1YM4A

Crystal structure of human beta secretase complexed with nvp-amk640
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
389
structure length
379
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design, synthesis, and memapsin 2 (BACE) inhibitory activity of carbocyclic and heterocyclic peptidomimetics
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 379
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym4A02
2QI0A 3VSXA 4HA5A 3QRSA 1RPIA 5P28A 2H6TA 3O9AA 3PLDA 5KAOA 3NU3A 5P59A 1BVGA 5P1GA 5OZLA 1B11A 5OZAA 3KM4A 2RSPA 4Y47A 1NPAA 1NSOA 5P3RA 1PSNA 4I0FA 4K8SA 3S54A 3OGPA 1YTJA 1BV7A 3SM1A 5P6PA 4GJ6A 3NXNA 1APUE 4HDBA 3TOHA 2IKUA 3LPKA 2NXMA 5P1BA 4D8CA 3H5BA 5P3LA 5P82A 5P3AA 1C6YA 4B77A 3GGAA 3BVAA 1GNNA 5P7PA 5P4KA 4L7HA 5P3BA 4DUSA 1APVE 4OBFA 3T7QA 1EPPE 2VA6A 5C9DA 5I3VA 5P0BA 4U7QA 4AA8A 4A6CA 5P3VA 3I6OA 3S53A 4X7IA 4PPHA 2O4PA 5C9BA 5P6MA 1TCXA 4Y4TA 4RRSA 4WTUA 4F75A 1ODXA 4M8XA 2WEAA 4MC9A 4YD3A 5P80A 1XDHA 3WZ8A 3G6ZA 1AAQA 3O9LB 1GVXA 2EWYA 2I4UA 5P2HA 5IVSA 1MRWA 3BGBA 4Y4EA 2IL2A 4Y5NA 4BFBA 2A1EA 2XFKA 1YX9A 2R9BA 4DJRA 2ZJLA 4CP7A 2FXEA 5P7RA 1T6GA 3L3AA 1XE5A 5OYUA 5JFPA 5P32A 5P1ZA 1HIVA 5P7IA 1K6PA 2ZJJA 3RTMA 1YTGA 4Y4XA 2IKOA 3UQWA 3M9FA 5P5GA 2Q5KA 5P18A 3WB5A 4B78A 3VF7A 5OZSA 1B6PA 2UY0A 5P6DA 3VLBA 2AZ9A 5P2TA 2QU3A 5P23A 5P72A 2QZWA 3GGUA 1B6LA 5P5NA 5P0CA 1C6ZA 4EWOA 4WY1A 5P7ZA 3K4VC 3FSMA 3EL0A 4Y54A 4Y3SA 3UDYA 5P41A 5J25A 1LYWA 2JYSA 2BPZA 1ER8E 3SACA 3EMYA 1HPSA 3OAGA 5P75A 2RKFA 1LYWB 3CYXA 5P7BA 3TKWA 1FFIC 3PM4A 4ZLSA 3ZKIA 1FMBA 3PI0A 1XL5A 1DMPA 4DQCA 3PRSA 3LZSA 4APRE 5P6HA 4Q1NA 4I0GA 4FRIA 1PFZA 1T7KA 5SY3A 5DPZA 1B6JA 5OZRA 3HAUA 5P5TA 5P4RA 1HVSA 1HIIA 3FNSA 3JVWA 3HW1A 4LHHA 5OZWA 5P7VA 5B18A 2BB9A 2RENA 3CKRA 3GGVA 