4Z50A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20d25n with tucked flap
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLNTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Conformational variation of an extreme drug resistant mutant of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4z50A00
4RVJA 2V13A 5HE7A 1YM2A 5OZMA 1GVVA 5COOA 5P3UA 5P6YA 5P8LA 1SIPA 2WF4A 4DQCA 3K5CA 3LIQA 5HVPA 4H3GA 4PYVA 1FQ8A 4HE9A 2QI7A 5P5XA 5P56A 5P4HA 2I1AA 4RZ1A 2ZJHA 1D4LA 1TCWA 5P70A 5P3OA 3KT5A 4B05A 5DR1A 1BWBA 2FNSA 2ZE1A 1HOSA 3OU3A 3PSGA 3QS1A 3D91A 5OYTA 5ISKA 1ZSRA 5P29A 4DJRA 2G21A 5P0UA 3T6IA 5P00A 4DPIA 5P5KA 5BWYA 4Y37A 3S56A 2ZHTA 5P4AA 3K1WA 5P71A 4Y54A 3UTLA 5P37A 4Y5MA 2PSVA 2RMPA 5ER2E 3DCRA 5P73A 1SDUA 3PWWA 5P6TA 5P35A 4J17A 4DI2A 5P19A 4LAPA 1EC3A 2FXDA 4TRZA 1AIDA 1PPME 2ER7E 4J1HA 5P87A 2FS4A 3T3CA 5P3RA 3OAGA 3SA8A 1DAZC 1YTIA 4Y4WA 5P13A 1B5FB 3QIHA 3IA9A 2WEBA 3UFNA 4EP3A 4DQGA 4Y51A 3L5BA 5P7RA 3VF5A 1HTEA 5P3LA 5P5ZA 4L7HA 4X2LA 2R3WA 2FLEA 3QAAA 2WHHA 2QK5A 5P82A 3IVHA 2G26A 1HTFA 3OUDB 4EJLA 5OZ1A 4EWOA 5P6WA 3ZKXA 5P5MA 2ER6E 1HIVA 5P6MA 3OQKA 3BRAA 3D3TA 4APRE 5KAOA 4FRJA 2QMPA 5T4SA 3UDNA 2PC0A 5P0OA 5P3DA 2Q63A 3FV3A 5DR0A 3HLOA 3NWXA 3IXJA 4HDPA 4NJSA 5P2OA 2OAHA 3IN4A 3VYEA 4Y3NA 5P8PA 4J54A 3KF0A 5P6NA 5P31A 3NUOA 3TH9A 2AVOA 1FIVA 4AMTA 1UH8A 1T6EX 3CYXA 4I8ZA 5P1IA 3SA5A 3CICA 5P15A 5P0FA 1HPXA 1YTJA 2XYFA 3GGAA 4FM7A 5AHBA 5P8NA 4EP2A 3OUCA 1W51A 4OD9B 5P0ZA 3ZKNA 1K1TA 3VV7A 4QLHA 3URIA 3KMXA 1SGZA 2HS2A 4F75A 4X7IA 5P2HA 1MVPA 3ER5E 5OZ3A 2G20A 4I10A 5P1ZA 5P72A 3OU4B 2AVVA 3UQRA 3Q70A 2BPWA 5P3JA 3PJ6A 2BB9A 3PWMA 4ER4E 3FNSA 4RCDA 4GZFA 2QMGA 5OZNA 3SM1A 4LXMA 2G1OA 4EJ8A 4Y3GA 5P80A 4XX3A 5P42A 2AOHA 6APRE 1T7JA 