2PYNA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pynA00
1B6KA 4I0HA 3DOXA 3PM4A 5TOLA 5OZPA 1ZBGA 3LIZA 4KB9A 1QS8A 3OUCA 4FL8A 4CPQA 4J0TA 5OZ3A 5P54A 5P2TA 3UFNA 3PBDA 1XS7D 5P86A 2PSUA 4DPIA 2H6SA 3CKPA 3NDTA 5P7KA 2QI1A 5COKA 5P5OA 1AJXA 5FIVA 4L7GA 4EHCA 2WJOA 3PSUA 4Q5MA 3SA6A 2AZCA 3UDKA 3O99A 5P8OA 4TRWA 1PPLE 3TPLA 5P4JA 5ER2E 2WF1A 5JODA 3IA9A 3EL0A 4B70A 1A30A 5P6SA 1EPOE 2QMPA 5OZOA 3SA4A 3Q4BA 5P1QA 3PB5A 3SPKA 3LZYA 3NYGA 1XN3A 4JECA 3URJA 4DPFA 3PBZA 5P43A 3TH9A 1FQ6A 3ZKXA 4WY1A 3QS1A 4GJBA 2QMDA 3KFSA 3BRAA 4NKKA 4Y4XA 3BUHA 5P8MA 1FQ8A 2NPHA 3NU3A 4Y45A 1HVRA 5AH9A 3MSKA 2FLEA 2PSGA 3IXOA 5P22A 2B8VA 3HAWA 4R93A 3UF3A 4XX3A 4ACXA 3BC4A 4Y4BA 1E80E 2FNSA 4K4RA 5P5MA 4UPJA 5P2HA 5P7WA 3EKPA 5HDZA 5P7XA 1FMBA 4ZPGA 3KT5A 3ZPTA 2XFJA 5P6NA 5P5NA 2V10C 5P5BA 2QU2A 5P4PA 2OHMA 2P3BA 2XYFA 1EBWA 5P8PA 4FRKA 2G1OA 1NSOA 3QBFA 5JFPA 3KF0A 5P3AA 1D4IA 1FQ4A 1ODWA 3MXDA 1HVCA 3D1XA 2VIZA 4QJ7A 3BHEA 3O9IA 5P03A 5P1SA 5P45A 1A8GA 1LYWA 2NMZA 4B72A 5P4DA 5I3WA 5P5VA 5P0DA 4K9HA 5P3XA 1BV9A 2B60A 1ZLFA 5P1AA 4EP3A 5DR4A 5BS4A 5P7YA 2OHUA 5P2KA 4EJDA 1LYBA 5P3TA 1BILA 1K6CA 3VG1A 1HSHA 3OAGA 4Q1XA 2G94A 1ZPKA 1BVEA 4H3GA 4Y3EA 1FG8C 3I8WA 5P2NA 5P75A 5P6PA 4J1KA 3RU1A 5HD0A 5P5HA 2BJUA 4NPTA 1FMUA 5B18A 4FE6A 3FSMA 1EBZA 5P8JA 4MC6A 2Q11A 4NJSA 2IENA 5P7NA 4RVIA 1RV7A 3NSHA 5OZXA 5P2JA 2QI6A 2XFKA 4Z50A 1HPVA 5HVPA 2G69A 4KE1A 4B1CA 5P0JA 5P37A 1A94A 5P0AA 5P78A 3L5CA 5P4OA 4R92A 1EPLE 5P7DA 5P7OA 3O9BA 1TSQA 5PEPA 1W6IA 5P32A 4Y3XA 5P0KA 1E81E 3NDUA 1A9MA 5OZQA 3SA3A 4YCKA 1D4YA 1OHRA 4Y5MA 1K1TA 5P6DA 5P7FA 4ACUA 2IDWA 3OQAA 4HZTA 1XN2A 2AOCA 5P2FA 5P8RA 5P0LA 4F76A 4Y5CA 5P7RA 1A8KA 1C6YA 4GJAA 3TLHA 4RGHA 5P09A 1W5XA 4DV9A 5P6JA 4Y4WA 3UDQA 1GVXA 4QJ9A 4GJDA 1BV7A 3FNTA 5P5QA 3GGAA 3INFA 2O4NA 3LPKA 5P1MA 5P2YA 3WZ7A 3QRVA 5P74A 2FDDA 5P00A 2G1YA 3EBZA 2WEBA 5ER1E 5P2MA 1EC3A 4J1EA 1ZSFA 2Q5KA 3Q3TA 4AA8A 