5P71A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 298
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p71A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p71A01
4EWOA 3INHA 1IDBA 4TRZA 4ZPEA 5B18A 4FSLA 3LHGA 3Q70A 3OUBA 1NPVA 3HVPA 1FLHA 1TQFA 4YD7A 4YD6A 4CPUA 3SM1A 5HD0A 3OUDA 3OHFA 1EBZA 1QBUA 5OYQA 4GJ7A 1B5FA 5P0ZA 5P8UA 1TZSA 5P17A 4DQFA 1ZP8A 2AZ9A 3PI0A 5P42A 2R5QA 1LYAB 3VLAA 2WJOA 5P0XA 3T7QA 3CICA 4KE0A 2NXMA 5KQFA 5P7KA 4HE9A 3U71A 4LXMA 4Y3ZA 3LIXA 3T6IA 3LIVA 3VG1A 1EC0A 3SLZA 5KR0A 5P4DA 2AZCA 2QNPA 2FDPA 5P3FA 3HBOA 4GJ6A 1EC2A 1B11A 5P87A 1AJXA 3GI4A 3OXWA 2RKFA 3GI5A 4GJAA 4WY1A 5ENKA 4LXKA 3TH9A 5P1NA 4CPQA 5P8CA 3OUDB 1MTBA 5P8LA 5P1WA 4ZE6A 3LZSA 3OUAA 4EJ8A 3CMSA 2G1OA 1EPOE 1HVCA 1Z1HA 3GGXA 5P5CA 2I4DA 3OAGA 5P0NA 2NMYA 4I8WA 3L5DA 4MC2A 5P8TA 5P4VA 3URJA 3UDKA 2NXLA 5P38A 3PLLA 5OZDA 5P0WA 1FF0C 5P1KA 1QS8A 5P7XA 5P03A 5P8IA 4EXHA 2QZLA 4QLHA 3UDNA 2HAHA 4I0IA 4RGHA 3GI6A 3BUGA 3VYFA 5P4PA 2WF2A 5P3QA 4RRSA 2OHTA 4DV9A 1OHRA 4YA8A 5OZEA 4H3IA 5HCTA 4ACUA 3SKFA 4LC7A 3OQDA 2A1EA 1JLDA 4TVHA 3Q3TA 3VV8A 4GJ5A 4Y37A 1IVQA 5P01A 4EJDA 5JG1A 1APWE 5COPA 1OEWA 2OHRA 3G72A 5P0KA 4YD3A 1YM4A 1LYWB 5I3WA 4Y5EA 1RQ9A 5COKA 1NSOA 5P75A 3O9FA 1AM5A 5P40A 3BVAA 5P2ZA 4DJPA 3TNEA 1LZQA 4D8CA 1FG6C 4I0EA 1ZSFA 4I12A 3ER5E 4PEPA 4Y4TA 2PWCA 1T7KA 5P5JA 2OHPA 3OAGB 2G69A 1FQXA 2FIVA 2ZJHA 4A6BA 3U7SA 1RPIA 5P28A 3BXRA 5P0MA 5AH9A 5P1OA 3PWWA 5P33A 3IAWA 2VJ6A 3ST5A 4YOBA 5P4UA 5P84A 4J1CA 5P0PA 3SM2A 5P3GA 5AGZA 3URIA 5P1FA 4BFBA 1SGUA 4OC6A 2R3WA 3OQKA 1SH9A 3S53A 4B1DA 5P31A 3OADA 2ZHVA 1W51A 4Y45A 4J1KA 5P5KA 5P35A 5P79A 4L6BA 2OHMA 2JJIA 2HPFA 1BWBA 1HVHA 2VS2A 1QBSA 5P4OA 3EM4A 4RVXA 3UDHA 3UDYA 5P0IA 5P2MA 4Y5NA 5OZHA 3RTHA 5P4QA 1APTE 3K5DA 4KE1A 5P4GA 3IA9A 1MEUA 4Y54A 1MRWA 3NWXA 5P7TA 4Y3RA 4DJVA 5P6PA 1E80E 4DQBA 3EKPA 3ZPSA 3O9EA 4RVIA 5IVQA 5P1UA 1BDQA 3R0YA 3D3TA 5P7FA 5P7SA 1XE5A 1FQ4A 2PYMA 