4K4QA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease with 3-bromo-2,6-dimethoxybenzoic acid bound in flap site
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4qA00
2NTRA 2A4FA 4TRYA 5P5TA 3OGQA 4FGXA 3MSJA 1LV1A 5P03A 5OYQA 5P0KA 3CKPA 2ZJNA 2B8LA 4I0DA 3QS1A 4Y3AA 2VJ6A 4L7GA 2ASIA 3PBZA 2A1EA 1D4YA 2PWRA 3KDCA 2NMZA 3VLAA 2OHNA 4D8CA 1LYBA 3OUDB 1RL8A 2ER0E 3FSMA 5OYTA 4RCFA 5P0CA 5P2ZA 2R38A 4Q5MA 1MTRA 2WF2A 3TPLA 5P3JA 3VYEA 4RCEA 1Z1HA 3IN3A 3UQPA 5OZ8A 3BUHA 4MC1A 4DFGA 4KE1A 5P5ZA 1FG8C 1B5FA 5P1VA 5P6RA 1EPNE 5P0UA 5P00A 3OU1A 3NYGA 4F74A 3AIDA 4GJAA 3SPKA 4GMIA 5P5KA 1ZBGA 2ZE1A 3K5CA 1NH0A 1KJGA 4FIVA 1K6TA 4F75A 5HVPA 3O9CA 4LXKA 5DQ4A 6FIVA 1LF3A 2BQVA 4Y5LA 5KOSA 5P1RA 5P6UA 4EXHA 5P1LA 3NDWA 4QJ2A 4GJ6A 4ER4E 1K6VA 5AH8A 4EQJA 2OHMA 4YA8A 3QAAA 3APRE 3ZPSA 3UPJA 3LPJA 3HAWA 2JXRA 1LS5A 4Y3TA 1FMUA 3GI4A 4A6CA 3VCMA 5P1KA 1FB7A 5P7QA 4QJAA 5HE4A 3BXRA 2G1YA 5BRYA 3SLZA 3KFPA 5AHBA 2HB2A 5P4YA 5P7UA 5P82A 5P6SA 1A94A 1KZKA 5P1DA 1NPAA 3FX5A 2I0AA 4BFBA 3INHA 3RSXA 3I7EA 5AH6A 3VF5A 1B6MA 4FRSA 2AZ8A 1ODWA 1Z1RA 1WKRA 3HZCA 1GVTA 3S2OA 2ZJLA 4DJUA 4FAFA 1HVHA 2P3BB 4J1IA 2F8GA 5P8UA 5P2NA 4Z2ZA 1SDTA 1FQ4A 5P5WA 2V00A 4J55A 4Y47A 5HDUA 1YTJA 3QVCA 2AOCA 5P2LA 5P8JA 5P7FA 2VIEA 4DH6A 4YOAA 1D4SA 5OZFA 3VYFA 3QPJA 2HAHA 5P5YA 5P2FA 5P6GA 2V11C 5OZKA 1CZIE 3B80A 5P89A 9HVPA 4Y4EA 1FQ8A 5OZAA 5P6QA 4Z22A 2WF0A 3CKTA 1EPOE 1T6GA 3UDKA 3LNKA 4Y5MA 5P4EA 5P6ZA 2QZXA 1TQFA 3OOTA 2FDPA 3WZ8A 3EL9A 4D85A 1W6IA 3ECGA 2F81A 3IAWA 1XL2A 2FLEA 3OXXA 5P5MA 1T3RA 1BXOA 1BILA 5P1TA 5P1QA 5BS4A 5P0NA 4J17A 4NPUA 1LYWB 1IZDA 3ZKQA 3CYXA 3VFBA 3NWQA 2R3TA 5P3FA 3BRAA 1EBYA 3TPJA 5HU0A 1ZAPA 3KMYA 3EXOA 1OEXA 4RRNA 4HDBA 2OAHA 1HVIA 1QBRA 5P4TA 5P1FA 5P7LA 2ZJIA 4APRE 2VNMA 2P3BA 2VIJA 4QJ8A 1FEJC 3OUBA 1UH8A 5P12A 4GJBA 4RVXA 4Y3WA 4LXAA 4DUSA 3O9LB 5P6EA 4Y4GA 4DPIA 5I3YA 5P2EA 2F3KA 3EBZA 4L7HA 3PI5A 4YCTA 5P7CA 1MVPA 3B7VA 4KB9A 