4OBHA

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with the p1-p6 substrate variant (l449f)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obhA00
5P05A 5DR0A 1AJXA 4Z22A 4E43A 1GNOA 3OAGA 1Z8CA 3R4BA 1NSOA 2ZHUA 3UTLA 4J55A 5I3XA 1XE5A 4QJ6A 4Y3GA 3M9FA 4GYEA 4Y4TA 5KR2A 3VLBA 4HEGA 1HVIA 4HDFA 4Q1WA 3BXRA 3OHFA 5P1XA 2G94A 2PWCA 5P8NA 3MSKA 4Y3PA 4DJPA 2AOHA 1UH7A 1W50A 2FIVA 3UQRA 3OU1B 5P3AA 1EAGA 4Z50A 5OYRA 5P0WA 4RZ1A 1NPWA 1WKRA 1KJGA 5P57A 5OZYA 2B8LA 5P46A 3OU1A 2R43A 2V12C 3NR6A 4BFDA 1HSGA 4DJYA 3DCRA 5P71A 4GJ6A 1Q9PA 5P31A 5P4KA 4Y57A 4WTUA 1B5FB 5P0JA 5P1QA 3QVCA 3EM6A 4Y56A 4ZLSA 3TPPA 2OHPA 2V16C 4Y3HA 1SDUA 3HLOA 1PSOE 4FM6A 5F00A 5HCOA 3FV3A 5E5JA 1EBYA 5P74A 4AA8A 3FNSA 2QD7A 4HA5A 4H3GA 5P5GA 4CPRA 3FIVA 3CYXA 3H5BA 5P42A 2G26A 4F76A 1MT7A 2Q3KA 4Y4JA 5KR8A 3I6OA 5P02A 4TVHA 4EP3A 1MT9A 4Y4ZA 1HVRA 4EQJA 3U6AA 1T7JA 4OD9B 1APVE 2O4SA 1BVGA 5OZCA 3NUJA 4I0GA 2P83A 2QNNA 4DH6A 1LZQA 4OD9A 1T6GA 4J1EA 5P7SA 3TOFA 3INEA 1K6CA 5OYUA 3OUBA 2FNSA 1PPME 3VSXA 4Y3MA 1PSAA 4MC6A 3NSHA 3NU5A 3EKTA 5P1SA 3KT2A 2VA6A 5P84A 4DPFA 4GJ5A 4NPUA 2WEZA 4EJLA 1BDRA 1B6LA 3GGXA 5P2XA 3VF7A 3F9QA 4IVTA 5P5OA 5IVRA 5P0CA 4WY1A 4DJVA 2FDDA 4Y4DA 2P3AA 5P4RA 1HTEA 2R8NA 3KN0A 3WSJA 2PQZA 2QMFA 5P44A 3SKFA 2WEAA 5IVQA 1EBZA 2CEMA 4Y37A 5P7IA 3SA8A 4CP7A 5P1GA 3PI0A 2WJOA 5ER1E 3NDXA 4X2LA 2AVVA 5P4LA 2UXZA 2BKSA 4Y4XA 5P3CA 5P0BA 1EC2A 1GNMA 4Y3LA 4GJ7A 1HBVA 2AZBA 4R95A 2Q54A 3R0WA 5P1LA 4Y3NA 1DW6C 1ODXA 3OUAA 4I0HA 4AUCA 3QIHA 1HPSA 5P4XA 4YDGA 5P5NA 3OU3A 4Y5GA 3LPKA 3OGQA 3D3TA 3S45A 2FS4A 3TKWA 5P83A 5JFPA 5P3KA 2BPZA 3QAAA 1HVCA 2NXMA 4Y5CA 2PSVA 3NYGA 3O9LB 2QCIA 1B6MA 5P6AA 1EBWA 4J0ZA 3SLZA 4YOBA 3G72A 4UPJA 2VJ6A 2BQVA 4XXSA 1ZTZA 3O9AA 2J9JA 3UQXA 3U7SA 4Y43A 1N49A 2V11C 3CMSA 1FQ5A 4GJCA 1HVKA 4A4QA 2WEDA 2NMYA 2PH8A 5P7UA 3OWNA 1BXQA 5OZGA 2UPJA 5OZWA 4D85A 2O4KA 2P3DA 5P4PA 4I12A 2F3EA 4YBIA 1SMRA 5P64A 1B6KA 4Y35A 