1HSHA

Crystal structure at 1.9 angstroms resolution of human immunodeficiency virus (hiv) ii protease complexed with l-735,524, an orally bioavailable inhibitor of the hiv proteases
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-II PROTEASE
publication title Crystal structure at 1.9-A resolution of human immunodeficiency virus (HIV) II protease complexed with L-735,524, an orally bioavailable inhibitor of the HIV proteases.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hshA00
3OU4A 3WSJA 5P89A 2FLEA 5P0GA 1D4YA 5P2SA 1OEXA 1HSGA 4H3JA 3WZ6A 5P7OA 1ZSRA 5P5VA 1FLHA 2I4XA 4ZSMA 4RVIA 5DPZA 4RCDA 5OYUA 1QDMA 3URJA 3VF3A 2V0ZC 4H3FA 3I2LA 5P4CA 2VJ6A 3L5CA 3VEUA 3I6OA 3QI1A 4DJPA 3DM6A 3EC0A 3O9CA 5P6KA 5P0VA 3LIXA 4PHVA 2ER0E 3O9EA 1EC1A 2RMPA 1AAQA 3UTLA 5OZZA 3JVWA 5P5DA 1W5YA 4FLGA 5P3RA 5P3DA 4OC6A 5OZ2A 5P0YA 3PB5A 5P1DA 4QJ7A 3OADB 4Y3QA 4NPTA 3EXOA 3SA5A 4YE3A 3KT2A 4OBZB 3U7SA 1PPLE 1GVUA 3QIHA 4GJ5A 5P6LA 4Y3JA 2AIDA 2F3KA 3PSUA 4YCTA 5P8AA 1HEGE 3NR6A 3NU9A 3LIVA 4PPHA 5P3XA 5P0OA 4R5NA 1HTRB 3DJKA 4NKKA 5AHBA 3L5BA 1AIDA 4FSLA 5P68A 1LV1A 1SP5A 3UDPA 1FFIC 2AODA 4J54A 1A9MA 4RYCA 5P57A 3UQPA 1SIPA 4QLHA 2OHQA 4Y4TA 3HZCA 2ZHVA 4OBDA 1DW6C 1NH0A 4Y36A 4RYGA 4EJ8A 4DJWA 3PSGA 1HVHA 2OHNA 2ZHUA 4Y3TA 1QBRA 3TL9A 1UH8A 3KT5A 3TKGA 1A94A 5P5QA 2G24A 3GI6A 1ZTZA 1YX9A 2V12C 3JVYA 5P7PA 4GJDA 5IVQA 5SXNA 1APUE 3ZKQA 5P1QA 2R9BA 3LITA 4H1EA 3MSJA 3L5DA 3INHA 5P00A 4FRKA 1AJVA 5P46A 2RKFA 2AVVA 3LIZA 1HPXA 2R5PA 1T7IA 1EEDP 1AJXA 3OUDB 3S43A 3TPLA 1W6HA 2XYFA 4MC1A 5OZCA 5I3XA 5P0RA 2IENA 4R8YA 3VG1A 3OY4A 4B00A 5DQ4A 1KJ7A 3VFBA 1LYWB 3S7MA 1A30A 3LPKA 3PRSA 5P4LA 5P8LA 1LYBB 4Y5CA 4FRJA 5BRYA 5P4OA 2QD6A 5P8FA 2BB9A 2G20A 4Y5NA 4D88A 5BWYA 5I3YA 2AQUA 5AH8A 4BFBA 5P1WA 3N3IA 3ST5A 