2XYEA

Hiv-1 inhibitors with a tertiary-alcohol-containing transition-state mimic and various p2 and p1 prime substituents
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary Alcohol Containing Transition-State Mimic and Various P2 and P1' Substituents
doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xyeA00
5P11A 4U7QA 1MESA 5P6FA 1YG9A 1EPLE 1ZSRA 4L1AB 2AVOA 4B0QA 3EM3A 5P54A 4Y53A 1YM4A 3UDPA 1T7IA 1BIMA 3O9CA 2O4NA 3S7LA 1OEXA 4Y4JA 1LF4A 4FS4A 1HPSA 5KQZA 5HU0A 3K4VA 4J0VA 5P79A 2Q64A 5KR2A 2QU3A 4DJVA 5P8EA 4BEKA 2JE4A 4RRNA 2PSGA 2FDEA 3PM4A 2AOIA 2BPZA 5HTZA 3QN8A 2ZJMA 5P6JA 4Y3NA 5AHAA 1APWE 5P1SA 5P0VA 1W6IA 1HSHA 3OU1A 5P0SA 4Y5MA 1ODXA 4PHVA 2QD7A 5P15A 1LF3A 5KR8A 4LBTA 3SA8A 5P8DA 1B6MA 5E5JA 5P3KA 3QI1A 1ME6A 4YOBA 1FQXA 2QI7A 4OD9A 5DR7A 3PMUA 3VEUA 5C9BA 2AIDA 1TSUA 5P0LA 3Q6YA 1K1TA 4Y57A 4H1EA 2G26A 4Y6MA 1DAZC 1HVRA 1IDBA 1VIJA 2J9JA 4GJ6A 5P43A 5HCTA 5DR8A 5P55A 1BXQA 4Y4EA 2WL0A 4B05A 2FMBA 4CPWA 3FKTA 3KN0A 1Z1RA 2R5PA 3AIDA 4Y35A 1WBMA 4Y4XA 1WBKA 4EJ8A 5P7DA 2QMDA 4Y4DA 1MT9A 5P1BA 5P0FA 1OEWA 1HBVA 3UDRA 2G94A 1EEDP 1K6CA 4Y39A 1QDMA 1A8GA 2ZGAA 5P2VA 3UDNA 2IKOA 2R38A 1GVWA 1U8GA 1APUE 4QGIA 1PSAA 2Z4OA 4FM7A 1QBUA 3G72A 2FNSA 4I0FA 3TOHA 2J9KA 1MSMA 7HVPA 3QRMA 1XE5A 3DOXA 5OZDA 1GNNA 3GI0A 1HXWA 5P3IA 3PI0A 4R93A 4Y5GA 3CIBA 1FKNA 4GJCA 5P1LA 2OHSA 5P5FA 4PZWA 1K6PA 5P6BA 1LYAB 4B00A 3SPKA 1RV7A 2B7FA 3SLZA 4DQGA 3PSUA 3S2OA 5P6TA 5P7HA 2V12C 2AOEA 5P6CA 5P74A 2WF2A 2G1RA 2AZ9A 4K4PA 2ZHVA 3TPRA 3IN4A 5HDUA 5OZLA 1PSNA 1YT9A 4FAEA 3L3AA 5P1GA 5HE5A 3S85A 4JOOA 4HZTA 5P0MA 3SA7A 3SACA 3OWNA 2QNNA 5P6IA 3OU4A 4I0JA 5P4WA 3OOZA 5P0XA 5I3VA 3NR6A 2QMPA 5P2YA 2ER0E 5P3XA 1XS7D 4Y3RA 4H3JA 2QK5A 5OYQA 5P8UA 4PPHA 4Y9WA 5P2KA 