4TVGA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with pepstatin in active site and fragment ak-2097 in the outside/top of flap
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV Protease
publication title Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tvgA00
4RYCA 5OYRA 5P8CA 1T7JA 4KE0A 4Y35A 4RVJA 3MSLA 1T6EX 2NXMA 1A9MA 1LV1A 4Z2ZA 3PWRA 4Y3XA 4HDPA 3ZKGA 5P8RA 4J1IA 3TPJA 5P33A 3KT2A 1GNOA 2NXDA 4B1DA 1BV9A 4J0VA 3VV8A 5P25A 5P5BA 4ACXA 5P4TA 4RLDA 3VG1A 2WL0A 4Y3GA 4J0YA 1BILA 5P0MA 5P4AA 1ME6A 4Y4XA 5P3DA 4DJOA 5P13A 4H3GA 5P7JA 4FIVA 3SFCA 3SA9A 4GB2A 3KF0A 5P03A 3MXDA 4Z4XA 5P8EA 5P4WA 1FFFC 2QI0A 2ZJJA 1OD1A 5OYQA 1QBRA 5P23A 2ASIA 4ER1E 2R3WA 4HVPA 5P7OA 2VA6A 4H3IA 2A4FA 1HVJA 2QHYA 3O9GA 5P4EA 2OHQA 2Q55A 3OTSA 1BBSA 3CICA 5P8GA 2BPWA 5OZXA 5P1IA 2G21A 3WZ7A 5P61A 2QI7A 5BWYA 1BXOA 4K9HA 2Q5KA 2UY0A 2OHPA 5P2LA 1FB7A 5P6AA 3GI6A 4YD5A 5P4YA 2FMBA 1J71A 1KJ4A 5P5WA 2BJUA 3FNUA 2VJ9A 4DPIA 4U7QA 5P2AA 4COEA 5P1CA 5COPA 5P8MA 4EXHA 2RKFA 5AGZA 1MEUA 1K2CA 3KMYA 3KDDA 3LPJA 2BPZA 3EXOA 5KR8A 2IKOA 3OUDB 5P4PA 4Y51A 1C6ZA 5P75A 5P6HA 2PQZA 5IVQA 2F8GA 2PH8A 5P8DA 3ER3E 1PSOE 5P3UA 2WF1A 3S85A 3NXEA 5HE4A 5OZDA 5OYZA 4Q1YA 4EQJA 3VV7A 1MT8A 3KFNA 4Y3WA 1A8KA 3NDXA 1PPLE 2ER6E 2H6TA 4D85A 3D1ZA 3EM6A 2NMYA 4Y3PA 3D1YA 2P4JA 4Z22A 5P73A 5KOSA 2JYSA 4J0TA 3SLZA 2OHRA 3D1XA 1PPKE 5P52A 3ZKNA 3T7QA 1TCWA 5OZ3A 5P34A 5P0AA 4Y57A 2QI3A 5P2NA 1AJXA 4HA5A 1AAQA 4FRSA 5P0FA 2I4XA 1MVPA 2V12C 2O4KA 5P28A 4DI2A 2OHUA 3LZUA 5P42A 5P5OA 4Y4ZA 2APRA 4MC9A 4CKUA 2UPJA 4IVSA 3ZMGA 5P46A 4J1FA 5P7XA 3OUDA 4YE3A 2R43A 4Q1NA 2QI6A 5P89A 4GJ6A 5P7LA 1RPIA 2AOCA 5P6NA 4APRE 5P3WA 5BS4A 5P2MA 1ZSRA 3EKPA 2CEJA 4HDBA 4YOBA 2VKMA 5P8FA 4B72A 4R93A 3VV6A 