7HVPA

X-ray crystallographic structure of a complex between a synthetic protease of human immunodeficiency virus 1 and a substrate-based hydroxyethylamine inhibitor
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title X-ray crystallographic structure of a complex between a synthetic protease of human immunodeficiency virus 1 and a substrate-based hydroxyethylamine inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 7hvpA00
5KQXA 5P0HA 4CPWA 5OZLA 2ZJNA 4CPTA 4KB9A 1MVPA 3HVGA 1BDRA 1KJGA 1FGCC 5P2IA 5P5RA 4HE9A 1BDQA 1IVQA 1D4YA 5P2MA 4L7GA 3NR6A 3PI0A 1XS7D 3ZKSA 3CKPA 5P0DA 1T7IA 5P7OA 2ZHSA 3SA9A 1AJVA 2V13A 4Y5PA 3UQRA 5ER2E 4H3FA 3CYWA 4R5NA 1EPME 1FQ7A 3OUAA 3OGPA 1XE5A 3SA7A 5DR3A 2OHTA 2BKSA 4Q1WA 2ZJKA 5P35A 4J0TA 4Y44A 5HDZA 1EBYA 2QZKA 5P2LA 3APRE 2OHKA 5P86A 3OQKA 4OD9A 5P2JA 5P6ZA 2R38A 5KAOA 3VLAA 5OYZA 5SY3A 1PSOE 1META 5P8NA 1MT8A 2HM1A 1APTE 1EPOE 5P3GA 4FM8A 2AOEA 4CPXA 3TPLA 2AZ9A 3SQFA 4EPJA 2QNPA 5KOSA 3L5CA 3SAAA 5P49A 5OZ5A 5P1WA 4I0ZA 3OQFA 5P8RA 4DFGA 1LS5A 4DQGA 4EJ8A 4K8SA 2PSVA 3QI1A 4IVTA 5P59A 4EJLA 1N49A 1MERA 1YTHA 3APPA 4I11A 5BRYA 5P4GA 4FCOA 2PH6A 4D85A 3KA2A 4HZTA 1K1TA 3VSXA 3EKQA 1AZ5A 4YA8A 1ZAPA 1D4JA 3D3TA 4J0ZA 5C9FA 5P3EA 2IQGA 1DIFA 1FQ8A 5P75A 4B78A 3PRSA 3BRAA 5P6HA 1SIVA 1K6VA 5P43A 3LIXA 4EXHA 1AXAA 4I1CA 3VYDA 2HAHA 5P81A 2BPZA 5P45A 5P1TA 2FGUA 4GMIA 5P8JA 2QZLA 5OZWA 2ANLA 2BBBA 5I3XA 3OTSA 2NXMA 1SGUA 4Y3XA 4Y3QA 3ZKNA 4A6BA 5OZDA 2R3TA 5IE1A 5P7AA 1HTGA 2WF3A 1HVCA 5P6NA 2VIZA 5P7SA 1XE6A 4LHHA 3SA5A 3PWWA 5P6QA 3RSVA 3BGCA 3UQUA 3UDQA 3PSGA 4KUPA 2I4UA 5P68A 4DUSA 2PC0A 3UQWA 1BXQA 5DQ1A 3S7LA 5OYSA 3EM3A 2HB4A 2SAMA 4EQJA 5OYRA 5P83A 4TVGA 5DGWA 2R5PA 3SFCA 3UDJA 2G26A 5P6AA 5P34A 5P0AA 2HC0A 5P4VA 1NPWA 1W6IA 5P0VA 5P72A 1T6EX 4Y3GA 3KFRA 1IBQA 2ZGAA 4JOOA 5EZZA 3CICA 3HAWA 4JECA 1KJFA 2XFKA 5P52A 2I0DA 1D4IA 5P08A 3O9DA 2ER9E 4FRKA 2B8VA 5IS4A 1MT7A 1EC1A 4XX3A 5P5AA 1MSNA 5OZVA 1HWRA 2VJ7A 4Y3AA 5P7GA 5P4DA 4FE6A 5P1PA 5P4HA 