1LZQA

Crystal structure of the complex of mutant hiv-1 protease (a71v, v82t, i84v) with an ethylenamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[ch2ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title An Ethylenamine Inhibitor Binds Tightly to Both Wild Type and Mutant HIV-1 Proteases. Structure and Energy Study
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lzqA00
1CMSA 3KM4A 3NWXA 3SA9A 3OQKA 2AOHA 5UPJA 5P7VA 1FMUA 1ENTE 2QNQA 3QI1A 3JVWA 5P31A 5P0NA 2HIZA 3ER5E 4EQ0A 3INHA 3SA7A 2QCIA 3UDHA 2WL0A 1MT7A 3ZKNA 4Y38A 5P6EA 5P6VA 1HTGA 2CEJA 2QMGA 4Y51A 4DJXA 2RENA 3CICA 1QBUA 2ZGAA 3VV7A 5P88A 4EHCA 2ZJIA 5P2RA 2QU3A 3UPJA 5P2YA 3VYEA 4YD5A 1NSOA 5OZ7A 1GVTA 4J0YA 3INEA 4I11A 1QDMA 3GGUA 1FQXA 1MSMA 5P2NA 3HBOA 1E81E 1E80E 1LEEA 2R9BA 2ZJNA 3R1GB 3UCBA 2G1NA 4Y4ZA 5P30A 3C9XA 4B77A 2P8HA 5P52A 4CPUA 1UH9A 2P3BA 4FRJA 1XN2A 1T7JA 4TVHA 3INDA 3NDXA 5P5GA 5P5QA 3EMYA 5P0EA 5DR7A 1YM4A 5P4NA 3TPJA 5P4JA 1XE6A 2HB3A 2O4PA 3BRAA 5I3XA 3UQPA 5P1VA 3T3CA 2AODA 1HVHA 3HVPA 5P2FA 3PBDA 3WB5A 1BWBA 5P81A 1HPXA 1B6MA 3U7SA 4H1EA 2Q64A 5P1DA 4LP9A 4Y3NA 5COKA 5P5DA 2AZ9A 4X7IA 5P6TA 3TKGA 5P3LA 2ZYEA 2NPHA 3TLHA 1B6LA 3OOTA 5P27A 2QMDA 5P5IA 3DM6A 3SO9A 3ER3E 5P8KA 2J9JB 3PBZA 1NPAA 1AAQA 2VJ6A 5P2TA 5SY2A 3PGIA 5P11A 5OYRA 2OHUA 5P8MA 4QGIA 3ZPSA 5P54A 3KT2A 1PPLE 4DJQA 5P7NA 5P4YA 2I0AA 2ZHVA 2IEOA 3EM3A 5OZIA 5ENMA 5P7ZA 3SFCA 3N3IA 2Q54A 5P2EA 1KJGA 4DQEA 3PCWA 4J1IA 2UXZA 5P0RA 1A8GA 2APRA 1LYBB 1NH0A 2BJUA 5P3VA 1PSNA 1EPOE 4I8WA 3O9LB 3L3AA 4DV9A 3SLZA 3VG1A 4Y6MA 2I4UA 5P8AA 5P8BA 2CEMA 3O9DA 3EL1A 3OQDA 3LZYA 3EL4A 4RLDA 2HC0A 1JLDA 1AXAA 1RPIA 3QP0A 2ER7E 3S56A 2AVOA 2O4NA 5P1UA 3UDJA 5P2IA 3UFNA 2G22A 2QD6A 5E5KA 2Z54A 1BDRA 3EKQA 5P56A 1WBMA 7HVPA 2F81A 