5HTZA

Bace1 in complex with (s)-5-(3-chloro-5-(5-(prop-1-yn-1-yl)pyridin-3-yl)thiophen-2-yl)-2,5-dimethyl-1,2,4-thiadiazinan-3-iminium 1,1-dioxide
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5htzA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5htzA02
3OU3A 3D1YA 5P7XA 4GJ8A 1W5YA 5PEPA 4AZYA 1G2KA 2IDWA 5OZOA 5P2AA 3TPPA 4TVHA 2V12C 4I12A 5HCTA 4QJ8A 2O40A 5KOSA 5OZMA 1SP5A 5P0YA 3L3AA 4D85A 5P82A 2RSPA 2Z4OA 3GI0A 3PCWA 5P0SA 1DMPA 2UXZA 4J1KA 4YOAA 5OZ3A 3HVPA 5P08A 1OD1A 2ZYEA 4FM8A 5P16A 4EPJA 4KE1A 3QRSA 5P5DA 1AXAA 3H0BA 4J5JA 5P4KA 3OHHA 5P0ZA 1BWAA 5P4HA 2Q55A 1C6ZA 3PSGA 1QRPE 5P0EA 3EXOA 2QD7A 5P1ZA 5P46A 5P7SA 3T7PA 2QD8A 5P8RA 3FNSA 3VV6A 4QJ9A 2F3EA 2G1YA 3A2OA 4EWOA 2BKSA 4FIVA 1HVSA 1TQFA 1ZJ7A 2NTRA 5P35A 2JJJA 3D1XA 5KQYA 4YBFA 5OZDA 4EJKA 1OEWA 4K4QA 3PBDA 5OZFA 5P5UA 1TCXA 3S43B 4F73A 1APVE 5P10A 4YCTA 2JJIA 2FGVA 3HBOA 1MUIA 1M43A 2PYNA 3PWWA 2WF0A 5P7CA 3TPRA 2AVQA 3QVIA 3KDBA 4FRIA 2IEOA 5P8OA 5OZGA 3CYWA 3O9HA 2HIZA 1MIQA 2B60A 5P5MA 1K6PA 2RKFA 3UDNA 2VIYA 5HCOA 3ER5E 5P0LA 1IDBA 5I3XA 2CENA 3UCBA 5EZXA 1FMXA 5BRYA 2HAHA 1PSNA 5P4XA 5AH6A 9HVPA 3APRE 4Y35A 4QJ7A 1HOSA 2G21A 3TTPA 4Y4TA 5J25A 3TOFA 5DQCA 4Q1YA 4RROA 2IKOA 4ZPEA 4Y36A 1EBWA 3SM2A 5P66A 1YTJA 5OYZA 2AODA 2PYMA 1YT9A 4PZXA 5SZ9A 3KMXA 5P0WA 1B6LA 2QHCA 3L5EA 3VUCA 5P4VA 4Y5EA 2IGYA 3NXNA 1XL5A 4ZLSA 3QVCA 5KQXA 4DQGA 3PB5A 5OYYA 3NU4A 5P8SA 4Y43A 3FX5A 5P68A 3INHA 2XFJA 4FRKA 4L1AA 4IVTA 1SGUA 5AGZA 2Q11A 2FDPA 1FKNA 5P40A 2J9KA 1CMSA 2B8VA 2VIEA 1SMEA 3I25A 3K5CA 3PCZA 4I0DA 3RSXA 5OYQA 5AHCA 5P5IA 4CPQA 5P3FA 2PK6A 3GI4A 4GJ6A 4B72A 5P8LA 1ZPKA 4ZPGA 4EJ8A 5P19A 5P5CA 1QBTA 5P05A 3OY4A 5P1LA 5DQ2A 5P49A 3NU5A 4Y41A 4CPWA 2AOGA 2O4LA 3CIBA 1EC0A 