1MTBA

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Viability of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variant: structural insights for better antiviral therapy
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mtbA00
1B6PA 5DR7A 4FM6A 5P69A 4K4QA 4FS4A 4Y3LA 2QHCA 2J9JB 4OD9B 4B1CA 4DJUA 4BEKA 4Y4UA 3MSKA 5P2TA 1ME6A 3QVIA 4Y41A 5P2GA 1HPVA 1D4KA 1LYWA 4I0ZA 2WKZA 5I70A 1K6CA 3KT2A 2OHQA 1HVHA 3HBOA 4EXHA 1E80E 3LITA 5P36A 2QK5A 2XFKA 3VLBA 1EPRE 3OOZA 2OF0A 4RGHA 3IA9A 4I0EA 3EKVA 4X2LA 5P64A 1FFFC 3UQRA 1MRXA 2P3AA 3AIDA 4Y4WA 1IDBA 5P44A 5OZQA 5P0TA 1ZSFA 1LZQA 2PWCA 2ZGAA 5BWYA 5DGWA 5P1PA 1HXWA 1FQ8A 1K6PA 4I8ZA 1HPXA 5OZ3A 3TPRA 3LZYA 2VIZA 2QMPA 1HPSA 2B8LA 4Y9WA 1W5WA 3VF5A 3S45A 1A30A 1GNNA 5OZBA 5P40A 5P0KA 2NXLA 4FLGA 1T7IA 3ZKXA 4JECA 3ZPSA 5AH9A 2MIPA 9HVPA 3PSGA 1ZBGA 4NKKA 3HAUA 5P0VA 3OUCA 2HPFA 5P61A 3RSVA 5P46A 1XL5A 5P2HA 5P08A 4QJ8A 3D3TA 3NXEA 3VLAA 5P3GA 2H6SA 1EPME 4ER2E 5IS4A 5P1AA 5HE7A 5P57A 5P6XA 2O4SA 5JFUA 1B6JA 4KUPA 5OZ4A 4DJRA 2P3CA 2J9JA 4OD9A 1CPIA 1PSOE 3UCBA 4LAPA 1TZSA 5P00A 4LP9A 4J0YA 3WZ8A 4Y3QA 5P03A 3NDTA 3VV8A 3NU3A 4TVHA 5COPA 1KJFA 1HTEA 3KN0A 4OBDA 1LS5A 1EEDP 5P2NA 5P80A 5P8FA 4PEPA 4DVFA 3JVYA 1MRWA 4WY6A 4U7VA 5P16A 3CKPA 1LV1A 4I0IA 1U8GA 3K1WA 2VIJA 3EM4A 6APRE 4LBTA 3O9DA 3SFCA 5OZJA 2FDEA 3IAWA 5P8IA 5P25A 5P4OA 1MEUA 2A1EA 2VKMA 1BVGA 5HVPA 5AGZA 3FKTA 4CPUA 2Z4OA 4QGIA 3RTNA 2Q5KA 4DJXA 3OU4B 1BDQA 1D4IA 5P3WA 3OQFA 4AUCA 2NTRA 5P0HA 4CPQA 3O9GA 3O9HA 3ZKIA 3KA2A 5HE5A 3WZ7A 5P7BA 3RU1A 5P7ZA 2IRZA 4I10A 3LINA 5P33A 3QAAA 3KDDA 1ER8E 1XE5A 4RCFA 2WJOA 5P5HA 5AH7A 5P8KA 5OYYA 3H5BA 3MSLA 5HE4A 2F3EA 1T7JA 4ZSPA 3NU9A 2AVSA 2QI5A 3KF0A 5P3TA 5ENKA 5P6NA 1RV7A 5DQ1A 1UH7A 