5P5DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 238
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5dA01
5HE4A 5P7CA 3KFRA 4B77A 1RPIA 3QRVA 4DQFA 4PZXA 5P4CA 5JFUA 3O9IA 1MESA 5P6DA 1BV9A 5P2OA 4RRNA 3D3TA 3L5CA 5OZYA 1ZSRA 3LIVA 2IQGA 5P89A 2RENA 3UDPA 3BVBA 5P4XA 3QS1A 5SZ9A 1SGUA 4I8ZA 5P8EA 5P3YA 4Y3EA 1PPME 4YBIA 5P1DA 2OHSA 1YM2A 2VS2A 4ZPEA 5P6ZA 5HE5A 5B18A 1SBGA 2WF4A 3JVWA 6UPJA 2FLEA 4YD4A 5P24A 3APPA 3L59A 3KYRA 1BDLA 5DR3A 3UDRA 1U8GA 1FEJC 1BILA 5OZZA 2XFJA 5P7WA 4JP9A 1RL8A 5P5LA 4B00A 2QZWA 5P5UA 2VA7A 1D4SA 4J17A 5KAOA 3UFNA 1IZIA 5P39A 5P4QA 1HPSA 1MSMA 3WB4A 5JFPA 3BGCA 5KR2A 3D20A 4GMIA 4FAFA 3AUPA 3DUYA 1FMUA 3WZ8A 4RVJA 3TL9A 4Y53A 5P1MA 3NDUA 2WF2A 3LNKA 1B11A 1LV1A 1MRWA 3CMSA 2O4PA 4CPWA 5P5QA 1EAGA 3PI0A 4RYCA 5P59A 4Y5CA 5P2JA 4R95A 4GIDA 3OUAA 5P3NA 5DGUA 2QU2A 3PI5A 1EC1A 2WEAA 1DPJA 1HVSA 1MT9A 2G1RA 3ZLQA 4CP7A 3PEPA 5P0CA 1APVE 5P07A 2O4SA 1FG8C 1IZDA 3ZL7A 3R2FA 4DH6A 1IIQA 4OBDA 5P1VA 2QZLA 4Y4DA 2G1YA 2ZJIA 1DAZC 2XFKA 3S43B 5HE7A 1D4HA 1PPKE 3OQ7A 3PWMA 1SMEA 5P1UA 5P6HA 4B05A 2NR6A 2BPZA 1LF3A 3KMXA 4D89A 5P3UA 1Q9PA 1W5YA 2RKFA 5IVTA 3EKQA 4X7IA 4B1DA 2AOIA 3GGXA 4OD9B 4OBKA 1F7AA 3OU1A 4LXMA 3S85A 4F75A 5P30A 2QP8A 3OWNA 5OYVA 3VLBA 4AUCA 5HU0A 2IDWA 1BV7A 3OQKA 2AZCA 3QBFA 5BRYA 1EPLE 3EL9A 4OBFA 2Q54A 4LXAA 2P8HA 4AMTA 3VYEA 3T7PA 2VKMA 2FDPA 3FIVA 4QGIA 4YHQA 1IZHA 5P0WA 5P8UA 4EXHA 5OZTA 5P7LA 4X2LA 3JVYA 4NJTA 2OHPA 4NPUA 2Z4OA 1XS7D 3L38A 3OAGB 3H5BA 2P4JA 4I0HA 2ZHSA 2OHTA 5P6CA 4DQGA 2OHRA 3NDTA 5P6SA 5P4VA 4K9HA 1KJFA 5P6XA 4Y3JA 3NLSA 4JECA 4J0VA 2G1NA 2HPFA 1OD1A 2Q11A 1A30A 2R38A 5P3XA 3BGBA 3WZ7A 4FLGA 1FQ4A 5P25A 5P81A 3ST5A 3TLHA 4PEPA 1M4HA 5AH9A 5P37A 