3HAUA

Crystal structure of chemically synthesized hiv-1 protease with reduced isostere mvt-101 inhibitor
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hauA00
1D4HA 1AZ5A 3OQKA 2BKSA 2NXDA 1E81E 1HIVA 3D20A 4DQBA 1FMXA 5HVPA 4RRSA 3DCRA 4FRIA 4K9HA 3OAGB 2O4LA 4FM8A 1HTGA 5P7UA 4J55A 5P1MA 2ZHTA 2HPFA 1MSMA 1A30A 2QI4A 5P1SA 2QHYA 1IDBA 4HA5A 4N00A 3DV5A 4DQCA 1XE5A 2G22A 5OZLA 3UDMA 2R5QA 2Q5KA 1EC3A 1HPVA 3HW1A 5P0XA 3TTPA 3Q6YA 3K4VC 1HHPA 3UQRA 4NPUA 5OZFA 5JFUA 2VS2A 2RSPA 3MSLA 3ST5A 4HDPA 3K4VA 4Y4XA 4ZSRA 1M43A 3SPKA 3LPKA 5P6SA 3LHGA 5P8QA 5DR1A 2FDEA 3EL5A 5P35A 1DMPA 1J71A 3SACA 5P6CA 2QHZA 2BPWA 4B1CA 5P0EA 3QPJA 3ZKGA 5EZZA 5OZMA 1C6XA 4Z50A 1KJ7A 2OHSA 2XFIA 4DUSA 2OHPA 3R4BA 4J1CA 2PK6A 3CMSA 4I12A 2PSGA 4FM7A 1IBQA 2HPEA 2IGXA 1LYAA 5P45A 5HDUA 3BUFA 1ZP8A 4AUCA 4I1CA 1PSNA 2RMPA 3T11A 4B72A 1HTRB 5P5JA 4Y5BA 4B00A 3OK9A 5P1DA 1G0VA 4OBZA 4GJBA 1XN3A 1QBUA 4CPWA 2WKZA 3VG1A 3EMYA 1EPRE 4Y53A 3APRE 3OUDA 2QMDA 3L59A 3TOHA 4L1AA 3IXOA 5P52A 5OZ4A 3EKWA 1OEXA 1K2CA 1ZPAA 4J1IA 5OZPA 5P5EA 2PYMA 3INDA 5P46A 3OUCA 1MIQA 2HB2A 1ZLFA 5P0NA 5P69A 4J17A 3EKTA 5P4TA 5OZIA 3M9FA 1MEUA 2BBBA 2IGYA 4FSEA 5P41A 5P34A 5P0VA 3RSXA 1G35A 2IQGA 3SM2A 1IZHA 1HIHA 5AH6A 3FX5A 3Q5HA 5OZ2A 3URLA 5ENKA 1CMSA 3S7MA 1TQFA 2QNPA 3EL0A 4YA8A 5OZXA 5BWYA 2ZYEA 4U7VA 1BDQA 5P8MA 3IN3A 3HBOA 3EBZA 4GJ7A 5P04A 1D4IA 5J25A 3VYDA 5P80A 3O9GA 5P2CA 3ZPTA 5P4BA 4YCYA 4DJWA 5OZQA 1T3RA 2NPHA 2IEOA 1SGZA 4F73A 3OU4A 1HBVA 5OZYA 1MRWA 1MTBA 4LAPA 5P36A 3BXRA 5P1HA 2PWCA 4DFGA 3N3IA 4QGIA 2ZJLA 5PEPA 1K6PA 1PSAA 4Y3GA 3PHVA 4YD6A 5P5IA 5P74A 1APVE 3PJ6A 2V16C 3TPLA 2MIPA 3UQPA 1IVPA 3UHLA 5P8LA 5P1AA 5P64A 5P7ZA 2OHKA 1KJFA 2F3KA 2AQUA 5P5VA 2QU3A 5P24A 2Z54A 5OZCA 5P4YA 5COOA 4GB2A 1W5YA 5P3WA 1E82E 5P5TA 5JFPA 3GI4A 5P8AA 