5P3OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 177
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA01
2ZJNA 5P8PA 2G24A 5DPZA 4Y4TA 3ZKSA 3QBFA 1FQ8A 5P6BA 3A2OA 1ZPAA 1B5FB 3OXXA 1ER8E 5P5GA 1SMEA 1SDVA 1D4JA 4OBDA 1CZIE 4ZSPA 5P3PA 4MC6A 4H3FA 2BQVA 5DR0A 3ER5E 1DW6C 2V0ZC 5P8EA 4APEA 2QU2A 5P0LA 2P3DA 5P3LA 3C9XA 3BGCA 3LIYA 3SM2A 3ST5A 3F9QA 5P6SA 4Y51A 4L1AA 5P7VA 3O9DA 2F80A 1ODYA 3KMXA 4RLDA 4ZSRA 3NWQA 5P3RA 3OQAA 5P1YA 5P8KA 3L59A 5BWYA 5P1PA 4Y3RA 5P3UA 3SQFA 4CPTA 1ME6A 3Q4BA 2PYMA 5P2VA 4D85A 3PLDA 2G69A 1BAIA 1PROA 4D8CA 5P3TA 1HOSA 5OYUA 3TKWA 5I3YA 3CICA 4Y3PA 3HDKA 2FDDA 2O4KA 5AH8A 3HVPA 3VCMA 4I0JA 1AVFA 4Y4XA 2FMBA 3N3IA 5OZRA 5P0ZA 4Y4EA 2A4FA 5P0GA 3NYGA 5P03A 3OADB 1QBSA 1DMPA 5SY2A 5P06A 5P5PA 2NTRA 3EKPA 3WZ6A 2HIZA 3VF3A 3PGIA 5P4DA 5C9FA 3SM1A 5P7NA 2PWCA 1NPAA 3CKRA 3QRSA 5P7IA 3S8IA 2NXMA 1MVPA 5P6ZA 5P4LA 5P1XA 3QRVA 5P7JA 5P1DA 5P5UA 3TOHA 1F34A 2H6SA 5P0KA 2VS2A 1E5OE 1YM2A 3UDQA 1FG6C 5ER1E 3D3TA 3UQWA 3L3AA 5P4AA 3RTMA 1HXWA 1MERA 1GNOA 5J25A 2UXZA 4Y56A 4GJ7A 5P51A 1SGZA 5OZLA 5P3SA 4QJ9A 2QMGA 1HVKA 4B00A 4QGIA 1HIHA 3BHEA 4H3GA 2R3WA 5P2YA 1B6MA 3MXDA 5P5SA 4B70A 5P4KA 5P05A 4L7HA 4F76A 5P6CA 1VIJA 2BKSA 1PSAA 1Z1HA 5AGZA 5APRE 3ZL7A 2ANLA 3DM6A 1TW7A 3IN3A 2BB9A 3KT5A 3FKTA 5P5EA 3PRSA 4ZPGA 1LS5A 3O9LB 4Y4JA 4DJPA 1GVXA 5KQYA 2QMFA 5P6PA 2IDWA 5P7OA 2AOGA 2OHQA 3NUJA 4I0DA 3TTPA 2HAHA 4HVPA 3OTYA 3TOGA 5HU0A 3OXCA 1YTJA 5P0NA 2BKTA 5IE1A 4AZYA 1K6VA 4HDBA 4Y9WA 5C9DA 4RYGA 5I3WA 1BIMA 4ACUA 5P44A 4KE1A 1GVTA 5P6KA 5KR8A 4R91A 5P71A 2AVMA 4I0FA 4EWOA 2VA6A 3B80A 5P0RA 2OHLA 3ECGA 3GI5A 2AOHA 1EPQE 4YCTA 2NNKA 3NU5A 3LHGA 3INHA 2WEDA 1HHPA 5P4FA 2ASIA 3ZKMA 4FAFA 3NDTA 