5P0GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 63
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0gA01
5P02A 5P8DA 1E80E 3PM4A 5P6LA 4DJQA 3PEPA 3OOTA 2Z54A 3ER3E 4R8YA 3RTNA 1ZSFA 3LIQA 6APRE 2AZCA 1EC3A 2R9BA 2I1AA 4Y3PA 2WECA 1EC1A 5P4NA 4Y38A 5P01A 5P44A 5SY2A 5DR0A 4DJVA 1W50A 3CYXA 2V00A 4Y3XA 4U7QA 5P6QA 1LZQA 3FNSA 5OZAA 1OEXA 5P1AA 1HTRB 4DJUA 3OAGA 5F00A 4Y45A 4M8YA 1GVWA 5P27A 3L5EA 4L7HA 5P3GA 3UQXA 5I3VA 1G0VA 1SP5A 5P8PA 1YM4A 2Q11A 3UFLA 3L5DA 3QRSA 4R95A 3UHLA 2FLEA 4QLHA 1FQ5A 3FV3A 2O4NA 3M9FA 4FL8A 3KFSA 5P3IA 1BBSA 4Y3MA 4DVFA 4PEPA 3SFCA 4YD7A 2AOEA 4YDFA 5P89A 1BV7A 4EQ0A 4D8CA 1EBZA 3BHEA 3D3TA 4ZSQA 4F75A 3UDNA 5P10A 1D4IA 1HSHA 1Z1HA 4CKUA 5P25A 5P41A 4RGHA 2QI3A 5OYTA 1GVVA 3GI6A 2I4UA 1BXQA 3LZVA 4EP3A 4H3JA 2BPWA 3GGAA 5P8HA 3KFRA 3VUCA 5P51A 3LPJA 2QMPA 4HDPA 2H6SA 3OU1A 4Q1WA 6FIVA 3UDMA 4OC6A 1B11A 1E82E 5P3FA 2B60A 1NH0A 4S1GA 5P80A 4DH6A 2IS0A 3OXXA 4Y5AA 2OHTA 2AOCA 2G21A 4RVJA 4FM7A 1FFIC 4Y51A 3LZSA 5P81A 3ZKMA 3ZLQA 2PH8A 5P3MA 2NNKA 3OWNA 4APRE 3OTYA 4FGXA 2HIZA 3PLDA 4CPRA 1YG9A 4Y5LA 3SKGA 2G20A 4Y3YA 4Y41A 3JW2A 3EKTA 1GNOA 4DPFA 4M8XA 2RKGA 3EL5A 2XFJA 5P03A 2RMPA 3EL0A 4QJAA 1YTGA 2P3CA 3ZL7A 1EC2A 5P6YA 1XS7D 4UPJA 5KR2A 1M0BA 3VSWA 3OU4B 5P8OA 3SLZA 3EM3A 4L1AA 5P6AA 4Y4UA 2AODA 1TSQA 1ODYA 3LINA 2F80A 1K6CA 3CKRA 5KAOA 3WB4A 2PWCA 3D91A 1T7JA 1HWRA 3R4BA 5P0CA 3BXSA 2F3EA 3PBZA 1HPVA 3VYEA 4DQBA 1W6HA 1ODXA 5P2ZA 3NUJA 5P14A 5P3VA 5P6VA 1MUIA 3IXKA 5P06A 4Y5MA 2QI5A 3HBOA 3MSKA 5P74A 2OHLA 1DPJA 5P2QA 4ACXA 3QN8A 1TSUA 5P1UA 1MSMA 5P50A 4Y5EA 5HE7A 5P4EA 3OUBA 1EPLE 1APUE 1LV1A 2V0ZC 2XFKA 1QBSA 2ZJJA 1AJVA 1W5VA 2HS2A 5P7NA 4MC6A 2HC0A 1LYBA 4I1CA 4Y3NA 5P7GA 