4Y5BA

Endothiapepsin in complex with fragment 261
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5bA01
5P3IA 5P4SA 5P3LA 4RRSA 1VIKA 2BPXA 4FAEA 1F7AA 4DJQA 5T4SA 4DH6A 4XX3A 1BV9A 3UFNA 2I0DA 3ZPTA 4GJCA 5P69A 3DOXA 4Y38A 5P1KA 4E43A 1WBKA 3HLOA 5OZ4A 3IXOA 3PGIA 3FNTA 2NR6A 5P38A 3GGXA 3OU1B 4CPXA 2IKOA 1TZSA 4TRZA 3OGQA 3UPJA 3OTYA 3R1GB 2I4WA 1HXBA 3BC4A 5P1HA 2QZWA 5P7NA 1SBGA 2ZJIA 2AQUA 2Q11A 4DJVA 4Y41A 1E5OE 5P85A 3NYGA 2B8LA 5P4WA 3PSGA 5P5WA 2QD6A 3OXCA 4Y54A 4OBKA 1MIQA 3PCZA 4GMIA 1E81E 3PBDA 5HDZA 2OHPA 3DV5A 5P26A 5P39A 2ER9E 4DJRA 2PQZA 5P1OA 5E5JA 4NPTA 4HEGA 2WJOA 5P7AA 3K5FA 4HLAA 5P00A 3GI0A 4Y5MA 4FRSA 5P0IA 3DV1A 5P7QA 1G35A 3KN0A 3QP0A 1IZEA 4Y4EA 5P0FA 5OZ8A 5IVRA 5P59A 2NMYA 4K9HA 4D85A 2FLEA 4KE0A 3DUYA 3OUDB 1FMBA 3GGAA 1XN2A 3PHVA 3OTSA 5P1FA 3EL9A 3IXKA 5P2NA 1FGCC 4J0VA 4NJSA 3UQUA 5P4CA 5P66A 3WB4A 2XFJA 3N3IA 2HS1A 1AM5A 4I8ZA 1NPVA 2NXLA 2PH6A 5P7EA 3URIA 3VV6A 3CMSA 1SIPA 4H3GA 3OU1A 2I4XA 2AOGA 2G26A 2QMFA 5P0UA 5P0NA 5P1NA 5OZUA 3F9QA 3KFNA 1LYWA 5P76A 4DVFA 5P7RA 5P01A 4CP7A 4K4RA 1AIDA 5OZXA 4WTUA 5COPA 5P8EA 2HPFA 4Y3MA 1BXQA 4B1CA 2VIYA 3K4VC 4Y4ZA 1YM2A 4MC2A 5P82A 6APRE 5P6SA 3EBZA 3EMYA 5P0MA 1HVCA 2VA6A 2VNNA 2WHHA 4RGHA 6FIVA 5JFUA 4I0FA 5P8KA 2G24A 5P64A 5P44A 4I0DA 2AVOA 4HDFA 2OF0A 5P8CA 4YOBA 3UQRA 1DP5A 1SIVA 5P4BA 2WF1A 5P3OA 2Q55A 2IEOA 5P3CA 5P3RA 4EJKA 5KQYA 5P36A 2QMDA 4DPFA 2HB2A 3WZ7A 3T7QA 2WEBA 1HWRA 4I0HA 4GYEA 2PK5A 5P7SA 5ISJA 1FKNA 5P79A 3OXWA 3EL0A 1CPIA 3OUDA 2AVSA 5P8TA 4DFGA 1C6ZA 5P2CA 5P0HA 2IGYA 4F75A 2FIVA 5P6FA 1EBZA 3L58A 4H3FA 1UH8A 4Q1NA 1D4YA 1TSUA 2NXDA 5HTZA 4YBIA 5P2WA 5P6DA 5P56A 3FV3A 2O4SA 3EKQA 1GNOA 3SA8A 1HEGE 5P6RA 3TKWA 3S53A 