3PBDA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
total genus 87
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pbdA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pbdA01
1UPJA 1KZKA 5KAOA 4I0IA 3TTPA 2AZCA 3LINA 5P2SA 3UDHA 4AUCA 5P6JA 3KT2A 2AOEA 1C70A 1NH0A 3B80A 4FRIA 3EMYA 2V0ZC 1J71A 5P1FA 2IRZA 5P3LA 4QJ8A 5KOQA 1FLHA 4TRZA 1RV7A 1B6KA 5OZRA 5P1GA 2Z4OA 1SP5A 3IA9A 4WY6A 5P16A 1MRWA 2ANLA 4Y3YA 3LIYA 4DJUA 3LIXA 4NJTA 1W51A 1APWE 3SA5A 5AH8A 3VF7A 4CPXA 1AXAA 5HCOA 5IE1A 4Y37A 5AHAA 2FS4A 4Y4EA 1HVSA 1XDHA 3LPJA 5P8VA 1T3RA 4I0ZA 5P2YA 1FG6C 1DW6C 4H3IA 3L5CA 5P1VA 1EC0A 3OU4B 1BDQA 2ER9E 3U7SA 5SY2A 4LP9A 1HEGE 3PLLA 2BJUA 5P60A 5T4SA 5P8RA 4YA8A 5HD0A 5P0SA 5P5NA 5OZDA 2G26A 4H3JA 1XE6A 4RYGA 4DQGA 5JFUA 3K1WA 4J1CA 2G24A 4BEKA 5KOSA 3OU1A 4FIVA 3INHA 2P3CA 1WBKA 3MSLA 1W5WA 3K5CA 2J9JB 2H6SA 4FLGA 4ZSQA 4D88A 1PPKE 4Z50A 5C9FA 3UPJA 1GKTA 1QBUA 1HVRA 3UQPA 2AVOA 4EXHA 5P05A 1EPNE 3BVAA 4GJDA 4WTUA 5P45A 3VYFA 5P48A 5P8EA 3ZKXA 4L7GA 5P81A 3INEA 5P7PA 1BAIA 5P56A 5I3WA 4DQCA 1BXOA 2IQGA 4GYEA 5P3HA 1BWBA 1IIQA 4Y3HA 2PYMA 4FGXA 2R38A 2WL0A 3K5GA 1BWAA 3BGCA 4B1DA 2QI0A 5OZ6A 5P0GA 6UPJA 1XN2A 4QJAA 4GZFA 5P4TA 4HZTA 4I0JA 4D89A 1EC3A 2ZJIA 2NTRA 4Y47A 4Y5AA 1HPVA 2HB4A 1W5XA 3OQDA 1RNEA 5P8FA 1AVFA 4I1CA 5P3MA 4AA9A 3K5DA 3ZKNA 3D1YA 3UQWA 1EPOE 1MT9A 3BHEA 4OBGA 4M8XA 5P5JA 2XYEA 4Y4WA 2AOIA 2QZWA 4YE3A 1FFFC 2HIZA 5P4XA 5P4HA 5CONA 4DQFA 2ASIA 5P7DA 2AVMA 4YD3A 3QBFA 5OZ3A 3KYRA 4ZE6A 3MSJA 5P1LA 4MC2A 5P2OA 5P1QA 5P7SA 3ZPSA 5OZ8A 1K2BA 5P5RA 3OXWA 1EPPE 3QI1A 1AZ5A 3S2OA 1OD1A 3LIVA 5OZJA 2FXDA 1Z1HA 4YCTA 3QRSA 5P1AA 4DQHA 1TW7A 2OHMA 3FKTA 2UY0A 3TOGA 5P4GA 3S54A 3VCMA 2O4LA 3SA8A 2NR6A 2P3BB 2G22A 7HVPA 3DV1A 2PSUA 5P6GA 3URJA 5P1EA 3O9BA 3OHHA 5P3CA 1LEEA 4HLAA 1SDVA 5OZQA 5P3GA 5OZOA 4J1IA 1GVXA 5P74A 3ZPTA 3BXSA 5P6NA 1HVJA 4H1EA 2R5QA 3T3CA 3R1GB 5UPJA 5DR4A 1ZSFA 2OHQA 5DPZA 1EC1A 5P5YA 5HTZA 2CEJA 4OBZA 