5P5HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 242
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5hA01
4J0PA 3L38A 3FV3A 5P2OA 3GGUA 1BXOA 2OF0A 3ZKSA 3RU1A 3I7EA 4R8YA 4Y3YA 3D1XA 3IN3A 2P4JA 3QVIA 3SPKA 1EPME 4Q1XA 3PM4A 1K2CA 5P0XA 5E5KA 4CKUA 3C9XA 3NU6A 1RQ9A 1UH7A 1LEEA 2ZJMA 5AHBA 1K6PA 4LXKA 3INHA 4NJUA 5P2MA 2QZLA 1HHPA 2AZCA 5CLMA 5AH9A 1HPSA 1EC2A 3APPA 4J0YA 2B8LA 3NXEA 2Q63A 3L5BA 2FGUA 5P0NA 5P27A 5P79A 3FKTA 4TRYA 1EAGA 5P3BA 7UPJA 4CPUA 5P63A 3IXOA 1HVJA 2QI3A 5P13A 5P67A 3FNTA 3HW1A 3OAGA 5P2CA 5HU1A 2PH6A 3VUCA 1XN2A 3UPJA 3I8WA 3PCZA 2VJ6A 1BILA 3K5GA 5P4BA 5P7NA 2V11C 4LP9A 2WEZA 4LBTA 3CMSA 5OZ8A 5P6JA 4EJ8A 4XKXA 5P5FA 5HDVA 3EL0A 4FRSA 4RVJA 1B6MA 4Y4TA 4R92A 3KMYA 5P1XA 3UDHA 5P7KA 3T6IA 3QRSA 3QBHA 5P7YA 5UPJA 5P6LA 1T7KA 4OC6B 2QZWA 2P3DA 5P6AA 1BWAA 5P5GA 3OOTA 4Y3PA 3I6OA 5OZQA 4B77A 1CZIE 3IAWA 2IDWA 5P0GA 2FXDA 1ME6A 4Y39A 4ZIPA 2BKSA 2WHHA 1SGZA 5P7OA 5OYXA 1SDUA 4BEKA 4Y3SA 4LHHA 2CEJA 5COPA 2JXRA 5P5YA 4OD9B 3BHEA 3PWRA 5P3LA 4Y3HA 2QNPA 2OHUA 1YTJA 2G21A 2ZGAA 4Y4GA 3TPLA 5T4SA 5P5AA 3S53A 1MTRA 2ER6E 3HLOA 4ZSPA 5P2XA 3DV5A 1N49A 4ER2E 1DW6C 3NU3A 5P2EA 4MC9A 5P41A 4B0QA 2P3AA 3EKWA 5P5WA 1C70A 5P4NA 4Y4DA 5P5MA 3VF5A 3SA8A 3VYEA 5P7XA 5SXNA 5BRYA 1GNOA 5OZXA 3NSHA 4CP7A 2IL2A 1LF3A 1HIIA 3VLAA 1TZSA 3EC0A 4J5JA 1FQ4A 4ZPFA 5P0BA 5P5CA 4B78A 5P4PA 3KFRA 2HS2A 3VYFA 2J9KA 5P08A 2O4LA 5AH6A 5P1UA 3BXRA 2QI6A 2OHNA 5ER2E 5P77A 1ZPAA 2RKFA 3QIHA 3HZCA 4Y57A 5P5XA 1C6YA 3ZMGA 1MRWA 3DOXA 4KUPA 3PB5A 1FG8C 1HRNA 4GJAA 4DQGA 5P37A 1YTHA 4DJUA 3QN8A 1VIJA 4Y51A 1MSNA 4JECA 3AIDA 1UH8A 4HDFA 5P4FA 2IGXA 5HDZA 3QAAA 1RL8A 5ISKA 2FIVA 5DQ4A 4D88A 4JP9A 1FG6C 3OU4B 5HCOA 1KJHA 4RRNA 