3UDRA

Crystal structure of bace with compound 14
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udrA02
5P01A 3SA4A 4H3JA 2AOJA 2BB9A 4I0FA 2CENA 4CPSA 3SA6A 5KR8A 5OZFA 3EC0A 4QJ6A 5KR0A 1A9MA 5P4TA 5P1UA 1FKNA 4BFBA 3PCWA 1YT9A 4CPWA 5OZ0A 5P2OA 4OBDA 4Y3SA 1AJVA 1LZQA 4Y5GA 5P48A 3NDTA 3VF7A 4D83A 1FMUA 3S7LA 1W50A 4XX3A 1APWE 4Y3AA 2PSVA 4Y3TA 4YD6A 2G26A 5P6IA 5P8BA 5DGUA 4B72A 5P25A 2NNKA 5P2TA 5P0NA 4DFGA 2I4VA 3EM4A 1IZDA 5P2QA 5P4JA 5DQ1A 3Q6YA 2ZHRA 2IRZA 2MIPA 5T4SA 5P18A 5OZKA 5P33A 3OK9A 2QD6A 1HPOA 3PB5A 1ZLFA 5P2DA 3DOXA 5P3LA 2PYNA 2OHSA 5EZZA 5P4DA 1RNEA 3NWXA 3RTNA 3BUHA 1FLHA 4R93A 4L7GA 5DPZA 5AHBA 2P3DA 5P3PA 2HB2A 5OZCA 5P0MA 2Q63A 1YM4A 5OZZA 5P61A 1CMSA 4Y4TA 1A8GA 2RSPA 4PYVA 4YA8A 3OHFA 3QRSA 4CP7A 4R91A 4GJ6A 4OC6B 5P34A 3LIZA 4Z4XA 5P4HA 5P49A 1MESA 1FQXA 5P6WA 5P4YA 3OU4A 3FX5A 2HPEA 1LF4A 1C6ZA 4QJAA 5P19A 1OHRA 3VLAA 1UPJA 5P7WA 5OZ7A 1D4IA 3SLZA 5IVRA 5P3VA 5KQXA 2Q55A 5P4NA 3MSLA 5P1ZA 5P4MA 4FM6A 4EPJA 1T3RA 2BPWA 4KUPA 3GW5A 5AHAA 3HDKA 3OUCA 2V10C 4Z2ZA 3KFNA 4Y44A 5P7KA 4DJRA 3EM3A 5DR7A 5OZ9A 5P17A 5P6BA 3BGBA 2PK6A 1HIHA 1TQFA 5OYVA 2AVOA 1AZ5A 3TOHA 3I7EA 5COOA 2B8LA 2ASIA 5P5LA 2V11C 3LPJA 2B7FA 2B42A 2ZHSA 1GVXA 1XL2A 5HDZA 1RV7A 5P8RA 2V12C 2WF1A 5ENMA 4Y3JA 4ZSRA 3KYRA 3LINA 1MEUA 2G94A 2QHZA 2VIEA 4FRSA 3EL1A 4MC1A 3IGBA 3S85A 3RU1A 1HEFE 3HZCA 2OHKA 4Y4AA 4APRE 3S56A 1EBWA 5P3FA 3BVAA 3UPJA 3GI0A 3VLBA 5P4CA 3S43B 1CZIE 1QBRA 2BKSA 2WL0A 5C9BA 1ZPAA 3I6OA 5P6QA 1HPVA 5P12A 4K4PA 5P2MA 4GJCA 5P8PA 2ZGAA 5P0JA 3B80A 2BKTA 5P3EA 1M4HA 4WTUA 3LHGA 1YM2A 5EZXA 3DCKA 4GJ7A 2IL2A 1D4YA 2QHYA 4RROA 1M0BA 3KFSA 5KQFA 1HVLA 1TCXA 2OHQA 4RYCA 2IEOA 3SAAA 1T7JA 5OYZA 3QBFA 1MPPA 