3K5DA

Crystal structure of bace-1 in complex with ahm178
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design and synthesis of novel P2/P3 modified, non-peptidic beta-secretase (BACE-1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 375
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5dA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5dA02
1GNMA 2IENA 3I8WA 3T7XA 4DQFA 4Q1NA 2ZHUA 3L5DA 3OQ7A 2QK5A 2Q55A 2AVMA 2B7ZA 5P5FA 4Y3FA 3CYWA 5P0UA 5C9DA 5P48A 5HDXA 5P1HA 4D83A 5P8CA 5P31A 4Y5MA 3UPJA 3UDQA 1MTBA 3HBOA 5P5ZA 3D1XA 5P2TA 5P2WA 3LIZA 5P6BA 1QBUA 2OHNA 1BWAA 2VNMA 5OZZA 4RRNA 5P1QA 3R4BA 4MC1A 1GKTA 1LEEA 1K1UA 4I0ZA 5P34A 4Y3TA 3O9LA 5KQYA 3UDMA 5P09A 5P3BA 5I3VA 2BBBA 1B6JA 3URIA 5KOSA 5P5UA 5OZ1A 1FF0C 1NPAA 3WB4A 1D4JA 1AIDA 4EJ8A 3URLA 1HVJA 5P5WA 3PSUA 2WECA 3SA8A 3O9LB 1FQ7A 2Z4OA 4LAPA 5P8QA 3INFA 4Y39A 4DUSA 3O9BA 2P8HA 3OUAA 5P4AA 2J9JA 5P0CA 5P1DA 2R3TA 1FLHA 1ZBGA 5I3XA 5P8FA 5P01A 2UY0A 3ZKQA 4ER2E 5DR1A 3ER5E 4Y3JA 4J1EA 4Y44A 5P7QA 3BVAA 5IVTA 4J17A 1HOSA 2J9JB 3GGUA 2QD7A 4LXKA 5P27A 5P41A 1IBQA 3UDPA 1EEDP 5P3IA 4Y3PA 4XXSA 5P3RA 3TKWA 2VJ6A 3SA5A 3ZKIA 1BVEA 5P4PA 5P3VA 3UQUA 5P2VA 5P6LA 1EAGA 2V0ZC 2P4JA 4EYRA 2I4VA 3NU4A 2ZHSA 5P4WA 5HE4A 1FB7A 5P0BA 4PZXA 1UH8A 5P6KA 3PGIA 5KAOA 2HIZA 1SMRA 5CLMA 4Y3HA 3ZLQA 3MXDA 3ZKMA 5FIVA 5P7VA 5P0OA 2ZDZA 3OQDA 4CKUA 2G21A 2QNQA 1HTGA 3O9IA 5OZGA 3KFSA 3ZMGA 4PPHA 4QJ7A 5OZ4A 2AOCA 5P7MA 3F9QA 1DIFA 1IZDA 4L7GA 3EL4A 1XN2A 5KQFA 1FQ6A 2WHHA 4FRKA 1FQ8A 1TQFA 4FLGA 4E43A 5OYWA 2ZJIA 4CPWA 4J0ZA 5P4FA 5OZ7A 3RTMA 4RCDA 3OWNA 1D4HA 1ZSRA 4Y4EA 4LXAA 1PPME 4B0QA 4Y6MA 4TRYA 5P04A 3SQFA 2I4DA 4Y5NA 2ZJLA 3QN8A 2I1AA 2P3DA 1MERA 4Y4DA 5P32A 3PCWA 2Z54A 4Z2ZA 3KDDA 3PLDA 1FG8C 5P35A 3HAUA 1HWRA 5P82A 5IVQA 1RV7A 5I3WA 2BQVA 5OZVA 2HB3A 5P6ZA 1HVCA 5P6FA 4ZSMA 5C9BA 2OHQA 2V16C 3OU3A 1Q9PA 4RROA 4Y54A 3S85A 3KDBA 4DJVA 3L59A 5P26A 4PEPA 3VLAA 1WKRA 4QJAA 2QCIA 3H0BA 4J0VA 5OZNA 3TOFA 4DI2A 