5P03A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 50
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p03A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p03A01
3EL1A 1GNNA 2QD6A 1G2KA 5P7CA 1LF4A 2I4WA 4A6CA 5P87A 5P2TA 3ZKQA 1SDVA 2HB3A 4B77A 5P47A 5P4RA 5KQYA 4I0HA 1QRPE 3TL9A 3QIHA 5P8AA 1SP5A 1B6KA 2ASIA 1IZIA 2NPHA 3WZ7A 2PSUA 3TTPA 3IN3A 1YG9A 3CIBA 5P2KA 5P3YA 3HVGA 5P64A 3K1WA 3BUGA 4Y53A 5I3WA 4J0PA 2FXEA 3Q4BA 2G69A 5P1JA 2IRZA 5P3HA 4RYCA 2P83A 4LXMA 4L7GA 2AVVA 2ZJJA 3G6ZA 2B42A 3CYWA 1GVUA 1IZEA 4R91A 5P5IA 5P3QA 4F74A 1AVFA 1TQFA 3FV3A 3GI0A 3GGUA 1ZLFA 5P25A 4GJDA 5AHAA 5P1QA 4GJ5A 4DPFA 1A8KA 5IE1A 1HOSA 1MT8A 3VF7A 2APRA 2ZYEA 5P0HA 4OC6A 5OZAA 1HIHA 3EKVA 4EWOA 5OZFA 3L5DA 1LS5A 4Y4JA 5C9DA 4KUPA 5P40A 3NLSA 5P2ZA 3EKWA 2ZHVA 3UHLA 4EQJA 5P5UA 3WB5A 4OD9A 5P7WA 2PK6A 3I7EA 1GKTA 4Y4DA 1QBUA 2ZDZA 5DQ2A 3SO9A 2F81A 3SQFA 2AVOA 2VIEA 4OBHA 1EPLE 3NWQA 4HDPA 4Y45A 3QS1A 2NMYA 5P4BA 4CKUA 5OZYA 1TSUA 3KT5A 5P1NA 5TOLA 3G72A 5P09A 5P8OA 3TPPA 1SIVA 2ER6E 5P3DA 4EP3A 2VIYA 1HVCA 3RSVA 4B78A 5IVTA 4Y54A 5P0JA 5P2DA 3FNSA 5DQ1A 5BRYA 2FS4A 1CZIE 5P23A 5P7OA 5P2RA 3S7LA 5C9BA 4YCTA 2BQVA 5P8RA 4YD6A 5P5OA 1HIIA 5P7AA 4Y5CA 5P3OA 5COOA 1BDRA 5P56A 7UPJA 4TVGA 5P0GA 1LF3A 2QU3A 4I1CA 2FDEA 1HVKA 1LYWA 2OHKA 5P3FA 2J9KA 3QRSA 3R0WA 1WKRA 3VYFA 4H3JA 3KA2A 3H5BA 3URLA 4Q1XA 5P44A 2NTRA 5AHBA 2QZXA 3URJA 5P5SA 1KZKA 3EKXA 2FXDA 1HPVA 4BELA 3NU9A 4RCEA 3VCMA 3NUJA 4FL8A 4Y4BA 3L5FA 4ZSMA 4COEA 2O4LA 3EL9A 4ZIPA 2QI0A 4Y6MA 1MEUA 1WBKA 3KDDA 4NJSA 1EBKC 3UQXA 4IVTA 3OU1A 4Q1YA 5P52A 3Q70A 5P0YA 3HAUA 1LEEA 4GJ8A 3VUCA 1HVLA 5P3SA 1ZTZA 1KJHA 3EXOA 5P4NA 3R1GB 3EKPA 4DI2A 1LYBA 4TRZA 2HS1A 5P65A 5P3IA 1K6CA 4MC2A 