4L6BA

Endothiapepsin in complex with thiophen-based inhibitor sap128
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Endothiapepsin in Complex with Thiophen based Inhibitors
rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l6bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l6bA01
5P27A 4XKXA 4YA8A 5OZCA 1FQ5A 4B1EA 5P1SA 1LYAA 5P5BA 3VV8A 4LHHA 3I25A 4FRKA 5P46A 5P1XA 3OWNA 2Q3KA 4OD9A 5P2RA 3CKRA 1ZTZA 2B8VA 1NH0A 3TKGA 5P3XA 3L5DA 4Q1YA 2V00A 3VSWA 4DPFA 4FM8A 3LPJA 5OZHA 2BPYA 5P23A 4RVJA 4GJAA 4YCYA 5P2VA 1CMSA 4HZTA 5OYVA 5OZTA 5P8LA 4Y48A 5P40A 1ZJ7A 1LYAB 4OBHA 4Y4WA 3OQDA 3PSGA 3L5EA 5P4RA 2QCIA 4Y5NA 4CPUA 1K6PA 2FIVA 1FF0C 4CPSA 2CEMA 1XN2A 4B70A 3KT2A 5OZPA 3GI5A 4I0DA 2WHHA 4IVTA 4Y5CA 5P7MA 3APPA 4YD7A 3O9BA 4Y6MA 5P7AA 5P6PA 5P7UA 5OZ4A 4ZPGA 1ZPAA 5P5ZA 2I4WA 1ZSRA 5P1OA 3H5BA 1MT7A 3SABA 1K1TA 5P7ZA 4LP9A 4OBZB 2AOGA 5P36A 1BXQA 3C9XA 4Y36A 2R43A 4FRJA 5P61A 4OC6B 1MEUA 3EMYA 3OQ7A 3IGBA 3OUDA 2ER9E 5P64A 5OZYA 3LIXA 1VIJA 5P5AA 4K8SA 2H6TA 1N49A 3D1YA 2HB3A 5P8SA 5DR3A 1FQ6A 2OHLA 5P2ZA 3HZCA 3RTNA 1GVUA 4FRIA 5COOA 5P63A 2R3WA 2ER6E 4H3FA 4B0QA 1PFZA 5P8HA 1MUIA 3R4BA 1ODWA 1IIQA 4JECA 3SAAA 4JPEA 3KDBA 3PCWA 4YDGA 3OUDB 1AXAA 1FEJC 2HB2A 2Q15A 2P8HA 2B7ZA 2PMAA 5P75A 3DJKA 4Y3LA 1D4JA 5P2UA 5OZQA 3AIDA 4Y4AA 3UCBA 1F34A 4GJDA 2OHMA 5P3HA 5P50A 1VIKA 2BJUA 1IZDA 1C70A 5P7EA 3O9AA 3M9FA 4Z22A 2R9BA 2NTRA 4Y53A 5I3VA 1J71A 1E82E 5P0TA 1B5FB 1SP5A 5P4YA 5I3WA 2QHZA 3SA3A 1MTBA 5P5RA 4CPXA 1RL8A 5P3SA 3OU1A 2QMFA 1A8KA 4OBDA 5P6CA 5J25A 1HVHA 3PCZA 4Y5MA 5AH7A 5P5IA 3SPKA 5ISKA 4BFDA 3O9LA 4ZSQA 5P8GA 5P4HA 5PEPA 5P0UA 4U7QA 3VFBA 3LZUA 4PYVA 5P10A 4APEA 1HVLA 5P83A 4F74A 1APTE 1IZEA 3TKWA 3UQPA 4AUCA 5P8PA 1AZ5A 1IBQA 5P3PA 