4NKKA

Crystal structure of a multi-drug resistant clinical isolate-769 hiv-1 protease variant that is resistant to the dimerization inhibitory activity of tlf-paff
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title A multi-drug resistant HIV-1 protease is resistant to the dimerization inhibitory activity of TLF-PafF.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4nkkA00
4DUSA 1W5YA 1GKTA 3OAGA 3OU1B 5P6KA 4F76A 2IEOA 5P5JA 3SA7A 5DPZA 3UFLA 2G22A 2Z54A 2WKZA 1B5FB 1YTJA 3B80A 5P4YA 4OBGA 2I4XA 1ZSRA 1E80E 4DI2A 2FNTA 3OOZA 5P84A 5P5LA 2NMYA 4AA8A 1HVSA 1DPJA 3U7SA 5I3YA 5JODA 3S43A 1MT7A 1XE5A 5P41A 3NR6A 5P3SA 3OXVA 4Q1XA 3WZ7A 2F8GA 5P8BA 4ZPFA 3ZKGA 4Y3XA 4GB2A 2RSPA 1HPXA 5P0HA 3SM1A 1C6YA 1SIVA 1HSIA 2G69A 5P2YA 4EJ8A 5OZ5A 5P0LA 3QI1A 2RKFA 3OUCA 3TKWA 1D4IA 4D8CA 5P1MA 5P5AA 4MC9A 3UDHA 2PWCA 3U6AA 2WEZA 5P1KA 5P4MA 2B8LA 5HE7A 4Y39A 2QMFA 3QRSA 3UDRA 3OUDA 4RVIA 3NUJA 5OYYA 1XDHA 2ZHRA 5OZEA 4I0EA 4RRNA 4FAFA 4RVJA 2IS0A 3RTNA 4FSLA 1APWE 4Y5GA 5OZNA 4AMTA 2Q3KA 3O9HA 5P1AA 3FSMA 5P34A 4Y35A 5P3GA 4OBZA 2QNNA 5I3VA 3CMSA 2JJIA 1FKNA 4J5JA 3TPJA 1T6GA 2J9KA 5P5EA 1EEDP 1ENTE 1ZJ7A 2IKUA 5P51A 2VIZA 3K1WA 3ZPSA 1YG9A 5SZ9A 3D20A 2AOHA 3OU1A 3RTHA 5P49A 2UY0A 3BUHA 5P2RA 1SDVA 4I8ZA 1AIDA 5P89A 1SGZA 5P2MA 2OF0A 4Y44A 5P2CA 5P5VA 4B1DA 4MC1A 4HDBA 2AZBA 5P5WA 1IVPA 3R0YA 2XFKA 1XL5A 5P2IA 5P6ZA 3O9EA 4I11A 4FAEA 5P4SA 3LZUA 5I70A 3T7XA 1XN2A 2QD8A 5SY2A 3Q4BA 5OZUA 4I0GA 4ER4E 2PK5A 2RENA 4HE9A 1IZEA 1K1UA 3GGAA 1LYWB 4J17A 2QU3A 5AH6A 5P6RA 1AVFA 5P2HA 3R1GB 2R3WA 4QJ2A 3S2OA 1QRPE 3IVIA 5P0YA 3EXOA 5P2AA 3UHLA 5IE1A 3SKFA 2G1RA 1RPIA 5P1ZA 2AVOA 5P3ZA 4HDPA 2O4SA 3LIQA 2OHPA 1ZAPA 5SY3A 5KR8A 3SA3A 1SMRA 5P1OA 2QI4A 3I6OA 2P3AA 5P79A 5P4RA 3TNEA 2I4DA 2VIJA 3ZKMA 1B11A 2QK5A 1T6EX 4Y5AA 3OOTA 1HVJA 4DQCA 5P3VA 