4Y57A

Endothiapepsin in complex with fragment 63
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y57A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y57A01
3INFA 3S85A 2IQGA 3NDXA 5DQ2A 2OF0A 1WKRA 2WHHA 3SA6A 1MIQA 4NJUA 5P1VA 4YD7A 1G0VA 5P0MA 3HVPA 5HVPA 1MUIA 3QRSA 5OZJA 4YBFA 5AHAA 2P3BB 5EZXA 5P4AA 5P3LA 3K5FA 4Y3QA 4B1EA 5OZTA 4GJ7A 5P89A 5P8TA 4GZFA 5P0FA 4OBKA 5P6VA 3I6OA 5P06A 5P20A 4K4PA 5I3YA 5PEPA 5OZUA 4U8WA 2Q11A 1BV9A 2HM1A 5P1WA 5P6MA 5CONA 4DJPA 2G22A 5P6IA 4Y35A 5P3RA 4Y3EA 5P8VA 5OZ9A 2BKTA 1A8GA 1ZSFA 1GKTA 1UH7A 3D3TA 4LC7A 2J9JA 5OYVA 2WF4A 4DPIA 4ACXA 2QI4A 4Y4BA 3C9XA 4CPWA 5P1SA 2VJ9A 5F01A 1QDMA 3EXOA 1FMUA 1N49A 2I4QA 2VIYA 2XFKA 2O4LA 5P02A 4R91A 5P1XA 4B1DA 1PPME 2IGXA 4LL3A 4Y37A 3PCZA 3JVYA 1IZIA 1DMPA 4FM7A 5F00A 2VS2A 4XX4A 5P65A 5P37A 4GIDA 4GJBA 5P09A 5P4PA 5P87A 5P3VA 3RSVA 4B00A 3PHVA 2HB2A 2VNMA 4RRNA 5P1LA 5P2LA 1FQ6A 4EQ0A 5I70A 1SDTA 2WEZA 5P0UA 3NDWA 1LYBA 4L6BA 5P74A 1AVFA 1B6JA 5OYXA 5BWYA 5P0XA 4D89A 1FMXA 2PWRA 4B0QA 2B7FA 2RKFA 4FCOA 4Y53A 2F3KA 5OZDA 3SA9A 3EMYA 3BUFA 4QJ6A 2NMYA 3NU5A 3OTYA 1ENTE 4KE1A 5T4SA 3TOGA 2QCIA 5DR4A 5P7RA 3LNKA 4A6BA 5P0SA 4Y58A 4ER2E 1SBGA 3I25A 1XS7D 2IL2A 2PSVA 5P7YA 5P39A 3NYGA 5OZ8A 5P2TA 1IVQA 2I4UA 5P4IA 3T7XA 5P57A 1EBYA 3UQWA 3TPJA 2IS0A 2QI3A 1C6YA 2PC0A 4PZXA 2QP8A 3ZPUA 3EL0A 2XYFA 2V10C 4R8YA 5P3MA 5P8GA 3LIZA 3PM4A 3LHGA 5P3SA 1RQ9A 3PMYA 3PSGA 4FLGA 4ZSRA 4RYCA 4X2LA 5P5WA 3R0YA 1A8KA 3I8WA 4Y6MA 4Y9WA 5P73A 1B6KA 2AOCA 5OZKA 3HDKA 2WEBA 3OY4A 2HB3A 5P0QA 4ER4E 2NMZA 1MRWA 4LHHA 2BKSA 4I8WA 4EJKA 1IDAA 4Y3JA 4FRJA 2R38A 5E5JA 5OYUA 4Y3PA 5OZRA 5P0WA 3L5BA 2P8HA 5P7PA 4B1CA 3PGIA 5COPA 5P0NA 2QI6A 2G24A 2PSUA 5OZBA 5P6WA 5P5SA 1ZLFA 