1AVFA

Activation intermediate 2 of human gastricsin from human stomach
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
328
structure length
320
Chain Sequence
VTYEPMAYMDAAYFGEISIGTPPQNFLVLFDTGSSNLWVPSVYCQSQACTSHSRFNPSESSTYSTNGQTFSLQSGSLTGFFGYDTLTVQSIQVPNQEFGLSENEPGTNFVYAQFDGIMGLAYPALSVDEATTAMQGMVQEGALTSPVFSVYLSGGAVVFGGVDSSLYTGQIYWAPVTQELYWQIGIEEFLIGGQASGWCSEGCQAIVDTGTSLLTVPQQYMSALLQATGAQEDEYGQFLVNCNSIQNLPSLTFIINGVEFPLPPSSYILSNNGYCTVGVEPTYLSSQNGQPLWILGDVFLRSYYSVYDLGNNRVGFATAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords GASTRICSIN
publication title Structural characterization of activation 'intermediate 2' on the pathway to human gastricsin.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 320
sequence length 328
chains with identical sequence J
ec nomenclature ec 3.4.23.3: Gastricsin.
pdb deposition date 1997-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1avfA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1avfA01
2G27A 4Y5NA 5P5UA 4F75A 3OU4A 1ZPAA 1PPLE 1IIQA 5DR4A 1B5FB 2QNNA 3IN4A 2O4SA 3T7PA 1UH9A 3QIHA 3Q70A 2QMPA 3ZKMA 5P2EA 2P3AA 3BXRA 3OOTA 5OZ1A 1UH8A 2IKUA 5P25A 2P3DA 2VJ6A 4FAEA 4Y3GA 3LZYA 3O9FA 5P7PA 2FDEA 4Y4XA 3G72A 4WTUA 5OZTA 2F8GA 4NJTA 1HVRA 3SA9A 5P1AA 1ZAPA 4I0DA 1SGZA 1ZJ7A 3CKTA 2IS0A 3NDWA 4EJDA 1LEEA 2BJUA 4Y5LA 5P14A 3O9AA 1TQFA 4Y43A 1T6EX 5KR0A 1FQ4A 1SMEA 4QJ6A 3SKFA 2AVMA 5P7UA 3KF0A 1SGUA 2I4DA 1A30A 1B6PA 3QN8A 5P81A 5P3SA 4DQCA 4OBJA 3NWQA 5OZMA 2AOGA 4APRE 5P37A 3QBHA 5ER2E 1FGCC 4S1GA 4FRKA 3CYXA 3PRSA 3OQ7A 3PWRA 3APRE 2V11C 1W5XA 3VYEA 4Y3YA 3SKGA 1RPIA 4A6BA 4FAFA 5P18A 2BPWA 5P4CA 3HLOA 5P76A 1MT9A 4AA9A 4YBIA 4CPXA 5HCTA 4HA5A 3ZMGA 1AAQA 5P0OA 5CONA 2IDWA 5P75A 2HPEA 1A9MA 5SY2A 4B77A 3OOZA 5P0PA 1MRXA 2FGVA 2ER0E 4PPHA 1IZEA 3KA2A 4Y4TA 1PPME 5P7HA 2ER7E 1T6GA 1LYBB 4DPIA 3LIYA 4YCYA 1AVFA 1FFFC 1EBZA 3PSYA 4JPCA 