5P28A 5P45A 5P2AA 4EJLA 2XFJA 3OK9A 4DJUA 1LYAB 3ZKGA 4Y9WA 1SIVA 4ZPEA 1UH9A 2VA7A 4Y4UA 3OU1B 2B7ZA 1WBMA 1TQFA 5P7ZA 2V13A 2HB2A 1RL8A 4UPJA 5HU0A 5P1JA 3IXKA 2A1EA 2WEDA 3O9FA 5ENMA 4FAFA 4Y3AA 5P6UA 3KFSA 2NMYA 3NWXA 4EQJA 2O4LA 4I0FA 4I12A 5P4XA 5P6BA 1OEWA 2QI4A 5P1TA 3KFPA 5P6NA 4DV9A 1RPIA 2ASIA 3TPPA 2QNQA 2JJIA 3WB5A 1CZIE 5P8UA 3EKTA 5P3AA 1MUIA 2WF0A 1TZSA 1XE6A 3C9XA 2OHPA 2ZDZA 5P04A 4QJ9A 5P4NA 5P7LA 1MTBA 1HVSA 5P3BA 5P61A 4IVSA 4YCKA 5AH7A 5P4IA 3AUPA 1A8KA 3PWMA 5P47A 1IDBA 4X7IA 2QD8A 2QCIA 3QP0A 4J1EA 2I0DA 3ER3E 1C6ZA 1D4SA 4B05A 2HB3A 2Z4OA 3OHHA 4ER4E 3NYGA 3VFAA 4LHHA 5P7CA 2QAKA 5P60A 2VIJA 1T6EX 3DCKA 4U7VA 1MSNA 1DP5A 2J9JB 3KMYA 3URLA 1HXWA 5JFUA 4F73A 4Y4GA 5SY2A 2B8VA 3PHVA 4DH6A 4J1KA 4CPXA 3GGAA 1APWE 3UCBA 1FQ7A 5P1IA 5P5EA 4DJQA 1EC0A 2P83A 3OHFA 1DIFA 5P03A 3SQFA 4Y35A 4J0VA 3QROA 4EQ0A 5HVPA 4Y51A 4YDGA 4I8ZA 5P3IA 4ZLSA 5P53A 1MSMA 1IDAA 2I4QA 2NXMA 1EPOE 4ZE6A 2AOCA 2QK5A 4QJ2A 1SGUA 3LZSA 4Y53A 5P3PA 5P74A 5P2WA 5P6RA 1M4HA 5P5PA 1SDVA 3VV6A 5C9DA 2BPVA 5P37A 5P29A 4Y54A 3INEA 5P19A 1PSAA 4OBFA 3OXWA 1OHRA 2FDEA 2OHTA 5P41A 1KJFA 1MPPA 4I1CA 4YBFA 1JLDA 4J17A 5P2CA 5P3FA 1D4KA 4OD9A 5P2NA 3EL4A 5P5TA 3OTSA 4MC6A 4Y48A 3T7PA 3OUCA 1FFFC 3BC4A 5P7QA 5OZRA 2VJ9A 2QI0A 5OZDA 3KYRA 2OHUA 1M43A 5IVSA 3OGQA 4TVGA 2BPWA 3S45A 1TSQA 4FL8A 5COKA 5P2KA 4M8YA 5P1ZA 5EZXA 6FIVA 4KUPA 5P38A 4B72A 3PVKA 5DR8A 3ZKIA 3FX5A 2F3EA 3T7QA 3BUHA 2PH6A 3NU5A 5DR0A 3R2FA 4EJKA 5KR2A 3VV7A 2APRA 5P2RA 2O4SA 5CLMA 1E82E 5IVTA 5KR1A 3D3TA 3I7EA 5AHCA 2IGXA 3O9DA 3SM2A 2NMZA 5P2YA 1F7AA 5P3HA 2FNSA 2F80A 5P7BA 3ZKXA 4DJOA 1SDUA 5P8VA 3Q3TA 6UPJA 5P2HA 5P62A 1ZPAA 3TTPA 4HDFA 3NWQA 2I4DA 5IVRA 1DMPA 1YTGA 3ECGA 2WEZA 2B42A 4BFDA 1B6LA 1LF4A 5P6ZA 1IZIA 5P3EA 5P6FA 3EL1A 4FRIA 3ZOVA 