3SLZA

The crystal structure of xmrv protease complexed with tl-3
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords gag-pro-pol polyprotein
publication title Structural and biochemical characterization of the inhibitor complexes of xenotropic murine leukemia virus-related virus protease.
pubmed doi rcsb
source organism Dg-75 murine leukemia virus
total genus 23
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3slzA00
4FM8A 1BWBA 4BEKA 2ZHRA 3UDJA 4D85A 5OZOA 2QD8A 5P3CA 1YG9A 5P8LA 1G35A 5P86A 4B70A 4DJRA 2V00A 2IRZA 5P35A 1FQ4A 5KR2A 3JVYA 1T6GA 3UFNA 3S7MA 3R2FA 1LEEA 5P6SA 3AUPA 4RCFA 4GZFA 1HIHA 4Y4WA 3RTMA 2RKGA 1TCXA 2XFKA 1HVHA 3D3TA 1DIFA 1QBRA 3INEA 3O9AA 4OBGA 1UH9A 3NU5A 3SKFA 3UDQA 1D4KA 3K1WA 5P38A 4LXAA 1FGCC 4L6BA 5ENMA 5P1ZA 2F3EA 5P4AA 3L38A 5P8TA 5P5IA 5P6JA 1EBWA 5P00A 1HBVA 2Q5KA 5P8AA 4NPTA 2AODA 1TSUA 5DGUA 4AZYA 5COOA 5P0FA 2ER9E 5P1MA 4J1KA 3K5CA 4Y3EA 3L5BA 3TPRA 2F3KA 4R8YA 1AAQA 3GI6A 3LIZA 2J9JA 3GGXA 5OYUA 4D83A 4AA9A 3AIDA 5P37A 1FEJC 3LZVA 5P67A 1PFZA 4GJDA 4H3IA 5P3LA 4GJAA 1UH7A 4Y5BA 5P3EA 2ER0E 3BVBA 5P0TA 4EPJA 2AZ8A 5P0YA 3EKWA 4FL8A 2IL2A 5P2JA 2AVQA 4RYGA 4CPSA 2PYMA 4MC1A 1SIVA 5P4HA 4J1CA 5P5TA 4CP7A 4Y48A 3B7VA 2I4DA 1ZLFA 3PLLA 5P8MA 4DFGA 5OZXA 5P5DA 3K4VC 3VFBA 3R4BA 4TVGA 3EMYA 2ZJMA 1SMRA 1EPRE 4I8ZA 5P8IA 5P1TA 1HSGA 4J0ZA 2PK5A 1BIMA 3O9FA 5OZFA 1MSNA 4R95A 1PPLE 3OUDB 1TCWA 5OZ1A 5P09A 4OBZB 3KFNA 4L1AB 1NPWA 4Y50A 2RENA 1EPME 4NJSA 4APEA 3EKPA 5P4TA 2ZHTA 5P28A 5P30A 2APRA 5P18A 5P2IA 2OHRA 5COKA 1KZKA 3ZKXA 5P36A 3GI0A 1LF4A 3O9HA 5P7BA 1GNMA 3VEUA 2QHYA 1W5WA 5SY3A 1ZBGA 3DV1A 4U8WA 2CENA 5KQXA 5UPJA 2HS2A 2FNTA 1LF3A 3TOGA 1MT7A 3TPPA 3R1GB 2O4SA 5P0IA 4A6CA 5HE5A 2BKSA 5P0SA 1E5OE 1YT9A 1ZP8A 1ODXA 1IDBA 2HPEA 3UF3A 2QMFA 3TPJA 4Y3PA 4JOOA 2Q3KA 3GGVA 5P7CA 5P6TA 4I0IA 3H5BA 3JW2A 4OBKA 4KB9A 4DI2A 4NKKA 2I4UA 4DJVA 5OZ0A 5P56A 4ACUA 4KUPA 3OXCA 2FS4A 2UXZA 1XE6A 3TPLA 3IXKA 5P45A 5P5BA 1OEWA 4DJYA 5TOLA 5C9BA 1IBQA 3CKPA 5P3PA 