5OZUA 3EL1A 3TTPA 3OTSA 2FS4A 5P5EA 2QP8A 3QP0A 1MSMA 5P5KA 3SA9A 2WEDA 4NJUA 1UPJA 1PFZA 1SMRA 5P1FA 5P4FA 3I6OA 4DJYA 1YT9A 3D1XA 1D4HA 1FMBA 3INDA 5P5WA 4J1FA 2R38A 1AAQA 2AZ8A 4B78A 1E82E 2PSGA 4RVXA 4GJDA 3Q5HA 2FXDA 3QRVA 1XDHA 1AJVA 1YTGA 4KB9A 5P6CA 4ZIPA 4HDBA 5P2JA 3T3CA 4Y43A 1MT9A 5OYXA 1B11A 3NUOA 1Z1RA 5P3MA 3FIVA 2HS2A 1ODYA 2PYMA 1ZTZA 1EC2A 3TLHA 1MUIA 4L7GA 2V10C 3WB4A 1BVEA 1BILA 2JJIA 2XYEA 5P2MA 5P66A 1HHPA 4EP2A 4CMSA 5ISJA 4AA9A 2G1SA 5CONA 4Z2ZA 3EL0A 2R3TA 3I25A 1G6LA 3KFRA 5P3BA 3OU4A 4GJ8A 2QMDA 1GVWA 2I4WA 1W5YA 3F9QA 3S56A 3HZCA 4OBHA 1GVUA 2H6TA 4YDFA 5ENMA 1FMXA 5OYWA 3OWNA 2WL0A 3GI6A 1HOSA 3L5CA 4D88A 3QRMA 5P34A 3NWQA 4XKXA 4PZXA 4FRKA 2AODA 2G1RA 3OY4A 3JVWA 3KT5A 5P15A 3SA4A 3SA3A 3VYFA 3L59A 4J1CA 4YBIA 5COKA 5OZXA 4Y36A 4A6BA 5DQ2A 2I4UA 3OHHA 5P5VA 1QBTA 5P5RA 4R91A 5DGUA 1KJ7A 3O9CA 4GJ5A 1EPPE 5T4SA 5P88A 3NUJA 1QBSA 2BBBA 5P2RA 3AUPA 4R93A 4RROA 4CPTA 5KR8A 3QBFA 4MC2A 5P63A 4YD3A 1YTJA 4ZPGA 4Y3EA 2QI6A 4ZPEA 1HPOA 1ODXA 1QDMA 2ZE1A 1LYAB 5P8OA 4NJTA 4KE1A 1C6XA 1MT7A 4TRYA 3SKFA 3CYXA 5P0AA 4DQBA 4XX3A 3VYEA 3RTMA 2F8GA 3UQPA 2AVOA 5P6KA 3OUBA 4GZFA 1OEWA 5P4SA 4B77A 1A94A 4Y3ZA 3OGQA 4Y5KA 5AHBA 4DFGA 4RCEA 4DJPA 5P1NA 5P7UA 4DQCA 5P8TA 1VIJA 5HDVA 2IGYA 5JODA 5P62A 4LC7A 2ZHRA 5P52A 1M43A 2P4JA 5P5AA 4Q5MA 1HVLA 2V0ZC 3SM1A 4KE0A 1HVSA 3OU1B 1FQ4A 5P6UA 2QZLA 5P1BA 5IE1A 2FNSA 5P1HA 3L5FA 2QZKA 3OK9A 1YTIA 3GI0A 4H3FA 3KM4A 4I1CA 3KMYA 4GJBA 5P0DA 2CENA 1TCXA 5P30A 5P6YA 4F76A 5AH8A 5P01A 5P05A 4RCDA 4I11A 3UPJA 3ER5E 5P2ZA 5OYQA 4DPIA 1IDAA 2F3KA 3LIVA 5P0JA 2NR6A 3T7XA 5P2EA 5P50A 5P1UA 2FLEA 1OEXA 5P3PA 1RQ9A 5OYSA 1B6LA 5P8JA 3DOXA 5KQFA 5P6ZA 3APRE 2UPJA 5P54A 5P1XA 3BVAA 5P7TA 3S7MA 4B05A 1HXBA 