4YD7A 2QNNA 1MESA 2PWRA 1HVLA 1LYAA 4Q1WA 1Z1HA 4EWOA 2OHPA 4U7QA 5P7FA 5P5FA 1QBTA 5FIVA 5KQXA 5P66A 3EM6A 1Z1RA 4B1DA 4ZIPA 2G26A 4Y3LA 4RCFA 5P6GA 4Z22A 4CMSA 1ZJ7A 5P02A 3OK9A 3FNUA 5DQ1A 2F3EA 5P23A 3QVIA 3KT5A 4TRZA 1LZQA 1ODYA 3URLA 3ZKIA 5C9FA 1AZ5A 2BKTA 5DR3A 4YCKA 4HLAA 2QD8A 4J5JA 2B7ZA 5P48A 5P3BA 2PH8A 1HTRB 2VA7A 4B70A 3TOGA 2A1EA 3GI6A 3QN8A 3TTPA 5OZNA 5P3AA 4Q1XA 3SPKA 2QI6A 3CYWA 4Y37A 4Y5EA 4A6CA 2PK5A 5P2CA 5P6DA 2FGVA 4BFDA 3K5GA 2I4WA 4RCDA 1PSAA 5P1HA 5P6AA 2Q5KA 3OHFA 2FS4A 3OADA 2JYSA 3OHHA 1BVGA 1KJHA 5P3YA 1MUIA 3G70A 4U8WA 2SAMA 2RKGA 3DCKA 5KQZA 3BC4A 3PMUA 5F00A 5KR8A 1KZKA 1KJFA 5EZXA 4UPJA 3ZPTA 2OHKA 4Y9WA 1CPIA 1T6EX 4GJCA 1EPLE 2JXRA 4NJTA 5P8FA 4AA9A 2O4SA 4J1CA 1B6PA 2QZLA 3I2LA 3O9AA 5P7OA 4RYCA 2PSGA 4Y5AA 3KFRA 1META 5P7LA 3SAAA 3APRE 5P74A 2AVVA 3OQ7A 2ZJMA 2G27A 3IXKA 2QI1A 3VEUA 1FEJC 4Q1NA 3NU3A 5P2KA 1ER8E 5P44A 3WB4A 5OZWA 2WEZA 3LIYA 3TPPA 4XKXA 5P43A 5P4XA 2WHHA 4Y3AA 4YE3A 4RVXA 1DW6C 4Z50A 5P58A 4PPHA 4ZLSA 2ANLA 2OHNA 5P6BA 5P1NA 1SBGA 3HAUA 3R2FA 5OZJA 5BS4A 3KN0A 2OHTA 5P60A 3RTNA 1OEXA 4WY6A 5P0GA 4EJLA 4E43A 3ZLQA 3NXEA 1TQFA 5P01A 5P6HA 1T7KA 3LPKA 3UDKA 5P00A 3VYDA 4CPTA 1EAGA 1C6ZA 4YD3A 1J71A 1VIJA 5AH8A 3SM2A 4QLHA 3MSKA 2WF3A 1E82E 3KDCA 4L1AB 2UY0A 4LAPA 1T7IA 3JVYA 3NDTA 5SZ9A 4YBIA 1C6YA 1EBZA 4RCEA 3Q70A 5P2MA 1EPPE 4J0TA 1LYAB 2V12C 4B00A 3R0YA 2ZHUA 5P2VA 5B18A 5OZXA 1SH9A 5P33A 5P8RA 1PROA 5P5CA 5P7WA 5P76A 5P3NA 5P4ZA 3BVAA 4MC2A 3OUAA 4Y54A 3VLBA 2AQUA 2ZHSA 3A2OA 4LXAA 5P63A 5APRE 2VJ9A 4OBGA 5P5EA 5P1QA 2R5QA 5P5AA 4FRSA 5P7PA 4AA8A 5P8IA 5CLMA 4EJDA 1YG9A 2QD7A 2V13A 1A8KA 4YCYA 3ECGA 4CPRA 1SDTA 2R3TA 5OZVA 4NJVA 5P7KA 3PVKA 3KFSA 2HAHA 1HXWA 5P5LA 9HVPA 4COEA 2QI5A 5P6RA 5P0WA 4AZYA 5P4HA 3LZSA 2AOJA 