3EKVA 4Y5LA 3EBZA 5P8LA 3OU3A 4RYCA 5P5EA 4XXSA 1AJXA 1FGCC 1IZEA 1A94A 3MSKA 2QI6A 2ZJJA 5KQFA 5P2FA 1CZIE 3SM1A 1KJGA 5P83A 5P2HA 3PBZA 4DI2A 4NJUA 2IEOA 3KF0A 6FIVA 1YT9A 4Y3SA 2IGXA 2IKOA 1LS5A 5P1MA 2V10C 5P3VA 3NYGA 4I10A 5P1BA 4Y56A 3PMUA 1BILA 4JP9A 3L5EA 5P6HA 4Q1XA 3OOTA 1CPIA 3PWMA 5DR1A 4Y3AA 5P0QA 3NU9A 2I4QA 5AH6A 5DR8A 1PROA 3URLA 3RSXA 2G1OA 5P0JA 2OHSA 4Y45A 5P1OA 5P85A 1RL8A 3CIBA 4DPFA 4QLHA 2ZE1A 5P24A 3ZKGA 5P0WA 1EBZA 4U7VA 3EKWA 4TRYA 5P5VA 5P12A 4B78A 5P1KA 4EJKA 5P8AA 3OGPA 1MUIA 4XX4A 1SGUA 5OYRA 5P84A 4J1HA 5HU0A 5SZ9A 4CP7A 1B6JA 4J0TA 3SA3A 3NXNA 5OZHA 3PI5A 4X2LA 2Q11A 3HDKA 3T7PA 1EPME 4DFGA 5P38A 5HE7A 5P64A 2IGYA 4NJSA 1HIHA 5P49A 3MWSA 2FXEA 4EJDA 4R93A 2ZJHA 2ZJNA 2B7FA 5OZWA 1HSGA 3NUJA 2FIVA 3HBOA 1B6MA 2QI5A 5P6DA 5OZEA 3EM4A 3OHFA 3KFSA 4Y3XA 3DV5A 3SKFA 3S45A 1ZPAA 3O9AA 3SA4A 5OYTA 3FX5A 2QU2A 2PWRA 2VJ9A 3FNSA 5IVTA 1K6VA 3OGQA 5P6PA 2NXLA 2P3DA 3R2FA 4OD9A 5P6VA 5P8GA 3N4LA 3LIQA 1HIVA 3FNUA 4D8CA 5P5BA 4FRKA 4A6BA 1SMEA 4FSLA 4ZEAA 2A4FA 2ZHVA 4FM8A 2F3EA 2HB2A 5COPA 5P63A 5P1NA 1GVVA 4GB2A 2QNNA 3B7VA 3RTNA 5JFPA 3RVIA 1KJFA 2OHKA 2NXMA 2P3AA 1SMRA 4S1GA 5P70A 3SABA 1LYBA 1G6LA 1FQ4A 4DPIA 5C9BA 4F73A 5EZZA 2FNTA 3CMSA 3OQAA 5OZPA 1PFZA 5ISKA 3HD8A 1IVQA 1KJ7A 2ZJKA 5P0TA 5P8JA 3KA2A 1FQ7A 5KQYA 1LYAA 1XL2A 1HPSA 3OUDA 3OUCA 5COKA 1B5FA 4Y38A 1FB7A 2WEAA 1NPWA 4ZPFA 2FNSA 2RENA 2VS2A 2PSGA 4HVPA 4Q1NA 3NWXA 5P2CA 4I8WA 1TQFA 1Z1RA 2WKZA 5P3NA 5P1DA 1AM5A 1G0VA 5P5UA 2V00A 3PGIA 4F76A 6APRE 3LIZA 4RVJA 5P4UA 2ZGAA 3SO9A 2XFIA 5P4SA 1HTEA 1YTIA 4Y39A 5P2BA 3NWQA 3PSGA 4Y35A 3UQUA 1OHRA 2AOJA 2HPFA 3QRVA 4Y5MA 5P6AA 2G1SA 5HDXA 4OBKA 5P6CA 3BGBA 1T7KA 5P5XA 2P8HA 4MC9A 1MERA 9HVPA 1QBTA 3K4VC 3IXKA 4EP3A 2Q54A 4CMSA 1HXWA 3BXRA 4PZWA 4TVHA 1SDTA 4TRWA 1ZJ7A 2R8NA 1MPPA 4K4PA 2B42A 4QJ7A 2WEBA 3WZ6A 4ER1E 2VJ7A 3EC0A 5P67A 3S43B 4FRJA 4FL8A 3IGBA 1A8GA 5P0NA 2F81A 5P10A 5P7QA 4Y3MA 3UCBA 5ENMA 2AOCA 5DR0A 