1BAIA

Crystal structure of rous sarcoma virus protease in complex with inhibitor
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
LAMTMEHKDRPLVRVILTNTGSHPVKQRSVYITALLDTGADDTVISEEDWPTDWPVMEAANPQIHGIGGGIPVRKSRDMIELGVINRDGSLERPLLLFPLVAMTPVNILGRDCLQGLGLRLTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Structural basis for specificity of retroviral proteases.
pubmed doi rcsb
total genus 20
structure length 124
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1baiA00
3NUJA 2OHPA 5P8HA 1B6JA 5P0PA 5P2CA 4ZEAA 2VNNA 4GJBA 3L3AA 3OQKA 2ZGAA 5P72A 4HVPA 2OHMA 3S43A 2MIPA 5P08A 1YX9A 2O4KA 4H3GA 5P2EA 5P7OA 3INHA 4XX3A 1B6LA 3T6IA 1HVKA 5DGWA 2AOEA 2BB9A 2WEDA 5KQFA 5ENKA 2V12C 4B1CA 3T7XA 5APRE 4J1CA 5P7UA 4R8YA 4WY6A 2R5PA 5P1ZA 3TOFA 2A4FA 1UH7A 3ZMGA 3MSKA 1XN2A 1HVLA 5P6AA 1IDAA 5P4JA 1HPOA 4OBGA 3VYFA 1K6TA 2AVSA 3OUBA 4PHVA 1TW7A 2APRA 2WECA 1HXWA 2I0AA 3FNUA 2QAKA 3IXJA 2FDPA 2P4JA 3CYWA 5P3KA 5P3VA 4F73A 1EBYA 5P4YA 3BGBA 5AH6A 5P0LA 2ZHUA 4Y39A 4GJ9A 3OADA 5P5UA 5OZPA 5JG1A 3VSXA 5P24A 4LXAA 4Y4WA 2OHNA 3LIXA 5C9FA 5P73A 4DV9A 4Y3RA 3OHHA 5HDZA 3PHVA 4FRSA 3L5EA 2WJOA 1G6LA 3VYEA 3BXSA 5P0VA 4D85A 5OYUA 1CMSA 5COKA 2FLEA 1F34A 5P2RA 2EWYA 5JFUA 1IZDA 4YBFA 5DR7A 5IVRA 3M9FA 4Y3YA 4J1KA 5P1MA 3O9EA 2VA6A 3ZKGA 1APTE 5P16A 2HB4A 3EM3A 4J0ZA 3VLBA 3EL9A 1HRNA 3NDUA 3R4BA 1W5VA 3OOZA 3QAAA 2OHKA 4FAFA 3KYRA 1CPIA 3EBZA 2RENA 5P56A 4JP9A 1ZLFA 3GGXA 4CKUA 2I4WA 2IENA 3D1XA 4AMTA 4Y5AA 3DV5A 1OEXA 3A2OA 2QI3A 3SA7A 5OZ5A 2R38A 1FQXA 3WB5A 3CIBA 5P3RA 5P8RA 1EC2A 3L5CA 3EKXA 3VFAA 4Y5EA 3SLZA 5P1QA 5P6TA 3OUDB 2RKFA 2G22A 3OAGB 2OHTA 4OBFA 4BFDA 2QU2A 3I25A 4DJOA 2NXDA 3PGIA 4ZPEA 5P3PA 5P67A 5P8TA 2BPWA 2AQUA 3NU6A 3L5BA 4FRIA 5BS4A 1BAIA 3SA5A 1HIIA 5P5ZA 1FG6C 5P1NA 1HTGA 3BUGA 3S8IA 