1HEFE

The crystal structures at 2.2 angstroms resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEENSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title The crystal structures at 2.2-A resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1992-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hefE00
5P1LA 3INEA 4NPUA 3RTMA 5P5TA 1EBKC 3NYGA 2OHKA 5P87A 2AVMA 4Z22A 4EJDA 4DJOA 3I25A 4PZWA 3UDRA 1K6TA 2BQVA 3CYWA 2ZHRA 5P86A 4JPCA 3SACA 3S85A 3OQDA 1FQ4A 4LL3A 4GJ5A 4TRZA 1ZBGA 5P7XA 4Y35A 4DJQA 5HU0A 5SZ9A 5P8VA 4ZE6A 3Q5HA 4J0YA 5OYSA 3VF5A 5HDUA 5P61A 1QBTA 5P0ZA 4Y5EA 5P12A 1SDTA 5P38A 4K9HA 5P7NA 3INDA 1FMUA 3KYRA 3IN4A 5P5WA 1SGZA 5IVTA 3QVCA 3NDUA 3O9IA 1EAGA 1MEUA 2QZWA 3TOHA 3VFBA 4I0ZA 3S8IA 1YTGA 1CMSA 4Y51A 3K5CA 5PEPA 1HPVA 1ODWA 2IKOA 1T6GA 3S43B 3KFPA 5DQCA 3TLHA 4ZSRA 5P66A 3LIYA 3ZKMA 2G26A 5DQ1A 5P1NA 4PPHA 5P78A 3UDMA 4FSLA 5P0WA 4KE1A 2R3TA 1D4JA 6UPJA 4YCKA 4EXHA 5P5QA 3PWRA 2AZBA 1QBRA 2BPYA 3INHA 4NJTA 5P6QA 3ZKNA 3O9EA 1IZEA 1EBWA 5P2IA 3K5GA 4L7HA 5P26A 2G94A 4Y41A 5P2WA 4LP9A 3EKXA 3TNEA 2B8VA 3H0BA 1D4SA 5P4BA 3OXCA 5P3EA 2AZ9A 2SAMA 4YD3A 4HA5A 3VF7A 5P6YA 2VA6A 3KN0A 1FG6C 4I8ZA 2HPFA 2QHCA 5P4ZA 4Y3AA 2IENA 2V13A 4GJAA 5P23A 5P8FA 1N49A 3OHHA 3HDKA 1A9MA 1QBSA 5P74A 2WF3A 2IL2A 1EEDP 5OZHA 5P3GA 2R43A 3PCZA 4AZYA 1NPAA 4YOBA 4KUPA 5P2ZA 5P2MA 5P6CA 5P7LA 3PGIA 5P10A 4DJVA 2HAHA 3Q3TA 5P4MA 3DUYA 4L7GA 3UDPA 5KR1A 3WSJA 5OYVA 3TTPA 3URLA 3TPJA 3ZKSA 3EKYA 1LYWA 1SDUA 5P65A 2HS2A 3IVIA 3JW2A 5SY2A 5ISJA 4EJKA 5P5BA 2NNPA 4WY6A 3LIZA 4H3JA 5DR4A 4Y39A 1AIDA 3URIA 3PBDA 5P8DA 3O9AA 5P51A 5P5FA 5P6JA 1W5YA 4PHVA 5SY3A 5OZAA 3EBZA 5HE4A 5AHAA 4RRNA 5C9FA 2QHYA 4K4PA 4F75A 4FAEA 5P45A 5P2AA 3UCBA 4JPEA 4YD4A 2PSGA 5OZUA 5P11A 1PSAA 2NTRA 4XKXA 3BVAA 3FNTA 4Y5PA 4ZSQA 1EPPE 3VV6A 5IVQA 4GJ6A 4Y47A 5P3WA 5P1SA 5BWYA 4HDPA 1AVFA 5P8RA 4ZPFA 3O9BA 5P70A 3QPJA 5OZPA 4R92A 2HB2A 2AVOA 1FQ6A 2Q64A 5P5KA 5P69A 1MT9A 3OXWA 2FLEA 2QU2A 5P6DA 