5P73A 5P2FA 4DJOA 2PWRA 5OZJA 3L5CA 3NYGA 5F00A 4AA8A 5OZQA 1NH0A 5CLMA 5P8VA 2FLEA 1MEUA 1DW6C 5OYYA 3HD8A 3Q5HA 5P53A 1FMXA 2NR6A 5P4CA 3DUYA 5P2LA 5P8UA 4EYRA 3G70A 4ZPEA 1MUIA 5P5NA 3LNKA 1C6YA 2G1YA 2VIEA 4XKXA 2G22A 4DJXA 5P2QA 1HVSA 2P3BB 2WJOA 4EHCA 5AHCA 2UY0A 3OK9A 5P20A 4OD9B 4UPJA 3SAAA 5P7TA 2F8GA 2FDDA 2P4JA 5P2GA 3ZKNA 5P63A 4Y4TA 5P78A 2FIVA 4I0DA 2WHHA 5P76A 2AOFA 1ZJ7A 5P06A 4Y5KA 2PSUA 5P4IA 2AVVA 4FM6A 4RCDA 2OHUA 5KQFA 5P3MA 5ER2E 3MXDA 1W6IA 3NXEA 2I1AA 4L7GA 1M4HA 1DP5A 1XE5A 5OZ3A 3PI5A 5P1YA 3R0WA 1EC3A 1ZPAA 1VIKA 2IEOA 3MSLA 4NPUA 3QS1A 3SFCA 4K9HA 1FG8C 4RROA 5P3GA 1W50A 1OHRA 1HVLA 5P8RA 5E5JA 4Y3TA 1T7IA 5P4NA 3PMUA 4M8XA 4Y56A 4OBHA 1F7AA 2B60A 4YD7A 4Y3WA 5P8NA 2BQVA 5P0JA 2H6TA 3PWMA 4H3GA 5P5LA 1HIIA 1T3RA 4FSEA 4LL3A 2FDPA 4J0TA 1GNNA 5JFUA 3T7XA 4Z50A 3QI1A 1FIVA 1FF0C 3PMYA 5AH6A 5P8KA 1D4SA 1B5FA 4L7JA 5P0KA 5P1CA 1D4LA 5P8GA 2JYSA 3PEPA 5P23A 4Q1NA 4B72A 5P6EA 3Q6YA 4EWOA 2P8HA 1NPVA 4Y3MA 5P5VA 1GVWA 3OQAA 1CMSA 2WEDA 2PK6A 1IVQA 1FQXA 3SM2A 2HIZA 5P4GA 2BPWA 4QJAA 3FNUA 5E5KA 4DQEA 1MTBA 2O4NA 3S53A 2OHLA 4I0JA 5P0VA 2NXDA 4RGHA 4ZPFA 3KDBA 4QJ6A 1FMBA 5P0UA 2V10C 5P0HA 4EQ0A 3HZCA 4Y4GA 2AOGA 5P0BA 5P4RA 2JJIA 5P7AA 3OU3A 5P4KA 3EL4A 4Y4EA 4WTUA 4Y5PA 1LYWB 1XL5A 3TNEA 5P2EA 4PZWA 4CKUA 1PSNA 3MSJA 1EPQE 1SGUA 3H0BA 3SLZA 1QDMA 5P01A 2WEZA 5P4PA 1RQ9A 3JVWA 5P2VA 4MC6A 2A4FA 1GVTA 3KFSA 3N4LA 3VV6A 4FGXA 3VG1A 2V16C 3QRMA 5P1UA 4A4QA 5P3FA 3G72A 3OUDA 2QI0A 4APRE 4S1GA 3PHVA 3OGQA 5P33A 4OBZA 4L1AA 3APRE 3QP0A 5ENKA 5P5SA 3INDA 4Y41A 1B6MA 4DQFA 3CKRA 5KOSA 1MERA 5P6VA 4EP2A 3VYFA 1A30A 3SA6A 3UFLA 3NDXA 5KQZA 1IIQA 2IKOA 1ZPKA 1D4YA 3FX5A 1K6PA 1KJFA 5KR0A 1PPKE 1MRXA 3UPJA 2AOJA 2QHCA 4Y53A 3SABA 4DPFA 5P17A 1LZQA 3LHGA 4PZXA 3APPA 2ZJNA 5P1DA 4JP9A 1AXAA 4Y35A 5P5HA 5P8EA 4Q1XA 5P89A 5P43A 5P58A 5OZ2A 3EKTA 4I8WA 4R92A 4CPWA 5P88A 8HVPA 4Q1WA 3VF5A 2PH8A 3ZL7A 1HVJA 5P12A 1G0VA 3OXXA 1TZSA 1EC2A 1AJXA 4OC6A 5OZPA 5KOQA 2VA6A 1EAGA 3SQFA 5P24A 