4Y5NA 2H6SA 3LZYA 3EMYA 1ODYA 4HA5A 3LHGA 5P2YA 4MC6A 3OGPA 4J0TA 4CKUA 5P4OA 3OUDB 3O9AA 5P5FA 5P7VA 4YBFA 2PWCA 3LZSA 5OZ3A 4B0QA 4Y35A 5APRE 5HTZA 3RVIA 1YTGA 2QMDA 5P0TA 1G0VA 3QROA 1Z8CA 1T6EX 4DQHA 3NU3A 3KF0A 4PHVA 1MRXA 3SFCA 4EJKA 4RZ1A 3PSYA 3PBZA 1XL2A 3SA4A 2HIZA 4QJAA 4ER1E 4QLHA 3HAUA 4Y3NA 1D4JA 2QHYA 1BXQA 3IVIA 5P67A 4ZE6A 3LIQA 4H3IA 5P5OA 5P35A 5P8TA 5P8CA 3L3AA 5P79A 4E43A 3OXCA 4I0DA 4J1KA 4OBGA 3PSGA 4WY1A 3CKRA 1AJVA 1BBSA 2AOGA 3BHEA 5P8SA 4AZYA 1MEUA 3OQDA 3D1XA 3QRSA 5P09A 2PK6A 3I2LA 5P0HA 2AZ9A 1FB7A 1KZKA 1W5VA 3CYXA 2I4UA 3EM3A 5P2QA 3VF5A 4EXGA 7UPJA 5OZLA 3URLA 4Y3SA 1W51A 4PPHA 5EZXA 1IDBA 1JLDA 4CPXA 1ZPAA 5P5VA 2G20A 3BXRA 4CPTA 5P6JA 4Q1YA 2PH6A 2IL2A 4A6CA 1FFIC 4L6BA 4Y6MA 1FQ8A 4D83A 5P0ZA 5P71A 2IGYA 3NWQA 4DQCA 1FG6C 5P6UA 3NXNA 4RROA 4TVHA 3KM4A 3VYFA 1HTEA 5OZ6A 5P7NA 1UH8A 3JW2A 3HD8A 1K6VA 4Y37A 4YOAA 5P3KA 4OBZB 3I6OA 5P6FA 3RTMA 3EM4A 5E5KA 1BIMA 3QPJA 5P7RA 4QJ9A 4Y3YA 5P2IA 1AZ5A 2V13A 4COEA 3OY4A 3UQUA 3UCBA 1BXOA 4K4RA 5P17A 3ZMGA 4GJ5A 5P06A 5P2NA 3GGAA 5P2MA 1TCXA 4F73A 3EM6A 5P80A 3Q4BA 5P08A 3G72A 3S7LA 3O9HA 1C6YA 3QVCA 3SO9A 4D8CA 1ZBGA 4Y51A 4RCEA 5KOQA 2VJ9A 1HPOA 4Y5AA 5P1YA 2J9JA 3U7SA 3ZPTA 3PJ6A 4B72A 3NR6A 5P8AA 2J9JB 2G26A 3CKTA 5P0YA 5DR7A 5P5EA 5P7AA 1Z1RA 3SA9A 1AM5A 2I4WA 3ZKXA 3TKWA 5OYSA 2BKSA 3IGBA 1D4IA 4XXSA 3INFA 5P4FA 4FE6A 4Y3ZA 5P50A 3Q70A 5P3JA 5P13A 5HVPA 1ZAPA 1ZP8A 1K1TA 2IENA 2IGXA 1HTGA 2CEJA 1LF4A 2IRZA 3DV1A 4L7GA 5HCOA 5P61A 1NSOA 1IVPA 5P4UA 3NU9A 3O9LB 5P1JA 5P48A 5P8DA 1PSNA 4EJ8A 5P7BA 1ZLFA 4H3GA 1AXAA 2FNTA 1HEFE 3UQRA 2ZJHA 1ZJ7A 2OHLA 2PK5A 3KDCA 1T3RA 4MC9A 4Q5MA 1RQ9A 4ZLSA 3RTNA 1LYWA 2AZ8A 4GJ8A 5P0BA 1LYWB 4L7JA 4ER4E 4FAEA 