4ZSRA 1FQ4A 5P77A 4K4PA 3UQUA 3IVIA 4H3GA 4R92A 1GVXA 4D83A 3LPJA 5P03A 5I3VA 5P73A 1ZBGA 3GGXA 5P5NA 4APRE 5P5TA 3S54A 2QZXA 4DI2A 3VSXA 3O9GA 3PHVA 3MXDA 4RRNA 5P0PA 4KE1A 4BFBA 3UDQA 2UPJA 2ZE1A 1IVPA 4GB2A 2FDDA 5P1ZA 5P5ZA 1BVEA 5BWYA 3O9BA 3EXOA 5DQ2A 1BDQA 2AOEA 1FGCC 4EXHA 3GGAA 1TCXA 5AH9A 3VF5A 4EJ8A 1C70A 5OZTA 3HLOA 3S43A 5P1YA 2HS2A 3PMYA 4L7JA 3T7PA 5P82A 2Q15A 5P1JA 1HWRA 4F75A 1HTEA 1SP5A 5P83A 3WZ7A 2BBBA 5P7DA 3UDRA 2WKZA 2WEAA 5P4KA 5P7XA 4RVJA 1HEFE 3L5CA 5P87A 2HPFA 3K5FA 1E5OE 3LZUA 4Y4AA 5P0DA 5P2JA 3OXCA 1IZDA 1XN3A 4Y4WA 4JOOA 4DJVA 1XS7D 4QJ9A 5P85A 4B05A 4Y3SA 5P64A 2QAKA 4XXSA 4I0ZA 3INFA 2Q55A 4B1CA 4FE6A 3HW1A 3G72A 4R95A 5P8NA 4DQFA 2WF0A 3PCZA 4GJBA 5P4LA 3S2OA 5HDUA 1QBSA 2G21A 3UDYA 5P5JA 3EKYA 1A30A 3MXEA 5P36A 2H6SA 5KR0A 3NU4A 5P3FA 1K6TA 3EL5A 5P4RA 4BEKA 1XL5A 5IE1A 4Y58A 5P68A 2I0DA 4GJ8A 3VFBA 4YD4A 5P6XA 1HVCA 4J17A 5P8VA 1BBSA 5P5VA 5P7AA 1GNOA 5IVTA 5OZFA 5P3XA 3PM4A 1HOSA 4YBFA 3ZKGA 2JE4A 4DJUA 4ZSMA 1YT9A 2QMPA 1HPVA 3BUFA 2IS0A 1W5VA 5PEPA 2ZJJA 1W50A 4DQCA 1IVQA 3N4LA 3EC0A 5P4EA 5IVSA 5HU0A 5HVPA 5P4BA 5BRYA 5P1FA 2AZBA 5OYTA 1EBYA 3OUBA 4GYEA 5P6KA 5P72A 3MWSA 3PWMA 3FNTA 5ER2E 3O99A 5OZHA 1HPSA 4TVGA 1XL2A 4NPUA 3TH9A 4OBKA 5P67A 3SQFA 5P24A 4Y4TA 5P3TA 4J1FA 5C9DA 3SACA 2G69A 1YTHA 2XYFA 4Y36A 5P06A 4MC1A 4HDFA 4GJAA 2FMBA 4NPTA 5P47A 1TW7A 2BB9A 4TRWA 5P6NA 1GVVA 5HTZA 5P4FA 5TOLA 5P75A 1AJVA 1OD1A 5HCOA 1GNNA 3EKWA 1HIIA 1B11A 5P53A 2VKMA 1HVKA 3OAGA 4J0ZA 2IL2A 3AIDA 4YD6A 5P7HA 3VCMA 3ZMGA 2JJIA 4WTUA 3O9FA 3APPA 2G20A 1MTRA 2NXMA 2FDEA 1LF3A 4Y3YA 4Y48A 5P69A 1BILA 1XDHA 3IXJA 4K4RA 3LIXA 1HVIA 2AVSA 1PFZA 2QI0A 5HDZA 3TPRA 1IIQA 3RSXA 5P3QA 2Q11A 3FX5A 5P65A 4L6BA 3GI4A 2QP8A 4YA8A 4FM7A 4CKUA 3RU1A 3VLAA 2V10C 3U6AA 