5P7PA 4J55A 1K6TA 5OZKA 2VJ9A 3FNTA 5P8HA 3TOGA 1E81E 3KT5A 5P2CA 2FNTA 1EBWA 2B42A 4COEA 3VYEA 3K4VC 5P1VA 3EXOA 1K2BA 3FKTA 1DW6C 1DMPA 1T6EX 3INDA 3OGPA 5P1RA 2ER0E 3OOTA 5P7EA 2Q54A 2SAMA 4R5NA 4DJYA 3SABA 3AUPA 4JPEA 2BPYA 5P0LA 5P89A 5P8DA 4HDBA 5DGUA 4DQEA 2R43A 5P00A 1EBKC 1ZAPA 4Y4BA 5P3EA 2QHZA 2QI4A 2PMAA 4FSEA 2HC0A 2NNKA 1C6XA 5P8BA 1MSNA 1C70A 5P5OA 1YTHA 5DR0A 1W6HA 3S43A 1MUIA 1FIVA 5P7GA 3OXXA 3IA9A 3NSHA 4R91A 3ZOVA 2G27A 4K9HA 5P43A 2Q64A 1IIQA 1BAIA 5P7FA 3EC0A 3PI0A 2BPWA 4RVXA 2G1OA 5HD0A 5P0XA 3EKVA 5HCOA 5P6GA 3NUOA 4Y5GA 4HDPA 4YD3A 3S43B 3UQRA 4K8SA 2OAHA 2AODA 3EM4A 4ER1E 3HVGA 5P5PA 5P6RA 3K1WA 5P36A 3INHA 3FIVA 4B00A 5P49A 1SGZA 5C9FA 5DQ1A 3ZKGA 5DR8A 5P3SA 1CZIE 4YOBA 1E80E 5P06A 2NMYA 5P4YA 5TOLA 1SDTA 2OHKA 4Y36A 2IQGA 4JOOA 5AGZA 5SZ9A 5P56A 5P59A 5OZBA 3O9GA 5P6QA 3D3TA 2NR6A 5P3PA 5P5BA 5P6IA 3KMXA 2FDPA 4ZPFA 3OQKA 2BKSA 1OEXA 4LHHA 3EKWA 3FNSA 4K4PA 3PWMA 1LYBA 5P8UA 5P02A 5P78A 1ZPAA 4YA8A 1W5YA 2R38A 5P18A 2PK5A 1MT7A 2JJJA 3I25A 2R5PA 3AIDA 3OHHA 5P6UA 4DJUA 1YM2A 4L7HA 1BIMA 4S1GA 2AVOA 3SM1A 3EL9A 3Q3TA 1PSNA 5P2AA 5P2NA 5PEPA 5DQCA 4I11A 4R95A 4L6BA 1NH0A 4JP9A 4ZPGA 5P55A 4Y37A 1BXQA 3WZ6A 3CYXA 1LYBB 1NSOA 4RVIA 3VCMA 4J0PA 2PSVA 1K6VA 3GW5A 5OZDA 2R3WA 4I12A 3FSMA 5T4SA 3S7MA 3NR6A 4RCFA 2V13A 5P4MA 3PSYA 1BV9A 2O40A 3EBZA 2G1SA 1JLDA 1FMXA 3NU3A 4FRIA 5OZWA 3UDKA 1YM4A 1AVFA 5P4NA 3TPJA 2QP8A 3PMYA 4RVJA 1ZP8A 5P0DA 5P4ZA 5P6YA 4YOAA 3ZPTA 4Y43A 5KR8A 1FG6C 4EJKA 2Q15A 1PSAA 2AOFA 3JVWA 4J1HA 2FGUA 3OTSA 1A8KA 2VIEA 4Y3RA 3LHGA 3QROA 2QU2A 5B18A 5P11A 2RKFA 3PWRA 1C6YA 5ISKA 5OZHA 5P6XA 4I0DA 3LINA 5P54A 4Y50A 2R8NA 5P3HA 2QI6A 5P2BA 3URJA 3KF0A 1HVSA 5OZ3A 4A6BA 4XX4A 1XE5A 3DK1A 2QI3A 2PWRA 5P79A 1SIPA 3EM3A 1D4IA 3EKQA 4Y3XA 3IXKA 3DCKA 4CPSA 4U7QA 2G69A 5P2OA 5P5JA 2P83A 3CIBA 2Q3KA 3HVPA 4QLHA 5P7AA 3RTNA 5P4TA 2P3CA 5P6AA 5P4DA 1Z8CA 5P3XA 2F80A 5P2XA 5P5RA 1FQ4A 1HHPA 5IVRA 5P1YA 2UPJA 4LC7A 4RCEA 2HM1A 4FIVA 2G26A 