5P3GA 1NPWA 4LAPA 4Y3JA 4Y4TA 2B7FA 4Y4UA 3TH9A 5OYVA 5P6IA 5P8PA 3TPPA 3BGCA 3HVPA 4CMSA 1K6CA 3BUHA 1SBGA 1HSIA 3OAGB 2ZE1A 4TVHA 2VIYA 1FFIC 2Q63A 5P2GA 5P6CA 2NXLA 4Y3QA 1E80E 2QMFA 5P67A 4BELA 5KAOA 2VNMA 1BDRA 5P5LA 4ZSRA 5P38A 5P7EA 3CYWA 4H3JA 2RSPA 5P09A 3PSYA 4Y53A 4EJLA 4FRIA 1B6MA 1TCXA 3L59A 5P0HA 5OZNA 4F73A 5P0KA 5P2WA 5P5IA 4LC7A 4Y5NA 5P2XA 3R1GB 3OOTA 2PMAA 5P4IA 3SO9A 2AVOA 2B8VA 3UQUA 1NSOA 4Y5PA 2Q64A 4F76A 1ODXA 4Y3RA 5P4DA 3S56A 2QNNA 4Y5AA 5P0YA 5P7WA 3VSWA 5P3YA 4APEA 5P3TA 3OHHA 3GI5A 4ZPGA 5KR1A 5P0WA 5AH7A 4L7HA 5P05A 5P2IA 1BVEA 5IE1A 1EPOE 1ZSFA 5OZEA 2AZBA 4DH6A 3OAGA 4I0GA 5HU0A 3TOFA 2NPHA 3IVIA 4FLGA 3IN4A 3IXOA 5KQZA 3O9DA 5P1MA 4MC6A 3NU3A 4GYEA 2J9KA 4LP9A 5P8TA 3LPKA 1K1UA 6FIVA 3BRAA 5P00A 5P5QA 1FMXA 5P37A 1ODYA 5P5ZA 5F00A 5P1JA 3VCMA 4GIDA 3M9FA 1EPME 3NU5A 1UPJA 2WECA 4ER4E 5AHCA 4FE6A 1LYWB 4Y3HA 3VYEA 5P3JA 3O9BA 2PYNA 2HS1A 4PYVA 4RROA 5P7ZA 1LF3A 3SPKA 5P5YA 4Y4JA 3EKVA 3SA6A 5P64A 4DQBA 1EBZA 5OZ5A 1W5YA 3O9LB 3FSMA 1C6XA 2QP8A 4YD6A 2WKZA 3KDCA 3U71A 1HXBA 3LIZA 3GGUA 7UPJA 2BB9A 4NJVA 1OHRA 3LIXA 4TVGA 5OZGA 5P22A 2HAHA 5P2QA 5APRE 3Q6YA 1EBKC 3OUCA 5P39A 3ZLQA 5P1XA 4DFGA 1T3RA 1B5FB 3IGBA 2IL2A 4XX3A 1D4YA 1CPIA 3CKRA 1CZIE 2G27A 1F34A 4B77A 1MRWA 3INDA 1DAZC 4GJCA 2QU3A 3SM1A 4FS4A 4Y3NA 3RVIA 3FNTA 2OHSA 4Y5GA 1G2KA 1GVUA 5P5RA 1YT9A 2PSGA 1LYWA 5C9FA 4FAFA 2AQUA 4AMTA 5EZZA 1GKTA 4A4QA 1HPXA 3EC0A 1BIMA 2ZYEA 1A8GA 1FIVA 4OBZA 4Q1XA 5P3QA 5P72A 4GMIA 4OC6B 3TKGA 5P0IA 4BFDA 5P76A 3DCRA 1Z8CA 3OHFA 2I0AA 5KQFA 3O9LA 5HE7A 3QVCA 3VFBA 2R5PA 5P5NA 1W50A 1N49A 4B1CA 5P4BA 4DJRA 5OYTA 1GVWA 1K6TA 2ER7E 5P2YA 3EL0A 3LNKA 3SAAA 1K2BA 1RL8A 4QJ8A 2QI5A 5E5JA 3DV5A 1HEGE 1G0VA 2BQVA 4WY6A 1MTRA 3R4BA 5OZMA 