1SIPA

Alternative native flap conformation revealed by 2.3 angstroms resolution structure of siv proteinase
Total Genus 12
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
12
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLGKRIRGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords UNLIGANDED SIV PROTEASE
publication title Alternative native flap conformation revealed by 2.3 A resolution structure of SIV proteinase.
pubmed doi rcsb
source organism Simian immunodeficiency virus
total genus 12
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1994-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sipA00
5P3FA 4YE3A 4Y43A 3IXJA 1MESA 5P7PA 1BAIA 2AOCA 2FGUA 2R3WA 5P61A 5BWYA 2P4JA 4J0PA 2QI6A 3LIZA 2OHPA 3D3TA 4D89A 5P62A 3DCKA 1T7IA 5DR1A 2Q15A 5P00A 5P6CA 2HS1A 4XX4A 1NPAA 2RMPA 3MSLA 1Q9PA 4ZIPA 4Y48A 1EC0A 5P7FA 4A6CA 2B42A 5P52A 5P5QA 5P5WA 3PWRA 5P15A 4R93A 2AOIA 2A4FA 2OHLA 4U8WA 5P3HA 3K4VA 3NU4A 3PWWA 1LYWB 4Y5PA 5P6FA 5P0PA 1ME6A 1FMUA 4DQCA 5P1ZA 5COOA 4FM8A 5KR8A 3A2OA 5P60A 4H1EA 4RCEA 1LYWA 3LZVA 5OYQA 2AZCA 4EJ8A 1MT7A 5P0WA 2F3FA 3SM2A 4EPJA 4JP9A 1HTRB 5P12A 1SP5A 4LAPA 5P4IA 5P32A 2I4DA 5P8UA 3TKWA 3ECGA 1ODYA 4QJ7A 1HTGA 4Y3JA 3C9XA 4B70A 5P1YA 5P6EA 5P5TA 3VF3A 2NMZA 3OQFA 2I0DA 5P37A 5P34A 4E43A 3BUFA 1EPPE 4DJPA 5P2KA 4EQ0A 4Z50A 4PZWA 3CYWA 5ISJA 5P01A 5P5FA 5P23A 5COKA 1BDQA 5JFUA 3LIVA 1META 5P3WA 4R95A 5P7TA 4I11A 3PI0A 5AH7A 3EMYA 5P3BA 5B18A 4CPSA 2ZJLA 2FXEA 3TLHA 5P07A 2WF2A 4AUCA 3IAWA 4TRZA 4B1EA 2PSVA 4I12A 5P2EA 1SGZA 3JW2A 5P3YA 2Q64A 4TVHA 2ER6E 1MTRA 2VJ7A 5P6VA 4K4QA 5P6YA 1IBQA 3HDKA 4CMSA 2XFIA 1YM2A 3NU9A 2AVSA 4N00A 1EBZA 1FLHA 4GMIA 5P7KA 2QHZA 2WEZA 1YG9A 3QBFA 4MC1A 2WEAA 5P3TA 3OQDA 5P7VA 5P0GA 6FIVA 5HCTA 4QJ8A 1WBMA 5P81A 2ZHUA 1MT8A 1EPQE 4D85A 4RLDA 3BGCA 