1YTIA 4JPEA 3FNSA 1ENTE 1PSOE 3UTLA 5OYYA 4Q1XA 5P2AA 1FQXA 3VV7A 5P27A 3TPLA 4YCKA 5P5HA 5OZ0A 2FGUA 4J54A 1DP5A 1IZDA 5P6QA 5P3XA 5P6AA 4IVSA 3GI0A 5OZXA 3GW5A 2J9JA 1C70A 4R93A 4EP3A 5P4IA 1XN2A 3HZCA 1HWRA 6APRE 3GGVA 3Q5HA 1LYWB 2NXDA 2WECA 5P3CA 3WSJA 3QRMA 5HVPA 2ZJLA 1EC1A 4DFGA 3BUHA 4R92A 1FEJC 3UDPA 4MC9A 2F8GA 3T6IA 3ZKIA 2VA7A 4QJAA 3S43A 1M4HA 5OZFA 5P4JA 1EC3A 4PZXA 4Y43A 5P8TA 1W5XA 1HRNA 2BPZA 4A6CA 5P8CA 3UDMA 3APPA 5OZOA 2WF2A 3TKGA 4BEKA 4YCYA 5DQ1A 1TCXA 3HAUA 2R5QA 5P6UA 5P25A 4FM8A 5P3KA 3BUFA 2ZYEA 3CMSA 4YD7A 3PSUA 4U8WA 3VFAA 3G70A 1AIDA 3I6OA 1W6IA 4H3JA 5P3QA 3O9CA 5P67A 2O4SA 3OU1A 1LEEA 5P59A 5P2QA 2QI1A 5AHCA 4ZPEA 4GJ9A 5P45A 4J0TA 3UQUA 5OYTA 3NU9A 2Z4OA 5P1VA 2ER6E 4YD3A 1T6EX 2VKMA 5P7KA 4OD9B 1HVRA 3OU4B 3ZKQA 3OQDA 5P0BA 5E5JA 3UPJA 1W5WA 4OBKA 3L5CA 4Y41A 5P52A 4FLGA 3PM4A 2SAMA 4FSEA 3IN4A 1IZHA 3GI4A 3TH9A 3INEA 3SACA 3PWMA 2P3AA 4DPIA 4JPCA 5P1MA 5P78A 4GJAA 4Y5EA 5OZSA 3T7PA 2OHTA 3EL5A 1RPIA 5P1EA 4BFDA 3PI5A 5P62A 4EHCA 3U6AA 3UFNA 1T3RA 1EBYA 1EEDP 1XDHA 1LV1A 2VA5A 5OZQA 4D89A 1FF0C 1APTE 5AH9A 2QZXA 3OK9A 4GZFA 4LHHA 4Y3GA 5OZYA 2AVVA 4U7QA 3CKTA 5IS4A 4FIVA 4LAPA 2B8LA 5COKA 4A4QA 5P81A 2G27A 4TVHA 4GJ5A 5KR2A 4YDFA 5SY3A 3D1ZA 5P0UA 5OZEA 4LL3A 4U7VA 2NXLA 1SIPA 5P09A 1NH0A 4CPWA 1PPKE 3EMYA 1META 4I0ZA 1BBSA 4Y3AA 3T3CA 3EKQA 3L5BA 5OZTA 5P1FA 2AZCA 5P4YA 2AOFA 3QVCA 5I3XA 5P6DA 5P5XA 1IBQA 1KJFA 3AUPA 2Q63A 2O4LA 5P5LA 4J0YA 4HDPA 5P0MA 5P5MA 4S1GA 3KDBA 5P55A 1D4KA 3O9GA 5P86A 3UHLA 2ZJJA 5P24A 3EM3A 4LXAA 4ZEAA 3KDDA 4COEA 2HS1A 1BDLA 3HVGA 4EJ8A 2AODA 1PFZA 1FG8C 4DJVA 3KFNA 5HU1A 5P60A 4OBJA 3KA2A 5OZDA 5P5BA 1XS7D 4ZPFA 2OHKA 5HE5A 1B5FA 3SABA 4DJOA 1U8GA 3FV3A 3GI6A 