3ZKGA 3APPA 5P8NA 5DQ4A 3CKRA 3ZPUA 3VSXA 1LYAA 3HVGA 4J55A 4U7QA 4EHCA 4FIVA 5P4XA 4EPJA 4AA8A 2AOJA 4EXGA 3LZSA 5KQYA 1C6YA 2QD7A 5P3EA 3I8WA 4Y54A 3NWXA 3TPPA 1HIVA 3QROA 1BDLA 5ISKA 4OBKA 2WEZA 3SABA 2IEOA 1DAZC 5P4JA 4CP7A 1EPNE 4Y5GA 4YDGA 3O9IA 3BXRA 1TW7A 1IVQA 4YA8A 3SKGA 2F80A 3UF3A 4CPXA 5P1KA 5P18A 4QLHA 1ZPAA 3SA6A 3GI5A 2WF2A 2R5QA 1ZLFA 3OGPA 4JOOA 1IZDA 3UDPA 5P0LA 4HE9A 3UDYA 5AH6A 1Z1HA 1SH9A 2PH8A 5P4BA 3IN4A 1XE6A 3FNTA 5SY3A 5TOLA 4Y3AA 2FMBA 2Q11A 4D8CA 2FGUA 5P6PA 5P6OA 3K4VC 2VS2A 3PSUA 2I4VA 5P0UA 2O4NA 2BPVA 4Y53A 5P0EA 5AHAA 2Q15A 4OC6B 4ACUA 2AOHA 1W6IA 3UDNA 3BRAA 1BXOA 1LF4A 3PHVA 2IKOA 5P76A 4DQEA 3TOHA 1AJXA 3I2LA 1J71A 4YBFA 3URJA 1WBMA 2HPEA 3KFSA 3SO9A 1MERA 1HBVA 3ZKNA 5P7SA 1HWRA 4JP9A 2OHRA 2ZHTA 3HDKA 2JYSA 5CLMA 4EQ0A 2G27A 3PEPA 1PPKE 5P5IA 5KR1A 5P22A 5HCOA 1SP5A 5HDXA 3SA8A 5OZNA 1ZJ7A 3S54A 5P4AA 3PM4A 4GJCA 3D20A 5P26A 5P1LA 5P5LA 4CKUA 1MESA 4Y5AA 5P83A 5P8RA 1PSAA 4CPWA 4PHVA 2PYNA 2BB9A 5P27A 1HSIA 4BFBA 4Y38A 2IS0A 4Y3XA 3FV3A 3NDXA 4WY1A 5KQXA 1IIQA 4Y4BA 5P8SA 5P7AA 4J0VA 5OZLA 5P5SA 4J1EA 4Y4ZA 5C9BA 1BV7A 1W50A 4GJ6A 2Q55A 4B1DA 2WF0A 3EKYA 3PBDA 4H3GA 3T6IA 5P3ZA 5KR2A 1QBUA 4RYCA 3PBZA 4Y48A 4Z22A 1PPLE 3OAGB 5P5QA 3K5GA 4DJOA 5OZVA 1HVCA 5DR1A 4Y4XA 3LNKA 1EBYA 4PZWA 5P7KA 2P3DA 1EPLE 4M8XA 4OC6A 2WF4A 1IBQA 4OBJA 3R0WA 5DPZA 3ER3E 2OHMA 1AZ5A 3U71A 2RMPA 5P0ZA 4J0ZA 4OBGA 4ZSMA 4OBZB 3PMYA 5IVTA 1FLHA 2OHLA 2Q64A 1EC1A 4ZEAA 4Q1YA 4ZPFA 4ZLSA 5P67A 1E81E 1UH8A 3MXDA 5P5JA 1SGUA 4Y5BA 4L7HA 4Y4DA 1HVJA 2WHHA 4R8YA 2V16C 1MT8A 3IGBA 4EQJA 3HW1A 2PH6A 3T7QA 1K2CA 1NPWA 2QNPA 5P02A 2VNMA 2B8VA 5P70A 3LIZA 3OHFA 5OZIA 5P7GA 3OUAA 3GW5A 4R92A 5P87A 3K5DA 1MIQA 2NXDA 4I8WA 1HTGA 1META 5OZRA 4BFDA 