3UDMA

Crystal structure of bace with compound 8
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udmA02
2VJ9A 1HIHA 4ZSPA 4DVFA 2NNPA 2PK6A 4J0TA 2P4JA 5P57A 4ZSRA 1EPLE 5KR8A 1BXQA 2QD8A 3UHLA 4L1AB 5P4MA 1IVQA 5P60A 3IXKA 5AHAA 3RVIA 4CPTA 5P4EA 4YD5A 5OYYA 5P44A 3PSGA 1FKNA 3QVIA 4GMIA 5P0KA 1EAGA 1Q9PA 3I7EA 1NPVA 5P1JA 1HSHA 1PSNA 3LIVA 3SA7A 3OADA 4PHVA 2FDEA 4PZWA 5P0UA 1ODYA 1XN2A 4DPFA 3B80A 2VA7A 2R8NA 4Y3TA 5OZFA 3OHHA 3UDPA 5P4UA 3NYGA 3SQFA 2V13A 5KQYA 3K1WA 2OF0A 4R93A 5OZ0A 3SA6A 3SAAA 3OGQA 4NJSA 2R3TA 3B7VA 4Z4XA 2VJ7A 4RYCA 2IEOA 4MC9A 4Y4WA 1F34A 5AH6A 2QI0A 4LBTA 5OZTA 5HTZA 2Q11A 3MSLA 4EQJA 3SKFA 2V12C 2UXZA 4RVIA 4EPJA 4FRIA 5P38A 2RMPA 1MTRA 4Y51A 2J9JA 2P3AA 2QMFA 3INHA 2BJUA 5DPZA 4Y35A 1C6YA 1A8KA 5P7PA 1HVIA 3S43A 2QNQA 5P4ZA 3RTNA 5P5YA 1K1UA 3L5EA 1ZJ7A 5P1RA 4X2LA 1T7JA 1EBWA 2PK5A 2ZJKA 3ZKNA 5APRE 5P5RA 3TTPA 5P5PA 2AZBA 1LF2A 3SLZA 1HEGE 2JE4A 5P4VA 2QD6A 2NNKA 1T7IA 4Y3GA 1BWAA 3EL4A 4XXSA 1MSMA 4DQBA 1E80E 1K6VA 3HBOA 3NWQA 1KJ7A 5OZ6A 3PWWA 4ER1E 2Q5KA 3BXRA 3EKTA 3OU1B 2AIDA 4Q1WA 5P0HA 2ANLA 5KAOA 1HWRA 4FAFA 1M43A 1MT7A 5P2FA 5ISJA 2F3FA 5P6VA 1B5FA 5P73A 1EC1A 1SP5A 1HPOA 4QJ9A 5ENKA 3G72A 5HCTA 5P0GA 4HDPA 4DFGA 3OGPA 5P0OA 5OZVA 3ER3E 2Q64A 4CPQA 5P2CA 4ZLSA 4OBJA 3R2FA 3NR6A 5P6QA 3PWMA 5P3CA 1BDQA 5P4LA 3ZKSA 1SGUA 2WECA 4ZSMA 3NDTA 3R0WA 5KQXA 2OHQA 5P6SA 3L3AA 4CPUA 1YTHA 3EKWA 4U7VA 4YCYA 4WY1A 3NUOA 5EZXA 4RZ1A 4LHHA 5P02A 2OHSA 5OYQA 4Q1NA 3LPIA 2WKZA 2WL0A 1BAIA 4JPCA 3L38A 3EBZA 2BPZA 4Y3MA 5HU1A 3OK9A 2WF1A 3DUYA 4BFDA 3FNSA 4Q5MA 5P4WA 1BXOA 4Y38A 5P54A 2QI3A 4IVTA 1DPJA 5P1XA 2HS1A 4I12A 2QZXA 3EM4A 1FG8C 3BUHA 2R43A 4YDFA 3BVAA 1ZSRA 5P6PA 1UH7A 3ZPUA 3VYFA 5P0TA 4AZYA 5P28A 2VNNA 5P3RA 5P4NA 5IVRA 4RCFA 1TSQA 5P8GA 1QBRA 2OHMA 4R5NA 1K1TA 4Y58A 3KM4A 3U71A 3BVBA 5P0JA 2NMZA 3INDA 5OZZA 5P5SA 4J1FA 3WB5A 2Z4OA 5OYWA 4EXHA 5P69A 3QBFA 5P5KA 5IS4A 4L7JA 3D91A 3PJ6A 3UDNA 