5P0TA 1UH9A 4EHCA 1B5FA 4M8YA 4EPJA 5OZ4A 5P6OA 5P7MA 3BVBA 3T7PA 4Y3LA 1IZHA 2G26A 1G35A 4GJ5A 3SABA 2P83A 3LZYA 1APVE 4RYGA 4TRZA 2ANLA 4DUSA 4Y5EA 3INHA 4FRKA 1EBWA 1ZBGA 5AH6A 3SM2A 5P6WA 3S43B 3QIHA 5OZ6A 5P7FA 1LS5A 3IXKA 5KQYA 4OC6A 3SA4A 4I1CA 3JVWA 5OZ7A 2QMGA 4D8CA 1EAGA 5P6DA 3RTHA 1PSNA 2HB4A 5SZ9A 3L38A 4FAEA 4JPEA 5P5HA 1SDUA 1TW7A 2QMPA 5ER1E 2BPVA 5P0BA 3QRMA 3PCWA 1SMEA 1YG9A 3UF3A 4RZ1A 3SACA 1HSGA 2RENA 3RU1A 3I8WA 5I3WA 5P8VA 1AIDA 1HVRA 2P3CA 4LXKA 4B0QA 4PZWA 3DK1A 3ZKIA 1AXAA 2FNTA 2PWCA 4JECA 2XYEA 4Y5MA 2I0DA 5P2HA 3QI1A 3WB5A 5P63A 4A6CA 3LINA 2G20A 2AVVA 2VIZA 1GVTA 2F3KA 4J17A 3D20A 3S43A 3NUJA 1APUE 2ZHRA 5HDVA 3VEUA 2AOFA 2B42A 4J5JA 3SA5A 5P79A 1ENTE 5P1RA 1FQ8A 4ACUA 5P7UA 5P83A 5DR3A 5DQ2A 4Y43A 1FLHA 4GJ9A 4Y3TA 5DR1A 3NLSA 3KT5A 2FNSA 2HIZA 1QBTA 5P0RA 2G22A 5P1VA 5DQ1A 2I1AA 1HSHA 5P69A 5P86A 5P77A 4Y3DA 4I8WA 5F01A 5P1GA 4Z50A 2P3DA 5P4VA 5P0SA 3QN8A 4EJ8A 5P7TA 3UDQA 2G1OA 3UFNA 1EPPE 5P4UA 5PEPA 4AZYA 5P7HA 5P08A 3EMYA 2QI1A 4Y36A 5P6ZA 1HRNA 5P6PA 3VFAA 2BKTA 4OBFA 5P49A 5P68A 3DJKA 1M43A 3L5BA 5P8LA 3ZKSA 2QAKA 3TPRA 1MUIA 1OEWA 2WF0A 3CYXA 1ER8E 2O4LA 1SGUA 1IBQA 1MESA 3S45A 1SMRA 2XYFA 3PB5A 1FGCC 1U8GA 1HVSA 4YDFA 1E5OE 1YX9A 5OZ9A 1APWE 3L5DA 5JFUA 4DQGA 4L7GA 3QP0A 5P12A 4Y5CA 5P0OA 4EWOA 3KDBA 2ZJLA 5P51A 4GJ7A 5P3RA 2ER0E 4Y38A 1PSAA 5OZWA 4Y5LA 3SQFA 5OZKA 4FM7A 2AZ8A 4XKXA 1NH0A 2HB2A 3OXCA 3SKGA 1T7KA 1T7IA 3KMXA 2AZCA 3OUAA 3I6OA 1IVPA 3ER5E 5P8IA 4X7IA 3EL1A 4Y3MA 2R3TA 3ZPUA 1M4HA 2WF4A 3UCBA 3CKTA 5P3LA 3D91A 1EEDP 5OZFA 5DPZA 3L3AA 3VLBA 3Q4BA 4R91A 3KYRA 2VS2A 2R9BA 4GJ8A 3HVGA 5CLMA 4PPHA 1PPME 2PH6A 1SP5A 4QGIA 3PCZA 1TSQA 1HPOA 3UQPA 5P7GA 3EL4A 1RNEA 2ZJHA 4ZSQA 1TZSA 4YCYA 5P84A 5P0NA 5P5MA 4DJPA 