5I3YA

Crystal structure of bace1 in complex with aminoquinoline inhibitor 9
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
387
structure length
369
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 369
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3yA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3yA02
4J1HA 4B05A 2ZHVA 4ZPEA 5OZ5A 2VIZA 3UQUA 4LC7A 3KMYA 4BEKA 2V13A 2V11C 5OZZA 3SA4A 9HVPA 4Y3WA 4I0HA 3PI5A 5P3BA 1K6TA 5DPZA 3I8WA 4FSLA 4M8XA 5P4JA 5KQZA 1QS8A 4GJ6A 5P77A 5P05A 5P8PA 2VIEA 5P3UA 5P53A 5P5VA 3NU5A 4Y37A 3NDWA 1AJVA 3WSJA 4J5JA 5P6GA 1YM4A 1WKRA 2VJ6A 2I4UA 1ZLFA 4Y5LA 3DCKA 2WEZA 5P6SA 5P88A 4RZ1A 5P7XA 3OGQA 5P6CA 3M9FA 5P8IA 3VF3A 5P37A 3TOFA 3LPIA 2XFKA 1F7AA 1GVTA 1EAGA 3D91A 1UH8A 1XL5A 3SKFA 5P01A 4Y4WA 4YDGA 5P7RA 4EP3A 3VV6A 4EQJA 3A2OA 3PB5A 2RENA 5P1FA 5P5ZA 2G1SA 6APRE 5P26A 4FLGA 3FSMA 4Y3DA 1BBSA 5P04A 5OZ9A 4MC9A 3S85A 3SA7A 2ASIA 3HDKA 3OU4A 5OYZA 2NMYA 2RMPA 3TTPA 3KFNA 3OUBA 5P8EA 2SAMA 1WBKA 2BQVA 5HDVA 2P3BA 2HAHA 2R8NA 5P5OA 3S2OA 5P41A 3ZPSA 2G1OA 2QMPA 1HEGE 3I6OA 5OZCA 5P1OA 3OXCA 3VCMA 4B1CA 5P0EA 5P6OA 5P60A 1E81E 2OHMA 3DJKA 2AOEA 1DIFA 4DJXA 4B70A 3UHLA 5BWYA 3KA2A 5P5YA 4Y3GA 1Z1HA 1EC3A 1IZHA 4EXGA 1YTGA 4FSEA 3SLZA 5DR4A 5I70A 2PYNA 3CICA 4OD9A 5OZ6A 1HVRA 5OYRA 1QBUA 4BFBA 3PLLA 1K6VA 2J9JA 5P8JA 2P8HA 1A8KA 1SMEA 5P1UA 3VF7A 5P11A 3EKQA 1SP5A 3ZLQA 1HPXA 4CKUA 5P4CA 1Z1RA 1EPOE 4LP9A 1XE6A 2QI0A 1W5WA 2CEMA 5KOQA 4FRJA 3NXEA 4OBJA 4MC1A 2OF0A 2P3CA 3SA9A 5P7EA 2ZHSA 2O4SA 5P1AA 1FFIC 1NPVA 4RROA 1LYWA 5P7LA 5P8OA 5P10A 6FIVA 5P6YA 5OYYA 5P3YA 2QAKA 5KR8A 2HPFA 1SGZA 5P1MA 1ODXA 2WF3A 4I11A 5P3DA 1XN2A 4AA9A 5P43A 1SIPA 1RL8A 1TSUA 2WHHA 1MRWA 1EC1A 4OC6B 3PI0A 5P89A 3ZL7A 2F3EA 3EBZA 4I1CA 