2PSGA 4DJOA 5P7KA 5P82A 2BQVA 4FRIA 1BXOA 3D1YA 4GJ7A 4Z2ZA 2HAHA 5P1GA 1VIJA 1GVTA 5P81A 2QZXA 5P08A 1GVVA 2VA5A 1EPQE 4OD9B 3NU4A 1HTEA 5IVQA 4OBFA 4EWOA 1PSOE 4GYEA 2AOGA 2H6TA 4Y4JA 4CKUA 5PEPA 3DCRA 5OYVA 5P5NA 4ZSMA 4LXMA 1F34A 3KA2A 3SPKA 4Y37A 1FLHA 5P2WA 5P8TA 2O4LA 5P2UA 5KR0A 2Q63A 5P1DA 2QNQA 4Y5BA 4FGXA 4R8YA 1XS7D 5P3MA 2P3BB 1APTE 3QVIA 1WBMA 1GNOA 2OHQA 3K5FA 3GGVA 4RCDA 1E5OE 5OZSA 5OZKA 5P6UA 2BPZA 1K6TA 5P66A 1QBRA 5P0MA 3OY4A 2AVMA 3L5DA 1T3RA 3KMXA 1QBSA 5P2EA 5P52A 5P83A 1FB7A 4Y3WA 1G6LA 3TOFA 3NUOA 5P2JA 1RL8A 3IN3A 4J1KA 1HTRB 3DUYA 5P28A 5P8RA 5C9FA 5P7NA 2QI1A 5P6XA 2IL2A 3PMYA 5P8LA 2QI7A 5P6FA 5P4KA 1DP5A 2QHCA 1SMEA 1RV7A 1FG6C 1D4HA 2AZ8A 2BB9A 4Y38A 5P7EA 3RVIA 2VNMA 4RROA 5OZMA 5P7IA 1BILA 2P3DA 4LC7A 5P6AA 1LV1A 3PGIA 1TCXA 3KFSA 4PZXA 4Y3AA 5P87A 3QBHA 3SABA 5P48A 4OD9A 2PQZA 1JLDA 1EPRE 3S85A 4HVPA 1Z1RA 4DJQA 5CONA 2F3KA 3IXKA 1YM4A 1EC2A 5P1CA 1LS5A 2RKGA 1MRXA 5COKA 5P4WA 1TSUA 3O9GA 5P3UA 5P2LA 5P63A 4PHVA 5P69A 3GI6A 3LITA 5OZRA 2V0ZC 5OYUA 2NXDA 2R3TA 5P1RA 3NU6A 5KR2A 4B77A 5P60A 1IBQA 4KB9A 4EPJA 3F9QA 4I0IA 5P2FA 1HPSA 5P5QA 2P8HA 2OAHA 3HDKA 5OYTA 5P4IA 4Q5MA 3QRVA 4NJVA 4Y3DA 3INDA 2F80A 3NSHA 1IDAA 5OZ1A 1G0VA 1A30A 3LPKA 4DPFA 5P0VA 4ACUA 3LIVA 1A8GA 1U8GA 3DOXA 1YM2A 4DPIA 4EHCA 3HAWA 2VJ7A 3O9AA 5P1YA 4RYGA 1YTGA 3PSYA 4RCFA 1C6XA 2XFJA 2WEAA 1UH8A 5EZXA 5P7FA 5P6QA 1T7IA 3NDXA 4YCYA 3PWMA 1YX9A 3PVKA 2EWYA 3GW5A 5P7BA 4Y56A 1ZTZA 7HVPA 3K4VC 2OHTA 5P5KA 2QZLA 3OK9A 5P4XA 2FXEA 3KT5A 1MSMA 3DCKA 1ZP8A 2ZHSA 2I0AA 5OZ6A 4LP9A 5P44A 4AZYA 5OYSA 2VIYA 3NXNA 3IA9A 5P0PA 4KE0A 4EJKA 1EBZA 5F01A 1FMXA 3CIBA 3VYDA 4ER2E 2B42A 4Y50A 1Z8CA 2WF4A 1TZSA 1MEUA 4I0ZA 1FMBA 3BGCA 5P6JA 2PSUA 4I0JA 1BIMA 1IZDA 4Z50A 5P3CA 3S43B 3OADA 3WB4A 1D4KA 2Q5KA 4D83A 3K5GA 5HDVA 5P0NA 5OZWA 4N00A 4JECA 3ZPTA 1KJ4A 