4Y4BA

Endothiapepsin in complex with fragment 323
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4bA01
3NLSA 5DQ5A 3JW2A 4DJUA 3DUYA 4APRE 3KDCA 3TOGA 3S85A 1A9MA 2WHHA 4KB9A 5P65A 1IZIA 4J1HA 2G1SA 3HLOA 5P22A 3IA9A 5P2XA 2AOFA 1CPIA 2MIPA 4ZPEA 4S1GA 5P3MA 2IKUA 5P4RA 2QHCA 5OZLA 5P8KA 1DAZC 5P2EA 3UDMA 2WJOA 3VF5A 2Z54A 4R91A 3NU4A 2B7ZA 4YDGA 4Y3MA 4FL8A 5P32A 1KJFA 3UDJA 2AOGA 1TCWA 5P75A 5P0WA 3K4VA 1ZBGA 3VV6A 4OC6A 2QZWA 5DQ2A 4K9HA 3URJA 3SA3A 5KR1A 3OK9A 1A8GA 5P7VA 4Y4JA 1HXBA 5P3BA 4AZYA 1APWE 2VA6A 4DVFA 5C9DA 2IQGA 5P8HA 3UCBA 4MC2A 1HPXA 3IN4A 5P7QA 2ZGAA 2FDEA 3OGPA 3OADA 1HSHA 4IVSA 4RGHA 5P4KA 4B1EA 2VNNA 1B6JA 2QI7A 3K5GA 2QU3A 3LPKA 3LZVA 2OHUA 3BGCA 3DM6A 2HS1A 2QI6A 4MC1A 4CKUA 4WY6A 1T6EX 1LYBA 2QU2A 4QJ7A 3ZPSA 4CPRA 5P6CA 3NU9A 2G22A 3LZSA 2OHKA 1HEGE 5OYXA 3VLBA 4YDFA 5P3GA 3OY4A 5P74A 2JYSA 5P71A 4F75A 4PEPA 1IZHA 2QI0A 3NDWA 5P47A 3LPJA 5P6QA 2Q55A 4ER1E 5P3CA 4L1AA 5TOLA 3KDDA 1TSUA 1KJGA 5KQXA 4NJTA 3VYEA 3NR6A 2P3BB 4Y3WA 3EKTA 3QP0A 3NYGA 3L59A 1RPIA 1CMSA 3QRVA 5P3HA 2CEJA 4J0VA 1EPNE 3HAUA 1BDQA 3S43A 2B7FA 1OHRA 4RCFA 5PEPA 2RMPA 5P6SA 4CPXA 3BXSA 2VA5A 2OHQA 4OBHA 2ZHTA 3KYRA 4Y4XA 2G26A 3KT5A 2FS4A 1SGUA 5P8BA 2FXDA 3ER3E 3TPRA 5P3LA 3T11A 5P49A 5P0DA 3VYDA 1W51A 1MT7A 5OZBA 3ZMGA 3Q4BA 3KM4A 3EL1A 5OZDA 1IIQA 5HCTA 3I2LA 1FIVA 4RRNA 4YD5A 5P86A 3I8WA 4DPIA 1FQ5A 4EYRA 2OHLA 2V10C 4LC7A 4Y5BA 3EKWA 2CENA 5APRE 4ZSMA 1B6KA 3VSWA 3QROA 1GNOA 4K8SA 3OU1B 4PPHA 1HIVA 5P3QA 2BQVA 3MSKA 4YD7A 3RTHA 3OUDB 4I0FA 4UPJA 5P1PA 3S53A 1TQFA 3QPJA 5P37A 5P7RA 5P6LA 1RL8A 2P83A 3IVIA 5OZIA 5OZ2A 1U8GA 2NXDA 3L5BA 3LHGA 1B5FB 5P05A 2HB4A 3CIDA 4RVJA 1UH9A 3S8IA 5P2WA 4ACUA 4Y48A 5F00A 2XYFA 