3LINA 1GVWA 1HPXA 4RROA 2WEZA 4Y4UA 3OOZA 3OOTA 2P3BB 2OHLA 5AH7A 4Y3TA 2RKGA 3NXNA 4Q1XA 2WJOA 4Y3YA 3OTYA 3S43A 5IE1A 1QBUA 4QJ6A 4LAPA 4NJVA 2AOCA 1DIFA 4X2LA 3WZ7A 5HE7A 1OD1A 1E5OE 5P29A 5P4QA 4IVTA 3S7LA 3EL5A 5ISKA 4ACUA 5ER1E 4ACXA 1IVPA 5P8CA 5JODA 5P8QA 2QZLA 3HAUA 5P7JA 3GI0A 3K4VA 2BPVA 2JE4A 5P3PA 5P3UA 5TOLA 4QJ8A 3SFCA 2QI0A 5KOQA 2BBBA 5P4SA 1B6MA 5OZ4A 5P2TA 1Z8CA 3GI5A 3N4LA 5P2FA 2H6TA 3O9LB 3L38A 3ER3E 5P58A 5C9BA 5P73A 3UTLA 1KJHA 2OHPA 2ER6E 3IAWA 1HEGE 5AHBA 3NLSA 1A8GA 2I1AA 4OBHA 2FNSA 1BDQA 5P2RA 5P6NA 1AZ5A 2I4UA 3FNUA 2I4VA 1MT8A 5P2SA 1MRWA 5B18A 4RYCA 3EXOA 5P5EA 5P0UA 3I8WA 2Q54A 3KA2A 5P33A 2QI6A 1Z1RA 5P8NA 2FDEA 2QMGA 4Z2ZA 2F81A 1YTHA 4A6BA 2Q55A 5P1PA 4Y3WA 5P4PA 5P3OA 2HPEA 1LYAB 4Y9WA 5P4XA 3VSWA 5P75A 4RZ1A 5P7TA 2AVSA 3PJ6A 1HXWA 1SIPA 2XFIA 4Y44A 3LIVA 3OQ7A 2VA7A 2PQZA 2I0DA 5DGWA 7UPJA 3I7EA 5P1XA 5P8TA 5P3MA 1D4LA 3BGCA 5P3JA 4PYVA 4R8YA 5P34A 3DJKA 5P6HA 5P8LA 4K4QA 2ANLA 4GJBA 3INFA 1M0BA 3L3AA 5P6AA 4GIDA 5P1KA 1B6JA 4EYRA 5P06A 2G20A 1XE5A 1C6ZA 3OXVA 2IGXA 1PFZA 4FM6A 5P20A 4X7IA 5COPA 3DCRA 2ER7E 1T3RA 5P0JA 3IGBA 4DV9A 5P49A 4JOOA 4Y4BA 1W50A 3OUAA 1BIMA 4OC6A 1ZPKA 1KJ7A 4CP7A 5P4UA 1LF4A 1T7JA 4FS4A 5P6TA 4EJLA 3GGVA 3SA8A 4DI2A 5OZIA 5P5SA 3KM4A 1ODYA 2P3BA 2XYFA 4EHCA 2AOIA 4LXAA 3ZKQA 4J5JA 4YHQA 4B1CA 1MSNA 4J0VA 1YT9A 5P2QA 3HVPA 2B42A 4Y5AA 9HVPA 3UFNA 2HC0A 4FCOA 5P8HA 1TZSA 1B5FA 2ZDZA 2ER9E 5P1ZA 1EPME 2WECA 4HLAA 1HRNA 5P7HA 2Q63A 4QJAA 1AXAA 3NU9A 5P41A 1K6PA 4Y3DA 2PSUA 5P7QA 1FGCC 4AMTA 5P3HA 5OYUA 1HOSA 5P82A 2WF2A 3Q4BA 2WF4A 5P6BA 4Y3LA 2R9BA 1J71A 1U8GA 4OD9B 1HTRB 2V00A 2O4NA 3L5BA 3PLLA 2QZXA 1MIQA 1AAQA 3IA9A 4OBZB 3TL9A 4DJXA 3GGXA 5P2HA 3BUHA 5P46A 3IXJA 5OZMA 1RV7A 2B7FA 5OZCA 3OU4B 3EM6A 5P5DA 2WHHA 3MWSA 4DJRA 3GI6A 1RNEA 3TPPA 1GVVA 2IEOA 1T6EX 5P3NA 3MXDA 2XFJA 2IGYA 1DAZC 1E80E 5P6XA 3LZSA 3LZVA 3PI5A 2AVVA 1RPIA 4ZPEA 1MTBA 1TW7A 2I4XA 5P5VA 4GJCA 4YCYA 5DR0A 2R38A 3OQAA 5P3CA 5P5LA 