4EJKA 3L5DA 1W5XA 5P1EA 4CPQA 1QBSA 1RV7A 3RSXA 3MSJA 4Y3RA 4DJVA 3KN0A 1E82E 5P80A 2O4SA 5JFPA 5P3EA 4KB9A 5P6IA 3SLZA 4ER1E 3R2FA 1LF3A 4YOBA 3EM6A 1MT9A 1EPLE 4OD9B 1HVCA 3F9QA 1QBRA 3L38A 5P8OA 2IGXA 3LITA 1AZ5A 3SA9A 1HIHA 1W5YA 3NUOA 2F3EA 5P2IA 5P0YA 5P4VA 2HPEA 4DJRA 3NLSA 5P2OA 1IZHA 1GNOA 4OD9A 5P54A 4CPXA 3NXNA 1W5VA 4EQJA 1C6XA 5P35A 5P8KA 4APRE 2ZJHA 1DMPA 1AIDA 4A6BA 4ZE6A 1ZSFA 1YTIA 3L5CA 1FEJC 5EZZA 2ZYEA 1A30A 2VJ6A 2WKZA 5P2SA 4YDGA 2IS0A 4I0ZA 3IA9A 3K1WA 5OYRA 2Q11A 5P1MA 1HPVA 4QJ9A 5IVRA 5AHCA 3AIDA 4Y5AA 5P4NA 5HD0A 3QRVA 5P86A 2VNMA 3HW1A 3IXOA 4I8ZA 4RGHA 5P1CA 3NUJA 4FRJA 5BS4A 4FRKA 1KJGA 1XN3A 2HIZA 5P5DA 4FM6A 3OHFA 3TL9A 4MC9A 3KA2A 4YA8A 5P8MA 5P47A 3QVIA 3OGQA 2ASIA 1TCWA 2FS4A 2H6TA 5CLMA 5P06A 1HSHA 5P66A 3TOFA 1ER8E 3MXDA 4ACUA 1QBTA 2ZHSA 5P5YA 5P7WA 1YTGA 5DGUA 4Y4XA 4Y3PA 4DQGA 5P7NA 5P1BA 2VA6A 4FAEA 3KMXA 3NU3A 4FL8A 5OZNA 5DR7A 2ZJKA 5EZXA 3UQWA 2ZHTA 4Y38A 3NDUA 2AVQA 3VSWA 5P1QA 3K5FA 3DCRA 5P53A 3TNEA 3N3IA 5HDZA 3G6ZA 4B00A 5P5XA 2Q54A 4Y4EA 4YD5A 4GJ8A 2V11C 2BB9A 2RKGA 5P69A 2P3BA 2JE4A 6APRE 4L1AB 5KAOA 1GVVA 3PGIA 5P0CA 4L7HA 4HE9A 1BDRA 3MSKA 3UHLA 3WB4A 2I4XA 5P6MA 3ZKQA 4Y41A 2V13A 2I4VA 5P0AA 4L1AA 3SABA 2P3AA 4BFBA 3APRE 3KDBA 2PH6A 1ZJ7A 3I7EA 4GJ9A 4EXHA 5C9BA 3IVHA 5P2XA 5OZAA 4I0HA 3VFBA 3OGPA 3FNUA 3NWXA 4GJAA 5P7BA 3R4BA 4IVTA 3PMYA 3PSGA 2QZKA 3UDMA 5P5LA 3U7SA 2NPHA 3WSJA 2QNQA 5P2WA 1KJFA 2OHMA 3O9IA 4I0EA 5P19A 4DQBA 4Y57A 5AH9A 4YCTA 5P4SA 4YD7A 5P3QA 5SY3A 3R0YA 4Y4UA 4ZLSA 4XXSA 5KOQA 2G1SA 2G24A 3CKTA 4R8YA 5I3VA 4ZSQA 2QNNA 3SQFA 4K9HA 4QJAA 1ZAPA 5P7XA 3L59A 4YBIA 1BWBA 1PPLE 3OXVA 3S7MA 4Y5LA 5OYVA 3U6AA 3PBDA 1F7AA 2CEJA 2ZJNA 5P2QA 5P1FA 2UPJA 4Y3TA 3O9HA 3INHA 3Q70A 3UPJA 4H3GA 2QP8A 5P7AA 4GYEA 1Z1RA 2WF1A 1AJVA 5P5MA 1T6EX 5OZ3A 2Z4OA 3K5DA 5P10A 