3NU3A

Wild type hiv-1 protease with antiviral drug amprenavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nu3A00
3BVBA 3RTNA 4I0ZA 2VA5A 1PSNA 5P3HA 3EL1A 1BDRA 3TNEA 3IXJA 2AZBA 2R5PA 4S1GA 5P2XA 3OU3A 2ER7E 2Q3KA 1BVEA 4Z2ZA 4Y57A 3IXOA 4OBGA 2RSPA 5OYSA 5P14A 3UQRA 3S85A 4DVFA 5P5YA 5P5LA 3SO9A 5P6HA 5COOA 3UDNA 5P8BA 2QP8A 5P4AA 3URJA 5P7IA 3HVGA 2OHLA 4IVSA 5P51A 5HVPA 4APRE 3OQKA 1RNEA 1LYWA 5P0YA 2Q63A 4A4QA 1NH0A 4E43A 5P7WA 5P1WA 3K5GA 5P0DA 1W51A 4CMSA 2G1OA 5P79A 1ZPKA 5P1YA 3OU4A 4J0ZA 3QAAA 5OZUA 3GGVA 5COPA 5P7UA 2IENA 4BFBA 1PSOE 3OWNA 5P1GA 5P78A 5P0PA 4GZFA 3VEUA 1FQ5A 3IXKA 3VSWA 3PEPA 5E5KA 4FSEA 3OQ7A 5P69A 1YTHA 2FNTA 5P5XA 4DPFA 2VIZA 1DW6C 5IVTA 1W5XA 5P8MA 4L1AA 3FX5A 5EZXA 5P6DA 1HIVA 4OBZB 4Y4EA 5P16A 4B1CA 1KJ7A 4EJLA 3HW1A 1FQ6A 2J9JB 2VJ6A 2AODA 3S53A 1HPSA 5OZ5A 4FE6A 5P0LA 1ODWA 5P8FA 5DR7A 4J0TA 4A6BA 4EP2A 2B60A 5P7LA 2RKFA 3DK1A 2V11C 3H0BA 2QCIA 2WF2A 3OQDA 5P6FA 4Y3DA 2EWYA 3TLHA 1FQXA 3B7VA 1Z8CA 3LZUA 1D4SA 3VCMA 1FEJC 2VJ7A 5P6EA 4NJVA 1MPPA 5P3BA 5JFUA 3IVHA 3INEA 5P7JA 3D1XA 5OYXA 2AVSA 3DM6A 4KUPA 1FLHA 3OXVA 1HSHA 5P8PA 4D8CA 5OYVA 4ZIPA 1HWRA 3NSHA 2G22A 5P36A 5C9BA 5P1XA 3OGQA 3INDA 1SMRA 5P0JA 2AIDA 3O9HA 5P1SA 1A30A 1G0VA 4I8WA 1EBWA 5P4OA 4FAFA 2HAHA 1MT7A 5P4YA 5P1PA 5P03A 4EJ8A 1N49A 2RENA 1HRNA 4X2LA 3NDWA 5BRYA 2FMBA 5P8AA 1MTBA 4DJRA 5P4KA 3OUCA 3N3IA 4MC2A 3F9QA 5DQ1A 2SAMA 4CPRA 2OF0A 5OZEA 3S43A 1W5VA 4DQEA 5P22A 5HE5A 1QBSA 4HZTA 5I3WA 3KFNA 3WB4A 2QI0A 4J1HA 5APRE 4GYEA 5JFPA 5OZ9A 5AHAA 4EYRA 5P43A 3IN3A 5P6MA 5P3OA 3S7LA 1YTIA 3LIYA 4J1IA 5P80A 3OQAA 4Y47A 5P6AA 5P6BA 5P7QA 4QLHA 4RCFA 3LZVA 5I70A 4L7GA 2F3EA 4Z22A 2NPHA 1MIQA 5P56A 3EL4A 3Q3TA 1QS8A 4Y5MA 