5P40A 5P0XA 5P7ZA 2F8GA 3O9BA 5F01A 3O9IA 3UDHA 2P3CA 3OTSA 5OZMA 2UY0A 3LIVA 4HLAA 1AXAA 3BC4A 1D4LA 5I3VA 5P78A 3VEUA 3QRMA 3IAWA 4Y3RA 3KDCA 5P84A 2QD8A 5P79A 2WF0A 4DJPA 5P55A 5P7FA 3BHEA 4Y53A 2AVMA 4FAEA 4QGIA 3OUDB 5P7HA 1NPVA 5DR4A 2APRA 5P5IA 5P38A 5P69A 5OZAA 3OADA 1C70A 3DM6A 4Y58A 5P6JA 1HEGE 1HHPA 5P8TA 4DQEA 2AVQA 3MSJA 4Y3LA 1FQ5A 1PSNA 5P6NA 3TOFA 4BEKA 4LC7A 1W5YA 4RVJA 2I4QA 2O40A 5P7OA 4Y3XA 4IVSA 4Q5MA 3TPPA 1OEXA 5P47A 1SDTA 5P0QA 3L3AA 5P8KA 1HRNA 2FXEA 4Y5CA 3O9CA 5P8FA 5P4WA 2FMBA 3HLOA 3IVIA 1IDBA 5P5WA 2OHLA 1HTGA 4F76A 3O9DA 4NJTA 1EBYA 2G1NA 5P7EA 5P6PA 2OHMA 2XFIA 5P37A 2VIZA 3QVIA 1B5FB 1UH9A 4ZSPA 3SKFA 4EJ8A 4Z50A 4H3GA 3SPKA 5P0LA 1HVKA 3NR6A 5P4OA 3PMUA 1SIVA 5OZBA 5P1FA 2F80A 4APEA 4K4QA 3T3CA 5ER1E 5P36A 4Y5NA 3GI6A 5P5CA 5P28A 1W6HA 3TKGA 1FF0C 2H6TA 1B6KA 5P64A 3KFRA 5OZPA 3O9EA 1W5XA 1HVRA 4DI2A 4RRNA 1IZHA 4PZWA 4RLDA 3DCRA 1D4SA 2QHCA 3ST5A 3LITA 4L7JA 4FRJA 3EM6A 3HD8A 5P3YA 1UH7A 5P3KA 2V0ZC 4I0DA 1FFIC 4Y3GA 1B6PA 4ER1E 3EKXA 4NPTA 1BVEA 4Y3FA 4Q1XA 1BVGA 5P59A 3EKYA 3BUGA 4L6BA 5FIVA 4OD9A 5P65A 1E82E 1HVIA 3AIDA 4EJDA 5P2AA 2WEAA 5P1HA 5P0YA 5OYWA 2O4KA 2QAKA 4LP9A 1BDRA 3OUAA 4Y5PA 3TPRA 4ER4E 2P3BB 4ER2E 5P85A 1RL8A 4JECA 4PZXA 5P1PA 3KDBA 2BPVA 5P1KA 3ZOVA 5P8VA 5I70A 2Z54A 5P8QA 5P30A 4DQGA 2QU3A 5P2ZA 4EYRA 5P6HA 3QN8A 4TVGA 4EP2A 3OGPA 5P8JA 3L5FA 3FSMA 2AQUA 1AM5A 5OYTA 1WBMA 5PEPA 2VIJA 3QP0A 5P03A 3OQFA 3NUJA 4Y50A 3IXKA 3PCZA 5P8HA 4RCEA 3DK1A 2Q64A 1BIMA 1MT9A 5P1JA 1SIPA 3FV3A 2J9KA 5P6DA 3ZKIA 5HTZA 3UDMA 4Y5BA 5P02A 2AVSA 2QK5A 5P6XA 3RSXA 2AOCA 2AZBA 1FFFC 5P4VA 1TW7A 4OBKA 5P2RA 2HS1A 4RCFA 5DR0A 1LEEA 1LF2A 2P3AA 4YOAA 5P11A 3N4LA 3H0BA 3N3IA 5P05A 5P76A 2HB4A 