5P5RA 4FM6A 5OZ9A 5P2GA 1K6CA 2G26A 5P7XA 2B8VA 2OHNA 1BDRA 1KJGA 4XX4A 3VLAA 4Y5MA 4A6BA 2FS4A 3EL1A 4EJLA 2J9KA 4GJCA 5P84A 3DK1A 4N00A 5HE4A 4QJ6A 4OBGA 1C6ZA 1TCWA 2OHRA 3APRE 1W50A 5P4OA 3RVIA 3BXRA 4CPXA 1HPOA 5P42A 4MC2A 1SDUA 3O9BA 1YT9A 3EM4A 4RZ1A 4AA8A 1MEUA 3Q70A 2G1NA 2NMZA 1MTRA 1EPOE 2F3FA 1LF3A 5P7WA 3R1GB 2QHCA 4Y3WA 3UDRA 2FDPA 1CPIA 1HXBA 1QBRA 2F3EA 2XFIA 5DR4A 5P79A 3VSXA 4Y5BA 1EBZA 3UQRA 1ZBGA 2V12C 1MRXA 3NU6A 3PBDA 4XX3A 5KQZA 9HVPA 2QI7A 2MIPA 4QLHA 1MSNA 5P4TA 5P66A 3OADA 1AXAA 3BC4A 4Y3QA 4XXSA 4KE0A 5IVQA 3PHVA 1G35A 4I0GA 4GIDA 2AOIA 2VJ9A 4I0HA 2QI3A 5P6XA 2PMAA 4J1IA 5P1CA 2O40A 2OHUA 2ZE1A 4J5JA 3QAAA 1HBVA 1AJXA 1EPNE 2AZBA 4CPRA 1E81E 5OYVA 3UQPA 4DQCA 1D4LA 4GYEA 4J1KA 4DH6A 3EL9A 2ZHTA 2OHPA 4Y3ZA 5P1LA 4DQFA 3VF5A 4DUSA 3ZMGA 1XE6A 2RSPA 2IRZA 4F75A 3LZSA 1FFIC 5P89A 5OZHA 4FGXA 5P35A 1MT9A 5P5NA 4LC7A 2QNPA 4JOOA 1B6KA 2G22A 3D91A 5IVSA 5P7RA 1RL8A 2G20A 4GJDA 4M8XA 5P4EA 2BJUA 2I4XA 5P4WA 4Y5KA 2QZKA 1IZIA 3DV1A 5P73A 3QBHA 5OZWA 3MXEA 3OHFA 1APWE 5AH7A 8HVPA 5P1WA 4D88A 5P7HA 5P61A 3VYEA 5P1AA 5P6IA 5JODA 3INDA 5KR0A 4OBFA 1HIVA 3HAWA 5P5VA 2HB3A 3O9LA 2P3BB 1ZJ7A 3OUAA 5P2IA 3LZVA 3UDNA 2ZJKA 3PI0A 4PHVA 1Q9PA 3TPJA 5HDUA 5P0DA 5P07A 4EQ0A 4DI2A 2APRA 1LYBA 3BVBA 4HEGA 1QS8A 3OHHA 3VF7A 1OD1A 3LINA 5P3WA 4DJUA 5OZBA 3K5GA 4YD4A 3EKWA 5HDVA 5P80A 5P2JA 4HE9A 4Y36A 1FB7A 3IXKA 5P6NA 1VIKA 2QI6A 3NWXA 4DQBA 5P34A 3QI1A 3UCBA 4FRKA 5P1RA 4I0EA 4Y5LA 5P3VA 4J17A 4BELA 3UDYA 2HPEA 3IVHA 1YM4A 4YBIA 1BDQA 4Z50A 4EXHA 3O99A 3OOZA 5P17A 3EBZA 4ZSMA 5P43A 5SXNA 2AVSA 1LYAB 5DR3A 4WTUA 5P0HA 5P54A 2FGVA 3K5CA 4Y3EA 1YTHA 1B6PA 3TL9A 5ISJA 4B77A 2WJOA 3NR6A 3PWWA 4Q1WA 3VFBA 3GGAA 2IQGA 4RCDA 