2VKMA 3PCWA 4UPJA 1B6KA 5P09A 1BIMA 2OHRA 3OK9A 4A6CA 1T7JA 5P84A 3OU3A 3S7MA 4DJPA 4I12A 1IDBA 5AHAA 1G6LA 4ZSPA 5P2DA 2BKSA 3IXOA 2AODA 2J9JB 3TH9A 4JPCA 1PPME 2BBBA 1ZPKA 3KFSA 5P64A 4XKXA 3DUYA 1HOSA 4ZSMA 5P0MA 3L5EA 1XL2A 3NDUA 2NXLA 3OGPA 1AIDA 3PM4A 3ZKSA 4Y56A 3HBOA 1HVHA 5P33A 4AZYA 5P3AA 2VIYA 5TOLA 5P1RA 2QD6A 4Y3YA 5P4ZA 3PHVA 3BHEA 5P0FA 4NPTA 3EKYA 3RTNA 3K5CA 1EC2A 5OZTA 4I8ZA 1LYWB 5P5NA 1T7KA 5P2FA 4ZSRA 3NU4A 3R2FA 5DQ5A 1PSOE 1PSAA 3BVAA 2BPXA 5P65A 4DQGA 3H0BA 4Y44A 5P1NA 5P5QA 4EPJA 2IGXA 4Y4JA 1LZQA 4Z50A 3NSHA 4DQFA 1LV1A 3CKTA 1IDAA 2ZHUA 5OZPA 1G2KA 1RNEA 1HVKA 3KT5A 3MXEA 4AA8A 4EXHA 1C70A 5E5KA 2PQZA 5P5CA 3UQXA 5C9BA 3GW5A 3RVIA 2FDEA 4FGXA 4Y3AA 2OHUA 2Q54A 5P08A 5P80A 5OZWA 3FNTA 5P50A 5P6MA 3ZOVA 3KMXA 2OHKA 2G21A 1META 5P17A 5APRE 4Y5CA 1EPNE 2B7ZA 2RKGA 4FL8A 5OYUA 5P0PA 5P39A 1AVFA 2NTRA 5P4WA 3SA3A 5P14A 2JJIA 4WY6A 2QHZA 3CIDA 3MXDA 2R5PA 1OEXA 4CPSA 4ER2E 2VNMA 3UDNA 2RSPA 2FGVA 5I3WA 2V16C 2I4XA 4YD4A 1QBTA 3T7PA 2FDPA 3O9FA 3FIVA 3LIXA 1TCXA 4U7QA 4DPIA 4FRIA 2O4KA 4L1AA 5BRYA 5P42A 1SMRA 2Z54A 4Y5PA 4Y5GA 2G1RA 4FE6A 2O40A 5OZMA 5DQ2A 2Z4OA 4EP2A 4DJRA 1HVJA 3R4BA 1W6IA 1VIKA 4CPWA 4Z22A 5P5DA 5P0HA 2QI5A 5EZZA 5P1ZA 5OZUA 2P3AA 3TLHA 3LPKA 3QS1A 4LBTA 4Y3XA 5OZGA 4DPFA 3VV7A 2PWCA 2VJ7A 1ZJ7A 2Q15A 5P51A 4DJOA 5OZDA 2P3DA 5P40A 2QI3A 1FMBA 5HD0A 1EPQE 1FF0C 4I8WA 2G20A 4QJ8A 5P5UA 1EPPE 3TOHA 3RSXA 5OZXA 3CKPA 1SIVA 5IE1A 5HDXA 2PK6A 2IRZA 2ER6E 4Y5KA 3SFCA 1SDVA 4QJ2A 1KJGA 2AVMA 1JLDA 3D1XA 4LL3A 3VUCA 5P4PA 2I0AA 2OHSA 4KE1A 2XFIA 5P32A 4YOAA 3GGUA 1MTBA 1HPOA 1FGCC 3O9DA 3NLSA 5P6JA 1QRPE 2Q11A 2IEOA 2ZYEA 4LAPA 2CEJA 3DV5A 5T4SA 2QD8A 1LEEA 1FFFC 1HPVA 4GJCA 1D4LA 4L1AB 4KUPA 2XYEA 3BXRA 4DQHA 4J0PA 5P68A 1B6JA 2ZHRA 