1C70A

Alternate binding site for the p1-p3 group of a class of potent hiv-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in 80's loop.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (PROTEASE)
publication title An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1999-12-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1c70A00
5P0BA 1HVHA 3PLLA 4NJTA 1YTHA 5KR2A 2V12C 1FMUA 3QVIA 5P81A 3NXEA 3SKFA 5P0TA 1HVLA 5P8OA 5P37A 2XFJA 1SH9A 2AOHA 2CENA 4E43A 5OZBA 1LF2A 5P1YA 4R91A 2G1SA 1DAZC 5P8LA 5BS4A 2AVSA 1APTE 4RRNA 2PWCA 5COKA 4H3GA 1W5VA 2G20A 5OZMA 3R0WA 2HM1A 5P4UA 5P4JA 5P7ZA 3BRAA 5BWYA 1B6PA 5AHBA 5P6UA 4B1CA 2AQUA 4YD5A 1RNEA 5P63A 1HRNA 1IVPA 2I4DA 4XKXA 3UDJA 1YTGA 1UH8A 4EJ8A 3OGQA 5P1DA 4FL8A 2OHQA 2XFIA 4Y4GA 5P62A 4DQFA 2HPFA 3OGPA 3WZ8A 5P6YA 4I0ZA 1XN2A 4J1IA 4Y4BA 4A6BA 1FG6C 1DIFA 4U7VA 1HSGA 5P0QA 5HD0A 3QP0A 1EPLE 2P3AA 4LHHA 1HHPA 3FSMA 4BELA 2R3TA 5P07A 5P5XA 5AGZA 5P2BA 4ZPFA 5P19A 2BPWA 5P6EA 5P3RA 2HB2A 5DR0A 5OYZA 3OWNA 5P6WA 3KFPA 5IE1A 5P1VA 5P7AA 4Y3TA 2WEZA 5OZ8A 5P6XA 3GGXA 5P6GA 1APUE 4K4RA 5P6TA 5P1JA 4OBFA 2IEOA 2JYSA 3K5CA 3KN0A 5E5KA 3WZ6A 3Q4BA 4DPIA 1K6TA 3H0BA 2I0DA 2VJ6A 3PWMA 3DV5A 1VIKA 3WB5A 3BUGA 1RV7A 5OYQA 1HTFA 4XX4A 1LEEA 3T3CA 3O9HA 5DGWA 4FE6A 2QZXA 1PPME 3LIVA 3D1XA 3EM3A 4J5JA 5P0NA 1HXBA 4ZIPA 5P7IA 3NXNA 1MERA 5OYXA 1TSQA 3BVAA 1HPVA 3N3IA 4D89A 1YTIA 3CIDA 5P1XA 1B11A 2BKTA 4H3FA 3UDKA 5HU1A 5P1GA 2RENA 5OZFA 5OZSA 5P3MA 4FSEA 5P1PA 4RROA 5P4DA 3DCRA 5P12A 5P4WA 5P17A 2ER6E 2WEBA 5P2JA 4GB2A 3EL0A 4L7GA 3APPA 3OADA 3CYXA 1BDRA 1A9MA 2WECA 3OAGB 2PH8A 3Q70A 3PRSA 4Z50A 5P0MA 3VSWA 4BEKA 4JOOA 2CEJA 4I8WA 4U7QA 1TSUA 2AVQA 2Q54A 5P4CA 4Y4WA 5P39A 1ODWA 4RGHA 5P6HA 2ZJIA 4ZSMA 1W5XA 5P0FA 3JVYA 5HE7A 