4FCOA 4J54A 3OU3A 1BV7A 3CKRA 2FMBA 5HVPA 3PSUA 3H0BA 4YBIA 2VJ6A 5KQXA 2ZJNA 3MWSA 3PCZA 3ZLQA 4XX4A 5OZ1A 2QAKA 4Y3LA 3D1XA 3RU1A 5P6NA 2OHUA 4L7HA 3O9BA 5P0FA 1EC0A 1LZQA 5P4MA 4Y3WA 2QD7A 4NJVA 3UQRA 4FM7A 4Y51A 4J0VA 4CPRA 5P79A 5AH8A 3SPKA 3LZYA 5JG1A 5P02A 4XKXA 5P0CA 4OBFA 1J71A 1HVJA 5HDZA 2JJIA 5P4HA 3QI1A 3L3AA 3ZKSA 3GI4A 2AOJA 3LIXA 4EHCA 2F8GA 5P3UA 1HRNA 1ER8E 5P6PA 1ZP8A 4B1DA 2WEZA 3QRVA 5P2AA 1BXQA 1K1UA 3HDKA 4QJAA 5P4OA 5P0LA 5OZWA 1OEWA 5P4SA 3MSLA 5P1IA 5P48A 4Y36A 1MTRA 3BC4A 2AIDA 3UPJA 5P38A 3HBOA 5P0IA 5P0KA 3PLDA 4OBDA 5P1UA 4FRIA 1XL2A 5P2UA 1LV1A 3GGXA 3SM1A 1T6EX 3OUDA 4B72A 1FQ7A 3GGVA 4OBKA 2HPEA 2WEAA 4QJ6A 5P7UA 5OZGA 1MT9A 1PPKE 5P8SA 2H6SA 1NPVA 3IVHA 5P7GA 4DH6A 1BBSA 2H6TA 3OOZA 5P7FA 1UH9A 1K6VA 2P3AA 3PCWA 4U8WA 5P31A 4Y3QA 5OZ7A 2RKGA 4Y57A 5P88A 1T7IA 4Y58A 3UQPA 3O9GA 4HEGA 1SBGA 3QVCA 1FFFC 2AZ8A 4OBZA 3IXKA 3NXEA 5P5HA 1ZJ7A 5OZXA 3FKTA 4FRJA 1HVRA 5DR0A 3VV8A 1A30A 3K5CA 2Z4OA 3HZCA 3NWXA 3L59A 2QNNA 2WJOA 2I4UA 4A4QA 4ZLSA 2JXRA 3BXSA 3UDRA 3TPLA 5P0NA 5P8FA 4I0JA 5P8TA 1PPLE 4FE6A 5OZPA 5P7LA 1IVPA 3VFBA 1K2BA 2G22A 5P1GA 2I1AA 3PMYA 5ISJA 2R5PA 5ISKA 4LC7A 1PPME 5P0AA 1APWE 1M0BA 4OC6B 2XFKA 2JE4A 4R95A 5P82A 3D3TA 4Y3ZA 2IKUA 5JFPA 4RRSA 1XE6A 4RYGA 3ZKNA 3KFNA 3DCRA 4Y4WA 2IGXA 5P8IA 5IVSA 5OZUA 5DR3A 4OD9B 4K8SA 3T6IA 5P54A 3NDWA 1BILA 2IGYA 3ZMGA 5P4KA 3D1YA 1FF0C 1E81E 1PROA 3OHHA 5UPJA 2A1EA 5P43A 3O9LA 3VLAA 2O4KA 4EJDA 2NXDA 4L6BA 1ZBGA 1EPME 4PEPA 1KJGA 1MERA 2Q11A 1MPPA 4YA8A 5P5KA 3HLOA 1KJ4A 1FB7A 2O4PA 5P1TA 4Y56A 3UDJA 4M8XA 3CMSA 5P6TA 5P1DA 3BVAA 4ZPGA 4YD7A 5P5QA 4DUSA 2QCIA 3JVWA 2V12C 4KB9A 5DR8A 4Y4TA 4CPUA 2FNTA 3PRSA 3EM6A 5P5GA 1TCWA 3EL0A 4Y5LA 4DJOA 3MSKA 4GMIA 