2AVSA 2UXZA 1SDTA 5P7UA 3TOFA 2OHMA 3URJA 4Y4WA 1OEXA 5P6NA 2G24A 5P4IA 1FIVA 4OD9A 3DV1A 2JJJA 2OHKA 2R8NA 5P64A 3PEPA 3UCBA 5P3NA 1B5FB 3ZMGA 4DVFA 3LIXA 3IXJA 5P2NA 4DJUA 1LV1A 1XN3A 4YBFA 1Q9PA 2Q55A 2Q54A 3NU6A 3PWMA 1C6XA 4Z2ZA 3NDXA 2AZ8A 3LPJA 5P7QA 1TSQA 2NPHA 2QI6A 5P8NA 5OZUA 5P2MA 3VV8A 4Y3YA 1HTEA 5P02A 1ZLFA 4AUCA 4YBIA 4LXMA 3ER3E 5P66A 1EAGA 5P4OA 1FQ4A 5COKA 3K5FA 2BPXA 5P19A 5P7NA 3OK9A 3DCKA 2WECA 3AUPA 3R0YA 2QI4A 5P48A 2QZXA 2BPVA 5P2QA 3PGIA 4I0DA 4EXHA 1PPLE 3I2LA 4HDFA 2WEBA 4NJTA 5OYXA 4LC7A 5P6CA 3Q3TA 2Q11A 5P42A 4Y4UA 5P85A 3UDRA 5P8OA 5P2YA 3OQAA 1IIQA 1D4KA 5P1NA 9HVPA 3BHEA 2FDDA 5P3EA 3PMUA 4EP2A 5P2VA 3L5DA 5P5YA 1M0BA 2XYFA 3URIA 3PBDA 5HU0A 4Y3FA 1MVPA 1PSOE 4EHCA 3HZCA 5P0LA 2WKZA 4GYEA 5HCTA 1GKTA 5P1UA 1PROA 5P8QA 4Y43A 3VFBA 5OYWA 4X2LA 2G1OA 1LEEA 5P8MA 1HBVA 4J0PA 3VF3A 2I4QA 1YM2A 3MXEA 4EJDA 4HZTA 3OXXA 3UFNA 3D91A 5T4SA 1XE6A 1BDQA 4YCKA 1OD1A 5P46A 4RGHA 3VLAA 1QRPE 2O4LA 1MPPA 5P5IA 1FQ5A 5P49A 4R95A 2VJ9A 5P56A 3B7VA 5P1MA 5P5PA 5P8VA 3TPJA 4AZYA 2IGYA 2ZHTA 5OZ9A 1EBWA 2RMPA 1QS8A 5P30A 1AIDA 3R1GB 1YTHA 3ZPSA 4JPCA 4PZWA 3I8WA 5P29A 2I0DA 3CIBA 1EC0A 5P0EA 1HPOA 3APPA 2OF0A 3KMXA 1HHPA 4YOAA 1OHRA 5OYYA 2ZJNA 3UDJA 1W5XA 3IAWA 2ZGAA 1K2BA 3RVIA 3OOZA 1T6EX 3LIQA 4D89A 3QBHA 5JG1A 5OYRA 2AOJA 5OZOA 5P1AA 4I8ZA 5OZ8A 3TLHA 1ZTZA 3OGQA 5P1KA 3NU4A 3OU3A 3BXRA 5DQCA 3EKXA 3BVBA 1ZPKA 1BIMA 4Y5GA 5P1PA 5P88A 3DM6A 3FIVA 5P2SA 5IS4A 3SFCA 4R8YA 4CKUA 5P2KA 5DR3A 2PQZA 5OZBA 3H0BA 4Y6MA 5ENMA 1F34A 5P7FA 1MSNA 5P0YA 4DJXA 5P84A 3T7XA 3ZKSA 1EC3A 1EBYA 5P7WA 5P8RA 4Y4AA 3LITA 1CPIA 4EJ8A 3PCZA 2Z54A 4Y3DA 3L5EA 4FRSA 3N3IA 5P5FA 3INFA 4GMIA 5P6IA 1FKNA 4FGXA 2HS2A 5OYVA 5JODA 1HVKA 5OZJA 3KFNA 5P3YA 2G1NA 4Y3TA 5BWYA 4Z4XA 1MTRA 1YTIA 2OHRA 5EZZA 