3UQWA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 375
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqwA02
5P5FA 3QROA 5P24A 5P5HA 3NU3A 5OZ3A 3SQFA 3UTLA 3DK1A 1FFIC 1QBSA 2Q54A 3PI5A 5P01A 1G6LA 5P3RA 1EPQE 2OHTA 5P50A 5P5ZA 3LPJA 1LZQA 3CKTA 3H0BA 4R8YA 3RTMA 1ZSFA 5P1IA 1FFFC 4LXKA 5P8CA 2H6SA 5P0FA 2VJ6A 5HU1A 1QRPE 5OZ0A 2QMGA 2FMBA 1UH7A 3G72A 5DQ4A 4Y4TA 2V12C 4B72A 3VSXA 3L38A 4Y47A 4U7VA 1SIVA 2F3EA 4Y6MA 4A6CA 5DGUA 3G70A 5P5JA 5P7GA 5P47A 2WEAA 3EKXA 5P2UA 2Z54A 5P4QA 5P6AA 4WY1A 5P5AA 5OZ7A 1FQ8A 5P0BA 5P1VA 4OC6A 3VF5A 2WF3A 5P0EA 5P37A 5P03A 4TVHA 2B60A 4FM6A 4MC6A 5P0PA 3SA9A 3T3CA 5KR0A 3O9FA 4LP9A 3NXEA 4D89A 2G1SA 4HEGA 3TPLA 1PPME 2P3CA 5P6WA 5P7VA 1AIDA 5P7TA 1ZSRA 1Z1HA 2ER9E 3BHEA 2HC0A 5P0VA 5P0RA 1XE5A 1K1TA 5P4RA 4DV9A 4HDFA 3LNKA 3SA5A 1LF4A 5DR4A 2JJJA 5P5NA 3O9LB 2O4KA 4J1KA 4Q5MA 4B1EA 4DFGA 1SH9A 3VYFA 2G24A 1RL8A 5CONA 5P2IA 2FDEA 3DCKA 2AZBA 1E81E 5P2BA 2NMZA 5DPZA 5P4AA 3SFCA 4PZXA 1G2KA 1K1UA 2AOCA 1ZJ7A 5P19A 2QAKA 2WJOA 3VLAA 2AVQA 5KR8A 1ODXA 5EZZA 1K2CA 1Z8CA 1M43A 2NMYA 4Y5CA 2PC0A 3QPJA 4EP2A 3ECGA 5P3CA 2G20A 3CIDA 1LF3A 2QMPA 5P5YA 1APWE 4M8YA 4I0FA 5OZYA 1M0BA 2F81A 2G1NA 2QMFA 2P8HA 4FRKA 4GJ7A 4RRSA 4IVSA 1ODYA 1WBMA 5P7JA 4Y39A 4DPFA 4I12A 4PZWA 3VCMA 3GI5A 4HA5A 4EYRA 2XFIA 2G1RA 4FE6A 4Y50A 1TSQA 1T7KA 5I3WA 5HDVA 3INEA 3GGVA 5P6GA 1IVPA 5JFUA 4COEA 1SMRA 4I0HA 5P6SA 2HS2A 3N3IA 1ENTE 4YD7A 4FAEA 2ANLA 2AVMA 2QNNA 5T4SA 4JPEA 2QI6A 4PYVA 4TVGA 3DV5A 1FMXA 5HE4A 5DR3A 2RKFA 2IENA 5P6YA 7UPJA 3BXSA 4LXAA 3OQFA 2QHZA 3JW2A 1D4JA 2QD6A 3IN3A 2CEMA 5P5UA 1NPVA 5P0CA 3IA9A 5P6LA 1BVGA 5P8UA 2PYMA 2O4NA 4OD9B 4Z2ZA 4GJ6A 5OYUA 1T3RA 3NXNA 1DPJA 1HVJA 1IBQA 2NPHA 5B18A 