3PMYA 5OZWA 1M0BA 3ZKIA 3T7PA 3VF7A 5P42A 3S45A 5P6GA 5P2JA 5P72A 2BPWA 5P2HA 4YD4A 1EBKC 1CZIE 2I4VA 1TSQA 6APRE 5P7WA 1EPRE 2PH8A 1MERA 5P0QA 2QMPA 5P6NA 4J1FA 5P0LA 3O99A 5P6AA 4L6BA 2QI6A 1K1UA 3TLHA 1ZSFA 3GGAA 1PPKE 5P7JA 4Y3SA 5P5UA 3BHEA 2VJ7A 3VFAA 3MWSA 7HVPA 2QI4A 5P2EA 1M43A 4Y5AA 1MRWA 2O4KA 5AHBA 5HE7A 5F01A 2IS0A 2FXEA 4J1HA 4Y3WA 3EM3A 2G21A 1HSIA 2WF4A 3QN8A 4TRYA 3VYEA 1XE5A 3GI4A 3BGCA 3UDKA 5P05A 9HVPA 5OZ1A 1SBGA 5P2IA 3NU6A 5P2WA 3LZYA 4EYRA 4B77A 1A9MA 3OY4A 1FFIC 2QHYA 5P2LA 1Z8CA 3UDPA 1K6VA 3VEUA 1EBYA 5I3YA 3UQRA 3TPLA 3EXOA 2B7FA 5P66A 2VIYA 5P2TA 2ER0E 3SKGA 4Y35A 3UQWA 4JP9A 3K5FA 3NDXA 3KFSA 5P00A 2FNTA 2QNPA 3SA4A 5P25A 2FGVA 3RTHA 2G26A 2NNKA 2Q11A 2VIEA 3OQKA 4GJ5A 1D4SA 5P5TA 3DCKA 3UDNA 2RMPA 5AGZA 3URLA 2I4DA 5P47A 5AH6A 4NKKA 1T7JA 5C9DA 1FMXA 1QDMA 2O4NA 4GJBA 5OYYA 3I6OA 5P14A 1EPNE 5P6FA 5P0VA 1YM2A 2HIZA 3UDYA 5KQYA 2AIDA 4Y39A 3NYGA 4HLAA 1G6LA 3SM1A 2OHPA 4FL8A 3UTLA 5AHCA 4QLHA 4QJ8A 5P3DA 2XYFA 3QP0A 3AUPA 4Y43A 3GW5A 1HSHA 2G20A 3QPJA 5P39A 5P7YA 3O9DA 5BS4A 5P71A 5P7FA 3F9QA 3FNSA 3D91A 5OZDA 2PSUA 1B6JA 3A2OA 5P1TA 3HLOA 1GNOA 2B8LA 2CENA 4I12A 3QBFA 2VA6A 3RTMA 5DGUA 3TOGA 4BELA 3K4VA 3NU4A 3EL1A 5P3WA 3QRSA 4Y3NA 5KOSA 2WJOA 5OYZA 3Q6YA 5OZJA 3ZLQA 3RSXA 3RU1A 4DH6A 3UFLA 5P78A 5DQ4A 5OZIA 5P51A 2IGXA 2VA7A 3L5FA 2FDDA 4B1CA 2OHQA 2B42A 3LZVA 4DJYA 5ENMA 4Z2ZA 3QAAA 3U71A 5P6OA 1XN3A 4Q5MA 4EP3A 5OZ0A 2G94A 5JODA 4HVPA 4QJ9A 4GZFA 1YT9A 3PLLA 4J0TA 5P6LA 3G72A 3U7SA 1MPPA 2O4SA 3SM2A 2AODA 5P0AA 2OHUA 3ZPSA 3UDQA 1EC1A 5P3VA 2I0AA 5P59A 3OOTA 4I0IA 3K5GA 4Y5BA 4WY6A 4DJXA 1EC0A 4Y3GA 2AVOA 2VJ9A 3OTYA 4LXMA 4ACUA 2I0DA 2ZJHA 3OADB 3LITA 4Y50A 2IKOA 2G1NA 5P6HA 2QU2A 4RVXA 1PPME 2IKUA 4LXKA 4RRNA 1BDRA 3NU5A 