5P7JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 316
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7jA01
1HIVA 1EPLE 2PYMA 1W5WA 1QBUA 2NXMA 4AUCA 4DJPA 3TOFA 5OYTA 1T3RA 3KA2A 4RCDA 3PLLA 4DQCA 2Q54A 1APVE 5AH9A 1K2BA 5P8LA 1BDLA 4AA8A 1WKRA 5P1YA 4DPIA 4YCKA 5P17A 4F75A 5HVPA 5P44A 1QS8A 2OAHA 5P41A 3UQRA 2WEDA 1AVFA 5P62A 3L58A 2VNNA 2IGXA 1QRPE 3R4BA 1SDTA 2V10C 3L5CA 5P76A 4I0IA 5P01A 5P6AA 5OZLA 1B6LA 3BGBA 3FNTA 5P3CA 2QHZA 3K5DA 2I4WA 4Q5MA 5DQ2A 5P0KA 2WF0A 5P7EA 5ISJA 4Y4WA 3PCWA 2QMDA 3NDTA 2G1SA 4OC6B 1EBKC 4FRSA 4YDFA 2QD8A 2IGYA 3QS1A 1C70A 4RYGA 4EWOA 4QJAA 1GVWA 4OBZA 4J1HA 2FIVA 4YD4A 2ER6E 5JODA 1HSGA 3HZCA 2FDPA 5OZVA 3OTYA 2NNPA 2Q3KA 3OHHA 4TRZA 5P7IA 3EL5A 2PSUA 4CPSA 3T6IA 1BWAA 5P18A 2RENA 1HEFE 5P4UA 4J0TA 1J71A 4DI2A 1Z1HA 5OZZA 5P1DA 5HU0A 4GJ7A 3S8IA 3OAGA 4DQHA 4RLDA 3A2OA 3UQPA 5P0CA 1W6IA 2PH6A 2Z4OA 3RU1A 5P1KA 5OYUA 2P8HA 4FRIA 5P1TA 2FNTA 5TOLA 1PFZA 4B00A 3KN0A 3APPA 4L7JA 4NJVA 5P0GA 5P4ZA 1ZSFA 3D1ZA 4Y4JA 4LXMA 5P1OA 2VJ6A 3PWRA 4MC6A 2F3FA 4Y4EA 5KQZA 1ZPKA 3VYFA 5P5WA 3VUCA 5P5RA 5P24A 1HPVA 1SMEA 5P4GA 2IL2A 4ZSQA 4X2LA 4OD9A 5P42A 5HCOA 2ASIA 3HAWA 1A8KA 1K6VA 1BWBA 5OZPA 5P32A 5DPZA 3N4LA 3ER3E 1B6KA 4FGXA 5P0BA 5P5FA 2VJ9A 3VYDA 5OZ7A 4H1EA 2IS0A 3UDHA 4APRE 4Q1NA 2I4UA 3VG1A 1ODWA 5P4NA 2G1YA 5BWYA 2P3BB 3T11A 3OGPA 1GVVA 1W51A 5P48A 5P12A 2PH8A 3OXCA 3RTHA 5OZCA 5IE1A 3BRAA 5P7HA 2QI0A 4D88A 3VFBA 2G24A 4JOOA 2UY0A 1SDVA 4D89A 2A1EA 2I1AA 3ZKIA 2A4FA 2ZHRA 3CYXA 4ACXA 4GJ8A 2R3WA 2QI5A 4JP9A 2P83A 2IDWA 3IXKA 3CKRA 2QI7A 3O9LA 4K4PA 5F00A 3DV1A 5AHBA 4DJUA 4GB2A 2EWYA 5HCTA 5P82A 5OZOA 5P8PA 5C9FA 4HDFA 1FG8C 1FQ5A 1QBRA 3OGQA 5HD0A 1K6CA 1NPAA 2PMAA 1LF3A 1SDUA 