1VIJA 5P4RA 5P8EA 5OZLA 2O40A 5PEPA 1KJ4A 2AVVA 3OXXA 4QJ9A 5P42A 2QHYA 2WJOA 5CLMA 3LPKA 1GVXA 5P1RA 5P2OA 3EKPA 2R38A 3QN8A 4I8ZA 2XFJA 5P0BA 7HVPA 1C6XA 5P6IA 3BUHA 1QBRA 3PSYA 5P62A 4DPIA 4FRIA 1CPIA 3Q4BA 5P5JA 1BXOA 3S7MA 4B1EA 5ENMA 2FNSA 4R95A 5P2DA 4HEGA 5P7PA 4Y51A 3SACA 2NMZA 4YOAA 3GI0A 5F00A 5OZTA 4HVPA 3SA9A 1K6PA 3OUBA 1B6LA 5P3MA 1ODYA 5P2VA 4I0JA 2IEOA 4Y5LA 3UQWA 3VF5A 5P1KA 1MSMA 5P4IA 5P6VA 5P6TA 4LP9A 5P4GA 2QNQA 5OZCA 3S45A 4Y3RA 4AA9A 2OHQA 1HSGA 3BC4A 5P5IA 2OHUA 1ZP8A 5P0IA 1M4HA 2HPFA 4EQJA 3INHA 3EMYA 5P2SA 1APVE 4I0HA 3UFNA 3KM4A 1T6EX 2BJUA 3NYGA 3URLA 4GMIA 2AOCA 3QBHA 5P6RA 2J9JA 3NU3A 1LEEA 2WF4A 3QRVA 3NXNA 4B72A 3APRE 3UF3A 3O99A 4RCEA 2PC0A 2QNNA 5KQZA 3PCWA 4DJVA 3T3CA 4FRSA 1HVLA 2ZJNA 4Y50A 3OHFA 1LYAB 3GGXA 3K4VA 3QI1A 4R8YA 5P76A 5AH8A 5ER1E 3OU1B 5P13A 1PROA 2WF0A 2Q11A 1OD1A 1D4JA 5P1AA 1LF2A 4WTUA 5IS4A 5JG1A 5OZ8A 4J54A 2WECA 1HTFA 2HPEA 4Y3LA 4EPJA 5P6PA 2ZYEA 4Y4TA 5P1LA 3SA3A 5P3EA 1RPIA 3R0WA 5P7DA 1EC0A 1G2KA 2VKMA 3CICA 2RMPA 3VYEA 4QJAA 1FFIC 4Y3EA 4GJ9A 1MVPA 1XS7D 4QJ8A 4MC9A 5HDVA 5P4BA 3MSJA 5P05A 4M8YA 3UDHA 5P55A 1HVHA 1NPVA 3DCRA 4FM8A 3VF7A 4H1EA 4B0QA 3PMYA 5OZ0A 1B6MA 4ACUA 5P85A 1FMBA 1M0BA 3OXCA 3LINA 3MXEA 5AH9A 1E80E 2V00A 4GIDA 4Y3SA 5P57A 2NXLA 5P7XA 2F3FA 5HCTA 5P33A 3FSMA 2IKUA 1SIVA 5SY2A 4EHCA 1E82E 4RZ1A 4DFGA 5P2JA 4Y3YA 5P3UA 3L5CA 3IA9A 1EAGA 1ENTE 2V16C 4Y41A 4Q1WA 1EPQE 4RRSA 5C9FA 2HS2A 1YTGA 3PWMA 5P5NA 1EC3A 2NNKA 4JOOA 5OYYA 4Y3WA 3FKTA 1SH9A 4K4PA 3IAWA 5P10A 1FKNA 4DJOA 1UH8A 4RRNA 4TRWA 4F74A 3GI5A 2F81A 1T7JA 1C6YA 5P0EA 3S8IA 5P02A 4Y39A 4AZYA 4Y5CA 3L5BA 2CEJA 4PHVA 5P6CA 1FQ7A 2ER6E 2VA7A 7UPJA 5P2GA 5KR2A 5P5GA 1BDQA 3GGAA 5HU0A 1APWE 