1LZQA 2AOIA 3ZPUA 4CPRA 4FLGA 2WF3A 1B6KA 2BQVA 5OZSA 1OEXA 2IL2A 5P4DA 4Z50A 3Q3TA 2BB9A 2PSGA 3NXNA 3EKVA 4LXAA 1EEDP 3KN0A 5P8EA 5P3JA 2QI5A 4L1AA 2I4XA 3IXJA 1YTHA 4ZSPA 3UPJA 1HWRA 2UXZA 1HTEA 5P7NA 3BUFA 3K5DA 5P48A 2AVQA 5P4BA 3KDDA 2F81A 5P03A 1YM4A 5P6JA 1MSNA 3TPPA 5IS4A 5P1HA 5CONA 4Z4XA 3OXCA 3WZ7A 1KJ7A 5P8QA 2ZJIA 5P4XA 3U6AA 4DJUA 5P69A 5P68A 4Y44A 4YD3A 1PSNA 4B78A 1QBSA 1TQFA 3CIBA 3PBZA 3FSMA 2B60A 1PSAA 4L1AB 2BBBA 1FIVA 3KDCA 2A1EA 5HCOA 3ECGA 5P6EA 5P1CA 3KA2A 1CPIA 2VIZA 3HW1A 4FIVA 3ZKSA 5OYWA 4CPTA 1BILA 5OZ9A 3GI6A 2AOFA 5P3AA 4D89A 2HB4A 3PBDA 3EM6A 1BDLA 4YCKA 2F3EA 2QAKA 4BFBA 1B11A 5DR7A 5HVPA 2V16C 2AVMA 3G6ZA 5P1UA 2FDEA 5P6XA 3NU9A 2NXLA 1LV1A 1Z1HA 5KR1A 1BXOA 4L7JA 2FMBA 2RENA 5P2CA 3ZOVA 1AM5A 4Y3ZA 5P6DA 5P2GA 1D4KA 4I10A 2Z54A 5KR0A 1SIPA 5P7QA 5P7GA 4ACXA 2PYMA 3IN4A 1K2CA 4RCDA 2QZWA 5P3GA 3ER3E 3WB5A 5AH8A 4Y3DA 5DQ5A 5P7KA 5P7IA 4R5NA 5P2NA 3L38A 1GNNA 3PSUA 3UDRA 4AA9A 1A30A 4GJCA 3ZKGA 2IEOA 5P0ZA 3INEA 3DK1A 5P7HA 4DUSA 1FQXA 2WEAA 3CMSA 2ZJMA 5P81A 2OHRA 4RYGA 4X7IA 4Y3YA 5P7DA 1GVVA 2BPZA 4MC6A 1TSUA 2FXDA 4ZSMA 4OD9B 1W5VA 3TOFA 3VCMA 3HDKA 1FQ7A 5P0BA 1KZKA 3KFPA 3SO9A 1A94A 3K1WA 3S2OA 2PC0A 4K9HA 3UDJA 2Q54A 1ZLFA 5P76A 1FB7A 5P37A 3VLBA 3UDHA 3EL0A 3LPIA 1K6CA 3VLAA 4HDPA 3PVKA 1EC3A 2WEBA 5P8VA 4GJ6A 4HDBA 5P5SA 5P8UA 4Y5GA 4Y41A 1QRPE 2ZE1A 5OYRA 5OZ6A 1ZBGA 1ME6A 2G22A 4CPQA 5P2XA 1MIQA 1RQ9A 1W50A 3OXXA 5P5CA 4ER2E 5P28A 5EZZA 3UQUA 1HTRB 5C9FA 1SDTA 1LF2A 3R2FA 4L7HA 1T7KA 3K5CA 5P06A 5P0SA 1HIHA 1LEEA 4LL3A 1FKNA 4ZSRA 5P6BA 4EJ8A 5P26A 5ENKA 3S8IA 1E81E 1SH9A 4B1DA 3JVWA 2QK5A 1ENTE 3ZKXA 5P5NA 4DV9A 3LHGA 2V13A 2QZXA 4H3GA 5P43A 3BC4A 5P5FA 3OQFA 3LIYA 3IAWA 5P5QA 3N4LA 3B7VA 5P4QA 3ZKQA 5OZ5A 4EJKA 