4LXAA 2RKFA 3OAGA 5PEPA 5P0MA 3KFNA 1D4KA 2AOHA 5P73A 2R3TA 5P77A 5P20A 4RRNA 1M43A 3VLBA 3OWNA 1VIKA 3GGAA 1K6CA 1Q9PA 3IN4A 4RVXA 5P1XA 5I3VA 5OZVA 3IVHA 4FAFA 3LPKA 1HEFE 2QHZA 3VEUA 3R4BA 1YTGA 1C6XA 5P18A 5P5AA 3UQRA 1AIDA 1UH8A 1EPQE 4J17A 5P6OA 5P7ZA 3WB4A 5KR8A 3UFLA 5HDVA 5ISJA 1GVTA 2I4VA 5P3TA 4J54A 1FKNA 3ZPUA 1IZDA 3GI0A 3GI5A 2AZ9A 4DJYA 3VFAA 5P6EA 5KR1A 5DGUA 1ZTZA 4Y3EA 3L5DA 1HTGA 2PMAA 3ST5A 3Q6YA 5P7VA 4K4RA 5P6RA 5SY3A 2F80A 3CYWA 4YD6A 2HPEA 3IVIA 4YDGA 5OZKA 5P2DA 3OY4A 4R92A 4RLDA 2Q64A 4AA8A 4GJCA 5OZZA 2BKSA 2BKTA 4Y50A 4Y3QA 1FQ5A 3UDJA 5OYVA 3O9DA 4YDFA 2ZHUA 2QI1A 4DVFA 2FDDA 5P26A 4EXGA 4Y9WA 3NDWA 1YTJA 2MIPA 2FGVA 1MVPA 1ENTE 2V12C 5P6BA 4LL3A 3PBDA 4QJ9A 4B72A 5P31A 3OQFA 3PI0A 3D1ZA 4B1EA 1HWRA 3EL0A 4JECA 4EWOA 3SA9A 2ZHSA 5P72A 2WEZA 3VSWA 2PSVA 5DQ1A 4Y4DA 4Y43A 4U8WA 1ODXA 2OHPA 2G1RA 1HVKA 5IVRA 1D4SA 2PQZA 5P4ZA 1MT8A 1MESA 5P35A 5SXNA 5P3XA 3DCKA 4H3GA 4QJ2A 2IDWA 2R5PA 3NSHA 5BRYA 1LF3A 4OC6A 5P0VA 1APVE 5P02A 1META 3TPLA 4YCYA 4DUSA 5OZTA 3SKGA 2V11C 4HDFA 5P47A 1GNOA 5P2LA 3D91A 5P0ZA 4Y4BA 1FMUA 5P5SA 5HCTA 1ZP8A 5OYQA 3KMYA 3OQ7A 3O9FA 1LV1A 4Y4XA 2H6TA 5P06A 5P2GA 3UFNA 2QI7A 3KM4A 1GVWA 4Z2ZA 5P01A 5P6UA 3PB5A 3KN0A 2FMBA 4Y4TA 4Y3NA 3CICA 4LHHA 3MXEA 4Y3LA 4YOBA 4LAPA 5I3YA 1ZBGA 1C6ZA 1HSHA 4LBTA 4ZSMA 3EKQA 4B77A 5JODA 1TSQA 4GMIA 4RZ1A 3L5FA 3LNKA 5P8KA 4Y5BA 5P6TA 1YM4A 5P1HA 3DOXA 5AH7A 2XFJA 4XKXA 5P3OA 4ZLSA 1HVHA 1B6LA 3LZYA 4BELA 2OAHA 2P83A 5P7KA 1UH7A 5P1JA 3OADA 5P54A 5HVPA 5P8BA 1FQ6A 5AHBA 2VKMA 5P59A 3IXJA 3QP0A 1XN3A 5P4QA 3F9QA 2F3KA 3T7QA 5ER2E 3SPKA 2VA6A 5P7GA 5P8SA 4Y3FA 1LYWA 3QVIA 3R0YA 2RSPA 3LPIA 5P22A 3FV3A 3UTLA 3O9IA 4Y4GA 3ZMGA 4NJVA 3O9LA 3SACA 4GJBA 5P41A 5P0CA 5P3AA 5P7AA 5P0YA 3VUCA 1YX9A 5P6FA 1E80E 5P7YA 3VFBA 2QZLA 5P3YA 2WECA 4BFDA 1WBMA 5OZLA 4YBIA 2PH6A 5P7CA 1QBRA 5P5DA 1MSMA 3NUOA 1AJVA 4K4QA 4D83A 2QMGA 4UPJA 2PK5A 5JG1A 2I4WA 4Y3RA 3CKPA 3RSVA 4PPHA 