2FDPA 2P83A 5P2KA 4HE9A 5P3UA 3RTNA 5P2EA 1GNOA 4DVFA 2QZXA 2F8GA 2I4DA 3HLOA 3O9HA 1SMEA 1C6YA 5OYQA 3S7MA 2WEZA 3OTYA 4EJKA 5KOSA 2Q64A 5P0UA 5DR7A 2UY0A 3PGIA 4JPCA 4DUSA 2G27A 5OYXA 3LIQA 1FMUA 5OZAA 5P7MA 1NPWA 3SLZA 2I1AA 2FNTA 4Y3HA 3L59A 5P5OA 1D4HA 2ZHTA 2AZCA 2VKMA 5P17A 5P43A 5P80A 4ACUA 2WEBA 4Y4WA 1KJHA 5P40A 2P4JA 1CZIE 2AOEA 2ZE1A 5P2JA 1TSUA 5P58A 5P1GA 1HBVA 2Z4OA 1QBRA 4Y3XA 2OHPA 3I6OA 3K4VC 5P7EA 4ZSRA 2FXDA 1T7IA 5OYTA 1HXWA 2J9KA 4Q1XA 2IL2A 3WZ7A 4MC2A 3SA6A 3D3TA 3UPJA 1BXQA 2ZJLA 5P0HA 3QRVA 5P2NA 4FL8A 4RYCA 4EJDA 1WKRA 4GJ5A 2F3FA 5P78A 4EQJA 5IVSA 3OQAA 5SZ9A 1W51A 1D4YA 4YD6A 3RVIA 4DQBA 5P42A 4FRSA 4DJWA 4CPUA 1HWRA 1ODWA 2VNMA 5P7YA 5P1NA 3TTPA 5HVPA 3BGCA 2I0DA 5TOLA 3HAUA 1XS7D 5KR2A 5P4NA 5P2ZA 1B5FB 1HXBA 1RPIA 2R5QA 1DW6C 4AA8A 4LHHA 5DGWA 2F80A 4QJ9A 3QN8A 4IVTA 2PSGA 5P31A 4KB9A 1D4KA 4Y3EA 5P34A 2B42A 1PSAA 3VYDA 3K5DA 2NNKA 1B6JA 1TW7A 4CPTA 5P02A 1F34A 2V0ZC 3OXVA 4XKXA 3TNEA 5OZ8A 2V16C 5P4OA 4J55A 1KJFA 3RU1A 1A8GA 1T7JA 3DUYA 3KT2A 2BPZA 3B80A 2OAHA 5P65A 1D4SA 1MIQA 3K5CA 4NJSA 1DIFA 3HVPA 4L7JA 5P7BA 4Y57A 1JLDA 1Q9PA 3EKVA 4GIDA 5P0TA 4Y3FA 3PSYA 3MSKA 3LIXA 4QLHA 5OZOA 1TQFA 3BRAA 3PLDA 1KJGA 4HVPA 5P1UA 2WL0A 2PWCA 5P18A 4Y3PA 3OK9A 5P3FA 5P2MA 4CPWA 3FSMA 1ZAPA 1C6XA 2PK5A 4F75A 3ZPSA 5P8HA 3RTHA 1PSOE 2IRZA 4R95A 4Y3NA 1GVVA 1BAIA 4NPTA 1MPPA 5P6IA 3IVHA 5P4LA 2V10C 5IVTA 1YM4A 1NSOA 2PYNA 4YE3A 1M4HA 3OXCA 5OZPA 1SIPA 1YTIA 3CKPA 4H3FA 5OZ2A 4GYEA 4Y5KA 5P1RA 2ZGAA 3OGQA 1SDUA 5P2QA 3PWMA 5I70A 3VV6A 3Q6YA 3QI1A 2PK6A 1FLHA 3RSVA 2QZKA 2VJ7A 2B8LA 5DQCA 5OZ5A 5I3XA 1BIMA 3OUDA 3UDYA 4TRZA 4B70A 2I4UA 4Y3ZA 2I4WA 1ZP8A 4B05A 4QJ2A 4FSEA 4RVXA 1LYBA 3IXKA 4XXSA 1BWBA 3OU1A 