5P36A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 159
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p36A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p36A01
3IN3A 5P58A 3ZKQA 5P7QA 2ER0E 4Z22A 3DUYA 5IVQA 4EP3A 3CYWA 1B6JA 4R92A 5KR0A 4XKXA 3OADB 5I70A 1YTIA 2F8GA 2QI6A 4J54A 5OZBA 5P5AA 5P5IA 4DQCA 5P7AA 3K5GA 3UQXA 1SP5A 4DQFA 1HSHA 1K6TA 3B7VA 5OZUA 5P5HA 4LC7A 1C6YA 4FLGA 2AZCA 5EZZA 4XXSA 3ECGA 5P0WA 3OQKA 4GJ6A 5P39A 5P6QA 5SY2A 4FS4A 3FIVA 2ZJNA 1ZSRA 3ZMGA 4RYCA 1XN3A 2NXLA 4PHVA 5P1ZA 1E82E 2IGXA 3RSXA 5KOQA 1K2BA 1ZSFA 2WF2A 5SZ9A 1GVTA 2ZHSA 2F3EA 5P0UA 5P3IA 3Q5HA 3KFPA 3GI5A 5KQYA 2PC0A 3BUFA 4Y3XA 1LYAA 5P59A 4DJOA 2G27A 4EP2A 1ODWA 2QHYA 2OHKA 2G22A 5P23A 4L7HA 2A1EA 4GIDA 3O9IA 3H0BA 1FKNA 4DUSA 5P0XA 3UQRA 3LHGA 5P4ZA 3NSHA 4Y9WA 5COKA 5OZAA 2NNKA 2PK5A 1C6ZA 2XFKA 4CPQA 1FQ8A 5OYXA 2BPWA 3ZPUA 2BJUA 3U6AA 4RVXA 4ER1E 1NSOA 1BAIA 2WF4A 3S43B 5KQZA 4GJ5A 3D1XA 1K6PA 1WKRA 1HVRA 1BV7A 3GI6A 1EC0A 4HE9A 3UDJA 1PSNA 1AAQA 5P5RA 2AZ8A 4JPCA 1W5WA 2NMZA 5P31A 2G1SA 4Y5KA 5OZ3A 2VA7A 1LS5A 5CONA 4B0QA 4ER4E 1W6HA 3SLZA 4Y3MA 4J0ZA 2VS2A 3ZKXA 4GJ9A 3CKRA 5I3VA 1EPNE 2PSUA 4K4PA 4ZPEA 5P22A 3OWNA 5P34A 5OZQA 2QD7A 1GVXA 5P69A 8HVPA 3UTLA 2QI1A 2BBBA 1DAZC 5P6UA 3UHLA 5P36A 2ER6E 4HVPA 1JLDA 5OYUA 4JP9A 3OQ7A 1K2CA 5P0EA 4RVJA 3T11A 3SA6A 4TRYA 2FDPA 2R8NA 2ZHRA 5P0TA 5P1FA 3QS1A 5F01A 2WEBA 5P72A 1VIJA 4HA5A 4KUPA 4XX3A 5AH9A 2ZE1A 1OD1A 1EPQE 3OQFA 3WSJA 5P35A 4Y4AA 3ZPSA 3S56A 5P04A 1UH8A 5AHBA 2QU3A 1BXOA 4Y3DA 5P1YA 5AHCA 1MERA 3UDPA 3QRVA 4QJ6A 5P2BA 4GJCA 5P0BA 3PSGA 4Y3ZA 5P6IA 4M8YA 2I1AA 5P70A 4KE1A 1TSUA 4Y5BA 2JYSA 1Q9PA 4RVIA 4ZSMA 3ZOVA 3FNSA 4H3GA 5P5FA 2QNQA 1FG6C 4YA8A 1IIQA 3OXWA 2QI7A 