3HVPA 4OBZA 3PSYA 1MSNA 5P0BA 2R43A 5P88A 3VYEA 4I0HA 4HDPA 5P73A 3VV8A 4B0QA 3HAUA 5F00A 3OGQA 3ZKMA 3VYDA 4CMSA 2VNMA 5AHCA 5HU0A 1PSOE 2BJUA 4Y39A 3ZKNA 4I10A 5P56A 3ZKXA 5AH6A 2IQGA 3OU1A 3HAWA 5P7YA 1W5WA 5P0UA 3PGIA 1BV9A 5P77A 5DR8A 2BPZA 5P0EA 5P5YA 2NTRA 3QAAA 4QLHA 1W51A 2RKFA 1APTE 5TOLA 3R0WA 5P8EA 3OXWA 5P53A 1B6MA 4M8XA 4EWOA 2J9JB 4MC2A 1ZJ7A 2O4PA 3WB5A 3S7MA 2IKOA 5P3TA 3SQFA 2ZHTA 1SGUA 4YE3A 5P4RA 4HVPA 4E43A 5P3IA 5P5PA 2FNTA 5P5DA 3D3TA 5DGWA 3INFA 2QNQA 3OU1B 2IGXA 5P5MA 2JJIA 2NNPA 1SH9A 2QNPA 1E80E 5P52A 3VG1A 3GGXA 4D85A 1D4KA 3Q70A 2XYEA 5P0GA 5P1YA 1EC3A 5P45A 4OC6A 1K1TA 4S1GA 4Z22A 1K6PA 5P2IA 3Q3TA 3VF5A 1Q9PA 4HEGA 4Y4XA 5P4LA 4Y4GA 4Y45A 1LS5A 3KA2A 4JPCA 4MC6A 1SMEA 3I8WA 5DR1A 3CMSA 5P72A 4FM7A 2F81A 4X7IA 5B18A 4DQFA 1KJHA 3EKVA 5P0IA 4OBHA 3O9AA 5P6TA 3PI0A 4CPQA 3R4BA 5P2FA 5OZJA 3R2FA 4Y9WA 4GJDA 2EWYA 3DV5A 3GGUA 2AOIA 4UPJA 4Y51A 4B00A 5P3RA 5P70A 4FGXA 5P7SA 3S54A 2QMFA 3EXOA 1QS8A 2QI5A 5P7QA 3OAGB 2QI7A 5J25A 3UCBA 4YOBA 4DPIA 2AOGA 3OY4A 5P1TA 3BXRA 1EAGA 5HDVA 5P4PA 3BUFA 5P87A 1DAZC 4L1AB 4I11A 5OYXA 1LYAA 1Z1RA 5DQ5A 2PH6A 1IIQA 1W6IA 2FXDA 4J55A 5KR1A 4EJKA 3UDYA 5CONA 3PLDA 3VFAA 2WEZA 4DVFA 2QP8A 5P6FA 3PVKA 4IVTA 5P6YA 5P5JA 5P0HA 3WSJA 1HXBA 3G72A 1K6VA 5OZ3A 3PWRA 4KE1A 1TCWA 1EBZA 8HVPA 4HE9A 5HE5A 4RVIA 4JOOA 4Y3EA 3S43A 1PSAA 5P3BA 1BXQA 3RTMA 5P6LA 2WKZA 1B6JA 3KT2A 2WECA 1ENTE 3S2OA 4I0JA 5P00A 1JLDA 5AGZA 5P0DA 3ZL7A 1K1UA 4DJVA 5HCTA 4AUCA 2OHRA 2WEBA 1LYAB 4Y36A 3UDNA 1KJFA 3T7XA 3OXXA 4K9HA 4R8YA 4B78A 5I3XA 1BDLA 1MT8A 5P4ZA 3K5DA 4AZYA 1HVJA 4U7VA 5OZDA 4ZSQA 5OYSA 5P6OA 5P3OA 1BXOA 3IN3A 5P5TA 3UQRA 4Y4DA 3ZLQA 5P07A 3FNSA 5SY2A 2PYMA 1PFZA 2IDWA 4J1KA 3LZYA 