2BPWA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpwA00
4QJ9A 4FSEA 5P5YA 5HE5A 2HS1A 2VJ7A 3EKYA 1EPPE 5P2BA 1UH7A 1CZIE 4YDFA 5P6UA 5J25A 4HDPA 3KFNA 5P8JA 3S2OA 4YBIA 4Y47A 5P5WA 1TCXA 3TNEA 3LPIA 2QMGA 5P5SA 2OHUA 5P11A 1EEDP 4I8ZA 2QD6A 4B72A 1IIQA 3FKTA 1D4HA 1HOSA 3S7MA 3S54A 1AM5A 5P0IA 3KYRA 1LYBA 1XN2A 5E5JA 4YBFA 1M43A 2AQUA 5P3RA 4D85A 1UPJA 3S56A 4Q1NA 2IGYA 5P3PA 4ZPFA 5KR0A 1HTGA 5DQ4A 2G21A 5DR3A 1YT9A 5OYTA 3NUOA 1QBTA 5F00A 3NWXA 3VF5A 2AVMA 3VSXA 1FFIC 3SPKA 3UQXA 3JVWA 5ENMA 2UPJA 5P7CA 1YTJA 3ZKQA 1TSQA 5HVPA 1GVUA 1GVTA 3RU1A 1LYAA 5P4XA 1IVQA 5HU1A 4CPQA 2CEJA 5P1UA 2QHCA 2QCIA 4K4PA 5OZXA 4PZXA 5UPJA 2NMYA 3QN8A 5P4JA 1HVSA 2VIYA 2ZDZA 2WEAA 3EM4A 3QROA 4Z50A 5P00A 5P1EA 2VA5A 1FFFC 4HLAA 4I8WA 4ZE6A 1HTRB 3U7SA 1M4HA 5P55A 5OZWA 2ZJJA 3VYEA 3NUJA 4FLGA 3K1WA 3G6ZA 4EJKA 2WKZA 4Y36A 5P4OA 3EKPA 3DJKA 4L7JA 3UFLA 3JW2A 1Z1HA 3EL0A 2PH8A 2F80A 3EL9A 4Y3RA 3PRSA 5OZFA 3BC4A 4J17A 3UCBA 1LZQA 3OAGA 5P2LA 5P1QA 5AGZA 3PJ6A 4RROA 5P7DA 3PSGA 4L7HA 3LIQA 5P2TA 3LIZA 4A6CA 4J55A 4WTUA 3WZ7A 5P4UA 4Y3HA 1AJVA 4Y4DA 5P3LA 5OZ4A 2OHSA 5P65A 1A94A 3ZKMA 1BILA 4OD9B 5P3SA 5P5GA 4J54A 4OBFA 1BVGA 4NJTA 4RGHA 1K2BA 3DOXA 5P54A 1GNNA 3F9QA 1NSOA 4HE9A 5P1MA 5KR1A 3KDDA 2WJOA 1B6KA 3NDXA 3KDCA 4DJYA 3EBZA 5BWYA 3ZPTA 3LZYA 3FV3A 4B1EA 1HVKA 3IN3A 3SKFA 4DJXA 4YA8A 3O9GA 5P67A 5P4SA 3OUCA 1RL8A 5OZPA 3KFPA 1SDUA 1HTEA 1ODXA 4Y48A 4KE0A 4H3JA 5P57A 3OTYA 2FXDA 4GJ5A 1YM4A 3OOTA 3NU4A 1IDAA 5P7PA 4FRKA 5P6IA 3BUGA 4EXGA 4FRJA 4J1EA 4BFDA 3EKWA 1G2KA 4Y4AA 5P1XA 1EPOE 3OU3A 3QRSA 1APTE 4S1GA 1GNOA 5P7RA 3OU4B 4FAEA 3PSYA 4Y54A 5P5JA 4J5JA 1MTRA 1FIVA 1B6LA 5P6EA 3VV7A 3UDRA 4EQJA 3OQAA 2VIJA 3FNTA 3LIXA 2Q15A 3O9BA 5P0QA 5DQ1A 3CIBA 1APUE 4PZWA 1E80E 4TVGA 3GI4A 3NU9A 2V16C 1D4JA 4MC2A 3BUFA 5P6WA 3PI5A 3NU5A 4E43A 3LIYA 2P83A 3BHEA 1LV1A 4M8YA 5IE1A 5P68A 4Z4XA 3G70A 3LZVA 1XE5A 3SFCA 4BEKA 5P7GA 2PSGA 3FIVA 