3N3IA

Crystal structure of g48v/c95f tethered hiv-1 protease/saquinavir complex
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIVGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGFTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIVGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGFTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Insights into the mechanism of drug resistance: X-ray structure analysis of G48V/C95F tethered HIV-1 protease dimer/saquinavir complex
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 40
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3n3iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3n3iA02
5AH6A 2BKTA 4ACUA 1D4KA 3SA8A 5P0SA 3NU3A 3UDQA 2Q5KA 2IQGA 5P7LA 5KR1A 1APUE 3WB5A 1BDQA 5IVQA 1SDUA 5P3AA 4RROA 1IZHA 3TPJA 2ZE1A 4YBFA 4FSLA 5T4SA 2QMGA 5P46A 1LEEA 2J9JB 3VYDA 5P1WA 1JLDA 5P53A 4Y3YA 3DV5A 3O99A 2R3WA 3VG1A 5IS4A 1HPVA 3QRSA 3PHVA 5P69A 5P8HA 1FLHA 1K6TA 5P5XA 1EBWA 5P68A 2XFKA 3BXRA 5OZBA 4EXGA 4QJ9A 4DVFA 3NSHA 4HLAA 4YOBA 5P3EA 4Y36A 3TKGA 4I12A 1HWRA 3OXCA 2FXDA 5P22A 1FMXA 3IAWA 5P2QA 5P67A 5P7PA 2FGUA 3F9QA 4Y3RA 4D85A 4R95A 2VIZA 4TVHA 5OZ8A 4YHQA 5P5YA 3TPRA 5P6IA 5HD0A 2PWCA 1KJ4A 5OYRA 3IVHA 3S45A 2G22A 1AJXA 1HPXA 3T6IA 5P2MA 2OHRA 1ENTE 1GVWA 3D1XA 4GJ8A 4ZSRA 5P0TA 3LINA 3VF5A 1Z1HA 1YT9A 3VV6A 4DQGA 4B05A 2BJUA 3I6OA 3D20A 1W6IA 2HM1A 5EZZA 3EXOA 3BUHA 4QGIA 3CMSA 5DR8A 5ER2E 1EPOE 4Y35A 5P2LA 3NDTA 4ZE6A 3NU4A 2RSPA 4Z2ZA 5I70A 5HE5A 3LPKA 2QZWA 4UPJA 5C9DA 5P09A 5KQXA 1NSOA 1ME6A 5COPA 1MTBA 3GGXA 5P39A 3NXEA 3LIXA 5P42A 1F34A 3FV3A 3OQ7A 4FSEA 3VLBA 4Y4TA 5P0UA 5P6DA 5F01A 1XE6A 5P2UA 2AOJA 1E5OE 1E82E 2G27A 4FRKA 5OZ1A 3T7XA 3TPLA 3SA9A 4YCKA 3PEPA 3BGCA 2F3KA 5OZZA 3WZ7A 5OZDA 4CPSA 3GGVA 3FX5A 2OHTA 5P7IA 5P0JA 3K5FA 5AHBA 3L5CA 5P8BA 