3SPKA

Tipranavir in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydorlase/hydorlase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title The higher barrier of darunavir and tipranavir resistance for HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3spkA00
2V11C 1TSUA 3VSXA 5F00A 5P30A 5P0DA 1BDRA 5P0AA 2QHYA 3BXRA 4XX3A 5P0JA 4FM6A 5P5GA 5P7PA 3U71A 5OZ1A 3QROA 3QPJA 3R4BA 4NJSA 4LXKA 1YTHA 3OQ7A 1RV7A 1TZSA 3QRMA 5P6QA 5P5UA 3ZPTA 3LIQA 5P8FA 2SAMA 3OUDB 4PPHA 2I0DA 3SM2A 3T7PA 4Y4UA 5OYWA 5DGUA 5P0SA 1C6ZA 5IE1A 5P5MA 3EL0A 4YCKA 5P0LA 5P2CA 2G1YA 4OBZA 5P73A 4DJVA 1RL8A 5P86A 5P8LA 3TOGA 2ER7E 1HXWA 5OZIA 3PMUA 2ZGAA 4RYCA 4I0IA 3UCBA 2BPXA 3PBZA 1NPWA 1EBKC 1MVPA 1PROA 4GJCA 5BWYA 1QDMA 3BVBA 3PHVA 2P8HA 2F3EA 5OYVA 5OZ9A 3INEA 5P7VA 5P3VA 3RVIA 5P2MA 3BUGA 4K4QA 5COKA 4CMSA 5P4TA 1K1UA 2AZ9A 3IN4A 1HOSA 3QVCA 1PSAA 5P7DA 3LPKA 3BUFA 5OZMA 3QRVA 3L3AA 4NJTA 2WEBA 4EJ8A 5KQZA 2NTRA 5COPA 2VS2A 3UFLA 1DPJA 5P3OA 3WZ8A 3NR6A 3G6ZA 4ZSMA 5P6KA 5COOA 3MSJA 4GJ9A 1DP5A 5P2NA 1YTJA 1GNMA 2Q15A 5HDXA 4DH6A 4YD4A 2OHUA 1ZLFA 5P2BA 3OUBA 2V0ZC 2FNSA 2ZHTA 1EC3A 2OHKA 4DQHA 3APRE 5P61A 5P7XA 2Q11A 2IQGA 1YX9A 1F7AA 5P3AA 5P25A 2QMFA 2HB3A 5P1MA 5P48A 2F3FA 1N49A 3EL5A 2FXEA 3PI5A 4YD5A 5P4XA 3EL4A 1T6GA 4CPRA 2NMYA 3HBOA 5P4DA 5CLMA 2PQZA 5KAOA 1EPOE 3AIDA 3QVIA 2HAHA 3TOHA 5P39A 4LAPA 3VYFA 3PCWA 5P60A 5P87A 1M0BA 7HVPA 2IS0A 5OZUA 2EWYA 5P8RA 4MC6A 1AJVA 5P85A 1IDAA 8HVPA 3NU6A 4EYRA 5P52A 1HIVA 5P5IA 1IZIA 3CYXA 5OZSA 4DQEA 3FV3A 3OOZA 5P28A 2QHCA 3O9LB 4PYVA 4PZXA 5P8AA 1MT9A 1HPXA 3SA8A 4Y5NA 5OYXA 1QBTA 1G35A 5P47A 1AAQA 1A8GA 2G20A 4WTUA 4A6BA 3S43B 3ST5A 5DQ4A 2G24A 1FQXA 3GI6A 2FS4A 5P18A 3KA2A 3PRSA 5P7WA 1LEEA 2JJIA 4BEKA 1K2BA 