1AVFA 5P3IA 5P36A 3UQPA 2VA5A 3VYEA 5P8EA 3A2OA 5SXNA 5P3MA 3EL9A 4Y4JA 5P2AA 1HTGA 2FGVA 1ZLFA 3GW5A 3VUCA 3QP0A 5P84A 4YHQA 3EBZA 3BC4A 4I8WA 1ZTZA 4Y35A 3S56A 4OBDA 5P4CA 1T6EX 3HD8A 4J1IA 5OZ4A 5P7NA 5P57A 1QS8A 1N49A 3HDKA 5P0SA 2R3WA 4I11A 2QI1A 3K1WA 1HEGE 4RZ1A 5P4YA 2Q3KA 1FQ7A 4Z50A 4CKUA 1EC0A 4Y3SA 1OD1A 4K4RA 2PH6A 3IAWA 5DR8A 5P3ZA 5P25A 1APTE 3ZKSA 5HDZA 5P1SA 3T7QA 3FNSA 5IE1A 2Q11A 3LINA 5COPA 1HTRB 3SM1A 4ZIPA 4EXHA 4OBZB 4Q1YA 4YDFA 5P3SA 4U8WA 4NJTA 3N4LA 4Y3TA 4B1DA 2ZJKA 2IQGA 5P4FA 3PJ6A 1HVLA 5P3HA 3EKQA 5P6DA 3VFAA 5P7QA 4RGHA 2FDDA 2QK5A 5OZZA 2FS4A 1W50A 3NU6A 1W6IA 5P75A 2QP8A 5P8JA 3APPA 2BPXA 5OZIA 5P6TA 1UH9A 5P0KA 4CP7A 5P7OA 1SGZA 4LL3A 5HCOA 4Y4AA 5P6VA 1YG9A 2JE4A 2G26A 3FNTA 3B7VA 1YTHA 2H6TA 5P2LA 5P49A 3ZKMA 3IXOA 2QI7A 4Y5LA 5P6FA 4Y5MA 4KE1A 5HE7A 4GMIA 5P62A 2WF1A 3ZL7A 2FIVA 1RNEA 4DQGA 3UDPA 1AJVA 1GVTA 4ER4E 2WKZA 3BXRA 1HSIA 2FGUA 2OHQA 3IGBA 1BWAA 1WBKA 4FSLA 3NU9A 5P1XA 1IVQA 2OHRA 3KFRA 1HSGA 5P6RA 3UQWA 2O4LA 2G1OA 1MESA 1E5OE 3L5FA 4ACXA 4J0TA 4LBTA 1W5WA 5ENMA 3URIA 3VV7A 1W5YA 3UFNA 4FM8A 5P0WA 4DJRA 2ZDZA 3ST5A 4Y41A 2NXLA 2AVSA 3PWWA 5P0GA 3S7LA 3NYGA 4DI2A 1HTFA 2R9BA 1HVHA 3TPPA 4DJVA 3ZKQA 2QNQA 4Y5GA 2ER6E 5P8FA 4CPQA 3NDTA 4I0GA 4I1CA 1ZBGA 5P22A 5P3EA 4DJYA 4B0QA 4OBZA 5IVRA 5P1QA 4WTUA 4YBIA 4APRE 4X7IA 1MERA 5P8MA 2WEDA 5APRE 2EWYA 1W5VA 5P48A 2NTRA 5P1DA 2P3BA 1ZPKA 2I4VA 3GI0A 2AOGA 3OUAA 4R5NA 5P4WA 4DQFA 3TOFA 5P4XA 3VF3A 3L5DA 5P39A 1G0VA 3KYRA 4Y48A 4X2LA 2B8VA 2G94A 4RVIA 1BXOA 3KDCA 1IDAA 5FIVA 5HDXA 1K6PA 4I0ZA 5OZJA 3HAWA 3I25A 4QJ7A 3S85A 5P2HA 2AOFA 4Y53A 5P1OA 4FRJA 4J0ZA 3U7SA 1APUE 5P88A 2Q55A 5P8SA 5P7CA 5HCTA 5P6HA 5P1KA 5OZ6A 4GJ9A 5P0NA 3DCRA 