2XYFA 3URJA 3PSYA 1AM5A 2HIZA 3GI6A 4H3JA 3INFA 5OZQA 4Q1NA 5DQ4A 5P0UA 3N3IA 4Y3QA 3OQDA 5P4TA 4NKKA 3OADA 7UPJA 5P86A 2WECA 4GJBA 1EPRE 1FKNA 1HHPA 2PMAA 5OYQA 1APUE 5P3EA 4Y41A 5P8RA 5B18A 3F9QA 2ER0E 5P6VA 2PH8A 3ST5A 3KM4A 5P5WA 5OZIA 2HC0A 3B80A 3PBDA 1CZIE 4NPUA 5P7PA 4Y3HA 5P0QA 2BB9A 4PZXA 3LIQA 4DJUA 5P6TA 2ZJNA 2NPHA 3APRE 3EL0A 1LF2A 4RYCA 3KN0A 3O9IA 1BDQA 2VNNA 2B60A 1LYBB 5P2UA 2HB3A 3NDTA 4JOOA 5OZ4A 5P2GA 1W6HA 5P58A 3ZPUA 5CONA 5P1LA 3S54A 3QVIA 2ZDZA 1FQ5A 3KT2A 2QMFA 4B77A 1M4HA 1YTIA 4Y3LA 2QI7A 4Y35A 1A94A 2NNPA 1EBKC 3FNSA 3MWSA 3BGCA 3OQAA 4J1KA 3WZ8A 3O9BA 4MC6A 5DQ1A 1HBVA 3GGVA 4H3FA 1GNNA 1DMPA 5P4OA 4AUCA 1FQ7A 3S7LA 3ZKIA 5P5JA 5P3FA 3BUGA 2A4FA 3HAUA 1PFZA 4Y36A 5P5EA 3SKGA 3FNUA 5P24A 1OEWA 4ACUA 4Y3RA 1OD1A 4J17A 5P5LA 1CMSA 4DQCA 3MSJA 3HW1A 4IVTA 4D8CA 5P2HA 5KAOA 5OZKA 4DI2A 1UH9A 2O4LA 4R93A 3KFPA 4HZTA 3GI4A 1DPJA 3IVHA 5P30A 5P1IA 2QU2A 5P3MA 4NJTA 5P7TA 4ER4E 5IVTA 3CYWA 5P8SA 4FM8A 4OBKA 1LF3A 5SY3A 5HE7A 5P5GA 3NWQA 4OBGA 3L5BA 5P5SA 1D4YA 1TW7A 4HE9A 3INHA 5P8KA 3CYXA 4B00A 4PEPA 3B7VA 2QU3A 4CPQA 1NPWA 4Y57A 5P70A 4BELA 3EL4A 3DOXA 1AZ5A 2QMDA 4CPRA 2F80A 1GVWA 5P1PA 3I25A 2MIPA 2UPJA 4YDFA 5P6PA 5P2AA 4D88A 1FQXA 2I0DA 3U7SA 2RKFA 5P4HA 5P76A 2O4NA 4Y51A 5P03A 1ZSFA 5P36A 5I3VA 4EJ8A 1B6MA 2AVVA 4K4QA 3ECGA 2NR6A 3SAAA 4R95A 5P6XA 1IZIA 2ZJHA 1MESA 5DQCA 2AZBA 4YD7A 5P4AA 5P22A 5HCOA 1EC0A 4E43A 2FDDA 5COOA 5P3JA 2HPEA 5P71A 5ISKA 4BFDA 5P62A 3KFRA 3K4VC 3VF5A 1G35A 3AIDA 1QBSA 4Y4XA 3L5CA 4Y5NA 1A9MA 4J55A 5DR0A 2G69A 2ZJJA 2ZJMA 3C9XA 4Y3MA 3KDDA 2I4VA 2WEDA 3K5FA 4DQBA 5ENMA 5I3XA 5OZVA 2OHTA 3O9AA 5P78A 4Y3SA 5P87A 3OXXA 4YE3A 4FRKA 1BV9A 3LZUA 5OZNA 1XE5A 5P1HA 5P6NA 2QK5A 2G27A 3EMYA 4NJUA 3OU4B 5P35A 1N49A 5COPA 