3UDHA 1YG9A 5KOQA 1HEFE 5P7JA 5P33A 3NDWA 5P1AA 3S53A 3IN3A 5JG1A 5P3OA 5P72A 5JFPA 3PLLA 1FMUA 4MC6A 1D4KA 3DM6A 4Y5CA 4J0YA 4D85A 3DV5A 5OZ2A 5P3MA 4FAFA 5P4KA 3R2FA 4BELA 2V10C 5P3TA 4GMIA 5P6JA 4H3GA 1GNNA 1CPIA 4B05A 2O4SA 3UDJA 3LIVA 5HCTA 4KE1A 4CPXA 5P17A 1BDRA 2A4FA 5P7OA 3NUJA 5OZFA 5P8IA 4FAEA 5KR2A 2BKTA 2HPEA 4WTUA 1B6KA 5P2MA 2I4UA 3MSLA 4U8WA 1G35A 5ENMA 5ER2E 4NJVA 4NJTA 4GZFA 3OQFA 3EL0A 5P22A 5P8SA 3CIDA 3OK9A 3QI1A 3TPRA 4J5JA 4GJ9A 4EHCA 5JODA 3I2LA 1EC0A 5HDUA 3DUYA 1K2CA 2H6TA 5P3FA 5UPJA 3HDKA 3ZPUA 1HTFA 2IEOA 3KFPA 3LIQA 4RRSA 5SY2A 1J71A 1W50A 1T7JA 4I0GA 1MIQA 2F3EA 5I70A 4K4QA 1HIVA 1MT8A 2HS1A 2PSGA 1EPOE 4Y57A 5OYUA 5P77A 2G1NA 4AMTA 3O9CA 5P8MA 4IVSA 5P38A 2WEZA 3OUBA 6APRE 2RSPA 3UDNA 5P2QA 1W5XA 4Q5MA 1RL8A 2HPFA 4NKKA 5P8JA 5OZUA 3G70A 3EL1A 4HLAA 1WBMA 3SKGA 3B7VA 2I4WA 3T7PA 3G6ZA 1AAQA 1TCWA 2AIDA 5OZSA 1GVVA 4RLDA 3WZ8A 3VF3A 1DAZC 1AJVA 3I6OA 1M43A 1EC3A 1HPSA 4R92A 2P3AA 5P5VA 2WJOA 1ENTE 3SPKA 1G6LA 2ZHVA 5P3AA 1C6ZA 4YD4A 5P2KA 4ACUA 1T3RA 4A6CA 9HVPA 3QRMA 5OZIA 4J0TA 2FS4A 2NNPA 2HS2A 5ENKA 1LV1A 3NU6A 4YCKA 1FMBA 4FGXA 7UPJA 2QNPA 2QHYA 3EKYA 2XYEA 2G22A 3TL9A 3NDUA 2WL0A 4Q1YA 5P86A 1G0VA 5P7KA 4AA9A 5P0TA 2QMDA 4NJUA 3GGAA 1ODXA 3GI4A 4J54A 5P7UA 3SA4A 2PC0A 5P4HA 4LXMA 5P81A 5IS4A 1KJHA 3BGCA 3WZ7A 1MSMA 1GVWA 4GJDA 3HD8A 5P1NA 2AQUA 2R9BA 3EKXA 2IGYA 1PPKE 3GI5A 4J1CA 3SA7A 3IXOA 3VYDA 2FDEA 3NDXA 5P1TA 3VYFA 3UFLA 3S56A 5P0SA 2PWCA 5P6PA 5P80A 3LITA 3JVYA 5P3GA 5P68A 4F75A 1K1TA 5OZ5A 2HB4A 5P6SA 3UQXA 3U7SA 3RSXA 4EQ0A 4Y48A 2OHUA 5P0YA 5P4LA 5P03A 3EM6A 4YD6A 5P6OA 1LYAA 3O9EA 5P8AA 4KUPA 5OZTA 5ER1E 3QVCA 3EKTA 3KFNA 3NU9A 3IGBA 3PVKA 4Y4AA 5P3ZA 1ZTZA 3SA6A 2QMFA 4QGIA 5P5XA 4J1KA 1UH7A 3TH9A 4X2LA 5P62A 2QMPA 3OGQA 3QIHA 2ZE1A 5AH6A 1HPOA 4ZIPA 1RPIA 4Q1WA 3I7EA 4FS4A 1LYAB 5I3YA 3D1YA 4BFDA 3Q70A 3Q6YA 5P57A 5P6EA 1HEGE 3OAGA 5OZCA 4DJPA 4YHQA 5P1ZA 5P85A 4U7VA 5P15A 4I0EA 4DQHA 3OTYA 3CKRA 3UHLA 5P7ZA 1KJ7A 3QP0A 