3WZ7A 4Q1YA 4OBHA 3APPA 1SMEA 3G70A 3IVIA 5P7VA 3OQDA 3TH9A 5OZNA 5P0AA 5OZEA 3BHEA 2QU3A 2QZWA 3EL9A 4K4RA 2G22A 3SM1A 3K5CA 3OQKA 3OXXA 3HLOA 4QJAA 1D4IA 3SA8A 2OHMA 4HLAA 1ER8E 3S53A 4HVPA 2ER6E 4PZXA 1HIVA 5P6OA 1G6LA 1G2KA 3PCZA 3KA2A 3PEPA 4ER2E 2FDPA 3NLSA 5P1SA 3GI4A 4COEA 3K5FA 1HIHA 5P3OA 5OZ5A 5P1LA 2O40A 1FEJC 1QBSA 4K4PA 4Y5GA 3SABA 5P56A 1PPME 4JPCA 5KQYA 1HVIA 2OHRA 3MXEA 3PWRA 3MSKA 2F8GA 4J1CA 3D91A 3TKWA 2F81A 2G1RA 5P0XA 1K6VA 4HZTA 4RVXA 1E80E 3HAUA 4J1HA 2Q64A 5P4YA 1FF0C 5HU1A 3NU4A 5P3YA 4Y5BA 3PMYA 4YD3A 3SA6A 1LS5A 5P5SA 5P1VA 4Z2ZA 1EPME 2ZHSA 4HDBA 4GIDA 2G69A 2QNNA 5P4JA 5P7AA 5P7RA 3GW5A 6APRE 3LPJA 1B11A 2Z54A 4QJ6A 5C9BA 1PPKE 1META 3CYXA 1G35A 3EM3A 4RROA 4HA5A 1HPSA 1DAZC 3EKXA 5P69A 3L5EA 5AHAA 5OZ6A 2UXZA 3HDKA 4EWOA 1MRWA 1KZKA 1KJHA 3BXRA 4NPUA 1QRPE 5P63A 4LXKA 2G21A 2JYSA 1FB7A 4U7QA 4Y3ZA 3GI5A 3KM4A 5BS4A 1NPVA 5OZ8A 4D89A 3K5DA 3M9FA 5P2GA 5P12A 4YOAA 1K6TA 3RTHA 7UPJA 2PK6A 5P77A 5P54A 5P1FA 4I0HA 5P6MA 4RLDA 3MWSA 3B7VA 5COPA 2P3BA 3FKTA 4Y56A 3MXDA 2VIEA 3EL5A 4ZSRA 2IEOA 5P1OA 2HS2A 1BAIA 5P5WA 7HVPA 5HE5A 5P5HA 2V11C 1K6PA 2A4FA 1APVE 3PM4A 5P05A 5DR1A 3UPJA 2UPJA 2I4UA 3O9LA 5P7UA 5JG1A 5P8HA 4R91A 4AA8A 5OZXA 3UFLA 2FXDA 4FCOA 4Y4AA 4OBGA 4APEA 3T11A 1MESA 4M8XA 1B5FA 5P1GA 2G1SA 5P7SA 4GB2A 5P3NA 1K6CA 5P75A 4R92A 3TPRA 2PSUA 5KQZA 1MTRA 5JODA 2QI1A 2P4JA 1FQ6A 3T6IA 5P7FA 1WKRA 4A6BA 4CPSA 3FIVA 2OAHA 1HOSA 4Z22A 1EPPE 1HSIA 3NDUA 3NXEA 4GYEA 3VYDA 4F76A 4Y45A 5P2EA 1XL5A 5P59A 5P5ZA 3OAGA 4FE6A 3QVCA 3SAAA 5P06A 5P2UA 5P84A 3TPJA 3FNSA 4Y3EA 4GJ8A 5P2TA 2CEMA 3RU1A 3U6AA 1MERA 4R93A 4NJVA 3UDQA 3IA9A 5AH9A 5OZ0A 1EBKC 2RSPA 2ZE1A 5P0BA 3SA4A 2ZHTA 5P15A 2QU2A 4WY6A 1T7KA 5P6CA 3ZL7A 1T3RA 1PFZA 3BXSA 5P5CA 3H0BA 3LZUA 4RRNA 3UDKA 5P3WA 3PMUA 4ER1E 