1BXOA 3QAAA 3NXNA 5P18A 2HB2A 3OHFA 3QBFA 4FIVA 2A1EA 5P5TA 3PGIA 4XXSA 5SY2A 5P66A 2OHQA 3IGBA 2P3BB 1FMXA 1ZTZA 4YD5A 1M0BA 3S43A 5HE5A 2WEAA 3UDHA 3ZKNA 5P2IA 1E82E 4COEA 5HU1A 4OBZA 3NU9A 5P52A 2QNQA 2OHPA 5P4YA 1KZKA 5SZ9A 4J0YA 4KE0A 5P5AA 4Y48A 2Q64A 5AH8A 4YCKA 1K1TA 3VLAA 3U71A 5OYWA 4OD9B 1IVQA 3K5DA 2PK5A 4ZE6A 2R9BA 4NJVA 2G22A 4DQEA 4I0EA 3OOTA 1MTRA 2Q55A 2QHYA 5P7YA 3HD8A 4HDPA 2Q5KA 4B0QA 5P55A 5P5MA 1FG6C 1HSGA 5P2RA 4I0IA 4CPXA 3PJ6A 4HA5A 1BV7A 1HVIA 4EHCA 1YM2A 1YTJA 5BS4A 5P6LA 3UF3A 4R92A 1TZSA 5OZ3A 3BUFA 4Y50A 2JXRA 1W5VA 5HDZA 5P56A 2OHLA 4Y9WA 5P4NA 1SBGA 1BDRA 1HVSA 3URLA 5KQFA 1QBRA 4GJ9A 2FXEA 1K6PA 1APTE 2VA5A 1PPKE 1ZAPA 3UDQA 4GMIA 5P7IA 2VJ9A 2OHNA 4J0VA 3UQWA 3UDYA 5P6IA 5KQXA 3QP0A 4K4PA 4Y4AA 4LXAA 5JFPA 5P7BA 3EKVA 3PSUA 3S43B 3PSGA 5OZHA 1F34A 1TSQA 1FG8C 3BC4A 3TL9A 1KJFA 3OQKA 2H6SA 5P3SA 5P4SA 4TRWA 3G70A 1EPME 2AOFA 4GYEA 1J71A 5OZOA 4ZEAA 3UPJA 4AMTA 4YD6A 3S45A 1FEJC 4EJDA 3WB5A 2APRA 1W51A 2Q63A 4YCTA 5P1CA 2ZJKA 5KR1A 2FIVA 2BJUA 3L3AA 2AOJA 4WTUA 3QIHA 5P7AA 5P8LA 1SGUA 3EL1A 2WF2A 4J1IA 4Y3FA 2JJJA 4F73A 4Y3ZA 1BXQA 5P3KA 4DJQA 5P8AA 1ODWA 3LIZA 1HXWA 4I0FA 2EWYA 4OBFA 3O9EA 2B7FA 3SM2A 3IXJA 3Q6YA 4QJ7A 5P7KA 1YX9A 5P45A 1ER8E 4D89A 5P59A 1Z8CA 1K2BA 1PPLE 2ZJLA 3FV3A 5OZ7A 3OXWA 5P3XA 1HTRB 5OYVA 4DFGA 5OZ1A 4PHVA 3PRSA 5P2TA 3LPJA 3IVIA 3WZ6A 3IA9A 4FAFA 5P7NA 4Y53A 4I0DA 1SDUA 5P4FA 4Q1XA 4FCOA 3LINA 4RLDA 3U6AA 3PWWA 3VSWA 2FS4A 4QJ6A 2WF1A 5IVSA 5P57A 2G1YA 2VA6A 4QGIA 3LIVA 4YD3A 2VIJA 2WF0A 4MC2A 4DVFA 3HZCA 2ANLA 5P8GA 5IVRA 5P4DA 4I10A 4EJKA 5ER2E 2R43A 4Y4TA 4Y6MA 4EQ0A 5P46A 5JODA 3O99A 1ODYA 2FGUA 1MPPA 2QMGA 4Y47A 5P2SA 4Q1YA 5ISJA 3D1YA 3K1WA 5P0TA 5P0XA 3GGXA 1YT9A 1FIVA 1HTGA 2HB4A 4GJ7A 5P4GA 1C6YA 