1LYWB

Cathepsin d at ph 7.5
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
GGVKVERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartic protease
molecule keywords CATHEPSIN D
publication title Conformational switching in an aspartic proteinase.
pubmed doi rcsb
total genus 41
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 1998-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lywB00
1EPRE 2G20A 3JVYA 5AH9A 5P83A 4DQBA 4OBKA 2Q3KA 2P3CA 5P51A 4FIVA 3T7XA 5OYQA 1AIDA 2NNKA 2QAKA 4Y3GA 3SA9A 5I3XA 3HD8A 4L7HA 3ZKSA 5P36A 3KT2A 5P85A 2IDWA 2NPHA 4R91A 3M9FA 2AVQA 3K1WA 5OZVA 5P41A 5P3QA 1QDMA 4TRYA 5AH8A 4AA9A 1D4YA 2QI3A 1AJXA 3LPJA 3UQPA 3UQWA 5P05A 3HAUA 5P87A 1HSIA 3SLZA 4EP2A 5P3XA 1YT9A 4YD5A 2HC0A 2BQVA 4ZLSA 5OYUA 5I3VA 5P7CA 3BUHA 3KT5A 4Y5EA 1Z8CA 5P6WA 2OHSA 4NJSA 1E82E 2I4UA 5P5YA 4PZXA 3B80A 2P3DA 2AZBA 2G1RA 4J0VA 2O40A 4I0FA 4JECA 3DUYA 3QN8A 3SM1A 1W50A 5OZ1A 1G6LA 5P2YA 4Y4AA 5IVRA 2QI6A 2Q11A 2ZE1A 4HEGA 3IAWA 1IZHA 2AOJA 5P52A 3OTSA 4Y38A 3FNUA 5P17A 1ME6A 4Y4ZA 3CICA 1HVCA 3OUAA 5COPA 4Y3FA 3EKWA 1HOSA 4BFBA 2WEDA 2MIPA 2NMYA 2XFKA 1A8GA 3OADB 3VYFA 4FLGA 1FQ6A 4EJLA 1PFZA 4DQHA 3PGIA 2PH6A 5EZXA 5P47A 1E81E 3L3AA 4NJUA 5P7LA 5P3UA 1W51A 5OZSA 2CEJA 5P3CA 1AM5A 3NR6A 1LYAA 3O9BA 1GNMA 3OUDB 5P4NA 5OZAA 5OZ2A 1A8KA 2B7ZA 5P4MA 1G0VA 3LZUA 3HVGA 5P6MA 5KQFA 5P0WA 2G69A 3LPIA 2I0DA 5P1ZA 2WF0A 3RTNA 4B1EA 1MERA 3WB4A 3SAAA 2ZJJA 5OZLA 2QU2A 4DJXA 3GGUA 5KOQA 2A4FA 4NKKA 4LXAA 5SY3A 5P15A 2B60A 2XYFA 5OZ0A 4BELA 5PEPA 4Y3DA 5P2ZA 4K8SA 4Y5BA 5P80A 4COEA 4Y5AA 4I8ZA 3BGBA 5P8JA 2APRA 3S54A 1HIIA 5P01A 1B11A 3GGVA 1HXWA 3IVIA 3OADA 4A4QA 5P0BA 2OHMA 3MXDA 5DR4A 2NMZA 1QS8A 4WTUA 3SKGA 2NXDA 1HPSA 5P6TA 3TPJA 1NSOA 3CMSA 3SA7A 1LF2A 2IKOA 3TOGA 3UDJA 3ZKGA 1ODWA 1D4LA 4HE9A 5OYYA 2QMGA 5ER1E 3I25A 5P66A 5P5DA 1PSAA 4Y3NA 3OOTA 5P1OA 3OQFA 4R93A 5P2UA 2AOCA 5P1DA 3MSLA 3EM3A 3VCMA 5E5KA 5P2HA 2FIVA 2WF2A 4PPHA 5P62A 1SGZA 3FNSA 3SA4A 5P2BA 3OHFA 