4RVXA 4Y3TA 5P0JA 4CPQA 5P5LA 3T11A 5P5QA 3SO9A 1HIIA 4FRKA 5P6BA 4K9HA 4Y56A 5OYXA 1HTGA 2ER0E 1HPSA 4NPTA 1HVHA 4I0FA 3HDKA 3L5EA 3LIZA 2R5PA 3DK1A 4Y4EA 5AHAA 3KDBA 2QZKA 5P6DA 1YX9A 4GJ7A 5P3HA 5P1WA 5IVQA 5TOLA 3URJA 5P7QA 4E43A 1W5XA 2UXZA 3NR6A 4RRNA 3EL5A 3DM6A 5P2KA 4LL3A 2RKFA 4RCFA 3UHLA 1MESA 2BKSA 2PH6A 3APPA 1TW7A 1C70A 3JW2A 2NR6A 1XE5A 3H0BA 5OZ4A 2B60A 4ZSPA 2NMYA 4KE1A 2QU2A 4GJBA 3Q4BA 1IZHA 1VIJA 4XKXA 1QBSA 4WY6A 1HPVA 1WBKA 1C6ZA 5P8OA 1IDAA 3QROA 5KQZA 1NPVA 2ZHUA 4R8YA 2HB2A 4COEA 2H6SA 2OHUA 3I6OA 2V16C 4H3JA 1MERA 3EBZA 4R5NA 5P6UA 5HE4A 5P3GA 6UPJA 1K2BA 5OYYA 2JJJA 2J9JA 1APTE 2B8LA 4CPUA 4I0ZA 5P2CA 2Q3KA 1XDHA 3GGXA 2VNMA 2Q11A 1FQ7A 2FIVA 4TVGA 3AUPA 4OC6B 4YD5A 1KJ7A 1F7AA 4ZIPA 5P46A 5P2JA 2IGYA 2AOCA 1HSGA 1TQFA 5P5OA 3TPJA 5P22A 4NJTA 5P2XA 3TL9A 3NYGA 4Y36A 5UPJA 2P83A 5P5JA 4DJQA 1MEUA 1BILA 4PZXA 1CZIE 1PSNA 4L1AA 5P40A 3CMSA 5KQFA 2AOGA 3L5FA 4XX4A 4KE0A 5OZ6A 1QBRA 2NNKA 3INDA 4FRIA 2V00A 4Y4AA 5P63A 5P6IA 5OYWA 4OBGA 5P7VA 5P2GA 1XS7D 3EL0A 2B8VA 5P04A 1K6CA 2FDEA 1GNMA 4OBDA 4I0EA 4FM8A 1YTGA 2QMFA 5P25A 1FB7A 1KJHA 1LF3A 2AVSA 5P4XA 1BAIA 5HD0A 4OBFA 5P7BA 5P17A 5P84A 4S1GA 3OK9A 3PM4A 1M0BA 2G22A 1W5VA 3NWQA 4Y41A 5KR8A 4QGIA 2R9BA 2AZ8A 1EC0A 3KYRA 5P8RA 4QJ8A 3OXXA 4Y3JA 5P7WA 4Y5GA 5OZEA 5P1BA 3IAWA 3SKFA 3S43A 3TTPA 1SMEA 4CMSA 2BKTA 2R3TA 5P83A 5P3YA 4CPXA 5DQ1A 5P7PA 4DV9A 3UCBA 2B7ZA 3TKWA 5P5BA 4FAFA 5IE1A 5P6ZA 1K6PA 2VA6A 5P7UA 1T3RA 5P65A 3D20A 3K4VA 4NJVA 4A4QA 5P5SA 3OGQA 4K8SA 1Z8CA 1APUE 2O4KA 2I4WA 4J0PA 5OYSA 5P1MA 5P41A 5P8VA 5P6VA 5P12A 1FQ4A 3L5CA 3ZL7A 3HVPA 4LXKA 5OZCA 2R43A 4RYCA 5P6HA 5J25A 4DJPA 4APEA 5P3FA 1NH0A 3T7QA 2XYEA 3O9CA 5P86A 2P3BB 2PYNA 3QVCA 5P78A 2ZJLA 1HSIA 2XFJA 9HVPA 3CKPA 5JFUA 