2OHTA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 7
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to the discovery of aminopyridines as inhibitors of beta-secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohtA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohtA02
3VF3A 5C9FA 1AJXA 1F7AA 1YX9A 3OU4A 1BDQA 4GMIA 5P3DA 5P2FA 2ZHUA 4GB2A 1NH0A 4I1CA 1META 5P28A 1DIFA 5P4DA 1WBMA 5PEPA 4A6BA 1J71A 5P60A 3LIVA 2J9KA 3UFLA 4EPJA 5P1GA 5P1ZA 5P6KA 5P7YA 3GI4A 1G0VA 5P8AA 5P34A 5P4QA 4ZPGA 3CKPA 3ZPUA 5OZ6A 5P1FA 2RKGA 5P0NA 4DH6A 4Y37A 3OHFA 4KE0A 3ZMGA 2FXEA 4A4QA 5P4JA 4LXMA 2XFKA 5P8EA 5P48A 1ODWA 3IN4A 4Y51A 5P3KA 1BV9A 1IBQA 5COOA 2QNQA 3SQFA 5P29A 3WB5A 3L59A 1OD1A 3CKRA 5P2OA 3LZSA 5HVPA 3URIA 1HVJA 4GJCA 4H3GA 1DPJA 1ZSRA 3ZKGA 1MT9A 5P7SA 5TOLA 1G6LA 4YCTA 2V00A 3R0YA 9HVPA 1DP5A 1E5OE 3LIYA 2OHKA 5T4SA 4Y43A 3BXRA 4B77A 3NXNA 5P8GA 1EC3A 3WZ8A 4RGHA 4YD4A 4EJLA 5P76A 3QRSA 4FM6A 3NWXA 5P6QA 5I70A 1ZPAA 3L5BA 4XX4A 4J1EA 1SGZA 5P3OA 5AHBA 5P8IA 5P12A 2B7ZA 4CPUA 2ZJMA 3OGQA 4YDGA 3OU3A 1MESA 4TRZA 1PFZA 3WZ6A 1BDLA 3OXCA 5P0RA 5OZ0A 5P0WA 5P4KA 5ISKA 5P4HA 5AH8A 3CKTA 5P44A 4PEPA 5P8TA 3TPRA 5BRYA 4L1AA 3SA4A 3D3TA 5HE7A 3PWWA 5P7JA 1IZDA 1BV7A 3UDHA 2QNNA 2HC0A 5P0BA 3UHLA 4CKUA 1ZJ7A 5P22A 5P4YA 2WECA 1GNOA 5P0ZA 5OYSA 8HVPA 5P00A 1MEUA 2ZYEA 5P3GA 4J1FA 2VNNA 1K2CA 5P0LA 5P0AA 4FRSA 1TCWA 3QRVA 4Y4AA 4R5NA 5P68A 5P41A 5P0JA 3OAGA 3UDQA 2V12C 5P4RA 5SY3A 5P6SA 5P1VA 3KT5A 3OADB 5P0IA 1PPLE 4LL3A 2QZXA 1T7KA 3EMYA 5KOSA 1ZAPA 1SBGA 5ENKA 3SAAA 5P0PA 3O9AA 2QI4A 1YT9A 1HPOA 2QAKA 1SDVA 5P5IA 5P87A 1NPWA 4TVGA 3I2LA 4AA8A 1XE6A 2WKZA 1G2KA 4Y4TA 4NPTA 3PM4A 5OZZA 3OWNA 4DV9A 2ZHVA 3SM2A 2OHQA 3OOZA 2R9BA 1FQXA 4LBTA 4HLAA 1FB7A 2I4WA 3LPIA 4Y44A 3ZKMA 4B70A 3IVHA 5OYVA 3L3AA 5P7NA 3L5EA 5P4EA 5P4WA 1APTE 1MERA 4LC7A 1HRNA 1KZKA 5P67A 4ACXA 5P1XA 5P3ZA 2IQGA 3CIDA 4RROA 1KJFA 3B80A 1ZPKA 2UY0A 4RCFA 5P7LA 3TOFA 3KYRA 3N3IA 4I0GA 5DQ1A 