5AH7A 4RYGA 3MWSA 2NR6A 1B11A 1HSHA 3I2LA 5OZQA 4J0PA 1XL2A 3OWNA 3OQDA 2O40A 4M8XA 4YDGA 3D1ZA 5P3JA 5P8KA 2RENA 5P3TA 1EPLE 4Y36A 5HDUA 3PBDA 1FQXA 3L3AA 5P1FA 1LV1A 2QD8A 2A4FA 3URJA 3OUBA 3VG1A 5DR0A 4A6BA 4ZPFA 3IN4A 5P0JA 3SA7A 1VIJA 5P5CA 3PLLA 5OZCA 1FMBA 8HVPA 2R3TA 3CKRA 1BV7A 2VA6A 3PM4A 1EBWA 5P5XA 3R4BA 1AXAA 5OZ9A 1C6ZA 5P8VA 3L5EA 4Y4DA 4YD3A 4N00A 3T6IA 3WB5A 2HM1A 5OZ1A 5P7UA 3BUHA 3ER5E 2A1EA 3TKGA 5P4HA 3K5GA 5P45A 2HB3A 4D8CA 5P5GA 1FGCC 4Y3QA 4DPIA 2R38A 5P4MA 5P13A 2ZJMA 5P66A 3UDMA 3UCBA 4FCOA 5P8DA 4EXGA 5P35A 3EM4A 3KN0A 5OZMA 4DQCA 4Z4XA 5P5VA 5COOA 2B7ZA 3FX5A 3OUCA 1EBYA 5OZKA 1HIVA 2BB9A 4U7QA 1EC1A 7HVPA 1A8KA 4CPXA 4ZSMA 4L6BA 2WF2A 5JG1A 3T7XA 5P6PA 3NLSA 5SY2A 4DJQA 3R0YA 5I3YA 4HDPA 2G69A 3QBFA 3H5BA 5P3OA 5P76A 4KUPA 3GGAA 4B1CA 3UF3A 2P3DA 1XN2A 2QZLA 3L5CA 5P8OA 5P8RA 3S53A 5P16A 2VS2A 1EC2A 4ZEAA 5P8QA 1D4IA 4J1CA 5P77A 4B00A 5P5RA 1PPKE 3CYXA 3OADA 1A30A 4YD4A 3GGXA 3OU3A 1YX9A 2ZJJA 2PQZA 3OUDB 5P4DA 3K4VA 4I0IA 5P4GA 1AJXA 4F74A 2ZYEA 3EKPA 1FIVA 5P11A 2VIEA 3UDRA 1ER8E 4J5JA 5AH8A 1AM5A 3VF7A 5P7PA 2IKUA 2BPWA 4S1GA 2QI0A 3BGBA 1LYBB 3TLHA 3PMYA 2MIPA 3OU1B 3SO9A 2QHCA 2J9JB 3LZUA 1K6VA 3PCZA 5P1JA 1FQ5A 3O9BA 2ZJHA 1BILA 3OAGA 1NPAA 5P3NA 2AZ9A 5DR1A 1EPME 5P6JA 1HVRA 5P27A 4MC1A 3K5FA 3O9EA 2AOJA 5P1LA 2HS1A 4H3IA 1YM2A 3O9GA 5P1AA 3MSLA 5I3VA 3GI4A 5OYWA 4D88A 5UPJA 5IS4A 1D4LA 5ENKA 5AHAA 2BKTA 3VFBA 5COKA 2VNNA 3INHA 2AOHA 5P2WA 1IZHA 3R0WA 5P4UA 5HTZA 4Y3JA 1A94A 3PHVA 1ME6A 3NUJA 5OZXA 5P1MA 1BDRA 1EPPE 5KQZA 5OZWA 3OU4A 4J1FA 5P5BA 5OYSA 2CEJA 2AVVA 5P20A 5P1EA 2BJUA 5PEPA 4Y37A 1MVPA 4K4QA 1QBTA 4OBFA 5P0AA 5P3VA 4TRYA 4H1EA 5P5PA 1TZSA 5EZXA 3ZKIA 3CYWA 4BEKA 3ZOVA 5P00A 