3VYFA 5P58A 4HA5A 5P2WA 3I7EA 4Y4DA 5OZFA 3KDBA 3T3CA 5P4KA 4EWOA 4CKUA 5P10A 2AOEA 4H3GA 2NNPA 2RENA 3O9GA 3QBHA 3KT2A 5HE7A 3ZMGA 4RRSA 3KT5A 1LYWB 3GW5A 3EKWA 3S43A 5I3VA 1KJ7A 2FGUA 3LPJA 5P69A 4CPQA 5P88A 2IGYA 5P52A 4LXKA 3SA4A 5P2JA 1FQ4A 5P2KA 5P4LA 3VYEA 1GVXA 1HVRA 1YG9A 5OZ4A 3KMXA 3TLHA 5KOQA 5P33A 1LF4A 5OZ0A 5P7DA 1C70A 4DJQA 5P3XA 5OZSA 2NTRA 1IVPA 3G6ZA 6UPJA 1HVKA 2FS4A 1MT8A 4Y3AA 5P84A 3ZKQA 1DW6C 2G27A 2P3AA 2PK6A 2FNSA 2R3WA 5OZZA 5P1BA 4K4RA 5P3EA 5P31A 4XXSA 2FXDA 5P6BA 3UDKA 5JG1A 5P4XA 3WZ8A 4X7IA 4Y4ZA 4DQBA 4APRE 4R92A 3UDJA 4Y45A 2G1YA 2O4NA 4F73A 3PEPA 4DQHA 1HVSA 5P43A 1AAQA 1LYAB 5P0AA 1CZIE 4ZIPA 2FDEA 1EPLE 1W5WA 5P0JA 1A30A 5P7CA 1B5FA 3GGVA 1EBWA 3GI4A 2QD7A 2QHYA 5P6FA 4KUPA 3LPKA 5P2AA 4FGXA 4AA9A 3DK1A 1PROA 1Z1RA 5OZIA 5HTZA 5P5QA 3MSJA 5P8HA 3DJKA 5P3CA 3DUYA 3M9FA 2V00A 2ZHTA 1LF3A 4HDPA 4Y5NA 4AMTA 4GJ5A 4H3FA 5P25A 3OUBA 3UDRA 5JODA 2V0ZC 1BVEA 5P6GA 4OBHA 1QBRA 1MTRA 2G1OA 2WL0A 1CPIA 5P50A 2VKMA 3OU1A 3OWNA 3ST5A 2Z54A 5I3WA 1XDHA 3TTPA 1ZBGA 2H6TA 5P23A 4XKXA 5P0GA 1W6IA 5P8UA 3WZ6A 1EC3A 1QBTA 5P1FA 4JPCA 3LZUA 2OHMA 2BPYA 5HD0A 5AH9A 1FIVA 5OZ1A 3PSYA 3IXOA 3KDDA 3L59A 5P4HA 4GB2A 5P03A 2NXDA 1HTGA 3GGAA 5HDXA 1XL5A 5P3IA 3TOFA 5P2SA 1B6PA 5P1JA 5P2GA 5OZAA 3LPIA 2AOGA 1MPPA 1T7IA 2I0DA 1KJFA 5OZ7A 4DUSA 1E81E 5P64A 5E5KA 3ZKSA 2QI1A 3O9IA 5P8AA 1M4HA 5C9BA 1TCXA 3EL4A 3JW2A 4I0FA 3O9AA 1XE6A 1T3RA 2ZJIA 5P3OA 4Y5MA 2QU2A 4MC2A 1PSNA 2AVOA 5AHCA 5P6QA 5P1YA 1HPOA 3FNUA 1HEFE 3SLZA 2ZJLA 3OUCA 1GVVA 4Y39A 1K2BA 2BQVA 5P5OA 3WSJA 4HE9A 5P0KA 2Q5KA 5P4BA 2I4DA 2PYNA 1E82E 1FFIC 2BJUA 5APRE 3ZKIA 1TSUA 2PSGA 3ZPSA 2RMPA 4FM6A 1HPSA 4IVTA 1GVWA 1MVPA 3MXEA 5OZGA 3TPRA 5P8CA 5P1QA 4FM8A 