5P22A 3LIQA 5P85A 3OXWA 1ENTE 2HC0A 4HDBA 2WEBA 5P1YA 4GIDA 3VFBA 1GVWA 5P66A 1HWRA 2CEJA 4Y3YA 5P0FA 1EBKC 4M8YA 5P8PA 1F7AA 5P8LA 4FM7A 3TH9A 2APRA 2HAHA 4GZFA 3K5FA 4Y39A 5P6GA 4DQCA 2OHUA 5COKA 2H6TA 5P67A 4ER1E 2VKMA 1W5VA 1HIVA 4YD4A 1WBKA 4XKXA 4Y53A 5P25A 1RQ9A 4DJWA 3PBZA 5P4YA 1OHRA 3URIA 2WHHA 1QDMA 4KE1A 2XFKA 3ZOVA 4EJKA 1APTE 2QMGA 2ER9E 2ZYEA 1CZIE 5P14A 2G1YA 3O9CA 4JPEA 5P4OA 2IEOA 2ZJJA 5P7BA 2QD8A 4RCDA 2PMAA 5OYVA 5P6PA 4QJ8A 3GGUA 1OD1A 3MSJA 1T7IA 3SA4A 3OQKA 5P43A 1IZHA 4Y6MA 2HB3A 4HVPA 1EPPE 5OZKA 1YTHA 3VG1A 4FGXA 4DQHA 4APRE 5P61A 3PEPA 4NJSA 1B6JA 4Y3TA 5P07A 5P6IA 5DR8A 4Y4UA 4Y4WA 1FMUA 5P1KA 4Y5MA 5OZIA 2QHYA 1XE6A 5P08A 4Y3EA 3NU3A 5P4VA 2BB9A 1HPXA 5P2IA 5P10A 2QI4A 2ASIA 3MWSA 5P51A 4QJ9A 1MSNA 2V00A 3D1YA 3OHHA 3OTYA 3HVGA 2EWYA 1FKNA 5P2SA 2ZHRA 4QJAA 4TRZA 1HTRB 2G22A 3I2LA 2BJUA 2I0DA 2PK6A 3NLSA 2WF1A 3OOZA 5P0LA 3S54A 5P8JA 1C70A 2NTRA 4CMSA 4LBTA 3LINA 5BS4A 4EJDA 1ME6A 3O9EA 2AZ9A 4CPTA 1FQ6A 5P47A 1PPLE 5E5KA 5P3TA 5P6FA 1HPVA 5P6OA 4ZSPA 4B00A 2CENA 1IZEA 2FDPA 5DGUA 2ZJIA 2NNKA 3KYRA 5P72A 4Y5NA 3S43B 4OBZA 4DJUA 3JVYA 1FF0C 1XS7D 2XYFA 5P0SA 2QD6A 4HZTA 4APEA 2IRZA 5P1FA 1EPOE 3EKQA 6APRE 3S43A 4R5NA 4OBHA 3EKPA 3ZKMA 3OOTA 4U7QA 4BEKA 1ZLFA 5OZ1A 5P7KA 5OZJA 5ENMA 4K4PA 3KMXA 5HTZA 1DAZC 4WY6A 2IGXA 3OXVA 4DQFA 5P04A 5P1PA 4COEA 2JXRA 2RENA 4RYGA 1META 5P3NA 5FIVA 4U8WA 3UDRA 4ZE6A 5DR3A 3PSGA 3QRVA 3L3AA 5P37A 5P38A 3BRAA 1SIPA 3QBFA 1HVSA 3G6ZA 3PMYA 5P2TA 1CPIA 2AVMA 1EPQE 5P82A 1MIQA 5P6SA 5P6CA 1IVQA 2NXLA 3ZPTA 3D1ZA 5P1NA 3BUHA 4EJ8A 5P1IA 5P6QA 3TTPA 3HVPA 4RYCA 4JP9A 3QN8A 4I8WA 2QI0A 1PROA 2G27A 4K9HA 4B72A 2PH6A 5P5BA 4LP9A 2AQUA 1D4YA 3IVIA 2V13A 2QMDA 1TSQA 3OAGB 4OBDA 2I4WA 3LZYA 3G70A 3SA5A 1GKTA 1HSHA 2JYSA 1D4SA 5AH6A 5AHBA 2OHNA 2IKOA 5P6YA 3ZKIA 3EBZA 4JPCA 1J71A 4DJXA 2NNPA 5OZ8A 1QBRA 5P3SA 2ZHVA 1SP5A 3PSUA 1A8KA 5P8KA 5OYTA 5OZ7A 3PCZA 3BUFA 5P2OA 1IVPA 2A1EA 2VJ9A 