3DCRA 3OU3A 5P1ZA 2Q55A 2WL0A 2F3EA 1AJXA 4WTUA 6FIVA 4Y37A 2JYSA 4U8WA 5P0DA 4PPHA 1BDQA 2QZWA 5P61A 5P3XA 5AH8A 4LP9A 1MT8A 3OUDB 5P67A 1QBSA 1AXAA 2Q15A 4CPTA 2QNQA 5P4LA 5P3FA 4ZIPA 2P3AA 3S43A 1DMPA 3RTMA 1PSNA 1HPSA 3PBZA 4DJOA 4FAFA 3AIDA 1GVUA 3LNKA 2QMGA 3OQFA 1QBTA 3UDJA 3L5DA 1E81E 2R9BA 5OZFA 4Y43A 1A94A 3VF5A 3PWMA 3IN4A 1DAZC 2PYNA 3O9IA 2VIEA 2FXEA 3PMYA 4KE0A 1AAQA 1AZ5A 5P0OA 5P4RA 2QAKA 4Y6MA 4RCEA 1APTE 4Y3RA 3I8WA 1ZAPA 3LIZA 3K4VC 5P5GA 3F9QA 5P4KA 1FMXA 4B1CA 3I7EA 4RYCA 3ZKNA 2V00A 4RCFA 3LPIA 5P59A 3EKYA 5P0MA 2ZJJA 3LZYA 1ZLFA 5P4JA 4Y44A 3EM4A 3ZKSA 5P64A 5P7ZA 5P4YA 2I0AA 5P20A 5HDUA 5P75A 5P3PA 5P88A 1IZDA 5P3IA 3QVCA 2RSPA 5P66A 4OC6A 4Y39A 3UDRA 3PSYA 2V12C 3OOTA 4Z22A 4PHVA 1YX9A 5P1EA 1F34A 4J0PA 5P1UA 5P2SA 3UTLA 4EP3A 2HS1A 5P4WA 3KT5A 5P2KA 1OD1A 2XYFA 2ZJKA 5P6PA 1XE6A 5P7BA 4Y3QA 1HOSA 3IXJA 3PGIA 4PZWA 3T3CA 5IVSA 3UQXA 1ODXA 4EP2A 1ODYA 4CPXA 3PJ6A 4ZLSA 4HE9A 1TCWA 5P2XA 4J1IA 2FGVA 4TVGA 2QD7A 4I0EA 5P5KA 3T7QA 1EBYA 5OYWA 5P8RA 4ER4E 4YCTA 2VA6A 2B7ZA 1ZSRA 5P1BA 1PPLE 5P3WA 3NU4A 1LS5A 4B77A 5BRYA 3K5CA 3SKGA 3SACA 1KJGA 3NWXA 3R1GB 2AOCA 2NR6A 3EC0A 5P6ZA 4A4QA 5P1QA 5OZ6A 5ENMA 1EC1A 3ER5E 4Z4XA 2AOFA 5P2FA 1HPXA 4OBHA 5P8KA 5OZUA 4B70A 2FDDA 2P4JA 5P87A 3QROA 4I0GA 5P5PA 4B72A 1AJVA 3NWQA 3L38A 4L1AA 5OYYA 4XX4A 1LV1A 3EL9A 3UDMA 4Y4TA 4HLAA 7HVPA 3NXEA 1SGZA 2JE4A 1DW6C 5OZ5A 7UPJA 3VV6A 4GYEA 3R0YA 5P56A 2ANLA 3WSJA 1D4YA 5OZWA 2H6TA 3TPLA 3QRMA 3TOHA 1OEWA 4Y58A 3Q70A 1G2KA 3D1XA 4J0VA 3SAAA 2WF4A 2G1OA 3TOGA 5P8FA 5I3XA 4YCYA 1HTFA 3HBOA 3VFAA 2WEZA 4Y4XA 5KR1A 2G21A 4K8SA 5HU1A 1NSOA 4Y38A 4MC9A 2O40A 5P52A 4Z50A 1ZPAA 2B42A 3EM3A 5P4XA 2ER9E 1GVTA 3K5GA 4L6BA 5OZKA 5P1NA 