5HVPA

Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-angstroms resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-A resolution.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hvpA00
5P26A 2QHZA 5P02A 2QI7A 1WBKA 2WHHA 2OAHA 1ZBGA 3FV3A 3EM3A 4GJ6A 1TSQA 4DQCA 2JXRA 3TTPA 4APEA 3FNSA 5P2SA 2QHYA 3LIVA 1APTE 5P1IA 4Z22A 3UFNA 5HDZA 4RVJA 4Y9WA 5P80A 2ANLA 3Q6YA 4Y3ZA 1W5XA 4KB9A 4XXSA 1K6TA 3O9FA 3KDCA 2WEZA 3KF0A 3SFCA 5P5IA 3VYDA 4H3FA 2P3AA 1KJFA 1MTRA 2ZDZA 5P22A 5BS4A 3NSHA 5P7OA 5OYUA 3L5DA 1EC0A 1APUE 2Q15A 1A8KA 4I0EA 4ZSPA 3OADA 1QBRA 4LXMA 2R38A 4R92A 2AVVA 1VIKA 2AZCA 3OADB 3UCBA 5OZVA 4ER2E 4EP2A 5OZPA 5P0VA 3H5BA 5HTZA 4I11A 4J1CA 1RL8A 2IQGA 3FSMA 5P0WA 4MC9A 4PZXA 1EC2A 2WF2A 2Q54A 3G72A 2I4WA 3NU3A 2BPYA 3T7PA 2APRA 4TRWA 3LINA 5P00A 5P46A 5P38A 3OU1B 1BBSA 5OZJA 1EBKC 4I0IA 3WZ6A 4Y3LA 1BWBA 5P40A 1U8GA 4YCKA 2B60A 3ER3E 5P5PA 5ER2E 4TRZA 4EXHA 2G1SA 6APRE 5P65A 1W5VA 4Y4WA 3OQKA 3RTHA 4DJOA 2NXDA 4CP7A 3NU6A 5P09A 2NXLA 2G24A 1K6CA 1YG9A 3NUOA 3NXNA 5P2OA 1LV1A 3INHA 4J0YA 3SA3A 5P4MA 3S7LA 1D4YA 1ZP8A 8HVPA 5OZ7A 2VJ9A 4EXGA 1NPWA 5P6GA 5OZCA 1E81E 2OHMA 2VA7A 2I1AA 3CKTA 5P4RA 1Z1HA 2G22A 3EM6A 3EKWA 4GYEA 2CEJA 3O9HA 4HVPA 5P1MA 2G26A 2VIEA 4H3JA 2G1YA 2I4QA 5P3NA 5P0BA 3LZVA 4Y36A 4YD3A 5P0FA 1MT9A 5P73A 5P3CA 5P6LA 5P5KA 1MTBA 5P7DA 5P8JA 1APWE 3LHGA 1M4HA 5P6CA 2F80A 2JJIA 2VA6A 5DR8A 5P54A 4RYCA 4Y3NA 3KT2A 1T7JA 5P5RA 5P4BA 1G35A 1PPME 5P03A 3INFA 2WJOA 4RRSA 1LF3A 5P24A 5P6DA 3GGUA 2OF0A 2IDWA 5P7YA 5OYXA 2PSGA 3ZPTA 2QD8A 4NKKA 5AH6A 1FIVA 3NU9A 2R5PA 4Y43A 1HSIA 4Y57A 3PB5A 5P3FA 3I6OA 5P6MA 4FL8A 4MC6A 2ZJIA 3UDPA 5P8PA 5P53A 4HA5A 3ZMGA 5ER1E 4Y4ZA 3UDKA 5P74A 5P1PA 2QI1A 5P1CA 5P64A 5P4QA 