5P47A 5P48A 4M8YA 1CPIA 5ISJA 5P8TA 2WJOA 1SDVA 2JYSA 5P2AA 3INDA 4YOAA 4Z22A 5P0IA 5P2UA 2OHQA 2WL0A 5TOLA 2VKMA 4J1FA 2HPFA 3L3AA 2WF3A 2OHLA 3OU3A 3DK1A 1D4IA 5P8MA 3UQWA 1EPPE 3L5EA 4CPRA 5P8NA 5P0RA 4QJ8A 3UDPA 4LL3A 5P1DA 5P6YA 2VNNA 5P23A 1LV1A 2OAHA 5P7GA 4FM8A 3TOHA 1MERA 5P33A 4K8SA 2QAKA 3LZUA 4I0EA 1HPOA 3ST5A 3PLLA 1FMBA 1LZQA 4L6BA 3LPIA 3PSGA 1WBMA 2PSUA 2I0AA 4GZFA 3PI0A 1SMEA 3BRAA 3ZPTA 4RYCA 9HVPA 4GJCA 4CPQA 1MUIA 3EL5A 5P0QA 1SP5A 2FDDA 1BVGA 5JODA 5DR7A 2FS4A 3LIYA 3QVCA 4YD5A 2QD7A 4EPJA 4Y47A 4Y4ZA 5P2JA 5P4GA 2I0DA 4ZSMA 5P5SA 3UF3A 4Y5PA 4EXGA 3B80A 4JPCA 5P1HA 3PBDA 5P0LA 3S54A 3SQFA 4U8WA 3RSVA 1TCWA 5P78A 4HZTA 5HDUA 3IXKA 3O9LB 3G72A 5P6PA 3LZVA 2IRZA 2F81A 2FDEA 5P07A 3GI5A 4HDBA 2Z4OA 3UDKA 2J9JB 3ZKQA 5P1NA 5P81A 1SIPA 3DM6A 2B7FA 3L5DA 5P7TA 2O4SA 5DGWA 4AA9A 2G69A 1FEJC 3VV6A 3ZL7A 5DR3A 4FCOA 1A9MA 1HSHA 3QP0A 2QK5A 1HPVA 5OYWA 4I0JA 2AOCA 4HDPA 4Y4UA 4BELA 5P4YA 3SO9A 3ECGA 5P5IA 5P8EA 5P0DA 1RPIA 3R1GB 2F3EA 4X2LA 4R95A 4CPTA 4FAFA 1YTGA 4K4QA 5P01A 4YD7A 5P59A 4J1EA 3UQXA 1FLHA 4GMIA 2HS1A 1HIVA 3ZPSA 1T6GA 5P2DA 3N3IA 1APUE 2HB2A 5P2FA 3EL1A 4GJ8A 5P3XA 3PVKA 3L58A 4FIVA 2PC0A 3NDWA 5P5OA 3VV7A 3WB4A 1MIQA 4DJXA 5OZCA 1SGUA 3K4VC 3TOFA 5P6BA 3JVWA 3OUBA 3BXSA 2QZKA 5P31A 3MSJA 1D4SA 5P4AA 2BPWA 5P4RA 4TRWA 4PZWA 2QP8A 2FNTA 3EKVA 2BB9A 4M8XA 3L5CA 3QROA 4DI2A 2ZHRA 3OQKA 5P1WA 3G70A 5P70A 4TRZA 1B6PA 3NLSA 4FRIA 3GI4A 2PK5A 3VEUA 5P5BA 1D4YA 5AHAA 5P2RA 2AOFA 1IZDA 2APRA 4H1EA 1GVWA 4J0VA 3N4LA 2QI4A 3UFNA 2VNMA 4Y36A 5B18A 5P8PA 5OZ6A 5BS4A 5OZ5A 3PBZA 5AH7A 1DIFA 3BC4A 5P2IA 2PYMA 3CICA 4OBGA 3QS1A 1IZEA 1TCXA 5P66A 5P0PA 1GVTA 4Q1YA 3IN4A 1QBUA 3T7QA 2AOEA 5P6KA 3KT2A 1VIKA 4OBDA 