3G70A 4NJSA 8HVPA 3QIHA 3APRE 4YOBA 5OZMA 5P8KA 5KR1A 5OZQA 5P7AA 4KE0A 5TOLA 2PH6A 5P12A 3KDCA 3MWSA 4Y3MA 4QJ8A 2NNKA 4YA8A 2JE4A 2AVMA 2MIPA 2ZHRA 3QS1A 1EC1A 3PB5A 1BDRA 1PSAA 3KN0A 3EM6A 5P83A 2Q15A 4DQFA 5KR0A 2P3DA 3WZ6A 5P3DA 3TL9A 5P5AA 4CMSA 3D20A 3KDBA 3BC4A 4Y4JA 5OZIA 1D4JA 2NMYA 5P6WA 2R38A 4FAFA 2XYEA 3QI1A 5P4SA 1MRXA 4CPXA 4S1GA 2FDEA 1HXWA 5P1OA 5P35A 2QHYA 5P77A 1WBMA 1TZSA 5P4LA 1IZHA 4BELA 4RVIA 5P73A 5EZXA 4B05A 5P8CA 5DQ4A 5APRE 3TTPA 5HCOA 2WJOA 4EYRA 5P0TA 1UH7A 5P76A 2V11C 2R5PA 4L1AB 5COOA 5DGWA 2QU2A 5P3XA 1FB7A 5P6YA 4DI2A 1Z8CA 5P3TA 1FF0C 4GJ9A 1IZEA 4Z50A 2OHQA 2FMBA 5P6BA 5P63A 1HXBA 1MIQA 4J1EA 2IRZA 2HB4A 1KJFA 1EPLE 5AHAA 1RV7A 4ER4E 5P4GA 1SMEA 5P47A 1K6CA 5E5KA 2I0AA 5P04A 4DJYA 4Y57A 4K4QA 2QMGA 3URLA 4B1CA 4L7GA 3O9IA 2WHHA 4Y5KA 5P7HA 4N00A 2NMZA 5I70A 5P2RA 3ZKXA 1W50A 3PI5A 5P0SA 2QI3A 5P0KA 1Z1HA 5I3YA 4I10A 4GJ5A 4HLAA 2VIJA 5P4HA 1K2CA 3NDTA 5AH9A 2IDWA 3IXKA 4YHQA 1KJ7A 2WF0A 1F7AA 4QJ9A 5P6LA 5CLMA 1META 5P0JA 4GJ8A 4I0ZA 4J1FA 3BUFA 4LXAA 4Y3NA 4DPIA 1LF4A 2QCIA 3L58A 3O9LA 3TNEA 3GI6A 2QK5A 4PHVA 2R43A 2HPEA 3DOXA 5P1VA 5P3QA 3O9DA 5P2WA 4K9HA 3FKTA 4ACXA 5P3PA 1QBUA 4MC6A 2J9JA 1QBRA 4H1EA 5P0XA 5JFUA 4FE6A 3EL9A 1FQ8A 2J9JB 1LF3A 2APRA 2VKMA 4QJAA 1MT7A 5P6ZA 5HDVA 5P62A 1BWBA 3SKGA 5ISJA 1HVLA 2PSVA 5P34A 3LIVA 4GIDA 2AOIA 3TPPA 5ER1E 5DQ2A 1LYAA 4DQHA 2CEMA 3R2FA 5P06A 2R5QA 3PVKA 4Y48A 5P4EA 3D1XA 3OXWA 4TVHA 1OEWA 1LYAB 1A8GA 1FMXA 4Q5MA 3OUCA 1KJGA 2QZKA 2BPWA 1J71A 6UPJA 3SA3A 1YG9A 4XXSA 7HVPA 4AA9A 4Y3LA 4J1KA 1B6KA 3ER5E 2G20A 5P6GA 5P4MA 2VA5A 5P68A 3KFPA 2QMFA 1GNMA 2ZHUA 4ZE6A 1XN2A 2NTRA 5P3ZA 2CEJA 3VV6A 2ZDZA 5P09A 5IVRA 4Q1YA 5P6JA 3U6AA 3UFLA 1TSUA 3UQPA 2F81A 1LZQA 1HRNA 4F74A 1W5YA 4RVXA 2BKTA 3BXSA 3VUCA 3DJKA 