2IQGA 3VF7A 1ENTE 1HEFE 5P2UA 4Y45A 3OXWA 4EJ8A 3VCMA 2QNQA 5P3YA 4H3JA 4J1HA 3A2OA 5P41A 1APWE 4EYRA 3PCZA 4DJQA 4WTUA 4XX4A 5P6SA 3LZUA 5P51A 5P7LA 3OAGA 3MSJA 3FSMA 1W5VA 3TPJA 5IVQA 1PPME 4RLDA 1JLDA 5P6FA 1LF3A 5P06A 5P45A 4Y3SA 5P6LA 5DR8A 1QRPE 4Y39A 5KOQA 3QVCA 5P3CA 4Y51A 5P7MA 3Q3TA 1HTFA 5P2CA 2JJJA 1NPVA 4EJKA 3NDUA 4Y44A 3R0YA 7HVPA 3HD8A 3CMSA 1EBWA 4ER4E 5P4VA 3S7LA 3NXNA 3TH9A 4FM8A 5P6GA 4YCTA 1B6MA 3I7EA 4OBZA 5P3KA 2BKTA 2HB2A 5P5FA 5P71A 5P4EA 3SACA 4L6BA 4K4PA 4LXAA 2IKUA 5P31A 1HVKA 4IVSA 2ZJMA 3R1GB 5P4PA 5P2VA 1SDTA 5J25A 5OZAA 3UDJA 3IVHA 3INEA 5KR0A 4Z4XA 3ZL7A 1MTBA 4GYEA 3UQXA 4FSEA 3IXKA 2VJ6A 1EPOE 3L5BA 5P7IA 1FQ7A 1FMUA 5P0YA 3INHA 4BELA 1TSUA 3T7PA 4DH6A 5P84A 2PSUA 3BXSA 5P4TA 5P1YA 5P4CA 2AIDA 5P0GA 4Y3FA 2ER0E 2ZYEA 3SM2A 2G94A 4ZSQA 1A9MA 5F01A 5P6MA 5P6HA 4NPTA 5C9FA 3CIDA 2I1AA 1YX9A 1ZPKA 2QCIA 1QBRA 3QIHA 3RTHA 3PMUA 3EKQA 5KOSA 4FSLA 4RVJA 4Y4AA 1BXQA 4Y47A 4GJ9A 4RRSA 2WF1A 2FIVA 4F74A 1BWBA 4Y4JA 2WEBA 3S43B 5P17A 3VV7A 5IVSA 1AM5A 2B7ZA 4JPEA 1EPQE 1YM2A 3BC4A 4Y4EA 3TOFA 3O9LB 3TNEA 3OXXA 4DQHA 5P14A 2I4DA 3UDRA 2RKFA 5P5XA 5P8PA 3PRSA 5SY2A 3OQ7A 1C6ZA 1APTE 2I0AA 5DR4A 5P58A 5KAOA 3K4VA 5P39A 1W5XA 5JFPA 2O4PA 5P74A 1IZIA 2AOIA 5P1ZA 3NR6A 3EC0A 3O9BA 5ER1E 5P1MA 3VF3A 4Y5MA 5P5PA 3TPLA 5OZPA 5P1RA 1T6GA 1BV9A 4Y5EA 4Y3PA 1FQ6A 4J0PA 2OAHA 2RKGA 2VA6A 5OZDA 4ZSRA 2AZBA 5P3DA 5SXNA 4YOAA 3PVKA 5P68A 1WKRA 4H1EA 2VA5A 3IXOA 1GVTA 5OZ2A 4E43A 2G1OA 1K2BA 2AVMA 3L3AA 1K6VA 3URIA 5P0OA 5UPJA 5OZYA 5OZMA 3UHLA 2G20A 2QZXA 3ZMGA 5P8HA 4QJ9A 5P07A 1HVRA 3GGUA 5P7PA 4S1GA 4X7IA 4L7JA 3EKXA 1G0VA 2PC0A 3EM6A 4FCOA 3S85A 2WF3A 5E5JA 5P73A 3NYGA 4QJ2A 3S43A 3OQKA 2JXRA 3QPJA 3VSWA 2RENA 5OYUA 3R2FA 5P7DA 4F75A 