3VFBA 5P8BA 4FM8A 4R93A 2NNPA 5IVRA 2NMYA 5AHBA 3CIDA 5P6WA 1HHPA 5P1KA 3APRE 2AOCA 1MERA 2ER0E 5P8FA 2G1SA 5P77A 5P2FA 5EZZA 3UDJA 5KQFA 5KQZA 1YTIA 3TH9A 5P7JA 1LZQA 5P0VA 3VLAA 5P34A 5P4BA 4DJRA 3IVHA 2VIEA 4ZPGA 5DQ5A 5P1XA 2F3EA 5P66A 3ZKQA 5DR8A 5DPZA 6APRE 5P6LA 2V12C 5P46A 1MSNA 5P57A 1YG9A 1EBKC 5P2RA 2WEBA 5P0NA 1AJXA 2RMPA 4Z22A 5OYUA 5OZJA 4LAPA 5P0FA 4Y3PA 5P2WA 3ZOVA 5P4SA 4HDPA 5P16A 3S8IA 5P0XA 3Q3TA 1DMPA 3UQXA 2HC0A 2ER7E 4ACXA 2BPXA 1HVRA 5JG1A 1SP5A 5P6QA 5P3TA 1EC0A 1QBRA 3DOXA 1A8GA 3FV3A 5P0UA 3IAWA 4D88A 2AOHA 3ZKNA 5OYTA 2P3DA 4ZPFA 2QMPA 4Q1NA 4BFBA 3K5GA 5ER1E 3CICA 3IXKA 1AAQA 4EJDA 5OZ1A 3O99A 5P3SA 4FRJA 2G22A 2P3AA 1GVXA 3BXSA 5P3LA 5P41A 1BWBA 3SQFA 2F3KA 3NUOA 3BUHA 1EEDP 5P82A 2V11C 3VYDA 3S53A 3SKFA 2BBBA 4KE0A 5OZUA 5J25A 5P74A 3MWSA 5COOA 5P4EA 5P1CA 1APUE 2B60A 3EL1A 1FLHA 5E5JA 1B6MA 3EC0A 2R5PA 2ZHUA 4DJYA 4A6BA 5IVQA 4D85A 5I3XA 4B1CA 1E82E 1HTFA 4ZEAA 3OTYA 5BWYA 3OUBA 5P2EA 5P4TA 4K4PA 4EYRA 1EPRE 5P73A 3I8WA 3SLZA 5P0AA 5P3OA 5OZEA 5ENKA 2NTRA 2R5QA 5P8MA 5OZQA 1LF2A 3IXOA 4CPRA 2JE4A 5P2UA 3L58A 1OEWA 3ZKIA 6FIVA 1HVLA 5P7EA 2WL0A 5P54A 2OHNA 3INDA 4I11A 2P83A 3OADA 5P4DA 3OADB 4FGXA 5P8GA 2XYFA 5JODA 1FMBA 3BUGA 3DV5A 2IKUA 2PH8A 5P2GA 2RSPA 4Y3TA 5C9BA 3KMYA 5C9DA 1APWE 5HDUA 2FGUA 5OZFA 1OHRA 3O9FA 3WZ6A 2G94A 5P3RA 5P2TA 3FSMA 5OZXA 5CONA 3PCZA 5I3WA 5AHCA 3OQFA 5P7XA 3UQWA 3PCWA 1K2BA 4ZSMA 3KT2A 5P7YA 3GGVA 4FL8A 2CENA 2H6TA 3S43A 5P5KA 3M9FA 4J1EA 1BAIA 1UH9A 5P6GA 2P3BB 5P8PA 2I4VA 3KT5A 2PSGA 5SY3A 4I0JA 1HVCA 1HSHA 4N00A 5P3QA 4OD9A 4APEA 5OZ4A 4YDFA 4FCOA 3MXDA 1MT8A 5P3EA 1A9MA 3LPIA 3T11A 4GYEA 2WKZA 5P49A 1W50A 3B80A 3GI5A 4Y58A 4HE9A 3C9XA 4LC7A 4Y5MA 5P20A 3UDQA 