5P6GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 277
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6gA01
3VLAA 2HPEA 5P0OA 5P86A 3KM4A 2I0AA 2JXRA 4B0QA 5B18A 2J9JB 1FFIC 4Y3WA 3PHVA 3UDQA 3ER5E 4GJ5A 3NLSA 2A4FA 5P19A 4FCOA 5P8SA 5C9DA 1D4IA 1HVSA 1A9MA 5P2XA 5P3PA 5P5VA 4MC1A 3TKGA 4DQHA 3LNKA 3HVPA 4R8YA 5P4LA 5P56A 5P49A 4EXHA 2FNTA 5P2FA 3APRE 5DR4A 2Q5KA 4LL3A 4Y4ZA 5P0DA 1B6LA 5P3EA 3UDHA 2SAMA 5P78A 3S7LA 2QNPA 3O9FA 3LPKA 1PSAA 3O9LB 5BS4A 1IVQA 1SP5A 5P0XA 5P84A 3CMSA 3S85A 4DVFA 1KJFA 1APTE 1RNEA 2PC0A 4FM8A 3L5BA 2JE4A 1FQ4A 4K4RA 2O40A 5KR0A 5P37A 2Q63A 5P5RA 3OOZA 1ZPAA 5P8LA 4ZPEA 4FM6A 4AMTA 3OU1B 2CENA 3GGVA 3S8IA 2HAHA 3OTSA 3IXJA 5P2JA 1BV7A 5P7UA 5P5XA 4BELA 2QU2A 3KT2A 2PK6A 4I0EA 5P7AA 5AHBA 5P1RA 4OD9A 3CKRA 2ZHSA 3SA6A 1NPAA 3TPJA 1IZDA 2PWRA 3UDJA 5P8TA 3JW2A 2FGVA 1MEUA 5OZ1A 3VSXA 4QGIA 3QVCA 3QPJA 5P7LA 1C6ZA 1MTRA 2I4VA 5P35A 5P65A 4DJVA 3TPPA 4EJ8A 4CPTA 3INEA 4J54A 2QU3A 3A2OA 1BV9A 3I8WA 4ER2E 3NU3A 4EJDA 1Z1RA 5P6XA 3UPJA 4Y5AA 4EQJA 1EC2A 3OUDA 3UQRA 2AODA 1FMXA 3SLZA 5OZAA 3D1ZA 4Y39A 1ZTZA 3UDNA 3EKYA 4QJ7A 5P3DA 2P3AA 4DQFA 3BUFA 5P1GA 4NPUA 3SM1A 5IVQA 4J17A 4LAPA 1FLHA 3EM6A 1NPVA 3S56A 4OBFA 5DQ4A 3KDCA 4DPIA 3K5CA 4I0GA 3ZKNA 4R91A 4CPRA 1HTFA 1GVUA 2NMZA 5P2AA 3PMUA 1M4HA 3T11A 2V10C 5P07A 5P8CA 4MC6A 2NPHA 4L7GA 3LHGA 2O4PA 3MXDA 5P0EA 5P0NA 3DV5A 3GI5A 4RROA 2QI4A 1D4JA 2WKZA 1BDLA 5P2SA 3ZPSA 1OEWA 4RYCA 1WBMA 1HVHA 1HVIA 2ASIA 2O4NA 3VYEA 2AQUA 4TRZA 5P2CA 4I0ZA 3SA7A 4YA8A 2FLEA 3C9XA 2WHHA 4PYVA 4R95A 3K1WA 5P4HA 4J1HA 1YM2A 3H0BA 1MPPA 2B8VA 2HS1A 3SA8A 3NWXA 1MT7A 3OUCA 1FQXA 3SO9A 1GVXA 1HIHA 5OZPA 4ZSRA 5OYUA 5P68A 3F9QA 5KQZA 3VF3A 1QBRA 5P0WA 3SACA 5P42A 1W51A 3EKWA 5P5WA 3SQFA 4FIVA 5OYXA 4B1CA 1FQ8A 5OZMA 5P1WA 5P08A 4JECA 1ZPKA 1OHRA 1QRPE 3K5GA 3TLHA 5P3MA 3GGUA 4J1CA 4Y5EA 5P0BA 1LYAA 4DJXA 2G22A 3EL9A 3EL4A 2ZHUA 3VLBA 3EMYA 2H6TA 3Q6YA 1SBGA 