2JJJA 4J5JA 4AMTA 3S7LA 4XX4A 5OZGA 5OZIA 1B6PA 2QZKA 4Y47A 5P33A 5OZ4A 5P11A 1LEEA 3VV8A 4YD6A 1QBUA 5P7EA 5P8GA 5I70A 2VNNA 5P48A 5OYSA 5P07A 2G1OA 4BELA 1T7JA 2ZJLA 2I0AA 4I0GA 3EM4A 1F34A 3SO9A 5P4RA 2JE4A 5OZUA 5P0SA 5P7WA 3BGCA 3R4BA 1FMXA 2HPFA 3DV5A 2ZJIA 4B77A 5P16A 1BBSA 5P2FA 3DUYA 1UPJA 3URIA 5P7GA 1HXBA 4LXMA 2WF4A 4KB9A 4Y6MA 5P65A 3VF5A 5DGUA 4Y3HA 4LBTA 1FG8C 1GVTA 3RSXA 1HTEA 2Q54A 5P22A 5P7HA 4CPRA 3QBHA 1BIMA 5DQ1A 5P0MA 5P8KA 5P8CA 5OZFA 2QMPA 2WHHA 1XN2A 3VYFA 4NJTA 5P32A 1ZLFA 1ZSFA 5J25A 3OADA 4OBZA 3HW1A 2I4WA 3L38A 1D4LA 1YT9A 3CKTA 4DPFA 5P8NA 4FAEA 1HVCA 3QBFA 2QMGA 2ZJMA 5P4EA 3L3AA 2HM1A 2QHYA 5I3WA 3SKGA 4QJ8A 2O4NA 4DVFA 3GGVA 5KAOA 5P5RA 3TLHA 3ZKMA 4Z4XA 4F74A 5OZHA 1FMUA 4Y38A 5P7XA 2G27A 3TNEA 3OOZA 4L1AB 2FIVA 3S54A 3OUAA 5DGWA 3VF7A 3HVGA 4EHCA 3D1YA 1TSUA 3B80A 3FV3A 4GJAA 2WECA 2PSVA 3BUGA 4LP9A 9HVPA 1EAGA 5P5KA 1E5OE 2AOFA 4LAPA 1FQ5A 3LIQA 1YM2A 5OZJA 5P6GA 5P6XA 4I10A 1FMBA 4JP9A 3PI5A 5E5JA 2VA5A 4XXSA 3DK1A 5P7NA 4PZWA 4EYRA 5P55A 5HDUA 5P4ZA 4WY1A 2HS1A 2WKZA 5P73A 3D20A 5P79A 2FDDA 3T3CA 5P5YA 4I0DA 5OYVA 1TCXA 1ODWA 5KR8A 1CMSA 2BBBA 4JOOA 5P0CA 1QBTA 4DJVA 1LZQA 3HAWA 3OUDA 3SLZA 4YOBA 5OZPA 5OZWA 5DQ5A 3S56A 2JXRA 5P0HA 1QS8A 5COOA 5P8OA 1DPJA 1GKTA 3K4VC 1FGCC 3VLBA 1LYWA 4YD7A 2ZHRA 1LYBA 4Y3RA 3PWWA 3RTMA 5OZVA 5P76A 1ODYA 5P3MA 5P7YA 2IL2A 2QI7A 2V10C 3JW2A 5P7JA 1Q9PA 1XS7D 2AVMA 1GNOA 2HPEA 3DV1A 1RQ9A 1LYAA 3R0YA 5P7DA 4I8WA 4MC2A 4ZPFA 3OU1A 5P6AA 3SA3A 3S85A 5OZQA 1HTFA 5P6VA 4Y44A 3OU4B 1EC2A 5P8IA 5P78A 5KQXA 1CPIA 5P3TA 1IZHA 3KFRA 1SH9A 2IKOA 4J1IA 3NUOA 1IVQA 5OZ9A 5SZ9A 5ER2E 4Y3DA 1TCWA 4GJ6A 4XKXA 1B6JA 1K2CA 4YD4A 2QMDA 4L7HA 5OZOA 1OD1A 3KDBA 3T7XA 3D1XA 3SPKA 5HCOA 5SY3A 2VJ7A 4FSEA 2H6TA 5P6IA 1LF3A 3VYEA 5TOLA 2RENA 4RZ1A 