5OZBA 5ER2E 4B78A 4J0PA 5P53A 4GJ6A 2HB3A 3PSGA 3BXSA 4XX3A 5F00A 1BAIA 4K8SA 3CKTA 1PPLE 4J0YA 2HS2A 1UPJA 2ZYEA 3OUBA 4Y58A 1W51A 5KAOA 4LHHA 4Z4XA 4ZLSA 4EJLA 4Y5MA 3GI0A 2IKOA 3Q5HA 3CIDA 5AH8A 5P5DA 3PLLA 3OUDB 2ZHUA 2Q54A 5P42A 5P6DA 4GJAA 3L59A 5COOA 7UPJA 6FIVA 3LZSA 5DR0A 3H5BA 3SA9A 4FL8A 3SA6A 2ZJNA 2VA7A 5P6VA 5P6YA 4TRWA 2PH6A 1B6JA 1HPOA 5JFUA 4OBZB 5P7GA 3SM2A 4DH6A 3UFNA 3EM4A 2IDWA 4IVTA 2IGXA 5JG1A 2HPFA 1XN3A 4R95A 1RQ9A 5P64A 3EKVA 3OXXA 5P86A 4FM6A 2OHMA 2ER9E 3I8WA 1IDBA 4M8XA 4CPRA 1W5XA 3VV6A 2B7ZA 3QS1A 5P7XA 2G1YA 2ZJLA 3KFNA 4ZIPA 3C9XA 5DR4A 2V16C 5P7TA 5KQXA 5P61A 4L7HA 5P32A 3URIA 1QBTA 3TOHA 5OZVA 3INEA 2ER0E 5P10A 3VSWA 1HXWA 1IIQA 4J1HA 4JPEA 3VYEA 2QI5A 4Y5KA 5P7OA 2NXLA 3LZYA 3TPRA 1BBSA 4B70A 2P3CA 3S54A 1BV7A 4FM7A 3ZKXA 1FG8C 4Y4GA 3PM4A 5P47A 4Y5EA 3UQPA 4I10A 1MPPA 5P57A 3ER5E 5OZ2A 5OZ8A 5KOSA 3KFPA 3D1ZA 4ZEAA 1UH9A 3PCWA 5P5BA 3KFRA 4GJCA 3KF0A 5P05A 5P78A 1ODWA 1EPNE 4Y41A 2G94A 5P0CA 1IVQA 4RLDA 5COPA 3CICA 1EPLE 1IZIA 8HVPA 5DQ5A 5P67A 1LEEA 1PROA 2HB2A 3S45A 4RZ1A 3K4VA 1F7AA 3OXCA 2ZJHA 5P85A 5P1IA 3N3IA 5BRYA 1GVXA 5P0ZA 3WB5A 1G35A 5P73A 5DR8A 4APEA 2WF1A 1HRNA 3BUGA 1N49A 1PSAA 1W5VA 3PWRA 5P01A 3INFA 2APRA 3QIHA 5DR3A 1KJ7A 2ZJMA 3LPJA 4Y3FA 3OTSA 5HU0A 3SA8A 4LBTA 4YD3A 5OZAA 5P2NA 3PB5A 4NPUA 3K5DA 3KDDA 4H1EA 3S7LA 1K1TA 4ZE6A 2V11C 2R5PA 5P0GA 5P0AA 5AHAA 1FGCC 3QAAA 1YTIA 1MT9A 3G72A 5P1NA 4BELA 2A4FA 5P3WA 1OEWA 2F3EA 2I0DA 3IGBA 3KN0A 4Y4EA 1MIQA 5P5TA 4Y3RA 3R2FA 5P0KA 2VJ6A 3TKGA 4YOBA 3SACA 5P2ZA 3D3TA 1BDQA 5P7SA 2F81A 4GIDA 2JXRA 2R43A 5OZ0A 2WEDA 3MSJA 2FNSA 3L5EA 1FQ7A 3UQXA 5P4LA 1EC0A 1CZIE 5P8KA 3SA5A 5P4ZA 1EPME 3NWQA 5P7AA 1EBYA 2HPEA 1UH7A 2G1OA 4I0HA 3PHVA 4J54A 5HU1A 1MTRA 5P5MA 4Y5PA 2AODA 3T6IA 4J1EA 2WF2A 5CLMA 2NPHA 3NWXA 5P3OA 3WZ8A 2OHLA 2J9JB 3BC4A 4Y3GA 