3INEA 5OZRA 5P0KA 4OC6B 2I4XA 1EBKC 3PRSA 2ZJIA 5OZWA 3K5FA 5P6GA 1NPVA 3D3TA 3I7EA 4HDPA 5P1NA 5DGUA 3OUBA 5P64A 5P7RA 2IKOA 1NPAA 5P6LA 2JJIA 4YBIA 5P3KA 2QI3A 5P7BA 1FG8C 4S1GA 2HS1A 1FQ4A 1HXWA 5OZ1A 5P3SA 2ZHTA 1FF0C 1SDUA 4FRSA 5P8BA 1K1TA 4QJAA 5OZ8A 3OU1B 4F75A 2AVMA 5AH6A 1KJFA 5P7PA 2Q64A 2R3TA 3LITA 4J1HA 3UDYA 3CIBA 1LF3A 2ZJHA 3KMXA 3LZUA 1FQ5A 1LEEA 3PWWA 2Q11A 3SPKA 4NKKA 4AA8A 4DQEA 4J0VA 4APRE 1OHRA 2WF1A 1ZAPA 2IS0A 2J9JA 2PWCA 1HSIA 4F76A 3JW2A 3EL4A 5I3XA 3VV7A 5AGZA 4QJ7A 2VNNA 1HIVA 5ER2E 5P62A 4K8SA 2AOHA 1RL8A 1QS8A 5P7TA 4YCKA 1U8GA 4B1CA 1APUE 5OZ7A 4Y57A 4GJAA 4Z50A 5OZNA 2CEJA 5P2ZA 3T7QA 1HVJA 4FM8A 2CEMA 2G1OA 4K4QA 4Y3AA 4Y3PA 2HPFA 5P3MA 5P63A 5OZFA 3QRSA 5P4XA 1PROA 2HM1A 4Q5MA 2ZHVA 1K1UA 3R4BA 5P4CA 3GGAA 1IVPA 1UH7A 2H6SA 4J55A 4PZXA 5OZZA 4NPUA 1B6LA 4I8WA 5OYVA 5P8DA 1GNMA 4YD7A 3GGVA 2RENA 5P1KA 4QJ9A 2B42A 4X2LA 3KMYA 5P71A 3EKYA 1GVWA 1MUIA 2Z4OA 4YD3A 1HRNA 5OZ0A 1MIQA 4Y5NA 5P7JA 4CPXA 2OHNA 2FNTA 5P8NA 2HC0A 3OU3A 5P24A 4F73A 2AOJA 4FIVA 3L5DA 3VFBA 1HWRA 2MIPA 1HIHA 4Y5PA 3QBHA 4Y4UA 3BGCA 9HVPA 4ACUA 5PEPA 5P16A 3L5BA 4E43A 3DCKA 2ER9E 5I3WA 1RNEA 4Y6MA 1IZIA 1LYAB 3OAGA 4DJRA 3L3AA 4DH6A 2ER7E 4R93A 5P77A 7UPJA 2ASIA 1K6VA 5HDUA 5HU1A 2G1RA 5P5UA 5P28A 5P2FA 4FM6A 1PPME 4RRSA 3GW5A 5HTZA 5P6HA 4F74A 3PLDA 2QZKA 3S85A 3C9XA 5P4WA 5P0HA 4Y4JA 4Y48A 1LYBA 1C70A 5OYQA 1YM4A 3VLBA 4Y41A 3LPKA 2OHPA 4DVFA 3I25A 4Y4BA 1PFZA 2VKMA 1BWAA 5P4JA 4QJ8A 4D83A 4ZSPA 4L1AA 1GVUA 5P41A 3OTSA 2O4KA 2SAMA 4XX4A 3R0WA 2OAHA 1HIIA 2P4JA 5OZPA 2Q54A 1B6PA 4DQGA 4Y44A 4HDBA 5P40A 1HTFA 4ER2E 4U7VA 2V12C 4PEPA 5P7VA 3SO9A 3SA5A 2OHRA 5OYRA 4I0IA 3BVBA 3FNUA 2QNPA 4Q1XA 1ZLFA 5P2NA 5P5DA 2F3KA 1HEGE 4YHQA 4PZWA 