4YA8A 2B8VA 3LZSA 3CYXA 5OYWA 5P1VA 2O40A 3FIVA 5P8HA 4EXGA 5P5UA 5P11A 1ZPAA 3SKFA 3GI6A 4Y44A 3NSHA 3URLA 3ZKSA 4DJUA 1XL5A 3APPA 1EPLE 3INFA 2VJ6A 3LIVA 3VV8A 5OZKA 3HAWA 1LYAB 1PPKE 4Y58A 4BELA 5COOA 3KT2A 1HXWA 4CPTA 1PROA 3G72A 3NUOA 5P5IA 1GNNA 2H6TA 2PWRA 4ZPEA 1Z1RA 4Y9WA 1XS7D 3IGBA 4Y3WA 1HVLA 2AZCA 1FQ6A 1U8GA 5OZQA 5P40A 3S54A 9HVPA 2XFKA 2P3BB 4Y3XA 2QZXA 2O4NA 4X7IA 2VA7A 5P5HA 4NJVA 4ZEAA 1FMXA 5P14A 5OZ0A 2QI1A 5P83A 3OADB 2FS4A 4JPCA 4D8CA 4JPEA 4Y3JA 4H3IA 1SDUA 5P68A 2HB3A 5P3HA 3EC0A 3EXOA 4PZWA 4A4QA 1TCWA 5P5XA 5P3KA 3HDKA 2ZYEA 5HD0A 2Z4OA 2OHMA 1IDBA 4K8SA 2WEZA 3IAWA 5AH8A 3RU1A 2V13A 4KUPA 4YD7A 4KB9A 3UQPA 5SXNA 1MEUA 5OZSA 2OHTA 5SY3A 4Y3ZA 4JOOA 1UH7A 2AOEA 2AZBA 2VIEA 5P41A 1EPPE 1ZTZA 5OZFA 4APEA 3INDA 5P6AA 4AA9A 3O9FA 3DM6A 5P4HA 3VF7A 5P74A 2B7ZA 3JVWA 5P2RA 4Y5NA 5P6KA 3S43B 3D20A 4GJ6A 3SAAA 5P4JA 5P5KA 2PYNA 1GVWA 1MT8A 2G27A 3O99A 2PMAA 2V16C 4J0PA 5P87A 5P5QA 5P8GA 3SO9A 3RVIA 4L1AB 4Y5KA 3CICA 4FIVA 2G22A 2EWYA 3SLZA 3PBZA 5P5ZA 5P7TA 2P3BA 1OD1A 4DQGA 2IS0A 4QJ9A 5P18A 1SDVA 5P7FA 3GGVA 1ZBGA 3EM4A 4AMTA 2CEJA 5P3VA 3OADA 3NU9A 2R5PA 5P7OA 4Y45A 4LL3A 3EL5A 5P5CA 5HCTA 3U7SA 4M8YA 1RL8A 5OZHA 3BRAA 3OOZA 5I3YA 5P4PA 5OZNA 5F01A 5P5MA 1MERA 3PMYA 2QI0A 2ZHTA 5EZZA 3N4LA 3CIDA 5P0EA 4GJ8A 1YX9A 4CPQA 1ENTE 4MC1A 3OQAA 5P60A 5P3DA 3UDQA 3R2FA 4Y48A 5P4DA 2B60A 2P4JA 3ZKXA 5P6YA 3TLHA 5DPZA 4EQ0A 3HVPA 1EPOE 4NPUA 2IDWA 4Y4JA 5P0XA 1T7JA 5P3ZA 5P3AA 4EJ8A 3QVIA 5P1QA 4Y3EA 5P31A 2G21A 5KQFA 4N00A 1AVFA 5P84A 3HAUA 4DI2A 5KOSA 4L1AA 5P1SA 5P0ZA 2I4UA 5P4XA 3VCMA 5P6QA 3U71A 3CYWA 3ZMGA 5P34A 1EBWA 2RKGA 4BEKA 3OGPA 1FQXA 2QHCA 5KR0A 5DQ2A 4YCTA 2PSUA 3GGUA 3VFAA 1EPRE 4J1KA 1D4HA 3M9FA 