4APEA 2QD7A 4Y3AA 5P7BA 3H0BA 5OZYA 1APWE 5P02A 4I0EA 5P3PA 5P0AA 4FAEA 4HDFA 5P75A 2J9KA 5P5QA 3L38A 3KDDA 5I3WA 3MXDA 3G6ZA 2QP8A 5ENKA 5P3OA 5P1DA 4DPIA 3VF3A 4Y3JA 1MRXA 1META 5P2XA 5P20A 5P8SA 3IGBA 4EYRA 4NJTA 5OZTA 4Y3PA 4ZPGA 1FG8C 4Y3DA 4I0DA 3T7QA 5P36A 1HEFE 3ST5A 5OYUA 5P2IA 4X2LA 3OTYA 5P3IA 5P4MA 4Q1YA 4I0HA 5P2YA 2WF3A 4Y57A 2ZGAA 5OZ3A 5P0MA 1M0BA 2P83A 1PSAA 2BB9A 3O9BA 1BIMA 1HBVA 2IRZA 3GI6A 3HD8A 5P3KA 1HVLA 4RCFA 5OZWA 4J54A 1EBZA 4ZPFA 6UPJA 5P49A 4XX4A 3TNEA 1W50A 4ZIPA 4JPEA 5P7DA 2AZ8A 4K4QA 5P8KA 2AVOA 4L7JA 3PI0A 3OOZA 4J0ZA 4Y4DA 2R38A 1LYAA 4FM7A 3KN0A 2WF4A 4JOOA 5P59A 1BV7A 2FIVA 1NPWA 2V10C 1LYAB 5P5UA 4NJUA 4IVTA 2ASIA 1GVXA 1MTRA 1T3RA 3QVCA 2PH8A 2AOHA 2I4DA 4J1CA 4I1CA 5P2GA 5P0HA 5P5RA 3RTMA 2I4XA 5P7CA 2B7FA 5P2FA 3ZOVA 5P6JA 5P6NA 3EKTA 5P28A 4Y3MA 4CPWA 4TRYA 4FLGA 1MIQA 3UDKA 2QI6A 5P6XA 5P4FA 2ZJHA 1LYWB 2QNNA 2BQVA 2UY0A 3PRSA 4OBGA 1GNOA 2NXMA 2AZCA 4B1DA 1HTGA 4Z50A 1DPJA 5P61A 3VSWA 1T7KA 1SIVA 4DQHA 1BDLA 5P3TA 4A4QA 3K4VC 1B5FB 3FKTA 1KZKA 4J1KA 4Q1WA 2WF1A 3MSKA 1WKRA 2OHKA 3QRMA 1SGZA 3EM3A 4FL8A 3ZKXA 4S1GA 5P6SA 3KFPA 5P83A 3LZVA 5P4SA 5P7EA 5EZXA 4LL3A 1ZBGA 5KOQA 1G35A 3ZLQA 3LPJA 1FMBA 1GVUA 5P8CA 5DQ1A 4Y5CA 5P2CA 5P1PA 3C9XA 3S43A 5HVPA 2AOFA 1B6LA 3QROA 5OZMA 5P57A 3S43B 1MT8A 1YTGA 3UF3A 2G1OA 3PCWA 3URLA 5P4ZA 5HDVA 2VJ9A 3ZPSA 5P6OA 3EM6A 3IVIA 5P10A 4RVXA 5OYVA 2O4LA 3CYXA 3EKXA 3VLAA 1ZTZA 5OZPA 3U7SA 4XX3A 2UXZA 3GW5A 4DJXA 4Y41A 3INDA 5OZIA 2QNPA 5SY2A 1W5XA 3URIA 4DJVA 3O9IA 1AXAA 5P7MA 1ZAPA 5P0QA 2OHMA 4K4RA 4Y5KA 3T7PA 5P4XA 4GIDA 2G1RA 3VFAA 5P3WA 2OHPA 5P6QA 4GB2A 5P77A 1FKNA 2WKZA 4I0FA 2PSUA 1XS7D 3DJKA 3OU4A 5P6PA 4APRE 5P2JA 3LZUA 1GNMA 2A1EA 5OYQA 3OU4B 3OUCA 2AOCA 5P65A 4LP9A 4AA9A 4CMSA 1XL5A 4DQBA 1PPKE 4H3GA 5P1VA 5P82A 4GJ9A 3SA3A 5P4IA 2R8NA 3M9FA 