5P5YA 2BPYA 4X7IA 6APRE 2MIPA 5P2WA 3DUYA 4RRNA 3ZKMA 2OHSA 1AJVA 1OD1A 5P4LA 3TOGA 2OHTA 1SDUA 4RVXA 2VA5A 3PSYA 3QAAA 5P8JA 1MRXA 2BKTA 3I25A 5KQFA 1C70A 5P7KA 5P1BA 1K2CA 3BHEA 4Z4XA 2B60A 5P6WA 3U71A 1UPJA 1LYWB 3OQAA 5P10A 3BGCA 4D88A 2OAHA 2QMDA 2WF0A 2PSGA 5OZTA 4FSEA 5P50A 4Y4ZA 3IN4A 3NXNA 3INFA 5P8LA 3D1ZA 5P18A 4L7JA 3L58A 1APVE 4L1AA 3PB5A 4DJRA 3D91A 4U7VA 1PSNA 5P7SA 3SKGA 3MXDA 5P77A 4Y4AA 5OZ8A 4AA8A 5P1LA 2F3FA 5P72A 4K4QA 2VIZA 5DQ4A 2PK5A 3S53A 3RSXA 5P6UA 2PWRA 3RTHA 2ZJMA 1SDTA 3Q6YA 3A2OA 3SA9A 3OU1B 1RNEA 3OHFA 2NNKA 5P5XA 5P41A 1OHRA 5OZ5A 1FKNA 1KJ7A 3VEUA 1LYBB 1HTGA 2G1NA 4ACUA 5P30A 2AVMA 5P60A 2VS2A 4ER4E 5HE4A 5OZHA 3CKTA 2AOEA 4CPQA 2XFJA 5OZOA 5OZ4A 2AQUA 5P6MA 1RPIA 7HVPA 5P69A 1G0VA 4PPHA 3BUFA 5OZCA 2BBBA 2RKFA 5P2GA 1ZPAA 2QK5A 4FLGA 3SA4A 2AOIA 1DP5A 5P8DA 3ER5E 5CONA 5P3VA 4EJKA 4YD5A 1IDAA 3UDKA 3ECGA 2O4SA 4HDBA 3KT2A 5P8BA 2P3BA 4Y3DA 3ZKGA 1GNOA 4Y50A 2R8NA 1GVXA 4JPCA 5P2YA 1TSQA 2P8HA 3UDPA 3UTLA 5AH9A 3NU4A 4APEA 4HE9A 4FM8A 5P2IA 3VV7A 5P29A 5FIVA 5SZ9A 3APPA 1QBRA 2HPFA 3ZKIA 5P8EA 3EBZA 5P1CA 2B7ZA 1WBMA 3K4VC 5OZ3A 2SAMA 3I2LA 5P6RA 5P55A 2Q54A 4Y37A 5P80A 5P6JA 2ZJLA 3JVYA 3PJ6A 2QHYA 4ZSPA 3S43A 5P7JA 5P7DA 4KE1A 3OADA 4YDFA 3ZPSA 2OHLA 5P4GA 5P86A 4Y3SA 2ER0E 4YHQA 3OUDB 3OK9A 5OYYA 1Z1RA 4Y3GA 5HDVA 3N3IA 3F9QA 5P0XA 5OZ2A 5PEPA 2VIJA 3QROA 3Q5HA 4F73A 4Y35A 1W5YA 5DPZA 5P24A 3VG1A 1SGUA 2AVQA 1HBVA 4CPTA 1QBTA 1PFZA 1W5WA 1LF2A 5P6FA 1IDBA 4D85A 2UXZA 2P3CA 3RTMA 2AZ9A 2F80A 2V00A 2I4VA 5P0ZA 5P35A 1HIVA 4OBZB 2QMFA 5P3CA 2Q5KA 1HEGE 3DM6A 5P4AA 3LHGA 6UPJA 4N00A 2OHQA 1M43A 3K5DA 5AH6A 1BXOA 4D83A 1OEXA 1E5OE 1MRWA 2ER7E 2RENA 3GI5A 3OWNA 1XS7D 5P04A 3OXXA 4ACXA 3TOFA 5OZSA 5HU1A 