1AJXA 3PI5A 1HRNA 3K5FA 4XX3A 5P2XA 3I8WA 3BGBA 3NWQA 2QZXA 5P0PA 3BUHA 3QBFA 4CP7A 3UDHA 2V10C 4R93A 4PZWA 5OYTA 1IZDA 4Y5EA 5B18A 1ZBGA 3IVIA 1QRPE 4M8XA 4JECA 3HAWA 3KDDA 4K4RA 4QLHA 3SA9A 1ER8E 5KAOA 3L5BA 4Y4EA 4B78A 5APRE 5P3AA 2ER7E 3KFRA 5KR2A 1UH9A 1T7IA 1B6PA 5P8OA 5P0TA 5P86A 3SA6A 5EZXA 3FNTA 5P3MA 5P5HA 5KQFA 5P83A 5P53A 4NJTA 3NU5A 1WBKA 2I4UA 4RYGA 4Y3RA 3WB4A 5OZ1A 5I3VA 1FQ5A 5P71A 5P13A 5P3CA 2OF0A 3ZMGA 4ACXA 5UPJA 2WEDA 2PH8A 4Y4ZA 4ZPFA 3U7SA 3OTSA 3VLBA 5P0IA 3S85A 5P15A 5P18A 1B5FA 2R3TA 1NH0A 4EP2A 2I4WA 1SIVA 1ODWA 4Y38A 4EJ8A 2XFKA 4Q5MA 5P5GA 6APRE 2G1NA 3HLOA 5P5RA 5P2KA 3TKGA 5P22A 1B6MA 5P2EA 3BC4A 5ISKA 4X7IA 1JLDA 2IKOA 4FLGA 5P6QA 5P6AA 1HTFA 1GNOA 2CEJA 5P7HA 5P33A 4B1EA 5P8PA 3OXXA 4FS4A 2EWYA 1EEDP 4NJUA 3VSWA 1YTHA 4H3IA 4J0YA 3PSUA 5P8IA 4EXGA 3SA3A 5P6IA 3BHEA 5DR8A 2V0ZC 2O4PA 2JYSA 5P0MA 5P7GA 2JJIA 2P3BB 3SM1A 4K8SA 3OHFA 1AIDA 3IA9A 1B6KA 1HEGE 2VIZA 2NMYA 3HDKA 3OU1A 2FDPA 4HEGA 3F9QA 4H3FA 5BRYA 3AUPA 5SY2A 1TW7A 5P0DA 2I4VA 4DV9A 3UDJA 2UXZA 3CKTA 4AA9A 5P81A 4NJVA 4F75A 5KQYA 5P67A 3LIQA 3PGIA 2B7FA 5P19A 2O4KA 4J0TA 3G6ZA 4KUPA 4Y41A 4Y3AA 2NXLA 2HAHA 3CIDA 4R95A 4R92A 3BRAA 1DP5A 5P3KA 4Y45A 3UQWA 3SA5A 5P60A 3PEPA 5P0OA 3QIHA 4AMTA 3OHHA 3QRSA 5P7XA 4I10A 5I3WA 1FF0C 3CKPA 3ZLQA 1RQ9A 6FIVA 4Y3ZA 4HE9A 3CKRA 4AZYA 2PWRA 4Y3TA 1IIQA 1HPOA 3QROA 4L7JA 1HVLA 5OYUA 2AVVA 5OZBA 3RTHA 2FNSA 3OADA 4J54A 1HVJA 5P17A 5P6RA 1DAZC 3D1YA 3L58A 1HTEA 5P7TA 3JVWA 2P8HA 4Y3QA 4APRE 3TLHA 3EL1A 1OD1A 4FE6A 2HIZA 5DQ2A 5P8HA 3BVBA 5P2QA 5P0BA 3R1GB 5P47A 2H6SA 5P6HA 2SAMA 5E5KA 3OQAA 5P7EA 3OAGA 5HE5A 3VV6A 5P5DA 5P8CA 5KOQA 2IS0A 5P2DA 2WHHA 1YG9A 3RU1A 3APPA 5P1RA 1K1TA 1QBSA 4YDGA 3KDBA 5P5MA 3TPRA 5P7JA 4OBDA 1A8GA 5OZVA 5P2YA 4DQHA 3NLSA 2Q63A 1D4KA 1HSHA 1BWBA 5P88A 