1SMEA 1BBSA 1N49A 1HIIA 3EM4A 4CPWA 1A8KA 3OU4B 1HVCA 3TPLA 2AZ9A 3F9QA 4CPSA 5P4AA 1GNMA 4Y4BA 3H0BA 1PPLE 3S7LA 5P4SA 4YA8A 3URIA 3KFRA 5ISJA 5P01A 1MRXA 5P6NA 2ZYEA 4JOOA 5P1OA 3EL4A 5P2VA 5P0KA 3PRSA 5HDVA 5P8FA 3UDRA 4RRSA 3LINA 2H6SA 2VKMA 5P23A 2XFIA 3C9XA 5P0HA 4Y38A 5P38A 5P0EA 1NPAA 3T3CA 3UQUA 2BJUA 2XYEA 5P1LA 5P1VA 3EL0A 3OQDA 3GI6A 4M8YA 4J54A 2QNNA 2FNTA 2RKFA 4ZE6A 3I7EA 1MSNA 3S45A 4TVGA 3K1WA 2WEDA 2WF2A 4RROA 5P4ZA 1YM4A 2I4QA 3BVBA 5P83A 5OZ7A 3VUCA 5P6XA 4I8WA 1WBMA 2FDDA 2QHZA 3TH9A 2QZLA 1KJHA 2J9JB 5P2HA 3RSVA 5JFUA 4K4RA 5P7HA 3PBZA 3D1XA 3OXXA 4Y39A 4Q1XA 1MVPA 1EC3A 4PZWA 1FQXA 4Q5MA 5P8SA 2QMPA 1YTJA 3L5CA 5P64A 2P3BA 5FIVA 2PMAA 2B42A 1FQ8A 1HVLA 1BIMA 5DR3A 3VG1A 4Y5CA 5IVSA 5P1FA 4B00A 3FNUA 2QP8A 2Q3KA 3O99A 4KE0A 3SFCA 3OQFA 3KFPA 1MT9A 3DK1A 1LYAB 4IVTA 3UQWA 3PEPA 2R9BA 5OZCA 1FF0C 5P61A 3D20A 5P46A 2PWRA 3PCZA 5COPA 4U7VA 3SA6A 5DPZA 2R43A 1AXAA 5P0BA 5P4QA 5P4YA 2P3CA 3HZCA 3G72A 3S54A 2A1EA 5P35A 2FIVA 5P0CA 3QVCA 1T6GA 2WECA 4F73A 5P0VA 4EJLA 6UPJA 4GJ7A 3TKWA 4LAPA 3CYXA 2F3KA 1LYWB 4DQEA 5P6UA 1SGZA 1SDUA 2QI5A 1K6PA 3OU1A 1K2CA 5IE1A 2AOIA 4FM8A 1HWRA 4J0PA 1PSOE 3PBDA 4Y5MA 5P26A 3OUDA 5P6BA 1HHPA 5P07A 5P2IA 4BFBA 5IVRA 3NWQA 5P3EA 4Q1NA 1HPSA 3NDXA 5P6HA 1D4YA 1B5FA 1EPQE 5P28A 2FXEA 5HE4A 5P6VA 4BEKA 2AZ8A 2I4UA 2PK6A 3LITA 4EWOA 4NJSA 3N4LA 4ACXA 1MIQA 3G6ZA 3GW5A 3LIVA 5P58A 2AZCA 1HBVA 1BDRA 2FGUA 3EL9A 3VLAA 2Q64A 4D8CA 4Y9WA 5P55A 3ZKIA 1D4SA 3HBOA 5P5UA 1IZDA 3UDYA 5P10A 5P56A 5OZMA 5EZXA 4TVHA 4DUSA 4H3IA 1SDVA 5OYSA 1PSAA 3KMYA 4FM6A 4K4QA 3BGBA 1GKTA 5P4IA 3NU3A 3U71A 2HS2A 4GJCA 3MXEA 4XKXA 3NDTA 1ODYA 5P1QA 4DPFA 3DOXA 2QAKA 3B7VA 3O9EA 3BC4A 3OUCA 3PVKA 4Y4GA 1B6PA 