1IIQA 5P05A 5P46A 4CPTA 5P3LA 5P0TA 5DPZA 4EPJA 1HTFA 5P68A 3O9DA 4FM8A 2ZHVA 5AH8A 2G1NA 2HM1A 5OYZA 2V13A 5P6XA 3KN0A 4DJOA 3GGXA 3APPA 1SDTA 2ASIA 2VA6A 2VS2A 3EM3A 1SP5A 2QP8A 3T7PA 5P5ZA 4R5NA 1B6JA 1GVTA 3O9GA 4X7IA 3EKTA 3VCMA 4L7HA 2B42A 4LBTA 5AH6A 1APTE 5P5IA 1TCWA 2G20A 5P6ZA 4FCOA 2F3EA 2FDPA 5HTZA 4FM6A 3L38A 2PH6A 3RSVA 4H3IA 5COPA 3S85A 5P0UA 1HPSA 4I0ZA 1SDUA 2NR6A 5OZSA 7HVPA 4LC7A 5P08A 2AIDA 5P7PA 1DIFA 4JOOA 3WB4A 1FEJC 4ZSRA 2B7ZA 5DQ5A 1G2KA 4I0FA 4Y53A 5P7MA 2IS0A 5P7LA 2QHCA 3OUAA 5P4GA 5P4YA 4GJ9A 4DUSA 5HU0A 2V00A 1DP5A 3CKRA 3OU4A 4CP7A 5P0HA 1FQ5A 5P23A 1ODXA 2UPJA 2QNNA 5P1GA 5P28A 1NPVA 1W5VA 5P64A 4MC1A 5P02A 1W6HA 3NLSA 2FXDA 2IGYA 3I25A 5ENMA 4Y56A 4EQ0A 3QPJA 3VF3A 4Y3LA 4Y37A 2QHZA 5P07A 2ER6E 2PK6A 2WL0A 1HVIA 1M0BA 3UDMA 3TPRA 2FS4A 3D3TA 4Y3QA 4YD3A 4OD9A 4QJ6A 5OZTA 2PYMA 4KE0A 4BFBA 4HVPA 1T7IA 4YD5A 5OYYA 5P5FA 4Q1YA 1ZSRA 2VNMA 5P73A 4RLDA 1GNNA 2ANLA 1EBKC 5OZYA 3VYEA 3NUOA 1OEWA 3U6AA 1PPKE 3QAAA 1W5WA 5DR1A 5P85A 3ZKGA 3UDNA 4Y3JA 5P3EA 3OTSA 4Y4TA 5HE5A 1ZJ7A 3S53A 3FKTA 4RVXA 3NR6A 3CYWA 3TOFA 4B1EA 3WZ6A 2VA7A 1APVE 2NXMA 4OC6B 3VYFA 5IS4A 1QBRA 2SAMA 2FGUA 2H6TA 5P0SA 3UDYA 3VLBA 1AZ5A 3PGIA 5AGZA 2QD8A 3T11A 3EC0A 3OGPA 5P1UA 5DQ4A 4M8XA 1Q9PA 3S2OA 5P34A 5P8FA 5HU1A 2PQZA 1KJ7A 2QK5A 5P82A 1XL5A 3RTMA 2P3CA 3A2OA 3PHVA 3G72A 4CPRA 3OADA 5OZ7A 1K2BA 4F73A 5P1ZA 1MTRA 2VJ9A 5P60A 2AZ8A 4JPEA 2QU3A 3KYRA 5P40A 3GGVA 1XL2A 5P3IA 5P0ZA 5P3JA 4YDGA 5P6GA 5P2UA 2R9BA 1MT7A 3T6IA 5P55A 5P83A 2G22A 5HDVA 1CMSA 1D4KA 5SY2A 1D4LA 4Y3MA 4Y48A 4TRYA 2JJIA 2VIEA 3DV1A 4FRJA 5KQZA 5P15A 4BELA 2JYSA 3CKTA 1MRXA 5P6VA 1OD1A 4KUPA 3VSXA 4DJRA 1Z8CA 4Y38A 4AUCA 4LXMA 5P6OA 1FGCC 3OU1A 1FFFC 2ZHSA 5P6IA 2IL2A 2NXDA 2AZBA 4OBZB 1UPJA 5P38A 5P5SA 2QI3A 2V0ZC 1PPME 3B80A 5P3UA 3K4VC 5OZ4A 5P35A 5P4XA 1HVJA 2NNKA 5P56A 1Z1HA 4Y51A 5P8EA 2QNPA 3LIYA 3QIHA 4DQFA 1MRWA 4Y4AA 4MC9A 5P2CA 1B5FB 