3BRAA 2NXDA 1B6MA 5JG1A 3OU1B 3RU1A 4Y3SA 5P83A 4B78A 2AVQA 1CZIE 3MWSA 3NUOA 1ENTE 5P8SA 1MEUA 5P0GA 3KT2A 3IA9A 4Y3FA 5P4ZA 3EKPA 4TRYA 5P1KA 2F3EA 5P4TA 1D4KA 5HVPA 4FLGA 2IENA 1YT9A 3VLBA 4Y48A 3WZ6A 5AH8A 1YM4A 2XFKA 1MPPA 5P72A 4FL8A 4EXHA 1K6PA 5P79A 5P0NA 5PEPA 5P4FA 3T7XA 5P6YA 1HRNA 5I70A 4CPWA 4FRJA 5I3WA 3T6IA 5P1RA 2QK5A 3L58A 1EPOE 5AH7A 3Q5HA 2RKFA 3FNUA 4DQGA 7HVPA 4Y5AA 3IAWA 4M8YA 4GJAA 1GVUA 5P2LA 4J5JA 5DQ2A 5OZJA 5P2AA 5P26A 5P44A 1META 1K6TA 2NR6A 4YE3A 2XYEA 5P1YA 4Y3JA 4KE1A 5P0AA 4DUSA 3CYWA 4YOBA 2WKZA 3LZSA 5P68A 1YTGA 1SMRA 1BV9A 1DP5A 5P3OA 4NKKA 1Z1HA 5P3PA 5P80A 3OQFA 4TRZA 3PCZA 5P2MA 1FKNA 5P4OA 2O4NA 3G70A 5OZ9A 4J0VA 3LPIA 1G0VA 5ER1E 5P33A 1IZDA 3ZPSA 5HU0A 3DV5A 2WL0A 3EL0A 5P5PA 5DPZA 4Y6MA 2CEJA 5OYSA 5P8TA 2Q54A 2PYMA 3LPJA 3OXVA 2BPYA 5OZ4A 1FG6C 3K1WA 2IRZA 5P4MA 3TPJA 1D4SA 5P3GA 3LIZA 5KQXA 4Y9WA 3R2FA 5P1DA 2WJOA 5P3TA 4CKUA 5DQ4A 5ENKA 3DCKA 1EC0A 3S7LA 5BWYA 5P12A 1FLHA 3NUJA 5DR8A 4K4PA 1MRWA 2BB9A 1E81E 2R5PA 2IEOA 2O4KA 5P6WA 5P5WA 3BUHA 4GJ7A 5P1SA 4GYEA 1FG8C 5P71A 3D1XA 4TRWA 5P3RA 3OWNA 1MTBA 3N4LA 1HVHA 4D89A 2JXRA 5P57A 4QLHA 2V0ZC 2ZYEA 3O9IA 5P8DA 3K4VC 4OC6A 3APPA 5P8HA 3QP0A 2QAKA 2J9KA 2G22A 2P4JA 2PWCA 5P3XA 2FS4A 5P10A 5P1NA 6APRE 3NU9A 5P34A 2I4QA 5P4AA 1B5FA 1APWE 1BXQA 5OYWA 1A8GA 2QD8A 5ISJA 1LV1A 2AZ9A 4ER1E 1GVVA 1TSQA 4DJVA 1W5WA 4NPTA 3Q4BA 5P89A 3PBZA 3FIVA 2G94A 4Y35A 4Y5PA 2WEBA 4YA8A 2UPJA 5C9FA 4GJCA 5P2TA 2NXLA 1BXOA 3VFAA 5P5AA 5P2XA 3I2LA 5P59A 3PSUA 4RCDA 5P4NA 3VUCA 7UPJA 2AOFA 5P2YA 4AZYA 2QMGA 4BELA 4I0JA 3S54A 5P5YA 1FQ6A 3NXNA 3O9BA 1LF3A 4RCFA 4D8CA 3D1ZA 4I0HA 5C9BA 4RZ1A 4RYCA 3JVWA 5HDXA 3LHGA 3BUFA 5P01A 5P06A 5P0QA 1MT8A 3D1YA 1W5YA 1DPJA 3VYDA 5P00A 1ZTZA 4J0YA 4DJYA 5OZ2A 3S2OA 2AZBA 5P0HA 3PWWA 5P49A 5IVTA 1C6YA 3KFRA 5P6RA 4I0ZA 2G1YA 5P23A 5P86A 3GGAA 1HPXA 5P7DA 5SXNA 1CMSA 5P2HA 5IS4A 1XE6A 