5P3AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 163
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3aA01
5OZGA 5P18A 5P5TA 1GVWA 3PB5A 4HDPA 4Y50A 5P75A 5I70A 5OZ1A 5P4NA 2FXEA 4ACUA 2QNPA 5P45A 4HA5A 2HAHA 4Y39A 4GJ8A 1LYBA 2P8HA 1HEFE 5P6FA 4PPHA 1GVTA 4EHCA 2ANLA 4CPQA 3RVIA 5DR8A 5P7WA 3ZKNA 2HB3A 5P77A 2NNPA 4YOBA 2B8VA 3NU6A 5P5WA 5P4VA 5P7LA 1MESA 2OHLA 3BC4A 2QMFA 5P4UA 1APUE 4YHQA 5P2KA 3ST5A 4K8SA 5P81A 1HVSA 2HB4A 5P0RA 2A4FA 3PBZA 4FM7A 2OF0A 3TL9A 5P86A 5P6YA 5P3ZA 5P52A 1F7AA 2PYMA 1OHRA 1EBZA 3Q4BA 4H3JA 3URJA 4Y3YA 5P82A 3RTHA 5P3UA 5P6EA 4Y4BA 2PWCA 1GNNA 4YD3A 3OUDB 3U6AA 4I11A 1YG9A 1W50A 4Y3DA 4Q1YA 1GVUA 1IZEA 1DIFA 2I4XA 4J1EA 3IAWA 1HPVA 1YTGA 5P6IA 1CMSA 1EPPE 4OBFA 1KJ7A 3VF3A 2QZLA 5P41A 1ZSRA 2IGXA 2QCIA 1PPKE 1YM4A 3GGXA 2G69A 2QNNA 2ER7E 5P29A 3VG1A 1EPLE 4DVFA 1BDLA 1MTBA 1ODYA 5P53A 2V0ZC 5OYTA 5BRYA 3ZKXA 3ZKQA 1TSUA 4Y57A 5P46A 1TCWA 5DR7A 2PMAA 3IGBA 3PRSA 3LZSA 3OQAA 5P1IA 2OHMA 4QJ8A 3VLBA 2QI6A 2QMPA 2G21A 3R0YA 3L59A 3DK1A 5P11A 2QMDA 2HPFA 3HZCA 3NU5A 2AVOA 2O4NA 1BBSA 2R3TA 3H0BA 3OXCA 2Z54A 2FMBA 4J1HA 3URLA 5JFPA 3MSKA 5P5IA 1EC1A 2ZHSA 3UDQA 1BVGA 4MC1A 5P8SA 3KT5A 5P28A 2IDWA 3PWRA 4QJ9A 1C6YA 4LXMA 3EXOA 5P5NA 5KQXA 4CPRA 3OGQA 4Y47A 5P7YA 3WB4A 5P65A 2P3DA 2PH6A 4FGXA 3I8WA 3NWQA 5IVQA 5P4AA 5P2UA 3VSWA 5OYVA 5P4SA 3DOXA 5P8UA 4Y3ZA 4F76A 5P3PA 5P0VA 5COKA 3KMXA 5P59A 3Q5HA 1D4LA 2HS2A 3GGUA 2OHNA 2JJJA 3HBOA 1LS5A 2NMYA 3EL4A 2VIEA 4GMIA 1IZIA 2AOGA 5KR0A 1KJ4A 3T6IA 2V13A 4B1CA 5P0AA 3PSYA 5P8JA 4DQCA 3OQ7A 2BPWA 5P1PA 5P8NA 5P74A 1NPVA 5J25A 1FG6C 2OHTA 1VIKA 4J5JA 5P1AA 5P5EA 1BIMA 4F75A 4RCEA 4Q1NA 3O9HA 5P5UA 2BPZA 3CICA 2WECA 3GI4A 5P48A 3DUYA 5P3EA 4DJVA 