5P3KA 5P2UA 5P29A 1BVGA 4Y5PA 2AVSA 5OZBA 2H6SA 4IVSA 1BWAA 3QS1A 4I0FA 5OZZA 4D88A 5P0QA 1EPRE 4JPCA 5P4CA 3NYGA 4NJUA 3HD8A 3GGVA 4RGHA 2OHLA 1PPME 2FDPA 4I8WA 5P3EA 1YTGA 1LZQA 2WEZA 5OYYA 1IVQA 5P0PA 4J0VA 4L1AB 5HVPA 4K9HA 4DQBA 2HPFA 2P3CA 1IZDA 1FQ6A 4PEPA 5P1TA 3CMSA 4YDFA 4Y3YA 2AZCA 3FX5A 1TQFA 2AOGA 3ZKMA 4I0GA 3PWRA 3OQAA 4OD9B 5P1FA 4HDBA 5E5KA 3S85A 3FIVA 3S54A 2I0AA 4YCTA 5P2EA 3VG1A 2XFIA 4B1DA 5OYUA 3K1WA 4J1IA 5P44A 3PSGA 5P8UA 5P4LA 2NXMA 4L7JA 4Y5AA 5P34A 5P3SA 1IIQA 5P45A 5P12A 5HE7A 2G1RA 4TVGA 4D83A 1D4HA 4QJAA 3LZVA 5P78A 3LITA 2VKMA 4U8WA 4Y3PA 3R2FA 1HSGA 3G70A 5P69A 4COEA 4D8CA 3EKXA 5SXNA 1EPQE 4Z4XA 4Y3AA 4HDFA 4Y3EA 2BBBA 3PLDA 2PWCA 4J1HA 2FLEA 4YD6A 5DQ2A 5ISKA 2QHZA 3T11A 1APUE 3OUCA 3INHA 2Q64A 3JVYA 5DR4A 3HAUA 5P0OA 2ER0E 3TKWA 2QI0A 3TPJA 4ZEAA 3KDCA 5P41A 3UQPA 3VF5A 4J54A 3OADA 4Y4XA 5P7JA 1KJ4A 4FM7A 4HVPA 5P7OA 4H3JA 1FIVA 4DVFA 3K5GA 4OBHA 1SMRA 5P6SA 5P0UA 3ZKXA 4J5JA 2AZBA 5P1SA 2OHTA 3CKRA 5P7GA 3LZYA 2ER9E 4Y3JA 2VIEA 1UH9A 2WECA 4FAEA 5P6MA 4MC2A 2Z54A 4Y47A 3SLZA 3L58A 4ZIPA 3IVHA 4Y3LA 4GJDA 2ZE1A 2IRZA 5P3QA 2H6TA 5P80A 3R0WA 5DR8A 5P0BA 3ECGA 3O9BA 5P10A 3CIBA 5OZJA 3EL1A 4QJ7A 4HEGA 5BS4A 4Y4DA 3EC0A 1ODXA 3URLA 2F3KA 4HA5A 3SFCA 4XXSA 4RCEA 1PSNA 4LP9A 5DR3A 2J9KA 1C6YA 3K5FA 1APWE 4J1FA 5P1YA 5OYTA 2QD7A 5P17A 5P0VA 5P50A 3SAAA 3SA3A 4R91A 2UY0A 3NU4A 1IVPA 5P88A 3TKGA 1HEFE 1FQ8A 3S56A 4E43A 5P3JA 4L7HA 5P49A 5P5RA 3GW5A 3B7VA 4Z50A 5P2HA 2Q3KA 2O40A 5P8TA 4Y44A 5P57A 3ZKQA 1HVIA 5F01A 5P6TA 1D4YA 1FFIC 4RRNA 1W5WA 1OD1A 5P09A 2VA5A 3UQXA 5P2JA 2V13A 1APVE 2B8LA 3IVIA 4J0PA 5P2TA 2IKOA 3D3TA 2PH6A 3N4LA 4Q1NA 3LZSA 5P19A 3DJKA 3NLSA 1BVEA 1ZPAA 1ZP8A 1G6LA 5P5CA 1HVJA 1EBWA 1T3RA 1YT9A 3OK9A 5P6LA 1HXBA 