2UY0A 3OQDA 3PMUA 5AH6A 5OZRA 5P08A 4L6BA 4Y3DA 5P01A 2B7FA 3K5DA 5OZ2A 4Y3PA 5P0WA 5P2EA 2QHYA 3TOHA 5AHCA 1MTBA 2QU3A 2WF3A 2RSPA 2WEDA 3O9AA 4MC9A 1HHPA 1JLDA 5OZ5A 1ZLFA 5P5DA 1BVGA 5P3NA 5P5NA 5OZ8A 5P2IA 1KJ4A 2WF0A 5P1VA 2PYMA 1CMSA 5EZZA 2ZGAA 2QI5A 3OTSA 5P16A 2QI1A 3UDJA 5P6PA 4J0YA 3OHHA 1IVQA 4M8YA 5P5WA 1T7KA 2ZYEA 3B7VA 5OZJA 2PWCA 3LZYA 2HPFA 2A4FA 3RVIA 1LYAA 3SLZA 5JODA 5JFPA 3SFCA 3BGBA 4B78A 1TCXA 1AZ5A 5P2SA 5AGZA 3BXSA 4YA8A 4CPRA 4Y57A 4NKKA 3VF3A 2VA5A 2ASIA 1HVLA 5P61A 3MXEA 2F3EA 3TKGA 1AM5A 1D4JA 1T6GA 4J1FA 3O9GA 2JE4A 3LPIA 2V0ZC 1ZPAA 3I7EA 3U71A 2EWYA 5HCTA 3GGVA 5OZ0A 3TPLA 5P4ZA 4A6BA 2NNPA 3JVYA 5P5YA 4Y3WA 3IN3A 3Q5HA 3MSJA 3S54A 5HU0A 3GI0A 2AOJA 4ZLSA 3BUGA 1LYBA 4UPJA 3SACA 2JXRA 4DQEA 4I1CA 3PSYA 5P39A 5P67A 2WEZA 2IENA 1XE6A 5P30A 1QBUA 3OXWA 1FMUA 1G2KA 1MUIA 3N3IA 4U8WA 1CPIA 5DGUA 5P4JA 3CYWA 1YM4A 4Y4ZA 2F81A 2O4LA 3SA6A 5P0PA 5P5VA 3VCMA 2G1YA 3INFA 5P88A 4Y4XA 2IQGA 3L58A 3QRVA 1UH7A 3NU5A 1FKNA 5P75A 4CKUA 2I4UA 5HTZA 5P3XA 4B0QA 5P2NA 1G6LA 3PBZA 3L38A 3O9LA 5P02A 5OZLA 1NPAA 1EPRE 5P47A 3RSVA 5P5GA 3OU4A 5P8QA 4Y43A 2Q15A 4R93A 4EQJA 2QNQA 4Z50A 2J9KA 3I8WA 3WSJA 4JPEA 5P7FA 5P74A 4EXHA 1AVFA 5OZYA 4I0GA 5P7LA 4AA8A 5P76A 3SQFA 1U8GA 4YD7A 1HVRA 5P3BA 3D1ZA 5P20A 3K5GA 3NSHA 5P8IA 1FQXA 4YBIA 2Q64A 5P1TA 2OHSA 1ME6A 5P4RA 5P1EA 3QRMA 1E82E 1XL5A 2Q5KA 4OBJA 3L5DA 5DR7A 1ZBGA 4KUPA 4TRWA 5P05A 1Q9PA 4YCTA 4Y9WA 4DH6A 5JG1A 4ER1E 4FM6A 5P6SA 1EPPE 4N00A 4D85A 2VJ9A 3BUHA 3FKTA 3S2OA 2BBBA 3EXOA 3SA4A 2ZHVA 5P85A 1HEGE 5P44A 1VIKA 3OADA 3S7MA 2G1SA 1SDVA 2VIEA 1SP5A 5KR0A 2PSUA 4FLGA 1AJVA 7UPJA 3VEUA 5P32A 3QI1A 3ZPSA 4PZWA 5P3VA 2HAHA 2IKOA 4PPHA 4J0VA 5P1AA 3VFAA 5P4IA 3IXOA 5I3WA 4K4PA 4FSLA 5SY3A 3RU1A 3ZPTA 