2HPEA 4RYGA 5P7MA 3SA3A 5P6HA 3BGBA 3BVAA 4Y43A 5P77A 4IVSA 3OQ7A 1B6LA 4Y5PA 3UQXA 3DJKA 5P2KA 4J17A 3SA6A 3INEA 3PB5A 5P54A 5P4FA 5I3VA 2F80A 3Q70A 2ZE1A 1UH9A 5DQ4A 4I1CA 5P5AA 4QLHA 1AJXA 1J71A 2P3CA 3NDUA 5P48A 5P5YA 3VFBA 3DCRA 5P20A 5P2SA 3LIQA 4OBFA 4COEA 1K1UA 1C70A 1SP5A 1K6TA 4Q1YA 4OBGA 5P23A 3KA2A 5P1RA 2V10C 2UY0A 3OOTA 5J25A 4J1EA 5P25A 5KR8A 4M8XA 4J55A 3I25A 1BAIA 4R95A 4JP9A 5P4OA 5IVTA 5P7XA 5DQ5A 2CENA 5IE1A 4GJ5A 2QU2A 2R8NA 3URJA 2BPZA 3QS1A 4Y57A 2QP8A 2WF3A 2HS2A 3ZKNA 5P1DA 4J0YA 1BXOA 3RTMA 3ZKMA 2OAHA 3HZCA 4TVGA 3NXEA 5P7JA 1LF3A 4FSLA 5P3UA 3SACA 1HPVA 3OQKA 2AZ8A 5P81A 5P62A 3UDNA 3Q5HA 5I3XA 5P19A 4R91A 5UPJA 1ZP8A 5P6CA 3WSJA 5OZPA 5P5TA 3JW2A 5P1BA 1IBQA 3T7PA 1FIVA 5OZWA 2FDDA 1MRWA 2QI6A 1BDLA 5P43A 3EKVA 4MC9A 2AODA 5P55A 3C9XA 2I1AA 3L5BA 3NR6A 3KDDA 5OZDA 3LZYA 4Y5GA 2G1RA 1IZHA 4FM6A 3HVGA 4L7JA 1G2KA 4J0TA 5P7DA 2Q15A 4D89A 4J54A 5P0DA 5P0GA 1OHRA 3GW5A 3S8IA 5P12A 3QBHA 3IVIA 5AHBA 1HHPA 3OU4B 4YD6A 5JG1A 4ZPGA 3KYRA 1E82E 2QAKA 4Y3GA 5P6LA 1FQ5A 3MXEA 5P4ZA 1HBVA 3L5EA 5OYYA 1A94A 3PMUA 1KJFA 5P7KA 2A1EA 5OZ7A 2VIZA 3S85A 5P3SA 2I4VA 1MRXA 4OBHA 1MT9A 3L5CA 1HVIA 1AXAA 5P5JA 5P5LA 5P50A 2J9JB 5P0QA 2V00A 5P0WA 5P45A 1E80E 3EM6A 4PHVA 1APWE 4LC7A 4Y3TA 3TPJA 3O9BA 4RROA 4LXMA 3UFLA 5B18A 3SA5A 2XYFA 5DGUA 3QIHA 1IZDA 5P2GA 3H0BA 3S7MA 5P0RA 1HIIA 3OWNA 5P42A 5P2YA 3ER5E 4B77A 5P52A 5HE4A 3ZKIA 2IKUA 5P6IA 4FSEA 5P4UA 5OZJA 1NSOA 1ZPKA 3LPJA 4QJ8A 3OAGB 5OYSA 1HIHA 4Y3QA 1LYBB 1YTHA 5P05A 2Q5KA 1MSMA 3I2LA 5P2BA 1HPSA 5P8LA 3RTHA 5P8NA 3RTNA 5OZIA 3I7EA 3HD8A 2WKZA 4ZPFA 1Q9PA 1A30A 3ZPSA 3QRVA 5AHAA 5P5FA 2BPYA 3BUHA 4Q1XA 3OU4A 4GJBA 2NPHA 2QHZA 4HA5A 1A8KA 2PSVA 5P1UA 5CONA 3UDYA 