5AHBA 1FMUA 2ANLA 5P1DA 1SH9A 4HDBA 1EBKC 5P5FA 5P5MA 3KM4A 4KE1A 2QZWA 2APRA 5P4OA 3DV5A 3APPA 4JPCA 2VIYA 5ISKA 3UQWA 1B6JA 2FMBA 4TVHA 5P1LA 2AZBA 5SY3A 5P7UA 3FIVA 3LHGA 2VIJA 4K8SA 5OZFA 1HIHA 1BDRA 3OQAA 1LS5A 1WKRA 3LITA 2I0AA 1HVHA 3OGPA 3URIA 3PB5A 2ZJIA 4ZLSA 3MSJA 4LXAA 5OZUA 3SKFA 1YM2A 3VFAA 2OHNA 3L38A 5FIVA 4Y4ZA 2Q3KA 4Y4EA 3EM6A 4B00A 4CPSA 4YCTA 1E81E 3QIHA 5P5BA 2V13A 5P7WA 3SA3A 5P2VA 2VNMA 1GVUA 1B6PA 5KR1A 5C9BA 4RCEA 4J17A 2I4VA 3BC4A 4QJ7A 5P7CA 4A6CA 4PHVA 4RROA 3APRE 5OZ5A 1IZIA 5P5KA 4Y3AA 3UDKA 4K4QA 5ER2E 3A2OA 1IZEA 5OZCA 5P3EA 1XE5A 4Y5KA 4BFDA 1A94A 4FSEA 3HAWA 3K5DA 1LF3A 2OHMA 3UPJA 2AVMA 3URJA 1FMBA 3K1WA 5OZZA 5P1JA 1FQ7A 4LP9A 5P3BA 5P7HA 5P75A 4HA5A 1KJFA 3SA7A 4NKKA 5DR8A 3BRAA 5OYRA 5P1TA 2HPFA 3S8IA 4DUSA 3DUYA 2NXLA 3KFPA 2HM1A 4MC1A 5OYXA 2O40A 5P5QA 1XL5A 4I10A 4Y35A 4Z22A 4YCKA 1MT7A 1HEFE 3KDBA 3OUDA 5OZSA 3I8WA 5P7DA 3R0YA 4Y50A 5P7AA 1OD1A 2Z4OA 5SXNA 5P1FA 4U8WA 2V10C 2G1OA 5P1QA 5P7XA 1AVFA 5P2WA 3FNUA 2O4LA 4TRYA 3SABA 3EBZA 4OBJA 4IVTA 2NR6A 3LZUA 2NPHA 3HZCA 3WZ7A 2QHYA 5P0MA 3F9QA 4Y57A 4Y3HA 4D85A 1AIDA 5P8BA 5P85A 1HEGE 5P8NA 5APRE 3N3IA 2I0DA 5P5IA 1CMSA 5OYSA 4DQFA 3S43B 3NDUA 5P5LA 4Y5PA 2HAHA 1EPNE 2ZJNA 4FCOA 5P78A 4J1EA 4XX3A 3UCBA 3T7XA 2Q15A 1A8KA 5P3QA 3PRSA 2AQUA 5OZ7A 3T7QA 5P11A 5P52A 3O9IA 2QI0A 5DQ5A 1T7IA 5P5TA 4AUCA 1SBGA 3DJKA 5OZ9A 2CENA 1APTE 3VEUA 2VJ7A 3NSHA 1IVQA 5P0YA 2VA6A 4ZPGA 3QAAA 5B18A 2O4KA 5P0DA 3VYFA 5P56A 1ENTE 3H5BA 3TH9A 1GVXA 4Y4JA 1K6PA 4YD6A 4GB2A 5P4YA 5P6CA 4Y54A 5BS4A 2QK5A 4CPTA 5DR7A 1BVGA 5AH7A 5P6DA 5P4QA 1XDHA 4RVIA 2IQGA 5AH8A 4FM6A 5P0LA 3EMYA 5P43A 2NNPA 3PVKA 3OUCA 3OXVA 4RYGA 4DPIA 1BWAA 1TZSA 1B6MA 5P18A 3KFNA 1ZBGA 