2AVQA 4NPTA 1BVGA 4DH6A 1EPOE 5OZQA 4MC9A 5P0ZA 1APVE 2R5PA 5P01A 3GGXA 4U7QA 4Y54A 4FRIA 2ZYEA 3LZSA 2BPWA 4I12A 3VF3A 4DJWA 3OXCA 5P6AA 3DCKA 4YCKA 5OYTA 1HOSA 1IZEA 1DAZC 4L1AA 5P86A 2UXZA 3IGBA 1BWAA 3I2LA 5P3KA 5P5UA 2EWYA 5OYWA 4F76A 1YTIA 4DV9A 4TRZA 1APUE 4FL8A 4BEKA 2CEJA 2VA5A 5P16A 5P0TA 1YM2A 2Q54A 4CPRA 3IAWA 1SIVA 3R1GB 5P4DA 2Q64A 4J1CA 3KA2A 1D4YA 1W50A 5P4ZA 2AZBA 4J1FA 2OAHA 3KF0A 3TKWA 5OZPA 2NXMA 5P0VA 1VIKA 3S54A 5OZOA 5B18A 1META 3VSXA 5AGZA 4AUCA 3NDTA 5P85A 4LAPA 2PMAA 3GI6A 4J54A 4Y4GA 4J0TA 3EL5A 4H3JA 5P61A 4BFDA 1LF2A 5DQ1A 4B05A 3O9DA 3S45A 2OHPA 2G20A 3B80A 3LIQA 5IS4A 4D88A 1BAIA 4Y3LA 5SY2A 2NR6A 1GVUA 2WF0A 3TL9A 4D83A 3URIA 5KQFA 5DGUA 5TOLA 3KFPA 5P3GA 3UDNA 4FRKA 5P6EA 4B78A 4Y4XA 5JFPA 3BVBA 2JYSA 2PH8A 2ER6E 1AJVA 5P0DA 3VV6A 5KQZA 1ODWA 1WBKA 5IVQA 1T6EX 5AH8A 2QHZA 5ER1E 2G21A 2VA7A 4RVJA 5P54A 5P2QA 2JJIA 5OZ3A 5HU1A 5P6HA 2HS1A 5P18A 5P5RA 5P7WA 3EM3A 3NU3A 3Q3TA 5P6ZA 1QBSA 1Z8CA 3IVIA 5P1NA 5P6OA 1MT7A 5P1HA 2QZXA 3OU4A 4J1HA 1DP5A 4RGHA 2Q15A 3ECGA 3OOTA 3OAGA 1G2KA 1HRNA 5P34A 1PPKE 3QROA 5P7VA 2ANLA 2MIPA 1IZHA 3O9FA 4HEGA 3D91A 1G35A 2HPEA 3NSHA 3UPJA 3D1ZA 4J5JA 3UDYA 1UPJA 4OBFA 5P2NA 4NJVA 5P71A 4YOAA 5P47A 3INHA 5P8NA 2ER7E 3G72A 5P00A 4J55A 1T7JA 3ZL7A 5HDZA 5P08A 1D4HA 1TCWA 2QHCA 4GJ6A 2WECA 5P22A 3SA5A 1D4LA 4YDGA 1EC1A 5P4SA 5HE4A 5P83A 3OADB 5P11A 5P2HA 3OXWA 4TVGA 2FDDA 2IENA 5IE1A 4NJTA 2WEAA 4PPHA 1LYWA 3LZVA 5P7QA 5P0CA 5P4JA 1ZPKA 4TRYA 5ISJA 4KB9A 3FNSA 1Q9PA 2QK5A 3NUJA 4DJOA 4ZSPA 3EC0A 2NXLA 5P77A 5P8EA 2WJOA 4YD6A 5P6KA 5P1DA 4I0HA 5P4WA 2FXEA 4Q1NA 1ZPAA 2PH6A 3UQRA 1CMSA 3T11A 4Y5LA 2P83A 2QZWA 5P3FA 4M8XA 3L38A 4D8CA 3BC4A 5P6LA 2FGVA 4IVSA 3O9BA 3CKPA 5P12A 3PCWA 