5P4NA 5P2BA 3PCWA 3O9LA 4PYVA 4Y3HA 3PSYA 1XL2A 5P29A 2ZHVA 5P0IA 5P7JA 4APRE 4HZTA 3K5FA 2HB4A 3IVIA 4IVTA 2AVQA 3HAWA 5P0XA 5P3IA 5P7WA 3LHGA 2UY0A 2APRA 1HSGA 1ZAPA 5I3YA 4DI2A 3VEUA 5P11A 5P1OA 3JW2A 5OZKA 2F3FA 2OHUA 3OXVA 2VIYA 4TRZA 4I0JA 5P0QA 3NLSA 4COEA 5P8BA 4YE3A 5P12A 1A8GA 1CMSA 5P1QA 6FIVA 4Y5CA 1SBGA 4Y3DA 3KDBA 2FDPA 5P0WA 5P2KA 1B5FB 3LIYA 5P79A 3BUFA 2XFIA 2OHPA 1HTRB 3LPIA 2AOGA 1IVPA 2HC0A 5P7OA 5P7XA 2V13A 4HVPA 3SPKA 2QMGA 5P38A 5HDZA 5P6WA 2CEJA 4RRNA 5P1DA 3KDCA 3PB5A 2QI4A 4Y5LA 5P2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6P A;  5DR7 A;  4FM6 A;  5P69 A;  4K4Q A;  4FS4 A;  4Y3L A;  2QHC A;  2J9J B;  4OD9 B;  4B1C A;  4DJU A;  4BEK A;  4Y4U A;  3MSK A;  5P2T A;  1ME6 A;  3QVI A;  4Y41 A;  5P2G A;  1HPV A;  1D4K A;  1LYW A;  4I0Z A;  2WKZ A;  5I70 A;  1K6C A;  3KT2 A;  2OHQ A;  1HVH A;  3HBO A;  4EXH A;  1E80 E;  3LIT A;  5P36 A;  2QK5 A;  2XFK A;  3VLB A;  1EPR E;  3OOZ A;  2OF0 A;  4RGH A;  3IA9 A;  4I0E A;  3EKV A;  4X2L A;  5P64 A;  1FFF C;  3UQR A;  1MRX A;  2P3A A;  3AID A;  4Y4W A;  1IDB A;  5P44 A;  5OZQ A;  5P0T A;  1ZSF A;  1LZQ A;  2PWC A;  2ZGA A;  5BWY A;  5DGW A;  5P1P A;  1HXW A;  1FQ8 A;  1K6P A;  4I8Z A;  1HPX A;  5OZ3 A;  3TPR A;  3LZY A;  2VIZ A;  2QMP A;  1HPS A;  2B8L A;  4Y9W A;  1W5W A;  3VF5 A;  3S45 A;  1A30 A;  1GNN A;  5OZB A;  5P40 A;  5P0K A;  2NXL A;  4FLG A;  1T7I A;  3ZKX A;  4JEC A;  3ZPS A;  5AH9 A;  2MIP A;  9HVP A;  3PSG A;  1ZBG A;  4NKK A;  3HAU A;  5P0V A;  3OUC A;  2HPF A;  5P61 A;  3RSV A;  5P46 A;  1XL5 A;  5P2H A;  5P08 A;  4QJ8 A;  3D3T A;  3NXE A;  3VLA A;  5P3G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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