1EC1A 5P3IA 3IXOA 4Q1YA 3TNEA 5P5RA 3DJKA 3MSJA 1Z1HA 1HVHA 5P5YA 1DPJA 1ZP8A 5OZ9A 5P4LA 4FE6A 4CMSA 5P8NA 5P6IA 4B70A 5P14A 1ODWA 3CICA 5P6ZA 3PWMA 4LBTA 4OBFA 4JP9A 4JPCA 3N3IA 1YX9A 3HAWA 3TPPA 1W6HA 3LIZA 2AOJA 5P6KA 4I0GA 4GJ9A 5P5AA 1FQ6A 2IGYA 1FMXA 1GVUA 3O9AA 4RCEA 3O9GA 3KFNA 2OHMA 3INHA 3EXOA 2NPHA 4R95A 5P0RA 5P8LA 3GI0A 5P7TA 5P0XA 2G20A 2RKGA 3MWSA 3UHLA 2QNQA 3RTNA 2QHYA 5P82A 5P80A 2IENA 5HD0A 5P5EA 4I10A 2AIDA 3SA7A 5P57A 4I0ZA 5P3NA 5P48A 4I0DA 5P13A 4FRIA 1ENTE 3OHFA 4J1CA 2QI1A 4KUPA 3ZKQA 3HVGA 4FSEA 2PC0A 5P4CA 5P77A 4J55A 3LIXA 5DQ4A 5P3DA 5P0JA 5SY3A 4DQCA 4YCYA 4HDBA 1META 5P7BA 4ZPGA 3O9FA 3TL9A 3ER5E 2ER7E 5P68A 5P7SA 5P27A 3B80A 3ZKMA 2FNSA 4DJWA 5AHCA 1NSOA 4Y58A 4NPUA 5P4PA 3U6AA 4N00A 4Y50A 3QIHA 3BRAA 5OZUA 3EKYA 3TOFA 5P42A 5P1UA 1UPJA 1K6TA 1LYWA 5P1WA 2ZHVA 4Y35A 1APUE 5ISKA 4HVPA 4YOBA 2UY0A 4J1FA 3UTLA 5P0NA 4H3GA 3MXDA 2QI4A 3NXEA 3PHVA 5P09A 5P39A 3UPJA 1VIJA 4Y54A 4YD6A 1GVXA 3L5DA 4FGXA 2VJ9A 3AIDA 3I25A 1E5OE 2QZKA 5P5OA 5P4VA 4B1DA 1HIHA 3EKPA 4APEA 3KT2A 5P7LA 5P7CA 1HSIA 2F80A 3NDUA 2F3FA 3O9LB 3WZ7A 4GZFA 1PPME 5DGWA 1HTRB 3EM6A 5P3RA 5P1GA 3OUBA 1HTGA 2PYNA 4I0JA 2JE4A 3R0WA 1K1TA 2I4WA 3GI5A 2WF0A 2V12C 5JG1A 1D4KA 5P36A 1AVFA 2HB3A 3SM2A 1HVRA 1G35A 5OYUA 2G1YA 5P54A 2VS2A 4B0QA 1BWBA 3RU1A 4DH6A 2NMZA 3CKPA 5P40A 2G1OA 3OHHA 2BKTA 5HU0A 5P11A 1Z1RA 1QBTA 5P12A 5P5FA 2VIYA 4Z2ZA 3G70A 5OZJA 4OBDA 1K6CA 3PB5A 3Q3TA 4FS4A 3QRMA 5P3KA 2ZJKA 1MRWA 5ER2E 5P3UA 4TRWA 1LEEA 1HPOA 5P2OA 3ZL7A 1PPKE 2PSUA 4J17A 4D83A 4TRZA 3LNKA 1C6YA 2PH6A 5OZYA 3DCKA 3OAGA 1XL5A 2QCIA 4I11A 2AOEA 5P3VA 5P8AA 5JFPA 4J0YA 1EAGA 5CONA 1K2BA 4ER4E 3GI4A 5P30A 3NU5A 4GJDA 4DV9A 4Y5KA 3SQFA 2G27A 5P2NA 