5HVPA 4XX3A 4FM6A 1ODXA 5OZKA 4Y58A 1EPQE 2P3BB 4QGIA 4WY1A 2F3EA 4Y45A 5I3WA 2QI6A 3T3CA 3ZPSA 1B6LA 3O9IA 5P7EA 4J1EA 2AOFA 5DR7A 4GJAA 5P7LA 5P82A 5P3GA 5AGZA 4GJCA 2I4UA 3FNTA 4Y3GA 5P0ZA 3CMSA 1K2BA 1IZHA 4YD7A 5P7CA 3KMXA 2Z54A 2IGYA 1MRXA 3HDKA 2FGVA 1D4SA 4R8YA 4QJ8A 3QAAA 1T6EX 1EPOE 5P55A 5P39A 3S85A 4LXAA 4J1IA 3UPJA 4GJ8A 2V0ZC 3O9AA 4FRIA 5OYRA 3HBOA 4Y38A 4EJDA 4Y3RA 3DK1A 3LPJA 5P13A 3S56A 2QI4A 4X2LA 2VS2A 2Z4OA 3D1YA 1YTGA 5P1KA 5P60A 3UDJA 3UQWA 5P0UA 1KJHA 4E43A 1PSNA 2J9JA 2AVMA 4X7IA 4EJLA 4U7QA 2V00A 2J9JB 3JVWA 5P0JA 5P7KA 5P85A 1YX9A 4D88A 1ZPAA 3RU1A 1DPJA 1LYWA 4RZ1A 5P4NA 5JFPA 4RCDA 3LPKA 5P8KA 2VJ7A 2ASIA 1NPAA 1LYWB 1EAGA 3S43A 4J0ZA 5HE4A 4RRNA 3O99A 5P30A 4Y3MA 2ZJKA 5J25A 3S43B 1YM2A 5P0AA 2IGXA 3R0WA 4I0ZA 5P1HA 1HTFA 5P8LA 3ER5E 4IVSA 3ZKIA 3SPKA 5P4HA 2FNSA 5P6KA 5P8RA 4Y54A 4B78A 5T4SA 4DUSA 4FSEA 1HHPA 5OZLA 5P6RA 3SA5A 3LIYA 1DP5A 2WF0A 5OZ1A 5P1RA 2QNQA 2ZHUA 5P48A 5P72A 3ZKQA 3L3AA 4LXKA 2FS4A 4I0FA 5P8MA 1TQFA 2B7FA 3DUYA 1HXBA 5P6JA 1ZPKA 5P2XA 3VUCA 2OHNA 1QRPE 3UFLA 4FAFA 2OHTA 1MESA 1YTHA 3C9XA 4R95A 4Y3DA 3R1GB 2OHSA 4LBTA 2OHRA 2AODA 3NU5A 4GJ5A 2HC0A 2WECA 5OZGA 5P7QA 5P04A 1LZQA 3U6AA 1EEDP 4HEGA 4ZPFA 3Q4BA 1TCXA 5OZBA 2QAKA 3KFSA 4BEKA 1FQ6A 3FIVA 2G27A 5P2AA 4BELA 3CICA 2O4PA 4ZPGA 1HSHA 4Y5PA 1AZ5A 4WY6A 2CENA 5P4PA 5P8DA 3VSXA 3PCZA 4YD6A 1OEXA 2QP8A 4J0TA 1KZKA 2R8NA 4Y39A 5P3AA 4NJSA 5EZZA 3EL9A 4Q1WA 1HXWA 4B1EA 3O9BA 2AOJA 1ER8E 3O9DA 4OBDA 4NPUA 5P6FA 2AVQA 2AOCA 5HCTA 3ZKSA 5P07A 2QK5A 3NUJA 3HZCA 3ZKNA 4GZFA 1GKTA 5P5GA 4R91A 2ZJHA 3FNUA 3N4LA 1FF0C 5OZQA 5P7GA 4AUCA 5P1WA 4WTUA 4DV9A 3R0YA 4JECA 5P7FA 2PH8A 5P78A 3UQXA 4DPIA 5DQ2A 2NMZA 5P2YA 3TKWA 4PPHA 5DR1A 4J55A 3L5BA 4K4PA 