4CPQA 1BDLA 3OUDB 4GB2A 3K5CA 5OZHA 3GGUA 5P2UA 5P2FA 2A4FA 3IVHA 4GIDA 5KQFA 2B60A 3D20A 5B18A 1F7AA 5P6VA 4CP7A 9HVPA 2Z54A 3PBDA 5P69A 3KFSA 5P82A 4EP3A 5P0UA 3A2OA 5P4GA 2B42A 4DJPA 5P78A 4HVPA 1K6VA 4U7QA 5HDUA 5P1CA 1K6CA 3NYGA 2QZXA 2ZJJA 4QJ2A 2WF4A 5P8UA 2QHZA 4DJRA 3ECGA 5KQZA 4U7VA 5P62A 5P3WA 3R0WA 4F74A 2WEAA 4AMTA 2F81A 2NMYA 2A1EA 3GI4A 3PGIA 3SFCA 4Q1YA 1ER8E 2ZJHA 3VCMA 4WY1A 5OZFA 1GNOA 4F76A 3PWMA 1BV7A 1DIFA 3R0YA 3GI5A 3RTHA 3VSXA 3TOFA 2OHLA 5P1EA 2HPFA 3OQAA 1YG9A 4Y5KA 4YBFA 1T7KA 4L1AA 3ZKSA 4B1CA 3MSKA 3SLZA 5P53A 3IXKA 2Q11A 5P02A 5P54A 4J1IA 4H3GA 3VF3A 3I7EA 5P1GA 4FM6A 4RVJA 3U7SA 3OUAA 4HLAA 5CLMA 4ACXA 5KAOA 5P4SA 4YDGA 4XXSA 1A94A 4MC1A 5P8CA 3L5CA 5P0LA 5P2WA 4XKXA 2B7FA 1KJ7A 5KQYA 2G1RA 5P2GA 5P0JA 3ZOVA 5P5VA 2ZE1A 1D4HA 4DPFA 1LF4A 2FIVA 5P6IA 2OAHA 5P3ZA 4EJLA 4K9HA 4I0EA 4ZLSA 5OYXA 3EXOA 5P3YA 3VEUA 4A6CA 1W50A 4Q1XA 2V13A 3HD8A 3EKTA 4Z50A 3S43B 5P0ZA 4Y39A 2BPZA 2OHNA 2V12C 4Y38A 5P22A 1EC2A 1APUE 3WB5A 5P8PA 5P1OA 3QVCA 4I1CA 2RMPA 4FE6A 1LYAA 5P6LA 5P6HA 3O9HA 5P7OA 5HE7A 3N3IA 3TLHA 5EZZA 4Y4GA 4RGHA 2QZLA 3OHHA 5P5SA 5E5KA 3PLDA 5P20A 5P5OA 2ZJNA 5P1JA 1YTHA 2QI4A 4EXGA 3PMYA 2I0AA 5P7EA 3D3TA 5P2VA 2OHSA 5P8KA 3SO9A 3HAUA 4Y50A 3IVIA 2VJ7A 5AHBA 4Y5CA 2V00A 3BHEA 1KJFA 3NLSA 4I11A 3EL9A 4HDBA 2HB2A 4Y3EA 1LS5A 1FMUA 3NDUA 2FLEA 5P39A 1G6LA 3EKXA 4FRSA 3VF7A 5P8NA 3KFNA 1MIQA 3FX5A 2ZHSA 5P4IA 5P46A 5P4PA 3ER5E 2OHPA 4ACUA 5P3CA 3VSWA 5OYQA 1RQ9A 4QJ8A 2PSGA 5JFPA 2G1SA 2P3BA 1HXWA 1TCWA 4Y4JA 2NNKA 5BS4A 1SDUA 3L5FA 3DJKA 3TPPA 5OZ8A 3UPJA 1APVE 1ZSFA 4RVIA 1SH9A 4OD9B 4DFGA 5OZKA 1MTRA 2QI3A 3TKGA 1DMPA 3AUPA 3UDNA 1PSAA 5OZSA 2Z4OA 4ER4E 5P6AA 1K1TA 5P7JA 4GJ6A 5DQ1A 3B7VA 3EM3A 1PFZA 2R3WA 5P0DA 5OZGA 8HVPA 4NJSA 3LNKA 5DGWA 5EZXA 2P83A 2IGYA 5P0XA 5P5FA 3NU3A 3LINA 2QZKA 5P7ZA 1SIPA 4YD5A 3IN3A 1D4LA 2HM1A 4FGXA 1YTIA 3EC0A 5I3XA 1QDMA 