1ME6A 1W5WA 3S45A 1A9MA 1ZPAA 5P22A 4OBJA 5P0OA 1IVQA 5OZ4A 1HSIA 2OAHA 5P8HA 4OBKA 2VJ7A 1FG6C 1A30A 2P4JA 3DUYA 3QP0A 3SPKA 2O4KA 2ZJMA 5P14A 4Y35A 5P5VA 5P65A 4AMTA 2AZBA 1E5OE 2QI7A 1B5FA 4IVTA 3FV3A 5F00A 5P5KA 5ISKA 5KOSA 4J17A 4DJWA 3EKWA 2PMAA 2O40A 3K5DA 1AXAA 4JPEA 2F8GA 4R91A 1T7JA 2G94A 4DFGA 5P36A 1CZIE 5HE7A 3L5CA 4Y5BA 3TKGA 3NR6A 1IBQA 5P4AA 5P78A 1FEJC 1D4IA 3ZPUA 4COEA 5HDUA 3OOTA 1ODYA 4YCTA 3I7EA 5OZKA 1SBGA 3GW5A 2V16C 4HVPA 2R3TA 3ECGA 2FGVA 2QI5A 4ZPFA 2IENA 3KYRA 4LP9A 5P40A 1BVEA 3LIZA 4KB9A 5P2FA 2G21A 2F3FA 5P0ZA 1W51A 3VCMA 3SA9A 1JLDA 1M4HA 3RU1A 4KUPA 2V13A 4GJAA 1EEDP 5P2CA 4RCDA 4LXKA 5P27A 3UDMA 2ZYEA 5P2IA 4Y5PA 1NPVA 4A6BA 3LZUA 3NWQA 4PEPA 4F76A 5OZNA 5P6SA 3HAWA 3SABA 2VNMA 7UPJA 3K5GA 4M8YA 2ZJIA 2G1YA 5OZ7A 1GVTA 5P7MA 5P1XA 5P0RA 3TPRA 4I0EA 5DR8A 3KA2A 1K6VA 3EC0A 5OZ3A 3IGBA 5P5LA 5P0WA 3PSUA 1D4HA 2P3BB 2NNPA 3VV7A 1HVHA 3UDKA 3DCRA 2Q64A 2PSUA 5OZ0A 5P4YA 4ZEAA 3FX5A 5OZEA 5P4QA 4DJQA 2QI1A 4DQEA 1FQ6A 4E43A 2Q3KA 5P8UA 3O99A 3QPJA 3UPJA 5P1EA 2BPYA 3OU1A 3UHLA 4Y5CA 4Q1WA 2ZJHA 3ZPTA 3KDDA 3ZL7A 5OYQA 4QJ7A 3OUDB 3SLZA 5P89A 4OBHA 2PSGA 3EKPA 3OU1B 2IGXA 5AHCA 5P58A 4RVJA 1RL8A 4R92A 5AGZA 3LNKA 4H3JA 1IZIA 1MERA 4Y3WA 1IDBA 5DQ5A 5P50A 5SZ9A 4Y4GA 1DP5A 5P8BA 5P8DA 5P7YA 4U7VA 5P1YA 1EC2A 2HPFA 3IA9A 4D88A 2P8HA 2AOHA 2F3KA 5F01A 1DW6C 3VF5A 5P1WA 4DQBA 2ZJKA 5P03A 2IS0A 1A8KA 5P37A 2FLEA 3IVIA 1FG8C 4RCEA 1RNEA 2NXLA 3G72A 1SMRA 4B00A 3K4VA 1MESA 3DK1A 2F3EA 3EM3A 4J55A 1IVPA 4I0JA 3JW2A 5P39A 4ZSPA 3PLLA 5P3OA 4JOOA 1DPJA 1TQFA 1UH9A 5P2ZA 1BBSA 4D83A 4Y3PA 5P2EA 1E81E 2ANLA 2OHTA 5P26A 4I11A 2AIDA 3IXOA 3KT5A 3TPLA 1HTGA 5P8IA 4BEKA 1FQXA 3SM2A 1AM5A 5P5EA 3OHHA 2AVOA 1ZJ7A 2AZCA 5BS4A 3MSJA 1HTRB 3GI5A 3PSGA 3L5FA 5P5SA 4CPSA 5P08A 