1AM5A 1ZPKA 2IEOA 1LYWA 2AQUA 5P3AA 1FLHA 3CIDA 2I0AA 4X2LA 5P36A 5P85A 1ZSRA 4B05A 3SA4A 2V11C 3TNEA 1B11A 5OYRA 5P0VA 7HVPA 5P4CA 2ER7E 1KJ4A 5P5TA 3VSWA 2NMYA 2QU3A 7UPJA 4L7GA 2AIDA 1J71A 4Y3FA 1EPPE 2JXRA 2IKUA 3MWSA 3LPJA 4DJQA 1AZ5A 2XYFA 5P6YA 4Y3YA 1EC2A 1YX9A 5P6HA 3O9HA 5P22A 5P8SA 1HEGE 3OAGA 1FIVA 3PBZA 4D83A 1PSNA 1G6LA 2WKZA 5P7UA 2VJ7A 4Y45A 5P39A 1OEXA 3KFPA 2WEAA 3K4VA 4WY6A 3SKFA 4YOAA 3CYWA 4RCFA 3WB5A 1UH7A 2PQZA 4I0IA 2RMPA 4LP9A 2Q3KA 4J1EA 3ZPSA 3IXOA 3KDCA 3WZ8A 4EJDA 5FIVA 4QJ7A 3UDHA 5P8UA 5P0FA 4CPSA 2ER0E 2QNNA 4TRWA 1QRPE 5P3FA 2PSVA 2Q55A 5P2ZA 4OBZA 3T11A 4Q1YA 1OEWA 2P83A 4HZTA 5ENMA 5P18A 5P50A 2WF4A 4LXKA 4I8ZA 2NR6A 1E82E 2PH6A 4K4QA 3FX5A 5P38A 4YD5A 3IXJA 3CYXA 4DQEA 3LIQA 3LIZA 3IA9A 5B18A 3MSKA 3O9AA 4FS4A 3FNUA 1HPVA 3BXSA 3R2FA 5OZ2A 3RU1A 5DGWA 3ZLQA 4Q1NA 3ZKGA 4DJWA 3RSXA 4RGHA 3URIA 5HTZA 1HPSA 1HTRB 2Q5KA 1IIQA 5COPA 3MSJA 3OUDA 4FE6A 1BV9A 1FGCC 5P0CA 3PB5A 5P5AA 1FMUA 4Y5AA 5COOA 5P56A 5P8AA 5C9BA 5P3BA 3OXWA 3G6ZA 1GVVA 2ZJHA 2R9BA 5P8FA 3D1YA 3DOXA 5P8NA 5P12A 1DIFA 2VIEA 5P8LA 5OYXA 4WY1A 5OZ3A 3PMYA 5P16A 2F3KA 2G1OA 1IVQA 4LXMA 5P8GA 3O9FA 1WKRA 1EPLE 3URJA 4RRNA 3L5EA 4J55A 4Y57A 2WF3A 3WB4A 4Y4ZA 3L5FA 3ZPUA 4ER1E 1D4YA 3VV6A 3JW2A 4XKXA 5P3DA 5DQCA 2AOCA 4Q5MA 4Y44A 3I7EA 1HVLA 2PSGA 2I4DA 5P2WA 5OZIA 3O9IA 1M0BA 3ER3E 4Y3TA 4Y3DA 1KJHA 3OOTA 2F81A 1BXOA 3OY4A 5F01A 1Z1RA 3Q3TA 5P3GA 5P2DA 5DR7A 3S54A 4KB9A 4ER4E 5P0OA 2QP8A 3OQKA 1TQFA 4TRYA 3UF3A 2QI0A 4DQGA 4AA9A 1T7IA 2R3TA 2JJJA 2FDEA 5P6JA 4AMTA 4EYRA 4EQJA 1W6HA 4Y5GA 2QZWA 3S56A 4OC6A 2ZHSA 2VIJA 4J1HA 5HD0A 4YD6A 3S2OA 4RVJA 2ZHUA 3EKXA 5P2SA 5P2OA 5OZCA 3LZUA 5P1QA 2I4VA 5P2KA 2H6TA 1B6LA 3KFRA 5OZ6A 2QNQA 