3IXJA 1EAGA 5P1GA 3O99A 2BPZA 5P5CA 5SXNA 1KJ4A 1LZQA 4ZPGA 5P5AA 5P7ZA 5P26A 1HPXA 3ZPTA 2WKZA 3VEUA 5OYRA 2OHKA 2ZDZA 2AVVA 3F9QA 3O9CA 5P8KA 5P80A 2I4XA 4J0YA 4CPXA 5P82A 3IVHA 1YTHA 5P4VA 4Z4XA 1HHPA 1ZTZA 4RLDA 5DR0A 1HSGA 1C6ZA 2B8LA 1ZP8A 1EBZA 1HWRA 5P0OA 4U7VA 5P1TA 4UPJA 4ER1E 1BXQA 3KMYA 5P60A 5P5VA 3BHEA 3IXKA 1QS8A 1HEGE 3S7MA 3TH9A 1A9MA 3FKTA 5P0YA 5P6SA 4Y3HA 3GI0A 1QBUA 5P2XA 5OZHA 1E5OE 2A1EA 3EKYA 1IDBA 4PZWA 3TOHA 4FIVA 1RL8A 2G1RA 4YA8A 5P07A 5P1AA 4APEA 4N00A 4RYGA 4HZTA 3ZKMA 3Q5HA 4CMSA 5P7TA 1GNMA 4OD9A 1K6TA 3L5CA 2AZ8A 3ZOVA 1FG8C 1HVHA 4Y51A 3QRVA 5FIVA 3SACA 3OQDA 3OHHA 5P24A 3QIHA 2O40A 3SFCA 3VF5A 1K1TA 5OZWA 3FIVA 3L5DA 5ENMA 2I4VA 5P5PA 4YBIA 5P5FA 3URLA 1OEWA 2AODA 2SAMA 3EKPA 1MRXA 1D4JA 3KFNA 5P7NA 4FE6A 2AVSA 5P2IA 5P5BA 1XE5A 4FRSA 5P13A 1APWE 1MESA 4M8YA 5P3PA 4I11A 1GNNA 2OHSA 1FLHA 3K5CA 3UDHA 5P6UA 5AH6A 5P0RA 1T7KA 1AXAA 2AZCA 4Z22A 3NU9A 2BPXA 3QVCA 4DI2A 5JFUA 1SGUA 5P6NA 1HVJA 4Y3ZA 5OZ5A 5P78A 3UTLA 1K2CA 4Y57A 2Q3KA 1QRPE 3IN3A 4DJRA 3UQPA 4J0PA 5P2BA 4JOOA 3OQ7A 2G94A 3MXDA 1RPIA 3ZKNA 4YCYA 3KN0A 3TPPA 5J25A 5P6XA 4EP3A 3S53A 3OOZA 2AOHA 2PK5A 5P79A 3CIDA 5P56A 5KR2A 4S1GA 3LZYA 5OZXA 4EPJA 3QP0A 2AQUA 2HAHA 5P8IA 4ZSQA 2RKGA 3VYDA 1RV7A 2I1AA 5P66A 5P05A 4Y38A 4RCEA 1FGCC 4OBZB 3R0WA 5P63A 5P7IA 5P53A 1YM4A 5P1KA 5P0IA 4RROA 1EPME 3NU4A 3MSLA 3O9EA 5P7MA 5P30A 5P7KA 2OHLA 5P70A 1B11A 5P48A 3EM6A 4Y41A 5KQYA 2ZJMA 1EPRE 4OC6A 5DR3A 4TRWA 3UFLA 2ZJKA 5OZ6A 3O9LA 5OZ2A 1BV7A 4FS4A 1F34A 1IBQA 4YCTA 3NDUA 5P2RA 3OQKA 3PWWA 2QZKA 2F81A 3WZ7A 2XFIA 5P67A 5P0LA 3SM2A 2CENA 1MSMA 4YE3A 3D1XA 1MEUA 5P59A 3PBDA 5P5IA 3OUDB 1HIHA 4Y4JA 3OU3A 5P76A 1K6PA 1GNOA 3LIVA 5KQXA 1UH8A 2G1SA 5P5HA 3AUPA 