3PBDA 1BVEA 2AOGA 5CLMA 1K2BA 1PROA 5OZEA 5AH8A 3SA3A 1YX9A 4DI2A 2AOJA 5P60A 3O9HA 5OZWA 3OU3A 4Y5KA 5OYWA 2PQZA 5KR1A 3IA9A 1HVSA 4TRZA 3IAWA 1J71A 2ER6E 3U71A 3O9LB 5OZRA 3L5DA 5JFUA 5OZ4A 6FIVA 5P7WA 1EAGA 2V11C 5P03A 2ZE1A 4I10A 2FXDA 3QIHA 1IZHA 5P7JA 2JJIA 5OZVA 5P36A 2JJJA 3DV5A 1ZJ7A 5P6QA 4HLAA 4Y3DA 4LHHA 5P5RA 2QZWA 5J25A 4OBDA 5ISJA 3VF3A 4H3IA 5P3YA 3UDJA 1ZPAA 2O4PA 5P35A 3O9FA 5P01A 1AAQA 4MC2A 2UPJA 2QZLA 5OZ2A 4R92A 5P5VA 4L7JA 1QBTA 4QJ7A 3OXCA 3OHHA 1D4LA 2G20A 4Y3QA 2WEBA 1TCWA 4Y3WA 4A6BA 3BC4A 1NPWA 3SA4A 2FS4A 5P1MA 4ZPGA 3INDA 5P40A 5OZ7A 3IGBA 3TH9A 4NPUA 4J0PA 5P1VA 4XKXA 5P33A 2G27A 1EC2A 2H6TA 3D20A 3KDCA 5P6KA 1A9MA 4QJ8A 1W5YA 5IE1A 5P4AA 5P1OA 5P5HA 1DW6C 4MC1A 3NDXA 3SA9A 5OYSA 5P8BA 3UHLA 5AGZA 5F01A 1SDUA 1MRWA 3O9GA 1QRPE 4EHCA 1K2CA 3IVHA 1KJ4A 3NXNA 2BQVA 1BBSA 1LV1A 4OBFA 3NWXA 1BXOA 3OUAA 1D4HA 2G21A 3UDYA 4Y48A 5P85A 3I8WA 5P81A 1SDTA 4TVHA 3H0BA 5F00A 1SP5A 3K4VC 4ZPEA 3MSLA 5SY3A 5P0NA 1QBRA 1BWBA 4B70A 4L7HA 5P3FA 4JPCA 5P1FA 3DM6A 4Z22A 3VSXA 1FB7A 3RVIA 4EJDA 3RU1A 5P09A 1RPIA 2PK5A 2ZJNA 4CMSA 4Y4WA 5P1XA 4Y37A 4COEA 5P26A 3QP0A 5P7YA 5P4FA 3K5CA 5OZSA 5P2CA 5P6LA 1SBGA 1YTJA 1HPXA 2AVMA 5P0KA 3L58A 5EZZA 2OHNA 3TPLA 4DJRA 3SABA 2R43A 1LZQA 1W5XA 2F3FA 3SM2A 1GNMA 1HSIA 1LF2A 3S43B 1MSNA 5OZOA 5P66A 5ER1E 5P4GA 5P4OA 4ZSQA 3R2FA 3LPIA 4Y38A 4YA8A 1FEJC 3KFRA 5AH6A 3C9XA 4GJ5A 3PCZA 5OYVA 4AZYA 5I3WA 1HIIA 1A8KA 5OZCA 2HM1A 2FNTA 5P7XA 3URIA 3CKRA 3NDWA 4A4QA 4F74A 5OZFA 2P3BA 5P1NA 5P14A 1EPNE 4ER1E 1FQ8A 3LINA 4I0EA 2QHZA 4B77A 1EC0A 3KMYA 3N3IA 2UY0A 5KAOA 5P4TA 3U6AA 1HIHA 5P08A 5P1ZA 3GI6A 5P8MA 3D1XA 4NJUA 5P3SA 2QI5A 4D89A 4DQEA 1B5FA 1N49A 5DQ2A 5DR0A 1IDAA 5P0AA 5P5WA 4YD6A 3VF7A 5P5JA 2CEMA 5P4CA 5ENMA 4X2LA 