2H6TA 3DCKA 2FXEA 4J1CA 4I10A 5P2QA 5I3WA 1LEEA 3ZL7A 4FRKA 4RROA 2F81A 3L5CA 1LYWA 2ZJIA 4JOOA 3KDCA 1B6KA 3T7XA 5HE4A 1BIMA 5P8JA 4X7IA 5F01A 4Y3XA 4K8SA 5P18A 4I0FA 2HPEA 1MVPA 1MT8A 1QBUA 2AVMA 4TVHA 1BVGA 2QI4A 1QDMA 5OZKA 4J1IA 5OZYA 4DI2A 2VKMA 3S85A 4J55A 5P8OA 2R38A 3KFNA 2HB2A 5P4DA 2ZHTA 5P80A 5P8BA 2AVOA 5P0LA 2PWCA 2G24A 5OYSA 4DH6A 4HZTA 1ZLFA 1FQ5A 4HDFA 2IGXA 3LZVA 3OOTA 2HM1A 5P1VA 5P65A 2QMDA 5P0EA 1BDRA 4QGIA 5OZNA 1IZEA 1DIFA 5P29A 2AVVA 2MIPA 5P5BA 1MERA 4J0ZA 5P05A 1NSOA 4DPIA 1K6PA 3PSUA 3UTLA 3EL9A 4HEGA 3VFAA 5P1LA 4YCTA 3S8IA 2WJOA 4YD3A 4BELA 5P3PA 5P1NA 3UDQA 1RQ9A 2AOJA 2PSGA 4QJ8A 2QNPA 4A6BA 5P27A 4CMSA 3SA8A 2V10C 2QI5A 3OXCA 1HOSA 1BDLA 4KB9A 3LIQA 3CKTA 3PBZA 4Y4GA 5P4AA 4RLDA 5HDZA 5HVPA 5P23A 1A9MA 1NPAA 2QAKA 4H3GA 1LF4A 3GW5A 1D4KA 4OBGA 4Y3WA 3FKTA 1OEWA 5E5KA 1LV1A 4R8YA 3HZCA 3IVIA 3UFLA 5P56A 4WY6A 2HC0A 5P53A 5P4SA 1BWBA 1DAZC 5OZIA 1HVJA 4NKKA 5P1WA 5P8LA 4TVGA 4AA8A 5P2XA 4Q1XA 5P2BA 3H0BA 5P0DA 4B72A 5OZ3A 3CYWA 4FSLA 2Q63A 3OUBA 3HAWA 3K5GA 3EL0A 5P6LA 3GI0A 5P6CA 3QVCA 5P35A 4Y5CA 3VV7A 3NU3A 5P6HA 4Y5EA 3SA9A 4Y56A 3HAUA 5P03A 4MC2A 5DGUA 3PHVA 1ER8E 2AZ8A 4B1CA 1UH8A 5AHCA 4DJPA 3OUDA 1YX9A 5P89A 4N00A 5COKA 1PFZA 3SA3A 1HBVA 5KOQA 3UQWA 2I0AA 5P6FA 1SIPA 5P16A 3PBDA 2O4NA 3TOFA 1IZHA 3Q4BA 4R95A 1EEDP 5P6JA 2QD7A 5P8KA 4Y4DA 2AOEA 3TPPA 4JPEA 1EC3A 2F3KA 4KUPA 5HDUA 5P7OA 3FV3A 2BQVA 3PWRA 4YOAA 3KFRA 3UF3A 3NU4A 5P6AA 1HHPA 3DOXA 4F76A 4LAPA 2NTRA 4Y4JA 5P40A 5P2NA 3HDKA 3I25A 5C9DA 1FQ8A 1MPPA 5P12A 1HTEA 3TKWA 1HXBA 3EKYA 5AGZA 5P70A 4B70A 5P75A 4Y4EA 2IRZA 1TZSA 3T11A 5OZOA 4CKUA 3K5FA 1BV7A 3IN3A 3QRMA 5KR2A 2B60A 4DJYA 5T4SA 3PLLA 4Y5BA 5P7NA 1FMBA 4FAEA 5P34A 2HS2A 5P52A 5P85A 3UDYA 3DV5A 2QNNA 5JFPA 4Y36A 2P3DA 2XYEA 4I8ZA 4R91A 5P5XA 6FIVA 2NXLA 5P7UA 3CMSA 2ER7E 1Z8CA 1T6EX 3KDBA 5P5HA 3O9BA 3KMYA 5P47A 5P0QA 5P64A 2EWYA 2I1AA 5P4IA 4AUCA 1BVEA 3PB5A 4J0YA 5P58A 1FLHA 