3S53A 5P8HA 2FDDA 4Z22A 5P42A 5P56A 5P4OA 3ZKSA 4U7QA 4U7VA 1NPVA 3CIDA 1SDUA 5P78A 2V16C 3HAUA 4TVGA 5COPA 4RZ1A 5OZ5A 5P1SA 1IIQA 4Y3QA 1IVPA 5OYSA 4RVJA 2WEDA 5E5JA 5P6PA 4JOOA 1HSIA 2QI5A 4LXKA 2VJ9A 5P48A 1FMBA 2XFJA 1HVRA 3DOXA 5P5VA 3Q5HA 8HVPA 5P1LA 3VSXA 5P38A 1ZP8A 1BBSA 3UDJA 5P6UA 5OZFA 3QPJA 1A8GA 4DQFA 2OHQA 2IKOA 3TTPA 5I3XA 4F73A 4AMTA 5BRYA 5P4BA 5C9FA 2WF4A 4HDPA 1G2KA 3ZL7A 2JXRA 2Q55A 1FFIC 3KDDA 3OU1B 4OBDA 2G1RA 3VLAA 1NPWA 1OEWA 2Q3KA 4EYRA 3FNSA 1KJHA 1CMSA 4YD3A 4ER2E 5P8RA 3IN3A 2JYSA 1M43A 5P4MA 1U8GA 4Y3LA 3NXEA 3OU1A 5P1HA 5OZZA 1FQ8A 4OBHA 2RENA 4MC6A 2UXZA 4I0JA 4H3IA 3I6OA 3MWSA 3TKGA 3EKQA 4FRSA 4UPJA 5OZ9A 3INEA 5P45A 4YHQA 3EKPA 4Y4GA 5P7MA 5P2YA 1K2BA 2ZGAA 5T4SA 3ZPSA 5P26A 5P3GA 5P2NA 1HVLA 1DPJA 3KF0A 1C6ZA 2QZXA 3KFRA 5ENKA 1EAGA 4AZYA 4DUSA 4Y35A 4DJOA 3O9FA 1ODXA 3PEPA 3T6IA 5AHBA 1UH9A 3RVIA 4DV9A 2BPWA 5P8JA 1SH9A 5P71A 3WZ6A 9HVPA 2ER0E 3O9CA 6UPJA 1EC1A 4BELA 3GGXA 5P59A 3NU5A 5OZWA 2VIYA 1PROA 4RROA 5P6TA 1HVIA 2R5PA 3IVIA 5P5GA 3ER3E 3UDYA 3URIA 1FF0C 1GVTA 2BPVA 5P5RA 5P2HA 5P5UA 4RRSA 2V00A 3HBOA 3HD8A 3OWNA 2BPZA 2ANLA 1LEEA 2CENA 2XFKA 3QI1A 4QLHA 3SKGA 1SDTA 2NNPA 4AA9A 4I10A 1PPKE 2FXDA 2O4NA 4Z2ZA 2NXMA 1EPME 5P49A 2OHNA 2HB4A 3GI5A 4B77A 5KQFA 5P4AA 3LIQA 3ZKIA 5P5OA 3BUGA 4FIVA 1MTBA 5OZ6A 5P1JA 1WBKA 3UQRA 1SIPA 4YD4A 3SKFA 2OAHA 5P27A 1FQ6A 5DR8A 1XN2A 2RKFA 3VG1A 1OD1A 1SMRA 2R3TA 5P8IA 1D4SA 4JECA 1D4JA 3VLBA 5OZRA 5OZYA 1APTE 5OYYA 1FMXA 4DJUA 4F75A 5P5KA 2ZHRA 2B7FA 3EL5A 5APRE 5P46A 4H3JA 1BDLA 5CONA 1ODWA 1W6HA 3GGVA 4I1CA 4FCOA 3IN4A 1MRXA 5P77A 1SBGA 2ZE1A 1FFFC 5P4CA 5IVQA 4DJQA 3GI0A 3TPJA 2V0ZC 5P7YA 4QJ2A 2QI1A 3DV1A 5P2AA 3BXSA 1ZPAA 5P4QA 3SAAA 3G72A 4GJ6A 4LC7A 2H6SA 4HVPA 5E5KA 5IS4A 1SIVA 2VIEA 5P72A 3BC4A 5P4FA 2WEBA 3HZCA 3UCBA 1GNNA 3WZ8A 5P1RA 