3NDTA 1Z8CA 2G22A 4ZIPA 4OC6A 2OHQA 4R5NA 3IXOA 5P6RA 3BVBA 2WF4A 2J9JB 2PYMA 5P5QA 5P4EA 3G70A 4B78A 4HE9A 1DPJA 3O9DA 5P4RA 5P2XA 3HLOA 4GJ9A 2WEDA 2O4SA 1EPPE 3SKFA 2WHHA 3UQWA 5OZXA 5P32A 4LXKA 3PBZA 5HDVA 5P27A 1C6XA 2FLEA 2VA7A 4YD4A 5OZ5A 5P6SA 1MVPA 3R0YA 2B8LA 3LIZA 5KOSA 5P0PA 5P04A 1G2KA 3ZPTA 5P7VA 3WB5A 2FGUA 5P46A 5P7UA 5P6NA 3OXXA 5P0TA 3ZMGA 3K1WA 3KM4A 5P0RA 3LZSA 2P4JA 1W5VA 5P0DA 2BPVA 3PLLA 4OBHA 2QNQA 5P49A 5P3VA 4N00A 5P1YA 3S8IA 1RQ9A 4Y56A 2G24A 4LP9A 5P7MA 5P4SA 1EPRE 3EL0A 3OUDA 5HD0A 4HDPA 1ZPKA 1HTRB 2PC0A 5P8RA 2HS1A 2HC0A 3SAAA 5OZTA 4Y43A 3T7QA 3NU9A 3FV3A 1PSOE 5P0EA 3VYDA 3UFNA 5P7KA 2ZJHA 1F34A 3R4BA 4FLGA 4R8YA 3OAGB 1FIVA 3NYGA 3PWMA 7UPJA 5P5XA 5P7QA 5P4IA 4J0TA 4QJ9A 2NMZA 3WSJA 5P6GA 5P5OA 2ZJLA 2FIVA 3SFCA 2FXEA 3EL4A 4FRJA 3T11A 1BV7A 3RTNA 5OYZA 5P77A 1HVCA 1OHRA 4R91A 4B1DA 3CMSA 1FFIC 5P5YA 2HPFA 1TZSA 3PSYA 1IZEA 5P0QA 3WB4A 2G1OA 1LYWB 5P5AA 1PFZA 4J0YA 4BELA 5P1CA 4GB2A 1HVIA 2ER7E 5OZQA 3QBFA 5P2NA 4Y5NA 5P02A 1HVJA 5ENKA 1AZ5A 1D4JA 1HEFE 3OY4A 5P42A 5P76A 5BWYA 3FIVA 3IVIA 1MPPA 4EXHA 1ZP8A 1FF0C 5P1KA 5P71A 2R9BA 5P86A 4AA8A 1XN2A 4BFBA 2G1NA 3O9BA 1LYBA 5P3UA 3Q5HA 1EBYA 5JODA 4QJ2A 1E5OE 4ZSMA 5TOLA 2G1YA 3S56A 1FQ7A 3DK1A 3EBZA 2R5QA 1FQ5A 5P4QA 3PCWA 5P8GA 4K4QA 5P2OA 1D4KA 3OUCA 4Y5EA 5DGWA 5P7GA 5DQ1A 2PH6A 5P8IA 2FDPA 5P41A 1FMBA 3EC0A 2WF3A 5P0CA 5P6MA 4DJPA 4B1EA 3UQXA 2OHLA 1SIPA 4J1IA 2NR6A 4I0IA 5P64A 3OQAA 6UPJA 4X7IA 1LEEA 4L1AA 5P1HA 5P7AA 1CZIE 5P6DA 2BB9A 5P6AA 5P62A 5P16A 5P4PA 1BDLA 3OTYA 2QI4A 5P1JA 5P29A 2QU2A 1FGCC 5P3EA 5P3GA 3RSXA 4GJAA 4I11A 4XX4A 2ZHSA 4RROA 2OHPA 1ZAPA 3LITA 3PWRA 1G35A 2I4WA 3SO9A 2O4LA 3KF0A 2I1AA 4Y45A 5P4YA 4J55A 3ZKMA 3ZKNA 1NSOA 4BFDA 3BUGA 2JXRA 3PMYA 1RNEA 5P3JA 