4CPRA 1QBSA 2OAHA 1TQFA 5BRYA 1UH7A 2R43A 5DQ2A 4NJVA 2HS1A 2P3BB 5P51A 4Y4ZA 2PQZA 2VA6A 3VYEA 3KFRA 4A6CA 4HDPA 5OZNA 2B60A 3S7MA 4WTUA 4BELA 2ER6E 1ZPKA 4I0JA 2CEJA 4OBZA 3CIDA 2IDWA 2SAMA 1TCXA 3PBDA 1HIIA 3PWMA 3S56A 1MT9A 1APVE 4OBZB 4YCTA 3S2OA 4DQCA 1G0VA 4MC6A 1BILA 2PK6A 1B6PA 5OYYA 1XN2A 2FDPA 5P2TA 2B7ZA 1HIVA 5OZLA 3EL0A 4RVIA 2P3DA 1T6EX 2OHQA 4YDFA 1LV1A 3CICA 4K9HA 4OBFA 4U8WA 3RSVA 3L5DA 4Y3XA 5P8TA 3VYFA 5HTZA 2QU3A 2RMPA 2PC0A 1W5VA 3QN8A 3PGIA 3SA5A 2WECA 4PZXA 1XDHA 5P0EA 3QBHA 5JG1A 5P04A 1ZPAA 4PPHA 3U6AA 4Y5PA 2VIJA 1K6CA 5OZ7A 3ZKNA 2QHCA 4YD3A 2ZDZA 5P37A 5OZ2A 5P45A 1J71A 5P2OA 3H5BA 3L5EA 4F76A 3HDKA 5P0CA 5FIVA 5OYSA 5P4HA 5P3QA 5P70A 2QI4A 3SFCA 3ZMGA 1HHPA 4DPFA 5P3UA 5P1AA 2QAKA 5P5OA 1KJ7A 4OBHA 3PM4A 5P24A 3HZCA 4EJLA 3I7EA 3TOHA 3ZKMA 4Y3GA 3SM1A 1SMEA 1NPAA 3UFNA 1FQXA 2WEAA 3KFNA 2O4SA 5P84A 4QJ6A 5P8MA 5P3CA 3NU9A 5P3HA 3PWWA 1HVRA 4Y6MA 5P6RA 3D1ZA 3ZL7A 3QVIA 4Y3QA 5KAOA 2VIYA 1OEXA 3SO9A 3SLZA 1OHRA 3LNKA 4ER1E 1HVIA 2JJIA 5E5JA 5KR8A 4Y3NA 5BS4A 3UDHA 4Y4AA 3CYWA 5IVSA 3S85A 3NU5A 3NYGA 4GJBA 4OD9B 5P6CA 1E81E 4Y4JA 3MWSA 2QZKA 4CKUA 1EPRE 1WBMA 5P0XA 3RVIA 3BGBA 1BVEA 5P7WA 4GJAA 4J0TA 5P54A 4YCYA 5P3DA 5HU1A 3GI4A 4Y3FA 5HE4A 1B6MA 4HE9A 1M43A 4XKXA 2G1NA 5P32A 4B1EA 2F8GA 5OZ9A 2A4FA 4OBDA 2I4QA 2R9BA 1PSNA 3VSXA 4QLHA 1LF3A 1EEDP 3OOTA 2NTRA 3KF0A 3K5CA 5DR0A 2BBBA 3BHEA 3UDMA 5P29A 5P2WA 4KUPA 5KOSA 4EWOA 3PI5A 3BXSA 4GZFA 3SQFA 4Y39A 5APRE 5P74A 2QMPA 1YG9A 4BFDA 4D83A 5P5LA 5P6FA 2BPXA 3UDRA 5P1FA 3OAGA 1ZSFA 4RYGA 3SA4A 2RKFA 4TVGA 1RV7A 2AVQA 2ER9E 4EHCA 5HCOA 4CPQA 2NXDA 3PSGA 1QDMA 2G94A 5P5VA 4ACXA 1MSNA 3OAGB 4KB9A 3FNSA 5P73A 4EPJA 2AIDA 3PMYA 3INEA 1HTRB 4Y44A 2IEOA 3I2LA 2ZHRA 3SA6A 3ZKQA 3NWXA 3KM4A 3L5BA 5P6KA 1LF2A 3ECGA 1PPME 1B6KA 1ZJ7A 1W51A 3JVWA 2WHHA 4KE1A 4GJ6A 