5OZ1A 5P7TA 5P5WA 3PI0A 4I10A 2HIZA 1IDBA 5P77A 3EKQA 2ZHRA 2HPEA 5DGWA 1EPQE 3SO9A 5P6MA 1BAIA 1WBMA 4J5JA 1HHPA 2IQGA 4Y3PA 5P39A 4NJUA 5KAOA 4TVHA 5P5PA 3QBHA 5P4CA 4APRE 4Y3WA 5P1VA 3BUGA 2G27A 3DV5A 5EZXA 5P8LA 2O4LA 1LS5A 5P12A 2I4QA 5P8BA 5P0PA 1CZIE 4QJ8A 1EAGA 4FAEA 5OZVA 3K5DA 5P1RA 4YA8A 3HVGA 4Y41A 2PSVA 5P6YA 5BRYA 4Y3ZA 1XDHA 4LAPA 4K4PA 4CKUA 1HEGE 5P0QA 5KQYA 3L5EA 3OY4A 3WB5A 1D4JA 4LHHA 2B8LA 2HB4A 5P6RA 5SY3A 1FB7A 5P84A 3ER3E 5P4KA 1C6XA 1F7AA 1SMEA 1TZSA 5P1JA 3S43A 1F34A 1EEDP 5P7UA 3ZKIA 3LITA 4AA9A 3OQFA 2CENA 5UPJA 2ZDZA 3O9AA 2FXEA 3ZL7A 5OZWA 2WEAA 3IVHA 4DFGA 4PZXA 3LZUA 2I4UA 5P42A 1TSUA 1HBVA 3EM6A 1WKRA 3SKGA 5I3YA 3R2FA 3OUDA 1RL8A 3SLZA 3KFNA 1TW7A 5P7BA 5P6EA 4JPCA 4NPUA 2EWYA 4FRSA 3UDHA 1UH7A 4U7QA 5P4EA 3OHFA 4EJ8A 4H3FA 4S1GA 4ZSQA 4DJVA 5IVRA 5P4TA 3EKVA 5HE7A 3ZKNA 3I7EA 5P7AA 3SAAA 4I1CA 4I0DA 3DM6A 5P24A 2VKMA 5P17A 3L5FA 3PRSA 2QI4A 3QI1A 3PI5A 2FDEA 4Y36A 5P3PA 1PSNA 4ZPFA 1T6EX 1XE5A 1T6GA 5P7SA 5P5CA 4RYCA 5OZZA 4Y4UA 3QRMA 5P76A 1EPNE 4YD7A 3BUFA 3MSJA 1KJGA 4Y6MA 5P8HA 4RRSA 3LZVA 1FKNA 5OYSA 4A4QA 2Z4OA 5P30A 3VEUA 1EPRE 2WEZA 4Y3AA 3PWWA 3GI6A 3LNKA 3U7SA 5P67A 2HS2A 1AIDA 5P1TA 2FMBA 3OXCA 5P48A 1PFZA 5F01A 1EC0A 5C9DA 1HXBA 2WKZA 3O9FA 2QAKA 1K2CA 3PVKA 1FLHA 1BBSA 3BVAA 5P1BA 1QBSA 2F3KA 4Y3FA 3L58A 2VJ6A 3IXJA 3N4LA 3EKXA 3SKFA 3APRE 1HSIA 3EMYA 4DQBA 2FIVA 1LYBB 3KMXA 5AHBA 5OYXA 4Q1WA 5COOA 3OTYA 4EQJA 1YTIA 5I70A 2O4KA 5P59A 1DMPA 1WBKA 2AVSA 2AVOA 3INDA 4PZWA 1GNMA 3U71A 2I1AA 2R38A 4CPSA 5P3ZA 4PPHA 4ZLSA 2VJ7A 4DJPA 3ZLQA 4TRZA 3S45A 5OZ0A 2V16C 4RCEA 5P1LA 2BPWA 2OHPA 4OBDA 5P88A 3ST5A 4R91A 2PK5A 4R95A 4OBKA 4OBGA 1HOSA 4DH6A 5P80A 1ODYA 1TCXA 3DJKA 5P8CA 3PEPA 1DPJA 2AVVA 5ENKA 5HE4A 5P8NA 4DJYA 3C9XA 4E43A 5P6CA 2BKSA 1YT9A 4FRIA 4GJ8A 5OZ8A 3DK1A 4QJ2A 2QZLA 3IN3A 3PLDA 5IE1A 4DVFA 2BPXA 5AHAA 3EL9A 3OXVA 3MXEA 5P3HA 5P4NA 5P3GA 1C70A 4Z22A 3TPJA 1TQFA 5P4HA 