3M9FA 4DQCA 4QLHA 2VA7A 4Q5MA 1DPJA 3CIDA 5P2MA 1DMPA 4LP9A 2HB2A 3PI5A 4Y5BA 5P89A 2AOGA 1FQ5A 4K4PA 2CENA 3UQUA 1BDQA 3R4BA 3CICA 1ODWA 1IZHA 3VF3A 3LZVA 2QI5A 2WEDA 3OXVA 4EP2A 4HA5A 4UPJA 3FX5A 5JODA 1GVTA 5OZVA 4H3FA 4FAFA 4DV9A 4LL3A 4FGXA 5OZEA 1T3RA 2ZE1A 3R0YA 4TRYA 5P32A 3PGIA 5P8MA 5P4ZA 2R3TA 5P4JA 2IS0A 5P2XA 3O9LB 3KMYA 4DJYA 3K4VA 4CPWA 1SMEA 3O9FA 1B11A 4KE0A 2QI3A 2WHHA 1YM4A 1FMBA 5P5WA 4R8YA 5P6ZA 5HTZA 3VLBA 5P75A 1W6HA 4ZSRA 5DQ5A 4ZPEA 1DAZC 5P6DA 4J1IA 2G1SA 4K9HA 5BS4A 5P1KA 3BVBA 4DJWA 1PSOE 1VIKA 3CKPA 3SFCA 2AZCA 5P7RA 1EPRE 1K6PA 4ER2E 2Z54A 3G70A 2I0AA 2IL2A 5P1XA 5DR1A 2OHRA 4CP7A 5P4QA 4Y3RA 2QU2A 4J5JA 3IA9A 4J1CA 2IENA 5P6XA 4I0FA 5OYWA 5P3JA 3NU5A 5P3RA 4J0ZA 4I12A 4NPUA 4Y4GA 4Y3AA 5P3LA 2QNPA 2R3WA 5SY3A 2QHZA 4ER1E 3LIVA 5P2VA 5IVRA 1M4HA 1EPPE 3UDHA 5P1VA 4GB2A 4APRE 4MC9A 3DOXA 4CPXA 5P5BA 3OTSA 4L1AB 2QZLA 5P36A 3WZ8A 3SA7A 1HPSA 1EC3A 1D4LA 5P5NA 2RSPA 5P70A 4DQBA 1EEDP 2ZHTA 4Y3HA 3Q3TA 5OZQA 4AMTA 5P53A 5P5JA 2Q55A 5P5RA 4TRWA 4YD4A 5P8CA 1B5FB 2QMPA 4FAEA 5P6LA 4B0QA 1KJFA 5P0RA 3OOTA 3KFSA 1HVSA 5P8UA 1YTIA 3ZPUA 1W5XA 3KMXA 5P66A 1EBWA 1ZSFA 4I0GA 4J0YA 4ZPFA 1QDMA 4ZEAA 4QGIA 5P7MA 1AAQA 4RLDA 2JYSA 5ER1E 1CMSA 1G35A 1BDLA 3IXOA 4J1EA 4LBTA 5P4VA 3SLZA 1A94A 2HIZA 3QVIA 1HSHA 4HVPA 5P4XA 3GI6A 2PH8A 5DQCA 3IAWA 4DJUA 3DJKA 4DQFA 2WF3A 5P1YA 5P2EA 1B6PA 5P0WA 3FNTA 4YCYA 3SA6A 4IVSA 2F3KA 4DJVA 2OHMA 4X2LA 1MUIA 3I8WA 2JJJA 4Z22A 5P01A 1UH8A 4BFDA 1FG6C 2ER9E 2UPJA 3IGBA 3KF0A 1RL8A 3O9IA 4PHVA 1JLDA 1QBSA 5P15A 5P1HA 1YTGA 3QBHA 1Z1HA 2QNQA 4DQGA 3TLHA 1EBZA 5P28A 4I0EA 3WSJA 3KM4A 1XDHA 5P62A 2P3BB 3FIVA 1SGZA 2HC0A 3APRE 2V16C 4Y5MA 5OZMA 5DGWA 1HSIA 3DCKA 5P0UA 3TKGA 3SACA 3ZKXA 4YDGA 