3AUPA 4OBHA 1AIDA 4KE0A 4AZYA 1BV7A 5P2UA 5P2IA 4DQFA 2PWCA 3PSGA 5P5VA 2QHYA 5P2TA 5P8RA 4QJ7A 4ZPEA 3APPA 5P72A 4MC9A 5P49A 1APTE 3ZLQA 3L5CA 2NPHA 4TRWA 3EKPA 5OZDA 3NWXA 3LZUA 3PWWA 3I8WA 1W50A 2WF3A 4RGHA 4I0IA 5P0XA 3WB5A 5P86A 5P7YA 4BEKA 5P56A 1HPXA 5P85A 5P6JA 1W5XA 4Y3GA 3D1XA 5P4NA 1BIMA 4OD9B 5DQ1A 1GVUA 3NU3A 3L3AA 4CPXA 1M43A 3UDNA 5P0HA 5P2CA 1GVWA 1LYWA 1D4HA 4K8SA 5P1XA 5P27A 3U71A 5P38A 3Q3TA 1FFIC 4Y37A 4JP9A 3G6ZA 5P8GA 2ER9E 1E80E 5P3UA 2QAKA 4Y3SA 5OZ4A 4Y3LA 1W5WA 5DQ2A 2IGYA 5P8HA 1MSMA 5P5DA 4DJRA 4DV9A 3DCKA 4XX3A 1YTIA 3KMXA 5P8OA 3U6AA 3HVPA 3SACA 2UPJA 4DVFA 2VJ9A 4XKXA 4I12A 5P3LA 3URJA 2G1NA 4RVIA 2OHTA 4PZWA 1GNNA 5P7SA 4EJDA 1IZHA 5P28A 4Y5NA 3UDPA 5P37A 4J0ZA 2QU3A 3UHLA 3S8IA 3PB5A 6APRE 3NDXA 5P4HA 3OXVA 3PM4A 3DCRA 4GJ7A 3ST5A 2OF0A 3OQFA 3O9HA 5OZSA 1EPRE 2QHCA 5P11A 2QI6A 1HVLA 2QD6A 5OZMA 2OHRA 3SM2A 4J5JA 3INDA 5I3WA 5P30A 4CPRA 3TOGA 5P4FA 5P0PA 3S43B 3UTLA 2WEBA 3I2LA 2PH8A 5J25A 3K4VA 3RTHA 3G70A 5P4AA 4U8WA 5E5JA 3PVKA 5P45A 5P41A 2FDEA 1HVJA 5P32A 4EJKA 1IZEA 4R95A 4J0YA 4YD4A 4Y43A 4Y56A 2G69A 4J54A 4WY6A 2AVVA 4Y50A 2HC0A 5P7IA 2PC0A 2QD7A 1AM5A 5P09A 5P0GA 5P3MA 5HCOA 3TNEA 3UDHA 5P2OA 3NDUA 3O9GA 5P6AA 4H3FA 1EPPE 5P4BA 4Y3MA 5P52A 5KR8A 1HIIA 2P4JA 3SO9A 2H6SA 5ISKA 3D1ZA 2AODA 4Y35A 1A9MA 5P4QA 3O9FA 4B0QA 3ZKGA 2IQGA 4OBJA 4JPEA 2ZHVA 5P70A 1FIVA 3R0WA 3QBHA 3T11A 1SMRA 1AJXA 3Q4BA 2R43A 4Y3NA 2V12C 5SY2A 3IVIA 3D91A 3N4LA 4CMSA 1TW7A 3UQUA 5COKA 5P4UA 5P2XA 1ZP8A 2Z4OA 1LYBB 2QZKA 5P4MA 1HRNA 2XFKA 1HPOA 2ZJJA 4XXSA 3SA6A 2I4WA 5DR7A 1IZIA 3SAAA 4DJYA 4S1GA 5P5XA 2PYNA 5P5CA 4CPTA 5P4CA 2OHLA 3OGPA 2F3FA 5P7AA 1SDUA 2WECA 1HTRB 3BGBA 1ZSRA 4YD3A 5P1ZA 3D3TA 4M8XA 3S45A 1B5FB 1MT8A 2HPEA 5P02A 3OU1B 5P6BA 3S43A 5P3ZA 4J0TA 4U7VA 1BVGA 4ZSRA 3NUOA 2VNNA 1IDAA 4FSEA 4Y6MA 3OWNA 2QI0A 5DR8A 5P55A 3FV3A 4K4RA 4CPUA 2VKMA 1TCWA 1GVXA 3GGVA 5P16A 1A8KA 3BUGA 4F73A 5OZ3A 5OZZA 4X7IA 4DJXA 5P1SA 