2AZ9A 4A4QA 5P5KA 3LIXA 4AUCA 1YTJA 1K6PA 2PSUA 4QJ9A 4GB2A 1META 3R0YA 3PWWA 1HSIA 1AZ5A 2V11C 4TVGA 3T11A 2F81A 3ZL7A 2ZJMA 4ZPEA 3KT2A 5BWYA 3L5CA 2ANLA 2RENA 4Y35A 4B78A 2QZKA 1EC1A 5P5SA 4J1FA 3GGVA 4ER4E 5P5TA 4I0HA 5HU0A 2I4XA 4M8YA 3O9FA 4QJ2A 4OBJA 5P65A 1LF3A 1B5FA 3BUFA 3N4LA 4FRSA 1QBSA 1ODYA 1B6MA 3EL5A 5P2FA 5P3CA 4CPUA 5P2UA 5F01A 5P4VA 2IRZA 5P5GA 3LZYA 5P4QA 3K5GA 3NYGA 1UH9A 2QAKA 1E5OE 5P75A 3TKGA 3ZKSA 3FNUA 5P4EA 4D88A 1B5FB 1MESA 4Y5KA 3SAAA 3BUHA 1W5WA 5P13A 5HDVA 2G1RA 5P5LA 1FKNA 2IKUA 4MC9A 2VIJA 3KN0A 3O9AA 3VV7A 3ER3E 3L38A 5SY3A 4Y4TA 1HXWA 1HVHA 3PEPA 4OBDA 1TZSA 4H3IA 3INEA 3U71A 1SDUA 3S2OA 5P5DA 5P39A 4Y47A 5P7XA 5P6DA 3IN4A 5P7YA 3DJKA 3OADA 3GI6A 4AZYA 4YE3A 4BEKA 5OYVA 3D91A 4QJ6A 4OBHA 4Y56A 4EJLA 3TPPA 4X7IA 5P1MA 3RTHA 4Q1XA 4H3JA 1NPWA 1TCXA 2IL2A 1ZLFA 2OHPA 5P0IA 2WF0A 5AH7A 2ER9E 3APRE 4Y4WA 2ZJKA 3OOZA 3OXCA 4I8ZA 4KB9A 2BB9A 3OADB 2ER7E 1UPJA 4HA5A 1QS8A 1HRNA 1BDLA 4Y38A 2QNNA 1PROA 2G1YA 5OZRA 5P5CA 2XFIA 1HSHA 5P8LA 5P08A 3FX5A 5HE5A 2QI7A 5COOA 4EXGA 1FEJC 4OBZA 3K4VA 2IS0A 1YTIA 2HB2A 4I10A 3GGXA 3RSVA 2OHRA 5P0KA 4ZEAA 3S7LA 5P0FA 4OC6A 4CPQA 3EKPA 1MVPA 5P0WA 3BC4A 1XN3A 2ZYEA 4APEA 2JJIA 5P4UA 3NWXA 3IXJA 4GJCA 3CKPA 3OHFA 5CONA 5P0HA 3M9FA 3UF3A 3VV8A 2BJUA 5P69A 8HVPA 4OBZB 1HXBA 1FGCC 2AOIA 4RYGA 3VF5A 5P47A 5P0ZA 2ZJJA 5P2DA 5P83A 5P8RA 1PPLE 1ZJ7A 4OC6B 5P37A 5P4BA 3FV3A 1OD1A 5P20A 1HTRB 2V00A 1D4LA 5P7NA 1B6LA 5P25A 3SACA 3KMYA 5P7CA 4YBIA 3QPJA 3MSJA 1SIVA 2J9KA 2B8VA 5OYTA 1B6PA 1LYWA 1N49A 1LS5A 2WF2A 1RQ9A 4B1CA 5P45A 3GI0A 3LZVA 3K5FA 3O9DA 3UQPA 2QZWA 4B1EA 1A30A 3OUDA 3QBHA 3T3CA 2CEJA 5DQ4A 5P2YA 2FLEA 5P7BA 2BPVA 1LYWB 1A94A 5P44A 5HTZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GNM A;  2IEN A;  3I8W A;  3T7X A;  4DQF A;  4Q1N A;  2ZHU A;  3L5D A;  3OQ7 A;  2QK5 A;  2Q55 A;  2AVM A;  2B7Z A;  5P5F A;  4Y3F A;  3CYW A;  5P0U A;  5C9D A;  5P48 A;  5HDX A;  5P1H A;  4D83 A;  5P8C A;  5P31 A;  