5P6QA 4J1KA 4Y4XA 2P83A 4U7VA 5P63A 4Z50A 5P74A 5P5PA 3I8WA 3RTMA 1FF0C 3VV8A 5P78A 1EC1A 5P6SA 3BUGA 5P1FA 5P6UA 1TZSA 4OBFA 5P1QA 5P0OA 3I6OA 2I4DA 3L58A 2F80A 4ZPGA 5BWYA 3PLDA 5DQ4A 1M4HA 3UDPA 2QMFA 3LZVA 1ODXA 5P88A 2F3FA 3OAGA 3SKFA 2IS0A 4CMSA 2P3AA 5P19A 2WEZA 5P5NA 1FFIC 3S2OA 1HVLA 1ZBGA 1D4IA 1SDTA 1HSGA 3DV5A 5P25A 5P0KA 5KQYA 5AH7A 3UDQA 5P3GA 4L6BA 3D91A 4GMIA 5P0PA 1YTHA 4DUSA 4Y4EA 3TLHA 4RVXA 3OTYA 3NU3A 2HB4A 4M8XA 5P8OA 4FM6A 2QK5A 5DGWA 1EPME 4KUPA 4Y37A 4ER2E 3L5EA 1SBGA 4Y3PA 1Z1HA 3PSUA 3NU4A 1BV9A 5P0QA 5P0VA 4QJ6A 3PBDA 5P3KA 5P5EA 5OYVA 5P42A 3BGCA 1FEJC 5P3OA 1HHPA 1HEFE 5P11A 4CPWA 5P1XA 2BPVA 3K4VC 5P7PA 2B42A 1SP5A 5OZKA 2HS2A 5HCTA 1EPOE 4Y3WA 3NYGA 5P7KA 4YCKA 3PRSA 5P2JA 4FS4A 3EL0A 5P4JA 5P68A 4EJKA 2WF1A 2QI7A 4ZSQA 3BVAA 5P4YA 1SGUA 5DR1A 5IVTA 4Y9WA 3QBFA 3DOXA 1C70A 2ER7E 1TSQA 3NLSA 2WEAA 1W6HA 5OZHA 1ZPKA 5P6YA 1Q9PA 2ZGAA 5P7WA 2ZDZA 3RSVA 3K5CA 3OY4A 3PSYA 3VLBA 3RSXA 3ZPTA 4HVPA 2NXMA 4YD6A 1HTRB 1N49A 2XFIA 4ZSRA 5P6OA 1IZIA 1XS7D 1EBYA 1MEUA 4YD3A 5P5MA 5P0HA 1FQ8A 1UH9A 4F75A 2QD7A 4FRKA 4ZPEA 1IZDA 4DJPA 3HZCA 3IXJA 5P1PA 1C6XA 5P2TA 5P08A 5P26A 1META 5P07A 4F73A 3OXCA 5P38A 1DAZC 1XL2A 4Y50A 1BVGA 5P0AA 2P4JA 4RVJA 1EC3A 2O4SA 2EWYA 1FQ7A 2QI5A 1XE5A 5P61A 5ER2E 1EPQE 4F76A 3O9LB 1MT8A 1YX9A 2BPXA 1EPNE 4QJ7A 5KR1A 2SAMA 5P4BA 4GJDA 3MSJA 1T6EX 3D20A 4J55A 4EWOA 5B18A 4JP9A 3APRE 5P4DA 5P09A 3UDKA 4Y44A 2HB3A 4JPCA 1LF3A 2O4KA 3UCBA 1GVVA 5P2CA 3S53A 5KR8A 1HPXA 1YG9A 4WY1A 5P7RA 2ZHRA 5I70A 3VLAA 4D85A 1XN2A 4R95A 1SIVA 2FNTA 2BBBA 5P2FA 1PPME 4Y4BA 1HEGE 3EC0A 5P0EA 5OZPA 4Q1YA 5HE4A 3H0BA 1ZPAA 1RL8A 2IGYA 2WF4A 5P1YA 4H3GA 4Y6MA 5P8KA 4HDBA 1LS5A 1EBWA 2V16C 2QNNA 1KJFA 5FIVA 1BDRA 4PZWA 2FDDA 5SY2A 3UQRA 5P5XA 3O9LA 4LC7A 1TSUA 1AXAA 2ZHVA 5P4RA 4YDGA 2UY0A 5P1LA 3SPKA 1K1TA 5P4XA 2F8GA 6FIVA 2IGXA 5P59A 3ER3E 1W5YA 1W6IA 5P22A 3BUFA 2AOIA 3JW2A 3AUPA 3WZ7A 3IN3A 1ZAPA 4L7GA 5P6BA 5P3DA 5DQCA 5P0RA 5P1UA 3IXKA 5P37A 3SM2A 