5P4TA 2NMYA 4OBGA 2O4SA 4BFDA 5P3KA 1HVIA 1ZSRA 3EM4A 4OBHA 3MSJA 1FQ7A 5SY2A 5P2UA 5P1GA 3SKGA 5P8UA 4QJ9A 5P37A 1RPIA 3M9FA 2QHCA 3WSJA 4OBJA 1HTEA 1BV7A 4U8WA 3KDDA 3DV1A 3PVKA 5P5JA 2AOIA 3UQUA 3NR6A 1FQ5A 5P1TA 2PSUA 3IN4A 3TOFA 1SMRA 4GMIA 2XYEA 3K4VA 2O4NA 3VF5A 2IS0A 2Q3KA 5JODA 1GNNA 1XN3A 6UPJA 1IVPA 2I0DA 5P4LA 5COOA 5OZWA 5OYTA 1AIDA 3K5FA 5OZIA 5P45A 3VCMA 1HVRA 5P4SA 5P5WA 3NDUA 5P0SA 3S53A 3U71A 3IGBA 1M43A 4MC1A 1IZIA 3PSUA 3I25A 3SAAA 5P0RA 4D89A 2Q63A 5P7MA 5AHCA 1BAIA 1W5YA 5BRYA 2PQZA 4Y5NA 1ZLFA 4ZEAA 2I0AA 2VIYA 5OZAA 3ECGA 4DJRA 3HW1A 4PZWA 5P8IA 4B70A 2Q11A 5P3UA 3IXOA 5P3MA 3EL5A 5P7WA 3BVAA 4Y41A 1SDVA 4Y3WA 3AIDA 3DM6A 5F00A 3UDQA 4JPCA 5P7AA 3EKQA 4B00A 4K4RA 5P6QA 1FG6C 5OZZA 1XDHA 2F3FA 1KJ7A 2J9KA 4CPQA 3RSXA 2FXDA 4A4QA 1W50A 2CEMA 5P15A 1CMSA 5I70A 3T7QA 3VF3A 3LNKA 1EPME 3OHHA 2ZGAA 3SQFA 4Y5AA 3OGPA 5P5ZA 1PSAA 5DR0A 3T7XA 2I4XA 5P5TA 1AM5A 1GNMA 3MSLA 1T7IA 3ZL7A 4Y48A 5P4DA 1AJXA 1LYBA 2HPEA 3QP0A 5KQYA 1LYBB 5CLMA 4F74A 4RLDA 3QPJA 4TVGA 4Y5MA 3N3IA 3VLBA 5P6ZA 4JP9A 1HVSA 1OHRA 3AUPA 5P1FA 4H1EA 4H3IA 1HPSA 1HIVA 4Y37A 3GI0A 5P1ZA 3VYEA 2F3KA 2HS1A 5DPZA 3OWNA 2R9BA 5P8QA 1D4IA 4Y3AA 5P69A 4KUPA 4DQHA 5P7PA 1GVUA 1MT7A 5AH8A 2VKMA 2VNMA 5P0DA 4ER4E 5P3YA 3UTLA 1HVHA 5P4VA 5OYYA 1OD1A 1FLHA 4Y4GA 1EBWA 3SA6A 3PI0A 1YTIA 1B5FA 2FLEA 4DJPA 1HOSA 5P68A 3D20A 3OOZA 4J0PA 5P5XA 4J1KA 4NJUA 1B5FB 2V12C 2NNKA 4CPTA 3GGVA 3GW5A 2WEBA 3QRVA 2QNPA 1IZEA 4YD4A 5P3LA 3HAWA 3VFAA 1K1UA 2WF3A 1IDAA 4L7HA 5DGWA 4I0DA 5JG1A 2BPWA 2QZXA 5P84A 4F73A 3LIZA 4AZYA 5P79A 3EKPA 3TNEA 2QU2A 4Y3HA 4HDFA 3TH9A 3OY4A 1HPVA 5C9FA 5KR1A 5P2QA 4D8CA 3IN3A 4YDFA 3LIXA 5P33A 3SM1A 2V10C 3RSVA 2I4DA 4DJXA 5P3ZA 3PI5A 5P01A 3PWRA 3SO9A 