3BXRA 2WF0A 4NJSA 4YD4A 1BBSA 1OEXA 1BXOA 3O9HA 3KDDA 4ZPFA 1MSNA 5P6JA 3BRAA 3TH9A 1GVVA 3EKXA 3EKPA 3UQPA 3PLLA 4RCFA 1G35A 1BILA 4OBDA 2CEMA 2NXMA 2P3DA 5E5JA 4Y5CA 4H3FA 5OZ9A 4Y54A 5JG1A 1HPVA 5P6FA 2OHNA 5P8GA 2OHMA 1ME6A 3O9EA 4Y57A 5P06A 4YD5A 1W5XA 1YX9A 2B42A 4L1AA 1GVWA 1RV7A 2WEZA 1K6PA 5P04A 5P64A 5P1ZA 5P6MA 3I7EA 4Y4XA 2QI0A 4EYRA 2ZE1A 3LIVA 4I0DA 1UH9A 5P0HA 1ZSFA 3PRSA 1SDTA 4Y4DA 4Q1YA 1HVRA 2VNMA 1GKTA 1FB7A 2UXZA 3CYWA 4HE9A 5P0FA 5P6HA 3INDA 2OF0A 5AHAA 2IRZA 5KQFA 1QBSA 1AXAA 3LIZA 3Q3TA 3ZKQA 3GGAA 2AOEA 4YCKA 4TVGA 5P5PA 3Q4BA 3VYDA 4Y50A 1M43A 3R2FA 5P1PA 2AIDA 5AHCA 3OGQA 1TSQA 4YD6A 4Y3ZA 5P1CA 5P0UA 5P28A 3MXEA 1YM4A 2F3EA 3KFPA 4N00A 4QJ2A 5I3XA 1XN3A 1E5OE 5P71A 4DJOA 1B5FA 2PQZA 3ZL7A 1D4LA 5P1BA 1EBZA 3O9CA 4JPCA 2Q55A 5P2KA 5P4GA 4IVSA 5P8EA 3MSLA 5P1YA 5HDZA 1HRNA 5OZGA 5P0IA 5P4SA 2BKTA 5P8MA 2PYNA 4HVPA 4Y5PA 3TNEA 1FFFC 2ZYEA 4GJ9A 2QMDA 4DJPA 5P6GA 5P1TA 5P8HA 3L38A 2A1EA 2G21A 3TKWA 5P5OA 5P4DA 3VSWA 3G72A 5P5ZA 5TOLA 4Y3MA 1GVTA 3BUHA 2FXEA 5P46A 4EPJA 5P1LA 2Q54A 1GNOA 2QZWA 5P00A 5SXNA 2AZCA 1KJ4A 5P8VA 4ZE6A 2CEJA 5P6AA 4XX3A 3LIYA 3QRMA 4FLGA 2Q15A 4J0TA 1SMRA 2V13A 1KJ7A 5P1NA 2HC0A 5IS4A 5P24A 4R92A 1LYWB 1T7KA 1HPXA 3OUAA 5P57A 3EL1A 3VV6A 3EL0A 3UDYA 3Q70A 5FIVA 5P1JA 5DGWA 2VKMA 1C6XA 1T6GA 4EXGA 4Y44A 1HTRB 5P58A 5P6DA 3D20A 4OBKA 4LXMA 5P69A 5P0VA 5OZIA 2JJJA 2Z4OA 3NU5A 1MESA 2NXLA 4D89A 2APRA 1DP5A 5OYZA 1FKNA 4PEPA 1PPKE 3LZVA 5P5LA 3FV3A 3RTMA 3FNTA 5P8QA 3ZOVA 5P6SA 4Y4TA 5P0ZA 3PBZA 4Y5NA 5P6EA 3LIQA 1YTJA 4Y5LA 1YT9A 4Y3FA 5P7EA 5P3GA 2BPWA 3HBOA 2ZJLA 5P72A 2ZHVA 3RTNA 1G6LA 5P5AA 5P5NA 5P7QA 3FKTA 5P40A 3VUCA 3HLOA 1EPLE 5DR3A 2WJOA 3LZSA 3PWMA 1HEGE 3PGIA 5P5YA 1HVJA 5P39A 3EC0A 4B00A 3I6OA 2I4XA 2IDWA 3D3TA 5P5GA 2JJIA 3QN8A 2QMPA 1HPSA 2QNNA 3SKFA 2QMGA 4Y5KA 3IXKA 4KE0A 5DGUA 1HTGA 4J1IA 5P7JA 4H3GA 1RL8A 2FXDA 3IXOA 1HVKA 3INFA 4YCYA 3OQFA 2P3CA 1N49A 4Y47A 