5P31A 3O9LA 4Y5MA 3OWNA 1TCWA 3VV8A 1NH0A 5P4IA 3I7EA 5FIVA 1CPIA 5P3OA 3ZKQA 5P49A 5P72A 5P1VA 3LIYA 1T7IA 2QHCA 2V00A 4DJVA 5P6ZA 2BPYA 4Y4ZA 5P7ZA 1APWE 1LYAA 1EPLE 5OZFA 3QI1A 5P07A 4Y39A 1KJ4A 5P5HA 2B42A 4APEA 3BVBA 5P0BA 3OTSA 3Q4BA 5P2OA 4ZSQA 3VEUA 3SA6A 1HWRA 5P6FA 4RCFA 5JG1A 3UDPA 5HU0A 2QZLA 5P8CA 3RU1A 3K5GA 2QZKA 3CIBA 3PMUA 4OBHA 1MVPA 5P54A 4R5NA 3MSLA 4Y4EA 3T3CA 2AOGA 5P0YA 3ZMGA 3QRVA 1FQ8A 5OZLA 5AHCA 5P69A 3NR6A 4J1CA 4F76A 1RPIA 1B6LA 1ZBGA 5P29A 3PVKA 5P7MA 5P0VA 1K2CA 2QD7A 3QROA 4HDFA 1FQ4A 1HIIA 5P8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1H A;  4B05 A;  2ZHV A;  4ZPE A;  5OZ5 A;  2VIZ A;  3UQU A;  4LC7 A;  3KMY A;  4BEK A;  2V13 A;  2V11 C;  5OZZ A;  3SA4 A;  9HVP A;  4Y3W A;  4I0H A;  3PI5 A;  5P3B A;  1K6T A;  5DPZ A;  3I8W A;  4FSL A;  4M8X A;  5P4J A;  5KQZ A;  1QS8 A;  4GJ6 A;  5P77 A;  5P05 A;  5P8P A;  2VIE A;  5P3U A;  5P53 A;  5P5V A;  3NU5 A;  4Y37 A;  3NDW A;  1AJV A;  3WSJ A;  4J5J A;  5P6G A;  1YM4 A;  1WKR A;  2VJ6 A;  2I4U A;  1ZLF A;  4Y5L A;  3DCK A;  2WEZ A;  5P6S A;  5P88 A;  4RZ1 A;  5P7X A;  3OGQ A;  5P6C A;  3M9F A;  5P8I A;  3VF3 A;  5P37 A;  3TOF A;  3LPI A;  2XFK A;  1F7A A;  1GVT A;  1EAG A;  3D91 A;  1UH8 A;  1XL5 A;  3SKF A;  5P01 A;  4Y4W A;  4YDG A;  5P7R A;  4EP3 A;  3VV6 A;  4EQJ A;  3A2O A;  3PB5 A;  2REN A;  5P1F A;  5P5Z A;  2G1S A;  6APR E;  5P26 A;  4FLG A;  3FSM A;  4Y3D A;  1BBS A;  5P04 A;  5OZ9 A;  4MC9 A;  3S85 A;  3SA7 A;  2ASI A;  3HDK A;  3OU4 A;  5OYZ A;  2NMY A;  2RMP A;  3TTP A;  3KFN A;  3OUB A;  5P8E A;  2SAM A;  1WBK A;  2BQV A;  5HDV A;  2P3B A;  2HAH A;  2R8N A;  5P5O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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