4NPTA 5P5LA 4Y43A 1KJGA 4DUSA 5E5JA 3OXXA 1RNEA 3FSMA 1PPLE 4DJOA 5P0BA 2FNSA 2J9KA 5OZSA 5P10A 2AZCA 5P44A 3UTLA 5P4FA 3EL1A 5KR8A 5OZQA 3SPKA 4GJ5A 5P2FA 5P7ZA 2HC0A 3I6OA 3HDKA 2XYFA 2QMGA 3BUGA 4JECA 2RKGA 5P5AA 3OOTA 3EL0A 2H6SA 3R4BA 2I0AA 3PI5A 3HAWA 2HM1A 4GJCA 5P6AA 5P35A 4ACXA 3KMYA 4B05A 4LXAA 3EMYA 1MT7A 4J1KA 5P61A 3HD8A 4Q1WA 1U8GA 1W5YA 3CIDA 4QGIA 5P05A 5P1WA 2QK5A 4J54A 3LIVA 4Y54A 1B6JA 3JVWA 5P4OA 4YD5A 1QBTA 3R1GB 4CPXA 2AOCA 5DR4A 5P6PA 3L5EA 3GGVA 5AH9A 1T3RA 2IRZA 1HVCA 4GJAA 5P4PA 1LV1A 5P0SA 2O4SA 5P43A 5HTZA 5P6LA 2OHKA 3DCKA 1FF0C 1FMUA 4B77A 3LPJA 4HLAA 3NDTA 2ZJIA 3HW1A 1OD1A 3NU9A 5P2GA 5P3BA 5P03A 1CZIE 5P8LA 2I4VA 4GJ6A 1G6LA 4Y5CA 4Y53A 1SGUA 3S7MA 4ZSMA 1TCXA 2PQZA 5P5VA 5P1ZA 4I1CA 1E80E 4X7IA 4Z50A 1EC2A 5HE5A 4M8YA 1DMPA 3OWNA 1ODXA 3PGIA 1APTE 5P0XA 4QJ2A 2NXMA 1XL2A 5P19A 5HU0A 2VKMA 4KE0A 3OY4A 1RL8A 3VEUA 3UDPA 3DCRA 3KFNA 3SM2A 2ZJHA 5OZRA 3INFA 5P2LA 1SGZA 5DQ2A 5OZOA 2FGVA 3L5DA 1BWBA 1HEGE 3JW2A 3I7EA 3UDKA 2O4KA 5IE1A 5P42A 2BB9A 2P3BA 3MSJA 3D91A 4U7QA 2QI1A 5P3KA 1FLHA 1T7JA 4KB9A 2WEDA 2QHCA 4EXHA 5P3WA 2WJOA 5P16A 5C9BA 2ZYEA 5P0EA 3O9LB 2BPYA 3KFSA 3OHHA 2V16C 3DV1A 1HIIA 3PI0A 3OADB 4FSEA 5P1EA 3OTSA 5B18A 5P1JA 5UPJA 1A94A 1BV9A 3D1YA 3EKTA 1HBVA 1M43A 5P4IA 1YT9A 3FNTA 5P63A 1PSOE 1BAIA 4Y5BA 5P3GA 3RSXA 2A1EA 1MTRA 1B11A 4I0IA 5P37A 1BWAA 3VLAA 4FRJA 2HB2A 4I0FA 5OZFA 1MUIA 2G1YA 3UDNA 3GGAA 5P3NA 5P7RA 5P30A 1T7KA 1FQ8A 5P8EA 1KJFA 2VJ7A 1WBMA 2BPXA 3O9AA 5KQZA 5OZ5A 2XFKA 5KQYA 1ME6A 1AIDA 1HXBA 4FE6A 3K5DA 4U8WA 5OZHA 5P56A 5P60A 1OEXA 1DPJA 3IXJA 1IZHA 2P3CA 4ZE6A 5OZ4A 4DPFA 3ZKMA 3O9IA 5OZKA 4Y44A 3L3AA 1LZQA 5P69A 5DQ5A 3BVBA 2JYSA 3SLZA 3INEA 5P0HA 5P0KA 2Q54A 