1IVQA 1PPKE 4Y3DA 5JG1A 3I25A 5P13A 2QZWA 2BPYA 4FRKA 5P1NA 1FMBA 2VIYA 2RMPA 5P46A 3EM6A 1ENTE 5P71A 1KJHA 5P2KA 5OYXA 3D20A 1EAGA 5EZXA 4Y3EA 4J1HA 2I4UA 5P35A 1TSQA 2BPXA 5OZUA 5OZ0A 5P8DA 1C6XA 8HVPA 2AOIA 2G26A 5KR1A 2P8HA 4DJVA 5I70A 5BWYA 5P63A 3MWSA 5P6CA 5OZ7A 4WTUA 3BVAA 5P65A 3MXDA 3OAGB 2Q5KA 3RSVA 5P4IA 1ZPAA 2ER6E 5P64A 5HU1A 3IN4A 1HHPA 5P5LA 3OU4A 2QI7A 4YDGA 1GKTA 1OHRA 5SY3A 3UDQA 4B70A 2QHZA 3VEUA 1MIQA 1BXQA 2CEJA 3UF3A 5I3VA 1HTGA 2H6TA 3JVYA 1LF2A 3SA8A 5IS4A 2QNPA 4EXGA 5P51A 5OYUA 4AA8A 4GJDA 2WJOA 3TH9A 4AMTA 1KJFA 2J9JB 2O40A 1BWBA 4GB2A 5P08A 2F3EA 7UPJA 2WF4A 3IGBA 5P8FA 3HD8A 5P1GA 5P3EA 2B42A 1EBZA 1PSAA 2QP8A 1D4LA 2OHUA 1TCXA 3UDRA 2AOJA 1SDVA 5OZBA 5HTZA 1HOSA 2NR6A 2V13A 4Q1XA 3CIDA 1EPQE 5JFPA 1YM4A 3BUFA 3PWMA 4NKKA 1DPJA 4FL8A 5P8NA 5P62A 3NR6A 1FG6C 5P4WA 5P0EA 2QCIA 3R0YA 4YCYA 2HB4A 5F01A 1XL5A 3URIA 1PFZA 2AIDA 5P1PA 3EKTA 3DK1A 1K1UA 5ER1E 1QBUA 5P1UA 4EP3A 5P6YA 3SA3A 3F9QA 3K5GA 4AA9A 1MPPA 5P68A 3INFA 5OZ9A 1LYAB 3MXEA 5P6KA 4NJVA 1MUIA 4DQHA 3PLDA 1RPIA 3OUCA 3BXSA 3OAGA 3CMSA 4DQGA 4F76A 3SA5A 5OYZA 1MEUA 3H0BA 2ZYEA 4ZSPA 1WBMA 5P75A 4B1EA 4M8YA 2G94A 3KA2A 3FIVA 5P25A 4L1AB 1BAIA 4EHCA 4EPJA 1DP5A 3QP0A 4RVJA 3VLBA 2NNPA 4IVSA 5P26A 3VUCA 1QDMA 2J9JA 4Q1YA 1G6LA 3BVBA 2IDWA 5P18A 5P2AA 4YD7A 1SH9A 5ENKA 5P3XA 5HDVA 4LAPA 5P04A 5P48A 5P1AA 1META 3O9BA 1EPLE 4Y4BA 5OYRA 5P84A 2BKSA 5P8BA 4FSLA 3WB4A 2AOHA 1HIVA 2PQZA 2UY0A 5P6XA 1E5OE 1T7IA 3VG1A 5KQXA 5P7DA 1Q9PA 5OZRA 4KUPA 4COEA 4OBZA 1XN2A 3SFCA 2IEOA 3IA9A 4YD5A 5P4OA 5OYVA 1UPJA 5P3VA 3GGUA 6UPJA 5P8CA 3K4VC 1EC1A 5P1BA 2QI4A 1T7KA 3HLOA 5P5UA 2G1RA 1JLDA 2FIVA 4ZPFA 4Y5PA 1PSNA 1LYAA 1E82E 4B05A 5P7BA 5P5AA 2IENA 3VFAA 3EKWA 5P0RA 5P4PA 3KYRA 2HPFA 5P4DA 5P69A 3UDMA 1HWRA 2FXDA 1YTGA 3OOZA 1FLHA 3QBFA 5P7XA 2HIZA 2PH6A 1NPWA 5P8QA 1BVEA 4Y4JA 4FAEA 1N49A 2EWYA 5P4XA 2QI3A 3VF3A 4NJSA 4Y3XA 4L1AA 1AAQA 7HVPA 3TLHA 5P1HA 3ZKMA 2ZJHA 1HVKA 5P59A 