3D20A 1FFIC 2VNNA 4QJ6A 1IVPA 3O9HA 2B60A 1EBWA 2QHYA 4Y57A 4KB9A 1KJHA 5DQ5A 1HRNA 3TOHA 3EXOA 3UHLA 3NDXA 4Y41A 2WEDA 3UDRA 4L6BA 5P5ZA 2VA7A 3T6IA 5P3DA 1B5FB 4GJ5A 1HPXA 4J1FA 3ZKSA 1A9MA 4E43A 2UPJA 3G72A 3EM3A 4I12A 5P1ZA 5P5KA 1IDBA 4L1AA 4YCKA 1EBYA 5OZ1A 4EYRA 2AOGA 1QDMA 5P51A 5OZBA 5P25A 1T6EX 5P17A 1YM2A 3OU4A 3UF3A 1IZHA 5F00A 5P5CA 3S7LA 4R5NA 3WB5A 4APRE 3INDA 4I8ZA 3OK9A 5P6YA 3DK1A 3OTSA 3OTYA 4NPTA 1FMXA 1HXBA 5P5QA 4Y53A 3O9GA 3L38A 1K6TA 3NU6A 1LF2A 4PZXA 1SGZA 3Q4BA 2FLEA 2I4UA 1T7IA 1BDRA 2J9JA 4R8YA 5J25A 3SFCA 5OZNA 1A30A 4RVIA 2VNMA 3QIHA 1B11A 5P5IA 3EL1A 1SDUA 5P66A 4OBJA 3PSYA 2FGUA 4GJ7A 2NPHA 5OZ2A 5ER1E 2B8LA 4APEA 2O4KA 2ZJMA 3PCZA 5KR2A 3Q70A 3N3IA 4PYVA 5C9DA 5P3QA 5P7OA 4I0GA 3QAAA 2O4NA 4EHCA 3UDQA 4ER2E 1FQXA 3NR6A 1XE5A 1ZAPA 5P4PA 4DQBA 2NNKA 3IXOA 5P69A 4Y3TA 3OUBA 1HVIA 1QBSA 1CMSA 5EZXA 2QZKA 3JW2A 3UQXA 4ZPEA 3OQKA 2QU3A 1ZSRA 1N49A 2O4SA 4Y5NA 1BVGA 3A2OA 4U7QA 1GNNA 5P37A 2AVSA 5P89A 4FAEA 1U8GA 4Y3DA 2APRA 4F74A 4FM6A 3NU4A 4Y54A 2WF4A 3CKRA 3KDDA 3UDKA 5P0BA 3WZ7A 2BPWA 4OBFA 4Y6MA 5P2RA 2AIDA 2CEMA 2WF1A 4EQ0A 5P7EA 4K8SA 3U71A 4N00A 3PCWA 1EPRE 2OHUA 3DJKA 4Y58A 5P6ZA 5P4FA 4OBDA 4Q1WA 1MTBA 5P43A 1MEUA 5E5KA 4OBHA 1IDAA 3NU3A 4CPTA 4I0DA 5P3FA 2OF0A 3HW1A 4Y3GA 3NU5A 2QMDA 5BWYA 4DH6A 2P3BA 5DR3A 1K6PA 3JVYA 5IS4A 5P40A 5KQZA 3TNEA 4CPSA 1XS7D 5P4WA 4YOAA 3UDNA 5DQCA 3OOZA 1BV9A 5P6WA 5P71A 4JOOA 5P7UA 5OYWA 2NNPA 4KE1A 3EKTA 2I0DA 3PMYA 2QMFA 5OZIA 2BPZA 1F34A 2F8GA 3TKGA 3PWRA 5P2NA 4B0QA 1ME6A 3LZVA 3S56A 4RGHA 5OZUA 1E82E 5P7NA 3ZLQA 3OU1B 5P78A 5AH9A 3FNTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UPJ A;  1KZK A;  5KAO A;  4I0I A;  3TTP A;  2AZC A;  3LIN A;  5P2S A;  3UDH A;  4AUC A;  5P6J A;  3KT2 A;  2AOE A;  1C70 A;  1NH0 A;  3B80 A;  4FRI A;  3EMY A;  2V0Z C;  1J71 A;  5P1F A;  2IRZ A;  5P3L A;  4QJ8 A;  5KOQ A;  1FLH A;  4TRZ A;  1RV7 A;  1B6K A;  5OZR A;  5P1G A;  2Z4O A;  1SP5 