3NLSA

Crystal structure of hiv-1 protease in complex with kni-10772
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structure of HIV-1 Protease in Complex with KNI-10772
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nlsA00
5P4BA 4Y3ZA 1B5FA 3KFNA 4B05A 4FRSA 4S1GA 3GW5A 1NSOA 4Q1YA 2BB9A 5OZUA 5J25A 5OZFA 5P7CA 5P63A 3S85A 5P1LA 1Z1RA 4EJLA 5I3VA 3VCMA 4YCKA 3UDJA 5DR3A 2AOGA 3TPJA 5P1SA 1A8KA 4PYVA 1BDQA 3PWMA 1UH8A 5DR8A 3UQXA 3L5FA 4YBFA 5KQZA 5P5SA 2I4QA 2VIEA 5P08A 4YCTA 3QBFA 5CLMA 2NNKA 3BXRA 3QS1A 3KFSA 3S7LA 3FNSA 4A4QA 5P1JA 4QJ8A 5P4VA 3VLAA 3T3CA 1WBKA 2O4PA 3OXWA 2WL0A 5P8RA 5P62A 2P3AA 2G1YA 1B6KA 3PVKA 1YG9A 2I0DA 2IKUA 5HDUA 4F75A 2ER7E 2AVMA 5P1TA 1T6GA 2O4NA 2ER9E 4HZTA 3L5EA 2ZJNA 2QI5A 5P8MA 3ST5A 1IDAA 1SGZA 3JW2A 3BUGA 1APTE 5P1DA 4FGXA 4HDBA 4ZSQA 3OQDA 4EQJA 3NWXA 1BILA 1DIFA 1BDLA 1ZTZA 2IDWA 4FIVA 4U7VA 2HPEA 5P2WA 2WEBA 4JPEA 2IENA 4QJ9A 4M8XA 3SO9A 2AOJA 4RCDA 1XS7D 4RVJA 1MTRA 5P5JA 1D4HA 5P6QA 3PSUA 1W5XA 4TRZA 3NUOA 1NPAA 3I6OA 5P74A 5P3AA 5SY2A 4Y4WA 5P5KA 1YX9A 5P71A 5IS4A 4FL8A 3O9DA 1YT9A 1HSHA 1FQ8A 2O40A 4J54A 4Y57A 3VSXA 5P3XA 3LITA 4EWOA 5P06A 4H3FA 2QAKA 1HTRB 4ZLSA 1Z1HA 5P7VA 1BVGA 1EPNE 3N3IA 4ACUA 5DQ2A 4CPUA 2NXLA 1HVIA 4E43A 3UHLA 4NJVA 3NU9A 4JECA 1ME6A 1ZLFA 5OZDA 4XX3A 1C6XA 4KE1A 2WF2A 1W5WA 5IVRA 5P68A 5P6VA 5P0OA 3KDBA 2WHHA 4KE0A 2ZHRA 3APRE 3OGPA 2ZJJA 3WB5A 4PZWA 4LAPA 2XFIA 5P3KA 2OHMA 3UDHA 4FM6A 1HEGE 3I2LA 4J1HA 3B7VA 3KT2A 4Y43A 3FX5A 1VIJA 5P6KA 1K1UA 5P3ZA 4Z4XA 3QROA 5P3FA 1G0VA 3SKGA 3T7PA 1HXWA 1A94A 3LZUA 1K1TA 3M9FA 4YE3A 3BUHA 5P24A 5P7BA 5P2MA 2QZXA 2AOHA 2VIZA 1BVEA 3MSLA 1NPWA 5P7TA 1TSUA 4B77A 1GKTA 3VF5A 4YBIA 2R43A 1DPJA 1M43A 3L3AA 3DCKA 5P3SA 2WJOA 3PWRA 3QRMA 