4FLGA 5P7RA 5P46A 5P45A 4I0ZA 5P8AA 4JOOA 5P7ZA 2HB2A 3NYGA 5P5DA 5UPJA 5P8TA 4DI2A 4B72A 2I4DA 3PWMA 1A8GA 2I4WA 1BV9A 5P4FA 4OBZB 1HVCA 5DR3A 2G1NA 3L59A 4KB9A 1HTFA 2ZHRA 4ZSPA 1T3RA 3QROA 1ZTZA 2J9JB 5OZNA 5DR4A 2OF0A 5OZTA 2FGVA 4KUPA 5P2SA 2QZXA 4DQCA 2IENA 2OHRA 3N4LA 5P4JA 5P2YA 5P28A 2CEMA 4RLDA 5P8FA 2PQZA 3O9BA 4WY6A 1WBKA 1MERA 1FMXA 3VLAA 4Q1XA 1LEEA 4CMSA 2VIEA 4J0ZA 1IDAA 4HEGA 1UH9A 1SDTA 5P26A 4PYVA 1EPQE 3KN0A 4I8ZA 5AGZA 3AUPA 2OAHA 4FRJA 1HSIA 2PWRA 3OXCA 1GKTA 1RNEA 3O9LB 3T6IA 3OHHA 5P2HA 5HDXA 4FIVA 4RZ1A 4PPHA 3CICA 3INDA 2WEDA 5P3JA 5P84A 3G70A 1SIPA 2BKSA 4ZE6A 2P4JA 1T6EX 5P3TA 3HVPA 2G22A 3QS1A 5P86A 3URLA 3I2LA 3PWWA 1IBQA 5P6MA 1HIVA 3IVHA 5P34A 1GNMA 4Z50A 5P7IA 4MC2A 5P7MA 6UPJA 3MXDA 4F73A 3UQRA 5P77A 4Y3RA 2Q5KA 4I0JA 5I3XA 3GGVA 4MC9A 4YD3A 4Y37A 4F74A 2AIDA 1GNNA 5P23A 3QBFA 3TPLA 1DP5A 4Y3SA 5P4VA 3TL9A 3SA4A 3SA9A 5P5ZA 3OADB 5P4AA 1TCXA 5P5VA 5ISJA 3ER5E 5P7YA 2J9KA 4L7GA 5HCTA 3Q5HA 5HDZA 5J25A 2NXDA 5OZDA 2O4PA 1KJGA 1FQ4A 3UDQA 1DAZC 4U7VA 5DQ2A 3OQKA 3WB5A 4Y3TA 5P8CA 1MT9A 1XE6A 5P2JA 3H0BA 5OZGA 1ZPAA 1W51A 2CEJA 1BIMA 4RRSA 2FXDA 2BPVA 5KQFA 5COPA 1U8GA 2QNPA 4DV9A 2P3BA 1C6YA 5P0NA 1EBWA 3SAAA 5HDVA 5P22A 5P1CA 4ZIPA 2G69A 2PC0A 5P8JA 5P2TA 3S54A 2QI7A 3O9GA 5KQZA 1CZIE 5P6BA 1IVPA 3TTPA 2R5QA 1K1UA 3CIDA 5P3RA 3SA8A 3UDHA 4N00A 2AOGA 5P7EA 5P7VA 5P0SA 5JG1A 4R92A 5P2EA 3BVBA 4HLAA 4YCYA 3OU3A 3K5CA 3UQPA 1D4LA 5JFPA 4H3FA 3IA9A 2G26A 3ECGA 1B6LA 3CIBA 3HLOA 2RENA 3SACA 3EL1A 5P6OA 5EZXA 2FXEA 3VFBA 3C9XA 4H1EA 4I12A 3B7VA 4ER4E 1M43A 4EWOA 3U7SA 4GMIA 5P1YA 1K2BA 3RU1A 1N49A 4ZSRA 2V16C 4J0VA 1HTEA 3OAGB 2WEBA 2QI6A 1EPME 2VS2A 3RTHA 5P0KA 2ZJHA 1SDVA 2QHCA 5P08A 4Y3QA 9HVPA 