4GJDA 5SY2A 3IXKA 5DQ5A 2IKUA 4Z2ZA 1KJHA 1BWAA 3INHA 3UCBA 3QVIA 2SAMA 4I8ZA 3ECGA 5P4ZA 4Y50A 3K5GA 3GGXA 2PSVA 1MTRA 5P5LA 3PVKA 4QJ6A 1LS5A 3NWQA 4APEA 4YDFA 4ZLSA 5P4MA 3IN3A 3ZKQA 5P4NA 3EXOA 4Y5LA 1NPVA 2NMYA 3ZLQA 3HW1A 2ASIA 2ZHUA 5P8FA 3N4LA 3HDKA 1HRNA 2APRA 1FG8C 4Y4GA 3OGPA 5P5NA 5P4HA 4YCYA 5I70A 1HTGA 3UDQA 4RVJA 5P8OA 3OQFA 4XXSA 5HDZA 3I6OA 4Y44A 1D4SA 4Y41A 4F75A 1E81E 3FNTA 4Y3PA 5DR4A 5P4UA 2QHCA 2NXMA 5KR0A 5KQFA 1CMSA 2QMGA 2VA6A 3GI5A 5P0BA 3JVWA 2IRZA 4FSLA 1MT7A 3PEPA 4NJTA 1EBWA 2Q15A 3MXEA 3S45A 5P3TA 4Q1YA 1NPAA 1D4IA 1GVUA 5P8CA 3SKGA 2VIYA 3EKYA 4JPEA 4J1EA 5P0WA 3UDHA 5P5DA 1K1UA 2G1SA 3VFBA 1M4HA 1CPIA 3ZOVA 4DV9A 3FNUA 4CPUA 4EYRA 3TKGA 5P3LA 5OYTA 3ER5E 2HPEA 1YM2A 2O4KA 3FX5A 2A4FA 2QI1A 2IEOA 4DQFA 4YDGA 5P3PA 5P52A 3ER3E 3UPJA 4OBZB 1HOSA 4H3FA 3BXSA 4FGXA 4HVPA 3DV1A 3BXRA 1MTBA 2V00A 1IVPA 3OGQA 3L5BA 5P48A 4HDBA 5SXNA 4DJYA 5P17A 5OZYA 3S7MA 3ZKGA 3OTSA 3B7VA 4QLHA 5P0GA 3G6ZA 2OHTA 3VG1A 1EPQE 3K5DA 3DUYA 2Q54A 5P72A 2VJ9A 3TOGA 3NU3A 3VSWA 2VIZA 2NNKA 4JECA 4Y4ZA 3TKWA 5IVQA 3KYRA 4PYVA 4CKUA 3UQUA 3ST5A 5P2MA 1M43A 5P1TA 1D4YA 5P4LA 2QNPA 3I25A 3TPPA 3VCMA 2HIZA 3QROA 5COPA 2P83A 4ZSPA 2FDDA 5P65A 1B5FB 2PSUA 3S54A 4FRIA 5KOQA 4GJ8A 2B42A 5P06A 5P4VA 2AOCA 4EJKA 4D83A 4I12A 5P39A 2NNPA 2H6SA 3NXEA 3T7PA 5OZBA 5P6OA 2NPHA 4B1CA 4DJQA 3O9LA 1MRXA 3LIQA 5P4JA 5P2ZA 2F8GA 4Y4UA 1JLDA 3U7SA 1UH8A 5P25A 4AMTA 3T3CA 3PHVA 4FIVA 5B18A 5ER2E 5P34A 3URJA 3HD8A 1PPME 5P2IA 5CONA 5P0YA 4ZE6A 5P6YA 5P70A 2QHYA 3KFSA 4LXAA 4Y3EA 2IDWA 5P88A 4GIDA 5UPJA 5P5MA 1META 1Z1HA 5BRYA 2AZBA 2R3WA 4KUPA 3UTLA 3ZKIA 1TCXA 5P80A 1FQ6A 3KT5A 4EXGA 3OK9A 2NXDA 3PWWA 5HDXA 4RYGA 3VV8A 5AHCA 2VJ7A 4RVXA 4Y47A 5P2AA 4K4RA 1TQFA 4MC9A 1XE6A 2V16C 