3UTLA 2VNNA 5KAOA 3INDA 2Z4OA 2AOCA 3U71A 4Q1XA 1DMPA 5P3IA 4B70A 2VIYA 5OZBA 3OU4A 5P89A 1SIPA 2JXRA 4GJCA 3G72A 3U7SA 3H5BA 4Y5AA 5P3PA 1TCWA 5P5TA 2F8GA 3NDTA 4DJQA 4U7QA 3SLZA 1PPKE 1HHPA 5OZYA 4CMSA 5P69A 2V00A 4Y4BA 5HDXA 2RMPA 3OOTA 4H3GA 4CPXA 3QAAA 2PYNA 5P0PA 5P0WA 3SM2A 4COEA 4GIDA 5P32A 2IRZA 1E5OE 1A9MA 5OZAA 4Y3EA 3PM4A 1LS5A 4MC2A 5P79A 5C9DA 3ECGA 5P6NA 3APPA 3K4VC 5P4WA 4ZSPA 3QPJA 5P13A 1C70A 2FLEA 2G1RA 1W50A 3LNKA 4Y5PA 2Q15A 4RYGA 6APRE 3GI4A 3EXOA 4IVTA 1UH9A 1J71A 2BBBA 4R91A 3ZKQA 5P8JA 1RNEA 5DGUA 4JOOA 3CICA 1FFIC 1QBTA 3PBZA 4I0GA 1MSMA 5P0EA 1K6TA 2NXDA 1FB7A 4B0QA 2QI7A 4B00A 2V16C 5P7OA 4ZEAA 5P81A 4ACXA 2VA5A 3S56A 5P2LA 1SDUA 5P78A 4KUPA 1OHRA 5OZ0A 2OHLA 3VYDA 4Y4AA 3EL0A 5P1RA 3CIBA 3EKQA 2CENA 5P8BA 2AOFA 3QVCA 3PHVA 4Y3XA 4I11A 5C9BA 3IN4A 1BV9A 1SP5A 2QNPA 3CYWA 3FV3A 4ER1E 4Y5CA 3OY4A 1BBSA 3OU1B 3S53A 5P6UA 2G27A 2NPHA 3KT5A 3S54A 2G69A 1UH7A 1CZIE 5P1VA 2QI3A 3KYRA 4RCFA 4Z2ZA 4J55A 5P2XA 2J9JA 3DCRA 4HA5A 1Q9PA 2ER6E 5I3WA 4KB9A 5HE7A 1B6LA 5P28A 3CYXA 2HC0A 3OUDA 2QMDA 3INFA 3MXEA 2O4LA 5P3RA 5P3GA 5P1ZA 4Y3WA 4Y3NA 6UPJA 5KQXA 4DI2A 5P0YA 4LBTA 3SAAA 2Q54A 5P2OA 2H6SA 1APVE 5P8HA 5DR0A 4HEGA 1EC1A 5F00A 3D1YA 2WECA 1OEXA 2FS4A 5P1PA 2P3BB 2R3WA 1EBKC 5P4YA 5P6RA 3LPKA 4J17A 3S2OA 3ZKIA 4AZYA 3D1XA 1CMSA 2J9KA 4GJ9A 1W5VA 3DV1A 1HIVA 4Y5EA 5P43A 1BIMA 2QMGA 5P0SA 5P5YA 4LP9A 3HVPA 3RTHA 3MXDA 3UFNA 4B1DA 4DJRA 2HS2A 4FS4A 3S43A 1A30A 1EC2A 3RSXA 5P2CA 4J1KA 1NPVA 3OAGA 4K9HA 1FG8C 4LXAA 5HDVA 5P85A 3KF0A 4L6BA 4Y45A 4K8SA 2CEJA 4Y5NA 5BRYA 4ZSRA 5OYZA 2AIDA 3UQWA 1PFZA 5OZJA 1BWAA 5P72A 3OTSA 3UF3A 1ENTE 1TZSA 1ZBGA 1SDTA 5P7RA 5P33A 5P6EA 4DJOA 5P4RA 4A6CA 5P4AA 5P6LA 5P8OA 5P26A 4RCEA 1TCXA 1PPME 