2IENA 5P54A 3LIZA 4FSEA 2VIJA 5E5JA 2G1YA 5P44A 2F8GA 3EBZA 2NR6A 5P0DA 1DPJA 1APWE 3OAGA 3INFA 4QJ6A 4Y56A 3EL4A 3GGUA 3PLDA 5P1QA 2P3BA 3B80A 2EWYA 1W5XA 5P49A 2AOHA 4J1KA 5P5OA 5P8NA 1META 5P0JA 2AZ8A 3O9EA 5ER1E 1GKTA 4K4PA 3NWXA 4N00A 5HE5A 1EPOE 3S7LA 3G70A 1XDHA 3D1XA 1APVE 1UPJA 2G1SA 2ZHUA 2QI0A 4J1EA 5P3IA 3PB5A 3T11A 5P35A 4DJOA 5OZVA 1ODYA 5P3TA 1HVCA 1PROA 5P41A 2FDPA 5P2BA 2G1RA 2VKMA 3OAGB 5P6MA 2PWCA 2HAHA 4XX4A 1T6GA 2P3BB 1HPSA 1TW7A 2OHNA 4J1IA 1WBMA 4TRZA 4Y51A 3I7EA 2RSPA 5OYUA 5P67A 5KOQA 5P3RA 3NWQA 5P0CA 3OU1B 5P1FA 3CICA 2WKZA 4Y5LA 3UDMA 4GMIA 3O9LB 1NPVA 3QI1A 4Y5EA 4NJUA 2P4JA 3HVPA 5P1AA 1IDAA 1Q9PA 3GGVA 1EAGA 3NSHA 5P0MA 3SA9A 3KFNA 5KR2A 3MXEA 1RV7A 5P79A 3BXRA 5APRE 1HTFA 3EKXA 4FSLA 5P84A 1BV9A 2CEJA 3R0WA 5COKA 5P6VA 5P5HA 5P52A 4YOAA 5P7CA 3OUAA 3TTPA 3DV5A 3ST5A 2P3AA 1G35A 1ER8E 4XX3A 5DR4A 1FGCC 1FLHA 4Y3TA 5P5LA 5P07A 4S1GA 5OZBA 1W5WA 5P82A 3IVIA 2NNPA 1BVGA 1QBTA 4Y58A 3QBHA 3OOZA 5P1JA 2QU3A 4R95A 1K6TA 4DJWA 4FM6A 5JG1A 3UFNA 2PK5A 3R0YA 2AZ9A 5P38A 2I1AA 2G27A 2BPVA 5P53A 1RNEA 3HAWA 1HBVA 1B6MA 5OZNA 3INDA 1HPOA 1YTGA 5P5XA 2JYSA 1SDUA 5DR0A 2HS2A 4YD6A 3LIQA 3PEPA 1IVQA 2QI3A 4XXSA 4CPWA 3LPKA 4GIDA 4M8YA 5P8IA 2R8NA 3OUCA 3L3AA 4EXHA 1AAQA 5HDVA 4J1CA 2QD7A 1B6LA 3NDUA 2G69A 5P6KA 1BAIA 5P29A 5P3OA 2J9JA 5P16A 5OZ2A 3SA7A 1HTGA 3O9FA 3PGIA 3R1GB 5P0YA 3TOHA 3TPJA 5P12A 3CYWA 3VF3A 2PYNA 3ZPTA 1BVEA 3T3CA 2V12C 2XFIA 4J0PA 3BUHA 1M4HA 2WL0A 4ZE6A 4R92A 2FLEA 2F3FA 4U7VA 5P4VA 4NPUA 2F80A 1BBSA 4ZPEA 3S54A 2ZHSA 3PWWA 3OGPA 3PWMA 5OZRA 3KMXA 5P4IA 2J9JB 5P6QA 1OD1A 5OZOA 5P2DA 2ZYEA 5P4FA 1APUE 4QJAA 4J55A 4RCEA 5KQXA 1AJVA 2Q63A 3CIDA 3S43A 5P1KA 3VF5A 4J0VA 4J0YA 2QI1A 5P87A 4J5JA 5P22A 4R8YA 1B6PA 3PRSA 3O9IA 