3MWSA 1OEXA 4IVSA 5P6DA 3PWMA 3UHLA 1K6CA 5AGZA 3URJA 3CIDA 2QMDA 3VFBA 3LPKA 3A2OA 3ZKIA 1HSIA 5DQ5A 3BVBA 4B1CA 3SACA 3NR6A 3H5BA 2PSVA 5HCTA 2XFKA 2SAMA 5P18A 1CMSA 1HBVA 5P40A 5P4KA 2AIDA 1LYAB 4DH6A 5OZAA 5ENKA 2WF4A 5OYZA 1MESA 3OXWA 5P4ZA 4EQJA 1K1UA 2H6SA 3D1ZA 5P3SA 5I3YA 2Z54A 5P7AA 1BVEA 1B6JA 2WF2A 4JOOA 3OUDA 5I3VA 2ZHUA 4H3IA 5P8SA 1QS8A 4FLGA 1HXWA 5KR8A 2BPZA 5OYRA 5OZEA 4OBKA 4EJDA 2NMYA 3HD8A 5P5LA 5BWYA 4Y3FA 5P57A 1HVSA 4GJBA 4I10A 5P3UA 5P1QA 2AVVA 4A6BA 4AZYA 3TH9A 4D89A 5P84A 4Y5LA 4B72A 5OYTA 5OYVA 2NNPA 2PQZA 3R0WA 3HAUA 4Y37A 3S45A 5ER1E 3QI1A 1ZLFA 4KE1A 3WZ6A 1ODWA 2QU2A 3SLZA 4YCKA 1SIVA 4DJPA 3FNSA 5APRE 5P8DA 5JFUA 1EPOE 5P0JA 5P1ZA 3JW2A 1G35A 4Y4EA 3KMXA 2AVSA 5P3PA 4LXMA 2IENA 3LIVA 2JJJA 4QLHA 3FX5A 5P09A 1XDHA 3OAGB 5P8OA 4J17A 1FQXA 5AHCA 2JJIA 2QI5A 4K4RA 4K4PA 5P8CA 3GGAA 1IBQA 3VF7A 4Y45A 4JPEA 5P06A 3PI5A 2IGYA 1E80E 2NNKA 4Z4XA 4Y3GA 1DP5A 1PSAA 4XXSA 4Y4WA 4CPXA 1B5FA 3NDXA 1XE5A 5P4TA 5P4LA 1SMRA 3VG1A 1KJ7A 5P5RA 1NH0A 1HTEA 2BPXA 4FAEA 3S7MA 4MC2A 3CYWA 5P8VA 5C9BA 4DJYA 4L7JA 1BAIA 4B00A 4Y3LA 3APRE 4A6CA 1K1TA 1MT7A 1MSMA 5CONA 5OYSA 3CKRA 4PHVA 2P3BB 2PK6A 1J71A 1DPJA 1MVPA 5OZUA 3LITA 3NUJA 2ZHVA 1ZP8A 5HE4A 5P53A 3Q70A 5P4IA 3LIZA 3EMYA 5P5UA 4GIDA 2AOJA 3Q4BA 4I0FA 4RROA 4TVGA 2VIEA 3D20A 1BDQA 4QJAA 5P1OA 7HVPA 2XYEA 1APWE 3EXOA 1FKNA 5P1FA 3NDUA 4AUCA 1HVRA 3OQAA 3O9IA 5KR2A 3URIA 5OZOA 4DQEA 5P0WA 3OQDA 5KAOA 1D4HA 4FSLA 4I12A 2RSPA 5P7VA 1ZSFA 2G1OA 2O40A 2WKZA 5P7UA 2I4UA 4RGHA 3IVHA 4YE3A 1G2KA 5IVSA 4ACUA 5P3YA 2RKGA 2Q15A 1APTE 5P7RA 1EPLE 3K5CA 5P68A 4Y58A 1ZAPA 5P6IA 5P7CA 5P7SA 3TOGA 3ZKNA 1PPLE 4QJ6A 2NMZA 5P3DA 4RVXA 5P3WA 2R38A 5P8LA 4DJQA 4F73A 3PEPA 4BFDA 