4Q1XA 4DH6A 3K4VA 4TRYA 2NTRA 4CP7A 4J0ZA 2NMZA 4Y4GA 2VA6A 2Q3KA 3SM1A 5OZXA 3SQFA 3VF7A 4Y4EA 2Q11A 5P2CA 8HVPA 5OZ2A 5OZLA 5ISKA 1AZ5A 2VNMA 2AOJA 2NXDA 4Y4TA 3FNSA 4RVJA 2PK5A 3LZVA 3O9LA 3GI5A 3Q6YA 1ZSFA 2V12C 3FX5A 1FQ7A 2AOEA 2QHZA 5I3XA 2QI7A 5COPA 3S43B 3OADA 4EP3A 1CPIA 4D83A 5P89A 1W5VA 2BKSA 4RYCA 5P4DA 2Q63A 5P7JA 1SIVA 3T11A 2RMPA 4YCYA 2FLEA 5P15A 2I1AA 3ZLQA 5OZYA 3SA6A 3LIXA 5P6NA 3KDBA 4LP9A 5P0OA 3QBFA 4FAFA 1D4YA 2AZBA 3TNEA 1FG8C 1IBQA 3VFAA 4OC6B 5P3XA 4I12A 3M9FA 2R5QA 1ODWA 2EWYA 4FIVA 4CPWA 4ZPFA 5P3MA 1SH9A 4YD4A 5P1YA 4LL3A 4B1DA 2IEOA 5P2XA 5P08A 2F3EA 3KT2A 1DW6C 3TPRA 4GYEA 5IVRA 3GW5A 5P80A 2QI5A 5P25A 3D3TA 3O9DA 5P1OA 1BXOA 5C9DA 3L5FA 5P4BA 5DPZA 3NLSA 3QVCA 5CONA 4J0TA 5P88A 3KA2A 5APRE 1W5WA 5P70A 1FIVA 5P4XA 1EC3A 1IIQA 1B5FB 3UDRA 1ZBGA 2JXRA 2V10C 3TOHA 1D4HA 5P02A 1JLDA 2ER9E 4BFBA 3NDWA 3O9CA 3T7PA 4EXGA 1FEJC 2FNTA 3S54A 1LEEA 4CMSA 3S85A 4CPSA 3ECGA 1K2BA 1TQFA 5P7NA 2NR6A 1C70A 1APWE 2IS0A 3H5BA 3OTYA 3SA5A 3UQUA 1SMRA 1SDTA 2G22A 3EKQA 1KJHA 3SO9A 1A8KA 3O9BA 5P2OA 5P76A 3TPJA 4YDFA 4EPJA 2FS4A 4PZWA 4TRZA 2VIYA 4MC9A 4OBZB 4EJKA 4I0HA 2FDEA 2FDDA 1HXWA 5OZ3A 5AHCA 3SACA 5P38A 3DM6A 2AQUA 4A4QA 2HIZA 4LBTA 4Y3XA 1DAZC 2F8GA 3ZL7A 1NPWA 1EC0A 3TPLA 4OD9B 4Y3MA 5ER2E 4A6CA 4Y35A 5P6KA 3URIA 5HDVA 1HVIA 4Y5LA 3QI1A 2AOHA 5EZXA 3PJ6A 2ER6E 5P1XA 3K5CA 4YBFA 5P0ZA 5P6JA 3NUJA 1QBUA 4D8CA 5P5YA 4A6BA 5P7SA 5P8BA 1SP5A 2WF0A 4I0JA 3PSUA 4Y36A 4ZSQA 1E5OE 3SAAA 2R43A 2WEBA 3JVYA 4DJUA 4HVPA 2WHHA 3NUOA 1VIJA 2UY0A 4Y3WA 4Y5MA 1HVRA 2VJ6A 4Y9WA 5P4KA 2ZE1A 4KUPA 3SKFA 1D4SA 4UPJA 5P6TA 3OUDA 4DI2A 3ZKSA 5P8AA 3TOGA 3L58A 1HSHA 4EQJA 3O9GA 1AVFA 1HVJA 3ER5E 5OZ6A 5HDZA 4DQGA 5P22A 1RPIA 