2VJ6A 3BRAA 4J0TA 5P67A 3NWXA 5C9FA 5P13A 4FM8A 3NDWA 1VIJA 5OYTA 5P0NA 4EJLA 1SGUA 5DR0A 3UDPA 5P87A 4Y4BA 5AH7A 5P10A 1ENTE 2V00A 5P2JA 4ZSQA 3PMYA 5P4DA 1DIFA 1HSGA 5IVTA 3EKTA 4YCYA 5P1TA 3Q5HA 1YT9A 3OWNA 2BQVA 5P3MA 2FGUA 2G69A 5SY2A 4Y3HA 5P2OA 4ZIPA 1FMUA 4UPJA 5HU1A 5P3GA 3SAAA 1HVRA 1SGZA 3HBOA 2OHUA 4NPTA 5OZZA 5P5JA 3UDQA 4QLHA 4D85A 1T7IA 4LAPA 4Y3QA 1ZP8A 5P61A 5DGUA 5P5OA 2ER9E 3QRVA 5OZ6A 4A4QA 5I3WA 2BBBA 5AHBA 4Y5EA 4L6BA 4K4RA 1MEUA 2OHLA 4K4PA 1EPNE 1KZKA 3TH9A 3PCWA 1MSMA 3BUGA 3Q4BA 2OHSA 2AOFA 4Y3ZA 1KJ4A 5HTZA 4TRYA 1HPVA 5P6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI0 A;  3VSX A;  4HA5 A;  3QRS A;  1RPI A;  5P28 A;  2H6T A;  3O9A A;  3PLD A;  5KAO A;  3NU3 A;  5P59 A;  1BVG A;  5P1G A;  5OZL A;  1B11 A;  5OZA A;  3KM4 A;  2RSP A;  4Y47 A;  1NPA A;  1NSO A;  5P3R A;  1PSN A;  4I0F A;  4K8S A;  3S54 A;  3OGP A;  1YTJ A;  1BV7 A;  3SM1 A;  5P6P A;  4GJ6 A;  3NXN A;  1APU E;  4HDB A;  3TOH A;  2IKU A;  3LPK A;  2NXM A;  5P1B A;  4D8C A;  3H5B A;  5P3L A;  5P82 A;  5P3A A;  1C6Y A;  4B77 A;  3GGA A;  3BVA A;  1GNN A;  5P7P A;  5P4K A;  4L7H A;  5P3B A;  4DUS A;  1APV E;  4OBF A;  3T7Q A;  1EPP E;  2VA6 A;  5C9D A;  5I3V A;  5P0B A;  4U7Q A;  4AA8 A;  4A6C A;  5P3V A;  3I6O A;  3S53 A;  4X7I A;  4PPH A;  2O4P A;  5C9B A;  5P6M A;  1TCX A;  4Y4T A;  4RRS A;  4WTU A;  4F75 A;  1ODX A;  4M8X A;  2WEA A;  4MC9 A;  4YD3 A;  5P80 A;  1XDH A;  3WZ8 A;  3G6Z A;  1AAQ A;  3O9L B;  1GVX A;  2EWY A;  2I4U A;  5P2H A;  5IVS A;  1MRW A;  3BGB A;  4Y4E A;  2IL2 A;  4Y5N A;  4BFB A;  2A1E A;  2XFK A;  1YX9 A;  2R9B A;  4DJR A;  2ZJL A;  4CP7 A;  2FXE A;  5P7R A;  1T6G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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