5P7AA 2QP8A 5P33A 5P4RA 5UPJA 5P0IA 1AJXA 2QCIA 5P4JA 4A4QA 2P3BA 2HIZA 4DQFA 5P30A 3IXOA 4L7HA 4Z22A 2V11C 4Y3EA 5JG1A 5P7YA 3D20A 2G1YA 2V00A 5E5JA 5OZSA 1FQ6A 4DQGA 3OQDA 4Y3SA 5P5NA 2IDWA 2PC0A 1ZAPA 4EJ8A 3CIDA 1B6MA 5P5MA 5P7GA 4Y4ZA 5P6UA 3D1YA 1MUIA 5P1PA 5P3MA 4J1KA 3ZPTA 5P37A 2QMGA 1FQXA 5IVSA 3KDDA 5P08A 4Y3LA 4J1HA 5P1MA 1K6TA 3SM1A 2HB4A 1YTIA 5DR3A 2J9KA 5P1KA 1W6IA 3CICA 5P6BA 9HVPA 1FQ7A 3FSMA 5DGWA 5P6YA 1LF3A 4MC6A 3QIHA 4B77A 1TSUA 2OHRA 1APUE 4FM6A 2PSUA 5P4QA 4EWOA 5P3TA 2ZJJA 3IGBA 4LP9A 4Y3YA 5P4YA 1AM5A 1SMEA 3VF7A 3VV6A 3OHFA 5DR4A 4M8YA 4I8WA 4Y57A 3OADB 1ZSFA 5P2DA 5OZQA 4OBZA 1HVCA 4ACUA 1PPLE 3K5CA 3ECGA 5I3XA 5P3NA 2FGUA 1W6HA 4FRSA 2F8GA 2O4KA 1SDUA 1BV9A 5P3IA 1HTGA 3APPA 5P4FA 5IVTA 3S56A 2UY0A 4I0IA 2CEMA 3L5BA 1LYAA 2NR6A 5P3QA 5P82A 4CPXA 1RNEA 5P41A 3VCMA 2Z54A 2B8LA 4HLAA 2R9BA 2IKOA 4OBZB 3EMYA 2WEZA 2J9JB 3ZMGA 5ENMA 1XL2A 1UH9A 4GJCA 2FS4A 1HXWA 3S43B 5P24A 3KA2A 1E81E 1WBMA 3FNUA 3VSXA 4GZFA 3LPJA 4Y50A 1ZPAA 1HVSA 4EYRA 4B0QA 5P8DA 3BUGA 2V16C 1D4JA 1GVXA 1HRNA 2XFIA 4NJUA 1EPQE 4B00A 1B11A 3Q3TA 5P2OA 4HE9A 3GI6A 4Q1YA 3O9LA 3UQRA 1PPKE 5P7ZA 3UQXA 3Q70A 4Y54A 5OZEA 2VIJA 3OUCA 4NPUA 5P3KA 4PYVA 5P3WA 3QAAA 5P3OA 1VIKA 3INEA 3L5DA 2AQUA 5AH9A 5P3XA 1HPVA 3HD8A 5P1IA 3EKPA 4KE0A 3NU6A 1B5FB 5OZMA 4CP7A 3TLHA 1FGCC 1K6CA 2QZLA 5P81A 4FGXA 1NPWA 3WZ8A 5P1HA 4FCOA 3KFPA 2RKGA 4DV9A 3D1XA 3T7PA 3UCBA 4Y5MA 5OYXA 5P3SA 2PYNA 5EZZA 3QN8A 4FRJA 5P10A 5P3AA 3EL5A 5COPA 1GVWA 1UPJA 4YOBA 3HLOA 1MRXA 2IQGA 1AVFA 2IENA 3PVKA 1XS7D 3I8WA 3QP0A 4Y37A 4ZPFA 2WEAA 3UQUA 5OZ5A 1XL5A 5OZ8A 1ENTE 4JP9A 4Y5NA 1FMUA 1T3RA 3O99A 5P09A 5P5IA 1SGZA 5P6IA 2PH6A 5P6GA 3S7MA 5HU0A 3BGBA 3RSXA 5HE5A 4Y6MA 5P6NA 3Q5HA 4Y9WA 5P1DA 5HDXA 1FEJC 3FIVA 5P7CA 5P6OA 5P2IA 3L59A 5P8MA 1AJVA 3OU3A 4TRWA 5OZPA 1K2BA 5I3VA 1EBKC 1EC2A 2VIEA 5P0VA 4KE1A 4Z2ZA 5JODA 3VEUA 4EJDA 2I4UA 5P0NA 5P5JA 1HVRA 1YG9A 4Y3AA 3PCWA 