5IE1A 5P6ZA 1SGUA 3LZSA 5P74A 5P0ZA 3KFSA 5P7AA 5P7RA 1SP5A 3QP0A 2JJJA 3QRSA 2JYSA 5P0FA 2IGYA 5HE4A 2PK6A 5P7YA 4CKUA 2AZ9A 1GNMA 5DQ4A 4ZSPA 3KT5A 4ZSQA 4L7HA 5P45A 2HB2A 1IZDA 3GGUA 1HBVA 5P5SA 5OZYA 3CIBA 4HDFA 5P6XA 2P3CA 5P15A 5P8OA 4H3GA 1EC2A 2G1NA 5P0NA 4Y3XA 3DCKA 1EPME 4KE1A 3KT2A 1HPOA 3LPIA 4YOBA 4XX3A 4HDBA 5DR8A 4A6CA 3EXOA 1K6CA 1QDMA 2PSVA 3G6ZA 4XX4A 3RTHA 5P1HA 5P04A 3PGIA 1T3RA 5P4NA 3CKRA 3I25A 5P5DA 2Z4OA 1ZSRA 4BEKA 5P2IA 4RCDA 1C6ZA 1OEWA 1LYAA 4Y3FA 4YCYA 2BPWA 5P7MA 2QU2A 3EL9A 4D83A 3OU1A 3K5DA 1CMSA 2HB3A 3ER5E 5P28A 3UTLA 4LXMA 4FAEA 4Y4WA 5P17A 1BILA 4LC7A 2PSUA 3RU1A 3BUFA 3HLOA 4Y3ZA 1W50A 5OZ6A 1PPME 2RKGA 1GVVA 5P64A 1SBGA 2XYFA 5OYRA 1YTJA 5P4SA 5P18A 4DV9A 3LHGA 3PWRA 3O9EA 3N4LA 4ZPEA 5P8VA 4NPUA 5P3IA 2QMGA 1AZ5A 5P00A 4HDPA 3Q6YA 2WL0A 5P0RA 5P0XA 4EP3A 4LBTA 3VFBA 5OZ1A 2NR6A 5B18A 4K8SA 5ISJA 5OZ4A 5P2RA 2B42A 2QMPA 3INFA 1TCWA 5P26A 4Y3AA 3TKGA 5P7BA 2OHRA 1B6PA 1MEUA 5P3RA 2HM1A 5P72A 2Q54A 1XE5A 3CYWA 3NWQA 2NXMA 3UDMA 5P1CA 5HU1A 2QMDA 1B6JA 4FRJA 1AM5A 4YDGA 3VFAA 3FNUA 4Y53A 5OZPA 1AIDA 2G20A 2F8GA 2F3KA 1PFZA 5P2AA 1GVTA 1XN3A 5P4UA 4Z4XA 4I12A 5P4TA 3SPKA 3SA4A 4GJDA 5P6UA 2OHKA 1B5FB 6UPJA 2O4SA 2V13A 1HVSA 5P7KA 1MTRA 3OADB 5KOSA 2ER0E 3ZKQA 4Y4UA 3OOZA 2ZE1A 4ACXA 2PWCA 3TTPA 4ER1E 4CPQA 3PWWA 5I3YA 4OBJA 3MSLA 2QI6A 3KN0A 1FFFC 5P4DA 1LYBB 2JE4A 2P3DA 3D91A 4GJ8A 5P38A 3ZKNA 2P4JA 5IVSA 4YCKA 4Y5KA 1YG9A 3VSXA 5UPJA 3OTSA 3U7SA 2P3BB 2J9KA 3K4VC 2Z54A 3BHEA 1HOSA 1DP5A 4Y4XA 3DV1A 5C9DA 4Q1XA 4R92A 5P4PA 4Y3QA 4FIVA 4U8WA 4COEA 5OYTA 3QS1A 5SZ9A 3VV6A 5P01A 2R43A 2IKOA 5P58A 1W6HA 4LXKA 3WSJA 2BPZA 4AMTA 5P5UA 5P5HA 2P3AA 3QVIA 5P2FA 3KDCA 3ZKIA 1EC1A 5P40A 4B70A 2OAHA 