5P5SA 3PMYA 4Y6MA 1Z1RA 2QNQA 2QAKA 2AVVA 4PEPA 3IVHA 3UCBA 5PEPA 4YCKA 4U7VA 3PWMA 4OBZA 3QN8A 4J0YA 4HDFA 3L38A 2AOFA 5P1FA 4H1EA 5P13A 2VIZA 2P3AA 4B1EA 4EJDA 3ZKGA 3O99A 1M0BA 5P2ZA 4Z22A 1ZLFA 3QROA 4DQFA 1MT9A 1SMEA 5P5GA 1XL5A 5P1SA 3UFNA 5P6QA 3OU3A 4AA8A 4Y38A 3NYGA 4OD9A 4I0GA 1EPNE 5OZ0A 4GIDA 5P8IA 5P64A 1GKTA 5P1GA 1TSQA 2AVSA 5P3IA 2WL0A 5P27A 2QU3A 4BELA 5TOLA 4DJXA 5P8FA 5P7PA 3ZPUA 5P2VA 1LYWB 2RENA 1XDHA 2I4QA 4YD6A 3NR6A 3OU4B 5P7EA 5I3WA 5P33A 4DQHA 1YTIA 4Y4XA 5P4MA 5KR1A 5P1DA 3MWSA 4Y5PA 3NWXA 5OYUA 4PYVA 4DJWA 3L5BA 5JFUA 2IL2A 3QIHA 3UQXA 5P4JA 1YTHA 5P85A 3UQPA 2V11C 1ZP8A 5P12A 3K5FA 3LIQA 4ZSPA 1HSGA 5P78A 5P7OA 4MC2A 4XKXA 5P6HA 4GJDA 1GNOA 5P4EA 5OZPA 1ZPAA 3PVKA 1PPME 5F01A 1NH0A 4GJBA 5SY2A 4X2LA 5ENKA 5P6CA 1HVHA 5P3OA 1K1UA 2QHYA 1ZPKA 3K5GA 3T7XA 5OYSA 3CIBA 5P4TA 4J0PA 4Y4WA 3TLHA 2R5PA 2I4DA 1C6ZA 3VV8A 3LZYA 3SA7A 1EAGA 1K6PA 4I0ZA 4AA9A 5P39A 5P4YA 3BUHA 2G20A 2O4LA 4J1CA 2ZJNA 2QD6A 4FM6A 5E5KA 2PWRA 3OOZA 5P6GA 4YDGA 1EPME 1EBKC 1RV7A 1LYAB 4EYRA 3FNUA 3U7SA 2ZDZA 2G26A 5P8OA 5P7DA 5OYXA 4RCDA 5P51A 3PM4A 4I0DA 1HHPA 4Y3GA 3TTPA 1IDBA 2I4UA 5OYQA 5P2EA 5KR2A 2J9JB 4J17A 2ZHTA 5P0PA 3F9QA 2UXZA 4CPUA 1HTRB 2JE4A 5P6BA 5P3TA 2G24A 3KN0A 2H6TA 5P3RA 5P7IA 5KQFA 2AZ8A 3IVIA 4PHVA 4DV9A 3VV6A 5OZIA 5OZBA 5P3QA 3VYFA 3EKPA 4PZXA 1META 4ZEAA 5P5BA 1MRXA 4NKKA 5P3VA 5P2RA 5P32A 4RRSA 4EJ8A 3BGBA 3VSXA 3EM3A 5IVTA 2AVQA 4LC7A 5AH6A 5OZUA 1HIVA 5OZEA 1LF3A 5HCOA 2PH8A 4RLDA 3EM6A 2AIDA 2OHQA 5P1VA 1ZTZA 3BGCA 2Q5KA 5P5FA 4CKUA 4QLHA 5P4RA 3TKGA 4RVIA 4K4QA 4YA8A 4ZLSA 2PK6A 5DR1A 3BVAA 1QDMA 5OYZA 3I2LA 5P7QA 1HWRA 5P8QA 1G35A 5P0YA 3SA8A 2ZGAA 1UH8A 2IQGA 1HVKA 3N4LA 3KYRA 3PLDA 5P4CA 3APPA 