3OUDB 3VLBA 3GGUA 3L5BA 1ODXA 1K1UA 4ZSPA 1XDHA 4YCYA 3NYGA 3UTLA 4QJ7A 1IZDA 4DPFA 1UH9A 4LBTA 4CMSA 4OBDA 2QI1A 4FM6A 5P16A 5P50A 3O9HA 1KJHA 3FSMA 4FGXA 3CIBA 2BQVA 1HOSA 3OXVA 2AIDA 4MC6A 5OZ4A 4CPUA 2F3EA 4L1AB 1ZBGA 3NUJA 3TPPA 4ZLSA 4Y3MA 3BC4A 1QBRA 4OBZA 3VV7A 1GVUA 2O4PA 2Q54A 4K4RA 5P48A 8HVPA 3RU1A 2QI4A 3UDKA 2QHCA 5P2YA 5IVSA 5DQ5A 5P6GA 5P32A 1MUIA 5SZ9A 2CENA 5P0TA 3EM4A 5DQ4A 2OHNA 5P30A 5P38A 4F76A 3H5BA 3OGQA 5DPZA 4PPHA 3EKVA 4FRJA 4Z50A 2IL2A 1ZP8A 4I10A 5P4QA 4RVIA 3ZMGA 4Y4TA 5C9BA 4Y5BA 2APRA 2NXDA 3F9QA 5P0KA 3ZPSA 2XYFA 1AJXA 1TCXA 3OUCA 5KQFA 5P2SA 5P8HA 2V0ZC 3PBDA 4OBFA 4J55A 3KF0A 5P0WA 5P5TA 3HD8A 3ZKXA 4GJ8A 5P4SA 3S56A 1HVJA 1EBZA 4Y4JA 2ZJJA 2WL0A 2ZHRA 5P7FA 3QBFA 5P70A 2I4XA 4J5JA 2NNPA 5P6PA 3S85A 5SY2A 5P1KA 2HS2A 3QIHA 1YT9A 2JE4A 4Y3SA 2UY0A 2JJIA 3TL9A 2PQZA 5P44A 4Y4AA 4Y36A 4GJBA 5P60A 2QD7A 5P1SA 5DR4A 3AIDA 2FGVA 3GI6A 3QRVA 5P4JA 3FKTA 1LEEA 2NTRA 3VCMA 1VIKA 1GVVA 4YHQA 1AAQA 3LPJA 3OU1A 1Z1HA 5OZ2A 3OXWA 2WKZA 1FFIC 5P40A 2OHPA 5P6DA 4Q1YA 4H1EA 5AHCA 1F34A 4ER1E 3WSJA 5OZ1A 2IENA 5P5CA 4BELA 1EBWA 5P7LA 4D8CA 1FLHA 1HEFE 1IDBA 4FSLA 5OZEA 2P3BA 1HHPA 1NSOA 4Y4WA 5HCTA 5P5PA 5HU0A 1C6XA 2B60A 2P3DA 4D89A 4OC6A 2AZBA 3PVKA 1DW6C 3K4VA 3TKWA 1K6TA 4QJ2A 3K5FA 3IVIA 1HSIA 5OYYA 1MTRA 3U6AA 2Q5KA 3DV1A 1IIQA 3HAUA 5P0SA 3PSUA 3KDDA 1IZHA 5P8LA 3S43B 5CLMA 3NU4A 4OBHA 4UPJA 1C6YA 5P3XA 5P77A 3GI0A 2BB9A 4FRSA 5SXNA 3K5DA 5P8FA 1BDLA 4NJSA 3RTMA 1B5FB 1EPRE 5KOQA 5OZAA 4Y35A 5P4WA 1D4HA 4CP7A 4DVFA 5P7IA 2AZ8A 1YX9A 5P5UA 2ZHTA 5P6IA 5OZ3A 1DAZC 2RSPA 3K5GA 4PHVA 2OHQA 5P3YA 2RMPA 3QROA 4D88A 1QBSA 2OF0A 3Q70A 2Z4OA 3VV8A 3PLLA 5P8MA 1RNEA 3S7MA 2V11C 3R1GB 4NJUA 3TTPA 4GJ6A 2NNKA 3UFLA 2A1EA 1QDMA 5OZ9A 5P8VA 2FDDA 3LZYA 5ENMA 5P4KA 1B6JA 9HVPA 5P62A 4JPEA 2PWRA 1NPVA 5P7UA 4R93A 5DQ2A 4OBJA 4BFBA 5P2AA 4AUCA 4DH6A 3NLSA 3UF3A 5P09A 1M43A 4OBKA 3O9EA 3SA3A 1UPJA 1IVPA 1PSAA 4M8YA 5P0ZA 5KR0A 3KT5A 4R8YA 1MT9A 1HIVA 1YM2A 5P7YA 5P3BA 5FIVA 3D20A 