2I0DA 5P3JA 2OAHA 4TRYA 1ZJ7A 2ZJJA 3K4VA 4ZSQA 4HZTA 4J0YA 5P75A 3DCRA 4GMIA 1LF3A 3UDPA 4XXSA 1U8GA 2AOFA 5P4PA 5P2LA 2G1NA 5P5KA 3VFBA 4U7QA 3INHA 5P2WA 1SIVA 5HDUA 3FNUA 3NU4A 3KYRA 5P05A 5P0YA 2BBBA 4S1GA 3OY4A 3S43B 3LZUA 4I10A 5P4JA 4BFBA 4ZIPA 3N3IA 4B78A 5P1FA 5P7MA 3OU4B 5JODA 1K6CA 5P5BA 4GJAA 3RTHA 3NU9A 2G1OA 5DR7A 3NXEA 3SABA 3QRSA 3NUOA 3UTLA 4D83A 1EPQE 1IDBA 4Y9WA 4L7HA 4ZSMA 1JLDA 3D1XA 2FIVA 1W5WA 1XL2A 5P29A 4IVTA 5OZFA 1PPME 5P47A 3L58A 2NNPA 3OADA 3APPA 4CPQA 4ER1E 6APRE 3NR6A 2I1AA 1MT8A 5F00A 4KE1A 4LXKA 3PWRA 5P0PA 4CPUA 4Y56A 2ZGAA 3G6ZA 3VFAA 1D4HA 1CPIA 2AOJA 3K5DA 1NSOA 1IZEA 1G0VA 3KF0A 5P4VA 3QAAA 3OTYA 5P4IA 1LYBA 5P2UA 5P7NA 1AJXA 4U8WA 1PPLE 5P4UA 4FRKA 5UPJA 2OHRA 5IVTA 5P3NA 2BB9A 4Y3DA 4EP3A 3HZCA 5COPA 3S53A 4NJVA 2BPXA 2R5PA 5P1OA 5P3YA 5SZ9A 2ZHRA 5HTZA 1HIVA 5P3BA 3VV7A 2QD7A 5ENKA 1K6VA 5P12A 1VIJA 5P02A 3PCWA 5IVRA 5P3LA 5OZBA 4Q5MA 4MC2A 5P32A 1ZLFA 3QROA 4Y53A 3LINA 3RSVA 2P8HA 4LBTA 5P3VA 2J9KA 4EWOA 5P0SA 5P1UA 2H6SA 4LP9A 4F75A 1YTHA 4DQGA 4FE6A 5P67A 5P26A 3B7VA 5P3OA 3CICA 5OYSA 3OAGA 5P3IA 2IKUA 1UPJA 3CIBA 5OYYA 2VIZA 4FSLA 3HAUA 5P83A 5P2MA 5AH6A 1SGZA 3R0YA 5OZDA 2BPVA 5P2IA 5P4OA 1C70A 1HPOA 5P5TA 5P8RA 5P3RA 4EJLA 3KN0A 3UDRA 5P87A 2QD6A 5P1AA 2VNNA 5P2QA 4Y43A 4GZFA 3WB5A 4Y36A 2V11C 1J71A 3UDMA 1DPJA 5OZNA 3G70A 5EZZA 3PCZA 3PJ6A 3NYGA 2VIJA 3BUGA 4OBHA 4Y3GA 1EPME 1EBKC 1SIPA 1XDHA 5E5KA 5P1IA 1MERA 5OYQA 3R0WA 2G24A 5HCTA 5P18A 3LITA 2QI3A 5AH7A 5OZJA 3TTPA 1MSMA 2AVMA 5P7PA 2PSGA 4JOOA 4B72A 4Y38A 5P5CA 1NH0A 1EBYA 2QI1A 3QS1A 2F3FA 3I2LA 4FSEA 1EEDP 3VEUA 1E81E 3OXCA 4OD9B 2VJ6A 4RVIA 4Y3EA 1HSGA 1DAZC 2BPYA 5P1QA 1TCWA 3PB5A 1WBKA 2OHTA 5P8AA 4QJ8A 4B1DA 4J5JA 5BWYA 2P3BA 5P4MA 2OHUA 5P34A 3BXSA 2UY0A 4AA9A 3PMYA 5P6WA 3NWQA 4HDPA 3UHLA 4A6CA 2AZ9A 2R8NA 1FQ6A 4YHQA 4K9HA 5P6TA 4DV9A 4COEA 1D4KA 3OUDB 4B05A 4AZYA 1NPWA 3UCBA 2QNQA 3QP0A 3IVHA 4EQ0A 5P0LA 5KR8A 