3QI1A 5OZ5A 3RU1A 4EP2A 1XN3A 4Q1YA 2QI0A 1KJ7A 4Y4BA 4OBJA 4ZSQA 3LINA 3IGBA 5P5LA 2IGXA 4MC6A 4K4PA 2P3CA 2PSVA 4HDPA 5UPJA 3ZKQA 4IVSA 4DQGA 5P6UA 3PLLA 3SA8A 3VG1A 1MPPA 5P2DA 3TPPA 5P62A 2HS2A 1LV1A 3IXJA 5P8FA 5ER2E 3EXOA 2FDPA 3BUFA 5JODA 5P0DA 4YD6A 5P5UA 2Q64A 2WF3A 3OQKA 4CPRA 4Y6MA 5OZ8A 3ECGA 3EM6A 5P33A 3T7PA 5P81A 5P5BA 3DOXA 5P7EA 5P8PA 3TKWA 4EJ8A 3ER3E 3QVIA 1M4HA 5P7KA 1GVWA 4OBZB 4S1GA 2NNPA 2Q55A 1E81E 4DJYA 5P85A 5P8MA 1MRXA 3SKGA 2APRA 4GJ8A 1HTGA 2WEDA 5OYYA 2G21A 3PGIA 3UQWA 1PPME 1W5XA 3PCZA 4K9HA 5P0SA 4JPEA 4Y5PA 3ZKSA 5OYQA 3KFSA 5DQCA 2Q11A 5P06A 4Y3ZA 4L7JA 5OZAA 5C9DA 5P82A 4FL8A 5E5JA 5P6ZA 5DGUA 5P0GA 5P8LA 3OTYA 1RV7A 3LIXA 1BWAA 4JPCA 4LHHA 2QD8A 4OBKA 1HOSA 5OYRA 1D4HA 2P4JA 3FX5A 4DJPA 2IEOA 5P2EA 4WY6A 1EBKC 3BGBA 4ZPFA 5C9BA 5P0VA 2NNKA 2P3BB 2Z4OA 3IVIA 3O9HA 4FGXA 2HPFA 4JP9A 2IS0A 2QNPA 3VCMA 5P7AA 5P1UA 5P1DA 5P1RA 3RSVA 5DR3A 4APRE 5BWYA 5P5PA 3BVBA 2AVQA 1TW7A 3DV1A 5P05A 2MIPA 5P80A 3NLSA 4BFBA 4YD7A 5OZIA 2P3DA 1IZHA 1LF4A 2R8NA 2ZHSA 3KA2A 5COPA 1IDAA 5P8JA 5P7DA 2G1OA 3SLZA 1MTBA 3EKWA 4L7HA 5P0QA 3DK1A 2R3TA 5P0UA 4BFDA 2I1AA 2OHTA 5HD0A 5P3VA 5P3EA 3VLAA 4F74A 2HS1A 2G24A 5P3UA 5DGWA 4DQCA 5P4AA 3SKFA 2A1EA 2G1SA 4ZSMA 4Y5KA 4Y4GA 4Y3WA 3LIZA 4R92A 3TPJA 5P66A 5P7OA 1K6CA 3OADA 1SGUA 3FIVA 4YD5A 1HPSA 3KFPA 3CYXA 3GI6A 5P5OA 1SIVA 4FM8A 5P88A 5P2YA 3OY4A 4FLGA 1OEXA 5P0EA 3VFBA 3QPJA 4AMTA 5P03A 4I0HA 5OZHA 3D1XA 5OZXA 5IE1A 5P7MA 1HVLA 4H3JA 4D88A 3EM3A 3EC0A 4RVXA 4I0FA 5P35A 1K6PA 5P8SA 1FMXA 2AVVA 3LZVA 3Q70A 3OXWA 4I0EA 4R95A 5P1SA 1LEEA 3EL9A 3FNSA 1BXOA 1W6IA 1XL2A 3LIQA 3NDWA 1HPXA 4QJ8A 1C70A 4E43A 3QN8A 4Y3PA 2ZJKA 3S7LA 1PPKE 4RRNA 1C6YA 3SO9A 5P3FA 5P14A 2QI5A 5P7GA 2B42A 5P6GA 3OTSA 5P5RA 4EWOA 3PVKA 4FAFA 1CPIA 5OZEA 3VF7A 4DJXA 1CZIE 3K5FA 2IDWA 5P19A 5OZQA 2FS4A 4Y38A 4MC9A 2O40A 3QIHA 2NXLA 3EKYA 2RMPA 5P6NA 3GGUA 2PH8A 1OHRA 3MSLA 5P6DA 5FIVA 4OD9B 4J0YA 1EAGA 1LF2A 1FG6C 1W6HA 5P1NA 4B72A 3PRSA 