4J5JA 3KDBA 3SA7A 1XE6A 3L38A 4FCOA 4I8WA 2ZE1A 5P0TA 5P0CA 1C70A 1EPLE 2HB4A 4NJVA 3KYRA 5I3YA 1BVGA 4A6BA 1HVLA 4ZSMA 3BHEA 4FLGA 4Y5LA 4I8ZA 5P5OA 3OQFA 4M8XA 5P3TA 5P57A 4OC6A 4ACUA 3EKYA 3URLA 3OHFA 5P4CA 1UH9A 4S1GA 5AHBA 4RROA 3OOTA 2AZ8A 3GGXA 5P0QA 2QMFA 5P8VA 1TZSA 4CPUA 3K5CA 5P3XA 3PWMA 5P2CA 3BUGA 5P5LA 3TLHA 2V13A 3IVHA 5UPJA 1FQXA 4LP9A 5P6UA 5P47A 5P8HA 2R3TA 3FKTA 2OHPA 5TOLA 3IXJA 5OZTA 2FMBA 5P67A 3EKTA 1AVFA 3QRMA 4NPTA 2IKUA 5P6XA 4YBIA 4UPJA 5P1AA 2VJ6A 1W5WA 4YD5A 3PJ6A 2AVSA 3PSGA 3PRSA 1YM4A 5P61A 3URIA 3LZSA 4Y3JA 2B8LA 3JW2A 5P10A 4CPWA 4YOAA 1G6LA 4Y4BA 2IRZA 3ST5A 3WB4A 1T7KA 4B1CA 3VLAA 4YOBA 5P5DA 2I4VA 5P6VA 3QROA 4DJVA 4Z2ZA 4Y51A 4J1FA 5P2HA 3INDA 5P36A 3EL0A 3SA8A 3Q5HA 5KQFA 5DR3A 3D1XA 2PMAA 2F8GA 3UDRA 1EPRE 1HEFE 4RVXA 5P2TA 2G20A 2QZLA 3VV8A 1EBZA 2QU3A 5OZXA 4EYRA 1HVJA 3R4BA 5P8CA 2ZJMA 3HVGA 2ER6E 4ZPEA 5P7ZA 5P1OA 4HE9A 2VA5A 4Z4XA 5P59A 5ISJA 1K1TA 3F9QA 5P1DA 1FQ4A 4Z50A 3KMYA 2QMGA 5P3DA 2O40A 5OZNA 3QVIA 1FQ8A 3PLDA 3BGCA 4Y4XA 5P5SA 3SLZA 5OZ3A 3ZKGA 3LITA 4YCTA 4I10A 1C6YA 5KR0A 1AJVA 1TSUA 1SMEA 1E82E 4YE3A 5P5HA 4Y3FA 3OU3A 2BB9A 1MSNA 5P0LA 2ZJLA 2QMDA 5P0KA 3EKXA 5P1XA 4Y4AA 1A9MA 1LS5A 5P7VA 3PLLA 3I7EA 3O9EA 5P56A 1FEJC 3URJA 3UDHA 5P27A 2IEOA 4TRYA 2EWYA 2RENA 3WZ8A 3BVBA 1GVXA 1W51A 1FMBA 3NYGA 5P6BA 1ZTZA 2G1OA 4Y5KA 3SA9A 3L58A 2QCIA 3OUBA 4Y3EA 3UDNA 4XKXA 5HDXA 4EQ0A 3JVYA 3R2FA 1BVEA 5P3BA 5ENKA 5OZ0A 2NR6A 3OUDA 4DVFA 1GVWA 4B77A 2WF1A 5P8NA 3OUDB 3Q70A 1B6KA 4I0GA 3UDYA 4Y53A 9HVPA 5P1UA 4Y3SA 4AA9A 5OYSA 5P49A 5OZUA 4Y5GA 4Y50A 5P3RA 5OZYA 1WBMA 1D4HA 1WKRA 3NDTA 7HVPA 5P2EA 5HDUA 1PPLE 5P7XA 4GB2A 2H6TA 1PROA 1EPPE 3EBZA 3K5DA 5P83A 5P7RA 4J54A 1E80E 5P44A 3VEUA 5COPA 