5P27A 2OHQA 4GIDA 4K4RA 5P6NA 3UTLA 2Z4OA 4YHQA 5P1HA 3EL5A 3IAWA 3S7LA 5P32A 1FQ5A 5P49A 5P3JA 1HHPA 2FGUA 5OZWA 1SGZA 2PC0A 1EBKC 2AZCA 3OGPA 5P4UA 4RRNA 1BV7A 2WF3A 4CPRA 2IS0A 4U7QA 3HAWA 5OZKA 5OZYA 2QK5A 9HVPA 1FQ8A 2QZWA 2PMAA 2XFIA 2QI1A 1MIQA 1HEFE 1BVGA 2QMGA 3NWXA 1AVFA 1XS7D 3LINA 3S56A 4FAFA 1D4HA 1B6PA 4GMIA 1IZEA 5P6HA 4QLHA 5P41A 5P6DA 3KT2A 1ENTE 1XDHA 1W5XA 1QBSA 2G24A 4ZSMA 5P3BA 3FIVA 5P3UA 3BGBA 4OD9A 4GJ9A 3OUAA 4HLAA 5DR1A 5P3OA 4F73A 3KA2A 5I3VA 1ZSRA 1BV9A 3S2OA 4J54A 4DQBA 2PSGA 5P7LA 3SPKA 5HU0A 5P2NA 1K2BA 4R91A 4H3FA 1XL2A 5ER1E 1AZ5A 1YTIA 5P0GA 1LV1A 1LS5A 3DCKA 3TKGA 4RCEA 1AIDA 1PSAA 4EJ8A 1YTJA 3NSHA 5SY2A 5DPZA 4BELA 4Y3RA 5AHAA 5P6BA 4J1FA 4LBTA 1Z1HA 3KMXA 3UQXA 1A8KA 4F75A 1HTFA 3EL9A 2BPXA 3INFA 3KM4A 1APWE 1RPIA 2ZHVA 3BHEA 4JECA 4Z4XA 3DCRA 2B8VA 5OZGA 5T4SA 4FS4A 3GGAA 4HVPA 3NDTA 4RVJA 4NJTA 1ODYA 2ZJHA 3OQDA 5OYVA 3URIA 4K4QA 2R3TA 5P3IA 3N3IA 3ZKSA 5OZBA 5P10A 3VF7A 1BWAA 5I3XA 5P4BA 5AHBA 1UH8A 3GW5A 4B1EA 2Q54A 1B6JA 4AMTA 5P2AA 4I0HA 2I4QA 5P5JA 1YX9A 3T6IA 1YTGA 3PSUA 5P2DA 2P83A 4YA8A 1WKRA 3LPJA 4HDFA 5OYQA 4Y3AA 3NU6A 1EC1A 2P3DA 3CICA 5P2MA 1B6KA 3LIVA 5P83A 5P54A 5OYWA 3GI5A 4K4PA 4YBIA 3Q4BA 2AVSA 2G26A 5P7SA 5P5YA 1HOSA 1MPPA 4I0GA 5P6FA 4XX3A 3ZKGA 4HZTA 5P7GA 2HC0A 4DJPA 1WBMA 4Y3LA 4R5NA 5JG1A 2OHPA 5P80A 1DPJA 1JLDA 4Y47A 3OWNA 4YDGA 4Y3HA 4FAEA 5P5CA 4Y3YA 5P2SA 2O4LA 1K1TA 3QIHA 4B1DA 5P5QA 3VYDA 3UDPA 1LYWA 5P5RA 4F76A 5DR3A 3I2LA 3EC0A 3GI4A 2ZHUA 5P7HA 5P8BA 2ZHSA 1APTE 2HM1A 5P7MA 4DJUA 2P3AA 4DUSA 3VYEA 1SDVA 2VJ6A 5P8JA 5P3SA 1EBZA 1EPOE 3K5DA 3KMYA 4OBDA 4TRYA 3TLHA 4BFBA 4TVHA 3OXVA 5P7PA 1FQ7A 1D4IA 4Y54A 4Y38A 1EPPE 1EEDP 2SAMA 2IGXA 1UPJA 3L3AA 5P5MA 5DR8A 2WF1A 5HCTA 2BPVA 2OHSA 2HS1A 3PSYA 2ZJIA 5P1EA 4Y5NA 3S8IA 4I0EA 2EWYA 1HTRB 3NXNA 3G6ZA 1IZHA 1A8GA 3VCMA 4Y4BA 2OHMA 4ZE6A 4Q5MA 2VJ9A 3QAAA 1TW7A 2QMPA 5P2BA 3OAGB 1C70A 1HVKA 1K6VA 1U8GA 3VLAA 1E80E 5P1NA 4HDBA 3QPJA 3O99A 5APRE 3R0YA 5P0CA 2ER7E 3PJ6A 4PPHA 5P3WA 