5SY3A 4Y3XA 4CKUA 1YT9A 1BBSA 1YTGA 2WJOA 4FSLA 3NR6A 3NUJA 1OHRA 4Y3JA 4EJDA 5P4LA 1N49A 4PYVA 5P49A 3PWWA 2Q15A 1FMUA 2ZGAA 5OZEA 4ZPEA 2G20A 3TNEA 3NWXA 1CZIE 2QCIA 3IVHA 1MERA 1GVWA 4Y48A 3PSGA 2G94A 5COKA 1YTIA 2ER6E 1FLHA 3OOTA 3ZL7A 5OYSA 1SH9A 1LF2A 4MC6A 5P16A 1MVPA 1W50A 3EKVA 2VJ6A 3S43B 2AODA 3I7EA 4Y9WA 5DGWA 4EJKA 5P5UA 5P70A 3VV7A 2QI6A 3GI5A 5KOSA 4Y39A 5P6TA 2WF4A 3HZCA 3L5CA 3DK1A 4Y50A 3SA4A 1ME6A 1EPLE 4EPJA 5P3FA 5P3GA 2I0DA 1IVQA 5P8VA 5P0KA 4J1KA 1TCXA 3NU4A 2QZWA 4L7HA 2P3DA 4HZTA 5HDZA 1HVKA 5P4VA 4DQEA 3ZKXA 2R38A 4B05A 1GNNA 4Q1XA 5P6LA 5P7OA 2PSVA 5C9DA 2FMBA 4Y3MA 5P57A 5P8GA 3TOGA 5P4QA 1MT7A 1VIKA 5P2ZA 5C9BA 2VIYA 5P5NA 3FSMA 2V13A 3O99A 3SQFA 5I3YA 1FIVA 3VSXA 4Y57A 1G6LA 2IKUA 3PSYA 5P4WA 5P2NA 4Y5KA 5DR4A 5P6FA 5I70A 1RNEA 3ER5E 1BXQA 3UQUA 3OXVA 2FLEA 1HVSA 1WKRA 4Y3FA 4TVGA 4J1HA 4Y47A 5P42A 2R9BA 3D1ZA 3EKPA 5P4GA 4DJPA 3SA8A 2ER9E 5OYQA 5P48A 4NKKA 5P6JA 4DVFA 1YM2A 5OZNA 2ANLA 4GMIA 5P5QA 3S54A 5P5BA 2BPXA 4L6BA 2I1AA 1PSOE 5P09A 5P1CA 3UDYA 3T7XA 1ZSFA 3UDQA 2RKFA 3OU3A 1FGCC 2F3FA 4Y5CA 1D4YA 3PMUA 5DR0A 5P7MA 4H1EA 2OHRA 1BVGA 2B7ZA 3ZKSA 2QMFA 5P0QA 5P4RA 2A4FA 1SMEA 4WY1A 4Y44A 2AZ8A 5HDVA 4TRWA 4I0IA 5P2OA 4NJSA 5P3PA 3H5BA 8HVPA 2PQZA 5OZJA 4Y3HA 1E80E 5P1IA 3VV8A 3PWRA 1HPXA 4Y5PA 3VYEA 3NU3A 3O9DA 4FRJA 4X2LA 1M4HA 3H0BA 5P27A 4J0PA 2QZLA 4HLAA 2F81A 3NXNA 1BV7A 2VIEA 4KE0A 3UDKA 5P3IA 5OYXA 3O9IA 4Y35A 3G72A 5P4HA 3OOZA 4DJXA 2OHTA 1AAQA 1LYWA 1W5WA 3B7VA 3QVIA 5P77A 5T4SA 1HIIA 1DIFA 3QP0A 3LZUA 2QNNA 2CEMA 5OZUA 4Y5LA 3VUCA 3QRMA 5OYYA 3IGBA 5ER2E 2IL2A 1XL2A 4ZSPA 5P61A 3OGQA 5P1EA 3S2OA 2QP8A 5P7BA 2AOJA 1HSIA 5P2FA 5OZAA 3ER3E 4R8YA 2AOGA 3OY4A 5P0JA 1AJVA 1RL8A 4DJYA 5OZ8A 4KB9A 4FCOA 2VJ9A 4ZSQA 5P2MA 3I25A 5AHAA 3OTYA 1PPKE 3TOFA 3FIVA 4D83A 3PVKA 