5OZIA 5P3SA 1ZTZA 3EKXA 3NUOA 2FNSA 4YCTA 2BKTA 3C9XA 4PHVA 5OZEA 3VYDA 1HPVA 2PSUA 7UPJA 3NXNA 2G24A 3PWWA 1CMSA 2JXRA 3JVWA 4DPIA 4X2LA 2CENA 4B77A 5P8PA 4GJ6A 1GNOA 3UDMA 3Q70A 4ACUA 2IRZA 5DR0A 1D4KA 3OWNA 4AZYA 4TVGA 5CLMA 5P6JA 4YOBA 1QBUA 4AA8A 1MIQA 1HWRA 4Y3MA 2BB9A 2VA7A 1NPAA 4ZEAA 5P4GA 4Y4DA 4AMTA 5P4OA 4OBZB 3SA6A 5P33A 5P0IA 5P5UA 5P5WA 5ISKA 3OHHA 1MPPA 1EPLE 2NXLA 2ZHTA 4M8YA 4J5JA 2QI1A 4FCOA 5P6NA 5OZBA 3QBHA 4GYEA 3TOHA 4NPUA 5P5FA 3TKWA 1MTBA 5P5SA 3T3CA 1UPJA 4U8WA 1GVTA 2AOEA 5P0SA 5HDVA 3TNEA 2RKGA 1T6GA 5P1SA 1T7IA 3EMYA 1XN3A 3QRMA 5OZ6A 5P2XA 5C9BA 2VJ6A 3KDBA 3RVIA 1EPPE 5P0NA 4PEPA 2HAHA 3F9QA 3T6IA 3U6AA 3D1ZA 2I4QA 4MC9A 1LYAB 1MSNA 2PSVA 3LIQA 1IIQA 1KJ7A 3RU1A 3UQUA 3O9HA 1B5FA 1BAIA 3APPA 5CONA 4OBZA 4Q5MA 3SA5A 1APVE 1PPKE 3INDA 2G22A 5OZRA 5P6AA 4Y39A 3KFNA 1XE6A 2VNNA 1LEEA 2V0ZC 5P5RA 5P8BA 5P3FA 5P7IA 5P5TA 1HPOA 3QP0A 5P7OA 5P1HA 3BRAA 3OU4B 5P39A 4IVTA 4H3FA 4UPJA 3ZOVA 5P3NA 5DQ2A 1BDLA 4GIDA 1HRNA 5P3RA 4B78A 4S1GA 4DI2A 5P67A 5OZGA 4AUCA 4Y3AA 5P8UA 2QMPA 4R92A 2PK5A 3VF3A 1FB7A 3EL9A 2VIYA 3VSWA 4NPTA 1FKNA 3EXOA 5P4KA 4FE6A 4RCFA 1HVRA 5P7JA 1MRWA 4FRJA 3CIBA 5HD0A 2NNPA 1EC2A 3IGBA 1APUE 4RROA 1F34A 5AHAA 2G27A 5JFUA 5OZ9A 3BC4A 3S56A 3FSMA 1AAQA 4H3IA 2WL0A 3NDWA 1GKTA 5P70A 5P84A 2V12C 1HVHA 2BPZA 4KE0A 5P1AA 3OQ7A 2AOGA 3RTHA 1VIJA 4DPFA 1CZIE 4EPJA 5P75A 1MTRA 5P1KA 3OU4A 5P34A 4D88A 4K4PA 1TCXA 3N4LA 1AZ5A 5AH6A 2G1SA 3G72A 3QAAA 3HVPA 2OAHA 1AVFA 1C6YA 3OAGB 2AVMA 4TVHA 5P00A 2VA5A 5P79A 1D4JA 3Q5HA 5P65A 5P2DA 5P55A 5P8QA 1OEXA 5IS4A 3VF5A 1BDQA 4OD9A 3EKVA 1XDHA 1ZLFA 5P5HA 3EM6A 2R43A 3S7MA 5P5CA 5P0TA 1FIVA 2ANLA 1HBVA 5DQ5A 4RGHA 4ER4E 3INFA 4KE1A 2QI4A 4K4QA 2QNQA 3KMYA 3VYEA 1QBTA 5P12A 4Y36A 5P8HA 3TPPA 5HE5A 5P13A 1TCWA 5KOSA 2FS4A 5COKA 4J54A 4L1AB 3D1YA 4J0ZA 4QLHA 4Y3QA 3LINA 5P4IA 5OZ8A 3NDXA 3L5DA 2G94A 3EKYA 2ZJLA 4Y54A 3GI0A 5P04A 3PWMA 4FAFA 2A1EA 4QGIA 5P02A 1W5XA 4EHCA 2QHYA 3I7EA 4GJAA 2HM1A 1FLHA 5P5LA 5P8AA 