3OUBA 5SXNA 3S56A 5P1OA 5P6OA 5AHCA 1IBQA 1D4KA 5P73A 1TW7A 2QI1A 5OZ9A 3LZSA 2B8VA 1LYAA 3D20A 1GVWA 1IIQA 4F75A 4RZ1A 2Q3KA 1C6XA 5P5LA 4J17A 1SMRA 3S43B 3OADB 5P71A 1HSGA 4Y3FA 4GIDA 1QS8A 2V11C 2ZHRA 5P0PA 4H1EA 5P22A 4YE3A 1EBYA 2WECA 1N49A 1PSAA 1AXAA 5P1ZA 3T3CA 2V13A 5P1MA 5P45A 3LIZA 2QI7A 3SA5A 3EL4A 5P3KA 3DK1A 5P7ZA 1BAIA 1BVGA 3OQKA 5P1RA 2PSVA 5P3ZA 5P6YA 4PYVA 4PZWA 3L38A 4NJUA 5P5CA 3EMYA 5P84A 5JFUA 5P4CA 1YTHA 4FIVA 4R5NA 4HLAA 4Y3XA 2NNPA 5HD0A 1AZ5A 1HVHA 5P08A 4Y39A 3RVIA 3OAGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EL1 A;  1GNN A;  2QD6 A;  1G2K A;  5P7C A;  1LF4 A;  2I4W A;  4A6C A;  5P87 A;  5P2T A;  3ZKQ A;  1SDV A;  2HB3 A;  4B77 A;  5P47 A;  5P4R A;  5KQY A;  4I0H A;  1QRP E;  3TL9 A;  3QIH A;  5P8A A;  1SP5 A;  1B6K A;  2ASI A;  1IZI A;  2NPH A;  3WZ7 A;  2PSU A;  3TTP A;  3IN3 A;  1YG9 A;  3CIB A;  5P2K A;  5P3Y A;  3HVG A;  5P64 A;  3K1W A;  3BUG A;  4Y53 A;  5I3W A;  4J0P A;  2FXE A;  3Q4B A;  2G69 A;  5P1J A;  2IRZ A;  5P3H A;  4RYC A;  2P83 A;  4LXM A;  4L7G A;  2AVV A;  2ZJJ A;  3G6Z A;  2B42 A;  3CYW A;  1GVU A;  1IZE A;  4R91 A;  5P5I A;  5P3Q A;  4F74 A;  1AVF A;  1TQF A;  3FV3 A;  3GI0 A;  3GGU A;  1ZLF A;  5P25 A;  4GJD A;  5AHA A;  5P1Q A;  4GJ5 A;  4DPF A;  1A8K A;  5IE1 A;  1HOS A;  1MT8 A;  3VF7 A;  2APR A;  2ZYE A;  5P0H A;  4OC6 A;  5OZA A;  1HIH A;  3EKV A;  4EWO A;  5OZF A;  3L5D A;  1LS5 A;  4Y4J A;  5C9D A;  4KUP A;  5P40 A;  3NLS A;  5P2Z A;  3EKW A;  2ZHV A;  3UHL A;  4EQJ A;  5P5U A;  3WB5 A;  4OD9 A;  5P7W A;  2PK6 A;  3I7E A;  1GKT A;  4Y4D A;  1QBU A;  2ZDZ A;  5DQ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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