3CKTA 3CIDA 3VF3A 4RVXA 4RROA 2IL2A 1K6TA 3IA9A 4L6BA 5P7HA 3OGPA 2PSGA 5P59A 2XYEA 5IE1A 1XDHA 3AIDA 4XX3A 4M8XA 5P8EA 4Y3ZA 5P77A 4Y51A 5OZSA 5P7JA 3EL9A 3PI5A 3QRMA 5I3YA 2IQGA 3S7LA 2HIZA 2G1NA 5P7NA 5P7ZA 4FAEA 2ZJNA 1ZP8A 5P7RA 4RLDA 3OQDA 2WL0A 1D4HA 3BXSA 3R1GB 5P5SA 4R8YA 5P2KA 5P55A 4K4RA 1G6LA 3UF3A 9HVPA 1W5WA 1HXBA 4Q5MA 1W5XA 2IDWA 3INDA 4PZWA 2Q64A 2VIZA 2WF4A 3NU4A 1AVFA 2HM1A 5IVSA 3OUCA 3UHLA 3R2FA 3HAUA 5P81A 4B1CA 1Z1RA 2F3FA 4TRYA 5P06A 2FXEA 1IZIA 2R3WA 3K1WA 4FRJA 4Y3DA 2QI7A 4FRIA 2Q11A 4YCTA 1FMBA 4DPIA 5C9FA 4F73A 5P0DA 1SGUA 5P27A 5OYQA 2Q15A 4NJVA 1TW7A 3T11A 5SXNA 4Z2ZA 3UFLA 4Y3AA 5P89A 5P8SA 4KE0A 1RL8A 5P3WA 1KZKA 3EKXA 5P7EA 1YX9A 3EM4A 4CPSA 3BVAA 4Y38A 4H3IA 5P80A 2NXDA 5P4BA 5P32A 5KQXA 3QS1A 3VUCA 3PMUA 2ER7E 3ST5A 2OHTA 3LIVA 5P7VA 1T7KA 1K1TA 4Y5AA 5P5QA 2QMPA 2AZCA 2HB4A 2WF0A 3TPLA 5P7CA 5OZ4A 2QI3A 4Y5KA 2QZLA 3KDBA 4B0QA 4Q1YA 4J1HA 5P8MA 2FXDA 1TCXA 3L58A 5P1RA 4ER4E 5P4IA 3CYWA 5OZ2A 4FAFA 3KDDA 3K5GA 3URLA 5P73A 5OYWA 5P0QA 2Q55A 5SY3A 4Y4AA 3K4VA 2AVQA 3EMYA 1YG9A 4FRKA 2AIDA 2BPYA 5P8AA 1ZJ7A 5P5YA 5P15A 5P5HA 5C9BA 3CKPA 5P5CA 3KM4A 5P1BA 2I4UA 4LXMA 4Y45A 2OHLA 1ZSFA 3OQ7A 3A2OA 5OYYA 3LZUA 5P4FA 3UQWA 1SMEA 3PWWA 3VV6A 4EWOA 4F75A 2VIEA 3QPJA 3TKGA 3IN4A 5P2EA 2FGVA 1IDAA 1LF2A 2IENA 3UPJA 3ZPUA 1K1UA 4L1AB 3KFPA 5P3ZA 5P54A 5P7GA 3FNTA 5P2ZA 2ZHTA 1UH9A 1WBMA 2V10C 5P5UA 5P0HA 5P6JA 2AOEA 5BRYA 2Q5KA 5OYXA 3WB4A 4DQBA 4NJTA 4D89A 4L1AA 5P13A 5P7MA 1LEEA 2AOGA 1HTGA 4I0FA 3HAWA 1HOSA 2Z54A 5P2QA 5P2MA 5P0PA 2P3BA 2QI1A 4Y4EA 5P2YA 1BILA 5P8FA 1HVJA 3KFNA 5P50A 3UDYA 3TLHA 3O9FA 4MC2A 4YCKA 2WECA 2IS0A 2QZWA 3OXXA 1K6VA 3ZKNA 3UDHA 5P2CA 4Y3JA 5P7PA 2QK5A 2PWRA 3DOXA 5OZQA 4RVJA 5P1AA 1BWAA 3K5CA 2QAKA 2J9JB 4ACUA 3BC4A 1OEXA 1LF4A 4DUSA 4FIVA 5P7TA 2PYNA 5P3LA 5P4DA 1PPKE 2BKTA 2B7FA 3HD8A 3Q70A 5P2DA 5BWYA 4OC6B 4RCEA 5P6LA 3O9HA 5P0KA 5HCTA 5P2FA 3O99A 3VCMA 1ODYA 3T7XA 3UCBA 1B6PA 5OZXA 