1FF0C 5DPZA 1U8GA 4ACUA 5ENMA 5P7WA 3I6OA 5P1EA 1B6LA 1XE5A 1BV9A 4NJUA 5P8MA 3ZKXA 5P43A 5C9DA 4D88A 3O9AA 3ZL7A 4YBIA 5AH7A 3C9XA 4PPHA 5P5PA 1BDQA 5OZGA 5ER2E 5P14A 4LC7A 4Y39A 1W51A 3HBOA 4Y48A 5P6IA 3R4BA 4PHVA 2QNQA 3PSUA 4ZEAA 5P31A 3SABA 5AH9A 1G2KA 5HE7A 5P24A 3S54A 4YE3A 5P2GA 1MERA 3SKFA 3NXNA 4B77A 2Z54A 4Y4AA 3LIQA 4MC2A 5P6PA 4TVHA 5P87A 3TL9A 2WF1A 3VV7A 1HVCA 3EL4A 5P2RA 5P3PA 5P7HA 2QMDA 5P5IA 3CIBA 3NUJA 4Y4UA 4L6BA 1G0VA 3ZKNA 5P6DA 2Q15A 1FMXA 5ISJA 3BGCA 4RLDA 5P74A 4ZIPA 4ER2E 4Y53A 4Y9WA 5P3OA 3LIVA 3OQKA 4CPWA 5P0OA 4OC6B 3ER3E 4FM7A 3UFLA 2I4VA 1T6EX 3HDKA 3SA7A 2O4KA 2ZGAA 5P0QA 2O4PA 4CPSA 5TOLA 5P3CA 5P40A 2I4QA 1W5VA 5EZZA 2V10C 1BWAA 2R5QA 5OZCA 1HBVA 1NSOA 4Y3QA 4EQ0A 1APUE 3OXCA 3LZVA 2ER7E 4B1DA 1K6CA 2IKUA 2QU2A 4E43A 3DV1A 3PMYA 5P6OA 2OHSA 4GZFA 2Q64A 3PLLA 1SGUA 3L58A 3CYWA 1K6PA 4GYEA 1APWE 2P3AA 3OTYA 5P17A 1B6PA 5AHAA 4ZPGA 5P3QA 3H5BA 4Y44A 5P8AA 2I4XA 4QJ6A 3QROA 3INEA 5P0DA 4I0EA 1EC0A 2AOEA 5P8IA 1D4JA 5P1YA 2BPWA 3UDJA 5T4SA 2J9KA 3PBDA 2PK5A 4B00A 3OUAA 2BKTA 1EC3A 5P2DA 1SIVA 3GI5A 5P5GA 3OQDA 2ZHTA 2PSGA 4Y3ZA 5P6LA 4TVGA 4Y4DA 2XYFA 5P5JA 5FIVA 5P2HA 2ANLA 5COPA 4I0JA 3RTMA 2NXLA 3LINA 3T7PA 2V16C 5P6NA 1MT7A 3TOFA 3NU9A 4OC6A 5P3RA 1B6JA 5UPJA 1B6KA 5P0SA 3UQWA 5AGZA 2G24A 2QMPA 1RQ9A 4FM8A 3QVIA 1CMSA 3LZYA 3TTPA 3KN0A 4K9HA 2QZLA 5HD0A 4EJLA 3TKWA 2PSUA 5P36A 5IVRA 3QRMA 2WEDA 2RSPA 5P3HA 5P4JA 5OZEA 2OHKA 3OU4B 1FQ6A 5OZQA 3VYDA 2RENA 3UQRA 3BC4A 4DQBA 1IVPA 4RRSA 5DQ5A 5P06A 2JJJA 3SQFA 2NXDA 1KJ4A 4Y45A 3SA9A 1HPSA 5P53A 5PEPA 4HDFA 3MSKA 3L5DA 4Y58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NTR A;  2A4F A;  4TRY A;  5P5T A;  3OGQ A;  4FGX A;  3MSJ A;  1LV1 A;  5P03 A;  5OYQ A;  5P0K A;  3CKP A;  2ZJN A;  2B8L A;  4I0D A;  3QS1 A;  4Y3A A;  2VJ6 A;  4L7G A;  2ASI A;  3PBZ A;  2A1E A;  1D4Y A;  2PWR A;  3KDC A;  2NMZ A;  3VLA A;  2OHN A;  4D8C A;  1LYB A;  3OUD B;  1RL8 A;  2ER0 