4HDBA 3RTMA 4J1HA 3FNTA 2P83A 1G6LA 4GJ5A 3NSHA 3UDKA 4S1GA 5OYTA 5P89A 5P41A 5P6NA 2J9JB 5P70A 3EBZA 5P0LA 3OUBA 2P3CA 3L5EA 4OBKA 3S85A 3OQAA 3K4VC 3KFSA 3ER5E 5OZCA 4ZSMA 4Y44A 3ZLQA 2WECA 5P6HA 3DV5A 2AOGA 5OZ7A 5P16A 4I0GA 2J9JA 1HTFA 3OAGB 5P7UA 3VCMA 3TPRA 1F34A 4MC2A 1VIKA 1LF4A 3EL4A 2AOHA 4IVSA 5IE1A 3OXCA 5P3SA 2WF3A 5HVPA 1YT9A 1HIIA 2HAHA 1SDVA 2PYMA 3EXOA 5OZ4A 4NJTA 3I25A 5P0OA 5P8GA 2VA7A 5DQCA 1A9MA 5HE7A 1UH8A 5P0DA 2PH8A 5P7EA 5OZ8A 5P88A 5P4LA 3LIYA 4Y5GA 5P1GA 4ER4E 5SY2A 5P5JA 2BKTA 2VA5A 2SAMA 3FKTA 3PB5A 5DGWA 3SA6A 1GVUA 5P31A 1TQFA 3UFNA 1VIJA 1XE5A 2QCIA 4OBFA 5I3YA 3QN8A 2B7ZA 4Y51A 3CMSA 5DR4A 2AZ9A 5OZ2A 5DQ5A 1QS8A 5P6AA 3SO9A 4Y45A 5P8BA 1PSOE 5P3PA 2IKUA 1EBYA 5P20A 3EKYA 5P7DA 5DPZA 5P4DA 4B1CA 3KM4A 2FNTA 5P0IA 5P0EA 2QK5A 2PMAA 4J0TA 4RVXA 4RVIA 1KJ7A 5OZEA 2QU2A 4Y9WA 2G69A 5P17A 1APVE 3T7PA 5KQXA 2WHHA 4Y3AA 4NJSA 5P0NA 2NMYA 5KR1A 4DH6A 3EL9A 1C6YA 2FIVA 1JLDA 5P6GA 2IL2A 5P11A 3OADB 2AZBA 1IZIA 1Z1HA 5P65A 1BILA 5P7RA 1W51A 5OZGA 1EPRE 4NJVA 1TW7A 7HVPA 3OADA 5C9DA 3EKVA 4RYCA 3KFNA 2B8VA 5P30A 5P39A 2B60A 1FB7A 2AOEA 4JPEA 3K5CA 5P6BA 2VIJA 5P5EA 4Y3SA 4APEA 1HXBA 5TOLA 2J9KA 5JG1A 4FRIA 2PQZA 4Y3DA 5P57A 4I8WA 1T3RA 4J1FA 3SPKA 2O40A 5ISKA 4Y54A 4CP7A 5P1WA 1FKNA 3EM3A 5P1OA 3VEUA 4OBZB 3O9LB 2WJOA 1GVXA 1B6JA 3BUHA 1FG6C 1A94A 3O99A 4J1IA 4Y4TA 2HC0A 4HZTA 3OTYA 4HA5A 4LHHA 1HOSA 5OYUA 5OYWA 4CPRA 1B6KA 5P8LA 4OBZA 5P43A 3O9LA 1UPJA 4J54A 1TCXA 2I4UA 1WKRA 5OZHA 2QMFA 2ZJMA 1K6VA 4KE1A 5HU0A 1PPME 2ER7E 2NXDA 1YTJA 4QGIA 4Y58A 3S43B 2NNKA 3EL1A 3ST5A 1K6CA 3OOZA 5P2JA 4PYVA 5P7LA 3TH9A 2G21A 3L5FA 2AIDA 3URJA 3OUAA 5F01A 1MIQA 5P1AA 3QAAA 1KZKA 1UH7A 3SACA 3INFA 5OZXA 4ZSPA 3S43A 5P50A 2HS2A 3SM1A 5P82A 5P3JA 5P3UA 1ZPKA 3QRSA 3VF7A 1HEFE 4YDFA 1LS5A 2F81A 5P2LA 3IGBA 2HB2A 2FMBA 