3EC0A 4J0ZA 1T6GA 5P8DA 1D4HA 4AUCA 2PC0A 5P65A 5P40A 3EKTA 2HM1A 2I4QA 5HDZA 3T7QA 3OU1B 1GNNA 5P1SA 5P2HA 2VNMA 1AJVA 4B78A 5P4UA 4Y3HA 4J1CA 5P5DA 6FIVA 4CPUA 5OZKA 4DV9A 2RKGA 5P1IA 5P6TA 2UY0A 3BRAA 3KT2A 2IL2A 4Y4BA 4APRE 5P31A 3VV8A 3OGPA 4ZE6A 5P8HA 4B1DA 1MSMA 4DQHA 5AHBA 3SFCA 3M9FA 2IGXA 1WBMA 4DJYA 4NJSA 3S53A 5P30A 5I3VA 3ZKXA 4YE3A 1D4IA 5P0PA 1C6YA 3OQFA 5P48A 3D20A 1AAQA 1HEFE 5P7QA 4X7IA 5P57A 3R4BA 2HB2A 5P1JA 3PCZA 5BS4A 3LNKA 1ZP8A 5DR8A 4DVFA 1RNEA 5P4MA 5P6MA 3QIHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJN A;  5P8P A;  2G24 A;  5DPZ A;  4Y4T A;  3ZKS A;  3QBF A;  1FQ8 A;  5P6B A;  3A2O A;  1ZPA A;  1B5F B;  3OXX A;  1ER8 E;  5P5G A;  1SME A;  1SDV A;  1D4J A;  4OBD A;  1CZI E;  4ZSP A;  5P3P A;  4MC6 A;  4H3F A;  2BQV A;  5DR0 A;  3ER5 E;  1DW6 C;  2V0Z C;  5P8E A;  4APE A;  2QU2 A;  5P0L A;  2P3D A;  5P3L A;  3C9X A;  3BGC A;  3LIY A;  3SM2 A;  3ST5 A;  3F9Q A;  5P6S A;  4Y51 A;  4L1A A;  5P7V A;  3O9D A;  2F80 A;  1ODY A;  3KMX A;  4RLD A;  4ZSR A;  3NWQ A;  5P3R A;  3OQA A;  5P1Y A;  5P8K A;  3L59 A;  5BWY A;  5P1P A;  4Y3R A;  5P3U A;  3SQF A;  4CPT A;  1ME6 A;  3Q4B A;  2PYM A;  5P2V A;  4D85 A;  3PLD A;  2G69 A;  1BAI A;  1PRO A;  4D8C A;  5P3T A;  1HOS A;  5OYU A;  3TKW A;  5I3Y A;  3CIC A;  4Y3P A;  3HDK A;  2FDD A;  2O4K A;  5AH8 A;  3HVP A;  3VCM A;  4I0J A;  1AVF A;  4Y4X A;  2FMB A;  3N3I A;  5OZR A;  5P0Z A;  4Y4E A;  2A4F A;  5P0G A;  3NYG A;  5P03 A;  3OAD B;  1QBS A;  1DMP A;  5SY2 A;  5P06 A;  5P5P A;  2NTR A;  3EKP A;  3WZ6 A;  2HIZ A;  3VF3 A;  3PGI A;  5P4D A;  5C9F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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