1MESA 3FV3A 4CPQA 3IXKA 5OYVA 5P00A 1GNMA 4U8WA 5P4EA 3UFNA 3MXEA 2QI0A 1EAGA 2OHQA 4RGHA 3LPIA 1GVUA 1SGUA 1HVRA 4Y37A 5P50A 3WB5A 3GGXA 3KFSA 5IVQA 4J5JA 1EC0A 5F00A 2HB3A 5P26A 3VF3A 4LXAA 4YCKA 5P4XA 5IS4A 4ZLSA 4LL3A 1F7AA 5P7KA 4HVPA 3KMYA 1IDAA 5P2GA 3LINA 4Y5NA 2I0AA 5OZSA 3VF5A 3EL4A 3TL9A 4Y58A 4QJ7A 4FAFA 4Y3LA 2ER0E 5P6VA 5P0HA 5P7CA 3UQXA 5P6NA 4RROA 1UH7A 3L5EA 4YD5A 5P5CA 2G1OA 4Q1NA 1VIJA 4QJ9A 5P28A 4OBGA 2QU2A 2P3CA 2P4JA 2V00A 5P0SA 3PCWA 4YDFA 2ZHUA 3GGAA 4GYEA 4K4PA 2G1SA 1ZPKA 2BB9A 3OGPA 5P1TA 1BDRA 1B11A 1TSQA 1QS8A 3O9LB 2P3BA 2FNTA 3PCZA 4J1EA 2R8NA 2ZJNA 1OEWA 3L5DA 5P4OA 4EYRA 2AOCA 1APTE 3MWSA 3QAAA 5P44A 2B60A 5P7VA 2XYFA 5I3XA 5P8FA 3S45A 5P2BA 4RLDA 5P1ZA 2O4NA 1FFIC 4B70A 2VA7A 1T7JA 5P0WA 1MUIA 4Y4DA 5P65A 2Q64A 5P54A 1UPJA 3LNKA 2BQVA 1ODYA 3UPJA 1HXBA 5P3DA 2QI3A 1MSNA 2ZJJA 3DCKA 3SFCA 4RYCA 5P3EA 3VFAA 3KM4A 4ZIPA 5P75A 5P4IA 5P8SA 1EC2A 2WF1A 5P5SA 3PWMA 2Q55A 3SKFA 3T7QA 1A94A 2BPZA 3KMXA 4LBTA 4Y3EA 5OZ5A 5P7WA 2QZKA 2UY0A 4NPTA 1IZEA 5OZ3A 1EBWA 2BPVA 4TRZA 5OZ6A 5KQXA 3U71A 2HB4A 5P29A 3TPJA 5OZOA 3EM4A 5P1VA 3IN4A 3LIXA 4MC1A 3DM6A 5P1KA 4LC7A 5P39A 5P4SA 1FQXA 1GVXA 3TH9A 2VA6A 5P87A 4D85A 5P01A 4CPTA 4CPRA 4RCDA 3CICA 4Y4JA 3LIYA 2O4SA 3NU6A 5P05A 5P5AA 2OHLA 1K6CA 2QHCA 3C9XA 1YTJA 2XYEA 1BV9A 1MT8A 4ZEAA 2BKTA 4BEKA 5C9FA 3GGUA 5P3XA 3SA7A 1T7KA 5P7PA 5P3BA 5P1OA 5AH9A 5P8BA 2AZBA 5HD0A 1RPIA 3QN8A 5HE4A 4GJCA 5P12A 4BFBA 4D8CA 1AVFA 2AOHA 1C70A 4ZSMA 4JOOA 3VF7A 3IXJA 5KR8A 4OC6B 2OHUA 5CONA 2QAKA 3NSHA 3NDTA 2QI5A 2QI7A 4GJ9A 3OQDA 2G27A 4YOBA 1U8GA 3UDRA 1W5VA 5P4DA 4YD7A 5HU1A 5P6XA 5P3HA 5P68A 1CPIA 2Q54A 5JG1A 5P56A 4ACUA 1ZJ7A 2VKMA 3CYWA 1RV7A 1XE6A 2ZJIA 3GGVA 3S8IA 5P6YA 3QI1A 3D91A 4Y4WA 1EPPE 5P7DA 1HEFE 5P76A 5P0GA 5KR0A 4RVIA 2J9JA 5OZKA 1SIPA 