3RSVA 4GJ6A 3PGIA 5IVSA 4Y5GA 5P7VA 3KFPA 5P6KA 5P2HA 3BUGA 1G2KA 2B7ZA 3OHHA 4Y9WA 3UHLA 4Y36A 1IDAA 3ZPTA 5P03A 4BFDA 4Y4ZA 4ACXA 5P6RA 1GNOA 2QNQA 5OYTA 1HIVA 1FQ6A 1HTEA 1HSIA 3ER3E 2MIPA 1K2CA 1T6EX 5P2KA 3OU4B 5DR0A 5IE1A 2FNSA 2VIZA 2NXMA 3OY4A 2VIYA 4MC2A 3EKXA 3K5FA 4I11A 5P52A 5P48A 5COPA 1FKNA 3WB4A 2BBBA 3L5EA 1K6TA 5P7IA 3OXWA 1TSQA 5OZ7A 5DQ4A 5SXNA 2NNKA 2P3CA 2O4PA 5P70A 1HPOA 1KJ4A 1W51A 2J9KA 5P8FA 2ER6E 3OQ7A 5P07A 2Q15A 3UQUA 2G1RA 3O9EA 3VLBA 5HE7A 3CYWA 3VFAA 5P4QA 3PM4A 2QNPA 4Y5MA 1J71A 2BKTA 3FV3A 2H6SA 2J9JB 1YM2A 5P1LA 4FRKA 4Y43A 3T7PA 3OTSA 5P26A 5P65A 3B80A 1HPVA 5HTZA 4ER4E 3RU1A 1RV7A 3DM6A 3IXJA 4FCOA 5P0PA 5P8DA 2QZLA 4YCTA 2QCIA 5P02A 1GVXA 1HEGE 3RTNA 4D89A 3T7QA 2QU3A 5IVRA 4Y4XA 3BXRA 3IGBA 2G1OA 5OZDA 4Y39A 3PCZA 3ZPUA 4Y45A 1FG6C 5OZ6A 1SBGA 1T7JA 5P7OA 2XYEA 2AOHA 3BXSA 4J0VA 4LP9A 5P0OA 5P1JA 4B05A 5P4EA 3KDDA 4J0PA 3UDNA 3OU1B 2PWCA 5P64A 5P2WA 4LXMA 3VV7A 4YCKA 4EJKA 1BXQA 1FFIC 2NNPA 4FRJA 3VUCA 1BAIA 5P8CA 2IKUA 5P7QA 4B0QA 1YTHA 5OZ4A 4CMSA 2WF4A 3HAUA 3EL1A 5P7YA 3U71A 4J17A 5P8OA 3KYRA 3OOZA 5CONA 1BBSA 2G94A 5P1OA 5P34A 2FXEA 4FM7A 5P3QA 4QJ8A 5P3TA 2V0ZC 4H3JA 4Y4JA 2ASIA 4PEPA 3RSXA 4DJWA 5KR1A 3IA9A 3LZUA 5P2XA 1XN3A 3PWRA 1ER8E 3PB5A 5B18A 1K6CA 1A94A 4I0FA 3PRSA 4Y3XA 1OEXA 4COEA 1HXBA 3ZMGA 3SA5A 5P05A 3EM4A 5P13A 5P5FA 1WBKA 4ER1E 4Y6MA 4RYCA 5P3VA 1QS8A 5KQYA 1AM5A 3EL0A 4N00A 4RVXA 4RVIA 2B8LA 3NUOA 5P2TA 1E82E 1ZSFA 2ZE1A 5BRYA 2AOIA 5OZZA 1EPLE 4LC7A 5P4LA 1LYAB 1HVCA 3UDMA 2JJJA 1BXOA 5P3XA 3L5DA 3CIDA 4B1CA 1M0BA 4MC9A 5P1BA 3OTYA 2AIDA 5P1FA 4D8CA 4QJ2A 1MRWA 1BDRA 5P85A 4RLDA 5P5KA 1FFFC 3IVIA 3SKGA 1HVRA 5P6AA 1B11A 3T11A 1SP5A 3O9IA 5P1IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FM8 A;  1BWB A;  4BEK A;  2ZHR A;  3UDJ A;  4D85 A;  5OZO A;  2QD8 A;  5P3C A;  1YG9 A;  5P8L A;  1G35 A;  5P86 A;  4B70 A;  4DJR A;  2V00 A;  2IRZ A;  5P35 A;  1FQ4 A;  5KR2 A;  3JVY A;  1T6G A;  3UFN A;  3S7M A;  3R2F A;  1LEE A;  5P6S A;  