4EP2A 6APRE 4Y3ZA 1W5WA 4DJYA 1HWRA 1SIPA 2AVSA 5P2BA 4DQBA 1C70A 4LXAA 4Y3YA 1FQ6A 5P38A 2Q55A 4Y4BA 1D4JA 1T7KA 3RTMA 2WECA 2FMBA 4GJDA 2FLEA 3GGXA 4K4QA 1FQXA 1XE6A 4PZWA 2G1SA 2FIVA 1M43A 3IXJA 5P40A 1E82E 3OHHA 1B6MA 4Y3MA 2PMAA 5P8SA 3ZPUA 5I3XA 4DJRA 3KYRA 4TVGA 9HVPA 2FDPA 4GJ9A 5P09A 4YDFA 5P2SA 1TW7A 2B7FA 1HEFE 2VNNA 4FLGA 3HVGA 5P75A 4DQEA 5OZXA 1SDUA 5P7QA 3ST5A 5OZIA 3APRE 4QJ6A 5P0BA 2OHNA 4COEA 5ENKA 5P4BA 4FIVA 3VV8A 3O9FA 4KUPA 1OHRA 1TCWA 5DR1A 4HLAA 3S56A 4YD5A 4JOOA 3OQFA 3T3CA 4WTUA 2AOEA 4Y4ZA 4CPWA 5HCTA 2AVQA 2NTRA 4Q1WA 3FIVA 3UF3A 4FRJA 3ZKNA 1ZLFA 3BHEA 3DJKA 2FDDA 5P1UA 5P4UA 1B6LA 2QNPA 2J9JA 4Y9WA 4UPJA 2I4UA 1BWBA 3UDJA 1TSQA 1ER8E 4Y5LA 1HSHA 4AUCA 3CYXA 5HDUA 2QAKA 2H6SA 4Y43A 3FNTA 4QJ9A 4J55A 3OQDA 4Y36A 4M8YA 4Y6MA 2NR6A 3LNKA 3JW2A 5P3IA 1BVEA 3BRAA 4B0QA 5P35A 2OHKA 5AHCA 1FQ5A 2CEJA 2V00A 4Q1YA 4JP9A 4Y45A 2HS1A 1TQFA 3AIDA 4Y4AA 5P2XA 2FGVA 5P2DA 4YA8A 1A9MA 3UDNA 1GVWA 2VJ9A 1AZ5A 3NYGA 5P1SA 2OHSA 2G24A 4K4PA 5I3WA 5P46A 1ODXA 2AIDA 4R93A 3ZLQA 3KMYA 3L5BA 1PPKE 3EBZA 3OADB 2ASIA 4RCEA 3OGPA 3OHFA 2QHYA 3OQAA 5P4FA 4D89A 3EL9A 5P8QA 5DQ2A 3OXWA 5P5HA 4YBFA 1A94A 4YHQA 1HSGA 3ZKQA 2QMDA 1NH0A 1D4SA 4J1IA 1MRWA 3PLDA 4CPUA 3OQ7A 3G70A 3UQUA 5P0UA 1HVLA 2ER6E 5P0TA 2PH8A 5P8FA 5P4GA 2ZJKA 5P0IA 3Q70A 5P1VA 5B18A 5P7LA 1MUIA 4NJTA 3PRSA 5P76A 3QRMA 4R5NA 5OZZA 4BEKA 5BWYA 1MESA 5P7PA 2NNKA 4ACXA 1HTFA 2QU2A 5P0XA 4ER1E 2OHRA 2A1EA 4CPTA 5P6HA 5P4QA 3ZMGA 3I2LA 3VF3A 2ZGAA 2AVVA 4FSEA 4YBIA 2QMPA 5P5CA 4Y4WA 5J25A 3DK1A 2NNPA 4D88A 4F75A 1C6ZA 1ME6A 5P55A 3IXOA 4QJ7A 3O9LA 2BPVA 2Z4OA 1FEJC 2WF0A 3URJA 1DMPA 5P8HA 1SDTA 5UPJA 1NPVA 5P1TA 2VIEA 3DV1A 4Z22A 5OZ3A 4J0VA 2WF3A 5P62A 5OZ7A 3UTLA 5P5XA 5P88A 2QZKA 5P39A 3LZVA 2VKMA 3TTPA 1ODYA 4JPCA 1BV9A 3HZCA 5P7VA 2F3FA 4Y48A 2AOCA 3OUAA 5P1XA 1Z1HA 