3PSUA 4Y4UA 5P8MA 1EPRE 4LL3A 1BV7A 1KZKA 2Q64A 3SM2A 3VF7A 4Y3LA 5P3HA 3LINA 1LF4A 1EC0A 5P4QA 3WB4A 4GJAA 2I0DA 2FXDA 1B6PA 3CICA 4X7IA 2R43A 3IAWA 1G6LA 3OUDA 2V11C 2QK5A 5P7FA 2AVQA 5P6RA 5P7CA 5P7OA 1HEGE 1YTJA 3L5FA 1B5FB 3FKTA 3GW5A 5P40A 1FGCC 3K4VA 1C6YA 3FSMA 3ZPSA 1RQ9A 3EKVA 5P5CA 3DJKA 1APWE 5P3VA 2ER0E 2IKUA 1HVSA 4LAPA 1LYWA 5P46A 2AVVA 3TPJA 5P71A 3NSHA 3O9EA 5I3YA 5P2LA 2ZHUA 3LIVA 1E80E 2CEMA 3UQUA 2R8NA 1KJ4A 2BPWA 5P2YA 1KJHA 1ENTE 2PK5A 4PEPA 2RKFA 4FRKA 4I12A 1RNEA 4FIVA 5P0IA 5P7SA 4GJDA 2HB2A 4Y47A 4NKKA 1FFIC 1IVPA 3KFPA 3NU9A 3UFNA 4J1FA 3G70A 3BUFA 4J54A 4J1EA 1YTIA 3MXDA 5DGWA 5P0VA 4Y41A 3OWNA 5APRE 2WEAA 1E5OE 5DQCA 4OBFA 3SO9A 5DGUA 3OXWA 3PCZA 2WF2A 1LYAB 1FMUA 5P1SA 5C9DA 3EKPA 2ZJHA 5P03A 4FE6A 4GJ5A 5P0TA 5P68A 2ZJNA 2O4LA 5FIVA 5OYXA 5P1GA 3SM1A 1HVRA 1APUE 4RGHA 5P6NA 5P8OA 4Y54A 4YD5A 5P2IA 4I0HA 4YD6A 2BPXA 1K2CA 4HA5A 5OZSA 1EEDP 4Y5KA 5P26A 4GJ6A 1PPKE 4QJ7A 5P5DA 5P1WA 2HAHA 2O4KA 1U8GA 2VNMA 3UQWA 5DR3A 3IXOA 3SQFA 1AM5A 4Y4BA 2F3KA 3S53A 1RPIA 4EQ0A 5IS4A 2V16C 3MSJA 1WBKA 1BDRA 3ZPUA 4HZTA 5P3UA 4QGIA 3BUGA 4J1CA 5OYSA 3Q6YA 3UDYA 5P5HA 5OZ3A 1K1TA 5P8IA 4QLHA 5P1LA 5P3ZA 5P49A 5P2OA 2NMZA 2V13A 3R0WA 4LXKA 1BVGA 4DJXA 2O4SA 4ER2E 5P5SA 2H6SA 4Y5GA 4Y57A 4M8YA 3QN8A 5P4IA 1GVXA 1SGUA 5P27A 1SIPA 3ZMGA 2G94A 5P5EA 2J9JB 4I8ZA 5P3BA 2BPZA 1EC2A 5P11A 3WZ6A 5KQYA 1EPNE 3ST5A 4Y3DA 1SP5A 2QNNA 5P6EA 4D85A 1M43A 5P6SA 2ZJIA 5P2RA 1T6GA 1B6JA 1K6TA 1YT9A 4LBTA 1W5XA 5P4AA 2VIZA 2ZJMA 1IZEA 5P4CA 5P0LA 1C6ZA 3FNUA 3GI6A 4OBKA 5P57A 1BIMA 1TQFA 5P3GA 5P02A 3SA5A 1ER8E 4Y5LA 3ZKXA 3D1YA 4FS4A 5P2WA 2QP8A 5P10A 5P3MA 2RKGA 4I0FA 5P2TA 5HE4A 3O9HA 2QI3A 2BPVA 5P6QA 1DPJA 1MRWA 1MT9A 2PSGA 