2ZJIA 1MRXA 2OHKA 4J1CA 1IVQA 3O9CA 5HE7A 3B7VA 2QHCA 2Q63A 2WEBA 3SACA 2AOHA 3GI5A 4FM7A 5P3JA 1OHRA 1BIMA 2ZJHA 5P76A 5P0DA 5OZXA 2VS2A 5P4QA 3MWSA 2FXDA 5P4TA 1OEWA 4EP3A 4WY6A 5KAOA 3T11A 5P3MA 4L1AA 6APRE 1IDBA 4R8YA 3NU9A 1K2CA 5P48A 4YE3A 2J9JB 1CPIA 5P6CA 3KF0A 3ST5A 3INEA 3QI1A 1U8GA 1FG8C 3VFBA 2VNMA 4ZPFA 5P3PA 5P58A 2FLEA 5P0MA 5P3LA 1TW7A 4CPTA 1LZQA 3O9AA 4J1HA 2F3KA 2QI0A 5P3EA 3UDYA 4YBFA 2RSPA 5P2AA 4DJOA 5P7UA 5P82A 5OZ4A 3LZYA 1IVPA 5OZUA 5P4PA 1BWAA 4DFGA 1MT7A 4YD7A 1G2KA 3QRSA 5KR0A 2WECA 3G6ZA 4HDPA 1LV1A 4OBGA 1YM2A 1NPVA 5P2MA 3UDNA 2QZXA 1FMBA 2ZJNA 4CKUA 5P7ZA 5P7EA 5SXNA 5OZJA 2JJJA 2PMAA 2OHUA 5OZFA 1QBRA 1MSMA 5P06A 3TKGA 2XFJA 4EJ8A 3S43A 2OHRA 1UH8A 1EBZA 4I0EA 2P8HA 2J9JA 3EKPA 3O9IA 4HA5A 3TTPA 4E43A 1LYWA 2IL2A 3UFLA 2R3TA 5P1GA 5P4AA 5P2SA 4B1CA 2QMDA 3OQAA 5DGUA 4XKXA 3TH9A 3VF7A 5P0YA 5P2QA 5P8LA 5P6XA 4Y35A 5HU0A 2PK6A 5HVPA 4J1IA 3K5DA 1FMXA 4Y3XA 4LL3A 5P20A 2IENA 5P7YA 2R8NA 3T7QA 4YCYA 1ODYA 4LXKA 4Y3RA 2CEMA 2RMPA 5P0LA 3O9DA 2P3BB 1FGCC 1K6VA 3VV7A 5P45A 5OZ3A 3R4BA 5P0JA 2Q15A 4GZFA 3EKQA 1DP5A 5OYZA 1K6TA 3CKTA 5P2KA 5P6IA 1EBKC 1HIHA 2JYSA 3PI5A 5P2VA 3UHLA 5P81A 2VIZA 3LIXA 1FQ4A 1PPLE 3UQXA 1HVSA 4RRSA 5P56A 3CYXA 1MESA 3PCWA 4Q1NA 3QIHA 4FRIA 4Y4UA 2H6TA 3O99A 4NJTA 5P8SA 5P6KA 5P89A 4Y48A 1JLDA 2QD6A 3WSJA 2QHZA 2ZHSA 5P7TA 1FG6C 4R5NA 5P2RA 5KQZA 4DQFA 5P32A 5OZOA 2OF0A 5P4LA 2UPJA 2HB2A 2ZJKA 6UPJA 4FAEA 3QROA 5J25A 5OZYA 3HBOA 2PH8A 4D83A 3BXSA 2P3BA 5OZZA 5P5KA 3NU5A 2AZ8A 3OGQA 1NPWA 2IKUA 3SA8A 4RRNA 1KJHA 5P6ZA 4Y3JA 2H6SA 5P4WA 3ZKMA 1HSHA 5P2WA 2I4XA 2XYEA 2G1NA 3L59A 4I0HA 4DJRA 2R5QA 2QD8A 2QZKA 4OBHA 1SMEA 5P69A 4Y3LA 4ZSMA 4GJ8A 2R9BA 2G1OA 3NDUA 5P86A 1B6PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPR E;  2G20 A;  3JVY A;  5AH9 A;  5P83 A;  4DQB A;  4OBK A;  2Q3K A;  2P3C A;  5P51 A;  4FIV A;  3T7X A;  5OYQ A;  1AID A;  2NNK A;  2QAK A;  4Y3G A;  3SA9 A;  5I3X A;  3HD8 A;  4L7H A;  3ZKS A;  5P36 A;  