4BEKA 4HA5A 5OYTA 3L58A 2WF0A 2ZYEA 5P49A 4XKXA 5J25A 5P2TA 5P5QA 1ME6A 2FDPA 4FSEA 3JVWA 3OWNA 1LYBA 5P0RA 4NPTA 5P13A 1A94A 1RV7A 3KN0A 1ZBGA 1BBSA 1M4HA 1AXAA 5ER2E 5P0CA 4GJ5A 5P4OA 2G69A 4TRYA 2WF2A 3LIZA 5P7LA 2FXDA 2FMBA 3KFSA 1HPSA 2QZWA 3OOZA 5P22A 4ER2E 2V0ZC 5P8CA 5OYRA 2ER0E 3TKGA 3S2OA 1LYWB 1EPOE 2WEBA 5P6XA 4EJKA 3BC4A 2ZHUA 1KZKA 4YBIA 2JYSA 3S45A 4LC7A 5P84A 2QU2A 4Y48A 4YA8A 4J0VA 3U6AA 2CEJA 2H6SA 4D88A 2OHKA 5OZDA 3TNEA 4I0GA 5KR1A 4Z50A 3NDUA 3OXXA 4PPHA 5KOSA 5P5AA 2ZE1A 5P61A 5P7TA 5P88A 1G0VA 2P8HA 5P0PA 1FB7A 3CYXA 1G2KA 5OZJA 1META 4YD7A 3SA4A 3ZOVA 3OUAA 3O9FA 5P1SA 2G26A 1MRWA 3OU4A 4OD9A 5P8SA 5P3EA 1FFIC 5P6EA 5P8QA 4I0ZA 1RPIA 4GIDA 2B42A 1YTJA 4YBFA 3OTYA 4APEA 5P5ZA 3K4VA 4B05A 2F80A 4EJLA 4QJ2A 1XN3A 3D1ZA 1C6XA 3PLDA 5SZ9A 3LPKA 3SKGA 3LIXA 4DQCA 3TPLA 5BRYA 2ZJHA 2AOIA 3O9HA 5P2UA 3NUJA 2JJJA 3KF0A 2IKUA 4FS4A 2AOHA 5P3DA 1KJHA 4H3IA 3NU9A 2G22A 2FNTA 3GGXA 4L6BA 5IVQA 2BPXA 4OBHA 1B6JA 2IGYA 1MSNA 4ZPGA 1YTGA 4OD9B 5OZWA 3NWXA 5KR0A 1MTBA 4RRNA 5OYVA 5BS4A 3NXEA 5P2GA 1GVUA 3PEPA 5AH7A 4DJOA 3BHEA 1IVPA 2UPJA 5P7BA 3WSJA 1HIVA 2G1OA 3T3CA 5DR0A 2A4FA 4GB2A 3H5BA 4QJ7A 2NMYA 3VF3A 5P7MA 5P11A 1D4HA 1K2CA 2ZDZA 5P5OA 2XFJA 4YD6A 5P2KA 5OZ2A 4I0DA 4RYGA 5P5CA 3DCRA 3IN4A 4CPWA 3OXVA 1GKTA 5AHBA 2FDDA 3MWSA 4ZE6A 4Y4UA 2WF3A 4Y3NA 3ZKXA 5P1AA 1AAQA 2VIZA 4OC6A 5P2VA 5P79A 2QK5A 5SY3A 4Y44A 1EPPE 2IL2A 4FE6A 1PROA 4Y4TA 3URIA 1HIIA 3PCZA 3EKQA 1QBSA 5P3UA 3ZKMA 4J5JA 3IXJA 3VYDA 3O9IA 3PI0A 1FIVA 4Y3ZA 1WBKA 2AZCA 3OUDB 5P6KA 5P7EA 4AA9A 5OZRA 1W50A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VJ9 A;  1HIH A;  4ZSP A;  4DVF A;  2NNP A;  2PK6 A;  4J0T A;  2P4J A;  5P57 A;  4ZSR A;  1EPL E;  5KR8 A;  1BXQ A;  2QD8 A;  3UHL A;  4L1A B;  5P4M A;  1IVQ A;  5P60 A;  3IXK A;  5AHA A;  3RVI A;  4CPT A;  5P4E A;  4YD5 A;  5OYY A;  5P44 A;  3PSG A;  1FKN A;  3QVI A;  4GMI A;  5P0K A;  1EAG A;  1Q9P A;  