3L5BA 1AXAA 4OD9A 1YTHA 1GNOA 3O9LA 1FKNA 1IDBA 5ER1E 2BPXA 5P8GA 1EC3A 1MRWA 5P1WA 3SA3A 3EBZA 5DQ4A 5P1GA 3EMYA 1GVVA 3URJA 1EAGA 4GJ8A 5P5EA 5P5IA 2IKOA 5HE4A 4APRE 2JJJA 3MSKA 1LF3A 3LIXA 3D1ZA 4L1AA 1HVHA 3SA9A 4DH6A 2WKZA 5P6JA 2JYSA 4FE6A 5P58A 5P83A 3L5DA 2HM1A 4YCYA 1D4LA 3HVGA 1HTFA 1D4IA 3EKPA 5P73A 5P0KA 8HVPA 5P44A 3O9CA 4RRSA 3L59A 4ZPEA 5P0ZA 1LYAA 3LZVA 5P2IA 4Y47A 3IN3A 2Q63A 1DW6C 2NR6A 4GJ5A 4Y4GA 2VJ7A 3L38A 1B6JA 1M4HA 4ER4E 3IVHA 5P0LA 3NU3A 1PSNA 3R4BA 1E81E 3U6AA 1APUE 1K6VA 1IVPA 4MC6A 1HPVA 5P3HA 5OZLA 1EPQE 5P6FA 1T7IA 1IVQA 1VIKA 1LYBB 2AODA 5P1BA 5OZZA 1LV1A 4Y54A 3GI6A 4J1IA 2RKFA 3RU1A 5P3OA 2I4DA 3NU6A 4J0TA 2F3FA 3UDKA 5P6TA 3SM1A 4TRWA 5EZXA 4Y5KA 5P14A 2WEDA 3N4LA 5P3MA 5DR7A 2PYMA 3GGVA 5JODA 5P15A 5JG1A 5KR0A 3T6IA 2ZGAA 5P05A 3OK9A 4I0HA 3INEA 5DQ5A 1B5FB 1T7JA 1YTGA 1E82E 2OHSA 5P7WA 4N00A 3RTNA 4NPUA 5P6DA 3OHFA 5P4MA 2ZJIA 2QNNA 4Q5MA 1PSAA 3ZKNA 3EL5A 1LF2A 3ZKGA 3NDXA 4QJAA 2PSGA 4OBDA 4PZXA 4GJBA 4Y9WA 1EBWA 5P6AA 3Q6YA 2QHZA 5P6HA 3Q4BA 3SA4A 1SIVA 5P8KA 3UQRA 1ODXA 1HPOA 5P1HA 1A8GA 3K5CA 3URIA 4CPSA 5OYYA 1SGUA 4RVXA 5P5CA 1FQXA 1KJFA 3PCZA 5P2GA 2OHNA 4Y4TA 4ZSMA 1MRXA 2IS0A 4X7IA 1YTJA 2AVSA 5P0AA 4EXHA 4I0DA 2V10C 3EKWA 3NU5A 5AHBA 5P10A 3CIDA 3OQ7A 4K4RA 4Y3AA 3DJKA 3PBDA 5P09A 2R38A 5P0FA 1XL5A 5P2DA 4I10A 5HDZA 5OZKA 1TW7A 3IGBA 3T7QA 1Z8CA 2BJUA 4DJUA 5P75A 5BWYA 2I4UA 2G26A 4Y41A 1IZEA 2AQUA 1FQ4A 2G24A 4QJ7A 4FAFA 3CKRA 3FKTA 4BFBA 5HU0A 4Y3LA 5P87A 5P0XA 3NXNA 3UCBA 5P80A 5P76A 5HD0A 3CMSA 5CONA 3OUBA 1C6YA 3EL4A 5P2EA 2NNPA 3FNTA 5P7QA 2FNTA 4DQFA 1GVUA 1KJ4A 1F34A 1YM4A 5P27A 5AH9A 4CPQA 3K4VA 2B8VA 2G22A 5P77A 4DQHA 1MSNA 4EPJA 3K5DA 5P4PA 5P35A 5P1CA 3HDKA 1AVFA 2FNSA 3OXCA 4Y37A 5P6OA 