3L5BA 3EKVA 4H3JA 2AVOA 5OZLA 5P0TA 4RLDA 4Y4ZA 2PMAA 4KB9A 3RVIA 3NDXA 3SA3A 4Y51A 5P64A 5HU1A 2IKOA 5P8RA 4NJUA 4XX3A 3PB5A 5P7BA 5P7LA 2FDPA 5P3NA 2QI6A 2Q64A 3CMSA 4CPUA 4H3IA 4FSEA 5P1VA 1TW7A 4KE0A 2QP8A 5AH9A 4DQBA 4EQ0A 1EPQE 2AIDA 4EJ8A 5HE5A 4HZTA 5P8FA 3UDRA 5P2IA 4U8WA 3KT5A 4J0ZA 2G21A 5P6ZA 4Y53A 3L3AA 2VNMA 1D4JA 1HBVA 3BVAA 1HIVA 4L1AB 2ZHUA 4DJUA 5P58A 4ZSPA 3PCWA 2ZHVA 5P5RA 3U6AA 2XFJA 2VKMA 3OUDA 5P66A 5OZDA 3SQFA 5KOSA 5P84A 1FMXA 4FIVA 1EPME 4ZSMA 2FNTA 4JOOA 3HBOA 2MIPA 3INEA 5P5GA 4OBGA 4ZPGA 1BDQA 5P6BA 3INDA 5P1LA 3KMYA 2BBBA 5P11A 2B7ZA 1NPVA 3MXDA 5P8AA 1RV7A 6UPJA 4IVSA 1T3RA 5P6CA 4MC6A 4TVHA 4YDFA 3VF5A 3PEPA 5P15A 3I25A 3GI6A 5C9DA 2I4XA 2O4LA 3I8WA 5P7QA 5KOQA 3ZPTA 3TPRA 3SAAA 3FSMA 3URJA 3HDKA 4ZE6A 3EKWA 4GJDA 2VS2A 1LYAB 3H0BA 3VV8A 2G1NA 1EAGA 1KJ4A 1UPJA 1WBMA 4N00A 4XX4A 2PSVA 1FB7A 5P7TA 2R43A 5P13A 1MERA 2RENA 4I10A 1BWAA 3OTYA 4J17A 5OZCA 4CPTA 3VLAA 2QHCA 4BEKA 1UH7A 5KR2A 5P4BA 4K8SA 4OBHA 4Y5EA 3D91A 2PC0A 1AXAA 1Z8CA 2VIYA 3CIDA 2SAMA 4COEA 1LYWA 4YD3A 2P3CA 5P7WA 3KN0A 4B72A 1T7JA 2RSPA 5HDVA 1EPLE 4J1FA 3L5DA 2FGUA 4APEA 4R92A 1HTFA 3B80A 2VJ9A 3OTSA 4D83A 2FDDA 3HW1A 5P55A 3NU6A 4Q1WA 4IVTA 1EPRE 1ZPKA 4CMSA 2OHKA 5P4YA 5ENMA 4RRSA 2P3BB 1NPAA 2HC0A 5OZ7A 1E80E 4EP2A 1QRPE 3M9FA 1C6XA 1IDBA 3S43A 3I6OA 1HVCA 4F73A 3OQDA 3BUGA 5P1XA 3IXJA 3GI0A 3DK1A 5P5LA 5P2QA 3O9EA 2R8NA 5P2JA 4ZPEA 2QU2A 1T7IA 3DUYA 2R38A 1QBUA 3Q6YA 3OY4A 2HIZA 5P1TA 5P3JA 1IVPA 3KDBA 1AJVA 4LHHA 2AOHA 1W6IA 3O9DA 5P1UA 4B0QA 2PYNA 5P7GA 1E5OE 2VA5A 4Y5BA 2BPXA 2ZDZA 3R1GB 1C70A 1W6HA 3BGBA 4Y4EA 3INFA 1FQ8A 3LZUA 5P31A 3TKWA 4LXKA 3NU5A 3URLA 3DCRA 3PJ6A 3OK9A 5DQCA 5AHCA 1SDTA 2OHQA 1AZ5A 2AVVA 1SDVA 4J0TA 4E43A 2AVSA 4I0GA 4Y5MA 4DJXA 3UQPA 3ST5A 4DQFA 5P27A 1HXBA 1MUIA 4J54A 1EPPE 4GJ9A 4L7GA 5P7CA 5P29A 2OHMA 1APTE 1EBYA 2ZJIA 4B1DA 3ER3E 2OHRA 5P4HA 3LZVA 3KM4A 