1HPOA 4LXKA 2J9JA 5OZKA 4NPTA 5P13A 3IGBA 3HW1A 5P2HA 2PK6A 5P8DA 1BAIA 1BILA 2G1RA 5P55A 4ZLSA 2FXDA 4COEA 2B8VA 1K1UA 1BDLA 5OZQA 2OHTA 3MSKA 3HDKA 5P5LA 3UFNA 2AOJA 1FQ8A 1D4LA 1OEWA 2SAMA 1G6LA 3L5EA 1K1TA 3HVPA 1NH0A 2O4LA 5KR0A 3HLOA 1B5FB 2ZJHA 3T7PA 5P3TA 5P7YA 2UPJA 4ZPEA 5P69A 2P4JA 5P5GA 2VIJA 4MC2A 2ZJLA 3DCKA 2AVOA 3CKRA 2WEDA 2I1AA 1HEFE 3G72A 4Y3YA 5P7CA 3TNEA 3EKYA 4DQBA 3PSUA 1SDTA 3R1GB 4YDGA 1XE5A 3VF7A 3OU4B 4J1KA 3OUAA 4Y48A 5P4RA 4CPTA 3LIYA 1HVRA 5HDVA 2P8HA 4FRSA 3BXSA 3EKQA 2OHRA 5COPA 2FDEA 5P0AA 1A8KA 3I8WA 2CEMA 3IXJA 4Y53A 5T4SA 1HIIA 4PZXA 3OU1B 5P8FA 5P5BA 2OHSA 4KUPA 5P0WA 5P3SA 5OZ9A 5KOSA 5P84A 1MT8A 4Y4AA 4DPFA 5OZRA 5P3LA 1MSNA 3VEUA 4K9HA 4AUCA 1PSOE 1EPRE 3LITA 4IVTA 3SO9A 4B77A 5OZ5A 3VYEA 4GJ8A 2PMAA 4Y5KA 2PK5A 3NYGA 1GVVA 3OTYA 5OZJA 1HSHA 3QVCA 3KDDA 4Y51A 5HE5A 2QI5A 3UQUA 1BVGA 2IQGA 3OQAA 1W6HA 4Y3DA 4FSLA 5P7PA 4Y5LA 4H1EA 3S43B 5EZXA 2WF3A 1W5YA 2R38A 4B78A 3FNSA 5P8BA 3LZUA 1TCXA 5ENMA 3QS1A 5P5AA 5OZ2A 4FGXA 3RTHA 3FX5A 5P1LA 2QU3A 2WL0A 2VIZA 1XE6A 1WBKA 1SGUA 2AZCA 5P2ZA 3SA7A 5AHCA 2QMGA 4J17A 3GGAA 4GJ6A 3PEPA 4ZSRA 4Y35A 2Q5KA 3ER5E 2HS1A 3OXVA 3EM4A 1LYAB 2HB4A 3URIA 1FQ4A 3UF3A 4TRWA 2QZWA 4J54A 1HBVA 1BBSA 4D85A 4BFDA 1K2CA 4D83A 4DI2A 5P10A 2QMDA 5HDUA 3GGUA 4YOBA 5OYWA 4RYGA 1KJ7A 5HE4A 4PPHA 4GJ5A 4L1AA 2F81A 1VIJA 5C9DA 3ZLQA 1BV7A 5SZ9A 2I4XA 5P80A 4J1HA 4GMIA 5SY2A 4OBDA 4HEGA 2B7ZA 4BFBA 2QHYA 4Y37A 1YX9A 2BB9A 4FRIA 2R8NA 3OUBA 3GI5A 5OZPA 5P0HA 5P1MA 2AODA 5P4TA 1N49A 4ER2E 2QI7A 2R5QA 5P8QA 4JPCA 1LF4A 2VJ7A 2UY0A 3UDHA 5P0JA 5P6CA 4I8ZA 1AAQA 5P2NA 4Y3NA 3MSLA 3T11A 2QHZA 4DJVA 1J71A 4PEPA 4R5NA 3U71A 4Y5PA 3URJA 3NDUA 1PPLE 4DQGA 5BRYA 4FM8A 4K8SA 4ZSQA 3TOGA 4DJUA 1LYBB 4LBTA 3R0YA 5P2AA 1OHRA 