5P7FA 2SAMA 1QDMA 2OHUA 1B6MA 5IVQA 2FDPA 3O9BA 3LPJA 3L58A 3TNEA 2Q55A 1OD1A 3NU4A 3JVWA 1BAIA 2OHTA 3VF7A 4Y48A 5OYQA 5P7LA 5P8PA 5BS4A 3TOGA 5P4FA 3VF3A 4LC7A 5P3EA 3PSGA 2ZJLA 4Y4EA 3EKXA 3FSMA 3EKYA 5P2BA 5OYRA 2G94A 4CP7A 5P5FA 3BC4A 1SDVA 5P8TA 4GJ6A 5P55A 2FDEA 3DM6A 3JVYA 1DAZC 4OBZB 3DUYA 3TH9A 5P16A 4AA8A 4DJPA 4Y53A 5P12A 1KJ7A 3TOFA 5FIVA 3QN8A 3LIVA 2QI6A 4K4PA 3EKTA 2OHPA 5P7XA 2ANLA 3TTPA 1HVRA 2WEAA 5I70A 2V11C 5P3JA 1K2CA 1TSQA 1LF4A 1G2KA 4B1CA 2Z54A 4PHVA 5P3DA 5P6GA 5P3YA 5KQFA 3PRSA 3ZPSA 5P6BA 5P4UA 4MC1A 2BKSA 3QIHA 2AZ9A 5HE5A 5P1MA 5C9FA 2QZLA 5P1AA 5P5BA 5ER2E 4TRYA 2XFJA 4D89A 2HPFA 5OZ8A 5P8LA 3IA9A 5P18A 3VYFA 3OADB 4GJAA 2QMPA 5OYTA 1EPLE 4FRKA 2XYEA 5P0HA 2BKTA 3L5CA 4GJ7A 5OZMA 5P25A 2ER0E 1FLHA 2FGUA 4ER2E 4QJ6A 3VUCA 2V0ZC 1XL2A 4Y35A 1N49A 4J1FA 1NH0A 1ZSFA 2AVQA 2ZE1A 5P19A 2RSPA 5OYUA 3OXVA 5P4ZA 2IGXA 5SY3A 1HVSA 5P56A 4WY1A 5P01A 5P8VA 1FFFC 2AVOA 3OUAA 4Y5BA 4Y4XA 3Q70A 1MT7A 3G70A 5P6SA 1U8GA 4OBGA 1BDRA 2P8HA 3IVIA 4R92A 5P6ZA 4EJKA 1FMBA 5P84A 5OZ7A 3D91A 2FIVA 5P7MA 4GJDA 4AA9A 5P2TA 5P1NA 4MC9A 4YHQA 1YTIA 3FNUA 2OHKA 1FGCC 2P83A 3H0BA 4YOBA 1FEJC 2ZHTA 4CPTA 3OTYA 3B80A 5P2ZA 2OF0A 2FDDA 3VFBA 1RPIA 5P0BA 4GB2A 5P4OA 1EBZA 4FCOA 1C6ZA 3OUCA 5P59A 5OZEA 5P4CA 3UQUA 1MUIA 1HBVA 5P4LA 1SMRA 3UDYA 1XDHA 3KM4A 3ER5E 3PGIA 5P7KA 3BRAA 4EYRA 5P0UA 2R9BA 3D20A 3ZL7A 4TVHA 5P5RA 3BGCA 4BEKA 4OC6B 2WEZA 3HLOA 1W6IA 4NPTA 4Y4JA 4I1CA 2QD7A 3UDMA 5AGZA 1IZIA 2WF4A 3ZKXA 2BPVA 5P8IA 2G1SA 3R1GB 2P3BA 1MVPA 7UPJA 4L7HA 5P4TA 3SA5A 5P20A 5P64A 3TOHA 2J9JB 5OYWA 1BXOA 3TKGA 1APWE 4XX4A 1FMUA 5P0RA 4FLGA 3O9GA 1FG6C 1D4JA 1T6EX 2QD6A 1MPPA 1PSOE 3OOZA 4EP2A 4Y3MA 3PMUA 3DK1A 4RLDA 5P2YA 1BWBA 5P54A 3TL9A 5P02A 5AHCA 