2QZXA 3BVAA 4Y4DA 5P7GA 1XN3A 5AHAA 1IBQA 4FLGA 1EC3A 4CMSA 2OHSA 5P6XA 4R92A 1SBGA 1XS7D 5P4EA 3EL4A 5ER1E 1IZHA 1LF2A 1T7KA 2XFKA 5P4TA 4EHCA 2ZHVA 3PBDA 5OZMA 1RL8A 3LHGA 2P3CA 4Y5AA 2PWRA 3ECGA 3RSVA 5OZIA 5P45A 4Q1XA 2OHLA 5P1CA 3JVWA 3GGXA 3QVIA 5P31A 2HPFA 4Y3XA 5KR2A 3UDNA 4M8XA 5P3DA 3NYGA 2B7FA 4OBDA 5P54A 5KR8A 1UH9A 3FX5A 2BBBA 5SY3A 5P8EA 4B1EA 4COEA 4FRJA 1G35A 5P60A 4EXHA 2AODA 5P1HA 4Y3SA 4KE1A 3NUJA 2OHQA 5P8SA 5OZ4A 1HTEA 5P6KA 1VIKA 5P16A 3Q4BA 5P5AA 2FS4A 2QMPA 1A30A 5P3NA 3KYRA 4Y5CA 5P4OA 5P0HA 3O9FA 4I8WA 2O4NA 4J0ZA 5OYVA 1HWRA 1W5VA 2CEJA 3G6ZA 1TW7A 5P5ZA 5P5JA 5P78A 5CONA 3UFLA 2G22A 3U6AA 4DQBA 1OHRA 5P0RA 4D8CA 4FM6A 5OZDA 5J25A 1LYAA 3PI5A 5HE5A 5OZ1A 1EPME 1FEJC 1FB7A 1UPJA 2QZKA 3UDQA 3H5BA 3S45A 4WY1A 4JPCA 3MSKA 5P2BA 2Q63A 3WZ8A 4NPUA 4EPJA 3EMYA 3QBHA 1D4IA 3URLA 4BFDA 5HE7A 2AQUA 4Y3NA 5P2DA 2WKZA 2VA5A 3ZL7A 3PEPA 4F73A 1MSMA 2IRZA 3IVIA 6UPJA 3I2LA 1HVCA 5KAOA 3S2OA 4D83A 5P28A 5P5LA 3URJA 4HDPA 4R5NA 4PZXA 5P0PA 2AOEA 3B7VA 3DCKA 5P8CA 5P3JA 5P84A 3BXRA 5P1FA 3CMSA 2FLEA 3MXEA 5P7NA 5P2VA 5AH7A 4N00A 4Y36A 1ZJ7A 5SY2A 1B11A 3EL1A 2FGUA 2ZYEA 5OZBA 2WJOA 5P0AA 4NPTA 1YG9A 3CIDA 5P51A 3JW2A 4BEKA 1HVKA 3RVIA 1M4HA 5P5VA 5P6YA 2OF0A 2Z54A 3KDCA 3IVHA 4IVSA 1D4HA 2QU2A 3LZSA 4YA8A 3ZKMA 5P7JA 4Y4AA 3EM6A 5P0YA 1MERA 3TNEA 5P8TA 4EJKA 2AVMA 5P5OA 2G27A 2QMFA 2JJJA 2PK6A 2PQZA 5P1IA 5P05A 4YOAA 3QBFA 5P3TA 5P4FA 5P5NA 1GNNA 1K6PA 3TL9A 5IVTA 3I25A 3NLSA 2AVOA 1NPWA 3OXXA 5P1PA 5ER2E 5KQXA 2QD6A 4OBZB 5DR1A 1IVQA 5HDZA 4J55A 5P89A 5P5IA 3S7MA 1ZBGA 2V0ZC 5P0SA 4R8YA 5P8NA 5P5QA 4YE3A 3QP0A 3T7XA 3U7SA 3MSLA 1IIQA 3VV7A 2QHYA 1M0BA 5P79A 4APEA 5OZXA 2QI6A 4CPRA 5P50A 1CPIA 4I10A 4U7VA 4Y3ZA 