4KB9A 2BKSA 4TRYA 4Y53A 2F81A 4I0IA 5P0OA 2FLEA 3KM4A 3M9FA 3S8IA 5KQZA 5P09A 3KMXA 1QBRA 2ZGAA 2O4NA 2BB9A 1ZSFA 2FXDA 4GIDA 4X7IA 4Y48A 1FKNA 4HE9A 1KJ4A 5P8QA 3CMSA 4OBZA 2HIZA 3G6ZA 3EKXA 3G72A 1W50A 5P3QA 4RVJA 4Z4XA 1NSOA 1FF0C 3HVGA 5P3XA 1AM5A 5OZDA 5P2NA 4U7QA 4H3IA 2AQUA 5P4LA 4WTUA 4PHVA 3K5GA 1SH9A 5P89A 5ENMA 4Y57A 1AAQA 3G70A 4Y4XA 5P5MA 3LPKA 2VJ9A 3GI0A 4ER2E 2PMAA 4GZFA 5P4FA 3PHVA 3BUHA 1B6PA 4Z22A 5P32A 5P0HA 1D4JA 4ZSRA 2O4LA 4FCOA 1HTRB 3VF5A 2QP8A 1ME6A 1E82E 5EZZA 5P7PA 2QZLA 4HDFA 3ZOVA 1TQFA 2WHHA 4Y4EA 5P1IA 1FQ4A 1EPOE 4Y4WA 1D4YA 1APVE 2ANLA 2PWCA 3UDMA 4HA5A 2EWYA 1HEFE 2ZHRA 3URLA 2CEMA 5P65A 5P5SA 2FMBA 2I0DA 1HVIA 5AH9A 5P5CA 1A30A 3S7MA 1HVRA 2P3BA 5IVQA 2UXZA 4DVFA 1K2BA 3OXXA 4Y3NA 4B1CA 4DQEA 4BELA 5OZWA 3K4VA 4YA8A 1LS5A 5P7BA 5P2BA 3O9DA 3APRE 4B78A 5P3IA 1EPQE 2G27A 3MWSA 2BKTA 3PB5A 2PK5A 5P50A 1EPLE 4FRKA 3D1ZA 5OYXA 5P72A 5P25A 3GGAA 4J5JA 4RZ1A 3VSWA 5IVTA 1BWBA 3OU1B 3EKTA 3OUBA 4EJKA 3BHEA 2OF0A 5I3VA 4Z50A 3MSJA 5P37A 4DJRA 4PYVA 4J1IA 5OZTA 5P26A 4NJSA 5KR1A 5P6MA 1ZLFA 3Q4BA 3FNTA 3O9BA 1YTIA 1RQ9A 7HVPA 5OYUA 2ZJLA 5OZPA 3UQPA 5SY2A 5P8VA 4RYCA 4FRJA 4HVPA 4EYRA 5E5KA 2G22A 2PC0A 1FFFC 5P4CA 3APPA 5P54A 1HVKA 2HPEA 2RENA 2V11C 2ASIA 5P4NA 2XYFA 5CLMA 3VV8A 5P4TA 4JECA 3TOHA 2ZE1A 1IZEA 3UQXA 1T6EX 2R38A 4Y3TA 2BBBA 4F73A 3I8WA 3FSMA 1B5FB 3HBOA 4Y50A 4Q5MA 5P6VA 1SMEA 1AJVA 1HVCA 5HU1A 3S85A 5P69A 5P70A 5OZGA 1MRWA 5P64A 3OXVA 3TNEA 2OHUA 1EC0A 1QBUA 4Y3XA 4OBDA 2AOHA 5P3JA 5P3LA 4OBGA 3DCKA 5P5VA 4GJ7A 5OZ3A 5P3TA 2QHCA 1SMRA 1EPME 5OZ7A 5P23A 2G26A 3T3CA 4CPQA 1PSNA 4ZPEA 3GW5A 3PI5A 4LXAA 4DI2A 2NMZA 4DJVA 1Z1RA 1F34A 1GVXA 5P8CA 5KQYA 3INEA 1B11A 5P1TA 5P5XA 5P6IA 5P0TA 2IRZA 4L7GA 2QK5A 5P43A 3PBZA 4JOOA 1Q9PA 5P39A 5P6FA 1HSHA 5P4OA 5P4IA 5P2QA 4EHCA 1IZIA 1XL5A 3UCBA 3S53A 1UPJA 1DW6C 4Y39A 4MC1A 5DR1A 4YBIA 1HIVA 5P3YA 4M8YA 1TZSA 5HCOA 5P2UA 3SA7A 2HAHA 3LZYA 1HIHA 4YCYA 4TRWA 3CYWA 5P3AA 3K4VC 3L38A 1AIDA 