5P2KA 4EHCA 4ZE6A 4ZSPA 3OUAA 3D91A 1BDQA 4Y3NA 5P1NA 1HVSA 3QI1A 4Y5CA 5AHBA 3MSKA 4Y4WA 3HW1A 3URJA 5P54A 1T6EX 4X7IA 1XN2A 1W6IA 2ZHRA 4DJWA 2R3WA 1RNEA 4FRJA 2FMBA 5OZEA 2HS2A 4Y3XA 1HRNA 4B05A 3WZ7A 5P6DA 1Z1HA 1ODWA 2JXRA 4ER4E 1SDTA 1SGZA 2P83A 4ZPGA 5OZ0A 4LL3A 1XDHA 4GJ7A 4M8YA 1PPKE 5P8NA 2G1OA 5P7UA 2PSGA 2WKZA 5P5SA 1A30A 3UDQA 4OBFA 5P5QA 2O4PA 3EKWA 5P1ZA 1LF2A 4Y9WA 3NSHA 2J9JA 3EKYA 1K6CA 2XFKA 3ER5E 3SA7A 1HTEA 2F8GA 3QRSA 2G27A 5IS4A 3S7LA 2NMZA 4JOOA 2AOHA 3L5FA 2VJ9A 5OZ5A 5P1WA 4FRKA 3CKPA 2NNPA 5P6JA 5EZZA 5ENMA 2FDDA 3PJ6A 4BELA 5P2QA 1AJXA 3L5DA 5UPJA 3K5DA 2PK5A 1BIMA 4F73A 2NNKA 3OU4B 5SZ9A 5P68A 4K8SA 3PM4A 5P2IA 2P3BA 4FE6A 5P8CA 4EJDA 3EM3A 4Y4GA 1GNOA 4Y4EA 3L5EA 4JP9A 6FIVA 3NDXA 4Y53A 4RVXA 3T7XA 1XE5A 3KFSA 5P1OA 3LNKA 2IL2A 5P32A 5P4IA 1YG9A 5FIVA 3NU5A 5J25A 2ZYEA 1FMXA 4NKKA 5P2OA 5P2RA 5P37A 5P7ZA 3OAGB 3G72A 1B6LA 5P3DA 1FB7A 1GVVA 3PSYA 3I7EA 3PSUA 2R9BA 3UPJA 4Y38A 3BGBA 3LHGA 5P4KA 5P2YA 3D1YA 3OXXA 1WBMA 5DR0A 1KZKA 5P81A 1QBRA 2G26A 3I2LA 4OBKA 5P7LA 5C9FA 1GNNA 2WF3A 3IN3A 4Y54A 1SMEA 3F9QA 5P4SA 2AOCA 4APRE 5BRYA 3KFNA 1IBQA 1JLDA 3Q6YA 3QN8A 3KMYA 4QGIA 5P3LA 3C9XA 1PFZA 2WF1A 4I10A 3LPJA 4EWOA 4YDGA 4Q1XA 2ZJJA 4Y3FA 5P1PA 5P3UA 5P40A 4EJKA 1UH7A 1CZIE 2JE4A 4GJBA 1D4LA 4FRSA 3WB5A 6APRE 5DQCA 2G22A 3DCRA 3SKGA 3OHHA 3U7SA 1LYBB 5P22A 2OHMA 5OZKA 4Y6MA 4OBDA 3T7QA 3ZPSA 3QP0A 4YOAA 4JPEA 4Y3TA 1AZ5A 3DCKA 3ZMGA 4A6CA 4UPJA 5OZRA 5P7CA 4NPUA 1FMBA 2HM1A 3KFPA 1EBZA 5P5HA 1DW6C 1ZSRA 3O9FA 3IGBA 1HIHA 4RCFA 3TH9A 5P70A 2I1AA 2IENA 3EM6A 4Y4BA 2IKUA 4R93A 5P46A 1A9MA 4OC6B 5P7QA 2AOEA 4HLAA 5P66A 5P00A 2XYFA 5P0YA 2VIZA 5HCTA 2B7ZA 5P6IA 5AH7A 1ODYA 3KF0A 4Y36A 5JFUA 5OZGA 1MT8A 4J55A 4YCYA 4DJUA 4DJOA 5CONA 