1M0BA 1XE5A 4PPHA 4F74A 5P3QA 3R4BA 5P59A 3Q5HA 3KT5A 4YD7A 5KOQA 4BEKA 2PH6A 4LHHA 5C9BA 5P89A 4NKKA 4ZPGA 2HB2A 5KR1A 2AVQA 4L7JA 5KQYA 1IBQA 4HA5A 4Y6MA 5KAOA 2UPJA 5P7KA 5P1MA 1EAGA 2HM1A 3T7XA 4CPXA 2QD8A 4Y3PA 3CKTA 5P16A 4GJCA 3PI5A 2ANLA 3DM6A 2VIEA 5OZZA 2G1SA 2PWCA 5P7YA 5P2OA 3PI0A 2ZHTA 3FNSA 2IKOA 3FX5A 5P7XA 2G94A 4M8YA 2IGXA 5P6LA 1VIKA 2NR6A 3CKPA 4I0HA 5P2NA 4DQEA 1K2BA 1QBUA 5HCOA 2XYFA 5P0QA 3FSMA 2HB3A 2R43A 5HU0A 5P48A 5P27A 5P7ZA 5P7HA 2OHPA 5OZWA 3SKGA 4DQCA 3UFNA 2NNKA 3SM2A 6UPJA 1FGCC 1E80E 3LPIA 4YDFA 3T6IA 4FAFA 2PH8A 1ENTE 5J25A 3PLDA 5P3KA 5P54A 3SA9A 3TPLA 5DR0A 3JVYA 1IVPA 5P4WA 5P6UA 5P8IA 4J1KA 4EJKA 1LYAB 5P50A 1HXBA 1PFZA 3T7QA 1META 3PBDA 5T4SA 3OU3A 1BVEA 3SFCA 1ZAPA 2QHCA 5P0KA 3PSYA 3R1GB 4RRNA 3MSJA 4Y5BA 1ODYA 3LIXA 5AGZA 2F80A 1W5VA 5P13A 3WZ8A 3EM3A 2PMAA 4I11A 3U71A 3VYFA 5JFPA 4J1FA 3NUJA 4GB2A 1FG6C 2NTRA 1GNNA 2G27A 1HIIA 1QDMA 2V00A 4NJUA 9HVPA 4L1AB 2AVOA 4DJRA 4OBZA 5P2RA 3ZPUA 4Q1NA 4DJQA 1W50A 1LV1A 4CPWA 4PZWA 1AIDA 4GJBA 3EBZA 5CONA 5KR2A 4FAEA 1B6JA 3LPJA 5P38A 3DUYA 2PSUA 1ODXA 2R9BA 5JFUA 2HIZA 5P2HA 5P62A 1HXWA 2FNSA 3VF5A 3WZ6A 2G26A 4ACUA 4A4QA 3ER3E 4Y4JA 4Y37A 5P74A 5P03A 2VIYA 3ZKSA 3NDTA 5P3FA 5P4ZA 5I70A 4QLHA 1FMUA 3OQAA 1C6YA 1B5FB 3BHEA 1MRWA 3O9IA 4Y45A 2RSPA 1APVE 2B60A 1EPPE 5P61A 1MIQA 5P80A 1SH9A 3IAWA 4J1EA 3GI4A 3D1YA 4JPEA 4XKXA 5SY3A 4OC6A 4Y3JA 2ER6E 2Q64A 2RENA 4Y3QA 4HLAA 5HDXA 4YD3A 1LZQA 2AOCA 2QZLA 4Y58A 5P0MA 5P85A 2AZBA 2J9JA 5P22A 5P6VA 1UH7A 4Y4WA 4Y4UA 4A6BA 3URIA 4GJDA 5OZTA 3O9AA 1MVPA 5P3ZA 1QS8A 2XFIA 5P43A 3ZPTA 3UQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VLA A;  2HPE A;  5P0O A;  5P86 A;  3KM4 A;  2I0A A;  2JXR A;  4B0Q A;  5B18 A;  2J9J B;  1FFI C;  4Y3W A;  3PHV A;  3UDQ A;  3ER5 E;  4GJ5 A;  3NLS A;  2A4F A;  5P19 A;  4FCO A;  5P8S A;  5C9D A;  1D4I A;  1HVS A;  1A9M A;  5P2X A;  5P3P A;  5P5V A;  4MC1 A;  3TKG