2ZJIA 5OZEA 4DQEA 4J1FA 4GJ7A 4YDFA 4B00A 5E5JA 2IEOA 5P0CA 3JVWA 2ZJLA 4I11A 5OZMA 3R0YA 2V12C 2BPYA 2P3AA 5P25A 5OYQA 5P89A 4Y54A 4F75A 1AJVA 1K6TA 5P26A 3UFLA 5P8UA 2RKGA 4J0ZA 5P4WA 5OZFA 1B6LA 3SACA 1VIJA 3MWSA 4R8YA 3NWXA 4Y5KA 4Y3YA 2O40A 5P1EA 4Y47A 1NPAA 3SA7A 3UQUA 5P3BA 4L1AA 1G6LA 3HW1A 2MIPA 1IZIA 2FGVA 5P13A 1K6PA 1LEEA 3UTLA 4D85A 5KR0A 2XFIA 5P0YA 5KR8A 4HA5A 5P7EA 2J9JA 4J0VA 1META 4LXAA 1YM4A 2HB2A 3CYXA 1AAQA 1FQ7A 4D89A 5OZLA 4RCDA 3NDWA 3PWMA 1T3RA 1K6VA 3NU5A 3NXEA 4RRNA 1FIVA 4FSEA 3KT2A 1KZKA 3LIQA 4FLGA 3ZPSA 2P83A 2CEJA 2IKUA 2R43A 3LPIA 5EZZA 4GIDA 4NJTA 2OHKA 4HDPA 5P6BA 1BXQA 3EKYA 2F80A 2ZE1A 1YX9A 4H3JA 1UH9A 4HLAA 3TPPA 5KR2A 4J0PA 1GVUA 4JP9A 3PMUA 3RTHA 5P79A 1EC1A 1HSGA 4Y50A 5KOQA 5P6FA 3ZKSA 5DR7A 2F8GA 3QROA 7UPJA 5P81A 2ZHUA 3KA2A 4OC6A 2WF4A 4CMSA 2AZ9A 5OYRA 5P52A 2UXZA 2RSPA 3FIVA 2JE4A 2I4WA 3SM2A 3SABA 3NU9A 4N00A 3AIDA 4LP9A 4AMTA 2G1RA 2RKFA 3FNUA 3T3CA 2Q54A 3M9FA 3RSXA 1LF4A 5P7ZA 4APEA 5P6LA 4U8WA 3OQ7A 4EXGA 5P6TA 4GJCA 5ISJA 1HVKA 3VF5A 2QMGA 5P33A 5P5JA 4DJQA 3H0BA 5P4ZA 4F74A 1NPWA 3UQRA 4YOBA 3URIA 3VSWA 1MSNA 2VIJA 3IVIA 2WF2A 4XX4A 5P10A 3QRSA 1BIMA 4ZPEA 2IRZA 3O9LB 3LZSA 4I8WA 5P6WA 3GGUA 5P5AA 1KJHA 1GVVA 1AXAA 3OGQA 5P1KA 5P71A 1J71A 2F81A 1FG6C 1FF0C 4EJKA 1SBGA 2AODA 3PCZA 5P06A 3PWRA 4Y3TA 1MPPA 5OZBA 5P1FA 2G1SA 4Y39A 5OZDA 3I6OA 5KQXA 3INEA 4CPWA 1KJ4A 4L7JA 4Y4DA 1OEXA 3T7QA 2HPFA 2AOJA 5P3QA 5P4AA 4EJLA 1MTBA 1IVPA 2AOFA 2I4XA 3CIDA 3KDDA 3L3AA 4I0JA 5P58A 1HXWA 2QZWA 5DR8A 1B5FA 2F3FA 3SA5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6K A;  4I0H A;  3DOX A;  3PM4 A;  5TOL A;  5OZP A;  1ZBG A;  3LIZ A;  4KB9 A;  1QS8 A;  3OUC A;  4FL8 A;  4CPQ A;  4J0T A;  5OZ3 A;  5P54 A;  5P2T A;  3UFN A;  3PBD A;  1XS7 D;  5P86 A;  2PSU A;  4DPI A;  2H6S A;  3CKP A;  3NDT A;  5P7K A;  2QI1 A;  5COK A;  5P5O A;  1AJX A;  5FIV A;  4L7G A;  4EHC A;  2WJO A;  3PSU