1DMPA 3I2LA 2VKMA 3O9LB 4OBHA 3S53A 5P2GA 3ZKXA 5F01A 1MSMA 2F80A 2P3DA 2P3BA 5P5QA 3D3TA 5P6VA 3VFAA 5P2OA 4LAPA 1F34A 1FIVA 2JXRA 2B7FA 1YM4A 1F7AA 1K6CA 4Y3HA 4Y3WA 4Y3MA 4GJBA 5P7MA 2PWRA 2OHKA 2BBBA 3O9AA 5P49A 3EL5A 5OYYA 3QRVA 5P1AA 1HVJA 1BXOA 2QAKA 3AIDA 3OQKA 1HEGE 5EZZA 3SA6A 5P2EA 2AVMA 2BPZA 4UPJA 2I0AA 4R95A 1APVE 3CMSA 4MC6A 2G1YA 2Q64A 1SGZA 2G27A 4K4QA 1XL2A 3L5DA 3TPRA 3UPJA 4Y39A 2IKUA 5P4IA 8HVPA 2NPHA 2QMFA 1C6ZA 4DFGA 2IS0A 3QRMA 5OZLA 5P1ZA 5P76A 4RVJA 3SACA 5P25A 3WSJA 3S56A 4AZYA 4Y4JA 5P8IA 5UPJA 2ER9E 2QU2A 1MTRA 3KDBA 1HVCA 4I12A 2QZKA 1MRXA 4B1DA 2QK5A 2FNTA 5DR8A 3OOZA 5P3UA 3SFCA 1YG9A 1G2KA 5P88A 5KOQA 4FAEA 5C9BA 5DQ4A 1GKTA 5P3PA 1EBZA 3NU3A 3KFNA 4Y3GA 3TTPA 4MC1A 4EPJA 5P6NA 5P5PA 5IVSA 2WF2A 5HTZA 5SXNA 1ENTE 2OHLA 1EPQE 3KYRA 4Q1YA 5P58A 2AOEA 5P24A 4DJXA 4DQEA 2V10C 5P15A 2OHNA 2PC0A 5P4PA 5HDXA 3SKGA 1AVFA 1E82E 1HXWA 1U8GA 1NPVA 5P2LA 1FGCC 3OQ7A 5DR1A 5F00A 3I25A 5P6SA 5P7VA 4YD7A 5P6RA 5P6FA 2P3CA 2AZBA 2WHHA 4QJ8A 3G6ZA 4GYEA 3VV7A 3PCZA 4L7HA 2AOIA 5P03A 5P1HA 1MUIA 2XFKA 1SIVA 4AMTA 2WF0A 4J0ZA 5P20A 2O4PA 2QCIA 2BPVA 5ER2E 3EL9A 5P1UA 5P05A 1FG8C 4J1CA 2ZHSA 2QD8A 1SMEA 2B60A 4ER4E 4MC9A 3KMYA 4Y50A 1HWRA 5P09A 4F75A 5P16A 4Q1XA 4Y45A 5P6AA 5P7JA 1AXAA 1LYWA 3K5DA 3PM4A 3MXDA 2ZDZA 2G69A 2VA6A 2Z54A 3FNTA 5ISKA 1NPAA 3B80A 3NU4A 1QDMA 5J25A 4F73A 1GVUA 2V0ZC 5P4EA 1YTJA 3D91A 5P5WA 2NTRA 4Y3JA 5P35A 5P5VA 3LZYA 1T7IA 1LZQA 1IBQA 2R9BA 3KMXA 3L58A 5P3FA 4YDFA 3OOTA 1META 3NLSA 5OZVA 5P7GA 2XYFA 5P1NA 1CZIE 4RCDA 5P4ZA 3SA3A 3ST5A 7HVPA 3QPJA 5P5RA 4EJKA 5P06A 3URLA 2AOGA 3PI0A 5OZ1A 1EC0A 1T7JA 1E5OE 5P7SA 5ENKA 4QJ9A 3TLHA 1EAGA 4XXSA 1AZ5A 1IZIA 5P2VA 5P7DA 3PGIA 4NKKA 4CMSA 1CMSA 5P3CA 5P8RA 2APRA 5COOA 1T7KA 3M9FA 4RCFA 