1GKTA 4ACXA 3DM6A 3FSMA 1HVSA 4D88A 3NWQA 5P2VA 4WY6A 5P4RA 4DJWA 4HLAA 5HDXA 1BXOA 2FLEA 3QROA 1HPSA 5OZTA 4ZPFA 3BVBA 4J17A 2ER9E 3OHHA 5P44A 2QZLA 3LPIA 1HPOA 3LNKA 5FIVA 3SA7A 5P25A 3UQXA 4J0YA 1B5FB 5P2CA 5P76A 1YM4A 2EWYA 1OHRA 3I8WA 5P40A 1QDMA 1MSNA 3FIVA 2HPFA 1MPPA 1BXQA 5P5IA 4Y5EA 5P4YA 5HE5A 1W5WA 2R8NA 5P5BA 1LYBB 4LP9A 5OZJA 1XDHA 3N4LA 1IDBA 2IGYA 3OUDB 3EKTA 4EJDA 1MERA 5P13A 3LINA 2QHCA 2QAKA 5P74A 1GNMA 1HVKA 5P3ZA 5P22A 1LYBA 2R38A 4Y47A 5P4PA 4K8SA 1PFZA 2BBBA 5P1IA 3OXXA 3OUDA 3TPLA 4EP3A 5P4KA 1XE6A 1E81E 4YOAA 1B6MA 4YCYA 5PEPA 3S56A 4KUPA 7UPJA 4NPUA 3UQUA 4GJBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3F A;  4YE3 A;  4Y43 A;  3IXJ A;  1MES A;  5P7P A;  1BAI A;  2AOC A;  2FGU A;  2R3W A;  5P61 A;  5BWY A;  2P4J A;  4J0P A;  2QI6 A;  3LIZ A;  2OHP A;  3D3T A;  4D89 A;  5P62 A;  3DCK A;  1T7I A;  5DR1 A;  2Q15 A;  5P00 A;  5P6C A;  2HS1 A;  4XX4 A;  1NPA A;  2RMP A;  3MSL A;  1Q9P A;  4ZIP A;  4Y48 A;  1EC0 A;  5P7F A;  4A6C A;  2B42 A;  5P52 A;  5P5Q A;  5P5W A;  3PWR A;  5P15 A;  4R93 A;  2AOI A;  2A4F A;  2OHL A;  4U8W A;  5P3H A;  3K4V A;  3NU4 A;  3PWW A;  1LYW B;  4Y5P A;  5P6F A;  5P0P A;  1ME6 A;  1FMU A;  4DQC A;  5P1Z A;  5COO A;  4FM8 A;  5KR8 A;  3A2O A;  5P60 A;  4H1E A;  4RCE A;  1LYW A;  3LZV A;  5OYQ A;  2AZC A;  4EJ8 A;  1MT7 A;  5P0W A;  2F3F A;  3SM2 A;  4EPJ A;  4JP9 A;  1HTR B;  5P12 A;  1SP5 A;  4LAP A;  5P4I A;  5P32 A;  2I4D A;  5P8U A;  3TKW A;  3ECG A;  1ODY A;  4QJ7 A;  1HTG A;  4Y3J A;  3C9X A;  4B70 A;  5P1Y A;  5P6E A;  5P5T A;  3VF3 A;  2NMZ A;  3OQF A;  2I0D A;  5P37 A;  5P34 A;  4E43 A;  3BUF A;  1EPP E;  4DJP A;  5P2K A;  4EQ0 A;  4Z50 A;  4PZW A;  3CYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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