2ER0E 2ZHRA 3L5DA 5KQYA 3TOFA 2A1EA 5KOQA 4TRWA 1BDQA 5P4WA 1ZTZA 3HVPA 5P3WA 2P3AA 4U8WA 3DCKA 3URJA 5P0VA 5P6VA 1ZPAA 5P8BA 2R5PA 4J1FA 2QZKA 2FLEA 4AA9A 5DQ2A 4OD9A 3VYDA 5P45A 4Y39A 5OZVA 2RENA 4IVSA 2QMPA 4YD6A 5P7LA 5P6BA 5APRE 1SIVA 3KF0A 2Q55A 1BDRA 3R1GB 5CLMA 2FGUA 2VA6A 3EKQA 4DQHA 3R0WA 5P2UA 5P34A 1FMXA 5P7EA 3UQPA 3L58A 3Q70A 3NDUA 3ZL7A 3IGBA 3SLZA 3NYGA 3O9CA 1YX9A 1Z8CA 5P6GA 2QP8A 4RCDA 2AVSA 1SGZA 2PSUA 5OZDA 2AVVA 4GZFA 1OHRA 5P12A 4D83A 1A30A 3OU4A 5P0NA 1WKRA 4I0DA 5COKA 4MC1A 4J1HA 3S43A 4FAFA 1MPPA 5P75A 2F81A 2QU3A 4Y3GA 3ZPUA 3NU3A 4Y5EA 1A8KA 3UF3A 2WEZA 4R8YA 5P2RA 1GNMA 5P05A 1T7IA 1PFZA 2XFKA 2HB3A 3O99A 3OADB 2CEMA 1MT8A 1VIJA 3BVBA 4DUSA 2NXMA 5P6NA 3H5BA 5P7QA 1MSMA 3VCMA 1BAIA 3LZSA 1N49A 6FIVA 2QZXA 2PK6A 3INFA 5P56A 2UXZA 2NXLA 4DJWA 3IA9A 5P7WA 5HD0A 3VSWA 4DV9A 3BXRA 2OHLA 5P8CA 1QS8A 5DR0A 5P4RA 5OYWA 3VFBA 1XN3A 3LITA 1XDHA 5P89A 3SA3A 5DQ5A 2G1SA 2WF4A 5P7SA 3Q5HA 5P8EA 4B00A 3UPJA 3IVIA 3FSMA 5OZIA 4Y51A 2HIZA 4D88A 2Q5KA 3MXEA 3VV8A 3GI6A 3TPPA 2WF2A 4WY1A 4HVPA 5OZGA 4Z2ZA 1Z1RA 5P8MA 1HSHA 1WBMA 2AOFA 3EM3A 3INHA 2WEDA 4R92A 1W6IA 5P2MA 1B11A 4ACXA 3HZCA 5P27A 5P7NA 3OXXA 5COPA 2ZJMA 1A9MA 5P41A 1SMEA 2QMDA 3TKGA 1TCWA 5HU0A 4RCFA 3FNUA 3RSXA 5P4NA 3ST5A 4Y5GA 3QRMA 3I7EA 2FDDA 5P3ZA 2VJ9A 4DPIA 4KB9A 3VEUA 2H6SA 5ER2E 2OHQA 3UDYA 5TOLA 1MEUA 4Y4TA 3PB5A 4CPRA 2F3FA 5P33A 1XE6A 5P81A 3APRE 4GMIA 5P0JA 3PLLA 2AZ9A 2OHKA 5P8FA 2HB2A 5P8LA 1MRXA 5P4PA 5OZUA 5P32A 2BKTA 1IZDA 2AOIA 3AUPA 3K4VC 4TVHA 5P0TA 3HAUA 3OADA 1T6GA 3ZKNA 2G26A 4CPTA 3BGCA 2FXEA 2B7FA 4ER1E 1APWE 4GIDA 2BPWA 3PVKA 1W5VA 5P0OA 5P5FA 4Q1XA 2V13A 1DAZC 5P2JA 4M8XA 2V0ZC 2AOJA 5OZ7A 5P69A 3N3IA 5P1NA 4B78A 2HB4A 4JOOA 1DMPA 1HPOA 1ZP8A 4L1AA 2Z54A 1IVPA 3LHGA 2AIDA 1DIFA 2UY0A 5OYSA 3CKPA 1MT9A 1F34A 3PBZA 4EPJA 3IAWA 1K6PA 3OTSA 5P7TA 1MUIA 2FS4A 1PSNA 5P4HA 1ZBGA 1SDTA 2APRA 2P8HA 1YTIA 5P5UA 4QJ8A 5P5VA 