A;  4Q5M A;  3SA6 A;  2AZC A;  3UDK A;  3O99 A;  5P8O A;  4TRW A;  1PPL E;  3TPL A;  5P4J A;  5ER2 E;  2WF1 A;  5JOD A;  3IA9 A;  3EL0 A;  4B70 A;  1A30 A;  5P6S A;  1EPO E;  2QMP A;  5OZO A;  3SA4 A;  3Q4B A;  5P1Q A;  3PB5 A;  3SPK A;  3LZY A;  3NYG A;  1XN3 A;  4JEC A;  3URJ A;  4DPF A;  3PBZ A;  5P43 A;  3TH9 A;  1FQ6 A;  3ZKX A;  4WY1 A;  3QS1 A;  4GJB A;  2QMD A;  3KFS A;  3BRA A;  4NKK A;  4Y4X A;  3BUH A;  5P8M A;  1FQ8 A;  2NPH A;  3NU3 A;  4Y45 A;  1HVR A;  5AH9 A;  3MSK A;  2FLE A;  2PSG A;  3IXO A;  5P22 A;  2B8V A;  3HAW A;  4R93 A;  3UF3 A;  4XX3 A;  4ACX A;  3BC4 A;  4Y4B A;  1E80 E;  2FNS A;  4K4R A;  5P5M A;  4UPJ A;  5P2H A;  5P7W A;  3EKP A;  5HDZ A;  5P7X A; 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 2ANL A;  1EBK C;  5OZY A;  3VYE A;  3NUO A;  1OEW A;  3U6A A;  1PPK E;  3QAA A;  1W5W A;  5DR1 A;  5P85 A;  3ZKG A;  3UDN A;  4Y3J A;  5P3E A;  3OTS A;  4Y4T A;  5HE5 A;  1ZJ7 A;  3S53 A;  3FKT A;  4RVX A;  3NR6 A;  3CYW A;  3TOF A;  4B1E A;  3WZ6 A;  2VA7 A;  1APV E;  2NXM A;  4OC6 B;  3VYF A;  5IS4 A;  1QBR A;  2SAM A;  2FGU A;  2H6T A;  5P0S A;  3UDY A;  3VLB A;  1AZ5 A;  3PGI A;  5AGZ A;  2QD8 A;  3T11 A;  3EC0 A;  3OGP A;  5P1U A;  5DQ4 A;  4M8X A;  1Q9P A;  3S2O A;  5P34 A;  5P8F A;  5HU1 A;  2PQZ A;  1KJ7 A;  2QK5 A;  5P82 A;  1XL5 A;  3RTM A;  2P3C A;  3A2O A;  3PHV A;  3G72 A;  4CPR A;  3OAD A;  5OZ7 A;  1K2B A;  4F73 A;  5P1Z A;  1MTR A;  2VJ9 A;  5P60 A;  2AZ8 A;  4JPE A;  2QU3 A;  3KYR A;  5P40 A;  3GGV A;  1XL2 A;  5P3I A;  5P0Z A;  5P3J A;  4YDG A;  5P6G A;  5P2U A;  2R9B A;  1MT7 A;  3T6I A;  5P55 A;  5P83 A;  2G22 A;  5HDV A;  1CMS A;  1D4K A;  5SY2 A;  1D4L A;  4Y3M A;  4Y48 A;  4TRY A;  2JJI A;  2VIE A;  3DV1 A;  4FRJ A;  5KQZ A;  5P15 A;  4BEL A;  2JYS A;  3CKT A;  1MRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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