4DQGA 2QI6A 1ZSRA 5P41A 2BBBA 1MUIA 1YTGA 4K4QA 3Q6YA 1PSAA 4OBFA 1DIFA 1IDAA 1VIKA 3LPIA 3NU6A 1G2KA 5P11A 5HE4A 4GMIA 1FMBA 1SIPA 3SFCA 3UDPA 4OC6B 4U7VA 3IXKA 4D85A 4EQ0A 4DJXA 3B7VA 1BIMA 3OADB 3OU1A 4Y48A 1GKTA 2QMPA 3WZ7A 3LITA 1CZIE 2O40A 5P3HA 3KYRA 5P30A 2IENA 2IEOA 2V13A 1MRXA 2QHYA 5P2CA 3CIBA 1AIDA 3I8WA 3O9AA 1HVRA 3IXOA 5P5IA 1ODXA 5P4ZA 4LP9A 5AHAA 3WSJA 1N49A 4GB2A 4LBTA 4ZIPA 1T7IA 5KOSA 1HXBA 3K5CA 4JPCA 5OYSA 2VNNA 2APRA 5P7NA 1HPOA 4EYRA 1XL5A 5P8VA 1ENTE 2HS1A 5P1GA 3S56A 4XXSA 3OUCA 5APRE 2QI7A 3QIHA 4Y3GA 5P7YA 2J9KA 4FGXA 3K4VC 3VV6A 2H6SA 4FRKA 1K2BA 5AHBA 5P81A 2QP8A 3EBZA 3KMYA 1IZEA 3TPJA 4NJTA 7UPJA 1Z1RA 2G1RA 4XX4A 5P2IA 5P8BA 2BPVA 4CPRA 1ZPKA 4Y3SA 2G20A 2F3FA 2PH6A 3DK1A 1EAGA 5JODA 5P02A 5P0AA 4FAFA 5P5TA 3MXEA 4DUSA 2QU3A 2ZJJA 2Q15A 1GVWA 4J17A 2QMFA 1FB7A 2FGUA 3DJKA 3OK9A 4FIVA 1G35A 5P1DA 1K6PA 2G22A 4HVPA 2G1YA 1C6XA 2G21A 4YBIA 3UDQA 5P3SA 3INEA 4Y5CA 1EC3A 4Y4ZA 2XFIA 2PYNA 2OHUA 1K6TA 5HDVA 5P53A 2O4LA 1ME6A 5DQ2A 3OXXA 1AXAA 4YD4A 3QVIA 3FNUA 1XN2A 3VFBA 5IVSA 3FSMA 4GZFA 4I10A 3KDCA 4J0TA 2HB2A 3AUPA 4YE3A 3MSLA 1MVPA 1J71A 7HVPA 1GVUA 4CKUA 5P2YA 2V11C 2F3EA 5P6RA 1D4YA 2ZJMA 1HVJA 3KFRA 4DJQA 2WF3A 3PVKA 5P0JA 5HDZA 3TTPA 2QD6A 2FDDA 2PSUA 5P8DA 4HDPA 3NUJA 4Y5LA 3TPLA 4D89A 1D4SA 1C70A 5OZ2A 1YX9A 2I4XA 4RCEA 3O9HA 5P6GA 5P1IA 4Y44A 4R91A 5P2BA 2QU2A 1A94A 1META 4OBGA 5T4SA 1TW7A 5DPZA 3IXJA 4J0PA 4Y36A 1HSHA 2XYFA 3EM6A 3BGBA 1B6KA 5P4KA 2HM1A 3O9DA 4Y5BA 3PM4A 1HWRA 1BILA 5P1CA 1W6HA 1EEDP 5P54A 3TPPA 2ZJIA 2P3CA 5P8EA 3O9CA 6APRE 1BVEA 2HB4A 5OZ1A 3UPJA 4FM6A 3PWMA 3HDKA 2QD8A 3GI0A 4BELA 5P1EA 3RSXA 4DQHA 5P7EA 2V10C 4MC1A 1GNNA 5P1HA 5OZYA 3I6OA 4YCTA 4N00A 3VCMA 3TOFA 3UTLA 3QVCA 5OZBA 4U8WA 3L5EA 1K6CA 5P68A 1HEFE 2RSPA 3PCWA 1TSUA 3PGIA 4YHQA 3KMXA 1MT8A 2ZGAA 5P43A 2VJ9A 3OQAA 3Q4BA 5DR1A 2WEDA 4M8XA 5HU0A 4XKXA 5P8JA 4QJAA 1ODYA 2JYSA 5OZ4A 4OBHA 2PMAA 4L1AA 4CPWA 1SDVA 