4WY1A 5APRE 3QP0A 1EC2A 5PEPA 4ACXA 5P1CA 5P10A 5P24A 3DV1A 5P49A 1LF2A 1FMBA 5P8JA 3QVIA 2AZCA 3VV6A 3RTHA 1FF0C 1OEWA 3HZCA 5P7EA 1ZTZA 3ZPUA 4L7GA 1DMPA 1EBKC 4HDFA 1KJGA 5P1OA 5P7NA 2SAMA 4B1CA 2XFKA 5P2ZA 4Y3EA 1HRNA 4FAEA 5P0QA 2IS0A 5P0TA 4OBHA 2Q55A 5P0AA 5P3WA 1C6YA 5P3TA 4K4RA 3MXDA 3IGBA 1GVXA 1BDRA 2QD7A 3OAGB 3OQ7A 3UFLA 4GJ6A 5P5EA 5P6AA 1HTRB 4MC6A 4J5JA 4Z2ZA 5P51A 1ZPKA 2QMDA 3A2OA 5KR1A 5P60A 3HAWA 5P1UA 3SABA 3T7PA 2BPZA 5P6KA 1IZEA 1MT8A 4GYEA 5P43A 3UQWA 1FFIC 2B42A 1QBTA 5P2MA 1DW6C 5P3EA 1EC1A 4Y3YA 4YDFA 5E5KA 3F9QA 5P0LA 2AODA 1J71A 3BC4A 2WKZA 1EPOE 2OHLA 2AZBA 5P0RA 3VG1A 3KFRA 5P8UA 3R0WA 1W5WA 4DJWA 4BFBA 4RVIA 5EZXA 2IL2A 5P8SA 5P0EA 3S45A 2QI6A 1WKRA 5DR8A 4AA9A 5OZVA 3BGCA 2F3KA 4MC1A 5P6FA 1F34A 1ZSFA 3T7XA 3EMYA 1ZJ7A 1HIHA 2AQUA 2PK6A 2MIPA 1APVE 1LYWA 2F80A 4XXSA 5P4BA 4R95A 5ENKA 2WF2A 1BXQA 2QNNA 4Q1XA 5P1QA 3VLBA 5P6XA 2VJ7A 5P7YA 3ER3E 5P4OA 2OF0A 3HD8A 5COKA 5E5JA 1K6VA 5KQYA 1RNEA 3O9DA 4H3IA 4LBTA 1LEEA 3SA3A 5P5PA 4HZTA 1PSOE 4Q5MA 4JPCA 2OHKA 3FSMA 2P3BA 5P7ZA 3VSWA 1TSUA 3SKGA 5P2QA 5BRYA 1BV9A 1EBWA 3OU1A 1ODYA 4Y5EA 3BVBA 3ZOVA 5P2BA 4Y5AA 4DQBA 3SA9A 5P8HA 3VSXA 4Y48A 4YD3A 5OZ7A 3PGIA 2PMAA 4I0HA 5P64A 1B11A 4ZSRA 2I4DA 2NXLA 3UQXA 3KFNA 3ZKIA 1FLHA 3TOGA 2CENA 1A8KA 4GB2A 4Y4DA 2RENA 4GIDA 3NDXA 4J0TA 3EL1A 4DUSA 1W6HA 4OBZA 5P2UA 2IGXA 5DR4A 3UQPA 5OZFA 4ZSQA 5P7TA 2R38A 5I3XA 5P2RA 4BEKA 2CEMA 5P1JA 1A9MA 4DJVA 5P55A 5P2FA 5P7OA 5P3CA 5P4QA 3AIDA 3O9EA 4B00A 3ST5A 1YT9A 3ZMGA 1QDMA 3LPKA 3SPKA 1UPJA 1HVKA 3PRSA 1IDBA 1FG8C 3OUBA 5P5IA 4HVPA 2G1RA 2IDWA 3QBFA 4I0DA 3KFPA 4FIVA 1HWRA 5P7AA 5P0BA 1D4KA 1MRXA 2QNPA 4JECA 3BVAA 5DQCA 4DQHA 3G72A 5P2DA 5P4PA 3O99A 2F8GA 3D1XA 5SZ9A 2G24A 3MSKA 3GI5A 3L59A 4PHVA 2ZDZA 