1W6HA 2G1NA 5P86A 5HD0A 4QLHA 3SLZA 3I8WA 3JVYA 4Y3SA 4J0PA 4NKKA 4FAFA 1D4SA 5P28A 2HS1A 5P7FA 5JODA 5P7NA 5P53A 2FLEA 5HE4A 5E5KA 5P5NA 2R3TA 5P6LA 5P5WA 5HE7A 5BS4A 2FIVA 1YM4A 5P2KA 1Z1RA 5IVQA 3PMYA 4YE3A 4LAPA 4Y4JA 2G26A 3VEUA 5P0NA 4WY1A 4Y37A 3INDA 3VLBA 2ASIA 2FXDA 1B6KA 5P2ZA 5DR0A 1LYWA 5P73A 3TPJA 1GNMA 2F81A 1LV1A 3KMYA 5P0VA 4Y3LA 1MT7A 5P1DA 4R92A 1B6MA 1YTHA 1YM2A 1DIFA 4Y3WA 5P2HA 5P45A 3WB5A 5HU1A 3WZ7A 3MSLA 3IVIA 2I4VA 1ENTE 2BPWA 5OZ7A 5P4NA 5P50A 3PVKA 5P7YA 2QMPA 5P5ZA 1FQ4A 3NDUA 3N4LA 4DJQA 4PEPA 2NXDA 5OYWA 2G20A 5P1FA 1EEDP 4J0VA 4Y4ZA 5P03A 1WKRA 4Y3NA 5P4IA 4YCYA 1PSAA 1ER8E 3OADA 4HDPA 2RENA 4YD6A 5P8DA 4M8XA 3K5FA 5P61A 3EKWA 5P55A 4D88A 3L5BA 3PBZA 5P2WA 4BFBA 1Q9PA 3DOXA 5P5AA 3UPJA 4RLDA 1HVLA 5E5JA 1HVKA 1XN2A 4B70A 3OAGA 5P3RA 1LZQA 1GKTA 3ZMGA 5C9DA 1W50A 2OHSA 5P7PA 5P07A 3CYXA 4PZWA 2QNPA 4Z22A 2EWYA 3KFRA 3QRMA 4U7QA 4YDFA 4I8WA 2QMFA 1FQ5A 2ZHTA 3S56A 1LYBA 4Y44A 5P22A 1EC1A 3L58A 5P0QA 5P8HA 2UY0A 5P7DA 5P2JA 4OBGA 3FV3A 1BXQA 2VA5A 1YX9A 4AA8A 1GNNA 5P27A 5P0PA 4J1IA 4R91A 4MC9A 3I6OA 1HSHA 4B00A 3O9FA 1GVXA 3NR6A 5P32A 4DPFA 5P3QA 3LNKA 5P1JA 1GVUA 5P2EA 2XYEA 3S2OA 2IS0A 1M0BA 1FB7A 4ER4E 4I0FA 4HE9A 4WY6A 3OQFA 3UHLA 5OZVA 5IVTA 3OUCA 2UPJA 5P38A 4Y51A 5I3VA 2Q64A 3OU1A 3PWRA 3O9EA 3KDCA 6UPJA 2G1SA 5P1VA 3NYGA 4ACUA 1SIPA 4HLAA 2PSUA 5P71A 5P1AA 2BBBA 4Y4DA 5P5YA 3R2FA 5P0OA 4IVSA 5DR1A 4Y4UA 2QI1A 2A1EA 5HDVA 4LBTA 3EKTA 4YDGA 2IQGA 2OHPA 1MRXA 3MSJA 3CICA 2P3AA 8HVPA 2OHKA 2VA6A 5P63A 4OBZB 4B1DA 2SAMA 4GJ9A 1U8GA 1Z1HA 5P8KA 2PWRA 2JXRA 3S7MA 3SA3A 1IZDA 1A9MA 5P15A 4I0HA 1EBZA 5P60A 2OHNA 1K2BA 4HZTA 2A4FA 4X2LA 1HVJA 5P0IA 2ZE1A 1HSGA 4B05A 5P25A 2AZ8A 4DH6A 3KDDA 1EBKC 5P7OA 4RYGA 4FCOA 5P1UA 5P2YA 