3BXRA 2QHZA 1APVE 3DCRA 1HVSA 5P1SA 1MVPA 5P0JA 5P6JA 3TKGA 3Q70A 2ZGAA 2VJ6A 2JJIA 3D1YA 3SA6A 5P8IA 2P83A 3TPJA 2VKMA 4BELA 2WF2A 3VCMA 1SGZA 5P4LA 3GGUA 5P2LA 5P2XA 1MPPA 1ZSRA 4EPJA 3ZKQA 2B42A 1QBTA 4GJDA 1LYAA 2ZJLA 3FX5A 5P24A 3WZ6A 1UH7A 5P5RA 2IEOA 3KYRA 5P38A 2AVOA 5P19A 4AMTA 4ACUA 1FQXA 2Q54A 5P65A 5OZVA 5P1MA 5HTZA 5COOA 4Y4AA 4I0GA 5P3PA 1UH8A 5P0UA 3IAWA 2R8NA 5P7SA 1DW6C 3OU1B 2WHHA 4LBTA 3PHVA 3EKWA 5HU1A 4OC6B 4FM8A 5P6FA 1B5FA 3NU9A 2IKUA 4EJKA 5P40A 2OHUA 4Y44A 3S45A 3L58A 1QRPE 1YTJA 4YHQA 3NXNA 4GJCA 2AOFA 2G24A 3NWQA 1GVTA 5P2KA 5P2RA 3VG1A 3LZYA 4DJYA 3NU6A 1MSNA 5DQ1A 3K5GA 1HSGA 1XL2A 5P87A 3GGXA 3DK1A 2PYMA 4B77A 2ER6E 2A1EA 5P7PA 5P29A 4QGIA 1HBVA 5P1OA 1Z8CA 3KT5A 4Y47A 4K4PA 4OBHA 4ZSMA 5DPZA 3U6AA 5OZLA 5IVRA 5IVSA 4GJ9A 5PEPA 4L1AB 5KR0A 2PMAA 5P7TA 4Z2ZA 4QJ6A 2UY0A 3PLLA 2BKTA 3DV1A 3SM1A 4LC7A 4RYCA 3K4VC 2R3TA 5P17A 5P5AA 4K9HA 5P2BA 4CPQA 5P5GA 4L6BA 3UDRA 5P5XA 3ZPUA 5P76A 2ZYEA 5EZZA 4Y4BA 2BBBA 2R43A 5IS4A 4Y5GA 1C6ZA 1IZHA 1W5XA 3PMUA 2WEZA 2IRZA 3BUGA 1E5OE 4DJPA 5P5EA 5C9DA 4OD9A 2VNNA 4EP2A 5P6KA 1FIVA 3NU4A 3PCZA 1ZPKA 1BXOA 1LYWA 3WZ8A 4F76A 5BWYA 3VSXA 1QBRA 3KF0A 3VF5A 4X2LA 4Q5MA 2FNTA 3UTLA 3OQDA 3S85A 5P31A 5P6HA 5AHAA 4B1CA 2VA7A 5HE5A 1PPME 1LYBB 5P0PA 3PJ6A 3QI1A 3OHFA 3D1XA 5OZKA 5P1VA 3QRMA 4Y5CA 1Z1RA 3EKXA 3NDXA 4Y56A 4X7IA 2ER7E 2H6TA 5HCOA 5P7QA 3BGBA 3TLHA 5P0RA 1HPSA 5P6UA 3EKPA 2WF4A 3BUHA 4EYRA 5P12A 5P53A 3NXEA 2R5PA 4BEKA 1HVKA 3HDKA 5DGWA 1HVJA 5P0TA 2QNNA 1EPRE 5P7FA 2QI1A 2ZJMA 1ME6A 2HB3A 1EC0A 4OBKA 5OZWA 5P8KA 4Y5BA 3PWRA 3UDYA 1K2CA 3ZMGA 3INHA 5P69A 4D88A 5P6ZA 5P73A 4ER1E 3VV8A 1BDLA 1BILA 4YD4A 5P2UA 5P4GA 3SM2A 4GJ6A 4J55A 8HVPA 3CMSA 3NU5A 1PFZA 