4Y43A 4I0JA 2QD6A 3KYRA 4GYEA 3FNTA 4RCDA 5P2YA 4J0VA 3S43B 2P3BA 1NSOA 1W6HA 1XN3A 2AVMA 1BWBA 4EYRA 4F74A 5AH7A 2NPHA 1WBMA 1BDQA 5P49A 4Y3GA 3NWXA 4DQCA 1FQ7A 3KFSA 3HLOA 4Y5PA 3MWSA 3CYXA 3R4BA 3CMSA 2QMDA 2UY0A 1DPJA 2OHQA 3U71A 3IN4A 1ODYA 4RVIA 1B6LA 4Y3NA 5P72A 1EC2A 2V12C 4DJVA 4B72A 1JLDA 4L7HA 1TQFA 3SABA 2NNKA 4Y3TA 4D85A 1NPAA 4ACUA 3BGBA 3TNEA 1TW7A 5P4GA 1BIMA 3L58A 5P7LA 4Y47A 5P3YA 5P7SA 5P4NA 3A2OA 3HW1A 5P6RA 5HCOA 5P7OA 1HIVA 2ZJNA 3BRAA 5P8PA 4ZE6A 5P1PA 3K4VA 2JXRA 5P5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3INF A;  3S85 A;  2IQG A;  3NDX A;  5DQ2 A;  2OF0 A;  1WKR A;  2WHH A;  3SA6 A;  1MIQ A;  4NJU A;  5P1V A;  4YD7 A;  1G0V A;  5P0M A;  3HVP A;  5HVP A;  1MUI A;  3QRS A;  5OZJ A;  4YBF A;  5AHA A;  2P3B B;  5EZX A;  5P4A A;  5P3L A;  3K5F A;  4Y3Q A;  4B1E A;  5OZT A;  4GJ7 A;  5P89 A;  5P8T A;  4GZF A;  5P0F A;  4OBK A;  5P6V A;  3I6O A;  5P06 A;  5P20 A;  4K4P A;  5I3Y A;  5PEP A;  5OZU A;  4U8W A;  2Q11 A;  1BV9 A;  2HM1 A;  5P1W A;  5P6M A;  5CON A;  4DJP A;  2G22 A;  5P6I A;  4Y35 A;  5P3R A;  4Y3E A;  5P8V A;  5OZ9 A;  2BKT A;  1A8G A;  1ZSF A;  1GKT A;  1UH7 A;  3D3T A;  4LC7 A;  2J9J A;  5OYV A;  2WF4 A;  4DPI A;  4ACX A;  2QI4 A;  4Y4B A;  3C9X A;  4CPW A;  5P1S A;  2VJ9 A;  5F01 A;  1QDM A;  3EXO A;  1FMU A;  1N49 A;  2I4Q A;  2VIY A;  2XFK A;  2O4L A;  5P02 A;  4R91 A;  5P1X A;  4B1D A;  1PPM E;  2IGX A;  4LL3 A;  4Y37 A;  3PCZ A;  3JVY A;  1IZI A;  1DMP A;  4FM7 A;  5F00 A;  2VS2 A;  4XX4 A;  5P65 A;  5P37 A;  4GID A;  4GJB A;  5P09 A;  5P4P A;  5P87 A;  5P3V A;  3RSV A;  4B00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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