5P0ZA 1W6IA 3T3CA 2R3WA 4CPUA 4S1GA 5AH7A 4A6CA 5P1NA 4J0ZA 2XFJA 5P43A 4EJLA 3EXOA 3L38A 3FKTA 3G70A 2OHNA 4GIDA 4YCTA 3LZVA 1A8KA 2UPJA 3S43A 3UCBA 4I11A 5P5KA 3OUBA 3Q3TA 5DQ1A 3PLDA 5P2WA 1BXOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4H A;  1AZ5 A;  3OQK A;  2BKS A;  2NXD A;  1E81 E;  1HIV A;  3D20 A;  4DQB A;  1FMX A;  5HVP A;  4RRS A;  3DCR A;  4FRI A;  4K9H A;  3OAG B;  2O4L A;  4FM8 A;  1HTG A;  5P7U A;  4J55 A;  5P1M A;  2ZHT A;  2HPF A;  1MSM A;  1A30 A;  2QI4 A;  5P1S A;  2QHY A;  1IDB A;  4HA5 A;  4N00 A;  3DV5 A;  4DQC A;  1XE5 A;  2G22 A;  5OZL A;  3UDM A;  2R5Q A;  2Q5K A;  1EC3 A;  1HPV A;  3HW1 A;  5P0X A;  3TTP A;  3Q6Y A;  3K4V C;  1HHP A;  3UQR A;  4NPU A;  5OZF A;  5JFU A;  2VS2 A;  2RSP A;  3MSL A;  3ST5 A;  4HDP A;  3K4V A;  4Y4X A;  4ZSR A;  1M43 A;  3SPK A;  3LPK A;  5P6S A;  3LHG A;  5P8Q A;  5DR1 A;  2FDE A;  3EL5 A;  5P35 A;  1DMP A;  1J71 A;  3SAC A;  5P6C A;  2QHZ A;  2BPW A;  4B1C A;  5P0E A;  3QPJ A;  3ZKG A;  5EZZ A;  5OZM A;  1C6X A;  4Z50 A;  1KJ7 A;  2OHS A;  2XFI A;  4DUS A;  2OHP A;  3R4B A;  4J1C A;  2PK6 A;  3CMS A;  4I12 A;  2PSG A;  4FM7 A;  1IBQ A;  2HPE A;  2IGX A;  1LYA A;  5P45 A;  5HDU A;  3BUF A;  1ZP8 A;  4AUC A;  4I1C A;  1PSN A;  2RMP A;  3T11 A;  4B72 A;  1HTR B;  5P5J A; 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 3CID A;  4R95 A;  4R92 A;  3BRA A;  1DP5 A;  5P3K A;  4Y45 A;  3UQW A;  3SA5 A;  5P60 A;  3PEP A;  5P0O A;  3QIH A;  4AMT A;  3OHH A;  3QRS A;  5P7X A;  4I10 A;  5I3W A;  1FF0 C;  3CKP A;  3ZLQ A;  1RQ9 A;  6FIV A;  4Y3Z A;  4HE9 A;  3CKR A;  4AZY A;  2PWR A;  4Y3T A;  1IIQ A;  1HPO A;  3QRO A;  4L7J A;  1HVL A;  5OYU A;  2AVV A;  5OZB A;  3RTH A;  2FNS A;  3OAD A;  4J54 A;  1HVJ A;  5P17 A;  5P6R A;  1DAZ C;  3D1Y A;  3L58 