1MT8A 1W5WA 2HB3A 5EZXA 3QRMA 5P86A 4DQHA 3OXCA 5P0VA 1NSOA 4FSEA 2A1EA 5P5QA 3D1YA 1T7IA 4RCEA 3Q6YA 4OBZA 2I4WA 2VJ7A 2AVMA 5OZDA 1MT9A 1PSNA 3PMYA 4EXHA 5OZ7A 4UPJA 5F01A 4I0HA 1SH9A 3Q3TA 3M9FA 3DCKA 3ZLQA 2NXMA 2F3KA 2F3FA 5P11A 5P2NA 4CPWA 3MSKA 3IGBA 3WB5A 4GJ9A 5P55A 4Y3MA 1B6KA 1E5OE 3PGIA 5P88A 4HLAA 3ER3E 4Y3WA 4QJ7A 5P1CA 2G1SA 4RYGA 5P76A 4AMTA 1PFZA 5P2HA 1ZSRA 5P49A 4NPUA 5P2GA 3O9AA 5P54A 5OYYA 2PWCA 2QCIA 2R5QA 5P6UA 2QNQA 1TSQA 4NJVA 3S7LA 5P0AA 3SA4A 4Y50A 3TKGA 1HTRB 2ER0E 5P8UA 4E43A 3G6ZA 4HA5A 5P29A 3O99A 2VIZA 5P2QA 4Y3JA 1HVHA 4GJ6A 4RCFA 3U7SA 4WY6A 1AJVA 1IDAA 1BV7A 4Y41A 5P3OA 2CEMA 3O9EA 3ZOVA 4TVHA 2R3TA 4Y5GA 5P3QA 5OZPA 1FQ8A 3EL4A 3RTNA 1AM5A 3URLA 1PROA 1YM4A 5P22A 3SKGA 3K4VA 1KZKA 2HB4A 2VIJA 2R5PA 1AAQA 3RVIA 3LNKA 5OZTA 1MEUA 5P6VA 3D91A 1QBSA 1EBWA 3K5FA 3VSWA 6APRE 1QBTA 1ODYA 2HM1A 4YD6A 1LS5A 2WEBA 5P5KA 3KDBA 3OTSA 5P4HA 2BBBA 5HU0A 5P00A 4PEPA 2QHYA 5P6QA 3KM4A 5P5PA 5KOSA 1ENTE 1KJ4A 2PSGA 4OBJA 4DQFA 5P0SA 2WEDA 4Y4XA 5DPZA 2NPHA 3EM4A 1EPRE 3TKWA 4B1DA 3F9QA 2R43A 2G24A 5P3GA 3DJKA 4Q1WA 5P0FA 2AOHA 2EWYA 4F75A 1T3RA 3O9CA 5P35A 4KE0A 1W5YA 4IVTA 5P51A 3H0BA 1BWBA 3SKFA 5P6TA 4ZSRA 2I4VA 5P1RA 1IIQA 3OXXA 5OZSA 4DJWA 4Y53A 3TNEA 4L7GA 2B42A 3D3TA 3PWWA 5P2ZA 5P2KA 4B1EA 2RMPA 1AIDA 4GYEA 1BV9A 1A8GA 5COOA 2FXEA 2ZJHA 3PMUA 5P7IA 6FIVA 2QD8A 3WZ8A 5P44A 2OHSA 1Z1RA 4Y3EA 4EJKA 5P8IA 1NPWA 5C9FA 1W51A 5P4QA 5P50A 1MPPA 1WBKA 1HOSA 2JE4A 4EP2A 3OTYA 5OZ2A 4DFGA 3BUGA 1PPKE 4Y5KA 5P6SA 3EKQA 4I8WA 4H3GA 4GJ7A 3UQUA 3S43B 5KR1A 5P1MA 1D4JA 2ER9E 1HEGE 3NYGA 5DQ2A 2V0ZC 5P1JA 3UDNA 5I3XA 2ZJLA 3MXEA 4HE9A 2QI7A 4MC1A 3SFCA 1MTBA 5IVQA 2B7ZA 1A94A 1W5XA 4Y3RA 2AZ8A 4J0ZA 3SA7A 5P04A 