4I11A 3SA7A 3CIBA 3UDYA 5UPJA 5P8QA 5P4TA 3CMSA 4S1GA 5KOQA 1HVRA 5P31A 3CIDA 2QI5A 3LNKA 5P1KA 4B1EA 2QHCA 1PROA 4OC6B 4RVJA 5P85A 5P0ZA 1BILA 4A6CA 2ER9E 3UQRA 5OZLA 3NDWA 5HDZA 4ZSQA 2FGVA 4I0ZA 1BXOA 5DR7A 5P3GA 1AM5A 4CKUA 1K1TA 2PMAA 5DQCA 5P2LA 5APRE 3UDJA 2QD7A 4Y5EA 4J0ZA 2EWYA 1Z1HA 5P8PA 3WB4A 2OHKA 3FNTA 2J9JA 3RSVA 5P2IA 4NJUA 3L5FA 3QN8A 3ZKSA 4DFGA 2NNKA 5I3VA 3U71A 3QRSA 3LZVA 2WL0A 5P08A 4FM6A 5P3CA 4GJ7A 4YDFA 4B1CA 5P39A 4Y4DA 2PQZA 4JPEA 4H3GA 3IGBA 1FIVA 3O9AA 2AZ9A 4FGXA 1BDLA 2CEJA 1ENTE 5ER1E 1SDTA 2BJUA 3EKYA 5P5GA 5P4UA 4Y3YA 5OZ7A 3GGUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU4 A;  3WSJ A;  5P89 A;  2FLE A;  5P0G A;  1D4Y A;  5P2S A;  1OEX A;  1HSG A;  4H3J A;  3WZ6 A;  5P7O A;  1ZSR A;  5P5V A;  1FLH A;  2I4X A;  4ZSM A;  4RVI A;  5DPZ A;  4RCD A;  5OYU A;  1QDM A;  3URJ A;  3VF3 A;  2V0Z C;  4H3F A;  3I2L A;  5P4C A;  2VJ6 A;  3L5C A;  3VEU A;  3I6O A;  3QI1 A;  4DJP A;  3DM6 A;  3EC0 A;  3O9C A;  5P6K A;  5P0V A;  3LIX A;  4PHV A;  2ER0 E;  3O9E A;  1EC1 A;  2RMP A;  1AAQ A;  3UTL A;  5OZZ A;  3JVW A;  5P5D A;  1W5Y A;  4FLG A;  5P3R A;  5P3D A;  4OC6 A;  5OZ2 A;  5P0Y A;  3PB5 A;  5P1D A;  4QJ7 A;  3OAD B;  4Y3Q A;  4NPT A;  3EXO A;  3SA5 A;  4YE3 A;  3KT2 A;  4OBZ B;  3U7S A;  1PPL E;  1GVU A;  3QIH A;  4GJ5 A;  5P6L A;  4Y3J A;  2AID A;  2F3K A;  3PSU A;  4YCT A;  5P8A A;  1HEG E;  3NR6 A;  3NU9 A;  3LIV A;  4PPH A;  5P3X A;  5P0O A;  4R5N A;  1HTR B;  3DJK A;  4NKK A;  5AHB A;  3L5B A;  1AID A;  4FSL A;  5P68 A;  1LV1 A;  1SP5 A;  3UDP A;  1FFI C;  2AOD A;  4J54 A;  1A9M A;  4RYC A;  5P57 A;  3UQP A;  1SIP A;  4QLH A;  2OHQ A;  4Y4T A;  3HZC A;  2ZHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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