1OHRA 3TKWA 4RVJA 1W6IA 4LL3A 5P24A 1BXQA 5P7ZA 1B11A 3I8WA 4Y5AA 3MXDA 4F73A 2QI7A 5OZAA 3TPLA 1Q9PA 2QK5A 5KR1A 2QAKA 1HXWA 3OHHA 3KMXA 2VIYA 2FS4A 2PH8A 5P50A 3IN4A 1SDUA 4GJ7A 4DJQA 5P6YA 5E5JA 4MC1A 2G27A 5P4FA 4Y5NA 1A9MA 3LIXA 5OYZA 2B7FA 4FM6A 3OAGB 3R0YA 5P2NA 2G21A 5P60A 3BRAA 5P71A 3EM4A 4Y3TA 3BXSA 4HA5A 4Y4ZA 4Z50A 3EKTA 5OZWA 4Y5EA 1HEFE 1Z1RA 3ECGA 3UDKA 4OBKA 4Y43A 5P3QA 2V0ZC 3R1GB 4Y4GA 2IS0A 4Y44A 4CPXA 2WEDA 5OZJA 1Z1HA 2V10C 3BGCA 3WZ8A 1TQFA 3UPJA 3SKFA 3T6IA 4DJPA 5OZZA 4NPTA 5P30A 3UDJA 5P1EA 2R9BA 1EPNE 2H6SA 2UY0A 4D88A 5P66A 1RV7A 2QHZA 3NDTA 5P2YA 4GJ5A 3O9BA 1HVCA 4Y4JA 2VNNA 4PYVA 1XDHA 5P8QA 4YBIA 1LS5A 3O9AA 5DR4A 4FCOA 3ZPUA 5P3SA 2ZHTA 4FM7A 2AOHA 5P2HA 5P3KA 4NKKA 5P19A 1TZSA 1HIHA 3L5DA 1HTEA 4I0FA 4NJUA 3SABA 3EC0A 4XKXA 3NXEA 3QRMA 5P8TA 3LITA 1BIMA 3T7XA 2ZJLA 1APUE 4J5JA 1B5FA 5P0CA 1QRPE 5J25A 2I4XA 2JXRA 3OADA 5P68A 5P2CA 5DR3A 3UQXA 4AUCA 3KYRA 1GVUA 3FV3A 5P1IA 1FQ8A 3LZYA 2ASIA 4LAPA 5OZKA 2PYMA 1K2BA 3EKXA 5OZ2A 1LYBA 3AIDA 3SA6A 3UDYA 4RVIA 4FLGA 4F76A 3ST5A 4GJAA 3BUGA 5P6NA 4I0DA 4BFDA 3IGBA 5P4LA 3L59A 4ER4E 2P3BA 4Y5BA 3L58A 1IDAA 1MT8A 3EBZA 2R5QA 3G70A 4RYGA 2OHTA 1HTRB 5OZ3A 5P5TA 2WF1A 4YD3A 4OC6B 3BXRA 5AH7A 4R91A 5P2BA 4DJXA 5P7EA 2G1YA 5KAOA 1WBMA 4Y4BA 1HVRA 4R5NA 2F80A 2VIEA 4H3IA 3ZL7A 3A2OA 1SIPA 1MRXA 2QZWA 3DV5A 5DPZA 3UFLA 4J1KA 3Q70A 5OZSA 4Y3NA 4L7JA 3PLDA 5P54A 5CONA 5SXNA 5HDXA 3PJ6A 3D1ZA 5P6JA 3NLSA 3OXWA 3WZ6A 2Q5KA 4YCTA 1BWBA 4J0PA 4J0YA 4DUSA 1HEGE 4Y9WA 1XE6A 1IVQA 5P1OA 1FG8C 4ZPGA 1W5WA 4X7IA 4EXHA 3SLZA 3T7QA 1T6GA 3OAGA 5ENKA 5P4XA 1F34A 5P3CA 2I1AA 5P6QA 1MUIA 1TW7A 2O4LA 1TSUA 5HDZA 1ZPAA 5P2UA 3TL9A 3KF0A 2BKSA 2BQVA 3C9XA 2B8LA 4ZPFA 3PBDA 