5P3JA 1HVSA 5P39A 3O9CA 2P4JA 2G24A 2QMGA 3EC0A 1FQ4A 1HPSA 3Q5HA 3T7QA 3O9AA 3Q3TA 5P1QA 5P2OA 4LXMA 5P2VA 5P6UA 5P6XA 2FIVA 1LYAA 1EC2A 2RKGA 3INDA 3D1YA 4DJUA 2Q3KA 3EBZA 5AGZA 2WF2A 2QNQA 1UH7A 2AVSA 4TRYA 4XX4A 4FLGA 5P8UA 4Z2ZA 4Y5EA 3T11A 3DM6A 4RYCA 1LV1A 5P0IA 3QP0A 3D1ZA 3Q6YA 3UHLA 2FXEA 3VF3A 2VIYA 3SLZA 4QJAA 4GJ7A 3NU3A 4J1IA 5P8DA 1SDUA 2FDPA 3URIA 3PHVA 5P0FA 3LIYA 4CKUA 6FIVA 5P33A 4ZPEA 1F7AA 1KJ4A 2IDWA 5P3NA 4YCTA 4DJQA 3K4VC 1K2BA 3SA8A 4LC7A 4DQFA 5OZHA 5P67A 4LL3A 5P46A 3EXOA 1BVEA 1HSHA 3TOHA 5P1XA 3OQDA 4H3IA 1BILA 4Y3TA 1G6LA 4J1KA 5I3VA 3EL5A 5HCOA 3FNUA 3TOGA 4EP2A 1BWAA 4B0QA 5P2BA 4IVSA 4ER4E 5P28A 5OZSA 3PMYA 1FG6C 3SO9A 4K4PA 5P6WA 5P4FA 1B11A 4AA8A 4B77A 3QRMA 5P41A 1PROA 5P3CA 3BUFA 2WF1A 2VA7A 5P74A 4DJXA 5P69A 4B1CA 4RRNA 5P5KA 3PWRA 1MPPA 3T6IA 4DJYA 5P4LA 3LHGA 4DJPA 4ZPFA 3KFSA 5P0NA 5P53A 4Q1XA 3HW1A 1HPXA 2F3FA 4Y4DA 5P7VA 5P5EA 1FF0C 2VNNA 3O9LB 4DJRA 1J71A 1SH9A 2IKOA 4GB2A 3UDNA 5DQCA 3L58A 3SA6A 4FL8A 5OZYA 1BV7A 4GJ9A 3ZKGA 3CMSA 3PI5A 2QD8A 3BUHA 4J0YA 5P7RA 5P8AA 4LP9A 1ME6A 3EL0A 2UXZA 2R5QA 3SACA 1W5XA 4I0EA 1PPKE 5OZOA 4AMTA 2ZJHA 3DJKA 4NPTA 1K6CA 2QI0A 1B6MA 2PSGA 1EC3A 4RLDA 4R91A 2FS4A 1HTEA 1KZKA 1LF3A 2IS0A 5E5KA 2BPWA 5P54A 3ZL7A 4Y57A 3OADB 5P0YA 5P2HA 5P3QA 5P7ZA 3GGXA 3EL4A 3QAAA 4Y4BA 1W6HA 5P3LA 3LNKA 3UFNA 4FSEA 4KE1A 4Y5MA 5P6FA 2O4SA 4YDFA 4J1HA 3UPJA 5P1UA 5P5MA 2VJ9A 4EHCA 5P2XA 1EAGA 3LZVA 5P1ZA 4Y3YA 4PYVA 7UPJA 5P7TA 2O4LA 3LZUA 3VV6A 2PWCA 3BHEA 3KM4A 3QVCA 1HVRA 2PYNA 3R4BA 5OZ6A 1YM4A 4YBFA 2RKFA 3RSXA 2OHMA 5P7BA 3UDPA 1A30A 1EC0A 1CPIA 2IEOA 1Z1RA 1TCWA 5JODA 3QN8A 2AVOA 1DPJA 2VNMA 2Z54A 5P00A 4Y4GA 5BS4A 1A94A 3NWXA 2WEDA 5P15A 3LITA 3BXSA 3GI5A 3UDHA 2I4DA 2MIPA 1HVIA 5P0OA 3EL9A 3IXJA 3OK9A 3K5CA 5P1GA 1Z8CA 5P5ZA 3SKFA 3DCRA 3TH9A 5P8SA 2WF0A 5F00A 4YOBA 2NR6A 5P6MA 6APRE 3PBZA 4U7QA 3H0BA 2OHRA 4PZWA 3WB5A 5P4ZA 1BBSA 3URLA 1RV7A 3S2OA 4Y3RA 2F80A 1APUE 1FG8C 1HEGE 5ENKA 4EQ0A 3O9BA 2V10C 4GIDA 4Y3DA 5P7XA 4R92A 