3UDKA 4CPUA 1HVLA 5P0FA 4GJ5A 1D4SA 3SO9A 5P7EA 4IVTA 1K6TA 5P02A 1D4IA 4Y41A 2FIVA 3SABA 2B42A 4S1GA 5KQFA 4Y43A 4Y3DA 2QNPA 1BILA 3CYWA 3K5CA 4R92A 4QLHA 3K4VA 1ZAPA 2HS1A 2P3DA 3BUHA 1LYAB 2O4NA 5P8OA 4DJXA 4Y5LA 5P0KA 1LYWA 4GYEA 5P7TA 3T3CA 3A2OA 5P6BA 2BKSA 5P38A 4RYGA 3NUOA 5P6UA 1FEJC 2QZKA 4YBFA 3BGCA 3I25A 4Y4TA 3BC4A 2HC0A 2IDWA 2R5QA 2G94A 5ISJA 1IZHA 4BFBA 1W50A 2PSVA 1E5OE 5P20A 5P7MA 5OYQA 2WEAA 5P8DA 3UDPA 4H3IA 1DIFA 3OXCA 3PWMA 2WJOA 4CPXA 2Q55A 4DI2A 3VCMA 4R5NA 2AOIA 2G1SA 1QBUA 2ZJLA 3NWXA 1NPAA 4ZLSA 5P6HA 1E81E 5HCOA 1EC2A 4CP7A 1MTRA 3B80A 5C9BA 2I4QA 2OAHA 2JYSA 2CENA 4DV9A 5P3CA 2G21A 1WBKA 5P7RA 5P8EA 1DAZC 2ZJMA 3Q5HA 1GVTA 4QJ6A 5P6FA 3TLHA 5HU1A 1ZJ7A 2APRA 4FLGA 2V16C 5JG1A 5P3YA 5P6EA 3OUDA 3OU4A 3O9AA 5P27A 4DQFA 5AH9A 5P5WA 3OQFA 1HTGA 3GI0A 1MUIA 2QI6A 5P42A 1FLHA 2ZJNA 5P2WA 5P8IA 5DQ5A 5P5FA 4J0YA 3URIA 1XL5A 3GGXA 2UPJA 3NXNA 5P2SA 1TCWA 3MWSA 3UDYA 1FMUA 1B6KA 5DGWA 5P16A 2PYNA 3RTHA 3KDDA 5P4UA 5P8QA 1XS7D 2QI4A 3N3IA 3EKPA 1FFFC 5P1KA 3EL9A 4I0HA 2BPWA 5TOLA 2I4WA 2A1EA 3ZLQA 1YTIA 1SDUA 4OBZB 4Y5KA 1SGUA 1G2KA 5P1IA 1MEUA 3OTYA 5P0WA 5AH6A 3H0BA 5P4MA 2BJUA 4LC7A 4I8ZA 5JODA 3PI0A 3UTLA 5P43A 2QI5A 2Q5KA 4B72A 5P3XA 3OU3A 4EQJA 4XX4A 4AUCA 5T4SA 1SP5A 2FGUA 1K6PA 4Y3WA 1MESA 2A4FA 4J1EA 5P0CA 5P1CA 3EM4A 4EP2A 4DJQA 4B1CA 3HDKA 5I3VA 4ACUA 5IVSA 5P5TA 2V00A 1FQ4A 2O4SA 1W6HA 5OZVA 1B6PA 1AXAA 4ZSRA 3ZKSA 3TOFA 1EPLE 1YM2A 4YE3A 1MRXA 1LS5A 1E80E 2QU3A 2PK6A 4ACXA 4FCOA 1BWBA 1J71A 1VIKA 2RSPA 4YOBA 2VJ7A 5P5KA 3O9HA 4RVIA 3OOTA 1EC0A 5P0RA 5P6NA 4DJYA 3ER3E 2F81A 5P0GA 5P6WA 5P1LA 4Y3RA 1UH8A 4LXMA 4DFGA 5P07A 1YM4A 3NXEA 4N00A 3TL9A 5P1EA 3KT5A 3FNSA 5P3IA 5P3PA 2R8NA 2PC0A 4Y3SA 1VIJA 1NPVA 1HVCA 3ZKNA 2FDEA 