A;  4DQH A;  3LNK A;  3HVP A;  4R8Y A;  5P4L A;  5P56 A;  5P49 A;  4EXH A;  2FNT A;  5P2F A;  3APR E;  5DR4 A;  2Q5K A;  4LL3 A;  4Y4Z A;  5P0D A;  1B6L A;  5P3E A;  3UDH A;  2SAM A;  5P78 A;  3S7L A;  2QNP A;  3O9F A;  3LPK A;  1PSA A;  3O9L B;  5BS4 A;  1IVQ A;  1SP5 A;  5P0X A;  5P84 A;  3CMS A;  3S85 A;  4DVF A;  1KJF A;  1APT E;  1RNE A;  2PC0 A;  4FM8 A;  3L5B A;  2JE4 A;  1FQ4 A;  4K4R A;  2O40 A;  5KR0 A;  5P37 A;  2Q63 A;  5P5R A;  3OOZ A;  1ZPA A;  5P8L A;  4ZPE A;  4FM6 A;  4AMT A;  3OU1 B;  2CEN A;  3GGV A;  3S8I A;  2HAH A;  3OTS A;  3IXJ A;  5P2J A;  1BV7 A;  5P7U A;  5P5X A;  4BEL A;  2QU2 A;  3KT2 A;  2PK6 A;  4I0E A;  5P7A A;  5AHB A;  5P1R A;  4OD9 A;  3CKR A;  2ZHS A;  3SA6 A;  1NPA A;  3TPJ A;  1IZD A;  2PWR A;  3UDJ A;  5P8T A;  3JW2 A;  2FGV A;  1MEU A;  5OZ1 A;  3VSX A;  4QGI A;  3QVC A;  3QPJ A;  5P7L A;  1C6Z A;  1MTR A;  2I4V A;  5P35 A;  5P65 A;  4DJV A;  3TPP A;  4EJ8 A;  4CPT A;  3INE A;  4J54 A;  2QU3 A;  3A2O A;  1BV9 A;  3I8W A;  4ER2 E;  3NU3 A;  4EJD A;  1Z1R A;  5P6X A;  3UPJ A;  4Y5A A;  4EQJ A;  1EC2 A;  3OUD A;  3UQR A;  2AOD A;  1FMX A;  3SLZ A;  5OZA A;  3D1Z A;  4Y39 A;  1ZTZ A;  3UDN A;  3EKY A;  4QJ7 A;  5P3D A;  2P3A A;  4DQF A;  3BUF A;  5P1G A;  4NPU A;  3SM1 A;  5IVQ A;  4J17 A;  4LAP A;  1FLH A;  3EM6 A;  1NPV A;  3S56 A;  4OBF A;  5DQ4 A;  3KDC A;  4DPI A;  3K5C A;  4I0G A;  3ZKN A;  4R91 A;  4CPR A;  1HTF A;  1GVU A;  2NMZ A;  5P2A A;  3PMU A;  1M4H A;  3T11 A;  2V10 C;  5P07 A;  5P8C A;  4MC6 A;  2NPH A;  4L7G A;  3LHG A;  2O4P A;  3MXD A;  5P0E A;  5P0N A;  3DV5 A;  3GI5 A;  4RRO A;  2QI4 A;  1D4J A;  2WKZ A;  1BDL A;  5P2S A;  3ZPS A;  1OEW A;  4RYC A;  1WBM A;  1HVH A;  1HVI A;  2ASI A;  2O4N A;  3VYE A;  2AQU A;  4TRZ A;  5P2C A;  4I0Z A;  3SA7 A;  4YA8 A;  2FLE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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