2ZJJA 4K8SA 5P37A 4DH6A 5P3ZA 5P12A 4AUCA 1EC3A 4I0DA 2RENA 5P8QA 1K6TA 4DQCA 2I4UA 4CP7A 3OUDB 3L38A 5P2JA 5P1EA 5P07A 3R0WA 1MUIA 1HVKA 5P3RA 2IGXA 1BDQA 2PWRA 1PPKE 5P2FA 5OYRA 5IVTA 3DJKA 5OZ8A 4KE0A 3JVYA 3RTHA 1T7KA 2AZCA 2IENA 5I3XA 3GGAA 3INEA 4DJOA 3OQDA 4Q5MA 2QAKA 1W51A 3OU1B 3LPJA 3NDUA 2I0AA 1HTFA 4Q1NA 2PYNA 5C9DA 1FMUA 3PB5A 5P83A 5P7CA 1RL8A 4B72A 1C6ZA 5P5KA 3CKPA 4OD9B 1FMXA 5P8VA 3IXJA 5P59A 3LNKA 4YCTA 4DPFA 4WY1A 3INFA 4DFGA 4IVTA 4J1KA 4DJUA 3PLDA 2Q3KA 1KZKA 1AJVA 5SZ9A 2I4DA 5OYXA 5P5TA 1AXAA 1QS8A 2QZXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P11 A;  4U7Q A;  1MES A;  5P6F A;  1YG9 A;  1EPL E;  1ZSR A;  4L1A B;  2AVO A;  4B0Q A;  3EM3 A;  5P54 A;  4Y53 A;  1YM4 A;  3UDP A;  1T7I A;  1BIM A;  3O9C A;  2O4N A;  3S7L A;  1OEX A;  4Y4J A;  1LF4 A;  4FS4 A;  1HPS A;  5KQZ A;  5HU0 A;  3K4V A;  4J0V A;  5P79 A;  2Q64 A;  5KR2 A;  2QU3 A;  4DJV A;  5P8E A;  4BEK A;  2JE4 A;  4RRN A;  2PSG A;  2FDE A;  3PM4 A;  2AOI A;  2BPZ A;  5HTZ A;  3QN8 A;  2ZJM A;  5P6J A;  4Y3N A;  5AHA A;  1APW E;  5P1S A;  5P0V A;  1W6I A;  1HSH A;  3OU1 A;  5P0S A;  4Y5M A;  1ODX A;  4PHV A;  2QD7 A;  5P15 A;  1LF3 A;  5KR8 A;  4LBT A;  3SA8 A;  5P8D A;  1B6M A;  5E5J A;  5P3K A;  3QI1 A;  1ME6 A;  4YOB A;  1FQX A;  2QI7 A;  4OD9 A;  5DR7 A;  3PMU A;  3VEU A;  5C9B A;  2AID A;  1TSU A;  5P0L A;  3Q6Y A;  1K1T A;  4Y57 A;  4H1E A;  2G26 A;  4Y6M A;  1DAZ C;  1HVR A;  1IDB A;  1VIJ A;  2J9J A;  4GJ6 A;  5P43 A;  5HCT A;  5DR8 A;  5P55 A;  1BXQ A;  4Y4E A;  2WL0 A;  4B05 A;  2FMB A;  4CPW A;  3FKT A;  3KN0 A;  1Z1R A;  2R5P A;  3AID A;  4Y35 A;  1WBM A;  4Y4X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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