5OZHA 3OQ7A 3MXDA 5P7KA 5P69A 5P1HA 4AUCA 5ISKA 3CMSA 1MTRA 1MTBA 3INDA 3S43A 4PPHA 5P46A 1IZIA 2BPVA 2AVOA 5ER2E 4FS4A 2V00A 4J0VA 4Y58A 5P8PA 3Q70A 5P12A 1EC3A 3SABA 5IVQA 3CIBA 2IGXA 5P6MA 5P0DA 2UXZA 5P5DA 2BQVA 2HAHA 3WZ8A 1OEWA 3NR6A 5P28A 1GKTA 2P3AA 4RLDA 5P2FA 3EL1A 5P63A 3L58A 2ZHVA 3ZLQA 1YTJA 3QIHA 3R1GB 1KJ4A 5P68A 1EAGA 5P4PA 3KA2A 2XFKA 4Y54A 5C9FA 1XN3A 4D83A 1HOSA 1AZ5A 2PSUA 4HDBA 1BV9A 1HPSA 2VIJA 2J9JA 3Q4BA 4Y3AA 1HIHA 4K4PA 5P3KA 3TOGA 4J0YA 4OBJA 4DH6A 5P6XA 3O99A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5F A;  3QRO A;  5P24 A;  5P5H A;  3NU3 A;  5OZ3 A;  3SQF A;  3UTL A;  3DK1 A;  1FFI C;  1QBS A;  2Q54 A;  3PI5 A;  5P01 A;  1G6L A;  5P3R A;  1EPQ E;  2OHT A;  5P50 A;  5P5Z A;  3LPJ A;  1LZQ A;  3CKT A;  3H0B A;  4R8Y A;  3RTM A;  1ZSF A;  5P1I A;  1FFF C;  4LXK A;  5P8C A;  2H6S A;  5P0F A;  2VJ6 A;  5HU1 A;  1QRP E;  5OZ0 A;  2QMG A;  2FMB A;  1UH7 A;  3G72 A;  5DQ4 A;  4Y4T A;  2V12 C;  4B72 A;  3VSX A;  3L38 A;  4Y47 A;  4U7V A;  1SIV A;  2F3E A;  4Y6M A;  4A6C A;  5DGU A;  3G70 A;  5P5J A;  5P7G A;  5P47 A;  2WEA A;  3EKX A;  5P2U A;  2Z54 A;  5P4Q A;  5P6A A;  4WY1 A;  5P5A A;  5OZ7 A;  1FQ8 A;  5P0B A;  5P1V A;  4OC6 A;  3VF5 A;  2WF3 A;  5P0E A;  5P37 A;  5P03 A;  4TVH A;  2B60 A;  4FM6 A;  4MC6 A;  5P0P A;  3SA9 A;  3T3C A;  5KR0 A;  3O9F A;  4LP9 A;  3NXE A;  4D89 A;  2G1S A;  4HEG A;  3TPL A;  1PPM E;  2P3C A;  5P6W A;  5P7V A;  1AID A;  5P7T A;  1ZSR A;  1Z1H A;  2ER9 E;  3BHE A;  2HC0 A;  5P0V A;  5P0R A;  1XE5 A;  1K1T A;  5P4R A;  4DV9 A;  4HDF A;  3LNK A;  3SA5 A;  1LF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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