3BHEA 4DUSA 5KR2A 5P2JA 3OTYA 3PBDA 3L59A 1MUIA 1EPNE 2Q15A 5P80A 5OZJA 3LZYA 4RZ1A 5P47A 3S45A 1EBZA 4FM7A 3D1ZA 3TOHA 1NPAA 3QROA 3DJKA 4L7GA 3FV3A 5OZFA 3SM1A 2PK6A 4GB2A 5P6NA 5CLMA 5AH7A 5ISKA 3UDRA 5P78A 3HD8A 3KFNA 4Y5LA 5P44A 1C6ZA 5P5WA 1FG8C 4I0HA 5OZVA 2RMPA 1FLHA 4YA8A 5OYSA 2NMYA 5P5TA 3T3CA 2PSVA 5P0ZA 5P28A 3UFNA 2HS2A 3NU9A 3WZ8A 1HTRB 1AAQA 3FKTA 2R3WA 1SP5A 3AUPA 4CPQA 3NUOA 1W51A 2BKSA 5P3DA 3PB5A 4LBTA 4L1AB 4Y4AA 3NWXA 3OXWA 5P5LA 5P8BA 4QJ9A 5OZRA 2QMFA 4Q1WA 2BBBA 1YTJA 3AIDA 3GI6A 4APEA 4J1HA 1LYBA 1EBKC 2WF4A 5HE7A 5P3GA 3UTLA 4GJ8A 1VIJA 4ACUA 3PMYA 3PI0A 2Q64A 1NH0A 3EKTA 4EJ8A 2R43A 3IXKA 3ZKQA 1LYAB 3OXXA 3HZCA 5P0TA 5P59A 4FE6A 5P0AA 4I0EA 2ZJHA 1BIMA 4PZWA 4Y35A 2HB2A 3TNEA 5P3MA 5P51A 5P31A 5OZUA 5P0DA 2QI5A 4Y36A 3UFLA 2BKTA 1QRPE 2QI7A 3UDQA 1KZKA 4KE0A 4DJUA 1BVGA 5P23A 5JFPA 5P09A 4OBHA 2PMAA 4Y4EA 1HSIA 4X7IA 3ZPSA 4RVJA 3ZPUA 5P5JA 2AVQA 4RCDA 5P4WA 1MIQA 5I70A 5P2OA 5P4CA 3PM4A 5C9DA 5P3CA 3N3IA 1DP5A 4HLAA 5ER1E 5OZWA 1BBSA 4Y58A 3UDHA 5OZHA 3KDDA 5P10A 5P0RA 4NJTA 5P3UA 1XE5A 1MT7A 1HSGA 3NU3A 3URIA 3PWMA 1B6PA 4NKKA 5P7IA 4ZSQA 2B8VA 5P8EA 3TH9A 1GNOA 2IEOA 4A6BA 5P6OA 3PSYA 4KUPA 1A9MA 5P3SA 3UDJA 3VLAA 2QD8A 5P6GA 1MSNA 3IVIA 5P2HA 5P4EA 5P2SA 3MXDA 5P18A 5P0HA 4B05A 3N4LA 4LXKA 3O9BA 3TL9A 2IDWA 1LYWB 3R1GB 5P7AA 4Y38A 4YCKA 1OEWA 5P46A 5P6ZA 5OZBA 5P35A 2I1AA 2BJUA 5KQZA 1E5OE 5P1CA 1TCXA 4B00A 1HSHA 5P4GA 3KA2A 3R2FA 2QHYA 5P63A 3WB4A 3PCZA 2IQGA 3NU4A 4ER1E 7HVPA 5OZ8A 2G1RA 5P0KA 1C70A 4FGXA 5P7DA 5P5HA 1QBRA 5HU0A 4L7HA 3EC0A 4H3JA 3QBHA 2ZDZA 3R0YA 5P6RA 5P7YA 5P8UA 4RRSA 3VCMA 5AH8A 1PSNA 1U8GA 1D4JA 4I0FA 5P00A 3IGBA 4D89A 3WZ7A 5DQ5A 5P1LA 5P5VA 1YG9A 2WL0A 1N49A 1M43A 3T11A 5P8FA 1K1UA 5P1FA 5P8NA 4Y3SA 1KJ7A 5P8KA 5P0QA 4WTUA 3RU1A 4QJAA 