4DQBA 3QS1A 3OAGB 5I3YA 1B6MA 5P6SA 4TVHA 4YBIA 2Q55A 5P5PA 5P23A 2UPJA 1B6LA 4HEGA 6APRE 3FKTA 2CEJA 4Q5MA 5P8TA 3WSJA 3CKTA 1AJVA 1G2KA 1KZKA 5P49A 7UPJA 5P1NA 1FB7A 1T6EX 4R91A 2PSVA 5P2NA 3INDA 5P7BA 3QBHA 2J9JA 5P1QA 1NSOA 3LPIA 4H3FA 3UHLA 3KF0A 1A9MA 3G6ZA 3UQWA 4Y56A 2VJ9A 1HTFA 1SBGA 2IGYA 5P7UA 1HTEA 5BS4A 5P0QA 2O4PA 3TPPA 5P09A 1QBSA 3ZPSA 3PCWA 5HE7A 4ER1E 5P0GA 4OBJA 5HCTA 4FL8A 5P26A 5OZAA 2AVMA 2WEZA 4Y3AA 1QRPE 3OQKA 3OUCA 5P6UA 1Q9PA 3B7VA 4TVGA 5P58A 3WZ8A 3S7LA 4Y5AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZG A;  5P18 A;  5P5T A;  1GVW A;  3PB5 A;  4HDP A;  4Y50 A;  5P75 A;  5I70 A;  5OZ1 A;  5P4N A;  2FXE A;  4ACU A;  2QNP A;  5P45 A;  4HA5 A;  2HAH A;  4Y39 A;  4GJ8 A;  1LYB A;  2P8H A;  1HEF E;  5P6F A;  4PPH A;  1GVT A;  4EHC A;  2ANL A;  4CPQ A;  3RVI A;  5DR8 A;  5P7W A;  3ZKN A;  2HB3 A;  5P77 A;  2NNP A;  4YOB A;  2B8V A;  3NU6 A;  5P5W A;  5P4V A;  5P7L A;  1MES A;  2OHL A;  3BC4 A;  2QMF A;  5P4U A;  1APU E;  4YHQ A;  5P2K A;  3ST5 A;  4K8S A;  5P81 A;  1HVS A;  2HB4 A;  5P0R A;  2A4F A;  3PBZ A;  4FM7 A;  2OF0 A;  3TL9 A;  5P86 A;  5P6Y A;  5P3Z A;  5P52 A;  1F7A A;  2PYM A;  1OHR A;  1EBZ A;  3Q4B A;  4H3J A;  3URJ A;  4Y3Y A;  5P82 A;  3RTH A;  5P3U A;  5P6E A;  4Y4B A;  2PWC A;  1GNN A;  4YD3 A;  3OUD B;  3U6A A;  4I11 A;  1YG9 A;  1W50 A;  4Y3D A;  4Q1Y A;  1GVU A;  1IZE A;  1DIF A;  2I4X A;  4J1E A;  3IAW A;  1HPV A;  1YTG A;  5P6I A;  1CMS A;  1EPP E;  4OBF A;  1KJ7 A;  3VF3 A;  2QZL A;  5P41 A;  1ZSR A;  2IGX A;  2QCI A;  1PPK E;  1YM4 A;  3GGX A;  2G69 A;  2QNN A;  2ER7 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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