3AUP A;  4RCF A;  4GZF A;  1HIH A;  4Y4W A;  3RTM A;  2RKG A;  1TCX A;  2XFK A;  1HVH A;  3D3T A;  1DIF A;  1QBR A;  3INE A;  3O9A A;  4OBG A;  1UH9 A;  3NU5 A;  3SKF A;  3UDQ A;  1D4K A;  3K1W A;  5P38 A;  4LXA A;  1FGC C;  4L6B A;  5ENM A;  5P1Z A;  2F3E A;  5P4A A;  3L38 A;  5P8T A;  5P5I A;  5P6J A;  1EBW A;  5P00 A;  1HBV A;  2Q5K A;  5P8A A;  4NPT A;  2AOD A;  1TSU A;  5DGU A;  4AZY A;  5COO A;  5P0F A;  2ER9 E;  5P1M A;  4J1K A;  3K5C A;  4Y3E A;  3L5B A;  3TPR A;  2F3K A;  4R8Y A;  1AAQ A;  3GI6 A;  3LIZ A;  2J9J A;  3GGX A;  5OYU A;  4D83 A;  4AA9 A;  3AID A;  5P37 A;  1FEJ C;  3LZV A;  5P67 A;  1PFZ A;  4GJD A;  4H3I A;  5P3L A;  4GJA A;  1UH7 A;  4Y5B A;  5P3E A;  2ER0 E;  3BVB A;  5P0T A;  4EPJ A;  2AZ8 A;  5P0Y A;  3EKW A;  4FL8 A;  2IL2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1AJV A;  4CPU A;  5OZL A;  3OAG A;  2NXL A;  1ODW A;  7UPJ A;  3BUF A;  2B42 A;  5P8S A;  4KE1 A;  2QP8 A;  5P7W A;  4YCY A;  3PCW A;  5P6U A;  5OZH A;  4YE3 A;  3VV8 A;  5P08 A;  1SIP A;  4KE0 A;  2G1S A;  3VF3 A;  3DJK A;  5P3K A;  5HDV A;  5P4D A;  2VNN A;  4F74 A;  4JPE A;  4GJB A;  4J55 A;  1IZD A;  5P82 A;  3QVI A;  3LZY A;  1LF2 A;  3S54 A;  2IEN A;  4YD4 A;  2R8N A;  2O4K A;  1HXW A;  4PYV A;  3OQF A;  2P3B A;  5FIV A;  3Q70 A;  2R43 A;  1KJH A;  3OU4 A;  3DV5 A;  2HB4 A;  2QI4 A;  4Y3S A;  2AVO A;  4FRS A;  4IVT A;  5P1R A;  3UDR A;  5KR8 A;  4H1E A;  4Y3J A;  4AUC A;  5P68 A;  4XXS A;  2QHZ A;  2I0D A;  3ER5 E;  4Y4D A;  5P1W A;  3FKT A;  4ZSR A;  5P3D A;  2QNN A;  4B00 A;  5P1A A;  4DV9 A;  5DQ1 A;  2AOC A;  4HE9 A;  2OHN A;  2FGV A;  5BWY A;  4Y5E A;  3BVA A;  1HWR A;  1IZI A;  1MES A;  1ZAP A;  2QMD A;  2I4W A;  2AVM A;  3L58 A;  3PI0 A;  5P14 A;  5P74 A;  4GJ7 A;  4Y3D A;  3SAC A;  1NPA A;  1NSO A;  1B5F B;  2NMY A;  2V13 A;  5OZS A;  5AH8 A;  3O9L B;  3KT5 A;  5P7D A;  4D88 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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