4J0PA 3VLBA 5P36A 5P77A 1MT7A 3I7EA 4J17A 3UPJA 4J1KA 3URJA 4U7VA 2FNTA 5P6PA 2H6TA 4K8SA 3EL1A 5OZFA 2AZ8A 2AVOA 5EZXA 3K1WA 5P6XA 2IGYA 1IVPA 2PH6A 2QZWA 4Q1WA 5P2SA 5JFPA 2OHNA 4Y3MA 1LYBB 3H5BA 3OU4B 4RVIA 2OHSA 1FGCC 1HVHA 1VIJA 5P0CA 3B7VA 3O9CA 3WSJA 5P5ZA 4OC6B 3TKGA 1W5VA 5P6TA 5P38A 5P2CA 2B8VA 5P5HA 5P7WA 4U8WA 2ZJJA 2J9JB 4Y5EA 5P3WA 3IN3A 4TVHA 2QD6A 3HZCA 5I3XA 1WBKA 2I4DA 5P7QA 5P8OA 3T7QA 2AZCA 1GVUA 4Y47A 2AVSA 4CPXA 3F9QA 3HAWA 2OAHA 5HDZA 5P56A 4Y3GA 1FMUA 2VIZA 5P1PA 5DQ2A 4NKKA 5P42A 5P18A 3QROA 1FQ6A 3ZPSA 3FV3A 4Q1XA 5P8HA 3SPKA 4QJ6A 4J0VA 5P1WA 3TPLA 1HVSA 3PSYA 4EQJA 4Y5CA 2Z54A 4UPJA 2WF4A 4M8XA 5AH6A 5OZVA 3KDDA 5P5AA 3OGPA 3MXEA 4DFGA 5P6CA 3S45A 4KE1A 5OZMA 3Q3TA 1IIQA 1YG9A 4HZTA 1W51A 4Y9WA 3GGXA 2ER6E 4Y3DA 1DMPA 1D4SA 5P5TA 2FDEA 5P57A 5P2LA 4HEGA 1FEJC 1K1TA 1TSUA 1BDRA 5CONA 3PSGA 2QZKA 5HE5A 4L6BA 5OZKA 2VA6A 2VS2A 5P3HA 5P6OA 3OU1A 2AVMA 3VUCA 2JXRA 5P3BA 1HXWA 3R1GB 5SZ9A 1TCXA 5P1LA 5P0XA 4RCEA 3K5DA 1IVQA 3ZPTA 2G20A 5AHCA 4B1EA 5HDUA 5P2GA 2RSPA 3NR6A 1RL8A 4H3FA 1B6LA 5P83A 2VJ6A 4OBHA 2G1NA 1EBYA 5P7VA 4YHQA 3TOGA 5P13A 3BUGA 3ER5E 4DJWA 2AOJA 4F76A 5DQ4A 5P6AA 2WEAA 2WF1A 1SIPA 5P07A 4B0QA 3SA6A 5OZUA 2AODA 3ZL7A 1GNNA 3SA9A 4QGIA 4I0DA 5P6EA 1BBSA 5P61A 1B5FA 5P0YA 5P7IA 2IKOA 3UDPA 3NYGA 2JJJA 3GI5A 4GJ5A 1HIIA 3SFCA 3VV7A 5P55A 5OZ9A 4AA9A 1ER8E 2ZJIA 4Y4UA 2HB4A 2B7FA 3O9GA 3DUYA 2BPYA 4Y4ZA 1D4LA 3LHGA 4B05A 3KMYA 4QJ9A 5AGZA 1T7IA 5P6YA 3TLHA 3JVYA 3OUDB 2QMGA 1QS8A 3FNUA 5P2KA 1LYAB 5P6LA 5P4VA 4FS4A 5P78A 3NDTA 3TH9A 5HDXA 3RTHA 2O4SA 1DAZC 2AOEA 5P16A 3RSXA 4EJDA 3QS1A 2JYSA 5DR8A 3PMUA 5P7ZA 4ER4E 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF3 A;  5C9F A;  1AJX A;  1F7A A;  1YX9 A;  3OU4 A;  1BDQ A;  4GMI A;  5P3D A;  5P2F A;  2ZHU A;  4GB2 A;  1NH0 A;  4I1C A;  1MET A;  5P28 A;  1DIF A;  5P4D A;  1WBM A;  5PEP A;  4A6B A;  1J71 A;  5P60 A;  3LIV A;  2J9K A;  3UFL A;  4EPJ A;  5P1G A;  5P1Z A;  5P6K A;  