2XFKA 2PMAA 3ZKMA 4Y3EA 5HE7A 3ZPUA 2IENA 1M0BA 1D4YA 1UH7A 4OD9A 5OZEA 1ZLFA 5COOA 1APWE 1NPWA 1FFIC 1APTE 1UH8A 1FKNA 2AIDA 1A9MA 5P57A 5KAOA 2AZCA 5P34A 4ER1E 3QBFA 5P4MA 1SMRA 3OXXA 4JP9A 4Y4JA 1D4HA 4NKKA 3FSMA 5P8QA 2OHQA 3OTYA 4FRKA 2XFJA 1HBVA 3OU4A 5P08A 3LIZA 1HVSA 5P3JA 4YOAA 2J9KA 1MT9A 4Y39A 4Q5MA 5ENKA 5P8GA 4I0DA 5P3SA 3JW2A 4I12A 2FGUA 2NTRA 3QBHA 1HSHA 3GW5A 5P3RA 5P62A 3L59A 5P20A 4PHVA 4HA5A 4GJDA 3IXOA 1UPJA 3TL9A 2VIJA 5IVRA 5P71A 1LV1A 4HEGA 5P2AA 3PLLA 5P0FA 1W5WA 1B6JA 5P5MA 3B80A 1SMEA 1W6HA 2IKOA 4Y4UA 3TPLA 3OTSA 5DR1A 5I3WA 3KDBA 4RROA 4K4QA 1BXQA 3D1YA 4L7HA 1PPME 3D91A 2P3BB 8HVPA 5OZQA 1IZHA 5P7QA 3OU1A 1KJ7A 1K6PA 1ODWA 2G1SA 2ZDZA 3QRVA 3NUOA 3KMXA 3NSHA 4FCOA 5P78A 3WZ6A 1G0VA 4D8CA 4RZ1A 4Y5GA 1BV7A 3DUYA 5P6JA 5OZAA 5P28A 4XX3A 5P37A 4ER2E 5P3ZA 3OGQA 1D4IA 3IAWA 3IN4A 3LHGA 1EC3A 5HDXA 1W6IA 3I8WA 1YTGA 5P6ZA 1XE5A 5P6YA 2BQVA 5P8OA 3NDWA 3Q3TA 1HSGA 4LC7A 5P4UA 4DPIA 2I4XA 2PH6A 4GIDA 5AHBA 5AHCA 5P1EA 5P7RA 5ISKA 5P7MA 2QI4A 5OZUA 5P61A 1MVPA 2OHMA 5ISJA 1TCWA 4IVSA 3VF7A 5P1PA 4B78A 4J55A 3KMYA 4FGXA 4H3JA 4R91A 4H3FA 3BHEA 1OHRA 4Y53A 5P16A 1G6LA 4Y5CA 2QZWA 5P1TA 1YTIA 2QI3A 3QS1A 2QHYA 2V00A 2R38A 5P5KA 4I1CA 3QAAA 4FAEA 2G1YA 1D4LA 5P2HA 5P4WA 1IZIA 5P50A 1PPKE 3EKXA 4PZXA 5P46A 4B1EA 4Y3ZA 1HXBA 5P12A 3D3TA 2WECA 5P45A 5P84A 4JPCA 5P3GA 5P39A 1EBKC 5P0BA 2P3AA 5P8CA 2HPEA 3OWNA 3F9QA 3TOHA 3DV5A 2G94A 5P6QA 1D4JA 1EPME 3CKTA 4B0QA 4OD9B 2PSVA 3EL0A 3PWWA 1Q9PA 2WF1A 1FIVA 2V16C 1WBKA 1K1UA 4Y50A 1SDVA 2R5PA 5P7CA 4EYRA 1ZP8A 4RGHA 4Y3HA 1EPRE 1FMBA 2ER9E 5P8LA 1PSOE 4OBJA 2XYEA 4EP3A 3H5BA 2OHSA 3VFAA 4FM8A 4Y5BA 5P6CA 4Z4XA 2B60A 1Z8CA 4FS4A 5IS4A 1GVWA 3SA5A 1MTBA 1TZSA 2WEBA 5P2DA 2B8VA 2BPXA 4DJPA 1HVRA 3T7QA 1D4SA 1GNMA 1FG6C 