4K9HA 4ZEAA 5P4YA 4DQCA 3VYFA 5P2NA 3OUDA 5AHAA 5P3WA 2AQUA 3JVWA 1MTBA 5P03A 5P47A 3S45A 5OYUA 4I0JA 4WY6A 5P2GA 5AH8A 3ER5E 4GJCA 3SM1A 5P2FA 2AVMA 5I3WA 4QJ8A 5P02A 1LZQA 5P7EA 4EJDA 5P5YA 3ZKMA 5P85A 2O4KA 3PGIA 5P0MA 1DMPA 3ZLQA 3CIDA 4U7VA 4Y37A 4L1AA 4L6BA 2IGXA 1MRWA 4YBIA 4YE3A 3MSJA 5OYWA 2ZE1A 3VF5A 1U8GA 3EKWA 1HTRB 1ZLFA 5P84A 2Q55A 2VS2A 5P2ZA 3TPRA 2QNNA 1FFFC 1RPIA 3OY4A 5P3IA 1W5YA 3NDUA 5P4TA 4HEGA 2A4FA 3L38A 2HB2A 3A2OA 3R0YA 5P3TA 5HE7A 5OYTA 1CZIE 1XL2A 4Y5AA 5P66A 5T4SA 5P10A 4Z4XA 4Y51A 5P3MA 3G70A 1HBVA 3PSYA 5OZUA 2J9KA 5P5DA 3QPJA 2G69A 5P8IA 5P8OA 3PMUA 2UPJA 2XYEA 5P3OA 3SPKA 4AZYA 1ZJ7A 4B1EA 4J1EA 1ZTZA 1NH0A 5P12A 2VIJA 3CYXA 3INHA 1APVE 2J9JB 5P63A 2B8LA 3RVIA 3U7SA 5KR8A 3FIVA 5P1HA 5P65A 2F8GA 1PPLE 2Q15A 4HVPA 2Q64A 5P1FA 4CPQA 5P58A 2BPYA 4TRWA 1C70A 1TW7A 4S1GA 5P64A 4XKXA 5P7QA 4AA9A 5P5OA 2WF4A 5P4PA 5P5JA 5P06A 3FX5A 5P17A 4A4QA 4Y3EA 3DUYA 3KMYA 3KDBA 3L3AA 5PEPA 2G1YA 4YDGA 1ZSRA 3LIZA 1PSNA 3OU4B 4YD5A 1WKRA 1AM5A 1HSGA 4FS4A 1VIJA 5P1OA 1LF2A 5P6SA 4Y58A 5P0JA 5P2CA 2BPXA 5P5SA 2QMFA 2Q11A 4L7HA 3LIVA 5UPJA 1T6GA 2HB3A 4QGIA 5P7HA 3VFBA 2WECA 3QVIA 4FM7A 2PK5A 1FMXA 1LYBB 1G35A 4B00A 3TLHA 2VJ6A 3LIQA 5OZXA 3UDMA 2FXDA 1MESA 4I0IA 3DOXA 5P26A 5P19A 2FMBA 3OHHA 3JVYA 4GJAA 2NPHA 2XFJA 4Y9WA 1B6LA 5P1IA 1M0BA 3S53A 1SMEA 3BVAA 3OU3A 1LYWB 5P23A 2WJOA 4H3GA 4Y41A 4J0PA 1RL8A 4NKKA 4XXSA 5OZQA 4COEA 3R2FA 2WEZA 4I0HA 3O9FA 3DCKA 4ZPGA 4Y48A 4ZSRA 1IZEA 5P89A 4Y47A 4LXAA 1FMUA 2VKMA 5P5LA 4YCKA 1G0VA 4FIVA 5OZPA 5COPA 5P1VA 5P6KA 5OZIA 2P8HA 5P51A 5AHBA 3S43A 1MEUA 4R95A 3KFNA 4Y4EA 3M9FA 5P5QA 3CKTA 2H6SA 5B18A 4Y5GA 5OZKA 5P1MA 5OZ8A 1B5FA 4RRSA 5P0GA 1NPAA 2AODA 2PH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KQX A;  5P0H A;  4CPW A;  5OZL A;  2ZJN A;  4CPT A;  4KB9 A;  1MVP A;  3HVG A;  1BDR A;  1KJG A;  1FGC C;  5P2I A;  5P5R A;  4HE9 A;  1BDQ A;  1IVQ A;  1D4Y A;  5P2M A;  4L7G A;  3NR6 A;  3PI0 A;  1XS7 D;  3ZKS A;  3CKP A;  5P0D A;  1T7I