3KT2 A;  5P85 A;  2IDW A;  2NPH A;  4R91 A;  3M9F A;  2AVQ A;  3K1W A;  5OZV A;  5P41 A;  5P3Q A;  1QDM A;  4TRY A;  5AH8 A;  4AA9 A;  1D4Y A;  2QI3 A;  1AJX A;  3LPJ A;  3UQP A;  3UQW A;  5P05 A;  3HAU A;  5P87 A;  1HSI A;  3SLZ A;  4EP2 A;  5P3X A;  1YT9 A;  4YD5 A;  2HC0 A;  2BQV A;  4ZLS A;  5OYU A;  5I3V A;  5P7C A;  3BUH A;  3KT5 A;  4Y5E A;  1Z8C A;  5P6W A;  2OHS A;  4NJS A;  1E82 E;  2I4U A;  5P5Y A;  4PZX A;  3B80 A;  2P3D A;  2AZB A;  2G1R A;  4J0V A;  2O40 A;  4I0F A;  4JEC A;  3DUY A;  3QN8 A;  3SM1 A;  1W50 A;  5OZ1 A;  1G6L A;  5P2Y A;  4Y4A A;  5IVR A;  2QI6 A;  2Q11 A;  2ZE1 A;  4HEG A;  3IAW A;  1IZH A;  2AOJ A;  5P52 A;  3OTS A;  4Y38 A;  3FNU A;  5P17 A;  1ME6 A;  4Y4Z A;  3CIC A;  1HVC A;  3OUA A;  5COP A;  4Y3F A;  3EKW A;  1HOS A;  4BFB A;  2WED A;  2MIP A;  2NMY A;  2XFK A;  1A8G A;  3OAD B;  3VYF A;  4FLG A;  1FQ6 A;  4EJL A;  1PFZ A;  4DQH A;  3PGI A;  2PH6 A;  5EZX A;  5P47 A;  1E81 E;  3L3A A;  4NJU A;  5P7L A;  5P3U A;  1W51 A;  5OZS A;  2CEJ A;  5P3C A;  1AM5 A;  3NR6 A;  1LYA A;  3O9B A;  1GNM A;  3OUD B;  5P4N A;  5OZA A;  5OZ2 A;  1A8K A;  2B7Z A;  5P4M A;  1G0V A;  3LZU A;  3HVG A;  5P6M A;  5KQF A;  5P0W A;  2G69 A;  3LPI A;  2I0D A;  5P1Z A;  2WF0 A;  3RTN A;  4B1E A;  1MER A;  3WB4 A;  3SAA A;  2ZJJ A;  5OZL A;  2QU2 A;  4DJX A;  3GGU A;  5KOQ A;  2A4F A;  4NKK A;  4LXA A;  5SY3 A;  5P15 A;  2B60 A;  2XYF A;  5OZ0 A;  4BEL A;  5PEP A;  4Y3D A;  5P2Z A;  4K8S A;  4Y5B A;  5P80 A;  4COE A;  4Y5A A;  4I8Z A;  3BGB A;  5P8J A;  2APR A;  3S54 A;  1HII A;  5P01 A;  1B11 A;  3GGV A;  1HXW A;  3IVI A;  3OAD A;  4A4Q A;  5P0B A;  2OHM A;  3MXD A;  5DR4 A;  2NMZ A;  1QS8 A;  4WTU A;  3SKG A;  2NXD A;  1HPS A;  5P6T A;  3TPJ A;  1NSO A;  3CMS A;  3SA7 A;  1LF2 A;  2IKO A;  3TOG A;  3UDJ A;  3ZKG A;  1ODW A;  1D4L A;  4HE9 A;  5OYY A;  2QMG A;  5ER1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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