1EC2A 3KMXA 2PMAA 2WEDA 3SACA 3OUDA 5P1WA 5P63A 4R92A 2HC0A 5P1LA 4FS4A 5AH7A 1QRPE 5P13A 2FDEA 4RRSA 5P5XA 1NPAA 2BPYA 4RCDA 4J1EA 4YBIA 3VV6A 3UDQA 1G2KA 2FLEA 1EPOE 3PLLA 4GJ5A 5P1EA 5OZNA 2Z4OA 5P31A 3UDJA 1AAQA 5P5ZA 4Y5AA 5P8NA 1PPME 3URJA 2RMPA 5P60A 3ZPSA 5OZRA 9HVPA 2WF3A 3S53A 3PI5A 5KOSA 4Y3HA 3R0YA 5P3AA 1IVQA 1ZSRA 4Y43A 1XS7D 4LXMA 5P6CA 1XL5A 2I1AA 3BRAA 1NPWA 3LIYA 5P2NA 1MTRA 5ER2E 5P15A 4GMIA 1C6YA 5P6ZA 2ZJKA 4Y3ZA 1A30A 3UTLA 3B7VA 3CKRA 4Y5KA 4U8WA 3MXDA 5P3MA 4PHVA 3LZVA 5P75A 2ZJJA 2AZCA 1B5FA 3NXNA 3L5EA 1XN2A 4RYGA 5P7RA 2FNSA 4ZLSA 3MXEA 2G22A 5P2WA 2QI6A 4CKUA 3CKPA 5P4KA 3C9XA 4D8CA 1ODXA 5UPJA 3EBZA 1BV7A 4Y3MA 5P54A 1NH0A 4D89A 3APPA 2ZJLA 3EL0A 2PQZA 4ZSMA 5P3GA 3NDUA 3M9FA 5P6KA 3D20A 3U6AA 1FEJC 5P39A 3QS1A 3SA9A 4WY6A 2I4UA 2OHNA 5P2XA 4XX4A 1XE6A 2ER9E 5P0WA 1LF3A 4N00A 5JG1A 2R9BA 4DJXA 2P4JA 4Y47A 5P7XA 5OZYA 2B8VA 2Q5KA 5OYUA 1F34A 2I4DA 1HWRA 1ZBGA 4I0EA 4I0IA 1Z1HA 1APVE 4ACXA 1N49A 5P0AA 4DJUA 4COEA 5P6AA 5P7DA 3ZMGA 2FGVA 2HAHA 5OZUA 1VIJA 1QBTA 5P3JA 5P5BA 5P7GA 3L59A 4YDGA 2Q3KA 3OUBA 4NPUA 2CEMA 5P4QA 1AIDA 1FG8C 2NPHA 4HZTA 5P0KA 3S8IA 3K5CA 2IGYA 2VS2A 3O9LA 1DIFA 2P3BA 4I1CA 3VFBA 3PBZA 3ECGA 5C9DA 1FQ7A 5P3DA 7HVPA 3Q5HA 2IENA 3VUCA 3TH9A 5P57A 5P2HA 5P6MA 1META 4Y5LA 4TRZA 3GI4A 5P7MA 5OZTA 1HIVA 2Q11A 3K5FA 3NLSA 5HCOA 3O99A 5OZEA 6APRE 4DQBA 1PPKE 3SM1A 3QRVA 4J0ZA 5P4XA 2AOFA 4JPEA 1NSOA 5IVSA 4YDFA 4DJWA 1HOSA 3K4VC 3H5BA 4Q1YA 1QBSA 1IBQA 2QZKA 4Y4UA 5P16A 1ER8E 1G35A 4YD5A 5BRYA 2VKMA 3OHHA 2QMPA 1BAIA 4YD7A 2JJJA 5OZ2A 3PSUA 3PWMA 2G1YA 1B11A 3O9LB 4GJBA 4FAFA 2AZ9A 3QI1A 2HPFA 3ZKQA 1LYWB 1WBKA 3NUOA 3TPJA 3PHVA 5IE1A 5P4IA 1AJXA 5P5UA 3GGVA 1FQ6A 2O4SA 2PWCA 