1DPJA 2B7FA 4EP2A 5HDUA 5P83A 4B1EA 3NUOA 1K1UA 3U6AA 1EPNE 5P4WA 3SO9A 4NJVA 1OEXA 1MTRA 4Y3XA 5IVTA 4Y3QA 5P7WA 5ER1E 9HVPA 2Z4OA 5P5OA 5OZSA 1HPVA 2IDWA 4JECA 3I2LA 5P6CA 4RROA 2ZJLA 4COEA 1SDTA 2VA5A 3PMUA 3BUHA 1ZPAA 3OOZA 5P7BA 5P67A 2ASIA 5P3JA 5P1RA 3OOTA 3H5BA 5OZZA 1EBKC 3L38A 2I4QA 5P4HA 1BVGA 5P0QA 2ZHTA 5P23A 3PLDA 4ACXA 4Y4DA 4FAEA 4FRIA 4I0ZA 5KR8A 3ZKQA 3GW5A 3DOXA 4Z22A 1B6LA 2QZXA 3BVBA 1T7JA 1W5XA 2NNPA 1SDUA 2WF1A 2I4WA 3VYEA 2QI3A 3BRAA 3UF3A 3EKQA 4I0FA 5P26A 4CPTA 4Y4AA 5P0SA 3NDWA 3RTNA 4I8ZA 4FRSA 5OZVA 5P14A 3CKPA 1UPJA 5C9DA 3S43A 5P6YA 3UDJA 3OGQA 3SKGA 4YCYA 2O4SA 3NU9A 4OBZA 3LIYA 3BUFA 2QHCA 5AH8A 5P60A 1B5FB 5OZ9A 5P0YA 5OZ6A 1W50A 3OHHA 4Y3EA 1DP5A 4TRYA 4I0DA 3PHVA 3EC0A 1ER8E 2ZJNA 1QBTA 3LZYA 1IZHA 5OZXA 5P7UA 3EKYA 4CPXA 5P1ZA 1EBYA 3SA4A 2EWYA 5P7VA 3UQWA 4Z2ZA 3QRSA 3T7PA 5P5GA 3EL5A 2BJUA 4ZPGA 5P45A 5P8PA 4OBKA 3L59A 2WF0A 5P2HA 1BAIA 5P73A 5P0TA 2PWRA 1QDMA 5P6MA 3O9LA 3VEUA 3VFAA 3S2OA 5P3WA 5P6TA 3BGCA 5P5MA 4FM8A 2AOEA 2QHZA 5HE5A 2FLEA 4FM7A 5E5KA 4DPIA 4Y3LA 4J1EA 5P8HA 5FIVA 2UXZA 4Y3MA 5P59A 5P6OA 3ZPUA 5DQCA 4NJSA 3JVYA 4B1CA 2VNMA 2FMBA 3DV5A 1LF4A 4Y5PA 4B77A 3S43B 2HC0A 2OHKA 5OZLA 1GVXA 3TL9A 1BDLA 1YTHA 2ZDZA 3ZMGA 4Y3DA 1ZBGA 3KT2A 1MERA 5ER2E 3SPKA 1HOSA 2R9BA 5BWYA 2QI1A 4ZEAA 1MSNA 4OBZB 1FFFC 1UH8A 1YG9A 5P58A 4JPEA 3O9IA 3TLHA 3OXVA 3R4BA 1XN3A 1HPXA 3QRMA 1ODWA 5P36A 3L5BA 1LF3A 4Y41A 3LPJA 4LAPA 3HW1A 5COOA 2VA7A 4AA9A 4YOAA 4RYGA 1SMRA 1W5YA 2Q11A 1NPAA 3KFSA 1HIIA 2P4JA 2FNTA 4RCFA 1PROA 3NU5A 4TRWA 5P2FA 5P6EA 5P2VA 5P3KA 5P6FA 1T6GA 5P5DA 3TOGA 5P37A 4S1GA 5P8MA 3TOHA 4QJ8A 5E5JA 2BKTA 4Y57A 3Q5HA 4A6CA 5P04A 5P80A 1BWAA 5P1PA 3VLBA 1MT9A 2HS2A 4I1CA 2B8LA 5OZQA 5KR2A 5P7PA 3WB4A 1F34A 5OZ5A 3FIVA 3ZKXA 5SY2A 5P51A 5OYYA 2OHSA 4AZYA 1EPRE 5P6NA 5P05A 2AVMA 2ER9E 2IGYA 2OHQA 4Y4WA 4CP7A 1K1TA 3IVHA 3ZKNA 1A30A 3B80A 2R38A 1E5OE 2IL2A 1RNEA 5OZMA 3S7MA 3RVIA 2AQUA 5P1QA 