5P47A 1G0VA 1W5YA 5P74A 5P5OA 2PWRA 4IVTA 1HVIA 3OY4A 3O9HA 4OBZA 2AODA 2O4PA 4JECA 5OYWA 3MSLA 4RRNA 3OQDA 2WL0A 2AVQA 3Q4BA 2ZHUA 2NR6A 5P7EA 3OUCA 5P43A 2BQVA 5P1RA 5P6TA 2HIZA 1ER8E 4B72A 5P5ZA 5P1GA 5P7WA 1MESA 4LL3A 2FLEA 5P5WA 1PPLE 2BPYA 3LNKA 5IE1A 5SY3A 4I0FA 5P1AA 2I0DA 3H5BA 5DQ5A 1A9MA 2FXDA 4FM7A 3O9CA 4Y56A 3HW1A 5P2HA 1BDRA 2B8LA 5P15A 3VYDA 5P8IA 5CLMA 5JODA 1D4JA 1HPVA 3QVCA 3SKGA 2H6TA 4HZTA 5P0SA 5P6OA 2NXMA 4Y3RA 5P7KA 5P8PA 2XYFA 1EAGA 2UPJA 5P0QA 5P7FA 3RTNA 3NDXA 5P33A 1HPSA 5P0IA 2HPEA 4J1KA 5P6KA 1CZIE 1KJGA 2OHUA 4A6CA 4FRKA 1FB7A 2FGVA 3SA7A 5P8EA 4ZPFA 1EBWA 3LIQA 5P6FA 3RU1A 5P7DA 4WY1A 2QHZA 4KE0A 4MC9A 5OZIA 4ZIPA 5P6YA 2QD8A 5P5KA 1BIMA 2AOCA 3UQUA 3CKTA 4GB2A 6APRE 1TCXA 1W5VA 1T6EX 2QI4A 4FCOA 3NUOA 4GZFA 3D1ZA 3IA9A 1LF2A 5DQCA 5P4HA 3VEUA 1FQ6A 2QK5A 5HDXA 3WZ7A 3KFNA 1A30A 1WBKA 2PK6A 5P5GA 4CKUA 2F80A 1BBSA 3EKTA 5P0LA 3MXDA 5P68A 3TOFA 3UDHA 3UQWA 5P50A 1AXAA 1MRWA 5P8QA 2ANLA 3VG1A 4EJDA 1D4IA 5P5XA 5P32A 2B7ZA 4APEA 3MSJA 4NPTA 1EBZA 1EPME 4OBJA 5P8JA 3EL0A 5P88A 4I10A 3BHEA 3GI0A 5P86A 5OZMA 4CPUA 5P1XA 5P3OA 2J9JB 1NH0A 1GVVA 5P0PA 4TVGA 3EKPA 2I4UA 4I0JA 1MSNA 5P1EA 3KT5A 4GJ7A 1XE6A 2UXZA 3AIDA 1BXQA 3I6OA 4Y37A 2HB3A 3NU6A 3ZKMA 4DJPA 1B5FA 5OZ9A 5P7ZA 2ZYEA 4YCYA 4D88A 2B8VA 5P4DA 5SXNA 1BDLA 2QMPA 3NR6A 3DK1A 3K4VC 5P19A 4Y35A 1XS7D 3BC4A 1MPPA 1LV1A 5P8KA 2XFJA 2NMYA 3NU4A 2ZJMA 3VSXA 1CPIA 1DPJA 5P1OA 3VSWA 1RPIA 4Y4XA 5P78A 3EM3A 3QPJA 2WEDA 2RSPA 1TZSA 3PI0A 3K1WA 3ER5E 1A8GA 4ZSQA 5OZ6A 3BXRA 3EMYA 2QHCA 4Y3LA 3UDRA 5HE7A 1MRXA 1K6CA 2J9KA 5P83A 2AOEA 5DQ4A 1D4SA 3HZCA 5BRYA 5P2SA 1ZTZA 5P5SA 3PI5A 3OK9A 4J0YA 5AHAA 1Z1HA 5P4GA 2QU2A 4MC2A 1HOSA 1C6XA 2JJJA 5P4UA 3VF5A 5P30A 4NJSA 