3TPLA 5P52A 5P4DA 3BVAA 5P29A 5OZQA 5ISKA 4EP3A 3KMXA 5P2QA 2PK5A 4RGHA 3I7EA 5I3XA 4I0IA 4I8ZA 5P5ZA 5I3YA 4R93A 3ZKSA 3HAWA 3HD8A 3SA6A 2VIJA 2O4KA 1MIQA 1LYWB 2AZ8A 4H3IA 3HW1A 5P1YA 1E80E 3ZPTA 4Y3RA 5P8FA 1T3RA 4R8YA 5P5OA 3RVIA 5P4GA 3INHA 5P8NA 1ODYA 3OAGB 2PWCA 2RKGA 5DGWA 1IZHA 4H1EA 5OZNA 5P4HA 4YD6A 2HS1A 1HSGA 3G6ZA 2ZJMA 5P2SA 5P2KA 1GNMA 5OYXA 3GGAA 2IGYA 1IIQA 4FM8A 1ZJ7A 5P61A 3VFAA 1WBMA 2V12C 5P6CA 3VG1A 3LHGA 3WZ8A 3R2FA 4ZE6A 5P00A 2QHCA 5P8SA 4H3JA 4NJTA 4Y3DA 3FIVA 5P6IA 2I4VA 2B7FA 2QZKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4B A;  4Y3Z A;  1B5F A;  3KFN A;  4B05 A;  4FRS A;  4S1G A;  3GW5 A;  1NSO A;  4Q1Y A;  2BB9 A;  5OZU A;  5J25 A;  5OZF A;  5P7C A;  5P63 A;  3S85 A;  5P1L A;  1Z1R A;  4EJL A;  5I3V A;  3VCM A;  4YCK A;  3UDJ A;  5DR3 A;  2AOG A;  3TPJ A;  5P1S A;  1A8K A;  4PYV A;  1BDQ A;  3PWM A;  1UH8 A;  5DR8 A;  3UQX A;  3L5F A;  4YBF A;  5KQZ A;  5P5S A;  2I4Q A;  2VIE A;  5P08 A;  4YCT A;  3QBF A;  5CLM A;  2NNK A;  3BXR A;  3QS1 A;  3KFS A;  3S7L A;  3FNS A;  4A4Q A;  5P1J A;  4QJ8 A;  5P4V A;  3VLA A;  3T3C A;  1WBK A;  2O4P A;  3OXW A;  2WL0 A;  5P8R A;  5P62 A;  2P3A A;  2G1Y A;  1B6K A;  3PVK A;  1YG9 A;  2I0D A;  2IKU A;  5HDU A;  4F75 A;  2ER7 E;  2AVM A;  5P1T A;  1T6G A;  2O4N A;  2ER9 E;  4HZT A;  3L5E A;  2ZJN A;  2QI5 A;  5P8M A;  3ST5 A;  1IDA A;  1SGZ A;  3JW2 A;  3BUG A;  1APT E;  5P1D A;  4FGX A;  4HDB A;  4ZSQ A;  3OQD A;  4EQJ A;  3NWX A;  1BIL A;  1DIF A;  1BDL A;  1ZTZ A;  2IDW A;  4FIV A;  4U7V A;  2HPE A;  5P2W A;  2WEB A;  4JPE A;  2IEN A;  4QJ9 A;  4M8X A;  3SO9 A;  2AOJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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