1IVPA 2PC0A 3OU3A 1FQ5A 5P3YA 5P4MA 3FX5A 5KQXA 4ZPFA 2WEZA 5P34A 3QN8A 2AOCA 5P76A 3H0BA 3URLA 1UH7A 3TPRA 2FDEA 5P7IA 2Q54A 1C6YA 1KZKA 3OGPA 3NSHA 5P0BA 3IVIA 3OTSA 1T3RA 2QMDA 3RU1A 3O9GA 2XFJA 2Q63A 2QNNA 3INFA 4QJ9A 3UQUA 3S45A 5P6XA 3UQPA 5OYZA 1DAZC 3FNTA 3SA9A 1DW6C 2B60A 2RKGA 3OXCA 3IGBA 3QP0A 1NH0A 3L3AA 2VA6A 4F74A 1CPIA 3S7LA 3D1YA 3PBDA 5P16A 1SP5A 5OZWA 5P3AA 1HBVA 1EC1A 2PK6A 4Y50A 2J9JA 3SA3A 2WECA 2JJJA 3OQ7A 3MSKA 2V0ZC 4CPSA 5AHCA 3OU4A 3WB5A 3KA2A 2QI4A 4R93A 1Z8CA 3CIDA 3EKWA 4JOOA 1PFZA 5P4IA 1KJ7A 5OZ3A 2QK5A 4R95A 4DFGA 4OBDA 2ZJKA 4DQCA 3R1GB 4J1HA 3KT5A 5P6UA 5P8RA 3KDBA 2RENA 2P83A 4H1EA 4R92A 5I70A 4Y3YA 5BS4A 1FFIC 5P24A 1MT7A 5P5UA 4B78A 5P1LA 4XX3A 5P5YA 2F80A 3GGAA 1HTFA 3OU1B 1HVLA 1BBSA 4ZSRA 1AJVA 5ENMA 5P3ZA 2G24A 3KF0A 5P8SA 4FSEA 2BPXA 2IQGA 3DCRA 5P5NA 5P3RA 2CEJA 5AH6A 5P32A 5P29A 5P6ZA 4K9HA 4LL3A 5P71A 3APRE 3OU4B 4HDFA 2XYEA 3UDMA 3HAWA 4Y3JA 3L58A 4NPUA 5J25A 3OY4A 5P2OA 3CYWA 1HTRB 1W6IA 1G6LA 5P65A 5HU1A 1NPWA 1G0VA 1B6JA 3UFNA 1RV7A 2WL0A 5CLMA 5P07A 5OZ0A 5P63A 2B7ZA 5DR7A 4EJKA 1MESA 5P7CA 5P1VA 4Y5AA 5P0RA 5P4AA 3PCZA 3INDA 1W5VA 2AVVA 2UPJA 4CMSA 5P2SA 5P44A 2ZE1A 3RTMA 5OZOA 5DR3A 2F3KA 3HD8A 2ER0E 4EHCA 1FIVA 4EP3A 3TKGA 5HVPA 3GGVA 5P2GA 3UCBA 5P8AA 1FMXA 3EKVA 2QD7A 1IBQA 2OHNA 4YCKA 2R43A 2F8GA 4J0VA 5P56A 5P0OA 4Y5GA 5P3IA 5P49A 2R5PA 4BEKA 1YTIA 2CENA 1PPME 1HIHA 4HZTA 1HTGA 3KDDA 3IN4A 5P5XA 2RMPA 3R2FA 3ZKSA 4I0JA 3EKXA 3UDRA 5P00A 1E82E 5P0GA 1XS7D 2ER7E 2H6TA 3EMYA 5P4FA 1ZJ7A 1BDRA 5P47A 5P1XA 3MSJA 3FV3A 2Q55A 1GNMA 1IZIA 3C9XA 3WZ8A 5P52A 5P06A 3HZCA 1PSOE 5P2DA 4Y56A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EWO A;  3INH A;  1IDB A;  4TRZ A;  4ZPE A;  5B18 A;  4FSL A;  3LHG A;  3Q70 A;  3OUB A;  1NPV A;  3HVP A;  1FLH A;  1TQF A;  4YD7 A;  4YD6 A;  4CPU A;  3SM1 A;  5HD0 A;  3OUD A;  3OHF A;  1EBZ A;  1QBU A;  5OYQ A;  4GJ7 A;  1B5F A;  5P0Z A;  5P8U A;  