1VIKA 1B11A 1IDAA 3RSVA 5E5KA 3QBFA 3LIQA 5P5EA 2QNPA 3WSJA 2IENA 4EP2A 5OZZA 4Y3ZA 1MERA 5HCOA 1CMSA 1XE6A 1YTGA 1FQXA 5P4SA 3TOGA 1ZPKA 1EC3A 3OOZA 1HWRA 3MXEA 1MRXA 3LPIA 4K4RA 1W5WA 2VJ7A 5OYUA 4CPTA 5P2OA 4FCOA 2O4SA 4OBGA 1KJ7A 3OWNA 3L5FA 3JVYA 3Q70A 1W5VA 2QD7A 3LZSA 4Y44A 4EXGA 1KJFA 3PVKA 5P3CA 4YD3A 5P5GA 1W6HA 2PK6A 3UFLA 5I3XA 1SIVA 5KOQA 1AM5A 5DGWA 5P5TA 5P6LA 2FGUA 5P24A 5AHBA 1B6LA 4J55A 5P60A 1HTFA 2G94A 3O9FA 5C9DA 2Q15A 1D4LA 2NR6A 4I0EA 2IS0A 5DR7A 3S7MA 4PHVA 2O4PA 1HEFE 2BBBA 3NDUA 5P5FA 4DJQA 3GI0A 2ZHTA 4CPXA 5J25A 5OZ2A 5P0CA 3OXVA 3GI4A 5P2RA 5P7YA 3OU1B 3CMSA 2EWYA 1XS7D 3OQ7A 5P58A 2AOIA 5P62A 3QVIA 1HTEA 2I4UA 1DP5A 3NU4A 3URIA 2QHCA 3WB4A 2G24A 3URJA 4WY1A 3NU6A 5P4CA 5P85A 4J0ZA 5P1HA 4DQEA 4RCEA 1QBUA 4BEKA 3OADB 2AOJA 1BAIA 2Q54A 5P36A 5AHAA 1EBYA 3MSJA 3PWWA 5P3FA 5P30A 1HVIA 2QI4A 5HDZA 1FG8C 1M0BA 2OAHA 5P8KA 2G69A 5P18A 5P7DA 5JG1A 5P5VA 5IVTA 3ST5A 5P4ZA 5P0GA 1EC1A 5P6VA 5OZ1A 4EJKA 3OY4A 4D89A 1BWAA 3MWSA 4OBDA 5P40A 3OUBA 3EKWA 3TL9A 3QAAA 2ZJMA 5OZSA 3OU1A 2FGVA 1MIQA 2PSUA 3LIYA 4L1AA 2RMPA 4Y4AA 3DCKA 5P1SA 4BFBA 1E82E 3T7XA 4CPUA 3UTLA 5HE5A 5OZAA 3NXNA 3PSGA 1EPNE 1HTRB 3CKPA 3K4VA 5P1UA 4OBZB 1MPPA 4KB9A 5P3MA 1XN2A 3GW5A 5P45A 3T11A 1AZ5A 2OHLA 2O4NA 5P1FA 4DQCA 4DQFA 1UH7A 5P5DA 5AH8A 3UQRA 5OZ0A 3OADA 5OYWA 3K4VC 4ZSPA 3L58A 4J0PA 5P3AA 3KM4A 2HS2A 5P88A 5OYYA 5P8JA 3NDTA 1HXWA 4Y4WA 3RTMA 4YCTA 3EKQA 5P14A 4OBHA 3TOHA 2V00A 5P5JA 5P74A 4NJUA 2QZXA 2V13A 3L5CA 5P57A 1YTHA 4MC1A 5P2DA 1XN3A 5DQ4A 3NSHA 5KR0A 3NUOA 5P6SA 4NJSA 2G1RA 5P06A 4AA9A 4JOOA 1NPAA 1W51A 5P19A 3HBOA 4RCFA 2FS4A 5P5KA 5P3OA 5P54A 5JFPA 1BDQA 1G6LA 3BUGA 3U7SA 3BC4A 4A6BA 3IN3A 2ZHUA 1W5XA 4RVIA 5P2FA 5P66A 1A30A 2A1EA 5HDUA 1OEXA 