4COEA 1RPIA 3UTLA 3H0BA 2PH6A 1SGUA 5DGWA 4Y5BA 1FG8C 4FRIA 5OZOA 5OZ3A 3RTHA 2R43A 3DM6A 5OYRA 1G6LA 5P1RA 5P37A 1AXAA 3BXSA 4Q1YA 2V12C 1A8GA 3NU6A 4Y44A 5P0GA 5P6PA 3UDQA 5P06A 2ER9E 1T7KA 1BXOA 1BV9A 3OGQA 3R4BA 2G24A 5P0XA 3ER3E 5P1OA 4Q5MA 5DR7A 2AZCA 1PPLE 5KQFA 3PCWA 5P0CA 3U71A 4B05A 4OC6B 5P42A 3S8IA 5P63A 4ZEAA 2PMAA 4PPHA 1K6TA 3WZ8A 3UQUA 4J0TA 2R38A 5P02A 1HVHA 1FLHA 1VIKA 3S7LA 1J71A 3K5GA 5P5TA 2J9JB 3HD8A 3T3CA 5P2HA 4EJ8A 1NPVA 4QGIA 4TRZA 5P16A 3SM2A 2MIPA 5P8NA 3INDA 3HDKA 2O4NA 5P6ZA 5OZ5A 5P1GA 2NPHA 5OZ8A 4N00A 4OBDA 4Y4EA 5OYYA 5P20A 7HVPA 2QU2A 1BWBA 3OQFA 5P6TA 2F8GA 4GYEA 2Q54A 2P3BB 5P6XA 7UPJA 4U7QA 3UDNA 3CMSA 2ZJHA 3KN0A 2I4XA 4J0YA 3A2OA 5P49A 1B6JA 1FQ8A 2IEOA 2ZHTA 5OYVA 4Y3ZA 3QBFA 1EBKC 2PWCA 1W50A 1T6EX 5P78A 4KE1A 5P36A 5P1IA 4APRE 5P7HA 4JPCA 1KJFA 3D1YA 3L5BA 5DGUA 5P8QA 3FX5A 5P2YA 5P6DA 5P6RA 5KQZA 4DH6A 2B8LA 3S85A 5P2EA 5P35A 2I4VA 4DQBA 3OU1B 5HDVA 5P1FA 5P7OA 1YG9A 1KJ4A 4OBJA 4EHCA 1SBGA 2AOGA 5P07A 4NJVA 3FNSA 2XYFA 4B77A 5HDXA 3QAAA 5P6AA 5P8IA 3B7VA 5P58A 4DQFA 5AH7A 3BRAA 4YHQA 5P5EA 5P83A 2AZ8A 3QS1A 1HTFA 5P5BA 1LF2A 1W6HA 1GVXA 2NTRA 4RRNA 2BPZA 5C9FA 1QRPE 2QI6A 4HDFA 5P4CA 3Q3TA 3VYFA 4B0QA 5P53A 4OC6A 5P38A 5P5NA 1HPXA 5P80A 2NMZA 2B7ZA 3HAWA 5P19A 1QBRA 2JJIA 4Y3SA 2F3EA 3IXJA 5IS4A 1HSIA 2B60A 5P1SA 5P88A 5AH8A 5E5KA 4D8CA 1F7AA 1K1TA 2QNQA 3NWQA 5OZCA 5P84A 1HSGA 3O9FA 1U8GA 3UFNA 2ZYEA 5P6KA 5CONA 5P2OA 5SY2A 1HWRA 5P3CA 2V00A 5P1AA 1XL2A 4Y53A 1MVPA 3L5CA 5P7BA 1EC1A 3EL5A 4YD5A 1EPLE 4AZYA 1ENTE 5P5AA 4GJ6A 4RVXA 8HVPA 1ME6A 3PHVA 5OZKA 2HC0A 2P3DA 2AVQA 4J1IA 5OZEA 5P3DA 2P3CA 1FB7A 1MRWA 3LINA 5P5MA 2I1AA 4R5NA 1B6MA 5P08A 3OUBA 4J0ZA 3B80A 5OZYA 5P04A 3TH9A 5P86A 4YCYA 5P73A 3VV6A 3I25A 1LF4A 4Y3TA 3JVYA 4OBKA 3IXOA 3OU1A 1MIQA 4A6BA 2I4QA 1HVLA 1HVRA 3T7PA 5DR8A 2Q3KA 5P8SA 5P4ZA 2IGXA 2G1RA 1GKTA 5P3TA 1OEXA 4YD3A 4I10A 2QD7A 4H3GA 4FS4A 4Y4XA 3OHHA 