4YOAA 4L7GA 5P0RA 3APPA 1HVKA 5I3YA 3MSLA 1TCWA 3NUJA 4Y3TA 1EBYA 4L1AA 5P2AA 3PSUA 1MEUA 1YTJA 4YD6A 5P40A 5P8JA 2ER7E 1G6LA 3DCRA 2G26A 5P43A 4AMTA 3PLDA 5KR0A 1FG6C 1ZLFA 3PLLA 5P6EA 3NDUA 1DMPA 1C6YA 5P27A 4Y48A 3VF7A 5BWYA 3UPJA 3BRAA 4BFBA 5P7YA 4Y51A 3PJ6A 2RENA 4DQFA 3MSJA 1FQ6A 4H1EA 4Y4UA 3WB4A 1T7IA 1WBKA 5P15A 3UQRA 1UPJA 1FQ8A 2I4UA 5P11A 1HRNA 2PWRA 4L6BA 4Y53A 3CKRA 1IVQA 3Q4BA 4RCDA 2G1YA 1BVGA 1EC3A 4B72A 4Y4WA 2G1SA 2AOEA 3QBFA 2OHUA 5P79A 2P8HA 3WZ8A 4HZTA 3ZKIA 2I4VA 2PSGA 2APRA 5P60A 1KJFA 4EJKA 5P0IA 1NPVA 2P3AA 1E80E 4OC6A 3LIQA 5P0WA 5P6TA 3LITA 4B00A 3EKWA 3IXKA 4HDBA 5P6HA 5P1JA 2PMAA 3KFSA 5P8AA 4Y56A 2O4PA 5P52A 4Y5EA 1BAIA 1FIVA 5P18A 5P6ZA 2ZJLA 1T6GA 2MIPA 2QK5A 4Q5MA 1RQ9A 2FDEA 4OBJA 4Y3SA 1HSGA 4FM8A 4WY1A 3DCKA 5P2HA 4R8YA 1YM4A 2AVMA 2G20A 1N49A 5P8FA 1HXWA 3SAAA 1D4HA 4Y37A 5P13A 3K1WA 4FAFA 2BPYA 2OF0A 3TKWA 1UH9A 5P0VA 1BV9A 3RSXA 3U71A 4J1FA 2V00A 4HVPA 1DIFA 1IDBA 5P5ZA 5COOA 3R0YA 4J1IA 2UPJA 3OGQA 3N3IA 3OUDA 2CENA 1RL8A 3AIDA 1CMSA 1YM2A 2G21A 5HDXA 1XN3A 5P1LA 1IVPA 5P0ZA 1FMUA 3OUDB 1MRWA 1IBQA 4FIVA 3AUPA 5P0YA 5P2KA 4Y4XA 3Q70A 3TH9A 3S8IA 1XE5A 3UQUA 3EL1A 2VA5A 3ZPTA 1TSQA 5P7JA 4FRJA 4H3JA 5HCTA 5P48A 4KE0A 1EPNE 5OZXA 2QHZA 5P25A 3HAWA 3R0WA 1FFIC 4Y5GA 1LYBA 2BKSA 5DGUA 2PYMA 4Q1NA 5P5GA 1MERA 1RNEA 5ENMA 4DJUA 2H6TA 1D4LA 1LYBB 5P3MA 5P7TA 2QHYA 2FNTA 3IXOA 4F75A 2QMDA 2NPHA 4PZWA 4R5NA 3EKYA 3OADA 3HVPA 4FCOA 4DV9A 2ZHTA 3G72A 5P4OA 5IVRA 2OHLA 2QMFA 2Q3KA 3OWNA 5P03A 5KR2A 5JFPA 2VJ6A 3UCBA 8HVPA 5OZAA 3OQFA 4J5JA 2Q64A 5P1EA 3I25A 3PBZA 3UQPA 5P26A 4HA5A 5PEPA 5P4VA 4Y43A 2I0DA 4YD5A 4Y5AA 1AZ5A 2QNQA 4YDGA 5CONA 5P7VA 5P4LA 4RZ1A 5OZ4A 4IVSA 1EBKC 1MESA 3FNUA 2WF2A 1QBRA 1DW6C 5P3LA 1AIDA 5P2DA 1EPME 3KYRA 1YTIA 5P3NA 4TRWA 5OZKA 2AZ9A 5P38A 2B8LA 5P00A 2Z4OA 5OZ0A 1W5YA 5P3YA 