2R3WA 5P7IA 1EPOE 4Y3JA 3QBFA 3D1XA 2OHQA 2OHTA 3H5BA 3F9QA 4Y4AA 5P79A 2OHSA 5OZDA 2QMFA 2G21A 5P04A 5P4VA 5P59A 1HBVA 5OZVA 5P17A 2G1NA 2AOJA 5OZBA 1OEXA 5P2NA 1LYWB 3T11A 2FDDA 5P1DA 3D20A 3QIHA 3VSXA 1GNMA 5OZXA 2QI3A 3VCMA 5HTZA 2VNNA 5P76A 2ASIA 4K4RA 4YBFA 5P2YA 3LIQA 4Y3QA 5P2DA 3ZL7A 4Y3NA 4NJSA 4EP3A 1FQ5A 1BWAA 2G1OA 5EZXA 3PSGA 4Y5CA 1UH9A 3ZPSA 3DM6A 4YE3A 4ZEAA 2IKUA 5JG1A 5P7UA 4DQEA 3TOFA 2ZJMA 3QN8A 3QRSA 4DQHA 3SM2A 5DQ2A 3LPKA 3NU6A 3FKTA 2OHRA 4B70A 1EC1A 4Y58A 2AVQA 3KF0A 5CLMA 3RSXA 5J25A 3FIVA 5P6UA 5P0NA 5P0VA 4GJ9A 5P0FA 4B78A 2G1SA 5FIVA 5P1RA 1RL8A 3NWQA 4Y3FA 5P18A 2ER0E 3KT2A 1M4HA 3EM3A 4BFDA 5OZKA 1MRXA 2HB4A 3Q70A 5P6GA 4ZSPA 3WZ6A 5P1MA 3FNSA 2G1RA 5P0GA 5P3SA 3TOGA 4LHHA 3VFAA 5P4EA 2G27A 4Y3GA 3OADB 8HVPA 1EBYA 3OU1B 7HVPA 3O9FA 4Y5GA 4DQFA 4OD9A 1C6XA 5P1EA 1BWBA 4Y48A 5P4JA 5P6KA 4GJ7A 5P6PA 1HIHA 4OBZA 2O4LA 3T7QA 2ZHSA 3D91A 4FL8A 4J1KA 3OU4A 3PEPA 2IDWA 1EPNE 2XYEA 1FIVA 5DR7A 5P8AA 3VYEA 3EL4A 3NUOA 3KT5A 4D85A 4YD7A 4PZXA 3GGUA 2NNKA 1QRPE 4LC7A 3VG1A 3L5EA 5KAOA 3SKGA 3IXOA 2QAKA 1JLDA 4Y36A 1FMBA 4Q1YA 5P8EA 3L5FA 4Q1NA 2P83A 4J0ZA 3VUCA 3HW1A 5P08A 5KQFA 5P6WA 5P5UA 4CKUA 3EKVA 2FDPA 5P0YA 2BJUA 5P62A 5P7ZA 2UPJA 1FQ7A 3LHGA 6FIVA 5P88A 4HZTA 5P2VA 2BKTA 5P7WA 5OZQA 5P5ZA 4WTUA 5P1TA 5P40A 3EL1A 5P4OA 5KQYA 3OHFA 4YDGA 2HM1A 2P3AA 4QJ7A 2BPWA 2EWYA 5P09A 3EMYA 4Y54A 4RCEA 3CIDA 5OZ9A 2IS0A 4FRSA 1HTFA 5P8SA 5P3ZA 3ZKIA 3KFSA 2F80A 5OZNA 1HXBA 1NSOA 2I4DA 3G6ZA 5P4DA 5P15A 1B6PA 4Y50A 4BFBA 1PROA 3CMSA 1VIJA 4J0PA 3FSMA 1LEEA 3Q6YA 5P4LA 1C70A 4DJPA 4U7QA 5P6FA 4D88A 1W5XA 5P7PA 2BPZA 2QK5A 4N00A 4B72A 1ZAPA 2HS1A 5P31A 1ZLFA 3UQWA 1YM2A 4DQGA 5P1OA 4CMSA 4CPSA 4FSEA 4YA8A 3DCKA 3ZKGA 3NUJA 5P6EA 4J1IA 1A8KA 3AUPA 5P1FA 1IIQA 4H3GA 4J55A 5P83A 4EPJA 3HVGA 1KZKA 1VIKA 5P42A 4JP9A 2G22A 3D3TA 5T4SA 1EC2A 3VLBA 4U7VA 4LXMA 4Y3SA 2JXRA 4APRE 2UXZA 4F73A 4U8WA 5P64A 4FLGA 3SA5A 1ZP8A 4OC6B 5DGUA 4Y45A 5OYXA 5P0DA 2RSPA 1GNOA 3OTSA 