3ZPUA 2QNQA 4NJVA 5P6ZA 3IXOA 3O9GA 1FQ7A 1HTRB 3SA6A 2V10C 1FQ5A 1AM5A 5P8BA 2V12C 3IXJA 4Y5BA 5HE5A 5P2FA 2PMAA 3UDHA 1BAIA 1MPPA 1EPPE 5P7HA 4FM8A 5P8SA 3O9EA 3TPRA 3LIYA 3O9LA 1EBYA 3LINA 1XN3A 2QNNA 4AA8A 1B11A 5P5LA 2IGXA 1A94A 2BKTA 5P71A 4Y57A 2QAKA 4DUSA 5DR7A 5P7KA 3DOXA 5I70A 3S43A 3LIXA 3VF3A 1LF3A 2QMPA 2R43A 2NPHA 4Y50A 4L6BA 1T7IA 5P3MA 3VYEA 5OZXA 2HB2A 5DPZA 5P4JA 2XFJA 3ZKIA 1HTFA 9HVPA 5P75A 3VV7A 5HU0A 4HDPA 5P3BA 4MC9A 3L59A 3SQFA 4TVHA 4ER2E 5OZAA 3S8IA 4Y4AA 5B18A 2ANLA 3PVKA 5P35A 4FS4A 2G1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V11 C;  1TSU A;  3VSX A;  5F00 A;  5P30 A;  5P0D A;  1BDR A;  5P0A A;  2QHY A;  3BXR A;  4XX3 A;  5P0J A;  4FM6 A;  5P5G A;  5P7P A;  3U71 A;  5OZ1 A;  3QRO A;  3QPJ A;  3R4B A;  4NJS A;  4LXK A;  1YTH A;  3OQ7 A;  1RV7 A;  1TZS A;  3QRM A;  5P6Q A;  5P5U A;  3ZPT A;  3LIQ A;  5P8F A;  2SAM A;  3OUD B;  4PPH A;  2I0D A;  3SM2 A;  3T7P A;  4Y4U A;  5OYW A;  5DGU A;  5P0S A;  1C6Z A;  5IE1 A;  5P5M A;  3EL0 A;  4YCK A;  5P0L A;  5P2C A;  2G1Y A;  4OBZ A;  5P73 A;  4DJV A;  1RL8 A;  5P86 A;  5P8L A;  3TOG A;  2ER7 E;  1HXW A;  5OZI A;  3PMU A;  2ZGA A;  4RYC A;  4I0I A;  3UCB A;  2BPX A;  3PBZ A;  1NPW A;  1EBK C;  1MVP A;  1PRO A;  4GJC A;  5BWY A;  1QDM A;  3BVB A;  3PHV A;  2P8H A;  2F3E A;  5OYV A;  5OZ9 A;  3INE A;  5P7V A;  5P3V A;  3RVI A;  5P2M A;  3BUG A;  4K4Q A;  5COK A;  4CMS A;  5P4T A;  1K1U A;  2AZ9 A;  3IN4 A;  1HOS A;  3QVC A;  1PSA A;  5P7D A;  3LPK A;  3BUF A;  5OZM A;  3QRV A;  3L3A A;  4NJT A;  2WEB A;  4EJ8 A;  5KQZ A;  2NTR A;  5COP A;  2VS2 A;  3UFL A;  1DPJ A;  5P3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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