3PRSA 4IVTA 5P1UA 2HIZA 1M43A 5P5ZA 3PCZA 2WEZA 3UQUA 4FRKA 3O9FA 5P8JA 4Y37A 5P5KA 5P27A 5OZXA 3L3AA 2PYNA 2BPXA 4NJSA 3I6OA 3UDQA 3OGPA 5F01A 1C70A 3KA2A 1D4KA 4RYCA 5P48A 3OUDB 3NDUA 2QMFA 1ZTZA 1GNOA 3TPJA 4J1EA 1ZJ7A 3VUCA 3CKTA 4DH6A 2IDWA 5P87A 2FGUA 5P3PA 3SA8A 5I3VA 2QD6A 2G1RA 1K1TA 3SM1A 4KB9A 5P1MA 5HD0A 2HB4A 1FIVA 3TOHA 5P1NA 3FIVA 3QROA 5P6SA 3U71A 4I0GA 5P77A 5P8NA 1MRWA 1IZHA 4L6BA 1EPOE 2I4DA 3NR6A 1KJGA 5P41A 5P8DA 5T4SA 1AAQA 3HAUA 1IZIA 1D4LA 4I0EA 5P7CA 3UDRA 3ZLQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BVB A;  3RTN A;  4I0Z A;  2VA5 A;  1PSN A;  5P3H A;  3EL1 A;  1BDR A;  3TNE A;  3IXJ A;  2AZB A;  2R5P A;  4S1G A;  5P2X A;  3OU3 A;  2ER7 E;  2Q3K A;  1BVE A;  4Z2Z A;  4Y57 A;  3IXO A;  4OBG A;  2RSP A;  5OYS A;  5P14 A;  3UQR A;  3S85 A;  4DVF A;  5P5Y A;  5P5L A;  3SO9 A;  5P6H A;  5COO A;  3UDN A;  5P8B A;  2QP8 A;  5P4A A;  3URJ A;  5P7I A;  3HVG A;  2OHL A;  4IVS A;  5P51 A;  5HVP A;  4APR E;  3OQK A;  1RNE A;  1LYW A;  5P0Y A;  2Q63 A;  4A4Q A;  1NH0 A;  4E43 A;  5P7W A;  5P1W A;  3K5G A;  5P0D A;  1W51 A;  4CMS A;  2G1O A;  5P79 A;  1ZPK A;  5P1Y A;  3OU4 A;  4J0Z A;  3QAA A;  5OZU A;  3GGV A;  5COP A;  5P7U A;  2IEN A;  4BFB A;  1PSO E;  3OWN A;  5P1G A;  5P78 A;  5P0P A;  4GZF A;  3VEU A;  1FQ5 A;  3IXK A;  3VSW A;  3PEP A;  5E5K A;  4FSE A;  3OQ7 A;  5P69 A;  1YTH A;  2FNT A;  5P5X A;  4DPF A;  2VIZ A;  1DW6 C;  5IVT A;  1W5X A;  5P8M A;  4L1A A;  3FX5 A;  5EZX A;  5P6D A;  1HIV A;  4OBZ B;  4Y4E A;  5P16 A;  4B1C A;  1KJ7 A;  4EJL A;  3HW1 A;  1FQ6 A;  2J9J B;  2VJ6 A;  2AOD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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