2NXMA 2IRZA 1LF2A 1EEDP 3KM4A 3LPKA 1HVRA 2VKMA 3T7XA 4Y51A 2BPWA 2G1YA 1YG9A 5DR3A 3O9EA 3RSVA 1RV7A 1DW6C 2BB9A 2J9JA 4EWOA 2ER6E 2O4LA 5KOQA 1KZKA 4DJYA 3NU6A 5P67A 1HPOA 5P07A 2RSPA 2QI4A 5P49A 2F81A 3SA4A 2JXRA 4GJ9A 4Y56A 4LXAA 5P46A 1B6MA 1LZQA 1ZSFA 1EPME 5P5GA 5P0OA 5P7WA 1D4SA 5P22A 1HSHA 3LZUA 5P7UA 5P4VA 3LIXA 1T6GA 2IGXA 1QBSA 4L7HA 3L5DA 3HW1A 5P78A 5OZYA 4B72A 5IVQA 4FS4A 5C9DA 5I70A 2OHKA 1M4HA 4Y4GA 1LYBA 2MIPA 3APRE 4J1IA 4Z4XA 4K4QA 1B11A 1QRPE 5P2VA 4YCKA 5P09A 1WBMA 2QD8A 5OZMA 5P4AA 2O4PA 4EP3A 1MPPA 3TPPA 2FXEA 4I0IA 1JLDA 4EXHA 1LEEA 4RRNA 5P30A 1BV7A 4CKUA 1HSIA 5P35A 5P7GA 5P5VA 3IN4A 3DCKA 3EL4A 4XXSA 2OHRA 5P2OA 3D91A 5ENKA 1DMPA 5P6TA 5OZGA 5P1GA 4RVXA 3NXNA 5P3JA 5P1XA 2HM1A 3AUPA 2F8GA 4ZSQA 3KDCA 2JYSA 1HRNA 3PI5A 4PZXA 5ENMA 2O4KA 1CZIE 4PPHA 4Y47A 5AH6A 3PSYA 5P24A 5COKA 4D83A 4Z50A 1K2BA 4R93A 3PRSA 1MSNA 1AJVA 5KR2A 2VJ9A 3H5BA 4KE1A 1DIFA 5BWYA 4TRYA 4ZSMA 3CKPA 2AVVA 1NPAA 3K4VA 3VUCA 4Y3RA 2AOFA 5P6MA 1KJHA 3D3TA 1Z1HA 2RENA 5P6VA 3PCWA 1K1TA 3O9DA 1EPNE 2PSGA 5F00A 4GJDA 5P7CA 5P2XA 6UPJA 1GKTA 2CEMA 1XE6A 2HAHA 4OBZB 5P6XA 1HOSA 2R43A 1BVEA 5DR0A 5KQZA 1ZAPA 5P29A 4ER2E 1APTE 3Q4BA 4ER4E 4Y4BA 5P15A 2ER7E 5P4QA 5ISKA 1BILA 3O9IA 1EAGA 3OXVA 5P7VA 2P83A 5OYRA 5JFPA 4FGXA 3S2OA 1FB7A 5P0AA 3K5GA 1LYAA 2JJIA 4DJPA 3OUAA 2P3AA 2AOIA 3PWWA 1ER8E 3A2OA 5ER2E 4FM7A 5OYUA 2VA5A 4QJ7A 3VSWA 4CPUA 4DQBA 4Y4DA 2R3WA 2AOCA 1AZ5A 2BJUA 3LPIA 1QBTA 3EL1A 5P0KA 2ZDZA 5P5EA 3IN3A 3R4BA 3MSJA 5P1IA 4YCYA 4TRWA 2PH8A 3VYFA 3O9CA 5KR1A 3MWSA 3LIZA 3SABA 2QU3A 2BBBA 3NU4A 5OZVA 5P5NA 5P7BA 2G69A 3O9HA 3QROA 1OEXA 3IXJA 3LHGA 2H6SA 1FFFC 3OUCA 4B1DA 4ACXA 3BXRA 4YD5A 4FRJA 1PSOE 5AGZA 3SKGA 1LV1A 