4Y3JA 1EPLE 3O99A 3SACA 2VJ6A 3JVWA 1SDVA 4H1EA 4Y58A 4YE3A 5EZXA 4EJ8A 1MEUA 3APRE 5P8HA 3MSKA 3ZLQA 3EKQA 2BPVA 1APWE 3OAGB 1FGCC 3TOHA 1ODXA 5HDVA 5P7SA 2BB9A 3LIYA 3UDKA 3O9FA 2I4QA 1W5XA 3S7LA 3DV1A 5P4IA 5P0FA 5KQFA 2G69A 1LYBB 3EL9A 3PSUA 1G35A 3VFAA 2QZLA 5OZYA 2CENA 1TW7A 5ISKA 5DR8A 1FQXA 2O40A 1IBQA 2P8HA 3NU9A 4LBTA 3SKFA 4NJTA 2FXEA 4B00A 4L1AB 4ZPGA 2V10C 1FMXA 1EPRE 5P3HA 3OOTA 5BS4A 2FNSA 5OZKA 5P7GA 3CIDA 3CKPA 2WECA 1BV9A 3SM1A 4OD9A 4DJWA 2QNNA 3G70A 1HVLA 4ZLSA 4Z2ZA 4I0DA 1WBMA 3T6IA 5HU0A 2IENA 3T3CA 4RZ1A 4LXKA 1DMPA 5P1LA 5OYYA 3PGIA 1M0BA 5P6NA 1DIFA 1YTHA 2OHQA 4Y3GA 5P3TA 4OBKA 1EC1A 3OGPA 5P5QA 4OBZB 3U7SA 3LPJA 3M9FA 3O9BA 4L6BA 3TOGA 1HVKA 3QROA 2V13A 3L5CA 5OZJA 4UPJA 2O4NA 2PSVA 5P1VA 5P0OA 5P4FA 5P8SA 5COPA 1T7IA 4FL8A 4L7JA 5P67A 5P8FA 4H3JA 5P8AA 5P2QA 3T7XA 5C9BA 4EJKA 2VIEA 3GI4A 5JFPA 3IVHA 4WY6A 4D89A 5P4AA 3TTPA 4K9HA 2I0AA 5P87A 2B60A 1HBVA 5P1MA 3DOXA 3WZ6A 4DQBA 1AIDA 3BGBA 5P49A 4Y4TA 4Y47A 4Y4WA 5P1DA 3TPRA 3TPPA 3UFNA 5P2YA 2WEZA 3BUGA 4M8XA 5P2KA 5IVTA 5I3YA 4JOOA 1PSOE 1EPPE 3APPA 3ER3E 1HVHA 1B11A 2VJ9A 3RSVA 5COOA 5HVPA 5P7MA 4LHHA 2OHTA 5OZDA 4Y5LA 1D4KA 5P0JA 3EKWA 2G94A 1MTBA 5P51A 2FMBA 5P3FA 2NNPA 1E5OE 1VIKA 5P61A 2G21A 3QI1A 3TKGA 4Z4XA 1ZPAA 2PQZA 4Y50A 5P1QA 1FQ7A 4GYEA 5P45A 5DPZA 2V0ZC 4J0TA 5P7NA 5P4SA 4Y5GA 4ZEAA 4YBFA 3NWXA 4EPJA 2AVVA 3GGXA 4Y5CA 2G1YA 5P5MA 1HSGA 1MVPA 2Q63A 4HLAA 2P83A 4YD5A 3IXJA 5P89A 5P2AA 4Y53A 3NLSA 4U8WA 5P2WA 3N4LA 5P0CA 2F81A 5P1JA 5P6JA 1XDHA 1UPJA 4QJ2A 5P3RA 2B7FA 5P6RA 3INDA 2FDDA 4ACXA 3UQPA 1BVGA 4FRJA 5P1CA 5ISJA 5P6ZA 3KDDA 3U71A 5P7IA 4CPWA 5APRE 3BVAA 4BEKA 1T7KA 3PCZA 4MC1A 4RCDA 4L7GA 2G26A 5P0YA 3LZVA 1UH9A 3INFA 4YCTA 4EJLA 5KR1A 