3FNUA 2G24A 4B78A 5P52A 4FS4A 4OC6A 1D4LA 4CPWA 4YOAA 5P8TA 4EPJA 2B42A 3QVIA 3UFNA 3QROA 4D88A 2ER0E 4H3FA 5P34A 4YD3A 2FMBA 2ZJLA 5CLMA 1BAIA 2I4QA 5OZBA 2P8HA 2QI6A 3OADB 5P5XA 1HTFA 5P0EA 3U71A 1T6EX 4FCOA 4J0VA 1QBTA 5OZHA 1EPLE 5P18A 3EL0A 3OTSA 5P6EA 1MESA 3OADA 2ANLA 5P5MA 5P88A 3HDKA 4FRSA 3PVKA 4Y48A 4PEPA 5HDVA 1AZ5A 4ZSMA 3LHGA 4S1GA 4GJ9A 4EP2A 8HVPA 3EM3A 1EPRE 2B7ZA 4DV9A 2VJ7A 3D20A 1G35A 3PJ6A 5P16A 3ECGA 5P3PA 1K2BA 2BPVA 2B8VA 4ZSQA 3Q4BA 5P6DA 5P49A 5OZMA 2O4PA 3SFCA 1DPJA 1FQ8A 5OZVA 5P1WA 4HE9A 5P11A 1GNNA 2OHQA 4D83A 1BVEA 1MTRA 1HHPA 3EXOA 4L7HA 3RVIA 5DPZA 3S2OA 3FKTA 3GGVA 3GW5A 3GGAA 3FSMA 4XX4A 2NR6A 3APRE 4RRNA 1FIVA 3IXKA 5P4HA 5P8VA 1CMSA 2ZE1A 1G2KA 2HS2A 4DJOA 4OBFA 3NWXA 1DMPA 5P2WA 1QBUA 2I4VA 5P56A 3OUDB 1XL2A 5P1TA 3IAWA 5KQFA 3VEUA 4R93A 3SA3A 3PWRA 4GJDA 2Q63A 1PFZA 5KQZA 4Y54A 3OUDA 4I11A 2RSPA 3JW2A 2R38A 3TPJA 2UY0A 3SABA 5P6ZA 2BPXA 2G1SA 3FX5A 1A30A 3KDCA 5P1ZA 5P5JA 1FQ7A 2AODA 5P6XA 1C6ZA 1SH9A 3DM6A 4IVSA 5P19A 5P1VA 2OHSA 1FQXA 4Y36A 3S85A 3PM4A 1MUIA 3RSXA 4DQEA 3S7MA 3WZ6A 5OZ3A 1GVXA 3DJKA 2PSUA 3GI4A 4KB9A 5HE4A 4QLHA 4NJUA 5P86A 2H6SA 4DI2A 5P5EA 5P8BA 2ZHSA 4JOOA 5P2VA 3ER5E 5IS4A 5P6RA 5P7YA 1M43A 3UDMA 1GVUA 4I8ZA 3KFSA 5TOLA 5P8CA 5KOSA 1HXWA 3S53A 4DJRA 2QZKA 4QJ7A 3VLAA 1HEGE 3T7QA 3IN3A 4YDFA 4EXGA 3SM2A 5P3YA 2FDEA 4OBZB 4HDPA 4YHQA 3TL9A 2HPEA 3Q5HA 1KJ7A 5C9DA 1DIFA 5P60A 4J0TA 4GJ8A 2I4DA 4Y58A 1YTJA 3WZ8A 3SM1A 4TVGA 3DV1A 5P4NA 2O4NA 3VYFA 5I3WA 3NDTA 2WF2A 5P0VA 5COPA 5P7LA 4Y5BA 3EL1A 1F34A 5P6WA 1HIIA 4FL8A 3R0YA 3EL5A 1EC0A 5AH7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P05 A;  5DR0 A;  1AJX A;  4Z22 A;  4E43 A;  1GNO A;  3OAG A;  1Z8C A;  3R4B A;  1NSO A;  2ZHU A;  3UTL A;  4J55 A;  5I3X A;  1XE5 A;  4QJ6 A;  4Y3G A;  3M9F A;  4GYE A;  4Y4T A;  5KR2 A;  3VLB A;  4HEG A;  1HVI A;  4HDF A;  4Q1W A;  3BXR A;  3OHF A;  5P1X A;  2G94 A;  2PWC A;  5P8N A;  3MSK