E;  3FSM A;  5OYT A;  4RCF A;  5P0C A;  5P2Z A;  2R38 A;  4Q5M A;  1MTR A;  2WF2 A;  3TPL A;  5P3J A;  3VYE A;  4RCE A;  1Z1H A;  3IN3 A;  3UQP A;  5OZ8 A;  3BUH A;  4MC1 A;  4DFG A;  4KE1 A;  5P5Z A;  1FG8 C;  1B5F A;  5P1V A;  5P6R A;  1EPN E;  5P0U A;  5P00 A;  3OU1 A;  3NYG A;  4F74 A;  3AID A;  4GJA A;  3SPK A;  4GMI A;  5P5K A;  1ZBG A;  2ZE1 A;  3K5C A;  1NH0 A;  1KJG A;  4FIV A;  1K6T A;  4F75 A;  5HVP A;  3O9C A;  4LXK A;  5DQ4 A;  6FIV A;  1LF3 A;  2BQV A;  4Y5L A;  5KOS A;  5P1R A;  5P6U A;  4EXH A;  5P1L A;  3NDW A;  4QJ2 A;  4GJ6 A;  4ER4 E;  1K6V A;  5AH8 A;  4EQJ A;  2OHM A;  4YA8 A;  3QAA A;  3APR E;  3ZPS A;  3UPJ A;  3LPJ A;  3HAW A;  2JXR A;  1LS5 A;  4Y3T A;  1FMU A;  3GI4 A;  4A6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4APE A;  1RV7 A;  2AZC A;  4DJW A;  4ZSQ A;  3URL A;  4N00 A;  3SM1 A;  3PCW A;  2G1S A;  2FGU A;  3OU3 A;  4RYG A;  5P8P A;  1HSH A;  2VA7 A;  5DR4 A;  4I8W A;  4ER1 E;  1NPV A;  1PPL E;  3FNU A;  3K5D A;  4Y57 A;  5OZJ A;  3S7L A;  1FFF C;  3KM4 A;  1EPM E;  5OZX A;  3PGI A;  1C6Z A;  2PSV A;  1SGZ A;  4J1E A;  5P4L A;  1ODY A;  5P5B A;  3EMY A;  5P34 A;  1GVV A;  5P2Y A;  1F34 A;  2RKG A;  4YBF A;  3VSX A;  3RVI A;  1APV E;  4PEP A;  1YT9 A;  5P8L A;  4HE9 A;  4JOO A;  5KAO A;  5AHC A;  2WKZ A;  1VIJ A;  5P6T A;  4YD6 A;  3LIZ A;  3HAU A;  1PRO A;  2G22 A;  4Y51 A;  1G35 A;  3OTS A;  1B11 A;  1IIQ A;  4Y4W A;  4J0P A;  1C70 A;  1BDL A;  5OZV A;  3OQ7 A;  5KQZ A;  1EBW A;  2I1A A;  2IRZ A;  5OZY A;  2PMA A;  5P5F A;  4FRJ A;  5OZL A;  3O9L A;  4FCO A;  3Q70 A;  2Q3K A;  3UQX A;  1HXB A;  3NXE A;  2OHP A;  4R5N A;  4CPQ A;  2G1O A;  5P61 A;  2VS2 A;  3WSJ A;  4K4Q A;  4OBG A;  5OZI A;  4J1C A;  3DJK A;  2XYE A;  5P29 A;  5P60 A;  1MRX A;  5P7V A;  4LL3 A;  1LEE A;  5P7Z A;  5P0A A;  5P2B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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