1GVUA 5P4AA 4AA9A 4CPUA 5P0KA 4YDGA 5ISKA 1EBZA 3D91A 3UDHA 4LHHA 4LL3A 3LPKA 5OYWA 3OAGA 2QNNA 4QJ2A 5P6OA 5P76A 1LYAB 4UPJA 3PSUA 1ENTE 3INEA 2OF0A 2ZHVA 1QDMA 2AOJA 3VFAA 2F3FA 5DR0A 3WSJA 3KFPA 1TQFA 4H3FA 5P87A 3WB5A 2PYNA 4I0EA 3SA7A 4EJLA 1PROA 1EPPE 2VIYA 3MXEA 1KJ7A 3VUCA 5P2BA 1DP5A 1YTHA 2F81A 2CEMA 5CLMA 4AA8A 5P0GA 3URIA 2QMFA 4FS4A 1YM4A 4Y41A 1SDVA 1MTBA 3INHA 3OUDA 1K6TA 2R8NA 3RSXA 3QN8A 3GW5A 5COPA 5OZOA 1HBVA 2VNNA 4A4QA 2FXDA 2G1OA 4JOOA 3LZVA 5IE1A 3EXOA 5P52A 2QI5A 5P4HA 4TRWA 1TW7A 1SIVA 3S56A 3VSWA 4I0IA 3NU4A 4I1CA 5P43A 3URJA 3DCKA 5P47A 1QS8A 4RLDA 5P38A 2QI1A 2R3WA 1GNMA 5AH8A 1EC2A 3UPJA 1SGZA 5P7HA 5OZAA 4EWOA 5P3MA 3UQPA 3OU3A 2R9BA 4I12A 3NWXA 1D4LA 4J54A 5P5TA 4H1EA 3NDXA 5P6KA 2UXZA 3L5BA 1BDRA 3G70A 4IVSA 4J0YA 4TRZA 3PM4A 1IDAA 4Y4BA 2IS0A 4Y57A 4FRKA 4EQJA 4Y3HA 5OYYA 1W5XA 1MIQA 4FM6A 4Y3WA 2VIJA 5P1IA 1GNOA 2AVQA 5F01A 5DGWA 2FDEA 4L1AA 5P63A 3B7VA 4NJUA 1LYBA 4L1AB 5OZMA 1LYBB 3LIZA 4EP3A 5P5WA 4CPSA 5P18A 2G21A 4QJ8A 3PVKA 3FNUA 4TRYA 3RTHA 1VIKA 2BPWA 4M8XA 3IXJA 4R5NA 4M8YA 5OZIA 2AVSA 5P5DA 4DQEA 2QI6A 3BRAA 4DPFA 1HIIA 4LP9A 5P6NA 1K2CA 3OHFA 5P1TA 2A1EA 2P3CA 5DQCA 1UH7A 3CKPA 3EKYA 3OHHA 3OU4A 5P7IA 3T3CA 1HXWA 3KDDA 5P1OA 3OU4B 5P7TA 5P7UA 1B6PA 3O9CA 4OBZA 3KFNA 4J55A 4FRIA 4MC1A 1KJ4A 4L7HA 5P1HA 2VA5A 4R8YA 3ZKGA 3R0YA 1SDTA 1HXBA 2WF0A 2I4XA 3NYGA 2HM1A 5DQ2A 3EBZA 3SA8A 1C6ZA 5OYXA 5P2HA 5P29A 4DV9A 3A2OA 2WHHA 4F76A 1IBQA 2ZE1A 4FM7A 1HIVA 3L5FA 1FQ5A 2HS2A 2VJ7A 2ZJMA 3MSLA 3VV6A 3EL4A 5P8VA 2ZYEA 5SXNA 1B5FA 4R91A 5P7PA 1OEXA 1SH9A 3OXWA 3R0WA 3SA6A 5P6TA 1B5FB 5P5ZA 5OYQA 5HCTA 3PBDA 5P40A 3EKVA 3N3IA 2ZHRA 4Y54A 4Q1XA 5TOLA 5P8KA 2QCIA 4LBTA 1GNNA 4GZFA 3HVPA 4RCFA 