A;  5P7O A;  2ZHS A;  3SA9 A;  1AJV A;  2V13 A;  4Y5P A;  3UQR A;  5ER2 E;  4H3F A;  3CYW A;  4R5N A;  1EPM E;  1FQ7 A;  3OUA A;  3OGP A;  1XE5 A;  3SA7 A;  5DR3 A;  2OHT A;  2BKS A;  4Q1W A;  2ZJK A;  5P35 A;  4J0T A;  4Y44 A;  5HDZ A;  1EBY A;  2QZK A;  5P2L A;  3APR E;  2OHK A;  5P86 A;  3OQK A;  4OD9 A;  5P2J A;  5P6Z A;  2R38 A;  5KAO A;  3VLA A;  5OYZ A;  5SY3 A;  1PSO E;  1MET A;  5P8N A;  1MT8 A;  2HM1 A;  1APT E;  1EPO E;  5P3G A;  4FM8 A;  2AOE A;  4CPX A;  3TPL A;  2AZ9 A;  3SQF A;  4EPJ A;  2QNP A;  5KOS A;  3L5C A;  3SAA A;  5P49 A;  5OZ5 A;  5P1W A;  4I0Z A;  3OQF A;  5P8R A;  4DFG A;  1LS5 A;  4DQG A;  4EJ8 A;  4K8S A;  2PSV A;  3QI1 A;  4IVT A;  5P59 A;  4EJL A;  1N49 A;  1MER A;  1YTH A;  3APP A;  4I11 A;  5BRY A;  5P4G A;  4FCO A;  2PH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PK6 A;  5P1N A;  3I2L A;  5P5G A;  5CON A;  3ZPU A;  5OZ0 A;  2G22 A;  3MXE A;  4JP9 A;  4CPR A;  5P79 A;  1FMB A;  5OZZ A;  1ODY A;  2F81 A;  5DR1 A;  2QHZ A;  2ER7 E;  2QI7 A;  4J54 A;  1ENT E;  5P5N A;  2IGY A;  3EMY A;  3VUC A;  5JG1 A;  5IVQ A;  1CMS A;  1W5V A;  2FNT A;  5P3A A;  4Z22 A;  4F73 A;  4Y3N A;  3WZ6 A;  1XL5 A;  3PCW A;  2QMP A;  3AUP A;  1M4H A;  5APR E;  3EM6 A;  2O4N A;  3O9G A;  3EKP A;  4HDF A;  3TNE A;  5P71 A;  1EPN E;  5P0E A;  3OU1 B;  4BEK A;  5P0X A;  5KR1 A;  3U71 A;  1LF4 A;  2BKT A;  2QHY A;  2R9B A;  5COO A;  3OQ7 A;  3FNS A;  1BVG A;  5P3V A;  1GVT A;  5P3Z A;  1A9M A;  4NJT A;  3KN0 A;  2G21 A;  3FV3 A;  1D4L A;  5P1E A;  2JXR A;  2VA6 A;  3Q4B A;  4YD7 A;  1RQ9 A;  2WEB A;  3IAW A;  5AH6 A;  3ZKI A;  1HRN A;  3BXR A;  2QCI A;  1OEX A;  2J9J A;  4Y3H A;  5P2U A;  5P5W A;  1OHR A;  1BXO A;  3IXK A;  2P3B B;  1EPP E;  5P37 A;  2OHS A;  4A6C A;  2H6T A;  2NMY A;  4OC6 B;  2VIE A;  3KYR A;  5OZG A;  3I6O A;  1GNO A;  6UPJ A;  3O99 A;  5DGU A;  2HPE A;  1TSU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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