5P5SA 5P5QA 5P0CA 5P0FA 5DR3A 2ZDZA 3MSKA 3BVBA 5I3WA 1GKTA 4R5NA 4QJ2A 5DQ4A 2R8NA 6UPJA 3O9FA 4GJAA 7UPJA 5OZQA 4U7QA 4GZFA 4I8ZA 1XDHA 3RTHA 1KJ4A 3NU5A 3EKWA 5P3ZA 1EPQE 5COKA 3DJKA 5P1RA 1F7AA 5P06A 3VSWA 5P86A 5P7NA 3L5BA 3UHLA 1AVFA 3WZ7A 5P8OA 3NWQA 2R3WA 5P2JA 2VNNA 1D4JA 4KE0A 5P1NA 4Y4ZA 4L7HA 4ZEAA 3CICA 2P83A 1K2CA 1RQ9A 5P20A 2HIZA 3L38A 1HVHA 1MVPA 1GVWA 5DQCA 5P1IA 3URLA 4HDFA 4GYEA 4F75A 5P42A 5P6EA 2G27A 2J9JA 5HDXA 1PPLE 1T6GA 3INHA 5OZLA 3OOZA 4OBGA 5P26A 4A6CA 5ISJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P01 A;  3SA4 A;  4H3J A;  2AOJ A;  2BB9 A;  4I0F A;  2CEN A;  4CPS A;  3SA6 A;  5KR8 A;  5OZF A;  3EC0 A;  4QJ6 A;  5KR0 A;  1A9M A;  5P4T A;  5P1U A;  1FKN A;  4BFB A;  3PCW A;  1YT9 A;  4CPW A;  5OZ0 A;  5P2O A;  4OBD A;  4Y3S A;  1AJV A;  1LZQ A;  4Y5G A;  5P48 A;  3NDT A;  3VF7 A;  4D83 A;  1FMU A;  3S7L A;  1W50 A;  4XX3 A;  1APW E;  4Y3A A;  2PSV A;  4Y3T A;  4YD6 A;  2G26 A;  5P6I A;  5P8B A;  5DGU A;  4B72 A;  5P25 A;  2NNK A;  5P2T A;  5P0N A;  4DFG A;  2I4V A;  3EM4 A;  1IZD A;  5P2Q A;  5P4J A;  5DQ1 A;  3Q6Y A;  2ZHR A;  2IRZ A;  2MIP A;  5T4S A;  5P18 A;  5OZK A;  5P33 A;  3OK9 A;  2QD6 A;  1HPO A;  3PB5 A;  1ZLF A;  5P2D A;  3DOX A;  5P3L A;  2PYN A;  2OHS A;  5EZZ A;  5P4D A;  1RNE A;  3NWX A;  3RTN A;  3BUH A;  1FLH A;  4R93 A;  4L7G A;  5DPZ A;  5AHB A;  2P3D A;  5P3P A;  2HB2 A;  5OZC A;  5P0M A;  2Q63 A;  1YM4 A;  5OZZ A;  5P61 A;  1CMS A;  4Y4T A;  1A8G A;  2RSP A;  4PYV A;  4YA8 A;  3OHF A;  3QRS A;  4CP7 A;  4R91 A;  4GJ6 A;  4OC6 B;  5P34 A;  3LIZ A;  4Z4X A;  5P4H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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