A;  3IA9 A;  4WY6 A;  5P16 A;  1MRW A;  2ANL A;  4Y3Y A;  3LIY A;  4DJU A;  3LIX A;  4NJT A;  1W51 A;  1APW E;  3SA5 A;  5AH8 A;  3VF7 A;  4CPX A;  1AXA A;  5HCO A;  5IE1 A;  4Y37 A;  5AHA A;  2FS4 A;  4Y4E A;  1HVS A;  1XDH A;  3LPJ A;  5P8V A;  1T3R A;  4I0Z A;  5P2Y A;  1FG6 C;  1DW6 C;  4H3I A;  3L5C A;  5P1V A;  1EC0 A;  3OU4 B;  1BDQ A;  2ER9 E;  3U7S A;  5SY2 A;  4LP9 A;  1HEG E;  3PLL A;  2BJU A;  5P60 A;  5T4S A;  5P8R A;  4YA8 A;  5HD0 A;  5P0S A;  5P5N A;  5OZD A;  2G26 A;  4H3J A;  1XE6 A;  4RYG A;  4DQG A;  5JFU A;  3K1W A;  4J1C A;  2G24 A;  4BEK A;  5KOS A;  3OU1 A;  4FIV A;  3INH A;  2P3C A;  1WBK A;  3MSL A;  1W5W A;  3K5C A;  2J9J B;  2H6S A;  4FLG A;  4ZSQ A;  4D88 A;  1PPK E;  4Z50 A; 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 3LIV A;  5OZJ A;  2FXD A;  1Z1H A;  4YCT A;  3QRS A;  5P1A A;  4DQH A;  1TW7 A;  2OHM A;  3FKT A;  2UY0 A;  3TOG A;  5P4G A;  3S54 A;  3VCM A;  2O4L A;  3SA8 A;  2NR6 A;  2P3B B;  2G22 A;  7HVP A;  3DV1 A;  2PSU A;  5P6G A;  3URJ A;  5P1E A;  3O9B A;  3OHH A;  5P3C A;  1LEE A;  4HLA A;  1SDV A;  5OZQ A;  5P3G A;  5OZO A;  4J1I A;  1GVX A;  5P74 A;  3ZPT A;  3BXS A;  5P6N A;  1HVJ A;  4H1E A;  2R5Q A;  3T3C A;  3R1G B;  5UPJ A;  5DR4 A;  1ZSF A;  2OHQ A;  5DPZ A;  1EC1 A;  5P5Y A;  5HTZ A;  2CEJ A;  4OBZ A;  3EKV A;  4Y5L A;  3EBZ A;  5P8L A;  3OU3 A;  4RYC A;  5P5E A;  4XXS A;  1AJX A;  1FGC C;  1IZE A;  1A94 A;  3MSK A;  2QI6 A;  2ZJJ A;  5KQF A;  5P2F A;  1CZI E;  3SM1 A;  1KJG A;  5P83 A;  5P2H A;  3PBZ A;  4DI2 A;  4NJU A;  2IEO A;  3KF0 A;  6FIV A;  1YT9 A;  4Y3S A;  2IGX A;  2IKO A;  1LS5 A;  5P1M A;  2V10 C;  5P3V A;  3NYG A;  4I10 A;  5P1B A;  4Y56 A;  3PMU A;  1BIL A;  4JP9 A;  3L5E A;  5P6H A;  4Q1X A;  3OOT A;  1CPI A;  3PWM A;  5DR1 A;  4Y3A A;  5P0Q A;  3NU9 A;  2I4Q A;  5AH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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