4Y5M A;  3UPJ A;  3UDQ A;  1MTB A;  3HBO A;  5P5Z A;  3D1X A;  5P2T A;  5P2W A;  3LIZ A;  5P6B A;  1QBU A;  2OHN A;  1BWA A;  2VNM A;  5OZZ A;  4RRN A;  5P1Q A;  3R4B A;  4MC1 A;  1GKT A;  1LEE A;  1K1U A;  4I0Z A;  5P34 A;  4Y3T A;  3O9L A;  5KQY A;  3UDM A;  5P09 A;  5P3B A;  5I3V A;  2BBB A;  1B6J A;  3URI A;  5KOS A;  5P5U A;  5OZ1 A;  1FF0 C;  1NPA A;  3WB4 A;  1D4J A;  1AID A;  4EJ8 A;  3URL A;  1HVJ A;  5P5W A;  3PSU A;  2WEC A;  3SA8 A;  3O9L B;  1FQ7 A;  2Z4O A;  4LAP A;  5P8Q A;  3INF A;  4Y39 A;  4DUS A;  3O9B A;  2P8H A;  3OUA A;  5P4A A;  2J9J A;  5P0C A;  5P1D A;  2R3T A;  1FLH A;  1ZBG A;  5I3X A;  5P8F A;  5P01 A;  2UY0 A;  3ZKQ A;  4ER2 E;  5DR1 A;  3ER5 E;  4Y3J A;  4J1E A;  4Y44 A;  5P7Q A;  3BVA A;  5IVT A;  4J17 A;  1HOS A;  2J9J B;  3GGU A;  2QD7 A;  4LXK A;  5P27 A;  5P41 A;  1IBQ A;  3UDP A;  1EED P;  5P3I A;  4Y3P A;  4XXS A;  5P3R A;  3TKW A;  2VJ6 A;  3SA5 A;  3ZKI A;  1BVE A;  5P4P A;  5P3V A;  3UQU A;  5P2V A;  5P6L A;  1EAG A;  2V0Z C;  2P4J A;  4EYR A;  2I4V A;  3NU4 A;  2ZHS A;  5P4W A;  5HE4 A;  1FB7 A;  5P0B A;  4PZX A;  1UH8 A;  5P6K A;  3PGI A;  5KAO A;  2HIZ A;  1SMR A;  5CLM A;  4Y3H A;  3ZLQ A;  3MXD A;  3ZKM A;  5FIV A;  5P7V A;  5P0O A;  2ZDZ A;  3OQD A;  4CKU A;  2G21 A;  2QNQ A;  1HTG A;  3O9I A;  5OZG A;  3KFS A;  3ZMG A;  4PPH A;  4QJ7 A;  5OZ4 A;  2AOC A;  5P7M A;  3F9Q A;  1DIF A;  1IZD A;  4L7G A;  3EL4 A;  1XN2 A;  5KQF A;  1FQ6 A;  2WHH A;  4FRK A;  1FQ8 A;  1TQF A;  4FLG A;  4E43 A;  5OYW A;  2ZJI A;  4CPW A;  4J0Z A;  5P4F A;  5OZ7 A;  3RTM A;  4RCD A;  3OWN A;  1D4H A;  1ZSR A;  4Y4E A;  4LXA A;  1PPM E;  4B0Q A;  4Y6M A;  4TRY A;  5P04 A;  3SQF A;  2I4D A;  4Y5N A;  2ZJL A;  3QN8 A;  2I1A A;  2P3D A;  1MER A;  4Y4D A;  5P32 A;  3PCW A;  2Z54 A;  4Z2Z A;  3KDD A;  3PLD A;  1FG8 C;  5P35 A;  3HAU A;  1HWR A;  5P82 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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