2WL0A 2QNQA 2XYEA 5KQXA 1AXAA 3TOHA 1HXWA 5COKA 4BFBA 4DJXA 4R93A 4I0DA 3QRVA 1FFFC 1J71A 5OZHA 5OZJA 2AOHA 3SPKA 4DJWA 1ODWA 1T7KA 5P3CA 1AAQA 5P4TA 3LIZA 4ZPFA 3LIVA 4Y6MA 5ENKA 3VF7A 1D4YA 1HOSA 3I7EA 2QU2A 4J0TA 4AA9A 4PZWA 3T7PA 3TOGA 1ZJ7A 1IDBA 1OHRA 3SO9A 2ASIA 3ZKGA 2PSUA 3U71A 4FRKA 1PSOE 3MWSA 5P4MA 3L3AA 4K4RA 1EPOE 3OUAA 1VIKA 4OBGA 4ZPEA 1KJHA 4Y3ZA 2WJOA 3UF3A 4Y43A 5P0EA 5AH6A 4J1CA 1HHPA 3S7LA 2HB4A 2PK6A 1C70A 3OUDB 5OZ6A 4JECA 1YX9A 5OZ2A 2P8HA 2BPXA 5HU0A 1XN3A 5P09A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P02 A;  5P8D A;  1E80 E;  3PM4 A;  5P6L A;  4DJQ A;  3PEP A;  3OOT A;  2Z54 A;  3ER3 E;  4R8Y A;  3RTN A;  1ZSF A;  3LIQ A;  6APR E;  2AZC A;  1EC3 A;  2R9B A;  2I1A A;  4Y3P A;  2WEC A;  1EC1 A;  5P4N A;  4Y38 A;  5P01 A;  5P44 A;  5SY2 A;  5DR0 A;  4DJV A;  1W50 A;  3CYX A;  2V00 A;  4Y3X A;  4U7Q A;  5P6Q A;  1LZQ A;  3FNS A;  5OZA A;  1OEX A;  5P1A A;  1HTR B;  4DJU A;  3OAG A;  5F00 A;  4Y45 A;  4M8Y A;  1GVW A;  5P27 A;  3L5E A;  4L7H A;  5P3G A;  3UQX A;  5I3V A;  1G0V A;  1SP5 A;  5P8P A;  1YM4 A;  2Q11 A;  3UFL A;  3L5D A;  3QRS A;  4R95 A;  3UHL A;  2FLE A;  4QLH A;  1FQ5 A;  3FV3 A;  2O4N A;  3M9F A;  4FL8 A;  3KFS A;  5P3I A;  1BBS A;  4Y3M A;  4DVF A;  4PEP A;  3SFC A;  4YD7 A;  2AOE A;  4YDF A;  5P89 A;  1BV7 A;  4EQ0 A;  4D8C A;  1EBZ A;  3BHE A;  3D3T A;  4ZSQ A;  4F75 A;  3UDN A;  5P10 A;  1D4I A;  1HSH A;  1Z1H A;  4CKU A;  5P25 A;  5P41 A;  4RGH A;  2QI3 A;  5OYT A;  1GVV A;  3GI6 A;  2I4U A;  1BXQ A;  3LZV A;  4EP3 A;  4H3J A;  2BPW A;  3GGA A;  5P8H A;  3KFR A;  3VUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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