4Y3YA 4YOBA 4S1GA 5P80A 1EPQE 3NU5A 2P3BA 5P2AA 3GI0A 4I0JA 1YTHA 2RMPA 1D4LA 1HSHA 1DIFA 3URIA 4DVFA 3TPPA 4CPUA 5P7UA 5OZ9A 3D91A 3Q3TA 2BKSA 5P4MA 5PEPA 1B6MA 4FL8A 4QJ2A 1E82E 5KOQA 2OHPA 1BILA 1FQ7A 1IZIA 1FMBA 2FMBA 1MIQA 4U7QA 2P3DA 4XKXA 2AZCA 4RZ1A 1PROA 1HRNA 4Y3FA 2APRA 2NXLA 1YM2A 4DUSA 3SABA 5P86A 5P34A 4MC1A 2G26A 5HDVA 4AA9A 3CIBA 3ZKGA 1FQ4A 4RVXA 4TRYA 5P74A 4DJYA 3LPJA 5P69A 1BV9A 2JXRA 2WHHA 5P0ZA 4Y4ZA 5EZZA 1EBZA 2HB4A 2AZ8A 3QPJA 4I0DA 2J9KA 3NU3A 5P4BA 2OHRA 4DJWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HIV A;  1EPL E;  2PYM A;  1W5W A;  1QBU A;  2NXM A;  4AUC A;  4DJP A;  3TOF A;  5OYT A;  1T3R A;  3KA2 A;  4RCD A;  3PLL A;  4DQC A;  2Q54 A;  1APV E;  5AH9 A;  1K2B A;  5P8L A;  1BDL A;  4AA8 A;  1WKR A;  5P1Y A;  4DPI A;  4YCK A;  5P17 A;  4F75 A;  5HVP A;  5P44 A;  1QS8 A;  2OAH A;  5P41 A;  3UQR A;  2WED A;  1AVF A;  5P62 A;  3L58 A;  2VNN A;  2IGX A;  1QRP E;  3R4B A;  1SDT A;  2V10 C;  3L5C A;  5P76 A;  4I0I A;  5P01 A;  5P6A A;  5OZL A;  1B6L A;  3BGB A;  3FNT A;  5P3C A;  2QHZ A;  3K5D A;  2I4W A;  4Q5M A;  5DQ2 A;  5P0K A;  2WF0 A;  5P7E A;  5ISJ A;  4Y4W A;  3PCW A;  2QMD A;  3NDT A;  2G1S A;  4OC6 B;  1EBK C;  4FRS A;  4YDF A;  2QD8 A;  2IGY A;  3QS1 A;  1C70 A;  4RYG A;  4EWO A;  4QJA A;  1GVW A;  4OBZ A;  4J1H A;  2FIV A;  4YD4 A;  2ER6 E;  5JOD A;  1HSG A;  3HZC A;  2FDP A;  5OZV A;  3OTY A;  2NNP A;  2Q3K A;  3OHH A;  4TRZ A;  5P7I A;  3EL5 A;  2PSU A;  4CPS A;  3T6I A;  1BWA A;  5P18 A;  2REN A;  1HEF E;  5P4U A;  4J0T A;  1J71 A;  4DI2 A;  1Z1H A;  5OZZ A;  5P1D A;  5HU0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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