5OZRA 4RRSA 3ZPSA 4Y48A 3O9CA 5P2VA 4Y50A 3VF5A 1AJVA 4HE9A 2AZ9A 3QROA 5P7SA 4Y56A 3PSUA 5P1BA 3TKWA 3HD8A 2SAMA 2O40A 2VIEA 4N00A 5P1YA 1ZLFA 4I0FA 1MSNA 4Y4GA 2B60A 2G1NA 5AH9A 4FSEA 5P6QA 2I4VA 2IEOA 1NPVA 5P4NA 1HIIA 1FKNA 5P16A 5P6MA 5P81A 5P3IA 4I11A 3S54A 2G1YA 2WJOA 2P3BB 3EKXA 3K1WA 5OZJA 2QZKA 3GGVA 4YOAA 2F81A 1HVLA 3SA3A 5P1AA 2BPXA 4QJ9A 3OGPA 1B6KA 3EKYA 5P2UA 2Q3KA 3UDMA 1BWBA 3EM3A 5P0QA 5ER2E 3B80A 3PMYA 5COKA 3I25A 1QBSA 5P71A 4Y39A 5P3HA 5P1PA 4Y47A 1XDHA 5IVSA 2FXDA 5P1DA 4Y5BA 4R8YA 1SDTA 3C9XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RYC A;  5OYR A;  5P8C A;  1T7J A;  4KE0 A;  4Y35 A;  4RVJ A;  3MSL A;  1T6E X;  2NXM A;  1A9M A;  1LV1 A;  4Z2Z A;  3PWR A;  4Y3X A;  4HDP A;  3ZKG A;  5P8R A;  4J1I A;  3TPJ A;  5P33 A;  3KT2 A;  1GNO A;  2NXD A;  4B1D A;  1BV9 A;  4J0V A;  3VV8 A;  5P25 A;  5P5B A;  4ACX A;  5P4T A;  4RLD A;  3VG1 A;  2WL0 A;  4Y3G A;  4J0Y A;  1BIL A;  5P0M A;  5P4A A;  1ME6 A;  4Y4X A;  5P3D A;  4DJO A;  5P13 A;  4H3G A;  5P7J A;  4FIV A;  3SFC A;  3SA9 A;  4GB2 A;  3KF0 A;  5P03 A;  3MXD A;  4Z4X A;  5P8E A;  5P4W A;  1FFF C;  2QI0 A;  2ZJJ A;  1OD1 A;  5OYQ A;  1QBR A;  5P23 A;  2ASI A;  4ER1 E;  2R3W A;  4HVP A;  5P7O A;  2VA6 A;  4H3I A;  2A4F A;  1HVJ A;  2QHY A;  3O9G A;  5P4E A;  2OHQ A;  2Q55 A;  3OTS A;  1BBS A;  3CIC A;  5P8G A;  2BPW A;  5OZX A;  5P1I A;  2G21 A;  3WZ7 A;  5P61 A;  2QI7 A;  5BWY A;  1BXO A;  4K9H A;  2Q5K A;  2UY0 A;  2OHP A;  5P2L A;  1FB7 A;  5P6A A;  3GI6 A;  4YD5 A;  5P4Y A;  2FMB A;  1J71 A;  1KJ4 A;  5P5W A;  2BJU A;  3FNU A;  2VJ9 A;  4DPI A;  4U7Q A;  5P2A A;  4COE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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