4Y3JA 1YT9A 4B1CA 5P89A 4Y3HA 4COEA 3GGUA 5P52A 4R92A 2P8HA 3FNSA 7HVPA 3D1ZA 5P50A 5OZHA 5AH9A 2NMYA 4XX3A 1NPVA 3UDNA 1HPVA 4Y3PA 5KQZA 1T7IA 5P5ZA 1MERA 1VIKA 3PJ6A 2P4JA 1XN2A 4Y5EA 5P8PA 5ENMA 4J1KA 5OZ4A 3R4BA 2OHSA 5BRYA 3UQXA 3TLHA 4A6BA 2QMDA 2UPJA 5P34A 3LPIA 5P84A 5P5QA 4CPQA 2NNPA 4F74A 4DFGA 5I70A 3NU6A 4EJ8A 4EJKA 5P0YA 1EBYA 1YTGA 5P4DA 2WF3A 2O40A 4YOAA 2Q54A 3S7MA 5P59A 4HZTA 4FAFA 5P3JA 1JLDA 3UQPA 2IEOA 3QN8A 3PLDA 4Y57A 5OZWA 4PHVA 2QD7A 4Y3SA 5OZTA 4X2LA 5P6WA 5COKA 5P31A 4A6CA 5AH7A 2ZJHA 2Q15A 5P5SA 3DCRA 5P1CA 3BHEA 5OYQA 2AVQA 1TCXA 1EC0A 1FGCC 5OZSA 4EP3A 3INEA 1FLHA 5P3SA 1K6VA 4RYGA 6APRE 4LP9A 3RTMA 2ZJMA 5P1MA 5P7FA 5P66A 5P33A 5P5CA 2B60A 3EKXA 5IVQA 4FCOA 5P2DA 5KOQA 1G2KA 1AZ5A 5P2SA 3O9CA 5P04A 4Y3RA 3QBFA 3M9FA 4D88A 1OD1A 4Y4EA 4Y44A 2B8LA 1AJXA 1SIVA 1W5XA 1GNNA 4GIDA 5P5TA 3OOZA 1MTBA 1QS8A 4I0HA 5P0OA 5HCOA 3UDKA 1BDLA 3PGIA 1ZSRA 5HU1A 3LZUA 5P0SA 4Y3EA 2QZXA 1B6MA 2R38A 5P6JA 3L58A 5P4JA 3APRE 4Y3ZA 1AJVA 1MT8A 3UQRA 5P16A 3S2OA 3URLA 1FMUA 3ZKSA 5KQYA 4Y5PA 2BKSA 5P6FA 5P2ZA 4MC6A 2WF4A 3WB5A 1BV9A 5P1XA 2O4PA 5P0UA 4FM7A 2AOCA 3L3AA 3SA5A 2QD6A 4ZLSA 5AGZA 5DGUA 3EL5A 2APRA 5P4NA 5OZAA 4DJQA 5P8OA 4Y5GA 5KR2A 2OHRA 2HPEA 2SAMA 4FAEA 3KDBA 2R8NA 4FIVA 1BXQA 3FX5A 4YD4A 4YCTA 5OZ0A 4CPTA 5P1DA 3NXNA 3GGXA 5P8TA 4FRSA 4DQGA 5DR7A 3Q6YA 4ZSQA 5HVPA 5P03A 1C6XA 4QJAA 3CKRA 4GJAA 3UFLA 5EZZA 1KJ4A 4Y36A 5P7MA 3IGBA 1FMBA 2I0AA 3IXJA 2PWCA 2Q63A 1W5VA 4FRJA 2B8VA 3LIYA 1ZPKA 5HE5A 4GJ8A 3KF0A 5KQFA 1QDMA 3EM3A 3CMSA 5I3WA 4J0ZA 5ENKA 1IVQA 4I8ZA 1FKNA 3SO9A 1EPLE 5P0MA 5P3WA 3CYWA 2HIZA 5P6AA 2HAHA 4Y41A 1W5WA 2WEBA 2G1RA 3I6OA 5P4OA 2IRZA 5P2CA 5P06A 5P2AA 5KR0A 4M8XA 1TSQA 2BPVA 