5EZXA 3I7EA 4Z2ZA 1ZP8A 5DQ4A 5P2GA 5KR0A 4GZFA 1AJVA 3K5DA 5KOQA 4TVHA 4Y3LA 4Y3JA 5P0YA 5P4DA 3PMUA 4Q1NA 3UHLA 4AA9A 5P11A 4K4PA 5P3YA 5KOSA 2OHRA 5P4XA 1PROA 4EHCA 3UDPA 5OZ0A 3TOGA 4Y44A 5P6SA 4U8WA 4A6CA 2OHQA 1HVHA 3WZ6A 5P39A 2I4UA 4HA5A 2FDDA 4NJUA 2ZJKA 2XYFA 4H3IA 2R9BA 2A1EA 5P1IA 5P5RA 4ZE6A 5OYQA 3O99A 3I6OA 3DCKA 3ST5A 5P6MA 2PH6A 5P41A 1EC3A 5OZGA 5P19A 3QRVA 2PH8A 3BUFA 5DQ1A 1A30A 2NNPA 2O4NA 4HDBA 5P2VA 1T6EX 3OOTA 4Y6MA 3LIYA 3OU3A 5P4TA 5HE5A 4Y3PA 4DJQA 2WEBA 5P4KA 4Y3MA 1XL5A 3SO9A 1FMUA 3KT2A 5I3XA 1B6MA 4Y4XA 3ZOVA 3KT5A 1MTRA 1LF4A 3OGPA 4RROA 3PI5A 2PQZA 5P6CA 1HTFA 1HVSA 5P6QA 2HPEA 5P82A 3OTSA 4EQ0A 5OZ9A 5P4AA 5P6XA 2IKOA 1FQ4A 3KFPA 4Q5MA 4YE3A 5P1BA 1LEEA 4BFBA 2WHHA 1MESA 2O4PA 3QVCA 4I11A 3TPLA 5OZNA 1B5FB 4YCYA 5P1GA 3OQFA 5P3IA 2AVVA 3UDYA 3LHGA 4J5JA 4KB9A 1HIHA 5SZ9A 5P62A 4E43A 5P7GA 5P8CA 4DQCA 6UPJA 1KJGA 2ZJIA 3QP0A 5P6HA 2P3AA 1FQ5A 5P81A 5P8OA 4QJ8A 5P2IA 3EM6A 5P4QA 5P1KA 5P5GA 3GI0A 1LS5A 1BDQA 4PEPA 4D8CA 3OU4A 1C6XA 2VJ6A 5P2NA 4FCOA 4AUCA 3VV6A 1QDMA 1HTEA 4Y4JA 4EQJA 4GYEA 2JE4A 2O4SA 2I4QA 2FDEA 3S43B 1SDVA 1SDTA 3VSWA 2QNPA 5P61A 5P55A 1A8KA 1W5WA 1GVWA 1K6VA 3B80A 4Y57A 4QLHA 5OZZA 4EPJA 2P8HA 3KDBA 1EPRE 2G1OA 1VIKA 4PPHA 1OHRA 1HPSA 3OQ7A 4EWOA 1NPWA 3PBZA 1HHPA 1SIVA 3L5FA 3MSLA 5COOA 4I10A 5E5JA 1TCWA 3NXEA 5P7LA 5P6DA 3PRSA 3PLDA 3PEPA 4Y4UA 4Y41A 4MC2A 1HVRA 5TOLA 5P8QA 5BRYA 5P3NA 2NMZA 5P2AA 1GKTA 1Z1RA 3DCRA 2QZWA 4B1DA 1IDBA 2QCIA 1D4KA 2AOHA 4OBZA 2JXRA 4HE9A 2ZHRA 5P1RA 1FF0C 4XX4A 3RSVA 3T7PA 5P4RA 2AIDA 4J17A 3O9CA 5P40A 2OF0A 5C9BA 5P6BA 1FIVA 3ER5E 3OGQA 5P58A 5OYYA 4NPUA 3TKWA 2QU3A 2UY0A 5P86A 2B8LA 2AVOA 4GJAA 1XE6A 3RTNA 2ZJLA 1TQFA 1YM2A 3EKPA 4I0ZA 2UPJA 1T7KA 4RYGA 4J1FA 2FXEA 3SACA 1AXAA 5P1TA 3VV8A 2FXDA 3VF7A 2HM1A 