4CPXA 3OADA 1QS8A 1DW6C 3SA4A 1AJXA 3OU1A 4L6BA 5P27A 4Z4XA 5IVRA 5P6MA 3ZPTA 2JYSA 1HVJA 5KQZA 3UQPA 3QP0A 1WBKA 5P89A 2IRZA 5P6VA 4CPWA 2Q3KA 1XN2A 2F3EA 1B5FB 3N3IA 5OZ6A 2QI4A 2FIVA 5P7SA 5P55A 2WEBA 5P63A 5OZ1A 4GMIA 1UPJA 2VIZA 3UDKA 5P1CA 3MSKA 5P3TA 5P0KA 5KR0A 5DPZA 3PM4A 2F3FA 3PMUA 2F8GA 5OZ2A 5P56A 5P1JA 5ENKA 3OAGB 1W5WA 2WF1A 5E5JA 2FMBA 3NWXA 2AODA 3LITA 4I0EA 3S7MA 2OHUA 5P6SA 3QVIA 4R91A 2JJIA 1KJ4A 2VIYA 1HVKA 2V12C 3PI0A 5P7FA 1MT7A 2HB3A 5P52A 3QBHA 4DJWA 3OY4A 4HE9A 5P50A 1MTRA 4H3IA 5P7BA 5AGZA 4FIVA 3L58A 1PSOE 1ZSRA 5P71A 3RTHA 5P2LA 4D83A 1LF2A 1ZTZA 5P4YA 1CPIA 3CKTA 2ZYEA 2VA5A 4QLHA 4DVFA 5AH6A 3QRMA 5UPJA 5P2BA 5P8UA 1Q9PA 3K4VC 2RENA 1B6KA 3WB5A 3HD8A 4GJ8A 2Q5KA 5P5NA 3NU5A 3R0YA 3UQXA 2B60A 2G69A 5P4HA 5P2KA 1W5VA 4I0IA 1D4KA 4Y5LA 2OF0A 1RQ9A 4M8YA 3TKWA 5P2XA 3L5DA 2F3KA 4XX3A 3WB4A 1SGUA 1K6CA 4Y3ZA 5I3YA 1SBGA 4ZLSA 5P5YA 1EBZA 4HDFA 5SXNA 5OZLA 4S1GA 2ZJJA 2CEMA 3T7PA 1EC0A 1W51A 3EL0A 3G70A 3T3CA 2BKSA 5P3IA 2VJ6A 4GYEA 4QJ9A 1K6VA 4L1AA 4YOAA 4J1FA 1E82E 4ER1E 2OHNA 5P7GA 4FE6A 1MUIA 5AHCA 5P7CA 5OZYA 2VKMA 2VJ7A 4Y4XA 1XDHA 5P4IA 5P1AA 4Y3PA 3NU4A 5P7YA 1B6LA 1FLHA 5OZ0A 1BDRA 1D4YA 3O99A 5P85A 4DPIA 5P48A 3SA3A 1TSUA 3SAAA 3UDHA 4I11A 5P1WA 6APRE 5P7EA 4Y37A 2AIDA 5P54A 4DH6A 3SA7A 2QNQA 4Z50A 1A94A 1KJFA 1PPLE 3PRSA 4B0QA 4AA8A 5P0AA 1MPPA 4H1EA 1HSIA 2O4PA 1LZQA 5P6RA 5C9DA 3CKPA 2VS2A 5P4GA 1FMXA 5P0HA 3PSYA 3R4BA 3NU3A 2QD7A 1LS5A 5P4KA 4EWOA 5P5IA 4BELA 5DR3A 3APRE 4APEA 1IDBA 5P7KA 5HVPA 3BUGA 3O9DA 3B80A 4TRWA 1PPKE 5P0TA 4MC1A 3OAGA 5P80A 1XE6A 3NXEA 5HCOA 3QRVA 2H6SA 1CZIE 3LZYA 5P39A 3DOXA 5P4NA 4RLDA 2PH8A 2QI7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1L A;  3INE A;  4NPU A;  3RTM A;  5P5T A;  1EBK C;  3NYG A;  2OHK A;  5P87 A;  2AVM A;  4Z22 A;  4EJD A;  4DJO A;  3I25 A;  4PZW A;  3UDR A;  1K6T A;  2BQV A;  3CYW A;  2ZHR A;  5P86 A;  4JPC A;  3SAC A;  3S85 A;  3OQD A;  1FQ4 A;  4LL3 A;  4GJ5 A;  4TRZ A;  