3I7E A;  1NPV A;  5P1J A;  1HSH A;  1PSN A;  3LIV A;  3SA7 A;  3OAD A;  4PHV A;  2FDE A;  4PZW A;  5P0U A;  1ODY A;  1XN2 A;  4DPF A;  3B80 A;  2VA7 A;  2R8N A;  4Y3T A;  5OZF A;  3OHH A;  3UDP A;  5P4U A;  3NYG A;  3SQF A;  2V13 A;  5KQY A;  3K1W A;  2OF0 A;  4R93 A;  5OZ0 A;  3SA6 A;  3SAA A;  3OGQ A;  4NJS A;  2R3T A;  3B7V A;  4Z4X A;  2VJ7 A;  4RYC A;  2IEO A;  4MC9 A;  4Y4W A;  1F34 A;  5AH6 A;  2QI0 A;  4LBT A;  5OZT A;  5HTZ A;  2Q11 A;  3MSL A;  4EQJ A;  3SKF A;  2V12 C;  2UXZ A;  4RVI A;  4EPJ A;  4FRI A;  5P38 A;  2RMP A;  1MTR A;  4Y51 A;  2J9J A;  2P3A A;  2QMF A;  3INH A;  2BJU A;  5DPZ A;  4Y35 A;  1C6Y A;  1A8K A;  5P7P A;  1HVI A;  3S43 A;  2QNQ A;  5P4Z A;  3RTN A;  5P5Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3EKX A;  5P45 A;  3KYR A;  1MT9 A;  1NH0 A;  5P8P A;  3PMY A;  5P4T A;  3TL9 A;  4LXK A;  5OZB A;  4OBK A;  2Q3K A;  5HDV A;  1YM4 A;  5P3Z A;  5P7I A;  3QS1 A;  3N4L A;  5P0Y A;  5P5T A;  5DQ1 A;  2G27 A;  4F73 A;  5P8T A;  2G1N A;  4DQH A;  2QMP A;  2B7Z A;  3ST5 A;  4CPR A;  2JJI A;  4H3J A;  3NXN A;  4J54 A;  3URL A;  2JXR A;  1TCX A;  5P6T A;  1APV E;  3INF A;  4QLH A;  3TH9 A;  1IZD A;  1KJ4 A;  2P3B B;  1HVH A;  1T7K A;  4Y4X A;  1AID A;  2Q15 A;  3EM3 A;  4XX3 A;  1SBG A;  4HVP A;  5P2A A;  4D85 A;  1G6L A;  2RSP A;  5P2H A;  5OZU A;  3K4V C;  3O9D A;  4LXA A;  5JFU A;  3R4B A;  1W51 A;  2BPW A;  5P5U A;  4S1G A;  1MES A;  2AZ9 A;  2ER9 E;  5P31 A;  4ZIP A;  2XFK A;  5P19 A;  4BFB A;  4DJU A;  2REN A;  3IA9 A;  3TOH A;  5SXN A;  2I4V A;  5P26 A;  4Y53 A;  1J71 A;  5P1Y A;  3LIT A;  1D4L A;  5P0M A;  5P4B A;  7UPJ A;  1ODW A;  5P2E A;  4DQE A;  5OZ1 A;  4YHQ A;  5P66 A;  2VA5 A;  2AOD A;  5P6R A;  4RRS A;  2AVS A;  4APR E;  3GI5 A;  5P7S A;  3UPJ A;  5CLM A;  5P2L A;  3GI4 A;  5P4H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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