5P0IA 3D1ZA 4GJ6A 5P6PA 3OOZA 4DJYA 3VUCA 3HAWA 5P3PA 5P0ZA 3PSGA 2R3WA 5P1BA 5DGWA 4FRIA 3BUGA 1B6KA 4J1KA 5P2SA 5P1IA 2IGXA 4JECA 2AVMA 4Y47A 3UHLA 4NJSA 2IQGA 3NDUA 3UQWA 4ZSPA 3OU1B 3OADB 3MSJA 2V0ZC 5CONA 5P8HA 3HVGA 3M9FA 2NNKA 5OZ3A 5P13A 3S7LA 3PB5A 3PI5A 4Z2ZA 5P40A 1MIQA 3BVBA 2F80A 1YTJA 5COPA 5T4SA 3BGBA 5OZKA 3R4BA 5F01A 1BXOA 3OU3A 5P1XA 2AVQA 4R5NA 1DP5A 2EWYA 2QK5A 3ST5A 4JPEA 5KQFA 5P70A 2IKUA 2J9JA 1MEUA 4Y57A 1GKTA 3URIA 5KR2A 5P0MA 4XX4A 4EJKA 1EC0A 5P3UA 4DPFA 5HD0A 1FB7A 4Y5NA 3PJ6A 3VYFA 6APRE 5P4IA 2RSPA 5P0SA 1BAIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CMS A;  3KM4 A;  3NWX A;  3SA9 A;  3OQK A;  2AOH A;  5UPJ A;  5P7V A;  1FMU A;  1ENT E;  2QNQ A;  3QI1 A;  3JVW A;  5P31 A;  5P0N A;  2HIZ A;  3ER5 E;  4EQ0 A;  3INH A;  3SA7 A;  2QCI A;  3UDH A;  2WL0 A;  1MT7 A;  3ZKN A;  4Y38 A;  5P6E A;  5P6V A;  1HTG A;  2CEJ A;  2QMG A;  4Y51 A;  4DJX A;  2REN A;  3CIC A;  1QBU A;  2ZGA A;  3VV7 A;  5P88 A;  4EHC A;  2ZJI A;  5P2R A;  2QU3 A;  3UPJ A;  5P2Y A;  3VYE A;  4YD5 A;  1NSO A;  5OZ7 A;  1GVT A;  4J0Y A;  3INE A;  4I11 A;  1QDM A;  3GGU A;  1FQX A;  1MSM A;  5P2N A;  3HBO A;  1E81 E;  1E80 E;  1LEE A;  2R9B A;  2ZJN A;  3R1G B;  3UCB A;  2G1N A;  4Y4Z A;  5P30 A;  3C9X A;  4B77 A;  2P8H A;  5P52 A;  4CPU A;  1UH9 A;  2P3B A;  4FRJ A;  1XN2 A;  1T7J A;  4TVH A;  3IND A;  3NDX A;  5P5G A;  5P5Q A;  3EMY A;  5P0E A;  5DR7 A;  1YM4 A;  5P4N A;  3TPJ A;  5P4J A;  1XE6 A;  2HB3 A;  2O4P A;  3BRA A;  5I3X A;  3UQP A;  5P1V A;  3T3C A;  2AOD A;  1HVH A;  3HVP A;  5P2F A;  3PBD A;  3WB5 A;  1BWB A;  5P81 A;  1HPX A;  1B6M A;  3U7S A;  4H1E A;  2Q64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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