1EBWA 5P55A 3HAUA 4Y45A 3APRE 4Y3QA 5P34A 5P5JA 4YHQA 4ZPFA 4YE3A 5OZEA 5P7PA 5P4GA 2FS4A 3FX5A 2G24A 5KR8A 3EKTA 3TNEA 4FAFA 1RPIA 3PJ6A 5P0XA 2FGUA 3MSJA 1SIVA 1YTJA 3OHFA 5P6RA 5P2YA 5T4SA 5P0IA 1FQ8A 1EPPE 4NJVA 2P3CA 1HVIA 3T7QA 1GNMA 3EKWA 4Y9WA 5P5KA 2AOJA 5P4UA 2AZBA 4AMTA 2VNNA 5P8BA 3JW2A 1G2KA 4D8CA 4FE6A 5P60A 4Y3FA 1EPME 3K4VC 4LBTA 1YX9A 4DQFA 4KE0A 2QD6A 1T7IA 3L5BA 5P17A 4OBJA 5P88A 1YTIA 5HCTA 5P6WA 2ANLA 4GB2A 1GVWA 3UHLA 5P4PA 3SA6A 4I0GA 1D4LA 4YDFA 5P0EA 5P1EA 1HXWA 1ZP8A 3D1ZA 5P7RA 5P2AA 5P4WA 3I8WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P27 A;  4XKX A;  4YA8 A;  5OZC A;  1FQ5 A;  4B1E A;  5P1S A;  1LYA A;  5P5B A;  3VV8 A;  4LHH A;  3I25 A;  4FRK A;  5P46 A;  5P1X A;  3OWN A;  2Q3K A;  4OD9 A;  5P2R A;  3CKR A;  1ZTZ A;  2B8V A;  1NH0 A;  3TKG A;  5P3X A;  3L5D A;  4Q1Y A;  2V00 A;  3VSW A;  4DPF A;  4FM8 A;  3LPJ A;  5OZH A;  2BPY A;  5P23 A;  4RVJ A;  4GJA A;  4YCY A;  5P2V A;  1CMS A;  4HZT A;  5OYV A;  5OZT A;  5P8L A;  4Y48 A;  5P40 A;  1ZJ7 A;  1LYA B;  4OBH A;  4Y4W A;  3OQD A;  3PSG A;  3L5E A;  5P4R A;  2QCI A;  4Y5N A;  4CPU A;  1K6P A;  2FIV A;  1FF0 C;  4CPS A;  2CEM A;  1XN2 A;  4B70 A;  3KT2 A;  5OZP A;  3GI5 A;  4I0D A;  2WHH A;  4IVT A;  4Y5C A;  5P7M A;  3APP A;  4YD7 A;  3O9B A;  4Y6M A;  5P7A A;  5P6P A;  5P7U A;  5OZ4 A;  4ZPG A;  1ZPA A;  5P5Z A;  2I4W A;  1ZSR A;  5P1O A;  3H5B A;  1MT7 A;  3SAB A;  1K1T A;  5P7Z A;  4LP9 A;  4OBZ B;  2AOG A;  5P36 A;  1BXQ A;  3C9X A;  4Y36 A;  2R43 A;  4FRJ A;  5P61 A;  4OC6 B;  1MEU A;  3EMY A;  3OQ7 A;  3IGB A;  3OUD A;  2ER9 E;  5P64 A;  5OZY A;  3LIX A;  1VIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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