1AM5A 4L7JA 5P5FA 3MXEA 5OZOA 5P4EA 2O4NA 3ECGA 1KJGA 4OBKA 5P4JA 3UDPA 4KE1A 1KJHA 1K6CA 4Y47A 2QHZA 2G27A 5IS4A 5P18A 5P8DA 3VCMA 5AHBA 4Y53A 2WHHA 5P50A 3RSVA 2PWRA 1AXAA 4LXKA 2AQUA 5P58A 5SXNA 1META 3PI0A 3EKPA 2V12C 1RNEA 2AOIA 4GZFA 1LYAA 5P3YA 3I7EA 4DFGA 3CYWA 5P15A 1EPOE 5P7MA 3EKYA 1ZPAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DUS A;  1W5Y A;  1GKT A;  3OAG A;  3OU1 B;  5P6K A;  4F76 A;  2IEO A;  5P5J A;  3SA7 A;  5DPZ A;  3UFL A;  2G22 A;  2Z54 A;  2WKZ A;  1B5F B;  1YTJ A;  3B80 A;  5P4Y A;  4OBG A;  2I4X A;  1ZSR A;  1E80 E;  4DI2 A;  2FNT A;  3OOZ A;  5P84 A;  5P5L A;  2NMY A;  4AA8 A;  1HVS A;  1DPJ A;  3U7S A;  5I3Y A;  5JOD A;  3S43 A;  1MT7 A;  1XE5 A;  5P41 A;  3NR6 A;  5P3S A;  3OXV A;  4Q1X A;  3WZ7 A;  2F8G A;  5P8B A;  4ZPF A;  3ZKG A;  4Y3X A;  4GB2 A;  2RSP A;  1HPX A;  5P0H A;  3SM1 A;  1C6Y A;  1SIV A;  1HSI A;  2G69 A;  5P2Y A;  4EJ8 A;  5OZ5 A;  5P0L A;  3QI1 A;  2RKF A;  3OUC A;  3TKW A;  1D4I A;  4D8C A;  5P1M A;  5P5A A;  4MC9 A;  3UDH A;  2PWC A;  3U6A A;  2WEZ A;  5P1K A;  5P4M A;  2B8L A;  5HE7 A;  4Y39 A;  2QMF A;  3QRS A;  3UDR A;  3OUD A;  4RVI A;  3NUJ A;  5OYY A;  1XDH A;  2ZHR A;  5OZE A;  4I0E A;  4RRN A;  4FAF A;  4RVJ A;  2IS0 A;  3RTN A;  4FSL A;  1APW E;  4Y5G A;  5OZN A;  4AMT A;  2Q3K A;  3O9H A;  5P1A A;  3FSM A;  5P34 A;  4Y35 A;  5P3G A;  4OBZ A;  2QNN A;  5I3V A;  3CMS A; 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 1UH8 A;  5EZX A;  5P7F A;  5P6Q A;  1T7I A;  3NDX A;  4YCY A;  3PWM A;  1YX9 A;  3PVK A;  2EWY A;  3GW5 A;  5P7B A;  4Y56 A;  1ZTZ A;  7HVP A;  3K4V C;  2OHT A;  5P5K A;  2QZL A;  3OK9 A;  5P4X A;  2FXE A;  3KT5 A;  1MSM A;  3DCK A;  1ZP8 A;  2ZHS A;  2I0A A;  5OZ6 A;  4LP9 A;  5P44 A;  4AZY A;  5OYS A;  2VIY A;  3NXN A;  3IA9 A;  5P0P A;  4KE0 A;  