3OUAA 3LZYA 4I8ZA 4FSEA 5B18A 4CP7A 4NJVA 3OTYA 2WF0A 4TVHA 3HD8A 3URIA 4B05A 4FAEA 2XFIA 4R95A 1B5FB 5P2UA 5P1SA 3O9EA 4DJQA 1D4LA 4Y36A 3OXCA 2P3DA 3R1GB 5P75A 5OZEA 2XYEA 3S8IA 5P6PA 3PBDA 5P7CA 5P7UA 4LXMA 5P8GA 3SA3A 2APRA 1SDTA 3NWQA 5P00A 3EXOA 4COEA 4MC6A 4R5NA 3SQFA 1GNNA 5OZOA 4KB9A 4WTUA 3PLLA 4Q1NA 4EXGA 2WKZA 1HTGA 3NDTA 3PWRA 4FGXA 2PYNA 3EL5A 3L38A 2QP8A 4YDGA 2P3AA 5HE5A 3UCBA 3DCRA 1IZDA 4R91A 1LZQA 1LYWA 5OZGA 3OUDA 3GGUA 5P3CA 5P37A 1IZEA 3UDMA 5P10A 4Y3HA 2QMGA 4U7QA 5P0GA 2QZXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IN3 A;  5P58 A;  3ZKQ A;  5P7Q A;  2ER0 E;  4Z22 A;  3DUY A;  5IVQ A;  4EP3 A;  3CYW A;  1B6J A;  4R92 A;  5KR0 A;  4XKX A;  3OAD B;  5I70 A;  1YTI A;  2F8G A;  2QI6 A;  4J54 A;  5OZB A;  5P5A A;  5P5I A;  4DQC A;  5P7A A;  3K5G A;  3UQX A;  1SP5 A;  4DQF A;  1HSH A;  1K6T A;  3B7V A;  5OZU A;  5P5H A;  4LC7 A;  1C6Y A;  4FLG A;  2AZC A;  5EZZ A;  4XXS A;  3ECG A;  5P0W A;  3OQK A;  4GJ6 A;  5P39 A;  5P6Q A;  5SY2 A;  4FS4 A;  3FIV A;  2ZJN A;  1ZSR A;  3ZMG A;  4RYC A;  1XN3 A;  2NXL A;  4PHV A;  5P1Z A;  1E82 E;  2IGX A;  3RSX A;  5KOQ A;  1K2B A;  1ZSF A;  2WF2 A;  5SZ9 A;  1GVT A;  2ZHS A;  2F3E A;  5P0U A;  5P3I A;  3Q5H A;  3KFP A;  3GI5 A;  5KQY A;  2PC0 A;  3BUF A;  4Y3X A;  1LYA A;  5P59 A;  4DJO A;  2G27 A;  4EP2 A;  1ODW A;  2QHY A;  2OHK A;  2G22 A;  5P23 A;  4L7H A;  2A1E A;  4GID A;  3O9I A;  3H0B A;  1FKN A;  4DUS A;  5P0X A;  3UQR A;  3LHG A;  5P4Z A;  3NSH A;  4Y9W A;  5COK A;  5OZA A;  2NNK A;  2PK5 A;  1C6Z A;  2XFK A;  4CPQ A;  1FQ8 A;  5OYX A;  2BPW A;  3ZPU A;  2BJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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