3CYXA 1G0VA 3PCWA 5P8AA 4H3JA 5P1IA 4Y38A 1HPXA 4D83A 4R91A 2ZJIA 3OADB 4RCDA 5P7HA 4ZPGA 5C9DA 5P4WA 4FS4A 5P2BA 1T6EX 4R93A 3TPJA 3OHFA 1QDMA 5OZLA 1EBZA 4YD4A 4B05A 2ZJJA 5P5DA 5OZZA 3NUOA 2UXZA 1BIMA 5DR4A 4YCTA 6UPJA 5OZKA 3DUYA 3EKYA 5P7LA 4EWOA 4Y3AA 5P7JA 4Y5EA 5P30A 5P16A 5P26A 2R3WA 4L1AA 5HTZA 5IS4A 4YOBA 1K2BA 2BKTA 1META 3SA5A 1BDRA 4I8ZA 5P7PA 3SM2A 5P1TA 1UH9A 4Y5BA 2XYFA 3OXVA 3SABA 4FE6A 5P8KA 2O4KA 3VF3A 5P1EA 5P7BA 2G1YA 5P42A 4NKKA 1EBKC 1HVCA 5P8FA 1LYWA 5OZGA 3PSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0P A;  3L38 A;  3FV3 A;  5P2O A;  3GGU A;  1BXO A;  2OF0 A;  3ZKS A;  3RU1 A;  3I7E A;  4R8Y A;  4Y3Y A;  3D1X A;  3IN3 A;  2P4J A;  3QVI A;  3SPK A;  1EPM E;  4Q1X A;  3PM4 A;  1K2C A;  5P0X A;  5E5K A;  4CKU A;  3C9X A;  3NU6 A;  1RQ9 A;  1UH7 A;  1LEE A;  2ZJM A;  5AHB A;  1K6P A;  4LXK A;  3INH A;  4NJU A;  5P2M A;  2QZL A;  1HHP A;  2AZC A;  5CLM A;  5AH9 A;  1HPS A;  1EC2 A;  3APP A;  4J0Y A;  2B8L A;  3NXE A;  2Q63 A;  3L5B A;  2FGU A;  5P0N A;  5P27 A;  5P79 A;  3FKT A;  4TRY A;  1EAG A;  5P3B A;  7UPJ A;  4CPU A;  5P63 A;  3IXO A;  1HVJ A;  2QI3 A;  5P13 A;  5P67 A;  3FNT A;  3HW1 A;  3OAG A;  5P2C A;  5HU1 A;  2PH6 A;  3VUC A;  1XN2 A;  3UPJ A;  3I8W A;  3PCZ A;  2VJ6 A;  1BIL A;  3K5G A;  5P4B A;  5P7N A;  2V11 C;  4LP9 A;  2WEZ A;  4LBT A;  3CMS A;  5OZ8 A;  5P6J A;  4EJ8 A;  4XKX A;  5P5F A;  5HDV A;  3EL0 A;  4FRS A;  4RVJ A;  1B6M A;  4Y4T A;  4R92 A;  3KMY A;  5P1X A;  3UDH A;  5P7K A;  3T6I A;  3QRS A;  3QBH A;  5P7Y A;  5UPJ A;  5P6L A;  1T7K A;  4OC6 B;  2QZW A;  2P3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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