2HPFA 4DQFA 1FFIC 1HPVA 5DR4A 4XXSA 3RTMA 1E81E 1QS8A 2PYNA 3FX5A 1RL8A 5HU1A 2I4XA 2P3DA 1DAZC 1K6CA 4OD9A 1BXQA 4J0PA 1MPPA 3S56A 5P7JA 5KAOA 5OZ6A 1SDUA 1RV7A 5P1EA 5P85A 2VIJA 1MRWA 2ZHTA 5IVQA 4JPCA 4ZSMA 2G24A 1EPPE 2V00A 3SKFA 5P6UA 4RGHA 3TPPA 2O4LA 3CKTA 2FS4A 3IN4A 5HD0A 2IKUA 1FEJC 5OZTA 5P66A 5P17A 2J9KA 5AH9A 3SA6A 5P6FA 4R91A 5P7VA 2VKMA 5P43A 3QBFA 4RCFA 5KQYA 2BPYA 3C9XA 4HEGA 5P2QA 4EJDA 3UDKA 4Y54A 5P5DA 4U7VA 4B70A 1ZTZA 5P5KA 3H0BA 2OHUA 5P32A 3D1YA 3EKVA 4TRZA 4Y4BA 3L5DA 1B6KA 1PPKE 3QRMA 3SA8A 5P8IA 3QN8A 3QVIA 2ER9E 3CKRA 5P6EA 5P2WA 3ZKIA 5DQCA 1FMXA 5P75A 3Q5HA 5P36A 4Y3GA 4ACXA 2QZKA 4B77A 4EXGA 2ZJJA 2AOFA 2AZ9A 3EXOA 3BUHA 3SKGA 3SQFA 2I4DA 3BRAA 4YD5A 3TKGA 2VJ7A 2QD6A 4RVIA 3OWNA 5P7XA 4LXMA 5P0NA 5P4FA 4CPUA 2G1NA 1LYBB 5T4SA 5HDUA 5P7NA 1OD1A 2Q11A 4CPWA 2VIEA 4ZPFA 4ZIPA 4LP9A 1APUE 2QP8A 5SY2A 4YDGA 4J1IA 2P3BA 5IVTA 4QJ7A 1BDRA 5P2MA 2G21A 5P8DA 3O9AA 5P0IA 2VA7A 2QZLA 3KFSA 2Q5KA 3UF3A 3O9IA 4Y4TA 3PVKA 4OC6A 1UH8A 2FNSA 2G1YA 3S7MA 5P52A 2B42A 5OZKA 4CMSA 2F3EA 5P8VA 2B7ZA 5P0BA 4YBIA 1AVFA 2NNKA 4CPSA 4FL8A 2ZJNA 4X2LA 5P7TA 5P0UA 1AIDA 4GJCA 1YM4A 1IBQA 5I3VA 2AOGA 1FGCC 2J9JA 1ZPKA 4EJKA 5HDVA 5P68A 1HPXA 2B7FA 5P8SA 5P6VA 4I0DA 3HAWA 5P1DA 1ZSRA 4B78A 1YTIA 1BDLA 3QRSA 3O9GA 5KR1A 4R92A 5P3WA 4LC7A 5OZ1A 4L7JA 3OU1B 1APWE 4APRE 2Z4OA 3DM6A 5OZMA 4WY1A 5SXNA 5P3XA 5HE4A 4Y3TA 5P33A 3SA3A 5P1WA 5P5MA 4D83A 3D91A 3LINA 3O9HA 5OYXA 3KFRA 3KMXA 3QI1A 5P4LA 5P5XA 5OZAA 3O9DA 5P49A 2V16C 5OYZA 1IZIA 1ZBGA 1J71A 1LYWA 2HC0A 4JECA 4AZYA 5P4HA 4DFGA 5P1OA 1BWAA 2WF1A 3I8WA 5P2ZA 2ER6E 3HVGA 4Y5NA 4Y37A 4FSLA 4UPJA 3BVBA 1PSOE 1FB7A 5P38A 4AA8A 4MC9A 2F8GA 1AM5A 4ER2E 3HDKA 1GNNA 1META 3PWWA 4ZLSA 3PWRA 4MC6A 5OZCA 5P37A 1IVPA 5P57A 5P60A 4ZSRA 1HOSA 4GJDA 3K5GA 