3UDYA 4OBZA 5AH7A 5P41A 3K4VC 3VV8A 3Q6YA 5I3VA 2Q55A 3SAAA 3CICA 2NR6A 4Z4XA 4NJSA 4Y3FA 5P79A 4RYCA 1FLHA 5OZDA 1BIMA 3NU9A 5P3NA 5P75A 3UDPA 4OD9A 5P3WA 1ME6A 3KA2A 3DM6A 3PCWA 3OADB 4B1EA 1B6JA 5P1QA 5P74A 1BWAA 3PHVA 3EKTA 5OZIA 4YCYA 5P4NA 1MT7A 1EC2A 5P3BA 3DK1A 4YBIA 2QI4A 3OAGA 3TPLA 3DV1A 3UFLA 5FIVA 3OY4A 1RPIA 4A4QA 5P33A 5P8CA 1DW6C 5P7QA 3FIVA 1TCWA 5P4BA 1IZEA 1Z8CA 3C9XA 1EC1A 5P7HA 3IA9A 5P5TA 2ZJKA 4CP7A 2J9JB 2ANLA 3O9CA 3PJ6A 1SDVA 5P8JA 3B7VA 5P7XA 4YE3A 4I1CA 2NXMA 5P3VA 2PQZA 4I0HA 5P3YA 5P7OA 5JODA 1RL8A 2OHMA 5P4GA 5P5JA 3ER3E 1QRPE 3UDRA 1EC3A 2J9KA 2IENA 4DVFA 5P5ZA 4RZ1A 5P0EA 3QAAA 5P5HA 3T6IA 4TVGA 5P8AA 1FFFC 2WJOA 3BGCA 2OF0A 1TW7A 1ZSFA 4A6CA 4X7IA 5P48A 2NNKA 3DOXA 4NJVA 5P7KA 5OZGA 2QNNA 6FIVA 2VNMA 3VF3A 3NR6A 3BUHA 4R92A 2O4KA 3EBZA 1M4HA 4DQHA 4ACXA 3I6OA 2VA5A 2V16C 2Q11A 2HS2A 1AJVA 5P56A 2FGVA 3O9GA 5P1KA 1RQ9A 3T7QA 5OYTA 1PSNA 3IVIA 1GVTA 2B42A 5P0IA 4QGIA 2FS4A 3GI4A 4LP9A 2H6TA 5P0UA 5ISJA 2QNQA 5P0OA 4J0VA 5P4FA 2BPYA 5P65A 1HPXA 5P6LA 1ZP8A 4J1EA 3L5CA 1BV9A 4HVPA 3BC4A 5P83A 3UHLA 3OQFA 5I3WA 3PWWA 2RMPA 4PZWA 4HDBA 2PSVA 5P6PA 3NDXA 1T6GA 1EBKC 5OZ7A 3PBZA 5P1CA 1IDAA 3SQFA 5P0XA 4DJRA 5P3KA 2OHUA 4Y3XA 1HTRB 4WY1A 5OZZA 2ZHTA 4L7JA 2IL2A 3VYFA 4OBKA 5OZXA 4DJWA 2ZYEA 5P18A 1W6IA 3ZKMA 2JE4A 1KJFA 4LL3A 5P2YA 4Y3ZA 5P77A 3EKVA 1ODXA 4AA9A 3PMUA 5P23A 2F8GA 1ER8E 5P0YA 4GJ9A 2IKOA 3CKPA 4WY6A 1TQFA 1OD1A 4K4PA 5P28A 2WKZA 3ZKSA 3LINA 4EQ0A 3NUJA 1XL5A 1QBRA 4DUSA 4ZSPA 3KFSA 4CPUA 5P1IA 4GIDA 1Z1HA 3VFBA 1ZBGA 5AH8A 3WB4A 4L1AB 5DR3A 1KJHA 5P67A 2IGXA 3FKTA 4CPWA 1FB7A 4ZEAA 4OC6A 1EEDP 5OZOA 5P72A 1SMRA 5P3OA 1WBMA 4I0JA 5E5JA 2NMZA 2JJIA 5P01A 4Y3SA 5P54A 3ZPTA 5P61A 3INFA 5P5SA 1EPPE 3LHGA 3CKTA 3OXWA 1B6MA 1AIDA 