5P79A 5P5RA 3UDKA 2I4XA 4Y50A 5P07A 5P54A 2AOFA 4HDBA 5P4DA 5P1LA 2AZ9A 5P0GA 4Y38A 1BV7A 3K5FA 3OOTA 4BELA 4B77A 4ZPGA 3PLLA 1EPQE 2WEAA 3EM4A 3CKRA 5OYQA 3NU4A 5P0DA 2VIYA 4TRYA 3PWRA 5P7HA 2AIDA 5OZIA 4DFGA 4QJ9A 1PFZA 5P8DA 5FIVA 2NXDA 4FE6A 1HBVA 2UPJA 2R5QA 4L1AB 2IRZA 5P4GA 2APRA 2V10C 1N49A 2QHZA 2VNNA 3EKVA 3UDHA 5HE5A 5IS4A 1ER8E 5OZKA 4I11A 3NDWA 1PSAA 3G70A 3OQAA 5P2AA 3UDRA 4H3FA 2QD6A 1TSQA 4EJKA 4QJ2A 1W50A 3OTYA 5ER1E 4GJ5A 2ZHRA 5P33A 2A1EA 2VJ6A 4L7JA 4Y45A 4Y3XA 4YD4A 5OZTA 5P06A 4IVTA 5P0KA 5P0HA 1FEJC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVJ A;  2V13 A;  5HE7 A;  1YM2 A;  5OZM A;  1GVV A;  5COO A;  5P3U A;  5P6Y A;  5P8L A;  1SIP A;  2WF4 A;  4DQC A;  3K5C A;  3LIQ A;  5HVP A;  4H3G A;  4PYV A;  1FQ8 A;  4HE9 A;  2QI7 A;  5P5X A;  5P56 A;  5P4H A;  2I1A A;  4RZ1 A;  2ZJH A;  1D4L A;  1TCW A;  5P70 A;  5P3O A;  3KT5 A;  4B05 A;  5DR1 A;  1BWB A;  2FNS A;  2ZE1 A;  1HOS A;  3OU3 A;  3PSG A;  3QS1 A;  3D91 A;  5OYT A;  5ISK A;  1ZSR A;  5P29 A;  4DJR A;  2G21 A;  5P0U A;  3T6I A;  5P00 A;  4DPI A;  5P5K A;  5BWY A;  4Y37 A;  3S56 A;  2ZHT A;  5P4A A;  3K1W A;  5P71 A;  4Y54 A;  3UTL A;  5P37 A;  4Y5M A;  2PSV A;  2RMP A;  5ER2 E;  3DCR A;  5P73 A;  1SDU A;  3PWW A;  5P6T A;  5P35 A;  4J17 A;  4DI2 A;  5P19 A;  4LAP A;  1EC3 A;  2FXD A;  4TRZ A;  1AID A;  1PPM E;  2ER7 E;  4J1H A;  5P87 A;  2FS4 A;  3T3C A;  5P3R A;  3OAG A;  3SA8 A;  1DAZ C;  1YTI A;  4Y4W A;  5P13 A;  1B5F B;  3QIH A;  3IA9 A;  2WEB A;  3UFN A;  4EP3 A;  4DQG A;  4Y51 A;  3L5B A;  5P7R A;  3VF5 A;  1HTE A;  5P3L A;  5P5Z A;  4L7H A;  4X2L A;  2R3W A;  2FLE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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