5P7FA 3RU1A 4Y4EA 5P2CA 5P7SA 2ZGAA 2HS1A 1RV7A 3EL0A 5P88A 1SDUA 2V00A 5P0EA 3SM2A 5P42A 4HDFA 1NH0A 5HU1A 2QI7A 2OHKA 2FS4A 4KB9A 1TSQA 3GI4A 3HLOA 4Y4XA 5P53A 5DR1A 4APRE 1EPME 3O9LA 2FXEA 1K6PA 3PRSA 1BVEA 3D1ZA 1XN2A 2QD8A 4TVGA 1CMSA 5HDZA 5P70A 1LEEA 4Y5KA 1PPLE 5HDVA 3FNTA 2IEOA 3HW1A 4NKKA 1MTRA 5P7QA 5P27A 4U8WA 1HPXA 1M0BA 4BFDA 3T7XA 2WF3A 3TKGA 3HAWA 3OQAA 5OZBA 5AHAA 5P3FA 4Y3FA 1CPIA 5P4PA 3OTSA 5C9FA 1HRNA 4B78A 1EBYA 4Y5GA 5P7ZA 5P8OA 5P5RA 1TCWA 3SM1A 2WEDA 3NU6A 2NMZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HE4 A;  5P7C A;  3KFR A;  4B77 A;  1RPI A;  3QRV A;  4DQF A;  4PZX A;  5P4C A;  5JFU A;  3O9I A;  1MES A;  5P6D A;  1BV9 A;  5P2O A;  4RRN A;  3D3T A;  3L5C A;  5OZY A;  1ZSR A;  3LIV A;  2IQG A;  5P89 A;  2REN A;  3UDP A;  3BVB A;  5P4X A;  3QS1 A;  5SZ9 A;  1SGU A;  4I8Z A;  5P8E A;  5P3Y A;  4Y3E A;  1PPM E;  4YBI A;  5P1D A;  2OHS A;  1YM2 A;  2VS2 A;  4ZPE A;  5P6Z A;  5HE5 A;  5B18 A;  1SBG A;  2WF4 A;  3JVW A;  6UPJ A;  2FLE A;  4YD4 A;  5P24 A;  3APP A;  3L59 A;  3KYR A;  1BDL A;  5DR3 A;  3UDR A;  1U8G A;  1FEJ C;  1BIL A;  5OZZ A;  2XFJ A;  5P7W A;  4JP9 A;  1RL8 A;  5P5L A;  4B00 A;  2QZW A;  5P5U A;  2VA7 A;  1D4S A;  4J17 A;  5KAO A;  3UFN A;  1IZI A;  5P39 A;  5P4Q A;  1HPS A;  1MSM A;  3WB4 A;  5JFP A;  3BGC A;  5KR2 A;  3D20 A;  4GMI A;  4FAF A;  3AUP A;  3DUY A;  1FMU A;  3WZ8 A;  4RVJ A;  3TL9 A;  4Y53 A;  5P1M A;  3NDU A;  2WF2 A;  3LNK A;  1B11 A;  1LV1 A;  1MRW A;  3CMS A;  2O4P A;  4CPW A;  5P5Q A;  1EAG A;  3PI0 A;  4RYC A;  5P59 A;  4Y5C A;  5P2J A;  4R95 A;  4GID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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