3UF3A 4K9HA 5OZ1A 5CONA 1ZLFA 3ECGA 4XKXA 2BJUA 5P7UA 3FSMA 4NPUA 4Y53A 5HVPA 3HLOA 5P6IA 1XS7D 4OBDA 5P3BA 5KR8A 1RPIA 4LXAA 3TNEA 4EP3A 1AM5A 5P6NA 2IKUA 1AZ5A 2FMBA 1FLHA 3O9DA 3PLLA 5P4BA 4F74A 3L5CA 4Y4XA 2ZJMA 5P5LA 5P8QA 5OZPA 3NU6A 3OXCA 5P3GA 1KJ4A 4Y5PA 5P2BA 5P80A 4OC6A 5HU0A 4Y4AA 1MERA 4EJLA 4NJTA 3VF3A 1FGCC 3IN4A 5ISJA 1TSQA 3UFNA 3EM3A 3HW1A 5P89A 4L7HA 5B18A 2HM1A 4ZSPA 2H6TA 4HEGA 5P3LA 3SKFA 5OZ6A 4YHQA 1M4HA 5P6DA 3LPKA 1SDVA 3OOTA 1B6PA 2VNMA 1LYWB 1MTRA 3U71A 3VCMA 1HVRA 3OQAA 4XX3A 2B42A 5P65A 5OZEA 2OHQA 3OXVA 3BUHA 3EM6A 3G70A 1QS8A 5C9FA 2Q63A 5P8UA 2J9JB 5P51A 5P8PA 3URLA 2V00A 3VV7A 5P7RA 5P7KA 4CPXA 4B1CA 3SFCA 3BRAA 5P5QA 3FNTA 2BB9A 5F00A 2ZJNA 3LZUA 4DQEA 2F80A 5P7TA 2I4WA 5P5GA 4A6BA 5P4PA 5KOQA 2QK5A 4Y5AA 5P2VA 3VF7A 4Q1XA 3URJA 4I0IA 5OYVA 4LP9A 4JPCA 5OZIA 5P4JA 4Y5GA 5P7QA 5P5PA 3QP0A 1EPNE 3RU1A 1LF2A 1WBKA 3SA9A 3SA4A 3DUYA 3K5GA 4ER2E 5P70A 3L59A 1NSOA 3QI1A 4FRSA 3RTMA 3BUGA 5P8FA 5OZUA 3OXXA 1MVPA 1EPME 5P20A 3VV8A 5P2OA 3SPKA 4FM7A 1EPQE 3UQUA 3SQFA 5AH7A 5P23A 4RRSA 2QZWA 2PH8A 3OHFA 2F3KA 2PSVA 3VF5A 5P3OA 1W5XA 1C6XA 4YOBA 5P8CA 5P3CA 3KFPA 1MT8A 5P2QA 5P6HA 3DV1A 1BVGA 5OZRA 1APWE 4DFGA 3PRSA 2AVVA 5P7ZA 4Y3ZA 3DJKA 5P29A 5DGWA 1PROA 5P77A 2G22A 3PM4A 1A30A 4J1HA 2AQUA 1IVPA 4RGHA 4F76A 1HPSA 3LPJA 5P6VA 4NJVA 3ZKSA 4Y57A 5P5SA 3SAAA 3OU1B 3S45A 4EXGA 3UQWA 1G35A 3I7EA 5P6WA 5OZJA 1B5FA 4ZSRA 3ZKMA 1MPPA 4TRYA 1SGZA 3TKWA 6FIVA 1IZHA 5UPJA 5EZZA 1MTBA 4JP9A 1DP5A 1BVEA 4Z50A 4Y3QA 1LYAB 2MIPA 3ST5A 4Y45A 5P3YA 2I0AA 4ZSMA 5OZ2A 3PSUA 4PHVA 1MRWA 3QN8A 2O4KA 2P8HA 3PJ6A 2QZXA 3UDJA 5P2FA 5P09A 5P5TA 1HEGE 5P30A 1LF4A 2H6SA 2I0DA 3DCKA 3NUOA 5P1GA 1FMUA 2QZKA 1HPVA 4J0ZA 2V13A 2IGXA 3IGBA 4DVFA 5P0FA 4Y47A 