A6B A;  4Y37 A;  4YDG A;  5OZ8 A;  1GVT A;  3PLD A;  4CP7 A;  1NH0 A;  1B11 A;  2OHU A;  5P8N A;  4WTU A;  5P8R A;  4EJD A;  2IKO A;  2ZDZ A;  2EWY A;  5P0M A;  4I0J A;  5P7D A;  1ODW A;  5P2S A;  2R3W A;  3PBD A;  3CYX A;  4GID A;  4KE1 A;  5DQ4 A;  2QP8 A;  2FNS A;  5BRY A;  5APR E;  5P5G A;  3B7V A;  2QD8 A;  1UH8 A;  3VF5 A;  2B60 A;  1GNM A;  2FLE A;  5SXN A;  4QLH A;  5P2X A;  5P5C A;  5HU1 A;  1MSN A;  2ER6 E;  5ENK A;  5AH9 A;  5P7Y A;  5P5L A;  3RTH A;  5P26 A;  1QBU A;  2I4W A;  2QHY A;  4GYE A;  5P7X A;  2BPX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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