4DJXA 3OUCA 3INEA 5P5CA 1MVPA 3K4VA 3LIQA 2QK5A 4TVGA 4EXHA 2ANLA 3SAAA 3NLSA 5P8PA 1HIVA 4PZXA 3GGAA 4Y3WA 2AZ8A 3KM4A 4Y3XA 5P76A 2WF0A 5P1JA 3U6AA 3O9LA 4M8YA 3EL4A 3HBOA 3UQUA 5IS4A 4F76A 5P7EA 2V10C 2BPZA 3EM4A 4IVTA 5P4ZA 5P1AA 2Z54A 2ASIA 2JJIA 5P5OA 1ZPAA 4QJ6A 4Y3NA 4DQBA 5HVPA 1IZEA 4Q1XA 5P3JA 5BWYA 1PFZA 5P7SA 5P1PA 5P22A 5P3ZA 4GJ5A 1K2CA 4YCTA 4I8ZA 3K1WA 2JJJA 3Q6YA 5P8AA 1EAGA 3OXCA 3H5BA 1BILA 2QI6A 5P7KA 2R3TA 2QHZA 5P3HA 3ZL7A 5P3OA 1BXOA 1MT9A 3IXOA 1PPLE 3Q4BA 3LZUA 4OBJA 3MXEA 2RSPA 4Y9WA 5P7RA 1ODXA 5P4BA 4BELA 5IE1A 4GIDA 5P2FA 4DJWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NUJ A;  2OHP A;  5P8H A;  1B6J A;  5P0P A;  5P2C A;  4ZEA A;  2VNN A;  4GJB A;  3L3A A;  3OQK A;  2ZGA A;  5P72 A;  4HVP A;  2OHM A;  3S43 A;  2MIP A;  5P08 A;  1YX9 A;  2O4K A;  4H3G A;  5P2E A;  5P7O A;  3INH A;  4XX3 A;  1B6L A;  3T6I A;  1HVK A;  5DGW A;  2AOE A;  2BB9 A;  2WED A;  5KQF A;  5ENK A;  2V12 C;  4B1C A;  3T7X A;  5APR E;  4J1C A;  5P7U A;  4R8Y A;  4WY6 A;  2R5P A;  5P1Z A;  3TOF A;  2A4F A;  1UH7 A;  3ZMG A;  3MSK A;  1XN2 A;  1HVL A;  5P6A A;  1IDA A;  5P4J A;  1HPO A;  4OBG A;  3VYF A;  1K6T A;  2AVS A;  3OUB A;  4PHV A;  1TW7 A;  2APR A;  2WEC A;  1HXW A;  2I0A A;  3FNU A;  2QAK A;  3IXJ A;  2FDP A;  2P4J A;  3CYW A;  5P3K A;  5P3V A;  4F73 A;  1EBY A;  5P4Y A;  3BGB A;  5AH6 A;  5P0L A;  2ZHU A;  4Y39 A;  4GJ9 A;  3OAD A;  5P5U A;  5OZP A;  5JG1 A;  3VSX A;  5P24 A;  4LXA A;  4Y4W A;  2OHN A;  3LIX A;  5C9F A;  5P73 A;  4DV9 A;  4Y3R A;  3OHH A;  5HDZ A;  3PHV A;  4FRS A;  3L5E A;  2WJO A;  1G6L A;  3VYE A;  3BXS A;  5P0V A;  4D85 A;  5OYU A;  1CMS A;  5COK A;  2FLE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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