3NUJA 1FG6C 4DQEA 3KFPA 2Q64A 5P5DA 2PYMA 3OHFA 2WECA 4OBZA 4DQCA 4CPWA 1FLHA 2V11C 4ZSRA 5BRYA 3TOGA 3EKTA 4YE3A 1HIVA 1TCXA 5P4YA 5P3XA 4BFBA 3PEPA 2AVQA 4A6BA 1FF0C 1BVGA 3VLAA 3GI4A 3VF3A 1HVHA 2OHQA 4RVIA 4F74A 5P57A 1QDMA 3TTPA 2HB4A 3U6AA 4L6BA 3ZLQA 5JODA 1MVPA 3S43A 5DR4A 1HVKA 1FEJC 4OD9B 5FIVA 4NJUA 5P0CA 1IDAA 2F3FA 7HVPA 3L3AA 4J1HA 5DQ1A 4Y4WA 4MC6A 5P16A 5P1EA 1IVQA 3O9LB 2AOHA 2ZJNA 2G1SA 4GJ7A 2V12C 5P2EA 4DJXA 2QZKA 4ER1E 1ME6A 3BXSA 2AOJA 1A8GA 3T6IA 2QI5A 2FNTA 2QNPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3I A;  5P4S A;  5P3L A;  4RRS A;  1VIK A;  2BPX A;  4FAE A;  1F7A A;  4DJQ A;  5T4S A;  4DH6 A;  4XX3 A;  1BV9 A;  3UFN A;  2I0D A;  3ZPT A;  4GJC A;  5P69 A;  3DOX A;  4Y38 A;  5P1K A;  4E43 A;  1WBK A;  3HLO A;  5OZ4 A;  3IXO A;  3PGI A;  3FNT A;  2NR6 A;  5P38 A;  3GGX A;  3OU1 B;  4CPX A;  2IKO A;  1TZS A;  4TRZ A;  3OGQ A;  3UPJ A;  3OTY A;  3R1G B;  2I4W A;  1HXB A;  3BC4 A;  5P1H A;  2QZW A;  5P7N A;  1SBG A;  2ZJI A;  2AQU A;  2Q11 A;  4DJV A;  4Y41 A;  1E5O E;  5P85 A;  3NYG A;  2B8L A;  5P4W A;  3PSG A;  5P5W A;  2QD6 A;  3OXC A;  4Y54 A;  4OBK A;  1MIQ A;  3PCZ A;  4GMI A;  1E81 E;  3PBD A;  5HDZ A;  2OHP A;  3DV5 A;  5P26 A;  5P39 A;  2ER9 E;  4DJR A;  2PQZ A;  5P1O A;  5E5J A;  4NPT A;  4HEG A;  2WJO A;  5P7A A;  3K5F A;  4HLA A;  5P00 A;  3GI0 A;  4Y5M A;  4FRS A;  5P0I A;  3DV1 A;  5P7Q A;  1G35 A;  3KN0 A;  3QP0 A;  1IZE A;  4Y4E A;  5P0F A;  5OZ8 A;  5IVR A;  5P59 A;  2NMY A;  4K9H A;  4D85 A;  2FLE A;  4KE0 A;  3DUY A;  3OUD B;  1FMB A;  3GGA A;  1XN2 A;  3PHV A;  3OTS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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