5F01A 3UDRA 2V0ZC 1IBQA 2R43A 5P17A 3GGAA 2O4NA 5P5BA 5P8EA 3O9LA 3RTHA 2ER7E 1HIVA 3QIHA 4R5NA 5P7BA 2ZJJA 1ZSFA 4Y5KA 4LHHA 4H3JA 4J17A 5OZCA 1D4HA 1TCWA 4NJSA 2QMDA 3UQXA 4TRWA 1FQXA 4TVGA 4Z2ZA 5IVRA 5OZXA 5P78A 2AIDA 3R0YA 5P34A 3CKRA 5P3TA 5P3HA 2QI4A 5OZQA 5P6MA 5P7EA 5P67A 4L7JA 4OBFA 3OUDA 5P6ZA 4LC7A 1HXBA 4RCDA 3NU3A 1HTRB 2V16C 1C6YA 3CMSA 3FIVA 4I10A 1UH8A 2P4JA 4Y3GA 2Q15A 2AOIA 1MSMA 5CLMA 3ZPUA 5P72A 2F8GA 3EKYA 3LZVA 5P4DA 2B7FA 2HC0A 3LHGA 5P1YA 4DQFA 2WF1A 3LIXA 4GYEA 5P6PA 2IRZA 4Y3JA 5SY2A 4R95A 5P44A 2RMPA 5P0BA 1B11A 3HAWA 2ZJKA 4LXMA 5DPZA 1T7KA 1EBYA 2HPFA 5AH9A 5P4TA 4J0YA 2ZGAA 4EQ0A 5OZKA 4Q1NA 5P0RA 5SY3A 1YG9A 2I1AA 3BGBA 5P6OA 5P54A 3VYEA 3UFLA 1SIVA 1EAGA 1KJ7A 1W5WA 5OZ4A 2FNTA 1EPOE 4X7IA 1PSOE 3O9GA 2NNPA 1KJHA 6APRE 1APUE 1FG6C 1BILA 4DJUA 5P4QA 2PC0A 3B80A 2FGUA 5JG1A 3HVGA 5P58A 5HDZA 3JVWA 5HTZA 5P0CA 3WB4A 4I1CA 3PEPA 5P2LA 3UDPA 5P0AA 3NWXA 5P5HA 3BXRA 4OD9A 1ZAPA 5DQ5A 3OTSA 4AMTA 2FS4A 4H3IA 5P6SA 4LL3A 3ZKQA 4K4PA 3UDHA 2FNSA 4FSEA 4YD4A 5P6TA 4CPUA 2WF3A 5P14A 1FG8C 3SA7A 4FS4A 5P1EA 1HTEA 1D4KA 5OYTA 2QAKA 3D1ZA 3IXJA 1FQ6A 3CIDA 4CKUA 5OZ5A 1HEFE 3L38A 5P2CA 4Y5MA 4Y4GA 4Y3MA 5P4WA 2AZCA 3VLAA 3N3IA 5DGUA 4Y50A 1TW7A 2NMZA 2QNQA 4RCFA 5P7IA 5P6KA 3T7QA 2NNKA 1BDQA 4YBIA 3KF0A 1ME6A 1HTFA 5P04A 3EC0A 5P6YA 4E43A 1T7JA 3OTYA 4YD3A 3HD8A 2CEMA 3OWNA 5P88A 3VYDA 4KB9A 4J0TA 4KUPA 5P5JA 2OHRA 5OZ8A 3JW2A 3PI5A 4Y5LA 5P26A 2PH6A 2AZBA 1KZKA 3NXEA 3LPIA 5P39A 1QBUA 5P01A 5P3EA 3OK9A 3S43A 2WEDA 2P83A 5P76A 2PSGA 3Q3TA 4FM6A 1ZSRA 5P11A 4WTUA 5P1PA 1C70A 1K6VA 3EBZA 4D8CA 5BWYA 3MXEA 5P8AA 3NLSA 3GGXA 1XL2A 5KR1A 3UQPA 5P5VA 3K4VC 2AVSA 3O99A 2BPVA 3UTLA 1EC3A 1MEUA 4CPRA 4GJCA 3TOGA 3BC4A 3UDQA 5OYRA 3OU4A 1OEXA 