1ZBG A;  5P7X A;  4Y35 A;  4DJQ A;  5HU0 A;  5SZ9 A;  5P8V A;  4ZE6 A;  3Q5H A;  4J0Y A;  5OYS A;  3VF5 A;  5HDU A;  5P61 A;  1QBT A;  5P0Z A;  4Y5E A;  5P12 A;  1SDT A;  5P38 A;  4K9H A;  5P7N A;  3IND A;  1FMU A;  3KYR A;  3IN4 A;  5P5W A;  1SGZ A;  5IVT A;  3QVC A;  3NDU A;  3O9I A;  1EAG A;  1MEU A;  2QZW A;  3TOH A;  3VFB A;  4I0Z A;  3S8I A;  1YTG A;  1CMS A;  4Y51 A;  3K5C A;  5PEP A;  1HPV A;  1ODW A;  2IKO A;  1T6G A;  3S43 B;  3KFP A;  5DQC A;  3TLH A;  4ZSR A;  5P66 A;  3LIY A;  3ZKM A;  2G26 A;  5DQ1 A;  5P1N A;  4PPH A;  5P78 A;  3UDM A;  4FSL A;  5P0W A;  4KE1 A;  2R3T A;  1D4J A;  6UPJ A;  4YCK A;  4EXH A;  5P5Q A;  3PWR A;  2AZB A;  1QBR A;  2BPY A;  3INH A;  4NJT A;  5P6Q A;  3ZKN A;  3O9E A;  1IZE A;  1EBW A;  5P2I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2OAH A;  1UH7 A;  3BUF A;  1MET A;  1M43 A;  5OZJ A;  4OBF A;  4I1C A;  5P68 A;  4CPU A;  1BDL A;  3MSJ A;  3GW5 A;  3VF3 A;  3PHV A;  4LXK A;  1MER A;  3BHE A;  3KMX A;  2Z54 A;  2ZHV A;  4RVJ A;  4Y3R A;  5P07 A;  2PWC A;  4RCD A;  3BXR A;  5P1Y A;  3SKF A;  3OU3 A;  3PVK A;  5ENM A;  2ZHU A;  3S54 A;  3HLO A;  2AOH A;  2WEA A;  4CPT A;  5P1U A;  3NSH A;  4Y3M A;  5P1V A;  3DV1 A;  5P02 A;  5P8M A;  1GVT A;  5P3B A;  2ZGA A;  3KFN A;  5P5O A;  4MC9 A;  5OZG A;  1FFI C;  3UDN A;  2BPX A;  1W6H A;  1D4H A;  5P44 A;  1YX9 A;  4BEK A;  5OYY A;  3ST5 A;  5P8P A;  3OUB A;  5P4T A;  2I4Q A;  5P4W A;  4Y5N A;  5P0P A;  3I2L A;  2PK5 A;  4FAF A;  5P24 A;  4EQ0 A;  5P7D A;  5P3L A;  5P6O A;  5P1Q A;  5P67 A;  5P43 A;  1BV9 A;  1ER8 E;  1NH0 A;  5P32 A;  5IS4 A;  1A30 A;  1TQF A;  3O9L A;  4COE A;  2J9J B;  2VIE A;  4L7J A;  4Y4D A;  3OUD A;  2Q15 A;  3NR6 A;  5ER2 E;  1K1U A;  1MVP A;  2CEN A;  3UFL A;  1FQX A;  2P3D A;  1HII A;  5P0O A;  1HPS A;  4EXG A;  4Y4W A;  2FXD A;  1SIV A;  3MSL A;  4MC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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