5OZOA 3D91A 3QP0A 5P1UA 3QIHA 2F80A 3OUAA 1IDAA 2AVVA 3TPPA 1SDTA 3PMUA 5P6LA 3ER5E 1HTEA 4BEKA 5P2SA 4D88A 1SIPA 5AH8A 1BXOA 1MVPA 1HVSA 4QJ2A 3UDPA 5OZ6A 3TLHA 4ER2E 3ZKGA 4DJPA 4Y3LA 3OK9A 3PVKA 4NKKA 4K4PA 1EC2A 5P6WA 3G70A 3EKVA 3IXJA 4LXKA 4R92A 3UQXA 4GJ5A 5OZUA 5P47A 4DJYA 5IE1A 3NR6A 5P6YA 5P33A 4Q1XA 1A8GA 4TRZA 2PK5A 4ZPEA 4AA8A 5P7QA 4LC7A 3TTPA 3NLSA 4WY6A 4Y47A 5P44A 3S7LA 1YTHA 3T3CA 4FM6A 3TOGA 5P7GA 5P2VA 5P3RA 3OY4A 1HEGE 5P01A 4ZSQA 2NMZA 5P4PA 1IZIA 3CKTA 1G2KA 5P8DA 2R3TA 3UQWA 2WL0A 5P66A 4YBIA 5P1MA 5P7FA 5OZGA 3VFBA 5P1NA 5ISJA 3EL4A 2JE4A 4EQ0A 4LBTA 2HIZA 4EQJA 5P3FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AH6 A;  2BKT A;  4ACU A;  1D4K A;  3SA8 A;  5P0S A;  3NU3 A;  3UDQ A;  2Q5K A;  2IQG A;  5P7L A;  5KR1 A;  1APU E;  3WB5 A;  1BDQ A;  5IVQ A;  1SDU A;  5P3A A;  4RRO A;  1IZH A;  3TPJ A;  2ZE1 A;  4YBF A;  4FSL A;  5T4S A;  2QMG A;  5P46 A;  1LEE A;  2J9J B;  3VYD A;  5P1W A;  1JLD A;  5P53 A;  4Y3Y A;  3DV5 A;  3O99 A;  2R3W A;  3VG1 A;  5IS4 A;  1HPV A;  3QRS A;  3PHV A;  5P69 A;  5P8H A;  1FLH A;  1K6T A;  5P5X A;  1EBW A;  5P68 A;  2XFK A;  3BXR A;  5OZB A;  4EXG A;  4QJ9 A;  4DVF A;  3NSH A;  4HLA A;  4YOB A;  5P3E A;  4Y36 A;  3TKG A;  4I12 A;  1HWR A;  3OXC A;  2FXD A;  5P22 A;  1FMX A;  3IAW A;  5P2Q A;  5P67 A;  5P7P A;  2FGU A;  3F9Q A;  4Y3R A;  4D85 A;  4R95 A;  2VIZ A;  4TVH A;  5OZ8 A;  4YHQ A;  5P5Y A;  3TPR A;  5P6I A;  5HD0 A;  2PWC A;  1KJ4 A;  5OYR A;  3IVH A;  3S45 A;  2G22 A;  1AJX A;  1HPX A;  3T6I A;  5P2M A;  2OHR A;  1ENT E;  1GVW A;  3D1X A;  4GJ8 A;  4ZSR A;  5P0T A;  3LIN A;  3VF5 A;  1Z1H A;  1YT9 A;  3VV6 A;  4DQG A;  4B05 A;  2BJU A;  3I6O A;  3D20 A;  1W6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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