4RLDA 4Y56A 3OU4A 5ER1E 5P7GA 1HXWA 1FFFC 1A30A 2BB9A 4QGIA 3QAAA 2NR6A 3DV1A 2G24A 4QJ8A 3S56A 4HDFA 1E81E 4QJ2A 3MSLA 4TRYA 3L38A 4ZPFA 3APPA 4HEGA 4GB2A 2VIZA 1IBQA 5P5BA 1XS7D 4EXHA 4Y5NA 1MPPA 3EMYA 1ZAPA 4HDPA 2PSVA 4GJ5A 5P18A 1Z8CA 4BELA 2FDPA 5IVTA 5P2GA 2ZE1A 5AHAA 4ZEAA 5AH8A 3PWWA 5P3TA 2JJIA 5AH6A 5P4FA 5J25A 1BAIA 5P78A 5P8EA 1BILA 4DQBA 4L1AB 2R5PA 5AHBA 3SA9A 5P45A 3SM1A 2IS0A 1ODXA 3PWRA 4Z22A 4HLAA 5P4XA 5OZOA 2V16C 3O9BA 1SIPA 4DJVA 1HSGA 3KA2A 1EPOE 3TTPA 3PMYA 1HTFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NLS A;  5DQ5 A;  3JW2 A;  4DJU A;  3DUY A;  4APR E;  3KDC A;  3TOG A;  3S85 A;  1A9M A;  2WHH A;  4KB9 A;  5P65 A;  1IZI A;  4J1H A;  2G1S A;  3HLO A;  5P22 A;  3IA9 A;  5P2X A;  2AOF A;  1CPI A;  2MIP A;  4ZPE A;  4S1G A;  5P3M A;  2IKU A;  5P4R A;  2QHC A;  5OZL A;  5P8K A;  1DAZ C;  5P2E A;  3UDM A;  2WJO A;  3VF5 A;  2Z54 A;  4R91 A;  3NU4 A;  2B7Z A;  4YDG A;  4Y3M A;  4FL8 A;  5P32 A;  1KJF A;  3UDJ A;  2AOG A;  1TCW A;  5P75 A;  5P0W A;  3K4V A;  1ZBG A;  3VV6 A;  4OC6 A;  2QZW A;  5DQ2 A;  4K9H A;  3URJ A;  3SA3 A;  5KR1 A;  3OK9 A;  1A8G A;  5P7V A;  4Y4J A;  1HXB A;  5P3B A;  4AZY A;  1APW E;  2VA6 A;  4DVF A;  5C9D A;  2IQG A;  5P8H A;  3UCB A;  4MC2 A;  1HPX A;  3IN4 A;  5P7Q A;  2ZGA A;  2FDE A;  3OGP A;  3OAD A;  1HSH A;  4IVS A;  4RGH A;  5P4K A;  4B1E A;  2VNN A;  1B6J A;  2QI7 A;  3K5G A;  2QU3 A;  3LPK A;  3LZV A;  2OHU A;  3BGC A;  3DM6 A;  2HS1 A;  2QI6 A;  4MC1 A;  4CKU A;  4WY6 A;  1T6E X;  1LYB A;  2QU2 A;  4QJ7 A;  3ZPS A;  4CPR A;  5P6C A;  3NU9 A;  2G22 A;  3LZS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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