5P7Y A;  3GI4 A;  1G0V A;  5P8A A;  5P34 A;  5P4Q A;  4ZPG A;  3CKP A;  3ZPU A;  5OZ6 A;  5P1F A;  2RKG A;  5P0N A;  4DH6 A;  4Y37 A;  3OHF A;  4KE0 A;  3ZMG A;  2FXE A;  4A4Q A;  5P4J A;  4LXM A;  2XFK A;  5P8E A;  5P48 A;  1ODW A;  3IN4 A;  4Y51 A;  5P3K A;  1BV9 A;  1IBQ A;  5COO A;  2QNQ A;  3SQF A;  5P29 A;  3WB5 A;  3L59 A;  1OD1 A;  3CKR A;  5P2O A;  3LZS A;  5HVP A;  3URI A;  1HVJ A;  4GJC A;  4H3G A;  1DPJ A;  1ZSR A;  3ZKG A;  1MT9 A;  5P7S A;  5TOL A;  1G6L A;  4YCT A;  2V00 A;  3R0Y A;  9HVP A;  1DP5 A;  1E5O E;  3LIY A;  2OHK A;  5T4S A;  4Y43 A;  3BXR A;  4B77 A;  3NXN A;  5P8G A;  1EC3 A;  3WZ8 A;  4RGH A;  4YD4 A;  4EJL A;  5P76 A;  3QRS A;  4FM6 A;  3NWX A;  5P6Q A;  5I70 A;  1ZPA A;  3L5B A;  4XX4 A;  4J1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NMY A;  3VSX A;  4Y3L A;  3HAU A;  1XE5 A;  1FQ8 A;  1MSM A;  3D1Y A;  4Y35 A;  3HLO A;  5P51 A;  1YTH A;  3PSU A;  3VEU A;  2FIV A;  1MUI A;  1PSO E;  5P1H A;  2FGV A;  3UF3 A;  4DJO A;  5OZC A;  3L5D A;  3MXD A;  3T6I A;  7UPJ A;  3SA5 A;  3BVA A;  4IVT A;  4L1A B;  2FGU A;  4Y3J A;  4FAE A;  2I4U A;  2QI3 A;  1MIQ A;  1EC2 A;  4RCD A;  5F00 A;  2VA7 A;  2QI7 A;  2F3E A;  1APU E;  4I11 A;  2VA5 A;  4RRS A;  1W5Y A;  5OZN A;  4F75 A;  5P31 A;  4Y54 A;  4PPH A;  4AUC A;  1EPR E;  2CEJ A;  3VYE A;  4K4Q A;  4XKX A;  5P0F A;  3OAG B;  2I4V A;  4QJ2 A;  5DR7 A;  3NUO A;  4DQH A;  1K6V A;  3VYD A;  3ST5 A;  4YOA A;  3EL0 A;  5OZY A;  5P2I A;  2QU3 A;  3UTL A;  4DQF A;  2NR6 A;  2F80 A;  5OZ4 A;  3BRA A;  3LIT A;  4Y4J A;  5P8B A;  3O9I A;  5J25 A;  2OHR A;  2BPW A;  5OZJ A;  1Z1H A;  5P86 A;  4J1C A;  1QRP E;  1RNE A;  2VIY A;  3OHH A;  2BJU A;  4D8C A;  2V0Z C;  3EL5 A;  3BC4 A;  3QAA A;  4J54 A;  5OYT A;  1APW E;  4NJV A;  5P08 A;  2RKF A;  3QRM A;  4FSL A;  3R0W A;  5P24 A;  3UDK A;  4I10 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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