A;  4Y3P A;  4DJP A;  2AOH A;  1UH7 A;  1W50 A;  2FIV A;  3UQR A;  3OU1 B;  5P3A A;  1EAG A;  4Z50 A;  5OYR A;  5P0W A;  4RZ1 A;  1NPW A;  1WKR A;  1KJG A;  5P57 A;  5OZY A;  2B8L A;  5P46 A;  3OU1 A;  2R43 A;  2V12 C;  3NR6 A;  4BFD A;  1HSG A;  4DJY A;  3DCR A;  5P71 A;  4GJ6 A;  1Q9P A;  5P31 A;  5P4K A;  4Y57 A;  4WTU A;  1B5F B;  5P0J A;  5P1Q A;  3QVC A;  3EM6 A;  4Y56 A;  4ZLS A;  3TPP A;  2OHP A;  2V16 C;  4Y3H A;  1SDU A;  3HLO A;  1PSO E;  4FM6 A;  5F00 A;  5HCO A;  3FV3 A;  5E5J A;  1EBY A;  5P74 A;  4AA8 A;  3FNS A;  2QD7 A;  4HA5 A;  4H3G A;  5P5G A;  4CPR A;  3FIV A;  3CYX A;  3H5B A;  5P42 A;  2G26 A;  4F76 A;  1MT7 A;  2Q3K A;  4Y4J A;  5KR8 A;  3I6O A;  5P02 A;  4TVH A;  4EP3 A;  1MT9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MSM A;  4QGI A;  5P36 A;  5P0G A;  4Y44 A;  5P39 A;  2AVS A;  4YCY A;  5OZ0 A;  1G0V A;  4LL3 A;  3HZC A;  2OAH A;  4YD6 A;  5P4S A;  1BIM A;  1BWB A;  4DJQ A;  4OBG A;  2F80 A;  3CIB A;  5P26 A;  5P8O A;  1XN2 A;  4Y9W A;  1ZAP A;  2VIY A;  2NPH A;  3EKW A;  3N4L A;  3JVW A;  5P8G A;  5DR4 A;  5P0T A;  5CON A;  3UDJ A;  4CPQ A;  1APU E;  3SQF A;  5P87 A;  2IKU A;  5P8D A;  1RV7 A;  5P12 A;  5P3H A;  5I3V A;  1MVP A;  1IDB A;  1QRP E;  2AOC A;  4GB2 A;  5P3G A;  5P6M A;  3NWQ A;  4Y47 A;  5P4W A;  3VSW A;  5HU1 A;  4CPU A;  2AVO A;  3URJ A;  3EKY A;  3PHV A;  3L38 A;  5AHC A;  1U8G A;  1AID A;  2ZJM A;  4BEL A;  2QU3 A;  1APW E;  4QJ2 A;  5EZZ A;  1OEW A;  1XN3 A;  3BUG A;  2G1R A;  4Z4X A;  4HLA A;  5HU0 A;  4RRS A;  4K4Q A;  3LIZ A;  5P2G A;  1W5Y A;  1UPJ A;  1LYB B;  5SY2 A;  4DQG A;  3QBH A;  3PBD A;  4B1D A;  1FG8 C;  5P0Z A;  3ZKG A;  1EED P;  2I1A A;  3NDU A;  1MPP A;  5P1J A;  4NKK A;  3LIT A;  4L7J A;  4B1E A;  1W6H A;  4Y5E A;  4CKU A;  5F01 A;  4K8S A;  2F8G A;  4FLG A;  1MRW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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