2BBBA 5P09A 5P3OA 1KJHA 3ZMGA 5P2NA 5P0LA 4ACUA 1BBSA 4LHHA 5P3MA 4DPFA 3DUYA 5P7IA 4I0IA 5I70A 5I3XA 1EC0A 2R5QA 5P2IA 3O9EA 5P10A 2VIZA 5P26A 3UDPA 5P5XA 3KDBA 4CMSA 5P0BA 4RLDA 4XXSA 5IVSA 5P66A 5P8TA 5P0HA 1MSNA 2SAMA 1MT7A 4HZTA 1G0VA 2JYSA 5P1HA 5P5PA 3QVIA 5P47A 4YOAA 1EAGA 5DR4A 3VFAA 2H6TA 2V10C 4LL3A 5P3IA 1NPWA 4Y45A 4LP9A 5DR1A 1BV7A 1LS5A 3LPKA 4F74A 3QP0A 1HEGE 3OXCA 4Y4JA 1HVJA 4EP3A 2G27A 5P8RA 1YTGA 3APPA 1NPAA 1T7JA 2FDEA 3SA9A 1G35A 2HPFA 5C9BA 1EBYA 4DJUA 1B6PA 5OYQA 2IKOA 5P23A 1UH8A 4KUPA 3OUAA 4FSLA 5P0SA 5P59A 3DV1A 4Y37A 4F76A 2HAHA 1FGCC 2WL0A 3L38A 5P1BA 5P46A 4QJAA 1W51A 2G1NA 5P4VA 5P0FA 3PWRA 2PC0A 4FM7A 4Y3WA 4ZSMA 4FIVA 3ZLQA 4X2LA 3D1ZA 4Y5LA 4FCOA 3VLAA 5OZBA 3UDMA 3N4LA 5P87A 3TOGA 5F01A 3C9XA 5P6JA 5P79A 2QHYA 4Y58A 1FQ7A 4OBHA 2AOCA 2O40A 2BKSA 5P6HA 2RKGA 2I4UA 5P4IA 4Y3YA 1ZSFA 4L7GA 1KZKA 5P14A 5P74A 5C9DA 4Y4UA 3BUHA 4FE6A 1AZ5A 1ER8E 5HTZA 3PSUA 2BPVA 4I0EA 1RNEA 1FQXA 1K2CA 4Y3AA 3DCRA 4RYGA 4LBTA 5HDZA 4GJ7A 5OZZA 4Y43A 5P5RA 5ER1E 4I11A 5P8OA 1EPME 2ZGAA 3UDJA 3T11A 2BPXA 5P13A 5SY3A 4F75A 4DVFA 5P0KA 3EL4A 1TW7A 2ASIA 5ENKA 4B70A 3NXEA 3PWMA 5P3UA 1SP5A 2QI4A 5P29A 1ZJ7A 5OYZA 3TLHA 5KAOA 3BVAA 5P5DA 5P3GA 5P0EA 3KM4A 2QHZA 3ER5E 4Q1WA 2IDWA 4RZ1A 2BJUA 4Y50A 3T7XA 3BGBA 3IVHA 5P3EA 2BQVA 4DJRA 3KMXA 4LXMA 5P15A 3PWWA 1RV7A 5P8DA 4EJDA 5P4MA 1C70A 5P25A 3QIHA 3DK1A 3QBHA 3KT2A 1KJGA 5P6LA 3CICA 3WB5A 5P3VA 1HPVA 3CKRA 2XFJA 3GW5A 4FGXA 1LYWB 1HIVA 3OHFA 3URLA 4H3IA 2QMFA 3SKGA 2ZJIA 3KFRA 4I1CA 1EPQE 4Y3DA 4QJ2A 1FMUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ9 A;  4FSE A;  5P5Y A;  5HE5 A;  2HS1 A;  2VJ7 A;  3EKY A;  1EPP E;  5P2B A;  1UH7 A;  1CZI E;  4YDF A;  5P6U A;  5J25 A;  4HDP A;  3KFN A;  5P8J A;  3S2O A;  4YBI A;  4Y47 A;  5P5W A;  1TCX A;  3TNE A;  3LPI A;  2QMG A;  5P5S A;  2OHU A;  5P11 A;  1EED P;  4I8Z A;  2QD6 A;  4B72 A;  1IIQ A;  3FKT A;  1D4H A;  