3TNEA 4FSLA 2EWYA 4R5NA 1ZLFA 4GJBA 2P8HA 5P05A 5P5BA 4K4QA 5IE1A 1BIMA 5P8QA 1XDHA 4AA8A 1HEGE 4OD9A 3EL5A 5P2KA 5APRE 1F34A 3OXWA 4X2LA 3ZKQA 5DR3A 3O99A 4J1KA 1HHPA 5OZ6A 5P3IA 4FM7A 4YCKA 5P08A 3K5GA 4BFDA 5IVSA 3L59A 3LIQA 1RL8A 5I3YA 3O9LA 5P19A 5P4LA 5OZIA 5E5JA 3F9QA 2Q15A 4RRNA 3UDMA 5P4XA 4YOAA 4M8XA 5P2BA 1HVKA 5P7MA 1GNNA 1HTRB 1D4IA 1B11A 5P4WA 2WECA 3G6ZA 3SA8A 4B1EA 4Y3TA 4Y3XA 5P43A 4Y41A 1AIDA 1HSHA 3K5FA 5OZOA 1IDAA 1FIVA 5P0EA 3MSLA 4PYVA 5P24A 5P7VA 5P7AA 4Y54A 5P6TA 3U71A 3UQUA 1FQ5A 5P41A 4Z2ZA 5P3AA 5FIVA 4Y56A 2OF0A 4R8YA 4RCEA 4EQJA 5P1QA 5P6DA 2AZCA 1PROA 4LC7A 4Y4UA 3CKRA 3SA5A 2ZHTA 3S45A 5P8MA 5OZRA 5P1ZA 5P17A 2WEDA 3WZ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G27 A;  4Y5N A;  5P5U A;  4F75 A;  3OU4 A;  1ZPA A;  1PPL E;  1IIQ A;  5DR4 A;  1B5F B;  2QNN A;  3IN4 A;  2O4S A;  3T7P A;  1UH9 A;  3QIH A;  3Q70 A;  2QMP A;  3ZKM A;  5P2E A;  2P3A A;  3BXR A;  3OOT A;  5OZ1 A;  1UH8 A;  2IKU A;  5P25 A;  2P3D A;  2VJ6 A;  4FAE A;  4Y3G A;  3LZY A;  3O9F A;  5P7P A;  2FDE A;  4Y4X A;  3G72 A;  4WTU A;  5OZT A;  2F8G A;  4NJT A;  1HVR A;  3SA9 A;  5P1A A;  1ZAP A;  4I0D A;  1SGZ A;  1ZJ7 A;  3CKT A;  2IS0 A;  3NDW A;  4EJD A;  1LEE A;  2BJU A;  4Y5L A;  5P14 A;  3O9A A;  1TQF A;  4Y43 A;  1T6E X;  5KR0 A;  1FQ4 A;  1SME A;  4QJ6 A;  3SKF A;  2AVM A;  5P7U A;  3KF0 A;  1SGU A;  2I4D A;  1A30 A;  1B6P A;  3QN8 A;  5P81 A;  5P3S A;  4DQC A;  4OBJ A;  3NWQ A;  5OZM A;  2AOG A;  4APR E;  5P37 A;  3QBH A;  5ER2 E;  1FGC C;  4S1G A;  4FRK A;  3CYX A;  3PRS A;  3OQ7 A;  3PWR A;  3APR E;  2V11 C;  1W5X A;  3VYE A;  4Y3Y A;  3SKG A;  1RPI A;  4A6B A;  4FAF A;  5P18 A;  2BPW A;  5P4C A;  3HLO A;  5P76 A;  1MT9 A;  4AA9 A;  4YBI A;  4CPX A;  5HCT A;  4HA5 A;  3ZMG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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