1TZS A;  5P17 A;  4DQF A;  1ZP8 A;  2AZ9 A;  3PI0 A;  5P42 A;  2R5Q A;  1LYA B;  3VLA A;  2WJO A;  5P0X A;  3T7Q A;  3CIC A;  4KE0 A;  2NXM A;  5KQF A;  5P7K A;  4HE9 A;  3U71 A;  4LXM A;  4Y3Z A;  3LIX A;  3T6I A;  3LIV A;  3VG1 A;  1EC0 A;  3SLZ A;  5KR0 A;  5P4D A;  2AZC A;  2QNP A;  2FDP A;  5P3F A;  3HBO A;  4GJ6 A;  1EC2 A;  1B11 A;  5P87 A;  1AJX A;  3GI4 A;  3OXW A;  2RKF A;  3GI5 A;  4GJA A;  4WY1 A;  5ENK A;  4LXK A;  3TH9 A;  5P1N A;  4CPQ A;  5P8C A;  3OUD B;  1MTB A;  5P8L A;  5P1W A;  4ZE6 A;  3LZS A;  3OUA A;  4EJ8 A;  3CMS A;  2G1O A;  1EPO E;  1HVC A;  1Z1H A;  3GGX A;  5P5C A;  2I4D A;  3OAG A;  5P0N A;  2NMY A;  4I8W A;  3L5D A;  4MC2 A;  5P8T A;  5P4V A;  3URJ A;  3UDK A;  2NXL A;  5P38 A;  3PLL A;  5OZD A;  5P0W A;  1FF0 C;  5P1K A;  1QS8 A;  5P7X A;  5P03 A;  5P8I A;  4EXH A;  2QZL A;  4QLH A;  3UDN A;  2HAH A;  4I0I A;  4RGH A;  3GI6 A;  3BUG A;  3VYF A;  5P4P A;  2WF2 A;  5P3Q A;  4RRS A;  2OHT A;  4DV9 A;  1OHR A;  4YA8 A;  5OZE A;  4H3I A;  5HCT A;  4ACU A;  3SKF A;  4LC7 A;  3OQD A;  2A1E A;  1JLD A;  4TVH A;  3Q3T A;  3VV8 A;  4GJ5 A;  4Y37 A;  1IVQ A;  5P01 A;  4EJD A;  5JG1 A;  1APW E;  5COP A;  1OEW A;  2OHR A;  3G72 A;  5P0K A;  4YD3 A;  1YM4 A;  1LYW B;  5I3W A;  4Y5E A;  1RQ9 A;  5COK A;  1NSO A;  5P75 A;  3O9F A;  1AM5 A;  5P40 A;  3BVA A;  5P2Z A;  4DJP A;  3TNE A;  1LZQ A;  4D8C A;  1FG6 C;  4I0E A;  1ZSF A;  4I12 A;  3ER5 E;  4PEP A;  4Y4T A;  2PWC A;  1T7K A;  5P5J A;  2OHP A;  3OAG B;  2G69 A;  1FQX A;  2FIV A;  2ZJH A;  4A6B A;  3U7S A;  1RPI A;  5P28 A;  3BXR A;  5P0M A;  5AH9 A;  5P1O A;  3PWW A;  5P33 A;  3IAW A;  2VJ6 A;  3ST5 A;  4YOB A;  5P4U A;  5P84 A;  4J1C A;  5P0P A;  3SM2 A;  5P3G A;  5AGZ A;  3URI A;  5P1F A;  4BFB A;  1SGU A;  4OC6 A;  2R3W A;  3OQK A;  1SH9 A;  3S53 A;  4B1D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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