1PPME 4ER1E 4H3FA 1BAIA 4HDFA 1BV7A 3Q70A 2PWCA 2QI6A 4B1EA 1BDRA 3T11A 5OZNA 1B6JA 1E81E 4Y38A 3Q4BA 3ZPTA 3T6IA 5P47A 2WF4A 3F9QA 2IENA 2IL2A 3S85A 3PSYA 5P4RA 4L1AB 3S54A 3WZ8A 1W5VA 5P4UA 5ENMA 4DV9A 4MC1A 5P18A 4GIDA 4ZEAA 1QBSA 4APEA 2G1RA 4JPEA 1KJGA 3KN0A 1K6CA 2HB4A 5P52A 5P6GA 4Y3AA 4FE6A 5P7LA 7UPJA 4PYVA 4Y58A 1DAZC 2AOCA 3LINA 1ODYA 3NSHA 2QZLA 1Z8CA 3TLHA 3EM4A 3BXSA 5KAOA 4Y9WA 3L5DA 3DV5A 4DJVA 4EQJA 5AHAA 3WZ6A 2XFIA 5HDUA 5DR3A 1W6IA 3ZOVA 3TH9A 5P13A 3GW5A 3EKXA 5P02A 3EMYA 2QD6A 5OZLA 3ZLQA 5P42A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU3 A;  3D1Y A;  5P7X A;  4GJ8 A;  1W5Y A;  5PEP A;  4AZY A;  1G2K A;  2IDW A;  5OZO A;  5P2A A;  3TPP A;  4TVH A;  2V12 C;  4I12 A;  5HCT A;  4QJ8 A;  2O40 A;  5KOS A;  5OZM A;  1SP5 A;  5P0Y A;  3L3A A;  4D85 A;  5P82 A;  2RSP A;  2Z4O A;  3GI0 A;  3PCW A;  5P0S A;  1DMP A;  2UXZ A;  4J1K A;  4YOA A;  5OZ3 A;  3HVP A;  5P08 A;  1OD1 A;  2ZYE A;  4FM8 A;  5P16 A;  4EPJ A;  4KE1 A;  3QRS A;  5P5D A;  1AXA A;  3H0B A;  4J5J A;  5P4K A;  3OHH A;  5P0Z A;  1BWA A;  5P4H A;  2Q55 A;  1C6Z A;  3PSG A;  1QRP E;  5P0E A;  3EXO A;  2QD7 A;  5P1Z A;  5P46 A;  5P7S A;  3T7P A;  2QD8 A;  5P8R A;  3FNS A;  3VV6 A;  4QJ9 A;  2F3E A;  2G1Y A;  3A2O A;  4EWO A;  2BKS A;  4FIV A;  1HVS A;  1TQF A;  1ZJ7 A;  2NTR A;  5P35 A;  2JJJ A;  3D1X A;  5KQY A;  4YBF A;  5OZD A;  4EJK A;  1OEW A;  4K4Q A;  3PBD A;  5OZF A;  5P5U A;  1TCX A;  3S43 B;  4F73 A;  1APV E;  5P10 A;  4YCT A;  2JJI A;  2FGV A;  3HBO A;  1MUI A;  1M43 A;  2PYN A;  3PWW A;  2WF0 A;  5P7C A;  3TPR A;  2AVQ A;  3QVI A;  3KDB A;  4FRI A;  2IEO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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