4EJK A;  1EBZ A;  5F01 A;  1FMX A;  3CIB A;  3VYD A;  4ER2 E;  2B42 A;  4Y50 A;  1Z8C A;  2WF4 A;  1TZS A;  1MEU A;  4I0Z A;  1FMB A;  3BGC A;  5P6J A;  2PSU A;  4I0J A;  1BIM A;  1IZD A;  4Z50 A;  5P3C A;  3S43 B;  3OAD A;  3WB4 A;  1D4K A;  2Q5K A;  4D83 A;  3K5G A;  5HDV A;  5P0N A;  5OZW A;  4N00 A;  4JEC A;  3ZPT A;  1KJ4 A;  5OZB A;  5ER2 E;  4B78 A;  4J0P A;  5P53 A;  4GJ6 A;  2HB3 A;  3PSG A;  3BXS A;  4XX3 A;  5F00 A;  1BAI A;  4K8S A;  3CKT A;  1PPL E;  4J0Y A;  2HS2 A;  1UPJ A;  2ZYE A;  3OUB A;  4Y58 A;  1W51 A;  5KAO A;  4LHH A;  4Z4X A;  4ZLS A;  4EJL A;  4Y5M A;  3GI0 A;  2IKO A;  3Q5H A;  3CID A;  5AH8 A;  5P5D A;  3PLL A;  3OUD B;  2ZHU A;  2Q54 A;  5P42 A;  5P6D A;  4GJA A;  3L59 A;  5COO A;  7UPJ A;  6FIV A;  3LZS A;  5DR0 A;  3H5B A;  3SA9 A;  4FL8 A;  3SA6 A;  2ZJN A;  2VA7 A;  5P6V A;  5P6Y A;  4TRW A;  2PH6 A;  1B6J A;  1HPO A;  5JFU A;  4OBZ B;  5P7G A;  3SM2 A;  4DH6 A;  3UFN A;  3EM4 A;  2IDW A;  4IVT A;  2IGX A;  5JG1 A;  2HPF A;  1XN3 A;  4R95 A;  1RQ9 A;  5P64 A;  3EKV A;  3OXX A;  5P86 A;  4FM6 A;  2OHM A;  2ER9 E;  3I8W A;  1IDB A;  4M8X A;  4CPR A;  1W5X A;  3VV6 A;  2B7Z A;  3QS1 A;  5P7X A;  2G1Y A;  2ZJL A;  3KFN A;  4ZIP A;  3C9X A;  5DR4 A;  2V16 C;  5P7T A;  5KQX A;  5P61 A;  4L7H A;  5P32 A;  3URI A;  1QBT A;  3TOH A;  5OZV A;  3INE A;  2ER0 E;  5P10 A;  3VSW A;  1HXW A;  1IIQ A;  4J1H A;  4JPE A;  3VYE A;  2QI5 A;  4Y5K A;  5P7O A;  2NXL A;  3LZY A;  3TPR A;  1BBS A;  4B70 A;  2P3C A;  3S54 A;  1BV7 A;  4FM7 A;  3ZKX A;  1FG8 C;  4Y4G A;  3PM4 A;  5P47 A;  4Y5E A;  3UQP A;  4I10 A;  1MPP A;  5P57 A;  3ER5 E;  5OZ2 A;  5OZ8 A;  5KOS A;  3KFP A;  3D1Z A;  4ZEA A;  1UH9 A;  3PCW A;  5P5B A;  3KFR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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