4L1AA 5P2RA 4M8YA 3PWWA 1HIHA 2XFKA 4L1AB 5P50A 4EHCA 2WEAA 5DQ4A 5P0MA 2XFJA 1PSOE 5C9DA 1G0VA 5P31A 1B6JA 3DOXA 5HCOA 4L6BA 1VIJA 3QN8A 2RMPA 5P2FA 1BWAA 3B7VA 3UQRA 1EC1A 1GVTA 3K4VC 5P05A 3T11A 5P8EA 5P0IA 3VFBA 4MC2A 5P7TA 1SGUA 3CKRA 3LPIA 3WB5A 4OBZA 5P51A 1FB7A 5P6WA 3OTYA 4Y6MA 2A4FA 5OYZA 1HPOA 5COKA 5P7HA 5P2KA 3OU4A 4OBZB 1BDLA 3ZLQA 3OU4B 1MERA 5AH7A 1SGZA 4Y5EA 1MPPA 1SDTA 1IVQA 1ME6A 5P0PA 3GI5A 2ER0E 1Z1RA 5P3SA 5IVQA 4LL3A 2QI0A 5ENMA 4CMSA 2PYNA 5P58A 3NWXA 3S45A 2R3WA 4ZLSA 2AIDA 2WF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P26 A;  2QHZ A;  5P02 A;  2QI7 A;  1WBK A;  2WHH A;  2OAH A;  1ZBG A;  3FV3 A;  3EM3 A;  4GJ6 A;  1TSQ A;  4DQC A;  2JXR A;  3TTP A;  4APE A;  3FNS A;  5P2S A;  2QHY A;  3LIV A;  1APT E;  5P1I A;  4Z22 A;  3UFN A;  5HDZ A;  4RVJ A;  4Y9W A;  5P80 A;  2ANL A;  3Q6Y A;  4Y3Z A;  1W5X A;  4KB9 A;  4XXS A;  1K6T A;  3O9F A;  3KDC A;  2WEZ A;  3KF0 A;  3SFC A;  5P5I A;  3VYD A;  4H3F A;  2P3A A;  1KJF A;  1MTR A;  2ZDZ A;  5P22 A;  5BS4 A;  3NSH A;  5P7O A;  5OYU A;  3L5D A;  1EC0 A;  1APU E;  2Q15 A;  1A8K A;  4I0E A;  4ZSP A;  3OAD A;  1QBR A;  4LXM A;  2R38 A;  4R92 A;  2AVV A;  1VIK A;  2AZC A;  3OAD B;  3UCB A;  5OZV A;  4ER2 E;  4EP2 A;  5OZP A;  5P0V A;  3H5B A;  5HTZ A;  4I11 A;  4J1C A;  1RL8 A;  2IQG A;  3FSM A;  5P0W A;  4MC9 A;  4PZX A;  1EC2 A;  2WF2 A;  2Q54 A;  3G72 A;  2I4W A;  3NU3 A;  2BPY A;  3T7P A;  2APR A;  4TRW A;  3LIN A;  5P00 A;  5P46 A;  5P38 A;  3OU1 B;  1BBS A;  5OZJ A;  1EBK C;  4I0I A;  3WZ6 A;  4Y3L A;  1BWB A;  5P40 A;  1U8G A;  4YCK A;  2B60 A;  3ER3 E;  5P5P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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