4HLAA 3PLDA 3NWXA 3K5GA 5P8HA 5OZCA 4DV9A 5PEPA 4LC7A 5DPZA 3S7MA 1EPNE 3EL4A 1LS5A 4TRZA 4Y5AA 5HCTA 4DJYA 1MTBA 4M8YA 1SP5A 1PFZA 3KDCA 4J1FA 3VLAA 3TPPA 4Y44A 4APRE 5JFUA 1D4KA 1HIVA 2O4NA 2BKSA 5P70A 1BDQA 3TPJA 3LPIA 5P4KA 4HDPA 3EL1A 4Y38A 5P2XA 3S85A 5P1BA 3S7LA 4YCKA 5P2RA 5P0KA 5OYRA 5P44A 1W5WA 5P73A 2V13A 4B00A 3VCMA 5P5NA 2WEAA 2QNPA 3NU6A 2VA7A 1EBWA 3SA8A 4D8CA 2ZJMA 2P3BB 5P3HA 2VS2A 4H3IA 3LPJA 1SBGA 1ZSRA 5P0DA 4EYRA 1Q9PA 5P5KA 4KB9A 3UQPA 1XS7D 3TKWA 1SDUA 5P2MA 1FQ7A 2Q63A 2QI1A 5P6JA 2F3KA 4GJAA 4Y43A 1HIHA 2IDWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0B A;  1HVH A;  3PLL A;  4NJT A;  1YTH A;  5KR2 A;  2V12 C;  1FMU A;  3QVI A;  5P81 A;  3NXE A;  3SKF A;  5P0T A;  1HVL A;  5P8O A;  5P37 A;  2XFJ A;  1SH9 A;  2AOH A;  2CEN A;  4E43 A;  5OZB A;  1LF2 A;  5P1Y A;  4R91 A;  2G1S A;  1DAZ C;  5P8L A;  5BS4 A;  2AVS A;  1APT E;  4RRN A;  2PWC A;  5COK A;  4H3G A;  1W5V A;  2G20 A;  5OZM A;  3R0W A;  2HM1 A;  5P4U A;  5P4J A;  5P7Z A;  3BRA A;  5BWY A;  1B6P A;  5AHB A;  5P6U A;  4B1C A;  2AQU A;  4YD5 A;  1RNE A;  5P63 A;  1HRN A;  1IVP A;  2I4D A;  4XKX A;  3UDJ A;  1YTG A;  1UH8 A;  4EJ8 A;  3OGQ A;  5P1D A;  4FL8 A;  2OHQ A;  2XFI A;  4Y4G A;  5P62 A;  4DQF A;  2HPF A;  3OGP A;  3WZ8 A;  5P6Y A;  4I0Z A;  1XN2 A;  4J1I A;  4Y4B A;  4A6B A;  1FG6 C;  1DIF A;  4U7V A;  1HSG A;  5P0Q A;  5HD0 A;  3QP0 A;  1EPL E;  2P3A A;  4LHH A;  1HHP A;  3FSM A;  4BEL A;  2R3T A;  5P07 A;  5P5X A;  5AGZ A;  5P2B A;  4ZPF A;  5P19 A;  2BPW A;  5P6E A;  5P3R A;  2HB2 A;  5DR0 A;  5OYZ A;  3OWN A;  5P6W A;  3KFP A;  5IE1 A;  5P1V A;  5P7A A;  4Y3T A;  2WEZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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