A;  1HTE A;  5P7T A;  3JVW A;  2P8H A;  4Y3Q A;  4APR E;  3TLH A;  3EL1 A;  1OD1 A;  4FE6 A;  2HIZ A;  5DQ2 A;  5P8H A;  3BVB A;  5P2Q A;  5P0B A;  3R1G B;  5P47 A;  2H6S A;  5P6H A;  2SAM A;  5E5K A;  3OQA A;  5P7E A;  3OAG A;  5HE5 A;  3VV6 A;  5P5D A;  5P8C A;  5KOQ A;  2IS0 A;  5P2D A;  2WHH A;  1YG9 A;  3RU1 A;  3APP A;  5P1R A;  1K1T A;  1QBS A;  4YDG A;  3KDB A;  5P5M A;  3TPR A;  5P7J A;  4OBD A;  1A8G A;  5OZV A;  5P2Y A;  4DQH A;  3NLS A;  2Q63 A;  1D4K A;  1HSH A;  1BWB A;  5P88 A;  5SY3 A;  4Y3X A;  4CKU A;  1YT9 A;  1BBS A;  1YTG A;  2WJO A;  4FSL A;  3NR6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DPI A;  3URJ A;  5P84 A;  5P5P A;  3R2F A;  3O9H A;  4PZX A;  5P51 A;  5P7I A;  4J0V A;  5P72 A;  3MSJ A;  1B5F B;  4KE1 A;  2I4X A;  5P7L A;  2ZJK A;  3FNU A;  1B6J A;  1NPV A;  1Z1H A;  4CMS A;  5IVT A;  4Y4T A;  1MT9 A;  4WTU A;  1LF4 A;  4H3G A;  2QK5 A;  2H6T A;  5P1Q A;  5P6M A;  2PMA A;  3OWN A;  5P1B A;  4AA8 A;  4B0Q A;  9HVP A;  4YHQ A;  4ER4 E;  4Y4A A;  1YM4 A;  4Y51 A;  1MTR A;  5OZZ A;  2VIJ A;  1PFZ A;  4RZ1 A;  5P63 A;  1HXW A;  5OZH A;  2IRZ A;  5OZD A;  1FB7 A;  3HD8 A;  4LXM A;  2QMP A;  1BVE A;  3ZKQ A;  2ASI A;  4Z4X A;  3PBZ A;  4TVH A;  2AOF A;  4I0D A;  3OU1 B;  4J1F A;  4JPE A;  1LV1 A;  3KT2 A;  2APR A;  2RKG A;  3TKW A;  1SBG A;  1FQ6 A;  4L7G A;  4Y4B A;  4OBJ A;  4JPC A;  4JP9 A;  5OYZ A;  4LHH A;  1LEE A;  1XS7 D;  4MC9 A;  3D1X A;  1EPO E;  5P55 A;  3PRS A;  7HVP A;  1D4S A;  4DJV A;  5P89 A;  5DGU A;  3KFP A;  1FKN A;  3D3T A;  5OZ9 A;  3JVY A;  5P82 A;  5P4A A;  5F01 A;  5P5F A;  2REN A;  1ODX A;  4H3J A;  4XXS A;  3GI0 A;  2VNN A;  4WY6 A;  1XN2 A;  1HWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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