1HOS A;  3S7M A;  3S54 A;  1AM5 A;  5P0I A;  3KYR A;  1LYB A;  1XN2 A;  5E5J A;  4YBF A;  1M43 A;  2AQU A;  5P3R A;  4D85 A;  1UPJ A;  3S56 A;  4Q1N A;  2IGY A;  5P3P A;  4ZPF A;  5KR0 A;  1HTG A;  5DQ4 A;  2G21 A;  5DR3 A;  1YT9 A;  5OYT A;  3NUO A;  1QBT A;  5F00 A;  3NWX A;  3VF5 A;  2AVM A;  3VSX A;  1FFI C;  3SPK A;  3UQX A;  3JVW A;  5ENM A;  2UPJ A;  5P7C A;  1YTJ A;  3ZKQ A;  1TSQ A;  5HVP A;  1GVU A;  1GVT A;  3RU1 A;  1LYA A;  5P4X A;  1IVQ A;  5HU1 A;  4CPQ A;  2CEJ A;  5P1U A;  2QHC A;  2QCI A;  4K4P A;  5OZX A;  4PZX A;  5UPJ A;  2NMY A;  3QN8 A;  5P4J A;  1HVS A;  2VIY A;  2ZDZ A;  2WEA A;  3EM4 A;  3QRO A;  4Z50 A;  5P00 A;  5P1E A;  2VA5 A;  1FFF C;  4HLA A;  4I8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5OZ0 A;  5P0R A;  2IKU A;  1GVW A;  4Y5C A;  1OD1 A;  2P4J A;  2PQZ A;  5P2A A;  5PEP A;  5P8H A;  4JEC A;  2ANL A;  5P3K A;  5P40 A;  4I0G A;  5P2Q A;  4XKX A;  3MSL A;  4Y41 A;  3R0Y A;  1BXQ A;  1AAQ A;  5P4T A;  3G72 A;  5P2F A;  3RSV A;  4D89 A;  4MC6 A;  5DQC A;  3PMY A;  2XYE A;  4CKU A;  4I12 A;  2I0D A;  5KOS A;  5P7K A;  1APV E;  1QBU A;  4EP2 A;  5JFU A;  5P7M A;  2Q11 A;  1BVE A;  2I0A A;  1MER A;  3TTP A;  4RVI A;  3OK9 A;  4Y3M A;  3SAB A;  3EC0 A;  2FMB A;  5EZX A;  5P2C A;  4U7V A;  5P30 A;  2FNT A;  2VKM A;  2VNM A;  5P3X A;  1PRO A;  4AMT A;  5P3F A;  3CYX A;  1IZH A;  2PYN A;  1OEW A;  3EKV A;  5OZ2 A;  1EBW A;  3U6A A;  2QNP A;  1W5Y A;  3GGV A;  3WZ6 A;  5P7F A;  4TRY A;  5P2V A;  3UQW A;  2WEC A;  5P4D A;  1LYB B;  5P3H A;  1ZLF A;  2OHM A;  4OBZ A;  4Y35 A;  4Y5M A;  1K6C A;  5FIV A;  5P8K A;  2OHR A;  1B5F A;  2QI3 A;  5P7J A;  2PYM A;  4Y4B A;  3ECG A;  3PGI A;  5P3Q A;  4Y56 A;  3HBO A;  1LF3 A;  5P8G A;  5IVT A;  2VJ6 A;  4GJ8 A;  1FMB A;  1KJ7 A;  1HXW A;  3PEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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